PLASMID DAN EPISOM, TRANSPOSABLE ELEMENT

RESUME

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika I

Yang dibina oleh Prof. Dr. agr. H. Moh. Amin, S.Pd, M.Si dan Andik Wijayanto, S.Si, M.Si

Oleh :

Kelompok 14 / Offering I

Ghalia Nowafi (150342607224)

Badrul Munir Arrosadi (150342607243)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

Februari 2017
Plasmid Dan Episom

Plasmid merupakan DNA yang membawa sejumlah gen dengan bentuk sirkular dan
melakukan replikasi sendiri. Plasmid berada di dalam sel dan replikasinya seperti replikasi
DNA seluler. Selain itu plasmid diartikan sebagai unit dari materi genetik yang mampu
melakukan replikasi secara mandiri yang diwariskan secara stabil dan berada di luar
kromosom. Plasmid hanya dimiliki oleh organisme prokariotik sedangkan pada organisme
eukariotik tidak memiliki plasmid. Kebanyakan plasmid dapat berintegrasi ke dalam dan
keluar dari kromosom. Plasmid bakteri dibagi menjadi tiga jenis, yaitu :

1. Plasmid F
Plasmid F berfungsi pada proses konjugasi karena memiliki faktor F. Simbol F+
digunakan untuk menunjukkan sel yang mengandung plasmid jantan sedangkan F-
menunjukkan sel-sel yang tidak memiliki faktor F yang berfungsi sebagai resipen
DNA sehingga disebut plasmid betina. Plasmid F bereplikasi di dalam sel jantan dan
sebuah salinannya ditransfer ke sel betina melalui saluran konjugasi yang
menghubungkan sel-sel tersebut.
2. Plasmid R
Plasmid R sebelumnya disebut dengan RTF atau resistensi faktor transfer.
Plasmid R mengandung gen resistensi terhadap antibiotik atau obat anti bakteri lain.
3. Plasmid Kol
plasmid Kol sebelumnya disebut faktor KoliKinogeniK, plasmid Coding untuk
mengkoding colicins yaitu adalah protein yang membunuh sel E.coli yang sensitif.
Bakteri semacam ini mampu mensintesis protein imunitas yang membuat sel-sel yang
mengandung kol tidak peka terhadap pengaruh bakteri kolisin yang dihasilkannya.

Plasmid bakteri diklasifikasikan menjadi dua cara. Klasifikasi pertama didasarkan

pada macam informasi genetik khusus yang dibawa oleh plasmid tersebut. Misalnya plasmid
R yang membawa gen resistensi antibiotik dan plasmid kol yang merupakan plasmid yang
mampu menspesifikan protein. Klasifikasi kedua didasarkan pada kenyataan bahwa beberapa
plasmid bersifat konjugal dan tidak konjugal (tidak dapat ditransmisikan).

Episom merupakan elemen genetik yang memiliki dua alternatif cara replikasi,
alternatif (1) sebagai bagian yang terintegrasi dalam kromosom utama (kromosom inang) dan
(2) sebagai elemen genetik autonom yang independen (berdiri sendiri) atau terpisah dari
kromosom utama inang. Istilah plasmid dan episom tidaklah sama. Kebanyakan plasmid
tidak ada dalam keadaan terintegrasi sehingga tidak dapat disebut episom, begitupula banyak
kromosom temperate phage, misalnya genom phage λ adalah episom tetapi bukan termasuk
plasmid.

Banyak sifat dari plasmid dan episom yang bergantung pada ada tidaknya urutan
DNA pendek yang disebut elemen pendek IS atau penyisipan urutan. Elemen IS juga terdapat
pada urutan kromosom inang. Urutan pendek ini bersifat transporsable yaitu mereka yang
bisa berpindah dari satu posisi ke posisi lain dalam satu kromosom atau berpindah dari satu
kromosom ke kromosom lain.

