TRANSKRIPSI PADA PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK

RESUME

Disusun untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika 1 yang dibimbing oleh

Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah M. Pd. dan Bpk. Deny Setiawan, M. Pd.

Oleh :

Kelompok 3/Offering I 2018

1. Hamdan Fatah Ali (180342618070)

2. Thania Ayu Pramesty (180342618029)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
PROGRAM STUDI S1 BIOLOGI
Februari 2020
 PENDAHULUAN

Fitur dasar transkripsi baik prokariotik dan eukariotik adalah sama, tetapi masih
terdapat perbedaan seperti urutan promotor yang berbeda. Segmen DNA yang
ditranskripsi untuk menghasilkan satu molekul RNA disebut sebagai unit transkripsi.
Proses transkripsi dapat dibagi menjadi tiga tahap: (1) inisiasi rantai RNA baru, (2)
perpanjangan rantai, dan (3) pemutusan transkripsi serta pelepasan molekul RNA yang
baru (Gambar 1.).

Gambar 1. Tiga tahap transkripsi: inisiasi, elongasi, dan pemutusan hubungan kerja.

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

Daerah hulu dan hilir gen adalah urutan DNA yang menentukan segmen 5’ dan 3’
ujung untai DNA yang sesuai transkripsi mereka terhadap titik referensi tertentu.
TOPIK I. PROSES TRANSKRIPSI PADA MAKHLUK HIDUP PROKARIOTIK

POLYMERAS RNA: ENZIM KOMPLEKS

E. coli RNA polimerase memiliki molekul berat sekitar 480.000 dan terdiri dari
lima polipeptida. Dua dari identik; dengan demikian, enzim tersebut mengandung
empat polipeptida yang berbeda. Molekul RNA polimerase lengkap, holoenzyme,
memiliki komposisi 2. Subunit terlibat dalam perakitan inti tetramerik RNA
polimerase. Subunit itu mengandung situs pengikatan ribonukleosida trifosfat, dan
subunit memiliki daerah pengikatan templat DNA. Satu subunit, faktor sigma, hanya
terlibat dalam inisiasi transkripsi; tidak memainkan peran dalam perpanjangan rantai.
Setelah rantai RNA inisiasi telah terjadi, faktor dilepaskan, dan perpanjangan rantai
(Gambar 2.) dikatalisis oleh enzim inti.

Fungsi sigma adalah untuk mengenali dan mengikat RNA polimerase ke situs
inisiasi transkripsi atau promotor dalam DNA. Enzim inti (tanpa) akan mengkatalisasi
sintesis RNA dari templat DNA in vitro, tetapi, dengan melakukan itu, itu akan
memulai rantai RNA di situs acak pada kedua untaian DNA. Sebaliknya, holoenzyme
(sekarang) dimulai. Rantai RNA in vitro hanya di situs yang digunakan in vivo.

Gambar 2. Struktur promotor yang khas pada E. coli. RNA polimerase berikatan
dengan 35 urutan promotor dan memulai melepaskan ikatan DNA di urutan 10 AT-rich.
Transkripsi dimulai di dalam gelembung transkripsi di situs lima hingga sembilan
pasangan basa di luar urutan 10. Sumber: Sunstad and Simmons (2012).
 PEMULIHAN RANTAI RNA

