TRANSKRIPSI

GEN
GENETIKA
Presented by: Group 1
 OUR MEMBER'S

MAYA REGAN LIDYA YEVI PUTRA

(2108016074) (2108016075) (2108016080) (2108016082) (2108016084)

ASA NOVITA ELSA ABDALA

(2108016089) (2108016093) (2108016101) (2108016102)
INTRODUCTION
Ekspresi gen merupakan proses yang sangat penting
bagi tubuh. Proses ini dimulai dengan pembacaan gen
melalui proses transkripsi DNA yang disalin menjadi
RNA, dilanjutkan ke translasi RNA menjadi protein, dan
kemudian dilakukan modifikasi pasca translasi atau
modifikasi postranslasional. Pada presentasi kali ini
akan dibahas langkah awal dari ekspresi gen yaitu
transkripsi DNA yang berupa sintesis RNA.

TRANSKRIPSI
Transkripsi merupakan proses pembentukan
molekul RNA dengan menggunakan DNA
sebagai cetakannya. Tidak semua bagian
DNA akan ditranskripsikan, tetapi hanya
bagian tertentu saja. Bagian tertentu
tersebut disebut dengan gen. Keseluruhan
DNA baik gen maupun sekuensi DNA bukan
penyandi (non-coding) yang dikandung oleh
suatu organisme disebut dengan genom.
Ruas DNA yang akan ditranskripsikan dibatasi
oleh promoter dan terminator. Hanya satu dari
dua utas DNA yang digunakan sebagai cetakan
sintesis RNA. Utas DNA yang digunakan sebagai
cetakan bagi sintesis RNA disebut dengan utas
cetakan (template), sedangkan utas DNA lainnya
disebut dengan utas pendamping. Walaupun
hanya satu utas yang berfungsi sebagai cetakan,
tetapi tidak selalu utas yang sama digunakan
sebagai utas cetakan sepanjang molekul DNA di
dalam genom suatu organisme. Jadi, pada satu
gen, utas yang satu digunakan sebagai cetakan,
tetapi pada gen lainnya, kemungkinan utas yang
lain digunakan sebagai cetakan.
TRANSKRIPSI DNA
Merupakan tahapan pembentukan/sintesis mRNA(messenger
RNA) dari DNA template.
Enzim yang berperan dalam transkripsi >>> RNA polimerase
Pada prokaryotik : hanya memiliki satu RNA polimerase
> sintesis mRNA, rRNA, tRNA
> transkripsi dan translasi berpasangan
Pada eukaryotik : memiliki 3 RNA polimerase
a. RNA polimerase I: sintesis rRNA
b. RNA polimerase II: sintesis mRNA
c. RNA polimerase III: sintesis tRNA dan 5S rRNA
> transkripsi dan translasi terjadi pada lokasi yang berbeda
Ada 3 tahapan transkripsi : Inisiasi, elongasi, dan terminasi.
RNA POLIMERASE : ENZIM UTAMA PADA
PROSES SISNTESIS DNA

Proses transkripsi DNA dijalankan oleh enzim

RNA polimerase. Sama halnya dengan DNA
polimerase pada proses replikasi DNA, RNA
polimerase juga menjalankan reaksi ikatan
fosfodiester yang menggabungkan satu
nukleotida dengan nukleotida lainnya
membentuk molekul polimer RNA.
Atom oksigen berada di posisi ketiga dan
gugus fosfat berada pada posisi atom karbon
kelima
 STRUKTUR RNA POLIMERASE DAN
DNA POLIMERASE
1. RNA 1. DNA

Proses penyusunan dimulai dengan ikatan TFIID ke sekuens pendek DNA double
heliks yang utamanya tersusun dari nukleotida T dan A sehingga disebut TATA box
dan subsunit dari TFIID yang mengenali TATA box dinamai TBP (TATA binding
protein).
PERBANDINGAN STRUKTUR RNA POLIMERASE
Bakteri, Archaea, dan Eukariota

