REPLIKASI DNA PROKARIOTIK DAN

EUKARIOTIK
DNA (Deoksiribonukleat Acid)
Central Dogma of Biology

• DNA→RNA→Protein
 Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Secara
sama persis. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel.
Tiga teori tentang terjadinya replikasi DNA:
1. Teori konservatif : menyatakan bahwa ulir rangkap (double helix) yang lama
tetap (tidak berubah), dan langsung terbentuk ulir rangkap baru.

2. Teori dispersive : menyatakan bahwa ulir rangkap terputus – putus. Lalu

potongan – potongan tersebut memisah dan membentuk potongan – potongan
baru yang akan bersambung dengan potongan – potongan lama; sehingga
kembali menjadi 2 DNA yang sama persis.

3. Teori semi konservatif ; menyatakan bahwa dua pita dari ulir rangkapp
memisahkan diri dan tiap – tiap pita yang lama mendapatkan pasangan pita
baru seperti pasangannya yang lama, sehingga terbentuklah dua DNa yang
sama persis.
Meselson & Stahl – 1958
Replikasi DNA

• Mekanisme replikasi pada umumnya:

• Kompleks  duplikasi DNA berjalan simultan 
dupleks DNA harus terpisah dan mengalami
unwinding
• Berjalan dengan cepat
• Akurat  untuk menjamin integritas alur
penyampaian informasi genetik
Replikasi DNA
• Replikasi DNA sirkular pada prokariota disebut
sebagai replikasi  (membentuk struktur seperti )
• Struktur  menunjukkan adanya pemisahan untai
DNA asal yang disertai sintesis DNA komplementer
 membentuk DNA baru
 Replikasi DNA
• Replikasi DNA dimulai dari suatu tempat khusus
yang disebut origin of replications  replikasi
berjalan ke dua arah menjauhi tempat inisiasi 
gelembung replikasi
• Replication origins:
• Pada eukaryota: ratusan hingga ribuan  banyak
gelembung replikasi
• Pada prokariota: hanya satu  satu gelembung
replikasi
Replikasi DNA

• Percabangan pada gelembung replikasi disebut

garpu replikasi
• Garpu replikasi  tempat “tumbuhnya” DNA baru
Replikasi DNA
Enzim dan protein pada Replikasi DNA
• DNA helicase terus bergerak maju, membuka 2 untai DNA asal/parent
• Terdapat DNA gyrase (enzim topoisomerase) yang berada di depan replication fork
untuk mengurangi tegangan pada untai DNA
• Protein SSB: Mencegah utas tunggal bergabung membentuk kembali heliks ganda
• DNA polymerase III menambah nukleotida pada RNA primase membentuk untai DNA
yang baru. DNA polymerase hanya dapat menambahkan nukleotida pada ujung 3’
untai nukleotida sehingga replikasi DNA berjalan dari arah 5’ 3’
• Okazaki fragments membentuk untai DNA yang utuh dengan bantuan 2 enzim : DNA
polymerase I dan DNA ligase
• DNA polymerase I menghilangkan RNA primer dan menambah sisa nukleotida yang
dibutuhkan
• DNA ligase memperbaiki celah yang terbentuk setelah primer dihilangkan
Tahap-tahap Replikasi

1.Inisiasi
2.Elongasi
3.Terminasi
Replikasi DNA
Inisiasi
Tahap pertama replikasi DNA adalah pemutusan ikatan basa nitrogen
untuk membuka rantai ganda DNA menggunakan enzim Helicase.
Strand yang telah terpisah kemudian diikat oleh SSB protein untuk
mencegah strand DNA menyatu kembali.
 Replikasi DNA
Tahap Elongasi
• Arah replikasi: 5’  3’
• DNA polimerase hanya dapat menambahkan
nukleotida pada ujung 3’ untai DNA yang baru 
perlu primer RNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
• Primer RNA
• Mengawali sintesis DNA karena DNA
polimerase memerlukan ujung 3’-OH bebas
untuk penambahan nukleotida
• Panjang primer tergantung spesies  berkisar
1-60 nukleotida
• Sintesis primer RNA dikatalisis oleh primase
dan RNA polimerase
Replikasi DNA
• Primer RNA
• Primase  sintesis primer RNA pada lagging
strand
• Primase & RNA polimerase bekerja sinergistik
 sintesis primer RNA pada leading strand
• Setelah sintesis DNA berjalan  primer RNA
disingkirkan dan diganti dengan basa DNA oleh
DNA polimerase
 Replikasi DNA
• Arah replikasi kedua untai DNA adalah searah 
kedua untai DNA disintesis dengan cara yang
berbeda (semi diskontinu):
• Leading strand: sintesis berjalan dari 5’  3’
secara kontinu sesuai arah garpu replikasi
• Lagging strand: sintesis berjalan dari 5’  3’
secara diskontinu dengan cara “back & fill” 
fragmen Okazaki
Replikasi DNA
• Fragmen Okazaki:
• Pada E.coli: ± 1000-2000 nukleotida
• Pada eukaryota: 100-200 nukleotida
• Disambung oleh DNA ligase
Replikasi DNA