Pemanjangan rantai RNA dikatalisis oleh enzim RNA polimerase, setelah

pelepasan subunit. Perpanjangan kovalen dari rantai RNA terjadi di dalam gelembung
transkripsi, segmen DNA yang tidak terurai secara lokal. Molekul RNA polimerase
mengandung aktivitas pengikatan DNA dan penggulung DNA. RNA polimerase terus-
menerus melepaskan heliks ganda DNA di depan situs polimerase dan memundurkan
untai DNA komplementer di belakang situs polimerisasi saat bergerak di sepanjang
heliks ganda (Gambar 3). Di E. coli, panjang rata-rata gelembung transkripsi adalah 18
pasang nukleotida, dan sekitar 40 ribonukleotida dimasukkan ke dalam rantai RNA
yang tumbuh per detik. Rantai RNA yang baru lahir dipindahkan dari DNA untai
cetakan saat RNA polimerase bergerak di sepanjang molekul DNA. Itu wilayah
pasangan basa sementara antara rantai tumbuh dan DNA untai template sangat pendek,
mungkin panjangnya hanya tiga pasang basa. Stabilitas kompleks transkripsi dikelola
terutama oleh pengikatan DNA dan rantai RNA yang berkembang ke RNA polimerase,
bukan oleh basepairing antara untai template DNA dan RNA yang baru lahir.

Gambar 3. Perpanjangan rantai RNA dikatalisis oleh RNA polimerase dalam E. coli.

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

 PENGHENTIAN RANTAI RNA

Pemutusan rantai RNA terjadi ketika RNA polimerase mengalami pemutusan

hubungan sinyal. Ketika itu terjadi pemisahan transkripsi kompleks, melepaskan
molekul RNA yang baru. Ada dua jenis terminator transkripsi di E. coli. Satu ketik
hasil penghentian hanya di hadapan dari protein yang disebut rho ; karena itu, urutan
pemutusan seperti itu disebut rhodependent terminator. Jenis hasil lainnya dalam
penghentian transkripsi tanpa keterlibatan rho; urutan seperti itu disebut terminator
independen rho.

Terminator Rho-independent berisi wilayah kaya GC diikuti oleh enam AT atau

lebih pasangan basa, dengan huruf A ada di template strand (Gambar 4 atas).
Nukleotida urutan wilayah kaya GC mengandung pengulangan terbalik dimana urutan
nukleotida dalam setiap untai DNA yang terbalik dan saling melengkapi. Saat
ditranskripsi, ini dibalik daerah berulang menghasilkan urutan RNA untai tunggal yang
dapat mendasarkan-pasangan dan membentuk jepit rambut struktur (Gambar 4 bawah).
Struktur RNA jepit rambut terbentuk segera setelah sintesis daerah yang berpartisipasi
dalam rantai RNA dan memperlambat pergerakan molekul RNA polimerase di
sepanjang DNA, menyebabkan jeda dalam ekstensi berantai. Sejak AU pasangan-basa
lemah, membutuhkan lebih sedikit energi untuk memisahkan pangkalan dari pasangan
basis standar lainnya, jalankan U setelah wilayah jepit rambut memfasilitasi pelepasan
rantai RNA yang baru disintesis dari template DNA ketika struktur jepit rambut
menyebabkan RNA polimerase berhenti di situs ini.

Mekanisme dimana penghentian transkripsi tergantung terjadi adalah mirip dengan

pemutusan rho-independen karena keduanya melibatkan pembentukan struktur jepit
rambut berikat hidrogen di bagian hulu dari lokasi penghentian. Dalam kedua kasus
tersebut, jepit rambut ini menghambat pergerakan RNA polimerase, menyebabkannya
berhenti. Namun, terminator yang bergantung pada rho mengandung dua sekuens
tambahan: pasangan nukleotida 50-90 urutan hulu dari urutan berulang terbalik yang
menghasilkan untai RNA dengan banyak C tetapi beberapa G, yang karenanya tidak
membentuk jepit rambut atau struktur sekunder lainnya, dan urutan menentukan situs
pengikatan protein rho yang disebut rut (untuk pemanfaatan rho) di dekat 3’ akhir
transkrip. Protein Rho mengikat urutan dalam transkrip dan bergerak dari 5’ sampai 3’
mengikuti RNA polimerase. Ketika polimerase bertemu jepit rambut, jeda,
memungkinkan rho untuk mengejar ketinggalan, melewati jepit rambut, dan
menggunakan aktivitas helicase untuk pasangan DNA / RNA di ujung serta melepaskan
transkrip RNA.

