TRANSKRIPSI

&
TRANSLASI
Konsep 17.2
Transkripsi adalah sintesis RNA yang diarahkan oleh DNA : pengamatan lebih dekat

- RNA duta pembawa informasi dari DNA ke mekanisme pensintesis protein dalam sel, ditranskripsikan
dari untai cetakan gen. Enzimnya disebut dengan RNA polimerase memishakan antara kedua untai DNA dan
menggabungkan nukleotida RNA saat membentuk pasangan basa di sepanjang cetakan DNA

- RNA polimerase dapat merakit polinukleotida hanya pada arah 5’-3’. Beda dengan DNA polimerase,
RNA polimerase mampu membuat rantai dari nol. Enzim-enzimnya tidak memerlukan primer.

- Sekuens DNA yang dijadikan tempat melekat dan menginisiasi transkripsi RNA polimerase disebut
dengan Promote. Pada bakteri sekuens yang menandai berakhirnya transkripsi disebut dengan Terminator
- Para ahli mengatakan bahwa arah transkripsi “ke hilir” disebut dengan (downstream) sedangkan arah
yang “ke hulu” disebut dengan (upstream). Istilah ini digunakan untuk mendeskripsikan posisi sekuen
nukleotida dalam RNA atau DNA. . Rentangan DNA yang di transkripsi menjadi molekul RNA disebut
dengan unit transkripsi (transcription unit).

- Pada bakteri memiliki satu jenis RNA polimerase yang tidak hanya menyintesis mRNA, namun berfungsi
dalam sintesis protein misalnya RNA ribosom. Namun sebaliknya pada eukariota memiliki tiga tipe RNA
polimerase dalam nukleus
Sintesis Transkripsi RNA

- Tahapan transkripsi ini ditunjukkan

oleh Peraga 17.7 yaitu tahapan inisiasi,
pemanjangan (elongasi), dan terminasi
rantai RNA.
Pengikatan RNA Polimerase dan Inisiasi Transkripsi

- Pada bakteri secara spesifik RNA Polimerase akan mengenali dan berkaitan dengan
promoter. Pada eukariotik sekelompok protein yang disebut dengan faktor transkripsi
(transcription factor) memediasi pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi

- DNA kromosom eukariotik membentuk kompleks dengan histon dan protein-protein

lain sebagai kromatin. Peran protein ini menjadikan DNA bisa diakses oleh faktor
transkripsi

- Kompleks faktor transkripsi dan RNA polimerase II yang terikat ke promoter disebut
dengan kompleks inisiasi transkripsi (transcription initiation complex). Peran faktor
transkripsi dan suatu sekuens DNA promoter yang sangat penting disebut dengan kotak
TATA (TATA box)
Pemanjangan Untai RNA

- RNA polimerase menambahkan nukleotida ke ujung 3’ RNA yang sedang tumbuh sambil terus menyusuri
helix ganda. Saat gelombang sintesis RNA maju maka molekul RNA baru akan melepaskan diri dari cetakan
DNA-nya kemudian helix ganda DNA terbentuk kembali. Transkripsi berlangsung dengan laju sekitar 40
nukleotida per detik pada eukariota.

- Sekuens sinyal poliadenilasi yang mengkodekan sinyal poliadenilasi (AAUAAA) pada pre-mRNA. Pada
suatu titik 10-35 nukleotida yang mengarah ke hilir dari sinyal AAUAAA protein yang berasosiasi dengan
transkripsi RNA sedang tumbuh akan memotong bagian itu sehingga akan terlepas dari polimerase, dan pre-
mRNA pun terlepas. Akan tetapi polimerase terus mentranskripsikan DNA sebanyak ratusan nukleotida
setelah tempat pre-MRNA dilepaskan.

-
Terminasi Transkripsi

Proses terminasi adalah :

● Proses terminasi pada sel eukariotik ialah pertama RNA polimerase II
mentranskripsikan/mensintesis sekuen pada DNA yang disebut sekuens sinyal
poliadenilasi. Sinyal poliadenilasi mengkodekan suatu sinyal (AAUAAA)
pada pre-mRNA.
● Kemudian, pada daerah 10 sampai daerah 35 nukleotida mengarah ke hilir
(downstream) dari sinyal AAUAAA, protein yang berasosiasi dengan transkrip
RNA yang sedang tumbuh mengalami pemotongan hingga terlepas dari
polimerase dan menghasilkan pre-mRNA yang sudah terlepas. Proses ini
terjadi secara terus-menerus.
Sel Eukariotik memodifikasi RNA setelah Transkripsi

Hasil transkripsi pada sel eukariotik berupa pre-mRNA yang perlu diolah dahulu
menjadi mRNA agar dapat diproses dalam proses selanjutnya yaitu translasi.
Pengubahan Ujung-ujung mRNA

