BIOTEKNOLOGI
NIM: 41204720115012
Fakultas: MIPA
Jurusan: Kimia
Kelas: Ekstensi
BOGOR
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Kehidupan ditandai oleh adanya proses metabolisme yang terjadi di dalam sel.
Metabolisme merupakan proses perubahan kimiawi dari satu bentuk ke bentuk yang
lainya, misalnya dari bentuk sederhana menjadi bentuk yang lebih rumit, atau sebaliknya.
Proses metabolisme melibatkan transformasi materi dan energi.
Penampilan morfologi yang merupakan fenotip dari suatu organism adalah hasil
proses metabolisme yang terjadi di dalam setiap sel penyusun organisme tersebut.
Keragaman morfologi di antara individu anggota suatu populasi sangat tergantung dari
keragaman proses dan hasil metabolisme yang terjadi pada masing-masing individu.
Perbedaan warna bunga dari satu varietas dengan varietas lain tergantung dari proses
metabolism yang terjadi di dalam sel dari varietas yang bersangkutan.
Proses metabolisme di dalam sel merupakan reaksi biokimia yang dikatalis oleh
enzim tertentu, sehingga keragaman proses dan hasil metabolism ditentukan oleh enzim
yang terlibat dalam reaksi tersebut. Keragaman enzim (baik struktur maupun susunan
asam aminonya) itu sendiri sangat ditentukan oleh susunan cetakannya yaitu asam
deoksiribonukleat (DNA). Ruas DNA yang menjadi cetakan untuk mensintesis enzim
(protein) yang disebut dengan gen, sehingga gen merupakan pengendali proses
metabolisme atau pengendali kehidupan. Keragaman morfologi suatu organisme
merupakan penampakan gen-gennya.
B. Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud dengan Gen?
2. Apa saja fungsi dari gen?
3. Bagaimana sifat dari gen?
4. Jelaskan tahapan dari ekspresi gen?
5. Jelaskan regulasi pada ekspresi gen?
C. Tujuan
Adapun tujuan dari pembuatan makalah ini adalah sebagai berikut.
1. Mengetahui yang dimaksud dengan gen
2. Mengetahui fungsi gen
3. Mengetahui sifat gen
4. Mengetahui ekspresi gen
5. Mengetahui regulasi pada ekspresi gen
BAB II
PEMBAHASAN
A. Definisi Gen
Gen merupakan sebuah unit informasi genetik yang tersandi dalam genetika. Gen adalah
unit molekul DNA atau RNA yang membawa informasi mengenai urutan asam amino
lengkap suatu protein, atau yang menentukan struktur lengkap suatu molekul rRNA
(RNA ribosom) atau tRNA (transfer RNA). Terlibat dalam mengkode protein dan
mewariskan keturunan. Fungsi gen yaitu mengatur perkembangan dan proses
metabolisme serta menyampaikan informasi genetika dari suatu generasi ke generasi
berikutnya.
Gen terbagi menjadi dua yaitu, genotip dan fenotip. Genotip suatu organisme adalah
susunan genetiknya, termasuk informasi di dalam gennya. Segala karateristik potensial
dan sifat suatu organisme tersandi pada genotipnya. Fenotip suatu organisme adalah sifat
yang sesungguhnya atau yang terekspresi.
Letak gen dalam kromosom yaitu setiap gen menempati lokus tertentu yang tetap dalam
kromosom. Lokasi yang diperuntukkan bagi gen dalam kromosom disebut Lokus
(kromomer). Gen-gen yang membawa sifat bagian tubuh yang sama dan lokusnya
bersesuaian disebut gen homolog. Lokus tertentu dapat mengandung satu gen atau lebih.
B. Fungsi Gen
Gen merupakan substansi hereditas yang memiliki fungsi seperti berikut.
1. Menyampaikan informasi genetika dari generasi ke generasi.
2. Mengontrol dan mengatur metabolisme dan perkembangan tubuh.
Proses reaksi kimia dalam tubuh dapat terjadi secara berurutan. Pada setiap tahap
reaksinya diperlukan enzim. Pembentukan dan pengontrolan kerja enzim tersebut
dilakukan oleh gen. Pada proses perkembangan yang memerlukan hormon juga
diatur oleh gen.
3. Menentukan sifat-sifat pada keturunannya. Seperti dicontohkan pada fakta di
depan. Sifat-sifat tersebut dapat berupa warna kulit, bentuk rambut, bentuk badan,
dan lain-lain.
