RETROVIRUS DAN RETROTRANSPOSON (halaman 488 - 493)

Sebelum mempelajari retrotransposon maka pertama-tama kita harus memahami

retrovirus, karena kerjanya mirip dengan retrovirus (virus yang asam nukleatnya hanya terdiri
dari RNA tetapi virus ini dapat melakukan transkripsi balik contohnya HIV). Mekanisme
retrovirus kita gunakan untuk memahami retrotransposon. Retrovirus merupakan virus yang
mempunyai RNA dan dia memiliki enzim reverse transkirptase sehingga bisa melakukan
transkripsi balik.

Gambar 1. Siklus hidup virus HIV. (Snustad, dkk. 2012)

Virus HIV memiliki asam nukleat RNA untai tunggal tapi jumlahnya dua yang
ditempeli reveres transcriptase kemudian dibungkus oleh kaspsid protein serta ditempeli oleh
membran lipid, dimana pada membran lipid ini terdapat glukoprotien yang disebut gp120.
gp120 terdapat diluar, kemudian Sel T pada tubuh manusia memiliki resptor yakni CD4
yang nantinya akan menerima gp120 karena bisa menerima maka virus bisa masuk ke sel T.
Ketika CD4 berinteraksi dengan gp120 (dogging) setelah dogging maka kemudian viral core
bisa dimasukkan yakni protein yang membungkus RNA bisa dimasukkan. Setelah itu RNA
dikeluarkan ke sitoplasma sel T. RNA untai tunggal ini harus dimasukkan ke DNA inti,
dimana DNA inti ini terdiri dari DNA ditambah dengan untai ganda, oleh karena itu RNA
untai tunggal tadi harus menjadikan dirinya DNA melalui proses transkripsi balik. Setelah
terbentuk DNA maka dia harus digandakan dulu baru nantinya genom ini bisa masuk
kedalam inti. Selanjutnya terjadilah proses transkripsi di dalam inti yang akan menghasilkan
RNA. RNA ini nantinya ada yang tetap menjadi RNA dan ada yang dilanjutkan ke translasi
untuk membentuk protein, dimana protein ini nantinya akan digunakan untuk membentuk
buds virus kapsul maka terbentuklah HIV baru. Virus HIV keluar melalui pertunasan atau
budding, dan selanjutnya akan menginfeksi sel lain.

Retrotransposon dibagi menjadi dua yakni retrovirus-like element yang kedua yakni
retroposon. Retrovirus-like element merupakan elemen transposable dalam kelas
retrotransposon yang juga memiliki segmen LTR (Long Terminal Repeat) yang mirip dengan
retrovirus. Contoh dari Retrovirus-like element adalah Ty1 pada ragi. Ty1 pada ragi terdiri
atas segmen yang membawa 2 gen yakni TyA dan Tyb yang diapit oleh LTR TyA membawa
gen yang mengkode gen struktural sedangkan TyB membawa gen yang akan mengkode
reverse transkriptase. Elemen Ty1 ditranskripsikan untuk memproduksi RNA. Dimana RNA
ditranskripsi balik menjadi DNA oleh enzim yang dikode dengan gen TyB. Selanjutnya DNA
disisipkan kedalam kromosom dan membentuk salinan baru dari element Ty1. Lebih jelasnya
dapat dilihat pada gambar 2.

Gambar 2. Transposisi Element Ty1 pada ragi

Retrotransposon.

Hal yang membedakan retroposon dan Retrovirus-like element adalah retroposon tidak
memiliki LTR. Retrotransposon ini dapat ditemukan pada Drosophila.

Elemen transposable pada manusia: 44% genome manusia tersusun atas elemen transposable,
sehingga 44% genom manusia bisa berpindah-pindah. Tipe elem transposable tersebut antara
lain retroviruslike elemen, cut-and-paste trnasposon, LINEs (Long Interspaced Nuclear
Elements), dan SINEs (Short Interspaced Nuclear Elements).
GENETIK DAN SIGNIFIKANSI EVOLUSI DARI ELEMEN TRANSPOSABLE.
(halaman 496-499)

Transposon sebagai mutagen, gen yang terinsersi suatu gen, maka akan menyebabkan
perubahan materi genetik sehingga terjadilah mutasi. Yang menyebabkan mutasi ini adalah
mutagen, sehingga transposon dapat digunakan sebagai mutagen.

Taransformasi genetik dengan transposon.

