4.

Mahasiswa mampu menjelaskan transkripsi gen eukariotik dan prokariotik

Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan template DNA. Kedua asam nukleat
menggunakan bahasa yang sama dan informasinya tinggal ditranskripsi (disalin) dari satu
molekul ke molekul yang lain. Persis sebagai mana saat proses replikasi, untai DNA
menyediakan suatu cetakan (template) untuk sintesis untai komplemen terbaru, pada
transkripsi juga disediakan template untuk menyusun RNA. Molekul RNA yang dihasilkan
merupakan transkrip penuh dari perintah pembangun protein dari gen tersebut. Jenis molekul
RNA ini disebut RNA messenger.

1. Transkripsi pada prokariotik

Transkripsi pada prokariotik terjadi di sitoplasma. Transkripsi Prokariotik pada

dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat pada molekul DNA.
Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA yang disalin menjadi urutan
nukleotida RNA (transkrip RNA). Urutan nukleotida pada transkrip RNA bersifat
komplementer dengan urutan DNA cetakan/template, tetapi identik dengan urutan nukleotida
DNA pada untaian pengkode/coding DNA strand/nontempate strand). Salah satu ciri dari
prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah organisasi dari beberapa gen yang
ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misalnya operon lac, pada metabolisme laktosa
pada bakteri E.coli. Pada waktu ditranskripsi operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang
membawa kode-kode genetik untuk polipeptida berbeda yang disebut dengan mRNA
polisistronik. pada operon lac mempunya 3 gen struktural yaitu lac Z, lac Y dan lac A.
Masing-masing dari gen itu punya start codon dan stop codon sendiri-sendiri namun
ekspresinya tetap dikendalikan dengan operon yang sama. Pada waktu ditranskripsi hasilnya
1 mRNA yang membawa kodon untuk 3 macam polipeptida yang beda.

Tahapan transkripsi terdiri dari inisiasi, elongasi, dan terminasi.

a. Inisiasi

Transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian

promoter. RNA polimerase menuju ke promoter atas bantuan faktor σ yang mampu
menemukan bagian promoter suatu gen. Bisa diibaratkan RNA polymerase adalah pesawat,
faktor sigma adalah antenanya, promoter adalah bandaranya. Pada prokariot, RNA
polymerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui ikatan
dengan protein lain (pada eukariot protein pembantu dibutuhkan sangat banyak). Kemudian,
bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk struktur gelembung
transkripsi (transcription bubble) yang stabil. Selanjutnya adalah penggabungan beberapa
nukleotida awal sekitar 10 nukleotida. Basa-basa RNA yang digabung membentuk ikatan
hidrogen dengan basa DNA cetakan. Selanjutnya adalah pelepasan subunit σ setelah
terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. Terjadi perubahan konformasi holoenzim
jadi core enzyme (tanpa faktor σ). Faktor σ selanjutnya dapat digunakan lagi dalam proses
inisiasi transkripsi selanjutnya (dapat digunakan oleh enzim inti RNA polimerase lain).

b. Elongasi

Pada elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3′ molekul RNA yang
baru terbentuk dengan arah 5′ -> 3′ pada ikatan fosfodiester. Nukleotida RNA yg
ditambahkan bersifat komplementer dengan nukleotida untai DNA cetakan.

c. Terminasi

Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam yaitu:

1. Rho-independent (terminasi diri) yaitu terminasi yang dilakukan tanpa harus melibatkan
protein khusus, namun ditentukan oleh adanya urutan nukleotida tertentu pada bagian
terminator. Ciri urutan adalah adanya struktur jepit rambut/hairpin yang kaya akan basa GC.
Akibat struktur itu, RNA polimerase berhenti dan membuka bagian dari sambungan (hibrid)
DNA-RNA. Sisa hibrid merupakan urutan oligo U (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan
dengan A (dA) -> ikatan hidrogen hanya 2 buah, akibatnya ikatan lemah terlepas dan RNA
hasil transkripsi lepas.

2. Rho-dependent yaitu terminasi memerlukan protein rho. Faktor rho terikat pada RNA
transkrip kemudian mengikuti RNA polimerase sampai ke daerah terminator. Faktor rho
membentuk destabilisasi ikatan RNA-DNA hingga akhirnya RNA terlepas.

Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan. Hal

ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah
dari ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membran inti,
sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada
eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan.

2. Transkripsi pada eukariotik

Transkripsi pada eukariotik terjadi di nukleus. Mekanisme transkripsi pada eukariotik

pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida
yang berkaitan dengan mesin transkripsi pada eukariotik menjadikan mekanisme tersebut
jauh lebih kompleks daripada mekanisme pada prokariotik. RNA polimerase pada eukariot
bermacam-macam yaitu RNA polimerase I (mentranskrip gen kelas I yaitu gen rRNA kecuali
5S rRNA), RNA Polimerase II (mensintesis mRNA dan small nulear RNA/snRNA yang
diperlukan pada saat RNA splicing) dan RNA polymerase III (mentranskrip gen kelas III
yaitu tRNA, 5S rRNA).

Tahapan transkripsi pada eukariotik terdiri dari inisiasi, elongasi, terminasi.

a. Inisiasi

Daerah promotor berfungsi sebagai tempat pengenalan RNA polimerase untuk

mengikat. Ini adalah tempat dimana sebagian besar ekspresi gen dikendalikan, baik dengan
mengizinkan/memblokir akses ke situs ini oleh RNA polimerase. Pengikatan menyebabkan
heliks ganda DNA terlepas dan terbuka. Pada eukariotik terdapat tiga gen kelas yang
berperan dalam proses transkripsi, karena itu transkripsi harus dilakukan pada masing-masing
gen kelas tersebut. Pada eukariotik RNA polimerasenya beda-beda ada RNA polimerase I, II
dan III sehingga penggunaannya dalam sintesis molekul berbeda. Sebelum RNA polimerase
menempel pada promotor, ada faktor-faktortranskripsi yang membantu RNA polimerase. Jika
RNA polimerase I dibantu SL1 dan UBF, RNA polimerase II dibantu dengan TFIIA, TFIIB,
TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH dan TFIIJ. RNA polimerase III dipandu ama TFIIIA, TFIIIB,
TFIIIC ama protein TBP. Faktor TBP merupakan protein yg diperlukan jika gen-gen tidak
mempunyai TATA box. Setelah RNA polimerase dibantu dengan faktor transkripsi (TF)
menuju ke TATA box kemudian terjadi proses selanjutnya.

Promoter eukariot sangat beragam dan sulit untuk dikarakterisasi. Basal promoter
elements dikenal dengan TATA-box dan CCAAT-box, dinamakan berdasarkan sekuen
motifnya. TATA-box berada pada 20 sampai 30 basa upstream dari transcriptional start site
dan ini sama dengan sekuen pada prokariot atau Pribnow-box (sekuen konsensusnya adalah
TATAAA, TATAT/AAT/A, dimana T/A menandakan basa yang mungkin ditemukan pada
posisi tersebut). TFIID adalah faktor transkripsi pertama yang secara langsung berikatan
dengan TATA box dan penempelan ini mengarahkan faktor transkripsi lainnya dan RNA
polymerase II untuk mengenali promoter. TFIID sebenarnya merupakan kompleks protein
yang terdiri dari protein pengikat kotak TATA (TATA-box binding protein, TBP) dan TAF
(TBPassociated factors). CCAAT-box terdapat pada posisi -100. CCAAT-box diketahui
mengikat protein FT CCAAT-binding transcription factor (CTF) dan CCAAT-
enhancerbinding protein (C/EBP).

b. Elongasi

RNA polimerase meluncur disepanjang untaian DNA template. Saat basa komplementer
berpasangan, RNA polimerase menautkan nukleotida ke ujung 3’ dari molekul RNA yang
sedang terbentuk.
c. Terminasi

Seetelah RNA polimerase mencapai bagian terminator, transkripsi mRNA selesai dan RNA
polimerase, untai DNA, dan mRNA dipisahkan satu sama lain.