C. Sifat sifat gen
Gen-gen yang menampakkan senyawa kimia sebagai substansi hereditas mempunyai
sifat-sifat sebagai berikut.
1. Sebagai zarah tersendiri yang terdapat dalam kromosom.
2. Mengandung informasi genetik.
3. Dapat menduplikasi diri saat terjadi pembelahan sel.
4. Mempunyai tugas khusus sesuai fungsinya.
5. Kerjanya ditentukan oleh susunan kombinasi basa nitrogennya.
D. Ekspresi Gen
Ekspresi gen merupakan proses dimana informasi yang dikode di dalam gen terjemahkan
menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Pogmasentral mengenai ekspresi
gen, yaitu DNA yang membawa informasi genetic yang ditranskripsi oleh RNA, dan
RNA diterjemahkan menjadi polipeptida. Ekspresi gen merupakan sintesis protein yang
terdiri dari 2 tahap yaitu:
1. Tahap pertama urutan rantai nukleutida tempale (cetakan) dari suatu DNA untai ganda
disalin untuk menghasilkan satu rantai molekul RNA. Proses ini disebut transkripsi
dan berlangsung di inti sel.
2. Tahap kedua merupakan sintesis polipeptida dengan urutan spesifik berdasarkan
rantai DNA yang dibuat pada tahap pertama, proses ini disebut translasi.
Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat suatu organism oleh gen. Suatu sifat yang
dimiliki oleh organism merupakan hasil metabolism yang terjadi di dalam sel. Proses
metaboisme dapat berlangsung karena adanya enzim yang berfungsi sebagai katalisator
proses-proses biokimia. Enzim dan protein lainnya diterjemahkan dari urutan nukleotida
yang ada pada molekul mRNA, dan molekul mRNA itu sendiri disintesis berdasarkan
utas cetakan DNA. Gen tersusun dari molekul DNA, sehingga gen menentukan sifat
suatu organism.
1. Transkripsi
Transkripsi merupakan proses pembentukan molekul RNA dengan menggunakan
DNA sebagai cetakannya. Tidak semua bagian DNA akan ditranskripsikan, tetapi
hanya bagian tertentu saja. Bagian tertentu tersebut disebut dengan gen. keseluruhan
DNA baik gen maupun sekuensi DNA bukan penyandi (non-coding) yang dikandung
oleh suatu organism disebut genom. Ruas DNA uang ditranskripsikan dibatasi oleh
prometer dan terminator. Hanya satu dari dua utas DNA yang digunakan sebagai
cetakan sintesis RNA. Utas DNA yang digunakan sebagai cetakan bagi sintesis RNA
disebut dengan utas cetakan (template), sedangkan utas yang lain disebut utas
pendamping. Walaupun hanya satu utas yang berfungsi sebagai cetakan, tetapi tidak
selalu utas yang sama digunakan sebagai utas cetakan sepanjang molekul DNA di
dalam genom suatu organism. Jadi pada gen, utas yang satu digunakan sebagai
cetakan, tetapi pada gen lainnya kemungkinan utas yang lain digunakan sebagai
cetakan. Sintesis RNA mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis
DNA, yaitu
a. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan
sumber basa untuk DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak
berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi tetapi
digantikan oleh urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah
adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan
uridin trifosfat (UTP).
b. Adanya molekul cetakan berupa untai DNA. Dalam hal ini hanya salah satu di
antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis
molekul RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer
dengan urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens.
Sementara itu, untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama
dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun demikian,
sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang
salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat
berselang-seling di antara kedua untai DNA.
c. Sintesis berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya arah sintesis DNA.
d. Gugus 3- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan
dua atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi
polimerisasi DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase,
melainkan RNA polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim
ini terletak pada kemampuan enzim RNA polimerase untuk melakukan inisiasi
sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.
Tahap-tahap transkripsi
Transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan promoter, inisiasi,
elongasi, dan teminasi. Masing-masing akan dijelaskan sebagai berikut.
a. Enzim RNA polimerase mengikat untai DNA cetakan pada suatu daerah yang
mempunyai urutan basa tertentu sepanjang 20 hingga 200 basa. Daerah ini
dinamakan promoter. Baik pada prokariot maupun eukariot, promoter selalu
membawa suatu urutan basa yang tetap atau hampir tetap sehingga urutan ini
dikatakan sebagai urutan konsensus. Pada prokariot urutan konsensusnya adalah
TATAAT dan disebut kotak Pribnow, sedangkan pada eukariot urutan
konsensusnya adalah TATAAAT dan disebut kotak TATA. Urutan konsensus
akan menunjukkan kepada RNA polimerase tempat dimulainya sintesis.
