TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT DAN EUKARIOT

Oleh
Kelompok 8/Offering I
Novan Adhi Nugroho 180342618044
Oktaviani Jannati Qolbi 180342618038

Transkripsi pada eukariot dan prokariot memiiki ciri yang sama,

perbedaannya terletak pada detailnya. Sebuah segmen DNA ditranskipsikan dapat
memproduksi sebuah molekul RNA. Segmen ini dinamakan sebagai unit
traskripsi dengan gen yang mirip dengan gen induk. Trankripsi dibagi menjadi
tiga tahapan, yaitu tahap inisiasi, elongasi (pemanjangan), dan terminasi.
Transkripsi terjadi dari dari ujung 5’ ke 3’
secara berturut-turut di dalam molekul mRNA.
RNA polimerase yang mengkatalisis
transkripsi bersifat kompleks, multimerik
protein. RNA polimerase dari E.coli
mempunyai bobot molekul sebesar 480.000
dan berisikan 5 polipeptida. Dua dari 5
polipeptida ini memiliki kemiripan, dengan
demikian, enzim RNA polimerase memiliki
gambar 1. Tiga tahap transkripsi
empat jenis polipeptida yang berbeda.
Faktor sigma (𝜎) adalah sebuah subunit yang hanya terlibat pada tahap
inisiasi dan tidak memiliki peran pada tahap pemanjangan rantai. Faktor 𝜎
berperan untuk mengenali dan mengikat DNA polymerase dalam melakukan
transkripsi dalam DNA. Enzim inti yang tidak memiliki 𝜎 akan dikatalis oleh
sintesis RNA di dalam DNA template sedangkan enzim yang tidak memiliki 𝜎
akan diinisiasi oleh rantai RNA secara acak dalam DNA.
Inisiasi rantai-rantai RNA terlibat dalam tiga tahap: (1) ikatan polimerase
holoenzim untuk wilayah promotor di DNA; (2) terbukanya 2 untai DNA local
oleh RNA polimerase; (3) pembentukan ikatan fosfodiester antara beberapa
ribonukleotida pada rantai RNA yang baru dibentuk. Urutan nukleotida yang
diprediksikan pada inisiasi dinamakan sebagai upstream sequences dan yang
mengikuti inisiasi disebut downstream sequences.
Pemanjangan rantai RNA dikatalisis oleh RNA polimerase
enzim inti, ini terjadi setelah pelepasan sub-unit 𝜎 (sigma). Molekul RNA
polimerase tersusun atas DNA yang terbuka dan aktivitas DNA yang melilit
segmen DNA lokal yang terbuka. RNA baru yang dihasilkan dipindahkan dari
untai cetakan DNA sebagai RNA polimerase yang bergerak sepanjang molekul
DNA.
Terminasi rantai DNA terjadi saat RNA polymerase bertemu dengan
sebuah sinyal terminal. Ketika terminasi terjadi, transkripsi memproduksi molekul
RNA baru. Terdapat dua jenis terminal transkripsi pada E. coli, yaitu
rhodependent terminators dan rho-independent terminators. Rhodependent
terminators adalah terminator yang melibatkant protein 𝜌. Rho-independent
terminators merupakan terminator yang tidak terdapat keterlibatan 𝜌.
Struktur hairpin DNA setelah disintesis dan akan memperlambat
pergerakan molekul RNA polymerase sepanjang DNA. Pergerakan molekul RNA
polymerase ini bisa mengakibatkan jeda di rantai yang diperpanjang. Rantai RNA
yang disintesis terbaru dari DNA template dibebaskan kerena jeda yang dibuat
oleh RNA polymerase. Pada prokariota, translasi dan degradasi molekul mRNA
sering dimulai sebelum sintesis
(transkripsi) selesai. Sejak molekul
mRNA disintesis, ditranslasi, dan
didegradasi pada arah ujung 5’ ke 3’.
Pada prokariotik sintesis polipeptida
tidak dipisahkan oleh selubung nukleus
dari tempat selubung mRNA.

