REGULASI EKSPRESI GEN PADA EUKARIOTIK

Diferensiasi pada Eukaryot yang Lebih Tinggi

Diferensiasi pada prokariot yang lebih tinggi terjadi karena ekspresi gen yang telah
dikontrol pada saat transkripsi dan proses transkrip. Misalnya hemoglobin, molekul ini
terkekspresi pada sel darah merah manusia tetapi tidak pada sel yang lain. Contoh lain yaitu
inti sel telur katak yang diambil dan dimasukkan ke dalam sel telur yang lain. Inti tadi tidak
akan mengalami kehilangan materi genetik. Kebanyakan proses perkembangan pada eukaryot
yang lebih tinggi itu terkontrol, paling tidak sebagian, oleh sirkuit preprogram ekspresi gen.
Pada keadaan ini, satu set gen pertama menghasilkan produk, kemudian setelah itu dia non-
aktif. Produk yang telah dihasilkan tadi diaktifkan oleh set gen kedua. Kemudian set kedua
menghasilkan produk, dan menjadi non-aktif. Produknya diaktifkan oleh set ketiga. Begitu
seterusnya. Pada ekpresi gen eukariot ini hormon juga berperan dalam memicu terjadinya
ekspresi dari suatu gen.

KONTROL GENETIK PADA PERKEMBANGAN DROSOPHILA

Perkembangan pada Drosophila dikontrol oleh aliran gen regulator yang bekerja pada
sekuen spesifik untuk menghasilkan ekspresi gen yang berbeda pada tempat yang berbeda.
Perkembangan ebriogenesis awal pada Drosophila sangatlah cepat, tanpa pertumbuhan sel.
Telur mengandung dua pronukleus, jantan dan betina. Kemudian keduanya bergabung untuk
menghasilkan nukleus diploid pada zigot. Setelah itu zigot ini membelah 9 kali untuk
menghasilkan satu sel syncytium yang mengandung sekitar 521 nukleus. Nukleus ini akan
menuju ke permukaan telur dan melakukan 4 pembelahan tambahan. Kemudian terbentuklah
mebran sel dan akhirnya terbentuk blastula yang mengandung sekitar 4000 sel.
Kesimpulannya, perkembangan i=tersebut dikontrol oleh gen dan dipicu oleh hormon.
Hormon yang menjadi pemicu disini adalah steroid ecdison. Ecdison ini bekerja saat proses
transkripsi.

Cakram Khayalan dan Determinasi

Persiapan untuk metamorfosis serangga dilakukan selama proses embriogenesis awal.
Sel blastoderm drosopila berdiferensiasi menjadi dua macam sel: (1) yang akan berperan
dalam perkembangan jaringan larva dan (2) yang akan berkembang menjadi bermacam organ
dan jaringan pada lalat dewasa. Beberapa kelompok dari sel yang tidak terdeferensiasi
membentuk struktur yang disebut cakram khayalan. Terdapat 17 bentuk cakram khayal.
Masing-masing cakram itu berfungsi untuk perkembangan organ selanjutnya pada lalat
dewasa. Cakram-cakram itu adalah sepasang cakram antena, cakram mata, cakram labial,
cakram sayap, cakram halter, tiga pasang yang berbeda dari cakram kaki dan cakram genital.
Dalam perkembangannya setiap cakram akan berduplikat kecuali cakram genital. Semua
cakram ini telah ditentukan takdirnya. Maksudnya dia akan menjadi apa dalam
perkembangan selannjutnya. Proses ini merupakan suatu hal yang berbeda dari diferensiasi
yang disebut determinasi. Faktanya, determinasi dari cakram khayal ini terjadi pada fase
blastoderm.

Mutan homeotic
Untuk mengerti bagaimana diferensiasi pada lalat, kita harus mengerti dimana letak
sel yang mengalami determinasi. Ini ditunjukkan dengan adanya mutasi homeotic. Mutasi ini
mengubah keberadaan dari imaginal disc. Seperti misalnya pada Antennapedia, cakram yang
seharusnya menjadi antenna termutasi dan menjadi bagian tubuh tambahan yang menyerupai
kaki. Sehingga di kepala lalat itu terdapat organ yang menyerupa kaki. Setelah dipelajari,
terdapat dua kelompok yaitu ANT-C dan BX-C. ANT-C mempengaruhi perkembangan
daerah kepala dan toraks. Sedangkan BX-C mempengaruhi perkembangan toraks dan
abdomen pada tubuh lalat. Kebanyakan lalat yang mengalami mutasi ini tidak akan bertahan,
meskipun mampu bertahan akan mengalami cacat fisik. ANT-C memiliki setidaknya 4 gen,
sedangkan BX-C memiliki tiga gen. Prosesnya mirip dengan saklar. Ada suatu bagian yang
mematikan ekspresi gen, ada bagian lain yang mengaktifkan. Satu gen hanya menyebabkan
satu mutasi saja pada lalat. Mutasi tunggal pada lalat dapat merubah kaki menjadi antena,
tetapi tidak antena menjadi mata.