Gambar 4. Mekanisme mandiri-rho penghentian transkripsi. Sebagai transkripsi hasil

sepanjang templat DNA, daerah DNA yang ditemukan mengandung urutan berulang
terbalik (diarsir). Kapan urutan berulang ini ditranskripsi, transkrip RNA akan berisi
urutan itu yang saling melengkapi satu sama lain. Hasilnya akan mengikat hidrogen dan
membentuk struktur jepit rambut. Ketika RNA polimerase bertemu jepit rambut ini, itu
akan berhenti, dan yang ikatan hidrogen lemah antara A mengikuti untai template serta
transkrip U baru yang disintesis akan pecah, merilis transkrip dari DNA. Sumber:
Sunstad and Simmons (2012).

TRANSCRIPTION CONCURRENT, TRANSLATION, DAN DEGRADASI

mRNA

Pada prokariota, penerjemahan dan degradasi molekul mRNA sering dimulai

sebelum sintesisnya (transkripsi) selesai. Karena molekul mRNA disintesis,
diterjemahkan, dan terdegradasi dari arah 5’ ke 3’, ketiga proses bisa terjadi secara
bersamaan pada molekul RNA yang sama. Pada prokariota, polipeptida mensintesis
mesin tidak dipisahkan oleh amplop nuklir dari situs mRNA perpaduan. Oleh karena
itu, sekali ujung 5’ mRNA telah disintesis, itu bisa segera digunakan sebagai templat
untuk sintesis polipeptida. Memang, transkripsi dan translasi sering sangat erat dalam
prokariota. Oscar Miller, Barbara Hamkalo, dan rekan mengembangkan teknik yang
memungkinkan mereka untuk memvisualisasikan kopling ini antara transkripsi dan
terjemahan pada bakteri dengan mikroskop elektron. Salah satunya foto-foto yang
menunjukkan transkripsi gen dan terjemahan mRNA-nya produk dalam E. coli
direproduksi dalam (Gambar 5).

Gambar 5. Mikrograf elektron yang disiapkan oleh Oscar Miller dan Barbara Hamkalo
menunjukkan pasangan transkripsi dan translasi gen dalam E. coli. DNA, mRNA, dan
ribosom yang menerjemahkan individu molekul mRNA. Rantai polipeptida yang baru
lahir yang disintesis pada ribosom tidak terlihat ketika mereka melipatkan ke dalam
konfigurasi tiga dimensi selama sintesis. Sumber: Sunstad and Simmons (2012).
TOPIK II. PROSES TRANSKRIPSI PADA MAKHLUK HIDUP EUKARIOTIK

Meskipun secara umum proses transkripsi DNA pada prokariot dan eukariot
relative sama akan tetapi apabila dilihat secara lebih detail transkripsi DNA pada
prokariot lebih kompleks dan rumit apabila dibandingkan dengan transkripsi DNA pada
prokariot. Secara umum proses trankripsi DNA pada eukariot dan proses translasi
terjadi pada sitoplasma.

Pada mRNA prokariot memiliki sifat multigenic yakni mRNA nya dapat
mengandung kode gen lebih dari satu sedangkan mRNA pada eukariot sifatnya
monogenic yakni mRNAnya hanya mempunyai kode gen hanya satu. Namun terdapat
suatu pengecualian pada cacing Caenorhabditis elegans yang seperempat hasil
transkripsinya memiliki siaft multigenic, dari peristiwa tersebut dapat disimpulkan
bahwa pada mRNA eukariot dapat memiliki sifat multigenic ataupun monogenic.

RNA Polymerase pada eukariot memiliki lima jenis RNA polymerase yang
masing-masing memiliki fungsi yang berbeda. mRNA primer pada eukariot memiliki
tiga tahap modifikasi sebelum nantinya di translasikan di ribosom yang berada di
sitoplasma, tiga tahapan tersebut antara lain: 7-Methyl guanosine caps ditambahkan
pada 5 ends dari primary transcripts, Poly(A) tails ditambahkan pada sisi 3 ends of the
transcripts, Spilcing intron sequences dari mRNA primer.

