Accelerat ing t he world's research.

MAKALAH RNA Processing.pdf

Sarifatul Maulidia

Related papers Download a PDF Pack of t he best relat ed papers 

FROM GENE T O PROT EIN: T RANSKRIPSI DAN T RANSLASI

frederick kevin

Kont rol Perkembangan oleh RNA

Erie Agust a

ST RUKT UR DAN EKSPRESI GEN

Eka Haris Prast iwi
 MAKALAH
GENETIKA MOLEKULER

RNA PROCESSING

DISUSUN/DISADUR
OLEH

DINI RAHMAWATI
NO BP. 1410422027

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS ANDALAS
PADANG
2017
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Salah satu komponen terpenting yang dimiliki oleh makhluk hidup adalah genom.
Genom yaitu keseluruhan materi genetik yang terdapat dalam suatu organisme.
Genom pada semua sel adalah DNA, sedangkan pada virus, genom dapat berupa
DNA atau RNA. Umumnya istilah genom mengacu pada DNA yang terdapat dalam
kromosom, sedangkan DNA ekstrakromosom seperti DNAmitokondria (mtDNA)
pada sel eukariot dan DNA plasmid pada prokariot disebut DNA ekstragenom.
Fungsi dari genom adalah membawa materi hereditas yaitu materi yang akan
diwariskan pada generasi berikut dan mengatur metabolisme melalui proses sintesis
protein (Yuwono, 2012).
Sebagai pembawa informasi genetika, DNA mempunyai dua tugas utama yaitu
membuat kopian yang tepat dari dirinya sendiri pada tahap replikasi, dan meneruskan
kode-kode informasi yang dimiliki ke mRNA pada tahap transkripsi (Soedigdo,
1973). DNA yang menyimpan infomasi genetik ini, secara tidak langsung berfungsi
dalam mengatur produksi berbagai asam amino yang dibutuhkan oleh tubuh. Asam
amino inilah yang nantinya akan menjadi protein yang dibutuhkan, baik berupa
hormon, enzim, dll. Fungsi utama dari DNA adalah sebagai template dalam sintesa
molekul RNA. Kecepatan total dimana nukleotida membentuk RNA adalah sekitar
20 kali kecepatan DNA terbetuk (replikasi) pada fase S (Alberts, 1994). Setelah
terbentuk, RNA masih harus melalui berbagai proses dan ditranfer ke sitoplasma
untuk dapat menjalankan tugasnya dalam sintesis asam amino. Tahapan tersebut
antara lain capping, poliadenilasi, dan splicing (Russel, 2006).
Berdasarkan uraian di atas, maka dapat diketahui bahwa pemrosesan RNA
merupakan salah satu hal yang penting dalam sintesa protein. Hal ini karena
pemrosesan RNA adalah suatu proses menjadikan pre mRNA menjadi mRNA yang
fungsional sehingga dapat melanjutkan tahap sintesa protein yaitu translasi. Oleh
karena itu, disusunlah makalah ini untuk memberikan informasi mengenai
pemrosesan RNA (RNA Processing).
1.2 Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalah yang diangkat di dalam makalah ini adalah sebagai
berikut.
1. Apa saja tahap-tahap dalam pemrosesan RNA ?
2. Bagaimana mekanisme yang terjadi pada setiap tahap tersebut ?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari penyusunan makalah ini adalah sebagai berikut.
1. Mengetahui tahap-tahap dalam pemrosesan RNA.
2. Mengetahui mekanisme yang terjadi pada setiap tahap pemrosesan RNA.

1.4 Manfaat
Adapun manfaat yang diharapkan dari penyusunan makalah ini adalah memberikan
informasi bagi pembaca mengnai berbagai hal yang berhubungan dengan tahap
pemrosesan RNA.
 BAB II
PEMBAHASAN