Kekuatan pengikatan RNA polimerase oleh promoter yang berbeda sangat
bervariasi. Hal ini mengakibatkan perbedaan kekuatan ekspresi gen.
b. Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada
suatu tempat di dekat daerah promoter, yang dinamakan tempat awal
polimerisasi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tempat ini dan
sintesis RNA pun segera dimulai.
c. Selama sintesis RNA berlangsung RNA polimerase bergerak di sepanjang
molekul DNA cetakan sambil menambahkan nukleotida demi nukleotida kepada
untai RNA yang sedang diperpanjang.
d. Molekul RNA yang baru saja selesai disintesis, dan juga enzim RNA polimerase,
segera terlepas dari untai DNA cetakan begitu enzim tersebut mencapai urutan
basa pengakhir (terminasi). Terminasi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu
terminasi yang hanya bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi
diri) dan terminasi yang memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein
rho). Di antara keduanya terminasi diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri
terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin (A).
Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang
berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa
basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung
terminasi berbentuk batang dan kala (loop) seperti pada Gambar 2.3.
Gambar 2.3 Terminasi sintesis RNA menghasilkan ujung
berbentuk batang dan kala
Macam-macam RNA
Transkripsi DNA menghasilkan molekul RNA yang kemudian akan mengalami
diferensiasi struktur sesuai dengan fungsinya masing-masing. Kita mengenal tiga
macam RNA, yaitu
a. RNA duta atau messenger RNA (mRNA), yang mempunyai struktur linier
kecuali bagian ujung terminasinya yang berbentuk batang dan kala (Gambar
10.3). Molekul mRNA membawa urutan basa yang sebagian di antaranya akan
ditranslasi menjadi urutan asam amino. Urutan basa yang dinamakan urutan
penyandi (coding sequences) ini dibaca tiga demi tiga. Artinya, tiap tiga basa
akan menyandi pembentukan satu asam amino sehingga tiap tiga basa ini
dinamakan triplet kodon. Daftar triplet kodon beserta asam amino yang
disandinya dapat dilihat pada Tabel 10.1. Pada prokariot bagian mRNA yang
tidak ditranslasi terletak di depan urutan penyandi (disebut pengarah atau leader)
dan di antara dua urutan penyandi (disebut spacer sequences atau noncoding
sequences). Sementara itu, pada eukariot di samping kedua bagian tadi ada juga
bagian di dalam urutan penyandi yang tidak ditranslasi. Bagian inilah yang
dinamakan intron seperti telah dijelaskan di atas. Molekul mRNA pada prokariot
sering kali membawa sejumlah urutan penyandi bagi beberapa polipeptida yang
berbeda. Molekul mRNA seperti ini dinamakan mRNA polisistronik. Dengan
adanya mRNA polisistronik, sintesis beberapa protein yang masih terkait satu
sama lain dapat diatur dengan lebih efisien karena hanya dibutuhkan satu sinyal.
Pada eukariot hampir tidak pernah dijumpai mRNA polisistronik.
b. RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA), yang strukturnya mengalami
modifikasi hingga berbentuk seperti daun semanggi. Seperti halnya struktur ujung
terminasi mRNA, struktur seperti daun semanggi ini terjadi karena adanya urutan
palindrom yang diselingi oleh beberapa basa (Gambar 10.4). Pada salah satu
kalanya, tRNA membawa tiga buah basa yang komplemeter dengan triplet kodon
pada mRNA. Ketiga basa ini dinamakan antikodon. Sementara itu, pada ujung
3-nya terdapat tempat pengikatan asam amino tertentu. Pengikatan yang
membentuk molekul aminoasil-tRNA ini terjadi dengan bantuan enzim
aminoasil-tRNA sintetase. Dalam hal ini gugus hidroksil (OH) pada ujung 3
tRNA terikat sangat kuat dengan gugus karboksil (COOH) asam amino. Macam
asam amino yang dibawa ditentukan oleh urutan basa pada antikodon. Jadi, ada
beberapa macam aminoasil-tRNA sesuai dengan antikodon dan macam asam
amino yang dibawanya.