Pada eukariotik populasi dari primer transcript disebut dengan hnRNA

(heterogen Nuclear RNA) karena setiap primer transcript yang baru diproduksi
memiliki bentuk yang beragam. Kebanyakan dari hnRNA adalah intron atau junk DNA.
Pada primer transcript eukariot mereka selalu didampingi oleh RNA binding protein
yang melindungi mereka dari ribonuclease yang dapat mendegradasi RNA. Rata-rata
umur dari gen transcript memiliki umur 5 jam pada kebanyakan eukariot dan tidak lebih
dari lima menit pada bakteri e.Coli.
 Gambar 6. Tahapan modifikasi mRNA.

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

Secara umum RNA polymerase terdapat 5 macam RNA polymerase yang

memiliki fungsi yang berbeda-beda, pada kebanyakan eukariot yang umum ditemukan
adalah RNA polymerase I, RNA polymerase II, dan RNA polymerase III, sedangkan
Polymerase IV dan V dapat ditemukan pada tanaman maupun pada fungi. Pada semua
sel eukariotik RNA polymerase membutuhkan asisten berupa Transcription Factors
yang berperan dalam inisiasi sintesis rantai RNA. Secara singkat tempat & fungsi dari
masing masing RNA Polymerase dapat dilihat pada gambar 7.

Gambar 7. Karakterisktik tempat dan produk RNA Polymerase

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

 Chromatin modelling adalah suatu peristiwa yang memungkinkan terjadinya
proses selanjutnya oleh DNA Polymerase. Chromatin modelling merupakan perubahan
struktur dari nucleosome sehingga dimungkinkan terjadinya transkripsi oleh DNA
polymerase. Chromatin modelling melibatkan protein multimeric dan membutuhkan
energi yang berasal dari ATP. Chromatin modelling dapat terjadi (1) melalui sliding
nukleosom pada DNA sehingga spesifik DNA sequence berada diantara nucleosome,
(2) dengan memberukan tempat diantara nucleosome, (3) memindahkan oktamers
histon untuk membuat celah bebas pada nucleosome. Chromatin modelling diatur oleh
suatu signalling pathway yang teknisnya belum diketahui sampai sekarang namun
modifikasi dari DNA dan asam amino pada protein histon yang terdapat pada
nucleosome mempunyai peran yang bersar. Banyak dari gen mamalia mengandung
dinucleotide sequence 5-CpG-3 3-GpC-5 upstream dari posisi start transkripsi. Region
CpG-rich yang biasa disebut CpG island memiliki peran penting dalam pengaturan
sequences. Cytosin pada CpG island adalah subjek dari metilasi, yakni penambahan
gugus metil (CH3) dan methylated Cpg island dan mengatur binding sites untuk
proteim yang meregulasi traskripsi. Selain proses metilasi terdapat proses lain yakni
asetilasi dan fosforilasi. Asetilasi memiliki peran lebih penting dalam proses
modifikasi. Asetil grup ditambahkan pada spesifik lisin residu dalam protein histon
menggunakan enzim acetylase yang menetralkan muatan positif dari lysin sehingga
interaksi antara DNA dan protein histon meregang dan proses ini sangat diperlukan saat
inisiasi transkripsi.

Gambar 8. Animasi tentang efek metilasi pada DNA dan histon, asetilasi dan
fosforilasi pada protein histon dalam peristiwa chromosome modelling.