Deoxyribosa Nucleic Acid (DNA) merupakan makromolekul berupa benang sangat

panjang yang terbentuk dari sejumlah besar deoksiribonukleotida, yang masing-
masing tersusun dari satu basa, satu gula dan satu gugus phospat. RNA (Ribosa
Nucleic Acid), seperti halnya DNA, merupakan polimer panjang tidak bercabang
yang terdiri dari nukleotida-nukleotida yang bersambung dengan ikatan 3' hingga 5'
fosfodiester. RNA tidak dapat membentuk heliks ganda tipe B-DNA karena
interferensi steril oleh gugus 2'-hidroksil pada unit-unit ribosanya. Akan tetapi, RNA
dapat membentuk modifikasi heliks ganda dan pasangan-pasangan basanya menjauh
membuat sudut sekitar 20° lebih besar dari garis tegak lurus dengan sumbu heliks,
suatu struktur yang mirip dengan A-DNA (Rosana, 2015).
RNA yang berasal dari transkripsi DNA belum dapat berfungsi sebagaimana
mestinya. Sebelum bergerak ke ribosom, setiap RNA yang dihasilkan harus melalui
beberapa proses. Adapun poses tersebut antara lain yaitu capping, polideanilasi, dan
splicing. Menurut Russel (1992), pada prokariotik, tidak terdapat selubung inti
(membran inti), sehingga proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara
serentak karena semua komponen transkripsi dan translasi terletak pada ruangan
sitoplasma yang sama. Sebaliknya, pada eukariotik, transkripsi berlangsung di dalam
nukleus sedangkan translasi berlangsung di dalam sitoplasma. Dengan demikian
translasi baru dapat dijalankan jika proses transkripsi sudah selesai dilakukan. Jeda
waktu semacam ini disebut sebagai fase pasca transkripsi. Pada fase ini terjadi
beberapa proses pembentukan RNA siap pakai (RNA-d, RNA-r, RNA-t).
Sintesis RNA pada Eukariot dimulai di dalam nukleoplasma. Pada tahap
transkripsi awal, dihasilkan heteronuclear RNA (hnRNA) yang mengandung
beberapa nukleotida. Nukleotida ini dibutuhkan untuk sintesis protein, yang disebut
dengan ekson dan beberapa nukleotida yang tidak dibutuhkan untuk sintesis protein
yg disebut intron (Mansyurdin, 2015).
Pada organisme eukariotik, pemrosesan RNA terjadi melalui beberapa proses
yang unik, antara lain yaitu, (1) pemotongan dan penyambungan RNA (RNA
Splicing), (2) poliadenisasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’ RNA-d), (3)
penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ RNA-m, dan (4) dan penyuntingan RNA-m.
Sementara pada prokariotik RNA hasil transkripsi langsung berfungsi sebagai
molekul RNA-d yang akan di translasikan pada saat biosintesis protein (Russel,
1992).
Salah satu istilah yang akrab dengan pemrosesan RNA adalah intron dan
ekson. Ekson adalah bagian yang akan mengkode protein (disebut open reading
frame/ORF) dan yang tidak ditranslasi menjadi protein tetapi berperan dalam proses
transkripsi (non translated 5’ atau 3’ region). Hasil transkripsi sering kali juga
membawa sekuensi yang disebut sebagai intron, yang bisa ada dibagian ORF atau
dibagian non translated 5’ atau 3’ region. Secara bertahap, intron akan dibuang dari
transkrip yang terbentuk dan ekson yang akan digabungkan membentuk mRNA yang
siap untuk ditransisi menjadi protein (Siregar, 2002). Menurut Lewin (2004), ekson
biasanya relatif pendek dibandingkan dengan intron, yaitu sekitar 100-200 bp.
Sedangkan intron dapat mencapai lebih dari 1 kb.

