Manipulasi Genom dan Aplikasi

Manipulasi Genom dan Aplikasi

1. Proyek genom manusia

2. Teknologi DNA rekombinan
3. Regulasi dan pengendalian eksperimentasi DNA
rekombinan

2
Proyek Genom Manusia
• Genom adalah set lengkap DNA yang dimiliki oleh suatu organisme termasuk gen-
gen orisinalnya.
• Setiap genom memiliki semua informasi yang diperlukan organisme untuk tumbuh,
berkembang, dan mengatur seluruh aktivitas tubuhnya
• Projek Genom Manusia (Human Genome Project / HGP) ialah projek
penyelidikan saintifik antara bangsa dengan tujuan utama untuk menentukan urutan
pasangan basa yang membentuk DNA dan untuk mengenal pasti dan memeta lebih
kurang 20,000 hingga 25,000 gen genom manusia dari segi fisikal dan fungsi.
• Proyek Genom Manusia juga bertujuan untuk mengetahui rangkaian atau sekuens
lengkap gen manusia, fungsi masing-masing gen, dan inisiasi genom struktural
sehingga dapat diaplikasikan dalam dunia kesehatan
• Proyek mulai dipublikasikan pada tahun 2001, namun ilmuwan kembali
mempublikasikan bahwa Proyek Genom Manusia telah berhasil mendapatkan sekuen
keseluruhan gen manusia di tahun 2003.
• Terselesaikannya Proyek Genom Manusia juga memungkinkan peneliti untuk
mengidentifikasi adanya gen yang terkait fungsi tertentu sehingga ketika terjadi
kesalahan fungsi dapat lebih mudah dicari solusinya
• Pada genom manusia, kira-kira 3,5 miliar pasang basa tersusun di dalam kromosom
dan masing-masing individu memiliki susunan yang unik.
3
 Tujuan proyek genom manusia Hasil proyek genom manusia

▷ memetakan genom manusia sampai

tingkat nukleotid atau base pair dan
untuk mengidentifikasi seluruh gen
yang ada di dalamnya
▷ mengembangkan lebih cepat lagi
metode yang lebih efisien untuk
mensekuens DNA dan analisis sekuens
dan peralihan teknologi ini ke industri.
Sebagai hasil dari Human Genome Project,
peneliti saat ini dapat menemukan gen
diduga menyebabkan penyakit.Sekarang
ada lebih dari 2.000 tes genetik untuk
kondisi manusia. Tes ini memungkinkan
pasien untuk mempelajari risiko genetik
mereka untuk penyakit dan juga
membantu petugas kesehatan untuk
mendiagnosa penyakit.

 Penelitian Human Genom Project dapat meningkatkan kualitas hidup manusia,

diantaranya pada perbaikan uji klinis dan terapi gen
 Proyek itu tidak dapat mengurutkan semua DNA yang ditemukan dalam sel manusia .
Ini mengurutkan hanya bagian ekuchromatik genom, yang membentuk 92,1% dari
genom manusia. Daerah lain, yang disebut heterokromatik , ditemukan dalam
sentromer dan telomer , dan tidak diurutkan berdasarkan proyek

4
Teknologi DNA rekombinan
▷ Teknologi DNA rekombinan adalah suatu metode untuk merekayasa genetik dengan cara
menyisipkan (insert) gena yang dikehendaki ke dalam suatu organisme
▷ Teknik-teknik dalam teknologi DNA rekombinan meliputi:
○ Teknik untuk mengisolasi DNA
○ Teknik untuk memotong DNA
○ Teknik menyambung DNA
○ Teknik memasukkan DNA ke dalam sel hidup
▷ Beberapa manfaat dari teknologi DNA rekombinan antara lain; produksi berbagai jenis obat-
obatan, vaksin, bahan pangan dan bahan pakaian
▷ Teknologi DNA rekombinan berdasarkan pada mekanisme yang terdapat pada bakteri (transfer
DNA)
▷ Transfer DNA atau perpindahan DNA dalam bakteri melalui tiga cara yaitu konjugasi,
transformasi dan transduksi. DNA yang masuk Kedalam sel bakteri selanjutnya dapat
berintegrasi dengan DNA atau kromosom bakteri sehingga terbentuk kromosom rekombinan