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

 INISIASI RANTAI RNA

Tidak seperti prokariot, pada eukariot mereka tidak bisa mentranskripsi RNA mereka
secara mandiri, akan tetapi memerlukan bantuan yakni traksripsi factor yang harus
menempel pada promoter region pada DNA yang merupakan bentuk inisiasi kompleks
sebelum RNA Polymerase akan menempel dan menginisiasi proses transkripsi.
Element yang terdekat degan tempat memulai transkripsi disebut TATA BOX yang
memiliki consensus TATAAAA (dari 5’-3’ pada nontemplate strand) dan memiliki
posisi pusat pada -30. TATA BOX berfungsi pentung untuk mengatur posisioning
transcrioption startpoin. Element kedua yakni CAAT Box yang biasanya berada pada
posisi -80 dan memiliki consensus GGCCAATCT, element GC box, consensus
GGGCGG dan octamer box consensus ATTTGCAT, sering muncul dalam RNA
polymerase II promoters.

Gambar 9. Struktur promotor yang dikenali RNA polymerase

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

Inisiasi transkripsi RNA polymerase membutuhkan asisten dari beberapa basa

transcription factors. Enhanchers dan silencers mengatur efisiensi dari inisiasi. Masing
masing basal transcription factors ditandai dengan symbol TFIIX (Transcription Factor
X for RNA polymerase II, where X is a letter identifying the individual factor).

TFIID merupakan basal transcription factor yang pertama berinteraksi dengan

promotor, mengandung TATA-binding protein dan beberapa small TBP- associated
protein. Kemudian TFIIA masuk ke dalam kompleks dan dikuti dengan TFIIF dan
RNA polymerase II masuk kendalam transcription factor. TFIIF berisi dua subunit,
yang salah satunya memiliki aktivitas pemutusan DNA. Dengan demikian, TFIIF
mungkin mengkatalisasi pemutusan ikatan heliks ganda DNA yang diperlukan untuk
memulai transkripsi. TFIIE kemudian bergabung dengan kompleks inisiasi, mengikat
ke hilir DNA dari titik awal transkripsi. Dua faktor lain, TFIIH dan TFIIJ, bergabung
dengan kompleks setelah TFIIE, tetapi lokasi mereka di kompleks tidak diketahui.
TFIIH memiliki aktivitas helicase dan bepergian dengan RNA polimerase II selama
perpanjangan, membuka gulungan untaian di wilayah transkripsi ("gelembung
transkripsi").

Gambar 10. Mekanisme inisiasi transkripsi oleh RNA Polymerase.

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

 Pada awal proses perpanjangan, 5 ujung pre-mRNA eukariotik dimodifikasi
dengan penambahan 7-metil guanosin (7-MG) tutup. Tutup 7-MG ini ditambahkan
ketika rantai RNA yang tumbuh hanya sekitar 30 nukleotida. Tutup 7-MG berisi tautan
triphosphate 5-5 yang tidak biasa dan dua atau lebih kelompok metil. 5 caps ini
ditambahkan secara transkripsi oleh jalur biosintetik. Tutup 7-MG dikenali oleh faktor
protein yang terlibat dalam inisiasi translasi dan juga membantu melindungi rantai
RNA yang tumbuh dari degradasi oleh nukleasi.

Gambar 11. Tahap awal dalam transkripsi gen oleh RNA polimerase II.

