PROGRAM PASCASARJANA
PRODI MAGISTER PENDIDIKAN BIOLOGI
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
BANDA ACEH
2018
REPLIKASI PADA SEL PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK
DNA merupakan molekul hidup karena mampu melakukan penggandaan
diri (replikasi). Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis karena DNA mampu
mensistesis dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA.
Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari
rantai nukleotida lama. Prosesnya dengan menggunakan komplementasi pasangan
basa untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul
DNA lama. Proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim
polimerase, dan ligase.
Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA
mampu mensisntesis diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya
sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama melalui proses
menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul
DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama, proses yang terjadi tersebut
dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase (Necel, 2009).
Replikasi DNA bersifat semikonservatif, yaitu kedua untai tunggal DNA
bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA baru; seluruh untai
tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari nukleotida-
nukleotida (Necel, 2009).
1
Enzim/protein yang berperanan dalam inisiasi replikasi DNA pada
prokaryot:
Tabel 1.1. Enzim/protein yang berperanan dalam inisiasi replikasi DNA pada
prokaryot
Ukuran
Jumlah/
Nama Peranan (dalton) Gen
sel
Jumlah/ sel
HU Membengkokkan
molekul DNA untuk
proses pembentukan
untaian DNA
2
Replikasi kromosom bakteri bisa dibagi ke dalam tiga tahap: inisiasi,
elongasi, dan terminasi. Inisiasi yakni pembentukan garpu-garpu replikasi pada
molekul awal. Elongasi menggambarkan perkembangan garpu-garpu ini
mengelilingi kromosom, serentak dengan sintesis DNA atau pertumbuhan rantai.
Terminasi yakni penggabungan garpu-garpu yang saling mendekati, menghasilkan
dua kromosom sempurna yang dapat berpisah satu sama lain.
Replikasi kromosom bakteri sepanjang 5.000 kb memakan waktu sekitar 40
menit dan terjadi dalam seluruh siklus pembelahan bakteri. Maka, setiap garpu
mereplikasikan sekitar 50kb DNA per menit. (Dalam sel eukariot, replikasi DNA
terbatas pada bagian siklus pembelahan sel mitosis yang disebut fase S, yang bisa
berlangsung selama beberapa jam). Laju replikasi DNA dikoordinasikan dengan
laju pembelahan sel. Maka, kultur bakteri yang tumbuh dalam medium kaya akan
memiliki waktu pembentukan yang pendek dan harus menjalankan replikasi
kromosom lebih cepat daripada yang ditumbuhkan dalam medium miskin dimana
pembentukannya mungkin tiga sampai empat kali lebih lama.
Seperti diketahui, replikasi suatu replikon bisa dibagi ke dalam tiga tahap
yakni inisiasi, elongasi, dan terminasi. Selama fase elongasi, pertumbuhan rantai
DNA berlangsung pada garpy replikasi. Ini adalah tahap yang bagus untuk meneliti
beberapa enzim penting dan protein lain yang terlibat dalam replikasi. Proses seperti
ini yang terjadi dalam bakteri E.coli adalah yang paling dipahami, dan bermanfaat
sebagai prototipe untuk sistem lain. Beberapa enzim dan protein terlibat
didalamnya.
Enzim yang bertanggung jawab untuk sintesis rantai DNA baru pada garpu
replikasi yakni enzim DNA polimerase. Enzim ini memakai untai DNA tunggal
yang terbuka gulungannya sebagai templat. Terdapat tiga macam DNA polimerase
dalam E.coli, yakni DNA polimerase I,II, dan III. DNA polimerase I adalah yang
paling melimpah, dan DNA polimerase III adalah yang paling sedikit. Kedua enzim
ini mempunyai peran penting dalam keseluruhan proses replikasi DNA. Peranan
polimerase II belum diketahui dengan jelas.
Fase elongasi dari replikasi DNA dalam bakteri tampak melibatkan banyak
enzim dan protein, yang sebagian bergabung dengan kompleks fungsional terpisah
3
seperti holoenzim DNA polimerase III. Inisiasi replikasi juga menggunakan
beberapa protein, dan mutasi pada gennya sangat membantu dalam
mengidentifikasi protein-protein ini.
Mutasi yang mempengaruhi replikasi disebut mutasi DNA. Banyak mutasi
yang telah diidentifikasi pada E.coli mengkode untuk berbagai protein yang
berkaitan dengan pertumbuhan rantai DNA pada garpu replikasi. Sebagai contoh,
gen dnaG mengode untuk primase (protein Dna G). Namun sebagian mengkode
protein dengan melibatkan inisiasi siklus replikasi pada ori C. Contoh untuk gen
seperti ini misalnya dnaA, B dan C.
Replikasi DNA kromosom prokariot, khususnya bakteri, sangat berkaitan
dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat
buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9
pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga
inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju
pertumbuhan sel yang sangat tinggi, DNA kromosom prokariot dapat mengalami
reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk, sebelum putaran replikasi yang
pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom
yang sebagian telah bereplikasi.
Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40
buah molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori
akan mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi
superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga
terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif
sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya
pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim yang akan
menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai
DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi
oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (SSB)
untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi.
Enzim DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA
4
primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah.
Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain
DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran
baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami
ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu
topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini
merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat
mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.
Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai
pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang
disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000
hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DNA B dan DNA primase.
Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan
mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks
multisubunit ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan
separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada
kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang sama.Masing-masing bagian
dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai fungsi
polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi penyuntingan
berupa eksonuklease 3’–5’. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan
polimerase pada DNA.
Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III,
mereka akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer
tersebut diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5’– 3’,
eksonuklease 5’ – 3’, dan eksonuklease penyuntingan 3’ – 5’. Eksonuklease 5’-3’
membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan.
Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase.
Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini
membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan
adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap
detik.
5
Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180°C dari ori. Di
sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan
garpu replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu
inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil
replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV.
Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua
sel hasil pembelahan.
6
B. Replikasi DNA pada Eukariotik
Pada eukariot, proses replikasi DNA adalah sama dengan replikasi dari bakteri
atau DNA prokariotik dengan beberapa modifikasi kecil. Pada eukariot, molekul
DNA lebih besar daripada di prokariot dan tidak melingkar, juga banyak tempat
untuk memulai replikasi.
Tabel 1.2. Macam dan Kemungkinan peranan DNA polimerase eukariotik
Enzim Peranan
DNA polimerase α Mengawali replikasi pada kedua untaian
DNA polimerase δ Pmanjangan kedua untaian
DNA polimerase β Reparasi DNA
DNA polimerase ε Reparasi DNA
DNA polimerase γ Reparasi DNA mitokondria
Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase.
Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang
disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases
(CDKs), yang akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan
sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein
yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ORI.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, fork replikasi pada
eukariot bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan
penyalinan, DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada fork replikasi sehingga
gerakan fork replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan
kecepatan seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul
DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri dari 20 hingga 50 replikon
mengalami inisiasi secara bersamaan pada waktu tertentu selama fase S. Deretan
yang mengalami inisiasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang
agak lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan telomer dari DNA
bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas struktur
kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariot, satu atau beberapa DNA helikase dan SSB yang
disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan
7
untuk memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang
berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai
tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantua aktivitas primase yang
merupakan enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan
meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA
polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik
DNA polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA
polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh
adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen
(PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III
pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga
mengalami penggandaan selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan
dengan garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin
tersebut dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA
yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu
bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan
dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada
DNA yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5’ untai
tertinggal. Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk
mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus
sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3’
melampaui ujung 5’. Enzim telomerase mengandung molekul RNA pendek, yang
sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini
akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada
ujung 3’. Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami
penekanan di dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun
akan menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika
pemendekan mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan
menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses
8
penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada
kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
Proses replikasi genom pada eukariot dapat dibagi kedalam tahapan:
1. Mekanisme Replikasi pada Eukariotik
Proses pengenalan genom pada eukariot dapat dibagi kedalam tahapan:
Pengenalan titik ORI (titik awal replikasi)
Titik awal replikasi dinamakan Ori C, dapat dikenali oleh enzim Dna A yang
dihasilkan oleh gen dnaA (pada E.coli) Terdapat berbagai jenis DnaA dan jenis
Ori pada berbagai organisme, sehingga Satu jenis DNA dari satu organisme
belum tentu dapat bereplikasi pada organisme lain, karena tidak cocok Ori
dengan Dna A.
Penguraian pilinan heliks ganda
1. Memutuskan ikatan hidrogen antara basa-basa dari utasan yang berpasangan,
memisahkan kedua utasan pada heliks ganda
2. Mencegah utasan tunggal yang terbentuk berpasangan kembali membentuk
heliks ganda
3. Melindungi dari kerusakan akibat enzim nuklease yang banyak terdapat
dalam sel.
4. Semua pekerjaan ini dilakukan oleh enzim helikase, girase DNA, dan protein
SSB (single strand Binding protein)
Helikase merupakan Kelompok protein yang berfungsi menghilangkan ikatan
hidrogen heliks ganda dan memisahkan menjadi utas tunggal. Jenis-jenis helikase
lain antara lain Helikase I (hasil gen tra I pada plasmid F) berperan dalam replikasi
plasmid. Helikase II, III. Girase menghilangkan tegangan superheliks.
Enzim ini merupakan topoisomerase tipe II berfungsi untuk menghilangkan
tegangan pada superheliks positif dengan cara membuka pilinan kearah negatif.
Girase disusun oleh 2 jenis subunit protein yaitu: Sub unit A oleh gen gyr A dan
Sub unit B oleh gen gyr B.
Protein SSB melindungi utas tunggal
Kelompok protein khusus menempel dan berasosiasi dengan DNA utas
tunggal, melindungi DNA dari serangan nuklease, yang dapat
9
menghalangi transkripsi.Peran utamanya: Menstabilkan dan melindungi utas
tunggal yang terbentuk selama replikasi DNA, perbaikan DNA dan rekombinasi.
10
perpanjangan untai TxGy oleh telomerase, pelengkap untai CyAx disintesis oleh
DNA polimerase selular, dimulai dengan sebuah primer RNA.
11
Karena sel-sel prokariotik memiliki struktur yang lebih sederhana dari sel
eukariotik, proses replikasi DNA sel prokariotik lebih sederhana. Untuk satu, sel
prokariotik tidak memiliki nukleus di mana materi genetik ditemukan. Replikasi
terjadi dalam sitoplasma sel prokariotik sedangkan replikasi sel eukariotik terjadi
di inti.
12
Tabel 1.3. tabel perbedaan replikasi DNA pada sel prokariotik dan sel eukariotik
13
DAFTAR PUSTAKA
Agus, Rosana dan Sjafaranain. 2014. Penuntun Praktikum Genetika.Makassar.
14