MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA yang disalin menjadi

urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan nukleotida pada transkrip RNA bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template), tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA strand/nontemplate strand). Hal ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut ini: 5-ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3 Untaian DNA pengkode 3-TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5 Untaian DNA cetakan Transkripsi 5-AUG GUC CUU UAC UUG UCU GUA UUU -3 RNA hasil transkripsi Perlu diingat bahwa pada struktur RNA tidak ada nukleotida T (thymine), karena struktur T digantikan oleh U (uracil). Nukleotida T dan U mempunyai cincin yang serupa yaitu cincin pirimidin, tetapi pada basa T ada gugus metil (CH3) pada atom C nomor 5, sedangkan pada basa U tidak ada gugus metil. Secara umum proses transkripsi pada prokaryot berjalan serupa dengan transkripsi pada eukaryot, meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda antara kedua system tersebut. Pada prokaryot, transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian promoter suatu gen. pada awal penempelan, RNA polimerase masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup (closed promoter complex). Selanjutnya, RNA polimerase akan terikat secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka (membentuk struktur open promoter complex). Pada prokaryot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain. Dalam proses penempelan promoter tersebut, subunit berperan dalam menemukan bagian promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel. Diduga, proses pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan enzim tersebut secara tidak spesifik pada molekul DNA. Selanjutnya, RNA polimerase akan mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter. Struktur khas tersebut berupa suatu kelompok ikatan hydrogen anatara kedua untaian DNA

pada posisi -35 dan -10. kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter diperkirakan mencapai 1.000 pasangan basa per detik. Setelah RNA polimerase menempel pada promoter, subunit melepaskan diri dari struktur holoenzim. Pelepasan subunit biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. RNA polimerase inti yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak lepas. Ikatan ini sangat penting dalam proses transkripsi selesai. MEKANISME TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT Terdapat perbedaan antara proses transkripsi dan translasi antara prokariot dan eukariot. Proses transkripsi dan translasi pada eukariot lebih kompleks daripada prokariot, termasuk beberapa intermediet tingkat prosesing mRNA. Pada eukariot tidak dapat terjadi proses transkripsi dan translasi secara bersamaan. Transkripsi terjadi di dalam nucleus dan translasi terjadi dalam sitoplasma. mRNA pada eukariot berasal dari gen transkripsi primer, yang terbentuk melalui beberapa proses.Pross tersebut meliputi: 1.pemotongan dari sebagian besar mRNA precursor (pre-mRNA) untuk smaller molekul mRNA. 2.penambahan kelompok 7-metil quanosine (mRNA caps) untuk ujung 5 yang terakhir dari molekul. 3.penambahanya kira-kira 200 nukleotida yang panjang urutannya dari adenylate nucleotides (poly-A tail) pada ujung 3 yang terakhir dari suatu molekul. 4.mebentuk suatu komplek dengan suatu protein khusus. Kodon dan anti kodon terletak diantara urutan kode-kode genetika. Transkripsi gen individual mungkin juga mengalami proses dari keempat tipe proses tersebut, baik hanya sebagian maupun keseluruhannya. Tidak semua mRNA mengandung 5 cap dan poly A-tail. Kerana akan kesulitan dalam menentukan fungsinya dari modifikasi dari posttrankripsi.

Heterogeneous nuclear RNA adalah RNA yang disintesis di dalam inti sel yang terdiri atas molekul yang berukuran besar dan ukurannya berubah-ubah. Pre-mRNA dalam nucleus segera melakukan transkripsi yang akan menghasilkan: bagian terbesar dari sintesis RNA nonribosom dalam nucleus pembentukan dari molekul smaller mRNA yang mengangkut ke sitoplasma

Proses pembentukan molekul mRNA akan dihasilkan gen transkripsi dalam eukariot. Proses ini berasal dari pemotongan antikodon yang menghalangi urutan atau intron di antara urutan kode m-RNA dari virus prokariotik yang urutan-urutannya dimulai dari 5 pada translasi kodon dari m-RNA. Perbedaan Transkripsi Pada Prokariot Dan Transkripsi Pada Eukariot Transkripsi Pada Prokariot 1. Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter); bagian struktural dan terminator. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dlm mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5.

Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Bagian inilah yg mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi. Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yg berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi terminator adalah memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi. Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu 1) terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan 2) diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent. 2. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Escherichia coli). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural.

3. Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan demikian, masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg sama. 4. Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino.

Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu. 5. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan eukariot) 6. Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai. 7. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yg ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan sebagai cetakan, hanya salah satu untaiannya 8. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi: 1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi), 2) pemanjangan 3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

Transkripsi pada eukariot 1. Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase I); Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer promoter) dan promoter utama. Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode protein dan bbrp RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens pemulai (initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir (downstream) yg terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream) Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA, 5S rRNA dan bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III). Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang 2. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. 3. Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida). 4. Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron. 5. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktorfaktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter. RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yg disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu : (1) TF umum dan (2) TF yg khusus untuk suatu gen. TF umum dalam mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ. 6. Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi berlangsung di dlm

sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan translasi, yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi. Pada fase ini, terjadi proses : 1). Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing); 2). Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3mRNA); 3). Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA dan 4). Penyuntingan mRNA 7. Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode urutan spesifik (intron).

BIOLOGI MOLEKULER VETERINER PERBEDAAN TRANSKRIPSI PROKARIOT DAN EUKARIOT

Disusun Oleh: Fachrian Dwi Armanda 115130101111050

PROGRAM KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2012

BIOLOGI MOLEKULER VETERINER PERBEDAAN TRANSKRIPSI PROKARIOT DAN EUKARIOT

Disusun Oleh: Agdila okke k. 115130107111016

PROGRAM KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2012