gambar 2. Elongasi Rantai RNA yang dikatalis

oleh RNA polymerase pada E. coli
TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT
Pada organisme eukariot, kromosom gen terdiri atas DNA yang terdapat pada
inti sel. Tanskripsi terjadi di dalam inti sel sedangkan translasi terjadi di
sitoplasma. Pada eukariot proses transkripsi dan translasi tidak terjadi secara
bersamaan, Proses transkripsi dan translasi pada eukariot lebih kompleks dari
pada prokariot. mRNA pada eukariot berasal dari transkrip gen primer yang
melalui beberapa tipe proses, antara lain:
1. Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi
molekul mRNA yang lebihkecil.
2. Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA caps) pada ujung 5’
molekul.
3. Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan
nukleotida adenilet (poly-A tails) padaujung 3’ molekul.
4. Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik.
Pembelahan termasuk dalam konversi pre-mRNAs menjadi mRNAs yang
sering kali diikuti pemindahan leader sequences (urutan dari ujung 5’ sampai
kodon inisiasi translasi) dan noncoding sequences (intervening sequences atau
introns yang berada di antara coding sequences). Masing-masing gen transkrip
dapat melakukan beberapa atau seluruh tipe proses tersebut. Tidaksemua mRNA
mengandung 5’cap dan tidak semuanya mengandung poly-A. Sebagian besar
RNAs non ribosom yang disintesis dalam nukleus sel eukariot mengandung
sebagian besar molekul yang berbeda ukurannya. RNA ini disebut RNA inti
heterogen (hnRNA). Proses cepat pada hnRNA besar atau molekul pre-RNA
dalam nukleus terjadi setelah hasil transkripsi jelas kelihatan dalam:
1. Sebagian besar RNA nonribosom yang disintesis dalam nukleus menurun
dengan cepat
2. Susunan molekul mRNA yang lebih kecil dipindahkan menuju sitoplasma.
Gen eukariotdibedakan menjadi 3 kelas, pertama gen kelas I yang meliputi
gen-gen yang mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA yang ditranskripsi
oleh RNA polimerase I.Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu
promoter antara (spacer promoter) dan promoter utama. Gen kelas II meliputi
semua gen yang mengkode protein dan beberapa RNA berukuran kecil yang
terdapat di dalam nucleus dan ditranskripsikan oleh RNA polimerase II. Promoter
gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens pemulai (initiator) yang terletak
pada daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir (downstream) yg terletak disebelah
hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream).
Gen kelas III meliputi gen-gen yg mengkodet RNA, 5S rRNA dan beberapa RNA
kecil yg ada di dlm nukleus dan ditranskripsikan oleh RNA polimerase III.
Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang.
Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan
hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu
macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida). Pada gen struktural
eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering dijumpai meskipun tidak
semua gen eukariot mengandung intron.
Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya sama dengan mekanisme
pada prokariot. Tahap awal adalah inisiasi. Tahap inisiasi berupa
pengenalan holoenzyme (RNA polimerase) pada tapak awal inisiasi yang
disebut promoter. Pengenalan promoter ini berlangsung melalui pelekatan atau
pengikatan holoenzyme (RNA polimerase) pada posisi promoter. Pada awal
proses pengikatan RNA polimerase (holoenzime) dengan promoter disebut
kompleks promoter yang tertutup. Setelah RNA polimerase berlekatan dengan
bagian promoter, selanjutnya akan membentuk formasi struktur yang terbentuk
akibat pemutusan ikatan hidrogen maupun terbukanya lilitan heliks. Dengan
terbentuknya formasi tersebut memungkinkan terjadinya proses polimerisasi
RNA, setelah terlebih dahulu berlangsung polimerisasi pertama yang
menghadirkan dua nukleotida yang pertama.

Setelah tahap inisiasi dilanjutkan dengan tahap elongasi. Selama tahap

elongasi, RNA polimerase (core enzyme) memutuskan ikatan hidrogen, serta
membuka lilitan heliks ganda. RNA polimerase bergerak sepanjang molekul DNA
dan menghubungkan ribonukleotida-ribonukleotida ke ujung 3’ pada molekul
RNA yang sedang tumbuh, sesuai dengan macam basa pada DNA yang menjadi
cetakannya. Proses ini berlangsung dengan arah polimerisasi dari ujung 5’ ke
ujung 3’. Selama berlangsungnya polimerisasi, bagian molekul RNA yang telah
terbentuk, secara bertahap terlepas ikatannya dari untaian DNA pengkode,
sehingga memungkinkan segera terbentuknya kembali heliks ganda seperti
semula.
Setelah tahap elongasi diakhiri dengan tahap terminasi. Tahap ini terjadi di
daerah terminator. Terminator dikenali oleh protein faktor yang berasosiasi
dengan RNA polimerase yang memicu terjadinya proses terminasi. Setelah sinyal
poly-A ditranskripsikan menjadi mRNA, protein CPSF (Cleavage and
Polyadenylation Specificity factor) dan CstF (Cleavage Stimulation factor)
dikirim dari domain ujung gugus karboksil dari RNA polymerase II ke sinyal
poly-A. Kedua faktor ini akan mencari protein lain untuk memutus transkripsi dan
membebaskan mRNA dari kompleks transkripsi. Akhirnya dilakukan
proses polyadenilasi, yaitu pembentukan 200 nukleotida dengan basa nitrogen
Adenin di ujung mRNA.
Proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara bersamaan.
Transkripsi berlangsung di dalam nukleus, sedangkan translasi berlangsung di
dalam sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi
dengan translasi, yang disebut fase pasca-transkripsi. Pada fase ini, terjadi proses
pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing), poliadenilasi
(penambahanguguspoli-A padaujung 3’mRNA), penambahan tudung (cap)
padaujung 5’ mRNA dan penyuntingan mRNA.

Pertanyaan

1. Apakah perbedaan antara fase inisiasi, elongasi (pemanjangan), dan

terminasi pada transkripsi DNA?
Jawab:
Trankripsi dibagi menjadi tiga tahap, yaitu tahap inisiasi, elongasi
(pemanjangan), dan terminasi. Pada tahap inisiasi terjadi pembukaan rantai
double heliks pada DNA. Pada tahap elongasi terjadi pemasangan basa
nitrogen baru dengan rantai DNA lama. Pada tahap teminasi terbentuk
rantai baru.

2. Mengapa pada trankripsi hanya terjadi pada ujung 5’ ke 3’?

Jawab:
Transkripsi terjadi dari dari ujung 5’ ke 3’ secara berturut-turut
pada molekul mRNA. Sintesis DNA secara terminologi selalu terjadi dari
arah 5’ ke 3’. Transkripsi urutan DNA cocok dengan segmen 5’ dan 3’
sehingga transkripsinya secrara spesifik relatif terjadi pada poin ini.