5

▷ Konjugasi
Merupakan perpindahan
DNA dari satu sel (sel donor)
ke dalam sel bakteri lainnya
(sel resipien) melalui kontak
fisik antara kedua sel
Transfer DNA
▷ Transformasi ▷ Transduksi
Merupakan pengambilan DNA Cara pemindahan DNA dari satu
oleh bakteri dari lingkungan di sel ke dalam sela lainnya melalui
seklilingnya perantaraan fage.
6
▷ DNA yang masuk ke dalam sel bakteri selanjutnya dapat berintegrasi dengan DNA atau kromosom
bakteri sehingga terbentuk kromosom rekombinan
▷ Perangkat yang digunakan dalam teknologi DNA rekombinan adalah perangkat-perangkat yang ada
pada bakteri,diantaranya adalah:

• Enzim retriksi, digunakan untuk memotong DNA • Enzim DNA ligase, digunakan untuk
(dsDNA) pada situs spesifik. menyambung DNA

7
• Plasmid, digunakan sebagai vektor untuk
mengklonkan gen atau mengklonkan
fragmen DNA atau mengubah sifat
bakteri. Plasmid merupakan DNA bakteri
yang terpisah dari kromosom bakteri.
Dalam teknologi DNA rekombinan,
palsmid digunakan sebagai pembawa
fragmen DNA

Kloning Gen
• Tahapan:
• Pemotongan palsmid
• Menyisipkan gen atau fragmen
DNA
• Memasukkan DNA ke dalam sel
bakteri (transformasi)
• Seleksi klon bakteri yang benar
yaitu bakteri yang mengandung
plasmid rekombinan

8
• Transposon, digunakan sebagai alat untuk melakukan mutagenesis dan untuk menyisipkan penanda.
Keberhasilan rekayasa genetika tidak terlepas dari peranan tarnsposon. Transposon/elemen loncat
adalah bagian dari kromosm yang dapat berpindah dari kromosom yang satu ke kromosom yang lain.
Transposon juga dapat berpindah dari satu DNA ke DNA yang lain
• Pustaka genom, digunakan untuk menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan. Salah
satu cara yang diguanakan untuk mempelajari genom suatu organisme adalah dengan
menggunakan pendekatan Shot-Gun. Pustaka genom merupakan koleksi berbagai klon bakteri yang
berisi plasmid rekombinan maupun koleksi klon fage yang mengandung DNA rekombinan. Di dalam
pustaka genom, setiap plasmid rekombinan atau setiap DNA fage rekombinan membawa salah satu
potongan DNA genom yang dipelajari.
• Enzim transkripsi balik, digunakan untuk membuat DNA berdasarkan RNA. Enzim ini digunakan oleh
retrovirus. Enzim ini kemudian digunakan untuk mengkonstruksi copy DNA yang disebut cDNA
(complementery DNA) dengan menggunakan RNA sebagai cetakannya. Proses sintesis DNA dengan
cara ini merupakan kebalikan dari proses transkripsi. Ketersediaan enzim transkripsi balik memberi
kemudahan untuk mempelajari gen-gen yang bertanggungjawab terhadap sifat-sifat tertentu.
Tahapan:
o DNA eukariot terdiri atas intron dan exon,pada waktu transkripsi semua bagian tersebut
diterjemahkan oleh enzim transkiptase menjadi RNA.
o Dalam proses pasa-transkripsi, intron dibuang sehingga mRNA tidak lagi mengandung intron.
o Bila mRNA berhasil diisolasi dari sel, maka dapat dibuat DNA gen denganmenambahkan enzim
transkripstase balik
o Enzim transkriptase balik mensintesis DNA dengan menggunakan mRNA tersebut sebagai
cetakannya.

9
 o Enzim transkriptase balik mensintesis DNA dengan menggunakan mRNA tersebut sebagai
cetakannya. Hasilnya berupa DNA tunggal
o Setelah dihasilkan DNA utas tunggal, DNA polimerase akanmensintesis utas DNA
pasangannya sehingga dihasilkan gen yang berupa DNA uats ganda. DNA hasil transkripsi
balikini tidak memiliki intron.

• Pelacak DNA/RNA, digunakan untuk mendeteksi gen atau fragmen DNA yang diinginkan atau
untuk mendeteksi klon yang benar. Prosedur untuk mendeteksi fragmen DNAyang spesifik dikenal
dengan nama teknik Southern Blotting. Pelacak (probe) digunakan untukmengidentifikasi
fragmen DNA yang spesifik tersebut merupakan asam nukleat pendek,berutas tunggal
(DNA/RNA). Bila dicampurkan dengan fragmen-fragmen DNA, rangkaian basa pada probe akan
berpasangan dengan rangkaian basa komplementer yang ada pada fragmen DNA. Fragmen DNA
yang tertempeli probe adalah fragmen DNA yang mengandung urutan basa yang komplementer
dengan urutan basa pada probe.