Transdeterminasi
Pada kejadian ini, peneliti mengadakan pengamatan dengan mengimplan cakram dari
fase larva ke tubuh lalat dewasa yang sedang bermetamorfosis. Beberapa dari cakram genital
akan tumbuh menjadi struktur kaki pada lalat tersebut. Peristiwa itu disebut transdeterminasi
karena memasukkan sel yang sedang mengalami determinasi ke tubuh lalat lain.
Transdeterminasi ini tidak terjadi secara acak. Satu gen selektor hanya bisa mengalihkan satu
cakram menjadi satu bagian tubuh. Sehingga dibutuhkan lebih dari satu gen selektor untuk
mengalihkan menjadi beberapa bagian tubuh.
Morfogenesis lalat: peristiwa segmentasi sekuen anterior-posterior
Saat morfogenesis, pada tahap oogenesis pembentukan sumbu anterior-posterior
dikontrol oleh setidaknya 20 gen. Gen-gen ini mengkode untuk membuat proses
perkembangan lalat itu semakin baik setiap tahapnya. Polaritas dari anterior-posterior dikode
oleh gen yang bernama gen maternal efek. Terdapat 8 gen maternal yang berbeda. Disini
hanya dibahas dua saja yaitu bicoid dan oscar (bcd dan osk). Jika bcd ini diimplan pada
embrio yang telah memiliki sitoplasma, maka embrio ini akan memiliki badan dan toraks
yang normal. Dan jika osk yang diimplan, embrio ini akan memiliki bagian posterior yang
normal. Meskipun demikian, dibutuhkan 20 gen untuk menyusun tubuh lalat yang normal.
Gen segmentasi dibagi menjadi tiga kelompok: (1) gen pemisah, (2) gen yang bekerja
berpasangan, dan (3) gen yang mengatur polaritas segment. Gen pemisah ini dibutuhkan
untuk membentuk set dari segmen yang berdekatan. Jika lalat atau larva tidak memiliki gen
tersebut, maka akan memiliki kekurangan segmen anggota tubuh. Gen ini disifatkan menjadi
tiga yaitu Kruppel (Kr), bunchback (bb), dan knirps (kni). Gen yang berperan berpasangan
terekspresi dalam tujuh daerah yang berbeda sepanjang sumbu anterior-posterior. Efeknya
adalah membelah embrio menjadi 15 segment. Jika pasangan gen tersebut mengalami mutan,
maka tubuh lalat akan mengalami kekurangan segmen. Untuk menghasilkan polaritas
anterior-posterior dibuthkan sepuluh set gen polaritas-segmen. Gen itu diekspresikan oleh gen
yang berpasangan tadi.

Aliran sementara yang tersusun dari gen pengatur

Kebanyakan regulasi gen dikendalikan oleh aliran yang tersusun. Misalnya saja gen
pemisah bunchback tidak akan terekspresi pada embrio bikoid. Hal ini berkaitan dengan
protein. Beberapa protein berikatan dengan sekuen yang berdekatan. Ada yang menstimulasi
transkripsi, ada juga yang merepresi transkripsi. Setiap gen yang berperan dalam regulasi itu
terhubung melalui aliran tadi. Jadi, jalannya regulasi dari gen itu tidak akan keluar dari aliran
yang sudah ada. Setelah melalui satu tahap dia akan ke tahap selanjutnya. Dan itu sudah
dapat ditentukan dengan adanya teori aliran ini.