Gambar 1. Skema RNA processing

2.1 Capping (Penutupan)
Capping adalah suatu tahap penambahan kelompok guanin (residu 7-metil guanosin)
pada ujung 5’. Capping terjadi ketika rantai RNA telah mencapai panjang 30
nukleotida. Fungsi dari capping ini adalah untuk melindungi pre-mRNA dari
degradasi eksonuklease, dan terlibat dalam pelekatan ke sub unit ribosom 40S.
Proses capping terjadi ketika transkripsi belum selesai. Penambahan kelompok metil
ini mengakibatkan terjadinya perbanyakan jumlah nukleotida. Pada bagian tutup
(cap) disebut dengan mesin translasi, yang berfungsi untuk melindungi pertumbuhan
rantai RNA dari degradasi inti (Russel, 2006).
 Proses capping melibatkan penambahan 7-metilguanosin, oleh suatu
kondensasi ke gugusan trifosfat dari nukleotida pada terminal 5’ dari pre mRNA
yang berdekatan (Gunadharma, 2017). Menurut Brown (2002), proses capping
sendiri mencakup penambahan suatu nukleotida berbasa guanin (biasanya 7-methyl
guanosine) pada nukleotida di ujung 5′. Penambahan itu terjadi berupa terbentuknya
ikatan tak lazim antara 5′ dan 5′ (ikatan yang lazim adalah antara karbon 5′ dan 3′).
Proses 5’capping itu juga dilengkapi dengan penambahan dua gugus CH3 pada dua
nukleotida pertama dari rantai RNA.
Tahapan lebih lanjut yaitu enzim RNA polymerase II memulai translasi pada
nukleotida yang memiliki basa tempat penambahan penutup atau cap, tapak DNA
itu disebut sebagai tapak penutup atau cap site. Dalam hubungan ini tidak ada
template DNA untuk menutup (cap) di ujung 5′ tersebut. Akan tetapi jika hasil
transkripsi mula-mula (transkripsi primer) sudah sepanjang sekitar 20 hingga 30
nukleotida, suatu struktur penutup (yang telah mengalami metilasi) di tambahkan
pada ujung 5′ dari hasil transkripsi tersebut. Penutup atau cap itulah yang merupakan
tempat ujung 5′ dari RNA-d berikatan dengan robosom (Russel, 1992).

Gambar 2. Proses Capping dilihat dari struktur bangun kimia

2.2 Polideanilation (Poliadenilasi)

Polideanilasi adalah suatu peristiwa penambahan residu adenosin atau poly (A) ke
ujung 3’ dari hnRNA. Ujung poly (A) berfungsi utk melindungi pre-mRNA dari
degradasi ribonuklease (RNase), dan berfungsi untuk transpor mRNA dari inti ke
sitoplasma. Enzim poly (A) polymerase akan menambahkan adenin ribonukleotida
hingga sekitar 200 pasang basa pada ujung rantai 3’ dari RNA (Russel, 2006).
Peranan ekor poly (A) di pandang sangat penting dalam hubungannya dengan
stabilitas RNA-m (Russel, 1992). Sebagai contoh, RNA-m protein globin yang masih
memiliki ekor poly (A) normal yang disuntikan ke dalam oosit katak, akan tetapi
aktif (ditranslasikan) selama suatu jangka yang cukup lama. Sebaliknya jika yang
dimsukkan ke dalam oosit katak adalah RNA-m globin tanpa ekor poly (A), maka
RNA-m tersebut tidak lama bertahan aktif karena segera mangalami degradasi.
Penambahan ekor poly (A) merupakan suatu mekanisme yang memberi sinyal
ujung akhir dari RNA-m eukariotik. Pada eukariotik, tidak ada urutan nukleotida
terminasi transkripsi di dekat ujung akhir dari sesuatu molekul RNA-m. Kenyataan
itu berbeda dengan yang dijumpai pada prokariotik, seperti diketahui prokariotik ada
urutan nukleotida terminasi transkripsi spesifik yang menadai akhir suatu molekul
RNA-m. Oleh karena itu, seperti yang terungkap pada beberapa kasus, transkripsi
(untuk RNA-m) berlangsung terus hingga mencapai ratusan bahkan ribuan
nukleotida melalui tapak penambahan poly (A). Pada waktunya terjadi pemutusan di
tapak itu (dengan bantuan suatu enzim endonuklease yang khas RNA) sehingga
dihasilkan suatu ujung 3′ OH, dan selanjutnya pada ujung itu di tambahkan ekor poly
(A) seperti yang telah disebutkan (Russel, 1992).

