TUGAS MATA KULIAH BIOREAKSI

TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

Dosen Pengampu:
Prof. Dr. Anak Agung Istri Ratnadewi, S.Si, M.Si.

Oleh:

Nama : Dwi Sofiatur Rahma

Nim : 211810301062
Kelas : A

MATA KULIAH BIOREAKSI

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS JEMBER
2023
SINTESIS PROTEIN
Sintesis protein adalah proses kompleks yang mencakup penerjemahan kode
terhadap RNA menjadi polipeptida. Proses ini melibatkan RNA, DNA, ribosom,
enzim, dan asam amino. Sistem protein memerlukan bahan dasar asam amino dan
bertahan pada ribosom dan inti sel. Hubungan penyandian, RNA, DNA, serta
Protein menyangkut:
1. Replica DNA membentuk DNA baru.
2. Translasi sandi dari cetakan mRNA terhadap sekuen asam amino secara
spesifik sebuah protein.
3. Transaksi DNA membuat cetakan mRNA.
Sintesis protein secara singkat dapat dikatakan sebagai transformasi DNA menjadi
mRNA dan kemudian menjadi protein. DNA sendiri terdiri dari nukleotida, yang
merupakan gula deoksiribosa yang dilengkapi dengan fosfat dan basa. Atom C3
pada gula deoksiribosa dari satu nukleotida (3') dan atom C5 pada nukleotida
berikutnya (5') biasanya terikat melalui ikatan fosfodiester untuk membentuk
"backbone gula-fosfat". Ini dimulai dengan proses replikasi DNA, yang juga terdiri
dari tiga fase: inisiasi, elongasi, dan terminasi. Semua data di dalam sel berasal
dari DNA yang bereplikasi terlebih dahulu untuk diperbanyak, sehingga
menunjukkan bahwa replikasi DNA bertujuan untuk menggandakan segala sesuatu
di dalam sel untuk proses pembelahan sel. Replikasi DNA dan sintesis protein pasti
berkaitan, dimana merujuk pada penyalinan kode gen yang disebut sebagai
pembentukan DNA atau RNA baru dengan basa nitrogen yang berlawanan dengan
template. Tamplete DNA akan berwujud double helix dengan arah dari ujung 3’
ke 5’. Informasi yang ditangkap oleh sel dari hasil replikasi DNA kemudian akan
ditranskripsi menjadi RNA hingga akhirnya akan diterjemahkan menjadi protein.
Sintesis protein adalah proses pembentukan protein yang terdiri dari dua tahap:
transkripsi dan translasi. Kedua tahap ini memiliki tiga tahap, yaitu tahap pertama
inisiasi, tahap kedua elongasi, dan tahap ketiga adalah terminasi. Namun, masing-
masing tahap memiliki proses yang berbeda. Istilah "dogma sentral" digunakan
untuk menggambarkan proses sintesis protein, yang mencakup rangkaian proses
molekul DNA menjadi RNA, kemudian RNA menjadi protein
Sebelum masuk ke tahap berikutnya, kita akan membahas struktur DNA dan
RNA, yang keduanya merupakan sumber materi genetik yang berfungsi untuk
mengkode informasi yang diperlukan untuk sintesis protein.

DNA Replication
Replikasi DNA adalah proses di mana molekul DNA mengalami
pembelahan dan sintesis untuk menghasilkan dua molekul DNA identik. Proses
ini esensial untuk reproduksi sel dan pewarisan informasi genetik dari satu
generasi sel ke generasi sel berikutnya. Replikasi DNA terjadi sebelum sel
memasuki mitosis atau meisosis, lebih tepatnya pada tahap sintesis atau fase S
dari siklus S. Tahap ini terjadi setelah fase G1 dan sebelum fase G2. Fase S
duplikasi sentrosom, yang berperan dalam pembentukan mikrotubulus selama
sintesis, untuk memastikan bahwa salinan DNA induk yang lengkap dan indentik
ada di setiap sel anak yang dihasilkan dari pembelahan sel. Pada tahap ini heliks
ganda induk akan terpisah menjadi dua untai, yang masing- masing akan
berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis untai baru yang saling melengkapi.
Dalam tahap ini, yang dikenal sebagai replikasi semi- konservatif, setiap molekul
anak adalah heliks hibrid di mana satu untai adalah induk (dikonservasi dari heliks
induk) dan untai lainnya baru disintesis. Pada saat yang sama, mekanisme
alternatif yang dikenal sebagai replikasi konservatif merupakan kemungkinan
formal. Dalam tahap ini, heliks ganda asli dibiarkan utuh (kedua untaian aslinya
dilestarikan) dan heliks yang sama sekali baru dihasilkan yang terdiri dari dua
untaian yang baru disintesis. adenin berpasangan dengan timin, dan adeinin
dengan guanin membentuk dua untai yang komplementer satu sama lain.
Contohnya, untai DNA dengan urutan nulkleotida AGTCATGA akan memilki
untai komplementer dengan urutan TCAGTACT. Komplementeritas kedua
untai memungkinkan untuk merekontruksi untai lainnya.
 Gambar 1. DNA Replication

