BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Salah satu komponen terpenting yang dimiliki oleh makhluk hidup adalah

genom. Genom yaitu keseluruhan materi genetik yang terdapat dalam suatu

organisme. Genom pada semua sel adalah DNA, sedangkan pada virus,

genom dapat berupa DNA atau RNA. Umumnya istilah genom mengacu pada

DNA yang terdapat dalam kromosom, sedangkan DNA ekstrakromosom seperti

DNAmitokondria (mtDNA) pada sel eukariot dan DNA plasmid pada

prokariot disebut DNA ekstragenom. Fungsi dari genom adalah membawa

materi hereditas yaitu materi yang akan diwariskan pada generasi berikut dan

mengatur metabolisme melalui proses sintesis protein (Yuwono, 2012).

Sebagai pembawa informasi genetika, DNA mempunyai dua tugas utama

yaitu membuat kopian yang tepat dari dirinya sendiri pada tahap replikasi, dan

meneruskan kode-kode informasi yang dimiliki ke mRNA pada tahap

transkripsi (Soedigdo, 1973).

DNA yang menyimpan infomasi genetik ini, secara tidak langsung

berfungsi dalam mengatur produksi berbagai asam amino yang dibutuhkan oleh

tubuh. Asam amino inilah yang nantinya akan menjadi protein yang

dibutuhkan, baik berupa hormon, enzim, dan lain-lain. Fungsi utama dari DNA

adalah sebagai tempat dalam sintesa molekul RNA. Kecepatan total dimana

nukleotida membentuk RNA adalah sekitar 20 kali kecepatan DNA terbetuk

(replikasi) pada fase S atau pada fase istirahat (Alberts, 1994).

Setelah terbentuk, RNA masih harus melalui berbagai proses dan

ditranfer ke sitoplasma untuk dapat menjalankan tugasnya dalam sintesis asam

amino. Tahapan tersebut antara lain capping, poliadenilasi, dan splicing (Russel,

2006).

Pemrosesan RNA merupakan salah satu hal yang penting dalam sintesa

protein. Hal ini karena pemrosesan RNA adalah suatu proses menjadikan pre

mRNA menjadi mRNA yang fungsional sehingga dapat melanjutkan tahap

sintesa protein yaitu translasi.

1.2 Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah yang diangkat di dalam makalah ini

adalah sebagai berikut :

1. Apa saja tahap-tahap dalam pemrosesan RNA ?

2. Bagaimana mekanisme yang terjadi pada setiap tahap tersebut ?

1.3 Tujuan

Adapun tujuan dari penyusunan makalah ini adalah sebagai berikut :

1. Mengetahui tahap-tahap dalam pemrosesan RNA.

2. Mengetahui mekanisme yang terjadi pada setiap tahap pemrosesan RNA.

BAB II
2
 PEMBAHASAN

Deoxyribosa Nucleic Acid (DNA) merupakan makromolekul berupa

benang sangat panjang yang terbentuk dari sejumlah besar deoksiribonukleotida,

yang masing- masing tersusun dari satu basa, satu gula dan satu gugus phospat.

RNA (Ribosa Nucleic Acid), seperti halnya DNA, merupakan polimer

panjang tidak bercabang yang terdiri dari nukleotida-nukleotida yang

bersambung dengan ikatan 3' hingga 5' fosfodiester. RNA tidak dapat

membentuk heliks ganda tipe B-DNA karena interferensi steril oleh gugus 2'-

hidroksil pada unit-unit ribosanya. Akan tetapi, RNA dapat membentuk

modifikasi heliks ganda dan pasangan-pasangan basanya menjauh membuat

sudut sekitar 20 lebih besar dari garis tegak lurus dengan sumbu heliks, suatu

struktur yang mirip dengan A-DNA (Rosana, 2015).

RNA yang berasal dari transkripsi DNA belum dapat berfungsi

sebagaimana mestinya. Sebelum bergerak ke ribosom, setiap RNA yang

dihasilkan harus melalui beberapa proses. Adapun poses tersebut antara lain

yaitu capping, polideanilasi, dan splicing. Menurut Russel (1992), pada

prokariotik, tidak terdapat selubung inti (membran inti), sehingga proses

transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak karena semua

komponen transkripsi dan translasi terletak pada ruangan sitoplasma yang sama.