Bithorax complex (BX-C)

Kompleks bitoraks meliputi variasi dari mutan homeotic yang mempengaruhi segmen
kedua dan ketiga dari toraks dan abdomen. BX-C ini mengandung tiga kelompok gen
pelengkap yaitu Ubx, abd-A dan Abd-B. Setiap dari gen itu mengandung mutan homeotic
yang berbeda. Ubx berdampak pada mutasi bagian toraks, sedangkan abd-A dan Abd-B
berdampak pada segmen abdomen. Mutasi pada abd-A dan Abd-B disebut infraabdominalis.
Salah satu komponen yang berperan penting dalam regulasi BX-C adalah peran cis. Cis ini
berperan dalam pengikatan produk dari gen regulator lain. Terdapat dua hal penting dalam
regulasi BX-C, (1) banyak regulator trans and (2) jalur alternatif dari penggabungan
transkrip. Lokus dari kompleks bitorak ini memiliki tiga kelompok gen pelengkap dan
300.000 jengkal pasangan nukleotida pada kromosom 3 D.melanogaster. Mutasi dari BX-C
ini mempengaruhi segmen T2 dan T3 dan segmen abdomen A1 sampai A8.

Peran homeobox pada pengaturan transkripsi

Homeobox adalah kumpulan gen homeotic yang memanjang dalam 180 pasangan
basa. Pada kebanyakan kasus, homeobox terletak dalam daerah pengkode dari gen dan
mensifatkan segmen asam amino sebanyak 60. Hal itulah yang disebut homeodomain.
Homeobox ini dapat digantikan oleh homeobox dari gen lain dengan menggunakan teknik
DNA rekombinan. Hasil dari proses tersebut adalah gen hibrid.

CAENORHABDITIS ELEGANS: SEBUAH SISTEM MODEL UNTUK BELAJAR

PERKEMBANGAN
Caenorhabditis elegans adalah seekor cacing yang digunakan untuk mempelajari
perkembangan eukariot. Keuntungan dari penggunaan Caenorhabditis elegans ini adalah
ukurannya yang kecil, hidupnya pendek, kondisi pertumbuhannya sederhana, memiliki dua
kelamin, banyak progeni, genome yang kecil, tubuh transparan, dan progaram
prekembangannya tepat.

CONTOH NEOKLASIKAL PERKEMBANGAN DIREGULASI EKSPRESI GEN

Contoh klasik dari perkembangan adalah transkripsi pada kromosom lampbrush pada
oosit ampibi. Sebagian transkrip gen dan atau produk gen lainnya terletak pada area khusus
pada sitoplasma telur selama oogenesis. Ini membuktikan bahwa sitoplasma menetukan
perkembangan telur. Selain itu, contoh lainnya adalah pengerasan gen rRNA pada oosit
ampibi. Ketika banyak protein yang dibtuhkan, pengerasan dapat terjadi pada tingkat
translasi. Setiap molekul mRNA dapat ditranslasikan berkali-kali.
POPULASI TRANSKRIP GEN ADALAH DIVERGEN PADA TIPER SEL YANG
BERBEDA
Set yang berbeda ditranskrib dan tanskrip yang berbeda itu diproses menuju mRNA
pada sel yang terdiferensiasi. Biasanya, beberepa gen yang sama dan beberapa gen yang tidak
sama ditranskrip pada jaringan yang berbeda. Ini dapat dibuktikan melalui eksperimen
hibridisasi. Eksperimen ini membuktikan bahwa sekuen RNA berada pada populasi RNA dari
jaringan yang berbeda sebanyak 10-100 persen.

MEKANISME REGULASI TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT YANG LEBIH TINGGI

Transkripsi pada eukariot di inisiasi oleh protein pengkode. Protein ini hanya bisa
menginisiasi transkripsi jika terdapat 4 protein asesori atau faktor transkripsi umum.

Unit Transkripsi eukariot kebanyakan monogenic

Jika pada eukariot yang lebih rendah ditemukan opreon atau model mirip operon, di
eukariot yanglebih tinggi ini tidak ditemukan. mRNA pada neukariot yang lebih tinggi adalah
bersifat monogenic yang mengandung sekuen pengkode dari satu gen struktural. Dalam
beberapa kasus, transkrip utama memang poligenik, tetapi kemudian membelah untuk
menghasilkan monogenik.