• DNA ligase
• Menyambung fragmen Okazaki
• Mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester
antara ujung 3’-OH pada DNA yang satu
dengan ujung 5’-P pada DNA yang lain
• Perlu energi dari hidrolisis:
• NAD+  NMN+ + AMP (pada E. coli)
• ATP  PPi + AMP (pada eukariota)
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Terminasi
Replikasi akan berhenti ketika DNA polymerase mencapai akhir strand.
Replikasi DNA tidak akan berakhir sebelum dilakukan mekanisme perbaikan
kemungkinan eror yang terjadi selama relikasi. Enzim seperti nuclease inilah
yang menghapus nukleotida yang salah yang kemudian diisi kembali dengan
DNA polymerase
Mengawali sintesis DNA dengan RNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Komponen Replikasi DNA prokariotik Replikasi DNA eukariotik
Replikasi DNA prokariotik terjadi di Replikasi DNA eukariotik terjadi di
Situs
dalam sitoplasma dalam nukleus
Hanya ada satu asal replikasi per Asal replikasi banyak (lebih dari 1000)
Asal replikasi
molekul DNA dalam setiap kromosom eukariotik
Terbentuk sekitar 100-200 atau lebih
Nukleotida Terbentuk sekitar 150 nukleotida
nukleotida
Replikasi DNA terjadi di beberapa titik
Replikasi DNA terjadi pada satu titik
Titik replikasi secara bersamaan di setiap
di setiap molekul DNA prokariotik
kromosom.
Hanya dua cabang replikasi dibentuk Sejumlah cabang replikasi terbentuk
Cabang replikasi di setiap kromosom prokariotik, secara bersamaan di setiap DNA
replikasi DNA adalah dua arah replikasi.
Molekul DNA eukariotik memiliki
sejumlah besar replikon (50.000 atau
kromosom prokariotik memiliki satu
Replikon lebih), tetapi replikasi tidak terjadi
replikon
secara bersamaan pada semua
replikon
Banyak gelembung replikasi
Satu gelembung replikasi terbentuk
Gelembung replikasi terbentuk dalam satu molekul DNA
selama replikasi DNA
bereplikasi.
Inisiasi replikasi DNA di prokariota
Inisiasi replikasi DNA dilakukan oleh
Inisiasi dilakukan oleh DnaA protein dan
protein multisubunit
DnaB
Enzim Enzim girase DNA diperlukan Enzim girase DNA diperlukan
Okazaki fragmen besar, 1000-2000 Okazaki fragmen pendek, 100-200
Okazaki fragmen
nukleotida panjang nukleotida panjang
Replikasi sangat cepat, ditambahkan Replikasi lambat, ditambahkan sekitar
Kecepatan
sekitar 2000 nukleotida per detik 100 nukleotida per detik
SISTEM KOREKSI DALAM REPLIKASI DNA
1. Sistem pembacaan ulangoleh Polimerase DNA, saat replikasi
Polimerase DNA (Bakteri) mempunyai kemampuan aktivitas
eksonuklease 3-5 yang berfungsi membuang nukleotida yang salah pada
saat replikasi.

2. Sistem koreksi pasca replikasi.

Setelah replikasi selesai terdapat protein/enzim yang dapat mengenali
pasangan basa DNA yang tidak serasi. Basa yang tidak tepat akan
diganti dengan yang seharusnya
Terimakasih 