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

Peristiwa pemutusan transkripsi yang sebenarnya sering terjadi di beberapa situs

yang terletak 1000 hingga 2000 nukleotida di hilir dari situs yang akan menjadi 3 ujung
transkrip dewasa. Artinya, hasil transkripsi di luar situs yang akan menjadi 3 ujung, dan
segmen distal dihapus oleh pembelahan endonukleolitik. Peristiwa pembelahan yang
menghasilkan 3 ujung transkrip biasanya terjadi pada situs 11 hingga 30 nukleotida di
hilir dari sinyal poladenilasi yang dikonservasi, konsensus AAUAAA, dan hulu dari
urutan kaya-GU yang terletak di dekat ujung transkrip. Setelah pembelahan, enzim poli
(A) polimerase menambahkan poli (A) ekor, saluran residu adenosin monofosfat sekitar
200 nukleotida panjang, ke 3 ujung transkrip. Penambahan poli (A) ekor ke mRNA
eukariotik disebut polyadenylation. Untuk memeriksa sinyal polyadenylation dari gen
HBB (-globin) manusia, periksa Memecahkannya: Formasi 3-Terminus dari Transkrip
RNA Polymerase II. Pembentukan ekor poli (A) pada transkrip memerlukan komponen
spesifisitas yang mengenali dan mengikat urutan AAUAAA, faktor stimulasi yang
mengikat urutan kaya-GU, endonuklease, dan poli (A) polimerase. Protein-protein ini
membentuk kompleks multimerik yang melakukan pembelahan dan polyadenylation
dalam reaksi-reaksi yang digabungkan secara ketat. Ekor poli (A) mRNA eukariotik
meningkatkan stabilitasnya dan memainkan peran penting dalam transpornya dari
nukleus ke sitoplasma.

TOPIK III. PERBEDAAN TRANSKRIPSI PADA MAKHLUK HIDUP

PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK

Transkripsi merupakan proses pengkopian atau penyalinan infomasi genetik

(yang berupa genetic code) pada molekul DNA menjadi molekul RNA. Pada prosesnya,
terdapat beberapa perbedaan mendasar transkripsi yang terjadi pada prokariot dan
eukariot, perbedaan tersebut antara lain.

Sumber: Sunstad and Simmons (2012).

 Transkripsi Prokariot
Transkripsi dan translasi terjadi secara
simultan atau bersamaan.
Transkripsi prokariot terjadi di dalam
sitoplasma
RNAs dihasilkan dan diproses di dalam
sitoplasma
RNA polymerase merupakan sebuah
kompleks yang terdiri dari 5 polipeptida
Tidak membutuhkan protein atau factor
lain untuk memulai terjadinya proses
inisiasi pada transkripsi
Hanya memiliki satu tipe RNA
polymerase yang mensintesis semua tipe
RNA di dalam cell (mRNA, rRNA dan
tRNA)
RNA polymerase dengan 5 subunit, dua α
subunit, satu β subunit, satu β’ subunit
satu ⱷ subunit, RNA polymerase
fungsional adalah 2α1β1β’ ⱷ
Terdapat factor σ yang sangat pentung
dalam inisiasi transkripsi
RNA polymerase dapat mengenali dan
menempel pada region promotor dengan
bantuan σ faktor
Region promoter selalu terdapat pada
upstream sebagai titik mulai
Transkripsi Eukariot
Transkripsi dan translasi tidak terjadi
secara simultan atau bersamaan.
Transkripsi eukariot terjadi di dalam
nucleus dan translasinya terjadi di
sitoplasma
RNAs dihasilkan dan diproses di dalam
nucleus
RNA polymerase merupakan kompleks
yang terdiri dari 10 – 15 polipeptida
membutuhkan protein atau factor lain
untuk memulai terjadinya proses inisiasi
pada transkripsi
Memiliki 3 tipe RNA polymerase dalam
sel. RNA polymerase I untuk mensintesis
rRNA, RNA polymerase II untuk
mensintesis mRNA, RNA polymerase III
untuk mensintesis tRNA dan 5S rRNA
RNA polymerase I memiliki 14 subunit,
RNA polymerase II memiliki 10-12
subunit, RNA polymerase III memiliki 12
subunit
Tidak terdapat σ dan tidak dibutuhkan
untuk inisiasi transkripsi. Inisiasi
transkripsi menggunakan factor inisiasi
RNA polymerase tidak dapat mengenali
region promotor secara langsung kecuali
apabila promoter telah ditempati oleh
factor inisiasi transkripsi
Region promoter biasanya terdapat pada
upstream sebagai titik start, tapi terkadang