Telah dikatakan di atas bahwa transkripsi merupakan proses sintesis RNA yang
dikatalisis oleh enzim RNA polimerase. Berikut ini akan diuraikan sekilas enzim
RNA polimerase pada prokariot, khususnya pada bakteri E.coli, promoter s70, serta
proses transkripsi pada organisme tersebut.
Enzim RNA polimerase pada E. coli sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit,
yaitu alfa (a), beta (b), beta prima (b), omega (w), dan sigma (s). Pada bentuk
lengkapnya, atau disebut sebagai holoenzim, terdapat dua subunit a dan satu subunit
untuk masing-masing subunit. Holoenzim RNA polimerase diperlukan untuk inisiasi
transkripsi.
Laju sintesis RNA oleh RNA polimerase E. coli dapat mencapai sekitar 40 nukleotida
per detik pada suhu 37C. Untuk aktivitasnya enzim ini memerlukan kofaktor Mg2+.
Setiap berikatan dengan molekul DNA enzim RNA polimerase E. coli dapat
mencakup daerah sepanjang lebih kurang 60pb.
Ada tiga macam kompleks RNA polimerase, yang masing-masing diperlukan untuk
transkripsi tipe-tipe gen eukariot yang berbeda. Perbedaan ketiga macam RNA
polimerase tersebut dapat diketahui melalui pemurnian menggunakan teknik
kromatografi dan elusi pada konsentrasi garam yang berbeda. Masing-masing RNA
polimerase mempunyai sensitivitas yang berbeda terhadap toksin jamur -amanitin,
dan hal ini dapat digunakan untuk membedakan aktivitasnya satu sama lain.
a. RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim
ini terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap -amanitin.
b. RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan
beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam
nukleoplasma dan sangat sensitif terhadap -amanitin.
c. RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6
snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam
nukleoplasma dan agak sensitif terhadap -amanitin.
Model operon
Mekanisme molekuler induksi dan represi telah dapat dijelaskan menurut
model yang diajukan oleh F. Jacob dan J. Monod pada tahun 1961. Menurut model
yang dikenal sebagai operon ini ada dua unsur yang mengatur transkripsi gen
struktural penyandi enzim, yaitu gen regulator (gen represor) dan operator yang
letaknya berdekatan dengan gen-gen struktural yang diaturnya. Gen regulator
menyandi pembentukan suatu protein yang dinamakan represor. Pada kondisi
tertentu represor akan berikatan dengan operator, menyebabkan terhalangnya
transkripsi gen-gen struktural. Hal ini terjadi karena enzim RNA polimerase tidak
dapat memasuki promoter yang letaknya berdekatan, atau bahkan tumpang tindih,
dengan operator.
Secara keseluruhan setiap operon terdiri atas promoter operon atau promoter
bagi gen-gen struktural (PO), operator (O), dan gen-gen struktural (GS). Di luar
operon terdapat gen regulator (R) beserta promoternya (PR), molekul protein
represor yang dihasilkan oleh gen regulator, dan molekul efektor. Molekul efektor
pada induksi adalah induser, sedangkan pada represi adalah korepresor.
a) komponen operon b)
induksi c) represi
Pada Gambar 2.6 terlihat bahwa terikatnya represor pada operator terjadi
dalam keadaan yang berkebalikan antara induksi dan represi. Pada induksi represor
secara normal akan berikatan dengan operator sehingga RNA polimerase tidak dapat
memasuki promoter operon. Akibatnya, transkripsi gen-gen struktural tidak dapat
berlangsung. Namun, dengan terikatnya represor oleh induser, promoter operon
menjadi terbuka bagi RNA polimerase sehingga gen-gen struktural dapat
ditranskripsi dan selanjutnya ditranslasi. Dengan demikian, gen-gen struktural akan
diekspresikan apabila terdapat molekul induser yang mengikat represor.
Operon yang terdiri atas gen-gen yang ekspresinya terinduksi dinamakan
operon induksi. Salah satu contohnya adalah operon lac, yang terdiri atas gen-gen
penyandi enzim pemecah laktosa seperti telah disebutkan di atas.