Peningkat dan Pembungkam Memodulasi Transkripsi Pada Eukariot

Sesuai dengan namanya, peningkat meningkatkan transkripsi pada gen yang di atur,
pembungkam menurunkan transkripsi pada gen yang di atur. Ciri khas dari peningkat yang
membedakannya dengan promoter adalah (1) dapat bekerja pada jarak yang relatif panjang
hingga ribuan nukleotida, (2) berorientasi independen, (3) posisi yang independen. Sebagian
besar bekerja hanya pada target tertentu. Artinya dia akan meningkatkan proses transkripsi
pada target saja, tidak yang lain. Saat ini telah banyak yang diketahui. Penignkat ini berperan
penting dalam proses transkripsi. Dan peningkat ini bekerja dengan pengkhususan jaringan.
Sebenarnya, promoter dan peningkat ini bekerja secara kooperatif.

Pengaturan tingkat transkripsi oleh metilasi DNA

Pada kebanyakan tumbuhan tingkat tinggi, DNA sering dimodifikasi setelah sintesis
oleh perubahan enzimatik. Yang berperan disini adalah gugus metil 5 pada DNA. Sampai saat
ini belum diketahui ada bukti definitif peran metilasi dalam regulasi ekspresi gen eukariotik
apapun. Tetapi ada bukti yang tidak langsung seperti, (1) hubungan antara tingkat ekspresi
gen dengan derajat metilasi. Jika metilasi rendah, ekspresi gen tinggi. Jka metilasi tinggi,
ekspresi gen rendah (2) bentuk metilasi adalah pengkhususan jaringan (3) metilasi dapat
menimbulkan ekspresi gen yang tidak ada pada DNA menjadi ada. Langkah kunci dalam
setiap model untuk regulasi ekspresi gen atau diferensiasi melalui metilasi DNA melibatkan
pembentukan jaringan pola mathylation tertentu. Hipotesis yang paling popuar adalah bahwa
pola yang terbentuk selama pengembangan oleh jaringan demethylase tertentu, yang
menghapus kelompok methyl dari situs penting dalam gen yang dijadwalkan akan disajikan
dalam jenis sel tertentu.

Apakah Z DNA memainkan peran regulasi?

Salah satu penemuan yang lebih menarik pada dekade terakhir adalah bahwa
segmentasi DNA yang memiliki urutan di mana purin dan pyrimidin alternatif sepanjang
masing-masing untai dapat dari bandead kiri double helix. The watshon-krek B-bentuk DNA
adalah heliks ganda kanan banded. Novel kiri-banded heliks ganda dari DNA dinobatkan Z-
DNA untuk jalur berkelok-kelok dari gula-fosfat kembali tulang molekul.
Ada bukti bahwa z-DNA ada di wilayah interband raksasa kromosome kelenjar ludah
Drosophila melanogaster dan di macronucleus transcriptionally aktif bersilia protozoa
Stylonychia Mytilus. Petunjuk lain dari kemungkinan keterlibatan Z-DNA dalam mengatur
ekspresi gen adalah bahwa struktur protein regulator tertentu menunjukkan bahwa mereka
dapat mengikat dalam alur utama kidal helix ganda, tetapi tidak benar-tangan helix.

Struktur Kromatin: Sisi Sensitif Nuklease Berdekatan dengan Gen Aktif

Studi subsequence telah menunjukkan sensitivitas nuklease dari transcriptionally aktif
gen di beberapa organisme lainnya. Selain itu, sensitivitas nuklease bahan aktif gen telah
ditemukan untuk tergantung pada keberadaan ot dua protein histon kromosom non disebut
HMG 14 dan HMG 17 (HMG untuk kelompok mobilitas tinggi, protein-protein kecil dengan
mobilitas tinggi selama elektroforesis gel poliakrilamida).
Ketika kromatin diisolasi mengandung gen transcriptionally aktif diperlakukan
dengan konsentrasi yang sangat rendah dari DNAse I, molekul DNA yang dibelah di situs
tertentu saja. Beberapa situs hipersensitif telah menunjukkan untuk berbohong "hulu"
(berdekatan dengan ujung gen homolog ke 5 ujung mRNA) dari gen transcriptionally aktif.
KONTROL HORMON PADA EKSPRESI GEN
Hormon peptida seperti insulin dan hormon steroid seperti estrogen dan testosteron
merupakan dua jenis sistem sinyal yang digunakan dalam komunikasi antar sel. Pada hewan
tingkat tinggi, hormon disintesis dalam berbagai sel sekretori khusus dan dilepaskan ke dalam
aliran darah. Hormon steroid di sisi lain adalah molekul kecil yang mudah memasuki sel
melalui membran plasma. Setelah bagian dalam sel-sel sasaran yang tepat, hormon steroid
menjadi erat terikat pada protein reseptor spesifik.