RNA Polymerase
RNA polymerase adalah enzim yang bertanggung jawab atas sintesis RNA
dari cetakan DNA dalam proses yang dikenal sebagai transkripsi. Proses ini
esensial dalam ekspresi genetik, di mana informasi genetik yang terdapat dalam
DNA diubah menjadi molekul RNA, yang selanjutnya dapat digunakan untuk
membuat protein atau berbagai fungsi lainnya dalam sel. Enzim RNA polimerase
terdapat pada semua makhluk hidup dan banyak virus. Bakteri dan archaea
memiliki satu RNAP, sedangkan eukariota memiliki tiga jenis RNAP: RNAP
bakteri, RNAP archea, dan RNAP eukariotik I, RNAP eukariotik II, dan RNAP
eukariotik III. RNAP bakteri dan RNAP eukariotik II memiliki kemiripan
struktural. Keluarga protein yang dikenal sebagai keluarga polimerase RNAP
multi-subunit. Tiga jenis utama RNA polymerase pada eukariota, yaitu RNA
polymerase I, RNA polymerase II, dan RNA polymerase III, memiliki peran dan
spesifikasinya masing-masing sebagai berikut:
• RNA Polymerase I (Pol I): RNA polymerase I bertanggung jawab untuk
mensintesis pre-ribosomal RNA (pre-rRNA). Pre-rRNA kemudian
mengalami pemrosesan lebih lanjut untuk membentuk bagian dari subunit
besar ribosom, yang merupakan komponen inti dari ribosom. Aktif di
nukleolus, suatu kompartemen inti sel yang khusus untuk sintesis ribosom.
• RNA Polymerase II (Pol II): RNA polymerase II mensintesis mRNA
(messenger RNA), yang membawa informasi genetik dari DNA di inti sel
 ke ribosom untuk sintesis protein. RNA Polymerase II terletak di inti sel
yang Berperan dalam transkripsi gen-gen yang terlibat dalam regulasi dan
sintesis protein, termasuk gen-gen untuk protein struktural dan enzim.
• RNA Polymerase III (Pol III): RNA polymerase III mensintesis tRNA
(transfer RNA), 5S rRNA, dan beberapa jenis RNA kecil lainnya yang
memiliki peran penting dalam fungsi seluler. Terletak di inti sel yang
berperan dalam transkripsi gen-gen yang menghasilkan RNA yang terlibat
dalam transportasi asam amino (tRNA) dan fungsi seluler lainnya.

Gambar 2. Types RNA Polymerase

Mekanisme kerja RNA polymerase berikatan dengan promotor pada DNA,
yang merupakan urutan nukleotida khusus yang menunjukkan titik awal transkripsi.
Setiap jenis RNA polymerase berikatan dengan promotor yang sesuai dengan jenis
RNA yang akan disintesis. Setelah berikatan dengan promotor, RNA polymerase
membaca untai cetakan DNA dan mensintesis RNA sesuai dengan aturan pasangan
basa. Proses ini melibatkan penambahan nukleotida ke rantai baru RNA.
Transkripsi berakhir pada urutan terminator pada DNA. Proses terminasi
melibatkan pelepasan RNA dan RNA polymerase dari DNA. Ketiga jenis RNA
polymerase ini berfungsi secara bersamaan dalam sel eukariota untuk memastikan
bahwa sel dapat mensintesis berbagai jenis RNA yang diperlukan untuk berbagai
fungsi seluler. Regulasi aktivitas mereka dan pengenalan promotor yang tepat
adalah kunci dalam kontrol ekspresi genetik.
 Gambar 3. Mekanisme RNA polymerase