Sebaliknya, pada eukariotik, transkripsi berlangsung di dalam nukleus sedangkan

translasi berlangsung di dalam sitoplasma. Dengan demikian translasi baru dapat

dijalankan jika proses transkripsi sudah selesai dilakukan. Jeda waktu semacam

ini disebut sebagai fase pasca transkripsi. Pada fase ini terjadi beberapa proses

3
pembentukan RNA siap pakai (RNA-d, RNA-r, RNA-t).

Sintesis RNA pada Eukariot dimulai di dalam nukleoplasma. Pada tahap

transkripsi awal, dihasilkan heteronuclear RNA (hnRNA) yang mengandung

beberapa nukleotida. Nukleotida ini dibutuhkan untuk sintesis protein, yang

disebut dengan ekson dan beberapa nukleotida yang tidak dibutuhkan untuk

sintesis protein yg disebut intron (Mansyurdin, 2015).

Pada organisme eukariotik, pemrosesan RNA terjadi melalui beberapa

proses yang unik, antara lain yaitu, pemotongan dan penyambungan RNA (RNA

Splicing), poliadenisasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3 RNA-d),

penambahan tudung (cap) pada ujung 5 RNA-m dan penyuntingan RNA-m.

Sementara pada prokariotik RNA hasil transkripsi langsung berfungsi

sebagai molekul RNA-d yang akan di translasikan pada saat biosintesis

protein (Russel,1992).

Salah satu istilah yang akrab dengan pemrosesan RNA adalah intron

dan ekson. Ekson adalah bagian yang akan mengkode protein (disebut open

reading frame/ORF) dan yang tidak ditranslasi menjadi protein tetapi berperan

dalam proses transkripsi (non translated 5 atau 3 region). Hasil transkripsi

sering kali juga membawa sekuensi yang disebut sebagai intron, yang bisa ada

dibagian ORF atau dibagian non translated 5 atau 3 region. Secara bertahap,

intron akan dibuang dari transkrip yang terbentuk dan ekson yang akan

digabungkan membentuk mRNA yang siap untuk ditransisi menjadi protein

(Siregar, 2002). Menurut Lewin (2004), ekson biasanya relative pendek

dibandingkan dengan intron, yaitu sekitar 100-200 bp. Sedangkan intron

dapat mencapai lebih dari 1 kb.

4
 Gambar 1. Skema RNA processing

2.1 Capping (Penutupan)

Capping adalah suatu tahap penambahan kelompok guanin (residu 7-

metil guanosin) pada ujung 5. Capping terjadi ketika rantai RNA telah mencapai

panjang 30 nukleotida. Fungsi dari capping ini adalah untuk melindungi pre-

mRNA dari degradasi eksonuklease, dan terlibat dalam pelekatan ke sub

unit ribosom 40S. Proses capping terjadi ketika transkripsi belum selesai.

Penambahan kelompok metil ini mengakibatkan terjadinya perbanyakan

jumlah nukleotida. Pada bagian tutup (cap) disebut dengan mesin translasi, yang

berfungsi untuk melindungi pertumbuhan rantai RNA dari degradasi inti (Russel,

2006).

Proses capping melibatkan penambahan 7-metilguanosin, oleh suatu

kondensasi ke gugusan trifosfat dari nukleotida pada terminal 5 dari pre

mRNA yang berdekatan (Gunadharma, 2017). Menurut Brown (2002),

proses capping sendiri mencakup penambahan suatu nukleotida berbasa guanin

5
(biasanya 7-methyl guanosine) pada nukleotida di ujung 5. Penambahan itu

terjadi berupa terbentuknya ikatan tak lazim antara 5 dan 5 (ikatan yang lazim

adalah antara karbon 5 dan 3). Proses 5capping itu juga dilengkapi dengan

penambahan dua gugus CH3 pada dua nukleotida pertama dari rantai RNA.

Tahapan lebih lanjut yaitu enzim RNA polymerase II memulai translasi

pada nukleotida yang memiliki basa tempat penambahan penutup atau cap,

tapak DNA itu disebut sebagai tapak penutup atau cap site. Dalam hubungan ini

tidak ada template DNA untuk menutup (cap) di ujung 5 tersebut. Akan

tetapi jika hasil transkripsi mula-mula (transkripsi primer) sudah sepanjang

sekitar 20 30 nukleotida, suatu struktur penutup (yang telah mengalami

metilasi) ditambahkan pada ujung 5 dari hasil transkripsi tersebut. Penutup atau

cap itulah yang merupakan tempat ujung 5 dari RNA-d berikatan dengan

robosom (Russel, 1992).