Vektor adalah pembawa gen-gen. Elemen transposable dapat digunakan sebagai

vektor. Contohnya dapat dilihat pada element P yang ada pada Drosophila. Kita dapat
menyediakan elemen P lengakap atau complete P element kemudian transposase terletak
ditengah. Tapi kita juga bisa membuat elemen P yang tidak komplit, yakni tengahya tidak
ada, namun diganti dengan genom yang diinginkan misalkan ry+ setelah itu digabungkan
dengan plasmid dari bakteri. Selanjutnya disiapkan plasmid kedua yang membawa elemen P
komplit sehingga gen pengkode transposase juga ada. Selajutnya keduanya digabungkan
dnegan cara di mixture. Setelah itu dimasukkan ke organisme dengan harapan transpossase
yang dibawa plasmid ini juga dapat diekspresikan pada organisme yang disisipkan dan
menyebabkan organisme ini membawa sifa ry+.

Transposon dan organisasi genom.

Pengaturan genom melibatkan transposon. Beberapa daerah genom biasanya memiliki

banyak sekuens transposon. Pada Drosophila, transposon terkonsentrasi dalam
heterokromatin pusat dan dalam heterokromatin yang bersisian dengan eukromatin tiap
lengan kromosom. Beberapa bukti menunjukkan bahwa elemen transposable memainkan
peran dalam evolusi struktur kromosom. Salah satu mekanisme yang mungkin adalah pindah
silang antara transposon homolog yang terletak pada posisi berbeda dalam kromosom. Jika
dua transposon pada orientasi yang sama saling berpasangan dan mengalami pindah silang,
maka segmen di antaranya akan mengalami delesi. Pindah silang juga dapat terjadi antara
transposon yang terletak pada kromosom yang berbeda. Pindah silang antara transposon yang
berdekatan dapat menduplikasi atau mendelesi segmen kromosom.
Nova Fitriani Wahdah (160341801067)

1. Bagaimana RNA rantai tunggal virus HIV bisa masuk kedalam genom sel yang
merupakan DNA untai ganda?
Jawaban: Awalnya ada RNA untai tunggal yang berasal dari HIV. Ternyata pada untai
tunggal ini terdapat tRNA didaerah PBS sehingga untai tunggal pada PBS tertempeli
oleh tRNA. Pembentukan DNA membutuhkan ujung 3 OH bebas, dimana nantinya
primer (dalam kasus ini tRNA sebagai primer) ini bertindak sebagai penyedia ujung
3OH bebas. Dengan adanya primer maka waktunya RNA ditranskripsi balik menjadi
DNA. Dikarenakn sudah terbentuknya DNA maka RNA tidak dibutuhkan lagi yang
selanjutnya akan didegradasi, tetapi hanya terbatas pada daerah yang sudah
membentuk DNA yang akan didegradasi. Selanjutnya terjadilah suatu proses yang
disebut sebagai first jump (belum bisa dijelaskan bagaimana prosesnya). Selanjutnya
terjadilah pemanjangan DNA, sdangkan RNA yang sudah tidak dibutuhkan lagi
didegradasi oleh RNAse kecuali pada jalur polypurin. Dikarenakan DNA ini masih
tunggal maka jalur polipurin RNA dijadikan sebagai primer untuk mensintesis untai
DNA selanjutnya. Setelah untai DNA terbentuk maka primer RNA dan tRNA
dibuang. Selanjutnya terjadilah second jump, karena sudah tersedia 3OH bebas maka
pembentukan untai ganda dapat berlangsung.

2. Mengapa strand P harus berasal dari jantan sedangkan strand M harus berasal dari
betina menjadi syarat terjadinya hybridisgenesis?

Jawaban: peristiwa hibridgenesis dapat terjadi hanya dengan memenuhi syarat tersebut
dikarenakan elemen P merupakan elemen yang membawa obat agar tidak terjadi
hibridgenesis, dan obat ini diwarisi secara maternal. Obat tersebut berada pada
sitoplasma sel telur induk betina yang mengandung elemen P. Jika induk betina
mengandung elemen M maka tidak ada obat jika elemen P yang dibawa sperma
masuk kedalam sel telur pada saat terjadinya proses fertilisasi oleh karena itu
terjadilah hibridgenesis.

3. Bagaimanakah perbedaan antara plasmid dan episom padahal keduanya tidak

membawa gen esensial bagi kehidupan bakteri?

Jawaban: Plasmid merupakan elemen genetik ekstrakromosomal yang dapat bereplikasi

sendiri serta tidak pernah ada dalam keadaan terintegrasi, namun episom merupakan
elemen genetik yang mampu bereplikasi sendiri atau dapat terintegrasi secara kovalen
ke dalam kromosom bakteri inang. Kromosom fag pada fase lisogenik adalah episom
dan bukan plasmid.

Rujukan:
Gardner, E. J., Simmons, M. J., Snustad, D. P. 1984. Principle of Genetics Eight Edition.
New York: John Wiley & Sons, Inc