Replikasi DNA
1. Transkripsi
a. Inisiasi
Tahap inisiasi adalah proses DNA yang terjadi di dalam nukleus yang akan
dihampiri oleh RNA polymerase. Proses ini dimulai saat RNA polymerase
melekat pada promotor gen, sehingga RNA polymerase membentuk mRNA
melalui cetakan DNA template. Ini menunjukkan bahwa situs pengenal RNA
polymerase adalah promotor, sehingga RNA polymerase ada di mana saja
promotor. Promoter adalah bagian penting dari regulator gen dan terletak dekat
dengan titik awal transkripsi. Pada titik awal transkripsi, terdapat basa purin (G
atau A) dan basa C dan T yang berada di kedua sisi (CAT, CGT). Proses sintesis
transkrip RNA dimulai pada 5' dan berlanjut hingga 3'. Promotor berada di titik
awal trasnkripsi pada area 5', sehingga disebut regulator 5.

Gambar 4. Promotor pada E. Coli

Gambr di atas menunjukkan promotor pada tujuh gen berbeda dalam genom E. coli.
Meskipun RNA polymerase yang sama, gen-gen berbeda memiliki urutan promoter
yang berbeda. Urutan promoter mirip dengan bagian -35 dan -10. Bagian -35
memastikan transkripsi yang lebih akurat, dan Bagian -10 memerlukan intik awal
transkripsi. 15-17 pasangan basa memisahkan kedua bagian ini. Daerah -35 dan -
10 pada gen yang berbeda tidak selalu sama, tetapi mungkin ada urutan nukleotida
yang serupa. Urutan ini dikenal sebagai urutan konsensus. Hal ini adalah titik di
mana holoenzim RNA polymerase mengikat pada DNA. Setelah itu, double helix
DNA terbuka, dan sintesis RNA dimulai. Titik inisasi basa yang pertama kali
ditranskripsikan selalu berada di tempat yang sama. Trasnkripsi terjadi sebelum
daerah encoding gene segment, menyebabkan area 5' yang belum diterjemahkan
(5'UTR). Setelah RNA polymerase berikatan dengan promoter, rantai DNA akan
dibuka, memungkinkan sintesis protein. Pada tahap ini, mRNA yang telah terbentuk
disebut sebagai DNA template yang akan digunakan untuk membentuk mRNA.
Pada saat yang sama, RNA polimerasi digunakan untuk membuka rantai DNA dan
juga digunakan untuk membentuk mRNA.
Inti enzim RNA polimerase bakteri adalah struktur yang kompleks dengan
banyak subunit yang melakukan sintesis RNA dengan DNA sebagai model. Protein
yang disebut faktor transkripsi membantu RNA polimerase selama proses inisiasi
gen. Hanya ada satu faktor transkripsi pada bakteri: faktor sigma (σ). Faktor ini
terhubung ke inti enzim dan membantu membaca sinyal di DNA di bagian
promoter, yang menunjukkan awal proses transkripsi. Holoenzim RNA polimerase
adalah enzim RNA polimerase yang terdiri dari inti dan faktor σ. Kompleks
holoenzim RNA polimerase ini hanya terikat secara lemah dengan DNA bakteri
ketika terjadi tumbukan dan kompleks ini akan bergeser dengan cepat sepanjang
molekul DNA sampai kemudian berpisah kembali. Tetapi, apabila holoenzim
polimerase melalui faktor σ bertemu dengan bagian DNA yang dinamakan
promoter, maka akan terjadi ikatan yang kuat antara enzim dengan DNA. Adapun
pada saat mulai terjadinya transkripsi, terjadi proses kompleks berupa perubahan
bentuk atau konformasi dari enzim. Kita dapat memandang proses ini sebagai
pembukaan dan peletakan DNA di situs aktif dari enzim diikuti dengan penguncian
dari enzim sekitar DNA dan RNA. Penguncian ini untuk memastikan struktur tidak
berpisah sebelum proses transkripsi selesai. Jika proses transkripsi berhenti di
tengah jalan, maka proses inisiasi harus dimulai dari awal kembali yaitu dari bagian
promoter.