Gambar 3. Skema Polideanilasi

2.3 Splicing (Penyambungan)
Pada proses ini, terjadi mekanisme dimana intron menghilang dan bagian ekson
tetap. Intron merupakan urutan campuran nukleotida yang tidak mengekspresikan
protein. Sedangkan ekson adalah bagian yang menahan molekul RNA dewasa dan
dapat mengekspresikan protein. Kejadian awal pemotongan intron dari pre mRNA
melibatkan ribonukleoprotein. Pemotongan berlangsung dalam 2 tahap yaitu, 1) Pre
mRNA dipotong pada ujung 5’ dari intron dan, 2) ikatan 5’-2 fosfodiester dibentuk
antara ujung 5’ intron yg bebas dg 2-OH dari residu intron, dekat tempat pemotongan
3’ intron. Ujung 3’ intron dipotong dan dilepaskan, selanjutnya dua intron
dihancurkan. Ekson akan ditransfer ke sitoplasma, sedangkan intron tetap tinggal di
dalam nukleoplasma yang kemudian akan didegradasi oleh RNAse (Russel, 2006).
Mekanisme dari splicing yaitu, pada awalnya terdapat intranuklear protein atau
komplek RNA yang disebut splicosome yang memastikan ketepatan splicing. Tiga
tipe sekuen pendek membaca pemotongan yang tepat dari batas-batas ekson atau
intron (disebut splice junction), yaitu splice donor (dimulai dari ujung 5’ dan intron
yaitu ekson-G-U), splice acceptor (dimulai dari ujung 3’ dan intron yaitu A-G-
ekson), dan brachsite (dalam intron, sekitar 30 nukleotid dari splicing accetror dan
memiliki banyak daerah AT dengan hanya satu A. Kemudian terjadi pemotongan 2
sekuen/urutan yaitu bagian splice donor (akan membelah) dan bagian atas brachsite.
Setelah itu, bagian splice acceptor akan membelah, intron akan terdegradasi dan dua
bagian akson akan menyatu (Russel, 2006).
Menurut Russel (1992), pada tahap pertama terjadi pemutusan pada sambungan
di ujung 5′ yang memisahkan hasil transkripsi ekson 1 dari bagian molekul RNA
lain. Selanjutnya ujung 5′ yang bebas dari hasil transkripsi intron melengkung dan
berhubungan dengan suatu nukleotida berbasa A (nukleotida tersebut merupakan
bagian dari suatu urut-urutan yang disebut urut-urutan titik cabang atau branch point
sequence) yang terletak di hulu ujung sambungan 3′.
Branchpoint sequence memiliki sequence berupa 5′–CURAY–3′. Pada
verterbrata, R = purin, Y = pirimidin, namun pada khamir ditemukan sekuens
spesifik yakni 5′–UACUAAC–3′. Sinyal sinyal pada ujung 5′, 3′, dan branchpoint
sequence akan di-splicing oleh snRNA (small nuclear RNA) yang akan berasosiasi
dengan suatu protein membentuk kompleks protein small ribonuclear proteins
(snRNPs, dibaca “snurp”) yang terdiri dari U1 ,U2, U2AF, U4, U5, dan U6. Snurp
U1 akan mengenali dan mengikat ujung 5′ dari intron; snurp U2 akan mengikat
branchpoint sequence; snurp U2AF (U2 accesore factor) akan mengikat ujung 3′;
dan snurp U4/U6 akan mengikat snurp U2 dan U6. Kompleks antara snRNPs dengan
pre mRNA akan membentuk suatu kompleks yang dinamakan spliceosome.
Spliceosome tersebut akan membentuk gulungan (loop) pada intron (Lewin, 2004)

Gambar 4. Kompleks Spliceosom

Terbentuknya struktur lengkung keluar (atau ke belakang) oleh ujung 5′ hasil
transkripsi intron itu merupakan tahap ke dua dari mRNA splicing, dan struktur
lengkung tersebut disebut sebagai “struktur lariat” atau lariat structure. Tahap
terakhir atau tahap ke tiga dari mRNA splicing adalah pemutusan hubungan hasil
transkripsi intron-ekson di ujung 3′ dan penyambungan kedua ekson. Pada tahap
terakhir inilah hasil transkripsi intron, dan terbentuklah RNA-m tanpa hasil
transkripsi intron (Russel, 1992).

Gambar 5. Proses terjadinya Splicing

Setelah mRNA melalui seluruh proses di atas, maka mRNA akan ditransportasikan
menuju sitoplasma melalui pori inti untuk selanjutnya melakukan translasi.