Element Transpesable atau Transposisi

Pada awalnya gen diasumsikan tidak dapat berpindah tempat. Namun pada
awal tahun 1940-an Mc. Clintock menemukan skuen DNA yang dapat berpindah yang
kemudian disebut dengan elemen transpesable atau transposon. Elemen genetik yang
berpindah dapat berupa satu gen atau beberapa gen yang bertaut dan dikenal sebagain
elemen genetik yang bertransposisi atau transposon. Elemen transposabel ini ditemukan
oleh B. McClintock melalui analisa ketidakstabilan genetik pada maizena yang berkaitan
dengan kerusakan kromosom dan ditemukan pada bagian dimana elemen transposabel ini
berada. Pada analisa McClintock, kerusakan dideteksi dengan hilangnya penanda genetik
tertentu. Pada beberapa eksperimen, McClintock menggunakan penanda yang
mengkontrol deposisi pigmentasi pada aleuron, membran terluar dari endosperm biji
maizena. Penanda tersebut adalah alel pada lokus C pada lengan pendek dari kromosom
9. Alel yang disebut CI ini, adalah inhibitor dominan dari pewarnaan aleuron sehingga biji
yang memiliki alel ini akan menjadi tidak berwarna.
Berdasarkan hasil penelitian, elemen transposable dapat ditemukan pada bakteri,
jamur, nematoda, insekta, tumbuhan dan mamalia. Transposon tersebar luas pada semua
organisme prokariotuk maupun eukariotik. Transposon dapat berperan sebagai mutagen
alami. Apabila perpindahan transposon tersebut masuk dalam daerah coding gene maka
dapat merubah penerjemahan gen tersebut sehingga mengakibatkan perbedaan ekspresi
gen dari sebelumnya atau dapat pula memajukan stop kodon karena gen yang berada di
belakang transposon tidak dapat diterjemahkan lagi. Transposon dapat menyebabkan
kerusakan pada kromosom termasuk kerusakan pada double strand, invensi dan
translokasi.
 Transposon digolongkan menjadi 3 kelompok, yaitu :
1. Transposon potong-tempel
Transposon ini dapat berpindah dari satu lokus ke lokus lain dengan cara dipotong
dari suatu lokus pada kromosom yang selanjutnya lokus tersebut ditempelkan pada
lokus lain yang terletak pada kromosom yang berbeda.
2. Transposon replikatif
Transposon ini melibatkan proses replikasi elemen DNA transposon.
3. Retrotransposon
Transposon ini mengalami transposon dengan melakukan transkripsi terbalik untuk
mengubah elemen genetik RNA menjadi DNA. Beberapa materi genetik yang
mempuyai proses ini erat kaitannya dengan retovirus.
Pada organisme prokariotik, misalnya E.coli diketahui ada empat elemen genetik yang
dapat bertransposon, yaitu :
1. Sekuens dan elemen penyisip (elemen IS) merupakan urutan neukleotida yang
mempunyai fungsi untuk proses transposisi sekuen itu sendiri. pengertian lain, elemen
IS merupakan elemen yang terorganisasi secara kompak, biasanya merupakan urutan
sandi tunggal dengan urutan yang sama atau hampir sama dan pendek pada kedua
ujungnya. Sekuens dan elemen penyisip adalah transposon paling sederhana dan
merupakan elemen genetik yang biasanya ada kromosom bakteri dan plasmid. Sekuen
ini mempunyai urutan neuklotida berulang balik pada kedua ujungnya dan satu gen
mengkode sintesis enzim transporase. Elemen ini berukuran kurang dari 2500
pasangan basa. Ketika elemen IS dimasukkan ke dalam kromosom atau plasmid,
mereka akan membentuk duplikasi DNA sekuen di lokasi penyisipan. Hasil duplikasi
terletak pada masing-masing sisi dari elemen tersebut dan disebut sebagai duplikasi
lokasi target. Elemen IS memediasi integrasi episom ke dalam kromosom bakteri.