Ketiganya memiliki struktur bangun RNA

Polimerase yang identic, tampak pada gambar
diwakili dengan gambar berwarna biru.
Struktuknya sama baik pada bacteria, archaea,
maupun eukariyota. Perbedaan yang muncul
terjadi dikarenakan pada organisme yang lebih
kompleks yakni archaea dan eukariyota
mendapatkan sub unit tambahan, pada eukariyota
memiliki sub unit tambahan paling banyak.
 Inisiasi (Initiation)
- pada ujung 5' ke 3' gen, dikarenakan

TAHAPAN TRANSKRIPSI proses proofreading yang berfungsi dalam

perbaikan rantai DNA

- pengikatan RNA polimerase pada

promotor
- pemutusan molekul DNA
Elongasi (Elongation)
- penambahan nukleotida pada ujung 3'
rantai pemanjangan (growing chain)
- basa dipasangkan secara komplemen
- sumber energi dari substrat NTP
Terminasi (Termination)
- pada ujung 3' gen
TAHAPAN TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT
SEKUENS ATAU TAHAPAN TRANSKRIPSI DNA TERDIRI DARI TIGA
TAHAPAN UTAMA YAITU:

1. Inisiasi, yaitu tahapan awal transkripsi DNA. Proses ini terjadi saat RNA
poliemrase berikatan ke bagian promoter dari gen. Kejadian ini merupakan
sinyal bagi DNA untuk dibuka sehingga enzim bisa membaca basa dan
membuat salinan gen berupa RNA. dari template DNA.
2. Elongasi, yaitu proses pemanjangan RNA hasil transkripsi. Satu persatu
nukleotida ditambahkan dan RNA bertambah panjang.
3. Terminasi, yaitu penghentian proses transkripsi. Hal ini terjadi saat RNA
polimerase menemui kode codon stop yang menandakan tempat berakhirnya
gen.
TAHAPAN TRANSKRIPSI DNA PADA PROKARIOT

INISIASI

Sel harus mengetahui letak dari gen yang harus ditranskripsikan, sel harus memilih
bagian DNA yang tepat yang akan ditranskripsikan. maka DNA polimerase harus
pertama kali menempel ke bagian DNA yang dinamakan promoter. Promoter
adalah bagian DNA berupa sekuens atau susunan nukleotida unik yang menandai
titik dimulainya transkripsi DNA.
 INISIASI

Promoter terbagi menjadi 2 segmen yaitu promoter terdekat sekitar 10 basa

nukleotida dinamakan TATA box. TATA box penting karena di sana adalah tempat
menempelnya faktor transkripsi. Pada bakteri segmen ini dikenal dengan facto
sigma, sedangkan di eukariyota dikenal denga TBP (Tata Banding Protein). Selain
TATA box, untuk pengenalan promoter juga terdapat sekuens inisiasi tambahan
yang memiliki susunan nukleotida unik yang menjadi petanda bagian
promoterdari suatu gen. Bagian kedua yaitu sinyal lanjutan dari TATA box yang
digunakan untuk factor transkripsi menandai awal mula dari gen yang akan
ditranskripsikan.
 INISIASI

Factor sigma mengenai regio promoter dari gen, saat factor sigma mengikat
bagian dari promoter, maka factor transkripsi akan membantu doking atau
penempelan enzim utama dari proses trnskripsi DNA yaitu RNA Polimerase.

Setelah itu RNA Polimerase akan menjalankan fungsi enzim helicase secara mandiri
untuk membuka DNA. Setelah terbuka maka sintesis RNA dapat dimulai.
 ELONGASI

Ketika sudah terinisiasi, kerja RNA polimerase tidak berlangsung dengan halus atau lanncar sepanjang DNA.
Kadang tersendat, berhenti sementara pada beberapa sekuens dan berjalan cepat di tempat yang lain. RNA
polimerase yang sedang dalam fqse elongasi berkaitan dengan faktor elongasi yaitu protein yang
mengurangi kemungkinan RNA polimerase akan terlepas dari DNA sebelum trenskripsi mencapai titik
terminasi. Selanjutnya jika tidak ada hambatan factor sigma akan melepaskan diri dan kemudian akan
masuk ke dalam fase elongasi.