Gambar 4. Inisiasi DNA

b. Elongasi
Faktor elongasi ini berikatan dengan RNA polimerase segera setelah proses
inisiasi selesai dan membantu polimerase bergerak sepanjang sekuens template
DNA dan struktur kromatin pada eukariota. Dengan memakai ATP, chromatin
remodeling complex akan membuka struktur kromatin. Kompleks ini dapat
bergerak bersama dengan polimerase namun dapat pula muncul pada RNA
polimerase yang macet dan setelah bergerak kembali akan lepas. Adapun mengenai
detil mekanisme ini masih belum terungkap secara lengkap namun diketahui
protein tersebut dapat melepas secara sementara dimer H2A-H2B dari inti
nukleosom, mengganti mereka saat pomerase bergerak sepanjang nukleosom. RNA
polymerase membungkus dan bergerak pada untaian DNA, mentranskripsikan
DNA di bagian atas dan membuka bagian bawahnya. Dengan cara ini, enzim dapat
menahan sebagian daerah DNA beruntai tunggal yang disebut gelembung
transkripsi. Pada gelembung transkripsi, enzim polymerase mengikat
ribonukelosida trifosfat bebas ke basa terbuka pada template DNA, dan basa ini
kemudian ditambahkan ke rantai mRNA jika terjadi kecocokan komplementer.
c. Terminasi
Saat RNA polimerase mengenali sinyal terminasi, proses termiansi dimulai.
Sinyal terminasi pada kebanyakan gen bakteri terdiri dari susunan berulang pasangan
nukleotida A-T yang didahului oleh sekuens DNA simetris sepanjang dua kali lipat, yang
jika ditranskripsikan akan membentuk RNA berbentuk jepit rambut atau "hairpin".
Bentuk jepit rambut RNA membantu RNA yang terbentuk ditarik dari situs aktif enzim
saat RNA polimerase mencapai bagian ini. Hibrid DNA-RNA pada situs aktif yang
ditahan bersama oleh pasangan terminator yang terdiri dari pasangan ikatan U-A tidak
cukup kuat untuk mempertahankan RNA tetap berada di tempatnya. Akibatnya, RNA
akan terlepas dan proses transkripsi akan berakhir.

2. Translasi
Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu
polipeptida atau protein, hanya molekul mRNA yang ditranslasi sedangkan rRNA
dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan
DNA yang menyusun gen dalam bentuk ORF (Open Reading Frame, kerangka
baca terbuka). Proses translasi terjadi pada sitoplasma, tepatnya di pada ribosom
yang disusun oleh rRNA dan beberapa macam protein. Ribosom terdiri atas dua
jenis, yaitu ribosom sub unit kecil dan ribosom sub uni besar. Ribosom subunit kecil
dan ribosom sub unit besar nantinya akan mengelilingi mRNA. Dalam proses
translasi, mRNA diterjermahkan untuk menghasilkan polipeptida tertentu. Proses
ini menggunakan urutan mRNA sebagai template untuk sintesis rantai asam amino.
Kumpulan dari asam amino-asam amino ini nantinya akan membentuk polipeptida
dan kumpulan polipeptida akan membentuk protein. Translasi mRNA dalam
ribosom dimulai dari ujung 5’ dan berakhir pada ujung 3’. Setiap 3 gugus nukleotida
dalam rantai mRNA yang berasal dari 4 jenis nukleotida (U, C, A, G) dinamakan
kodon, yang nantinya akan ditranslasikan atau diterjemahkan menjadi salah satu
asam amino. Kodon AUG yang ditranslasi menjadi asam amino metionin biasanya
mengawali urutan sebuah polipeptida, sehingga dinamakan kodon start atau kodon
inisiator, sebaliknya kodon UAA, UGA dan UAG berperan sebagai kodon yang
mencirikan dihentikannya proses translasi, sehingga dinamakan kodon stop atau
kodon terminator.
a. Inisiasi
Pada tahap awal translasi, mRNA, tRNA, dan dua subunit ribosom dibawa
bersama. Pertama, subunit ribosom kecil melekat pada segmen leader pada ujung
5' (di atas) mRNA dan tRNA inisiator. Pada bakteri, rRNA dari subunit membentuk
pasangan basa dengan urutan nukleotida tertentu dalam leader mRNA. Pada
eukariotik, ujung 5' menginstruksikan subunit kecil untuk melekat pada ujung 5'
mRNA. Kodon inisiasi, yang disebut AUG di belakang mRNA, memberikan sinyal
untuk memulai proses translasi. tRNA inisiator, yang membawa asam amino
metionin, melekat pada kodon inisasi. Penyatuan mRNA, tRNA inisiator, dan sub
unit ribosom kecil diikuti oleh perlekatan sub unit ribosom besar, yang
menyempurnakan kompleks inisiasi translasi. Protein yang disebut faktor inisiasi
dibutuhkan untuk membawa semua komponen tersebut bersama-sama. Sel juga
mengeluarkan energi dalam bentuk molekul GTP untuk membentuk kompleks
inisiasi. Saat penyelesaian proses inisiasi, tRNA inisiator berada pada tempat P dari
ribosom, dan tempat A yang kosong siap untuk tRNA-aminoasil berikutnya.
Sintesis polipeptida dimulai pada ujung aminonya. Proses inisiasi ini, lebih jelasnya
dapat dilihat pada gambar berikut:

Gambar 5. Inisiasi Translasi

b. Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam-asam amino ditambahkan satu per
satu pada asam amino pertama. Tiap penambahan melibatkan partisipasi beberapa
protein yang disebut faktor elongasi dan terjadi dalam siklus tiga tahap:
1. Pengenalan kodon; Kodon mRNA pada tempat A dari ribosom membentuk
ikatan hidrogen dengan anti kodon molekul tRNA yang baru masuk yang
membawa asam amino yang tepat. Faktor elongasi membawa tRNA ke tempat
A. Langkah ini juga membutuhkan GTP.
2. Pembentukan ikatan peptida; Molekul rRNA dari sub unit ribosom besar,
berfungsi sebagai risozim, mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang
menggabungkan polipeptida yang memanjang dari tempat P ke asam amino yang
baru tiba di tempat A. Pada tahap ini, polipeptida memisahkan diri dari tRNA
tempat perlekatannya semula, dan asam amino pada ujung karboksilnya
berikatan dengan asam amino yang dibawa oleh tRNA di tempat A.
3. Translokasi; tRNA di tempat A, sekarang terikat pada polipeptida yang sedang
tumbuh, ditranslokasikan ke tempat P. Saat RNA berpindah tempat, anti
kodonnya tetap berikatan dengan hidrogen pada kodon mRNA. Selanjutnya
mRNA bergerak bersama-sama dengan anti koson ini dan membawa kodon
berikutnya untuk ditranslasi pada tempat A. Sementara itu, tRNA yang tadinya
berada pada tempat P bergerak ke tempat E dan dari tempat ini keluar dari
ribosom. Langkah translokasi membutuhkan energi yang disediakan oleh
hidrolidid GTP. mRNA bergerak melalui ribosom ke satu arah saja, mulai dari
ujung 5’. Hal ini sama dengan ribosom yang bergerak dari 5’ ke 3’ pada mRNA.
Hal yang penting di sini adalah ribosom dan mRNA bergerak relatif satu sama
lain, dengan arah yang sama, kodon demi kodon. Siklus elongasi menghabiskan
waktu kurang dari 1/10 detik dan terus terus diulang saat tiap asam amino
ditambahkan pada rantai hingga polipeptidanya lengkap. Untuk lebih jelasnya,
proses elongasi translasi dapat dilihat pada gambar berikut:
 Gambar 6. Siklus Elongasi Translasi
c. Terminasi
Terminasi adalah tahap akhir dari translasi. Setelah kodon stop mencapai
tempat A di ribosom, elongasi berhenti. Kodon stop UAA, UAG, dan UGA
menghentikan translasi daripada mengkode asam amino. uatu protein yang disebut
sebagai faktor pelepas (release factor) langsung mengikatkan diri pada kodon stop
di situs A. Faktor pelepas ini menyebabkan molekul air, bukan asam amino,
ditambahkan ke rantai polipeptida. Reaksi ini menghidrolisis polipeptida dari tRNA
di situs P, melepaskan polipeptida dari ribosom. Akibatnya, urutan asam amino
dalam bentuk poilipeptida terlepas, dan komplek ribosom terpisah dari ribosom
subunit kecil dan ribosom subunit besar. Hal ini dapat dengan jelas dilihat pada
gambar berikut ini:

Gambar 7. Terminasi Translasi

Akhir dari translasi akan terbentuk urutan asam amino dalam bentuk polipeptida.
Selanjutkan kumpulan dari beberapa polipeptida akan membentuk protein. Dengan
demikian proses translasi secara umum melalui tiga tahapan, yaitu inisiasi, elongasi
dan translasi yang semuanya terangkum pada gambar berikut:

Gambar 8. Tahapan translasi mRNA hingga membentuk polipeptida