Gambar 2. Proses Capping dilihat dari struktur bangun kimia

2.2 Polideanilation (Poliadenilasi)

Polideanilasi adalah suatu peristiwa penambahan residu adenosin atau

6
poly (A) ke ujung 3 dari hnRNA. Ujung poly (A) berfungsi utk melindungi pre-

mRNA dari degradasi ribonuklease (RNAse), dan berfungsi untuk transpor

mRNA dari inti ke sitoplasma. E n z i m p o l y ( A ) p o l y m e r a s e a k a n

menambahkan adenin ribonukleotida hingga sekitar 200 pasang basa pada ujung

rantai 3 dari RNA (Russel, 2006).

Peranan ekor poly (A) di pandang sangat penting dalam hubungannya

dengan stabilitas RNA-m (Russel, 1992). Sebagai contoh, RNA-m protein globin

yang masih memiliki ekor poly (A) normal yang disuntikan ke dalam oosit

katak, akan tetapi aktif (ditranslasikan) selama suatu jangka yang cukup lama.

Sebaliknya jika yang dimsukkan ke dalam oosit katak adalah RNA-m globin

tanpa ekor poly (A), maka RNA-m tersebut tidak lama bertahan aktif karena

segera mangalami degradasi.

Penambahan ekor poly (A) merupakan suatu mekanisme yang memberi

sinyal ujung akhir dari RNA-m eukariotik. Pada eukariotik, tidak ada urutan

nukleotida terminasi transkripsi di dekat ujung akhir dari sesuatu molekul

RNA-m. Kenyataan itu berbeda dengan yang dijumpai pada prokariotik, seperti

diketahui prokariotik ada urutan nukleotida terminasi transkripsi spesifik yang

menadai akhir suatu molekul RNA-m. Oleh karena itu, seperti yang terungkap

pada beberapa kasus, transkripsi (untuk RNA-m) berlangsung terus hingga

mencapai ratusan bahkan ribuan nukleotida melalui tapak penambahan poly (A).

Pada waktunya terjadi pemutusan ditapak itu (dengan bantuan suatu enzim

endonuklease yang khas RNA) sehingga dihasilkan suatu ujung 3 OH, dan

selanjutnya pada ujung itu di tambahkan ekor poly (A) seperti yang telah

disebutkan (Russel, 1992).

7
 Gambar 3. Skema Polideanilasi

2.3 Splicing (Penyambungan)

Pada proses ini, terjadi mekanisme dimana intron menghilang dan

bagian ekson tetap. Intron merupakan urutan campuran nukleotida yang tidak

mengekspresikan protein. Sedangkan ekson adalah bagian yang menahan

molekul RNA dewasa dan dapat mengekspresikan protein. Kejadian awal

pemotongan intron dari pre mRNA melibatkan ribonukleoprotein. Pemotongan

berlangsung dalam 2 tahap yaitu, 1) Pre mRNA dipotong pada ujung 5 dari

intron dan, 2) ikatan 5-2 fosfodiester dibentuk antara ujung 5 intron yg bebas

dg 2-OH dari residu intron, dekat tempat pemotongan 3 intron. Ujung 3 intron

dipotong dan dilepaskan, selanjutnya dua intron dihancurkan. Ekson akan

ditransfer ke sitoplasma, sedangkan intron tetap tinggal di dalam nukleoplasma

yang kemudian akan didegradasi oleh RNAse (Russel, 2006).

Mekanisme dari splicing yaitu, pada awalnya terdapat intranuklear

protein atau komplek RNA yang disebut splicosome yang memastikan ketepatan

splicing. Tiga tipe sekuen pendek membaca pemotongan yang tepat dari batas-

batas ekson atau intron (disebut splice junction), yaitu splice donor (dimulai dari

8
ujung 5 dan intron yaitu ekson-G-U), splice acceptor (dimulai dari ujung 3

dan intron yaitu A-G- ekson), dan brachsite (dalam intron, sekitar 30 nukleotid

dari splicing accetror dan memiliki banyak daerah AT dengan hanya satu A.