Gambar 1.1 Struktur sekuens dan elemen penyisip (elemen IS)

2. Transposon Komposit atau Tn

 Transposon komposit merupakan tipe transposon yang membawa penanda genetik
tertentu, misalnya ketahanan terhadap antibiotik.Transposon ini termasuk tipe
transposon potong-tempel. Transposon ini tersusun atas dua duplikat elemen IS yang
identik. Sedanglan bagian sentral suatu transposon komposit merupakan segmen DNA
yang menjadi penanda genetim tertentu.
3. Elemen Tn3
Tn3 merupakan elemen dari kelompok transposon yang memiliki ulangan ujung
terbalik sepanjang 38-40 pasang nukelotid lebih besar dari pada elemen IS dan
biasanya mengandung gen yang dibutuhkan untuk transposisi. Terdapat tiga gen
dalam elemen Tn3 yaitu tnpA, tnpR, dan bla yang maisng-masing mengkode
transposease, resolvase, dan beta laktamase. Transposisi pada Tn3 terjadi dalam dua
tahap, yaitu :
1. Transposase memediasi penggabungan antara dua molekul sehingga membentuk
struktur yang disebut cointagrate. Selama proses ini transposon mengalami
replikasi dan masing-masing membentuk sambungan pada cointagrate.
2. Pengkodean tnpR, memutuskan mediasi rekombinasi pada lokasi yang spesifik
antara dua elemen Tn3. Tahapan ini muncul pada urutan di Tn3 yang disebut res,
lokasi resolusi, dan menyebabkan timbulnya dua molekul masing-masing dengan
kopian dari transposon.

Gambar 1.2 gambar transposon elemen Tn3

 4. Bakteriofag Mu
Bakteriofag Mu (Mu= mutator) merupakan bakteriofag lisogenik yang menggunakan
proses transposisi sebagai cara hidupnya. Bakteriofage Mu adalah virus temperate
yang genomnya mempunyai banyak kesamaan dengan elemen IS. DNA virus ini
berupa untai ganda dan genomnya lebih besar dari elemen IS, namun DNA ini mampu
menyisisp secara acak di dalam genom bakteri, maka akan terjadi mutasi seperti
ketika elemen IS menyisip ke genom. DNA tambahan pada bakteriofag tidak ikut
disisipkan ke dalam genom jika bakteriofag menginfeksi inang yang baru.
Pada organisme eukariotik, elemen genetik dapat berpindah pertama kali ditemukan
oleh Barbara McClintock yang meneliti transposisi pada genom maizena (sejenis jagung).
1. Transposon pada jagung
Barbara McClintock menganalisa ketidakstabilan genetik pada jagung yang berkaitan
dengan kerusakan kromosom dan ditemukan pada bagian dimana elemen transposabel
ini berada. Pada analisa McClintock, kerusakan dideteksi dengan hilangnya penanda
genetik tertentu. Pada beberapa eksperimen, McClintock menggunakan penanda yang
mengkontrol deposisi pigmentasi pada aleuron, membran terluar dari endosperm biji
maizena. Penanda tersebut adalah alel pada lokus C pada lengan pendek dari
kromosom 9. Alel yang disebut CI ini, adalah inhibitor dominan dari pewarnaan
aleuron sehingga biji yang memiliki alel ini akan menjadi tidak berwarna. Selanjutnya
Mc.Clintock mengawinkan bunga betina CC dengan polen dari bunga jantan CICI
akan menghasilkan biji yang CCI. Diindasikan hal ini terjadi karena adanya kerusakan
apda kromosom nomor 9 . Kejadian ini muncul secara berkala, selanjutnya Mc
Clintock memberikan nama faktor penyebab kerusakan dengan Ds (desosiasi). Pada
percobaan ini kromosom yang membawa alel CI juga mebawa faktor Ds. Faktor Ds
diaktifkan olh Ac (aktivator). Ds dan Ac ini kemudian disebut sebagai elemen
transposabel pada jagung. Transposon lain pada jagung yaitu Spm (Suppresor-
mutator) dan dSpm (deleted/defective Suppresor-mutator). Dinamakan SPm karena
elemen ini dapat menekan fungsi dari gen tempat gen tersebut diubah, terjadi ketika
elemen dSpm berinteraksi dengan Spm pada genom. Hal ini akan menyebabkan
berkurangnya reduksi ekspresi gen pewarnaan atau pigmentasi sehingga terbentuklah
biji jagung yang berwarna ungu.
2. Transposon pada ragi. Salah satu transposon yang ada pada khamir atau ragi adalah
elemen Ty yang ada dalam khamir misalnya elemen Ty1. Elemen ini merupakan
transposon yang termasuk kelompok retrotransposon.
Ada dua kelas retrotransposon yaitu :
1. Elemen yang menyerupai retrovirus
2. Retrospon
Elemen Ty1 mempunyai ukuran 5.9 kbp dan 35 duplikat per genom khamir. Elemen
ini mempunyai du ge yaitu TyA dan TyB yang homolog dengan gen gag dan pol pada
retrovirus.