Aktifasi transkripsi oleh hormon steroid

Histone disintesis, seperti DNA, selama fase S dari siklus sel. Ketika kromatin dari S-
fase (fase sintesis DNA) sel ditranskripsi in vitro, histone mRNA disintesis. Ketika kromatin
dari fase G1 (periode setelah selesainya mitosis, tetapi sebelum S) digunakan, tidak ada
Histon mRNA disintesis. Ketika non Histon ere dihapus dari fase G1 kromatin dan diganti
dengan protein kromosom non Histon dari S-fase kromatin dan kromatin dilarutkan ini
menuliskan in vitro histone mRNA disintesis.

Hormon Glukokortikoid Bekerja Melalui Elemen Peningkat

Efek hormon glukokortikoid telah dianalisis dengan menggunakan hormon sintetis
yang disebut dexamethasome. Hormon glukokortikoid bertindak dengan terlebih dahulu
mengikat protein reseptor yang hadir dalam sitoplasma sel target. Hormon-reseptor kompleks
protein kemudian accumulatesin inti sel dan mengikat urutan DNA tertentu disebut elemen
respon glukokortikoid (Gres). Dengan tidak adanya hormon, protein reseptor dikaitkan
dengan protein cytoplaasmic lain dan memiliki afinitas rendah untuk DNA. Kompleks
hormon-reseptor glukokortikoid mengaktifkan transkripsi gen target dengan mengikat urutan
GRE di enhancer berlokasi dekat masing-masing gen tersebut (gbr. 15.28). Pengikatan
hormon-reseptor untuk penambah pada gilirannya mengaktifkan promotor gen target yang
berdekatan.

Ecdison dan gumpalan kromosom pada lalat

Gumpalan ini sebenarnya adalah pita dari kromosom yang memanjang. Fenomena itu
disebut menggumpal. Selama perkembangan lalat diptera, hormon ecdison disekresikan dan
memicu pergantian kulit. Proses penggumpalan kromosom tadi terjadi pada saat molting. Jika
pada saat molting lalat disuntik dengan hormon ecdison, maka gumpalan kromosom yang
terjadi adalah identik dengan yang terjadi pada molting alami.

REGULASI MELALUI JALUR ALTERNATIF PENGGABUNGAN TRANSKRIP

Salah satu contoh yang paling spektakuler mode alternatif transkrip splicing terjadi
dalam kasus gen tropomyosin Drosophila dan vertebrata hewan. Tropomyosins adalah
keluarga protein yang terkait erat yang memediasi interaksi antara aktin dan troponin dan
dengan demikian membantu mengatur otot dan Nonmuscle, yang ditandai dengan adanya
isoform tropomyosin berbeda. Banyak contoh lain dari jalur alternatif dari penggabungan
transkrip diketahui.

REGULASI SIRKUIT KOMPLEKS EKSPRESI GEN PADA EUKARIOT

Menurut model Britten-davidson, gen sensor spesifik merupakan situs mengikat-
urutan tertentu yang merespon sinyal tertentu. Ketika gen sensor menerima sinyal yang tepat,
mereka mengaktifkan transkripsi gen integrator yang berdekatan. Integrator gen-produk
kemudian berinteraksi dengan cara-urutan tertentu dengan gen reseptor. Britten dan Davidson
mengusulkan agar integrator gen-produk yang RNA aktivator yang berinteraksi langsung
dengan gen reseptor untuk memicu transkripsi gen-gen penghasil bersebelahan. Namun,
mereka menunjukkan bahwa, secara resmi, itu akan membuat perbedaan apakah integrator
gen-produk aktif yang molekul RNA atau protein.
Jika kedua gen integrator dan gen reseptor yang berlebihan, sirkuit terpadu kompleks
ekspresi gen dapat dengan mudah dibuat. Sayangnya, pengujian validitas model tersebut
adalah jauh lebih sulit daripada menyusun mereka. Fitur yang paling menarik dari model
Britten dan Davidson adalah bahwa ia menyediakan alasan yang masuk akal untuk pola
diamati interspresion urutan DNA cukup repetitif dan urutan DNA tunggal copy. Bukti
langsung menunjukkan bahwa sebagian besar gen struktural memang urutan DNA tunggal
copy. Urutan DNA cukup berulang berdekatan akan berisi berbagai macam gen regulator,
menurut model Britten dan Davidson.