Kemudian terjadi pemotongan 2 sekuen/urutan yaitu bagian splice donor (akan

membelah) dan bagian atas brachsite. Setelah itu, bagian splice acceptor akan

membelah, intron akan terdegradasi dan dua bagian akson akan menyatu (Russel,

2006).

Menurut Russel (1992), pada tahap pertama terjadi pemutusan pada

sambungan di ujung 5 yang memisahkan hasil transkripsi ekson 1 dari

bagian molekul RNA lain. Selanjutnya ujung 5 yang bebas dari hasil transkripsi

intron melengkung dan berhubungan dengan suatu nukleotida berbasa A

(nukleotida tersebut merupakan bagian dari suatu urut-urutan yang disebut urut-

urutan titik cabang atau branch point sequence) yang terletak di hulu ujung

sambungan 3. Branchpoint sequence memiliki sequence berupa 5CURAY3.

Pada verterbrata, R = purin, Y = pirimidin, namun pada khamir ditemukan

sekuens spesifik yakni 5UACUAAC3. Sinyal sinyal pada ujung 5, 3, dan

branchpoint sequence akan di-splicing oleh snRNA (small nuclear RNA) yang

akan berasosiasi dengan suatu protein membentuk kompleks protein small

ribonuclear proteins (snRNPs, dibaca snurp) yang terdiri dari U1 ,U2,

U2AF, U4, U5, dan U6. Snurp U1 akan mengenali dan mengikat ujung 5 dari

intron; snurp U2 akan mengikat branchpoint sequence; snurp U2AF (U2

accesore factor) akan mengikat ujung 3; dan snurp U4/U6 akan mengikat

snurp U2 dan U6. Kompleks antara snRNPs dengan pre mRNA akan membentuk

suatu kompleks yang dinamakan spliceosome. Spliceosome tersebut akan

9
membentuk gulungan (loop) pada intron (Lewin, 2004)

Gambar 4. Kompleks Spliceosom

Terbentuknya struktur lengkung keluar (atau ke belakang) oleh ujung 5

hasil transkripsi intron itu merupakan tahap ke dua dari mRNA splicing, dan

struktur lengkung tersebut disebut sebagai struktur lariat atau lariat

structure. Tahap terakhir atau tahap ke tiga dari mRNA splicing adalah

pemutusan hubungan hasil transkripsi intron-ekson di ujung 3 dan

penyambungan kedua ekson. Pada tahap terakhir inilah hasil transkripsi intron,

dan terbentuklah RNA-m tanpa hasil transkripsi intron (Russel, 1992).

Gambar 5. Proses terjadinya Splicing

10
 Setelah mRNA melalui seluruh proses di atas, maka mRNA akan

ditransportasikan menuju sitoplasma melalui pori inti untuk selanjutnya

melakukan translasi.

2.4 Pembentukan tRNA

Jika tadi pembahasan mengenai pemrosesan RNA lebih diberatkan

pada mRNA. Berikut ini tahapan pembuatan tRNA secara umum. Produk

pertama transkripsi gen RNA-t pada prokariotik maupun eukariotik disebut

sebagai RNA-t precursor atau pre-tRNA. Sebagaimana RNA-m pada

eukariotik, RNA-t precursor pada prokariotik maupun eukariotik lebih panjang

daripada RNA-t yang siap pakai, RNA-t precursor tersebut juga mempunyai

urutan kepala (leader) di ujung 5 dan urutan ekor (trailer) di ujung 3 (Russel,

1992). Urutan kepala maupun urutan ekor tetap dipertahankan pada RNA-m

yang siap pakai baik di pada prokariotik maupun eukariotik. Akan tetapi urutan

kepala maupun urutan ekor tersebut disingkirkan selama proses pembentukan

RNA-t siap pakai, baik pada prokariotik maupun eukariotik (Russel, 1992).

Pembentukan RNA-t siap pakai pada eukariotik berlangsung di dalam inti.