Gambar1.3 Transposisi pada ragi (elemen Ty)

3. Transposon pada Drosophila
Transposon dapat ditemukan pada banyak hewan termasuk juga pada Drosophila.
Sebanyak 15% DNA Drosophila dapat berpindah. Beberapa transposon yang
teridentifikasi.
a. Retrotranspon. Kelompok terbesar dari Drosophila terdiri dari elemen yang
mirip dengan elemen retrovirus atau retrotransposon. Elemen ini terdiri dari
5000-15000 pasangan nukleotida panjang dan membentuk retrovirus yang
mirip seperti elemen Ty pada ragi.
b. Elemen P dan Hybrid Dysgenesis
Merupakan transposon yang menyebabkan disgenesis hibrid pada Drosophila.
Disgenesis merupakan peristiwa dimana persilangan antara induk yang
mempunyai tipe sel (sitotipe) M dengan induk tipe sel P akan menghasilkan
hibrid disgenik.
Pertanyaan
1. Apa perbedaan antara plasmid dan episom?
2. Apa perbedaan dari transposisi dan rekombinasi?
3. Bagaimana transposisi dapat menyebabkan terjadinya penyusunan genom suatu jasad?
4. Bagaimanakah proses terjadinya disgenesis hibrid pada Drosophila ?
Jawaban
1. Plasmid merupakanmolekul DNA ekstra kromosom, plasmid tidak dapat bergabung
dengan DNA kromosom. Sedangkan episom merupakan setiap jenis DNA ekstra
kromosom yang dapat berhubungan dengan DNA kromosom.
2. Ciri penting dari Transposisi adalah proses ini tidak tergantung pada ada tidaknya
hubungan antara urutan nukleotida pada DNA donor dengan DNA target, tetapi pada
rekombinasi khusus, pemotongan dan penyambungan molekul DNA dan DNA target
tidak disertai sintesis molekul DNA baru. Jika Transposisi melibatkan sintesis DNA
baru.Transposisi dapat menyebabkan terjadinya penyusnan kembali genom suatu
jasad.
3. Transposisi dapat menyebabkan terjadinya penyusnan kembali genom suatu jasad, hal
ini dapat terjadi misalnya karena ada dua duplikat transposon yang sama pada loksi
kromosom yang berbeda. Sehingga dapat menyebabkan rekombinasi antar duplikat
transposon tersebut. Rekombinasi semacam itu dapat membawa implikasi terjadinya
delesi, penyisipan, inversi atau translokasi.
4. Disgenesesis hibrid adalah suatu fenomena di mana persilangan antara induk yang
mempunyai tipe sel (sitotipe) M dengan induk tipe P menghasilkan hibrid yang
disgenik. Hybrid disgenik yaitu hibrid yang secara biologis defisien oleh karena hibrid
itu mandul, mempunyai laju mutasi tinggi, dan frekuensi abrasi koromosom tinggi.
Proses tersebut disebabkan oleh mobilisasi elemen P ke dalam gen-gen yang vital
sehingga terjadi mutasi.