Region promoter mengandung pribnow
box pada posisi -10. Sedangakn TATA
box Cat box tidak terdapat pada region
promoter prokariot
Terminasi dari transkripsi selesai
menggunakan mekanisme Rho dependent
dan rho independent
Biasanya tidak dilakukan modifikasi post
trankripsi dari hasil transkripsi
Tidak terdapat RNA capping, mRNA
tanpa 5’ guanosine cap
Tidak terdapat Poly tailing mRNA
Tidak terdapat introns pada mRNA
Tidak terdapat proses splicing karena
tidak terdapatnya intron
Genes biasanya polycistronic dan
karenanya single transcript biasanya
mengandung sequence untuk banyak
polipeptida
SD sequence (Shine Dalgarno sequence)
terdapat sekitar 8 nukleotida upstream
pada start codon di mRNA, SD sequence
berindak sebagai ribosome binding site
pada RNA polymerase III, promoter
terletak pada downstream sebagai titik
start.
Promoter region mengadnung TATA boc
yang terletak pada 35 – 25 upstream; CAT
box terletak pada 79 nukleotida upstream;
GC box terletak 110 nukleotida upstream.
Pribnow box tidak terdapat pada
eukaryotes.
Mekanisme terminasi dari transkripsi tidak
sepenuhnya diketahui. Mungkin saat
terdapat sinyal poly A atau saat terdapat
sequence terminasi pada DNA
Primary transcript melalui modifikasi post
transkripsi (RNA editing)
RNA capping terdapat pada posisi 5’
mRNA
mRNA matang dengan poly A tail pada
posisi 3’. Poly A ditambahkan secara
enzimatik tanpa complementary strand
Terdapat intons pada primary transcript
Terdapat proses splicing untuk membuang
intron dan menyambungkan tiap tiap exon
melalui mekanisme splicing
Gens nya monocistronic jadi single
transcript code hanya untuk satu
polipeptida
SD sequence tidak terdapat pada mRNA
prokariot.
 PERTANYAAN

1. Dalam tahapan pengubahan ujung-ujung mRNA pada proses transkripsi eukariotik,

mengapa adanya penambahan tudung 5’ dan ekor poli-A pada pre-mRNA? Jelaskan
fungsinya! (Thania Ayu Pramesty 180342618029)

2. Mengapa RNA polimerase II mentranskripsikan intron jika pada akhirnya intron akan
dibuang atau tidak dipakai saat mRNA memasuki sitoplasma? (Thania Ayu Pramesty
180342618029)

3. Apakah yang dimaksud dengan UTR pada ujung 5’ serta 3’ mRNA dan apa fungsinya?
(Thania Ayu Pramesty 180342618029)

4. Jelaskan tahapan transkripsi pada sel eukariot! (Hamdan Fatah Ali 180342618070)

5. Sebutkan peranan faktor transkripsi! (Hamdan Fatah Ali 180342618070)

 JAWAB

1. Tudung 5’ dan ekor poli-A memiliki beberapa fungsi penting. Pertama,

keduanya tampak memfasilitasi ekspor mRNA matang dari nukleus. Kedua,
tudung 5’ dan ekor poli-A membantu melindungi mRNA dari degradasi oleh
enzim-enzim hidrolitik. Ketiga, keduanya membantu ribosom melekat ke ujung
5’ mRNA setelah mRNA mencapai sitoplasma (Campbell, 2010).

2. Dalam pembuatan transkrip primer dari suatu gen, RNA polimerase II

mentranskripsikan intron maupun ekson dari DNA, namun molekul mRNA
yang memasuki sitoplasma merupakan versi yang telah diringkas (Campbell,
2010). RNA polimerase II mentranskripsikan intron dan ekson tidak ekson saja
karena pada proses transkripsi diawali dari bagian promoter dan diakhiri dengan
bagian terminator, dimana diantara bagian tersebut pastinya ada sekuen intron
dan ekson jadi pastinya semua bagian dari promoter sampai terminator akan di
copy atau transkrip. Oleh sebab itu, RNA polimerase II tidak bisa memilih
milih hanya ekson saja yang ditranskripsikan.