hambatan lain dalam proses elongasi yaitu adanya DNA supercoiling. Hal ini terjadi ketika gaya torsi
terbentuk saat proses transkripsi DNA berlangsung. Perhatikan gambar di bawah menggambarkan
bagaimana DNA supercoiling ini terbentuk. Untuk mengurangi atau mengatasi supercoiling ini, maka
terdapat mekanisme berupa enzim topoisomerase pada eukariota dan bakteri. Namun pada bakteri
terdapat topoisomerase khusus yang dinamakan DNA gyrase.
ELONGASI

DNA gyrase menggunakan ATP secara aktif

menciptakan supercoiling di belakang RNA
polimerase. Supercoiling yang diciptakan
berkebalikan (negative supercoiling) dengan
supercoiling yang disebabkan RNA
polimerase sehingga efeknya saling
menghilangkan. Negative supercoiling ini
dapat memfasilitasi proses pembukaan
heliks dari DNA sehingga membantu proses
transkripsi DNA pada bakteri
 TERMINASI

Proses termiansi ditandai saat RNA polimerase mengenali sinyal terminasi. Saat
RNA polimerase sampai ke bagian ini, bentuk jepit rambut dari RNA membantu RNA
yang bentuk ditarik dari situs aktif enzim. Hibrid DNA-RNA pada situ aktif yang
ditahan bersama oleh pasangan terminator berupa pasangan ikatan U-A yang
tidak terlalu kuat untuk menahan RNA tetap berada di tempatnya, sehingga akan
menyebabkan RNA terlepas dan akhirnya proses transkripsi berakhir. Akhirnya,
RNA terlepas dan terbentuklah mRNA yang baru.
 TAHAPAN TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT
INISIASI

Promoternya memiliki 2 segmen, dimana bagian yang paling dekat dengan gen berupa TATA box.
Perbedaanya terletak pada factor transkripsi, pada prokariota factor trasnkripsi berupa 1 protein
tunggal, sedangkan pada eukariot terdapat 6 jenis protein yang dinamakan kelompok factor transkripsi
umum. Pada tahap awal factor transkripsi umum masuk ke promoter dan berikatan dengan TATA box
adalah protein TF2D yang memiliki domain TBPdi protein tersebut. Stelah protein ini berikatan degan
DNA kemudian diikuti dengan rekrutmen protein lain yaitu TF2B yang ikut mengikat DNA Bersama-
sama TF2D.
 TAHAPAN TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT
INISIASI
Setelah itu masuk secara bersamaan RNA
polymerase 2, protein TF2, TF2E, daan TF2H. Pada
gambar tersebut dapat dilihat RNA polymerase 2
memiliki ekor atau ekstensi protein yang
dinamakan CTD, CTD pada manusia berupa 52
tandem lipid dari 7 sekuens asam amino yang
memanjang dari struktur inti RNA polymerase 2.
Setelah kompleks ini terbentuk akan terjadi 2 hal,
pertama ialah fosforilasi (penambahan gugus
fosfat pada CTD) dan kedua mulainya aktivitas
helicase dari RNA Polimerase 2, setelah itu terjadi
pelepasan Sebagian dari factor transkripsi
umum, sehingga tersisa RNA Polimerase 2,
kemudian akan memulai aktivitas sintesis RNA.
TAHAPAN TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT
INISIASI
Pada eukariota juga terdapat protein lain yang ikut
mengatur inisiasi dari transkripsi DNA protein ini
berupa mediator, yang dipengaruhi oleh protein
activator dari transkripsi, dimana protein activator ini
mengikat terlebih dahulu bagian ladin dari DNA, disini
tampak ekspresi gen dipengaruhi oleh bagian DNA
yang jauh letaknya gate tersebut. Selain itu mediator
juga menyediakan tempat menempelnya dari histon
modify enzim dan kromatin remodeling kompleks, hal
ini dikarenakan transkripsi harus berhadapan dengan
kompleks protein dan histon yang berikatan dengan
DNA. Disini terlihat bahwa iniasiasi transkripsi pada
eukarota lebih kompleks dari pada inisiasi transkripi
pada prokario
MODIFIKASI DAN PEMROSESAN RNA PASCA
TRANSKRIPSI DNA
Setelah terbentuk RNA, maka pada gen yang
mengkodekan protein akan dilanjutkan ke proses
translasi RNA. RNA yang ditranslasikan berupa mRNA.
Pada prokariota, proses ini berlangsung cukup
sederhana. Dikarenakan tidak adanya struktur inti sel,
mRNA yang dihasilkan dapat langsung ditranslasikan.
Namun pada euakriota terdapat proses modifikasi
terlebih dahulu RNA sebelum ditranslasikan. Selain itu,
proses translasi mRNA pada eukariota berlangsung di
sitoplasma sehingga mRNA harus diekspor terlebih
dahulu keluar dari inti sel. Terlihat bahwa transkripsi
DNA pada eukariota hanya merupakan langkah pertama
dari langkah lanjutan untuk memproduksi mRNA. Salah
satu kunci adalah fosforilasi CTD. Selain membantu
proses pelepasan RNA dari template DNA, CTD juga
menjadi kerangkan bagi protein yang terlibat dalam
pemrosesan RNA untuk bergabung ke kompleks
repliklasi dan melakukan modifikasi RNA on the spot.
spot.
TIPE RNA YANG DIPRODUKSI OLEH SEL
 SATU UNIT TRANSKRIPSI: APAKAH SELALU SATU GEN SATU
PROTEIN/RNA?