Sebaliknya, pada represi secara normal represor tidak berikatan dengan operator
sehingga RNA polimerase dapat memasuki promoter operon dan transkripsi gen-gen
struktural dapat terjadi. Akan tetapi, dengan adanya korepresor, akan terbentuk
kompleks represor-korepresor yang kemudian berikatan dengan operator. Dengan
pengikatan ini, RNA polimerase tidak dapat memasuki promoter operon sehingga
transkripsi gen-gen struktural menjadi terhalang. Jadi, ekspresi gen-gen struktural
akan terepresi apabila terdapat molekul korepresor yang berikatan dengan represor.
Gen-gen yang ekspresinya dapat terepresi merupakan komponen operon yang
dinamakan operon represi. Operon trp, yang terdiri atas gen-gen penyandi enzim
untuk biosintesis triptofan merupakan contoh operon represi.
Pengaturan transkripsi
Berdasarkan atas banyaknya salinan di dalam tiap sel, molekul mRNA dapat
dibagi menjadi tiga kelompok, yaitu (1) mRNA salinan tunggal (single copy), (2)
mRNA semiprevalen dengan jumlah salinan lebih dari satu hingga beberapa ratus per
sel, dan (3) mRNA superprevalen dengan jumlah salinan beberapa ratus hingga
beberapa ribu per sel. Molekul mRNA salinan tunggal dan semiprevalen masing-
masing menyandi enzim dan protein struktural. Sementara itu, mRNA superprevalen
biasanya dihasilkan sejalan dengan terjadinya perubahan di dalam suatu tahap
perkembangan organisme eukariot. Sebagai contoh, sel-sel eritroblas di dalam
sumsum tulang belakang mempunyai sejumlah besar mRNA yang dapat ditranslasi
menjadi globin matang. Di sisi lain, hanya sedikit sekali atau bahkan tidak ada globin
yang dihasilkan oleh sel-sel prekursor yang belum berkembang menjadi eritroblas.
Dengan demikian, kita dapat memastikan adanya suatu mekanisme pengaturan
ekspresi gen penyandi mRNA superprevalen pada tahap transkripsi eukariot meskipun
hingga kini belum terlalu banyak rincian prosesnya yang dapat diungkapkan.
Salah satu regulator yang diketahui berperan dalam transkripsi eukariot adalah
hormon, molekul protein kecil yang dibawa dari sel tertentu menuju ke sel target.
Mekanisme kerja hormon dalam mengatur transkripsi eukariot lebih kurang dapat
disetarakan dengan induksi pada prokariot. Namun, penetrasi hormon ke dalam sel
target dan pengangkutannya ke dalam nukleus merupakan proses yang jauh lebih
rumit bila dibandingkan dengan induksi oleh laktosa pada E. coli.
Secara garis besar pengaturan transkripsi oleh hormon dimulai dengan
masuknya hormon ke dalam sel target melewati membran sel, yang kemudian
ditangkap oleh reseptor khusus yang terdapat di dalam sitoplasma sehingga terbentuk
kompleks hormon-reseptor. Setelah kompleks ini terbentuk biasanya reseptor akan
mengalami modifikasi struktur kimia. Kompleks hormon-reseptor yang termodifikasi
kemudian menembus dinding nukleus untuk memasuki nukleus. Proses selanjutnya
belum banyak diketahui, tetapi rupanya di dalam nukleus kompleks tersebut, atau
mungkin hormonnya saja, akan mengalami salah satu di antara beberapa peristiwa,
yaitu (1) pengikatan langsung pada DNA, (2) pengikatan pada suatu protein efektor,
(3) aktivasi protein yang terikat DNA, (4) inaktivasi represor, dan (5) perubahan
struktur kromatin agar DNA terbuka bagi enzim RNA polimerase.
Contoh induksi transkripsi oleh hormon antara lain dapat dilihat pada stimulasi
sintesis ovalbumin pada saluran telur (oviduktus) ayam oleh hormon kelamin
estrogen. Jika ayam disuntik dengan estrogen, jaringan-jaringan oviduktus akan
memberikan respon berupa sintesis mRNA untuk ovalbumin. Sintesis ini akan terus
berlanjut selama estrogen diberikan, dan hanya sel-sel oviduktus yang akan
menyintesis mRNA tersebut. Hal ini karena sel-sel atau jaringan lainnya tidak
mempunyai reseptor hormon estrogen di dalam sitoplasmanya.
A. Kesimpulan
1. Ekspresi gen ialah proses transformasi informasi genetic melalui transkripsi dan
translasi, untuk pembentukan protein atau enzim.
2. Regulasi ekspresi gen ialah mekanisme pengaturan ekspresi gen