Pasca transkripsi

Pre-mRNA yg dihasilkan dari proses transkipsi tidak bisa langsung dikeluarkan ke

sitoplasma untuk ditranslasi namun harus dimodifikasi dahulu. Proses transkripsi dan
translasi pada eukariot lebih kompleks daripada prokariot. mRNA pada eukariot berasal dari
transkrip gen primer yang melalui beberapa tipe proses, antara lain:

1. Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi molekul mRNA

yang lebih kecil.
2. Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA “caps”) pada ujung 5’ molekul.
3. Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan nukleotida
adenilet (“poly-A tails”) pada ujung 3’ molekul.
4. Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik.

Pembelahan termasuk dalam konversi pre-mRNAs menjadi mRNAs yang sering kali
diikuti pemindahan leader sequences (urutan dari ujung 5’ sampai kodon inisiasi translasi)
dan noncoding sequences (intervening sequences or introns yang berada di antara coding
sequences). Masing-masing gen transkrip dapat melakukan beberapa atau seluruh tipe proses
tersebut. Tidak semua mRNA mengandung 5’cap dan tidak semuanya mengandung poly-A.
Sebagian besar RNAs nonribosom yang disintesis dalam nukleus sel eukariot mengandung
sebagian besar molekul yang berbeda ukurannya. RNA ini disebut RNA inti heterogen
(hnRNA).

1. Pemberian topi (capping) dan ekor (poliadenilasi)

 Setiap ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi dengan cara tertentu. Ujung 5’ yaitu
ujung depan, pertama kali dibuat saat transkripsi segera ditutup dengan nukleotida guanin (G)
yang termodifikasi. Pemerian topi ini mempunyai setidaknya 2 fungsi. Pemberian
‘tutup’/pelindung (cap) berupa guanin yang termodifikasi dan tetap menempel selama
transkripsi

a. Ujung ini melindungi mRNA dari degradasi enzim hidrolisis (nuklease dan fosfatase).

b. Setelah mRNA sampai di sitoplasma, ujung 5’ berfungsi sebagai bagian dari tanda
“lekatkan di sini” untuk ribosom.

Pada ujung 3’ suatu enzim menambahkan ekor polia(A) yang terdiri dari 30-200
nukleotida adenin. Ekor poli(A) berfungsi mempermudah ekspor mRNA dari nukleus.
Poliadenilasi merupakan proses penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3′ nukleotida
mRNA. Fungsinya untuk meningkatkan stabilitas mRNA dan meningkatkan efisiensi
translasi.

2. Spilicing
Saat proses transkripsi, RNA polimerase mentranskripsi intron maupun ekson dari
DNA. Splicing merupakan proses pembuangan intron dan penyambungan ekson. Intron
adalah bagian penyela, merupakan segmen asam nukleat bukan pengkode dan terletak
diantara daerah pengkode. Sedangkan ekson adalah daerah yang yang diekspresikan atau
ditranslasi menjadi asam amino. Dalam penyambungan RNA, intron dikeluarkan dan ekson
bergabung. Penyambungan RNA dikatalis oleh ribonukleoprotein nucleus kecil (snRNP),
yang beroperasi de dalam susunan yang lebih besar disebut spliosom. Setelah dilakukan
berbagai modifikasi di atas, jadilah mRNA matang (mature mRNA).
Perbedaan Proses Transkripsi Pada Prokariotik Dan Eukariotik

Kriteria Prokariotik Eukariotik

Tidak ada, RNA mengenali memiliki satu set promotore
Faktor transkripsi promoter dengan membentuk yang utama merupakan kotak
RNA polimerase holoenzim TATA
Lokasi Sitoplasma Nukleus
Waktu terjadinya
Bersamaan Tidak bersamaan
transkripsi dan translasi
Hasil RNA matang Pre-mRNA
Penambahan tudung 5’
splicing
Penambahan poli A diujung
Modifikasi RNA Tidak ada
3’
Modifikasi mRNA pasca
splicing
Jumlah mRNA yang
Pasti 1 Bisa lebih dari 1
dihasilkan
Jumlah protein yang dikode
Bisa lebih dari 1 Hanya 1
mRNA
Beberapa nukleotida setelah
terminator sampai sekitar 100
Ketika ada terminator maka
Tahapan terminasi nukleotida (ada protein yang
langsung diakhiri
melepaskan RNA polimerase
dari DNA)
RNA polimerasi yang
Hanya 1 Hanya 3
berperan