10
 Regulasi dan pengendalian eksperimentasi DNA rekombinan

▷ Ekspresi gen atau sintesis protein dapat diatur, dihidupkan atau dimatikan
sebagaimana mematikan dan menghidupkan merupakan katalisator yang
berperan mejalankan proses reaksi metabolisme, keberadaan enzim akan
menentukan berjalannya proses metabolisme
▷ Bila suatu produk metabolisme di dalam sel sudah mencapai kuantitas yang
mencukupi maka reaksi metabolisme tersebut harus dihentikan. Dilakukan dengan
cara mengehentikan produksi enzim, melalui penghentian ekspresi gen
penyandinya.

11
 Regulasi pada prokariot
▷ Sistem regulasi operon laktosa
○ Laktosa: disakarida (glukosa dan galaktosa)
○ Sistem regulasi ini merupakan sistem
regulasi pada tingkat inisiasi transkripsi
atau regulasi pada tingkat promotor
▷ Sistem regulasi operon triptofan
○ Pada operon trp terdapat lima gen
struktural: trp-E, trp-D, trp-C, trp-B, dan
trp-A dan satu gen pengawal yaitu trp-L
yang berfungsi dalam regulasi
○ Regulasi operon trp berlangsung pada
tingkat RNA hasil transkripsi. Gen trp-L,
sebagai regulator dan terletak tepat di
belakang promotor.
○ Regulasi terjadi pada saat enzim
transkriptase berada di ruas trp-L, yang
menentukan transkripsi berhenti atau
dilanjutkan ke uras gen berikutnya.

○ Gen pada suatu operon akan

diekspresikan secara bersamaan melalui
inisisasi trenaskripsi pada promotor yang
sama dan berakhir pada terminator yang
sama. Gen-gen yang berada pada satu
operon mempunyai hubungan fungsi
dalam metabolisme
○ Pengaturan ekspresi operonl laktosa
dilakukan oleh sutau protein regulator 12
yang akan berinteraksi dengan promotor.
 Regulasi pada Eukariotik

▷ Pada sel eukariot gen yang mengkode protein yang berfungsi bersama-sama
biasanya terletak pada kromosom yang berbeda. Situasi ini berbeda dari
bakteri, dimana gen yang mengkode protein berfungsi bersama-sama berletak
berdampingan satu sama lain dalam operan. operan tidak terdapat pada sel
eukariot. Ekspresi gen pada sel eukariot, berlangsung di sejumlah tahapan yang
berbeda yaitu: transkripsi, pasca transkripsi, translasi dan pasca translasi.

13
» Regulasi ekspresi tingkat transkripsi » Regulasi ekspresi tingkat pascatranskripsi
• eukariot mengatur transkripsi gen yang protein • Struktur mRNA eukariotik tidak sama dengan
hasil transkripsi berhubungan erat dalam struktur RNA hasil langsung proses transkripsi
metabolisme,yang harus diekspresikan atau • Pada hnRNA sebagaimolekulhasil transkripsi
dimatikan bersama-sama. terdapat ruas intron dan ekson. Bagian intron
• Tidak ada operon pada eukariotik, setiapgen akan dibuang dan ekson dipertahankan untuk
mempunyai promotor dan terminatornya membentuk mRNA
masing-masing. • Pemilihan ekson dan intro dapat merupakan
• Terdapat lebih banyak protein dan DNA yang salah satu cara regulasi
terlibat dalam regulasi. Protein ini disebut » Regulasi ekspresi tingkat translasi
faktor transkripsi.
• Protein tersebut berperan sebagai aktivator • Regulasi terjadi yang meliputi berbagai cara
dan represor. termasuk degradasi mRNA, inisiasi translasi,
• Aktivator, berinteraksi dengan ruas-ruas DNA pengaktifan protein dan degradasi protein.
yang disebut ruas pemacu meningkatkan
ketepatan penempelan transkriptase pada
promotor dan inisisasi transkripsi
• Represor, menghambat /mencegah terjadinya
transkripsi dengan berinteraksi dengan ruas
pengendali yang disebut silencer, dan
mencegah transkriptase melakukan inisisasi
transkripsi.

14