Setiap unit segmen DNA yang ditranskripsikan disebut sebagai satu unit
transkripsi. Pada eukariota, satu unit transkripsi umumnya membawa
informasi hanya satu gen sehingga mengkode hanya satu molekul RNA atau
satu molekul protein saja. Namun, pada bakteri, satu set gen yang
berdekatan satu sama lain sering kali ditranskripkan sebagai satu unit.
Hasilnya adalah molekul mRNA yang membawa informasi beberapa protein
yang berbeda. Jadi, dalam kondisi ini kondisi satu gen, satu protein, atau
satu RNA tidak berlaku.
PEMASANGAN BASA (BASE PAIRING)
SAAT TRANSKRIPSI
 TRANSKRIPSI VS. REPLIKASI
Hanya segmen/fragmen pendek DNA Seluruh untai DNA bereplikasi
yang ditranskripsi
Nukleotida ditambahkan pada salah
Nukleotida ditambahkan pada salah satu ujung saja
satu ujung saja
Enzim yang berperan yaitu DNA
Enzim yang berperan yaitu RNA polimerase
polimerase
Base pairing : A, T, G, C
Base pairing : A, U, G, C
Berbentuk double helix (double
Berbentuk single strand strand)
 FAKTOR TRANSKRIPSI
Dalam biologi molekuler, faktor transkripsi adalah protein yang mengontrol laju
transkripsi dari informasi genetik dari DNA ke mRNA dengan mengikat urutan
DNA tertentu
Berfungsi sebagai pengatur ekspresi gen di dekat urutan dan penting dalam
embriogenesis
Faktor transkripsi bekerja sendiri atau dengan protein lain dalam suatu kompleks
dengan mempromosikan (sebagai aktivator) atau memblokir (sebagai penekan)
perekrutan RNA polimerase ke spesifik gen
Faktor transkripsi ditranskripsi dari gen pada kromosom menjadi RNA, kemudian
RNA diterjemahkan menjadi protein
Implikasinya adalah faktor transkripsi dapat mengatur dirinya sendiri
FAKTOR TRANSKRIPSI UMUM