Pembentukan tRNA
Jika tadi pembahasan mengenai pemrosesan RNA lebih diberatkan pada
mRNA. Berikut ini tahapan pembuatan tRNA secara umum. Produk pertama
transkripsi gen RNA-t pada prokariotik maupun eukariotik disebut sebagai RNA-t
precursor atau pre-tRNA. Sebagaimana RNA-m pada eukariotik, RNA-t precursor
pada prokariotik maupun eukariotik lebih panjang daripada RNA-t yang siap pakai,
RNA-t precursor tersebut juga mempunyai urutan kepala (leader) di ujung 5′ dan
urutan ekor (trailer) di ujung 3’ (Russel, 1992). Urutan kepala maupun urutan ekor
tetap dipertahankan pada RNA-m yang siap pakai baik di pada prokariotik maupun
eukariotik. Akan tetapi urutan kepala maupun urutan ekor tersebut disingkirkan
selama proses pembentukan RNA-t siap pakai, baik pada prokariotik maupun
eukariotik (Russel, 1992).
Pembentukan RNA-t siap pakai pada eukariotik berlangsung di dalam inti.
RNA-t siap pakai berukuran sekitar 4S serta terdiri dari suatu rantai tunggal yang
mempunyai 75 hingga 90 nukleotida. Diantara macam-macam RNA-t terdapat
perbedaan urutan nukleotida. Sebagaimana yang telah dikemukakan sebelumnya
bahwa sebagian gen RNA-t berkelompok. Ada bukti yang memperlihatkan di
kalangan prokariotik, suatu kelompok gen RNA-t dapat di transkripsikan bersama,
menghasilkan suatu transkripsi RNA tunggal yang mengandung sejumlah urutan
nukleotida RNA-t (Russel,1992). Pada eukariotik, kejadiannya tidak demikian.
Berikut ini ditunjukan molekul-molekul RNA-t precursor dariRNA-t.
5‘—-kepala/leader—-(RNA-t—-penyela/spacer)—RNA-t—-ekor/trail.
Dalam hal ini adalah jumlah penyela/spacer—-RNA-t yang merupakan ciri suatu
kelompok gen RNA-t.
 BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang dapat diambil dari penyusunan makalah ini adalah sebagai
berikut.
1. Tahap yang dilalui RNA sebelum dapat berfungsi sebagaimana mestinya adalah
capping, polideanilation, dan splicing.
2. Capping merupakan proses penutupan ujung 5’ oleh kelompok metil.
Polideanilation merupakan proses penambahan poly (A) pada ujung 3’. Splicing
merupakan proses pemotongan intron.

3.2 Saran
Adapun saran yang diajukan untuk penyusun yaitu agar selalu berusaha
memperbanyak referensi mengenai RNA processing ini sehingga materi yang
disajikan lebih lengkap. Untuk pembaca, agar juga mencari referensi lain yang
mendukung mengenai materi RNA Processing ini.
 DAFTAR PUSTAKA

Alberts, B. 1994. Molecular: Biology of The Cell. Garland. New York.

Brown, T. A. 2002. Genomes, Second editions. Jhon Wiley and Sons Inc, New York.
Gunadharma. 2017. Informasi Genetik: Transkripsi dan Pengendaliannya. Diakses
dari http://elearning.gunadarma.ac.id/docmodul/biokimia/bab%2021.pdf pada
5 Februari 2017.
Lewin, B. 2004. Genes VIII. Pearson Prentice Hall. USA.
Mansyurdin. 2015. Bahan Ajar Biologi Sel dan Molekular: Sintesis RNA atau
Transkripsi DNA. Universitas Andalas. Padang.
Rosana, D. 2015. Modul 3: Struktur dan Fungsi DNA dan RNA. Diakses dari
http://staff.uny.ac.id/sites/default/files/pendidikan/dadan-rosanadr-msi/modul-
3-strukturdan-fungsi-dna-dan-rna1.pdf pada 12 Februari 2017 pukul 11.00 wib.
Russel, PJ. 1992. Genetics Third Edition. New York: Harper Collins Publishers.
Russel, PJ. 2006. RNA Processing: Eukaryotic mRNAs. Pearson Education.
Benjamin Cummings Publishers.
Siregar, E.B.M. 2002. Proses-proses Awal Ekspresi Gen pada Tanaman. Diakses
dari repository.usu.ac.id pada 8 Februari 2017.
Soedigdo, P. 1973. Tinjauan Ulang Mengenai Biokimia dan RNA serta Biosintesa
Protein. Proceedings ITB Vol. 7 No.2. ITB. Bandung.
Yuwono. 2012. Bioinformatika. Diakses dari
http://eprints.unsri.ac.id/1785/2/Bioinformatika_2012.pdf pada 5 Februari
2017.