3. UTR atau untranslated region pada ujung 5’ dan 3’ mRNA merupakan bagian
dari mRNA yang tidak akan ditranslasikan menjadi protein, namun memiliki
fungsi-fungsi lain, misalnya pengikatan ribosom (Campbell, 2010).

4. Transkripsi adalah proses pembentukan RNAbaik mRNA, tRNA, maupun

rRNA dengan menggunakan cetakan DNA. Proses penyalinan inti ini, dilakukan
oleh RNA polymerase. Pada sel eukariot, setiap jenis RNA disintesis oleh satu
jenis RNA polymerase.Tahapan Transkripsi pada sel eukariotik:
1. Tahap inisiasi
Tahap inisiasi berupa pengenalan holoenzyme (RNA polimerase) pada tapak
awal inisiasi atau yang disebut sebagai promoter. Pengenalan promoter ini
berlangsung melalui pelekatan/pengikatan holoenzyme (RNA polimerase) pada
posisi promoter. Bagian RNA polimerase yang mengenali promoter adalah
subunit τ (sigma) (Corebima, 2002).
2. Tahap elongasi
Selama tahap elongasi, RNA polimerase (core enzyme) memutuskan ikatan
hidrogen, serta membuka lilitan heliks ganda. RNA polimerase bergerak
 sepanjang molekul DNA dan menghubungkan ribonukleotida-ribonukleotida ke
ujung 3’ pada molekul RNA yang sedang tumbuh, sesuai dengan macam basa
pada DNA yang menjadi cetakannya (Brown 1989 dalam Corebima, 2002).
Proses ini berlangsung dengan arah polimerisasi dari ujung 5’ ke ujung 3’.
Selama berlangsungnya polimerisasi, bagian molekul RNA yang telah
terbentuk, secara bertahap terlepas ikatannya dari untaian DNA pengkode,
sehingga memungkinkan segera terbentuknya kembali heliks ganda seperti
semula. Dalam hubungan ini bagian DNA yang terbuka, atau yang disebut
"gelembung transkripsi" hanya mengandung pasangan basa RNA-DNA
sejumlah antara 12 sampai 17 (Corebima, 2002).
3. Tahap Terminasi
Proses elongasi diakhiri di daerah terminator. Terminator dikenali oleh protein
faktor yang berasosiasi dengan RNA polimerase yang memicu terjadinya proses
terminasi. Setelah sinyal poly-A ditranskripsikan menjadi mRNA, protein CPSF
(Cleavage and Polyadenylation Specificity factor) dan CstF (Cleavage
Stimulation factor) dikirim dari domain ujung gugus karboksil dari RNA
polymerase II ke sinyal poly-A. Kedua faktor ini akan mencari protein lain
untuk memutus transkripsi dan membebaskan mRNA dari kompleks transkripsi.
Akhirnya dilakukan proses Polyadenilasi, yaitu pembentukan 200 nukleotida
dengan basa nitrogen Adenin di ujung mRNA. Selama proses terjadiRNA
polimerasi terus melakukan transkripsi hingga beberapa kilobasa melalui
mekanisme yang masih belum diketahui.

5. -Diperlukan untuk sintesis semua mRNA

-Mengenali urutan promoter basal spesifik
-Menentukan situs inisiasi transkripsi
-Menginstruksikan RNA polimerase II ke tempat tersebut
-Bersama-sama dengan RNA polimerase dan promoter basal membentuk
Kompleks inisiasi Transkripsi
Daftar Rujukan

Campbell, N. A. 2010. Biologi edisi 9. San Fansisco: Pearson Benjamin Cummings.

Gardner, E. J. 1991. Principle of Genetic. New York: John Wiley and Sons, Inc.

Snustad, D. P. and Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics Sixth Edition. USA:

John Wiley and Sons, Inc.