Disebut faktor “umum” karena protein dibutuhkan untuk semua promoter yang
menggunakan RNA polimerase II. Faktor transkripsi umum ini terdiri dari satu
set protein yang saling berinteraksi dan dinamakan TFII (dari kata transcription
factor for polymerase II) dan didenotasi secara arbitrer sebagai TFIIB, TFIID, dan
seterusnya. Secara umum, TFII ini menjalankan fungsis eperti faktor σ dan
bagian dari TFIIF memiliki struktur tiga dimensi yang equivalen dengan faktor σ.
Proses penyusunan dimulai dengan ikatan TFIID ke sekuens pendek DNA double
heliks yang utamanya tersusun dari nukleotida T dan A sehingga disebut TATA box
dan subsunit dari TFIID yang mengenali TATA box dinamai TBP (TATA binding
protein).
REGULASI PASCA TRANSKRIPSI
(POST-TRANSCRIPTIONAL REGULATION)
Regulasi pasca transkripsi adalah serangkaian proses biologis
yang umum pada sebagian besar sel eukariotik ketika transkrip
primer RNA diubah secara kimiawi setelah transkripsi dari
sebuah gen untuk menghasilkan molekul RNA yang matang
dan fungsional yang kemudian dapat meninggalkan inti sel dan
melakukan salah satu fungsinya di dalam sel.
Pada fase pasca transkripsi (post-transcriptional), terjadi
beberapa proses yang unik pada Eukaryotik:
1. capping: penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA
2. poliadenilasi: penambahan gugus poli-A pada ujung 3'
mRNA
3. RNA splicing: pemotongan dan penyambungan RNA
4. RNA editing: penyuntingan mRNA
 1. CAPPING
Metilasi (penambahan gugus metil), yang
sebagian besar terakumulasi pada ujung 5’
mRNA. Struktur ini kemudian dikenal sebagai
tudung mRNA (mRNA cap), berupa molekul
7-metilguanosin (m7G).
Fungsi mRNA cap:
1. melindungi mRNA dari degradasi
2. meningkatkan efisiensi translasi mRNA
3. meningkatkan pengangkutan mRNA dari
nukleus ke sitoplasma
4. meningkatkan efisiensi proses splicing
mRNA
 2. POLIADENILASI
Rantai poli-A ditambahkan pasca-transkripsi
karena tidak ada bagian gen yang mengkode
rangkaian A atau T semacam ini.

- penambahan dilakukan dengan

menggunakan aktivitas enzim
poli(A)-polimerase
- fungsi poliadenilasi:
meningkatkan stabilitas mRNA
sehingga mRNA mempunyai umur
yang lebih panjang dibandingkan
dengan mRNA yang tidak memiliki
poli-A
3. RNA SPLICING
Penjalinan RNA atau
penyambungan RNA (bahasa
Inggris: RNA splicing), adalah
bentuk pemrosesan RNA di
mana transkrip prekursor
RNA duta (pre-mRNA) yang
baru dibuat ditransformasikan
menjadi RNA duta
(messenger RNA, mRNA)
matang. Selama penjalinan,
intron dibuang dan ekson
digabungkan.
4. RNA EDITING
Misalnya terjadi pada sekuens mRNA
sitokrom oksidase III (COIII) Trypanosoma
brucei sepanjang 731 nukleotida.
ditambahkan 407 uridine (U) melalui proses
editing/penyuntingan
- penyuntingan selalu terjadi pada ujung 3’
- penyuntingan dilakukan oleh molekul
RNA, yang disebut guide RNA (gRNA)
 EXON-INTRON DALAM MRNA
Intron adalah urutan nukleotida apapun dalam gen yang dihilangkan dengan
penyambungan RNA selama pematangan dari produk RNA akhir
Istilah intron mengacu pada urutan DNA dalam gen dan urutan yang sesuai
dalam transkrip RNA.
Urutan yang bergabung bersama dalam RNA akhir setelah penyambungan
RNA adalah ekson.

Intron ditemukan di sebagian besar gen organisme dan banyak virus, dan dapat
terletak di berbagai gen, termasuk yang menghasilkan protein, RNA ribosom
(rRNA), dan RNA transfer (tRNA).
Ketika protein dihasilkan dari gen yang mengandung intron, penyambungan RNA
terjadi sebagai: bagian dari jalur pemrosesan RNA yang mengikuti transkripsi dan
mendahului translasi.
 EXON-INTRON DALAM MRNA
Ekson adalah setiap bagian dari gen yang akan mengkodekan bagian dari RNA
matang akhir yang dihasilkan oleh itu gen setelah intron dihilangkan oleh RNA
penyambungan.
Istilah ekson mengacu pada urutan DNA dalam gen dan ke urutan yang sesuai dalam
transkrip RNA.
Dalam penyambungan RNA, intron dihilangkan dan ekson secara kovalen bergabung
satu sama lain sebagai bagian dari menghasilkan RNA messenger yang matang.
AURA KASIH MAKAN BAKWAN,
TERIMA KASIH KAMI UCAPKAN

SILAHKAN BERTANYA SECARA SINGKAT,

KARENA INI BUKAN SESI CURHAT <3