RNA-t siap pakai berukuran sekitar 4S serta terdiri dari suatu rantai tunggal yang

mempunyai 75 hingga 90 nukleotida. Diantara macam-macam RNA-t terdapat

perbedaan urutan nukleotida. Sebagaimana yang telah dikemukakan sebelumnya

bahwa sebagian gen RNA-t berkelompok. Ada bukti yang memperlihatkan di

kalangan prokariotik, suatu kelompok gen RNA-t dapat di transkripsikan

bersama, menghasilkan suatu transkripsi RNA tunggal yang mengandung

sejumlah urutan nukleotida RNA-t (Russel,1992). Pada eukariotik, kejadiannya

tidak demikian. Berikut ini ditunjukan molekul-molekul RNA-t precursor dari

11
RNA-t.5-kepala/leader-(RNA-t-penyela/spacer)RNA-t-ekor/trail.

Dalam hal ini adalah jumlah penyela/spacer-RNA-t yang merupakan ciri

suatu kelompok gen RNA-t.

BAB III
12
 PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Adapun kesimpulan yang dapat diambil dari penyusunan makalah ini

adalah sebagai berikut.

1. Tahap yang dilalui RNA sebelum dapat berfungsi sebagaimana mestinya

adalah capping, polideanilation, dan splicing.

2. Capping merupakan proses penutupan ujung 5 oleh kelompok

metil. Polideanilation merupakan proses penambahan poly (A) pada ujung

3. Splicing merupakan proses pemotongan intron.

DAFTAR PUSTAKA

Alberts, B. 1994. Molecular: Biology of The Cell. Garland. New York.

Brown, T. A. 2002. Genomes, Second editions. Jhon Wiley and Sons Inc, New
York.

Gunadharma. 2017. Informasi Genetik: Transkripsi dan Pengendaliannya.

Lewin, B. 2004. Genes VIII. Pearson Prentice Hall. USA.

Mansyurdin. 2015. Bahan Ajar Biologi Sel dan Molekular: Sintesis RNA
atau Transkripsi DNA. Universitas Andalas. Padang.

Rosana, D. 2015. Modul 3: Struktur dan Fungsi DNA dan RNA. UNY

Russel, PJ. 1992. Genetics Third Edition. New York: Harper Collins Publishers.

Russel, PJ. 2006. RNA Processing: Eukaryotic mRNAs. Pearson

Education. Benjamin Cummings Publishers.

Siregar, E.B.M. 2002. Proses-proses Awal Ekspresi Gen pada Tanaman.

USU

Soedigdo, P. 1973. Tinjauan Ulang Mengenai Biokimia dan RNA serta

Biosintesa Protein. Proceedings ITB Vol. 7 No.2. ITB. Bandung.
13
Yuwono. 2012. Bioinformatika. Unisri

MAKALAH GENETIKA
PASCA TRANSKRIPSI (RNA PROCESSING)

Disusun oleh :

14
 1. Dyah Ayu Gia Soebarjo E1A215016
2. Rory Mahendra
3. Corry Romaito Arta Sihombing
4. Oktaviani
5. Muhammad Rais Akbar

JURUSAN AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
BANJARBARU
2017
KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat allah SWT yang telah melimpahkan rahmat serta

hidayahnya kepada kita semua, sehingga telah selesainya makalah ini. Kami

menyadari bahwa manusia tak luput dari kekurangan. Mungkin dalam penyusunan

banyak kekurangan baik dari segi isi maupun penulisannya. Maka dari itu kami

mohon maaf atas kekurangan-kekurangan yang sengaja maupun tak sengaja.

Saran dan kritik dari pembaca sengat kami butuhkan. Tanpa ada kritikan

maupun saran dari pembaca tak mungkin tau dan bisa untuk memperbaikinya.

Kami berharap semoga makalah ini dapat menambah wawasan dan

pengetahuan kita semua serta memberikan manfaat dari pembaca dan penulis.

15
 Banjarbaru, 04 April 2017

DAFTAR ISI

Halaman

KATA PENGANTAR................................................................................ i

DAFTAR ISI.............................................................................................. ii

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang.............................................................................. 1

1.2 Rumusan Masalah......................................................................... 2

1.3 Tujuan........................................................................................... 2

BAB II PEMBAHASAN

2.1 Capping (Penutupan).................................................................. 5

16
 2.2 Polideanilation (Poliadenilasi)..................................................... 6

2.3 Splicing (Penyambungan).......................................................... 8

2.4 Pembentukan tRNA................................................................... 11

BAB III PENUTUP.......................................................................................... 14

Kesimpulan................................................................................................ 14

DAFTAR PUSTAKA

17