● Setiap ujung pada molekul pre-mRNA dimodifikasi

dengan cara tertentu. Setelah terjadi transkripsi 20 sampai
40 nukleotida pertama, pada ujung 5' mengalami sintesis
terlebih dahulu dengan ditempeli oleh tudung 5' cap yang
memiliki nukleotida guanin (G).
● Pada ujung 3' molekul pre-mRNA ditempeli oleh poly-A-
tail (ekor poli-A) yang memiliki sekitar 50-250 nukleotida
adenin (A).
● Tudung 5' cap dan ekor poli-A memiliki beberapa fungsi
yaitu memfasilitasi ekspor mRNA matang dari nukleus,
melindungi mRNA dari degradasi enzim hidrolitik,
membantu ribosom melekat ke ujung 5' mRNA setelah
memasuki sitoplasma
Gen Terpisah-pisah dan Penyambungan DNA
● Molekul pre-mRNA mengandung segmen-segmen intron dan ekson
● Segmen-segmen intron harus dihilangkan menyisakan segmen-segmen
ekson yang disambungkan membentuk mRNa untuk proses translasi
● Proses pemotongan intron dan penyambungan ekson membutuhkan
beberapa komponen seperti beberapa protein berbeda dan snRNA (small
nuclear RNA). Kumpulan dari beberapa protein dan snRNA membentuk
rakitan yang lebih besar disebut splisosom. snRNA yang menyusun
splisosom terdiri dari 5 jenis yaitu U1, U2, U4, U5, dan U6 dan protein
berbeda yang menyusun splisosom ialah sekitar 40 protein.
● Splisosom yang terbentuk akan menempel pada intron lalu diikat dan
dibuang sampai menyisakan beberapa ekson yang kemudian mengalami
penyambungan hingga membentuk mRNA yang siap untuk proses translasi.
Ribozim
● Ribozim merupakan enzim yang zat penyusunnya berupa RNA bukan protein.
● Contoh dari ribozim adalah RNA intron yang berfungsi mengkatalis pemotongan dirinya sendiri
misalnya pada protozoa Tetrahymnena dan penyambungan diri terjadi saat produksi RNA ribosom
(rRNA).
● Adapun 3 sifat RNA yang memungkinkan bisa berfungsi sebagai enzim ialah RNA memiliki rantai
tunggal yang memungkinkan untuk dapat berpasangan basa dengan wilayah komplementer dibagian
lain molekul yang sama, beberapa basa dalam RNA mengandung gugus-gugus fungsional,
kemampuan RNA berikatan, hidrogen dengan molekul-molekul asam nukleat lain.
INTAN
17.4 Translasi adalah sintesis polipeptida yang diarahkan oleh RNA: pengalaman lebih dekat

A. Komponen - komponen Molekular Translasi

❏ Fungsi tRNA adalah mentransfer asam amino dari kumpulan asam amino di sitoplasma ke
ribosom. Sel menjaga suplai ke-20 asam amino dalam sitoplasmanya.
❏ Pada ujung lain tRNA terdapat suatu triplet nukleotida yang disebut antikodon (anticodon)
yang berpasangan basa dengan kodon komplementer pada mRNA
❏ Jika seutas molekul mRNA bergerak melalui ribosom, fenilalanin akan ditambahkan ke rantai
polipeptida setiap kali kodon UUU disajikan untuk translasi.
 B. Struktur dan fungsi RNA transfer

Dalam sel eukariot, tRNA, seperti mRNA, dibuat di dalam nukleus dan harus berpindah dari
nukleus ke sitoplasma, tempat translasi terjadi. Pada sel bakteri maupun sel eukariota, setiap
molekul tRNA digunakan berulang - ulang, mengambil asam amino yang sesuai dengannya di
dalam sitosol, meletakkan muatan ini pada rantai polipeptida di ribosom, dan kemudian
meninggalkan ribosom, siap untuk mengambil asam amino
Suatu molekul tRNA terdiri dari seutas RNA tunggal
yang panjangnya sekitar 80 nukleotida. Apabila
digambarkan secara dua dimensi, molekul tRNA terlihat
seperti daun semanggi.

tRNA sebenarnya memuntir dan menggulung menjadi

struktur berdimensi tiga padat yang berbentuk
menyerupai huruf L. Kelokan yang membentang dari
salah satu ujung L mencakup antikodon, triplet basa
tertentu yang berpasangan basa dengan suatu kodon
mRNA spesifik. Ujung lain molekul tRNA yang
berbentuk L menonjollah ujung 3’ nya dengan situs
pelekatan untuk asam amino. Maka dari itu, struktur
molekul tRNA cocok dengan fungsinya.
Translasi membutuhkan dua proses yang melibatkan pengenalan molekuler, diantaranya:
1) tRNA yang berikatan dengan kodon mRNA menspesifikasi asam amino tertentu yang harus diangkut oleh
asam amino spesifik ke ribosom.
2) Perpasangan antikodon tRNA dengan kodon mRNA yang sesuai. Menurut perhitungan,
apabila ada satu varietas tRNA untuk setiap kodon mRNA maka dapat diketahui akan ada 61
tRNA. Namun, nyatanya hanya terdapat 45 tRNA. Hal ini menandakan bahwa ada sebagian
tRNA yang mengikat lebih dari satu macam kodon. Peristiwa tersebut kemungkinan terjadi
akibat longgarnya aturan perpasangan basa antara basa ketiga pada kodon dan basa
pasangannya pada antikodon. Perpasangan basa yang fleksibel ini disebut wobble. Misalnya,
tRNA dengan antikodon 3’-UCU-5’ dapat berpasangan dengan kodon mRNA 5’-AGA-3’ atau
5’-AGG-3’, yang mana kedua kodon mRNA ini mengkodekan arginin.
Ribosom
Ribosom memfasilitasi perpasangan antara antikodon tRNA
dan kodon mRNA selama sintesis protein. Ribosom terdiri
dari 2 subunit, subunit besar dan kecil. Subunit ribosom
terbuat dari protein dan molekul RNA yang disebut RNA
ribosom atau rRNA. Pada eukariota, subnit tersebut dibuat di
nukleolus. Ribosom pada eukariota sedikit lebih besar dan
memiliki komposisi molekular yang agak berbeda dari
ribosom bakteri. Perbedaan tersebut sangat bermakna dalam
kedokteran karena untuk menginaktivasi ribosom bakteri
tanpa harus menghambat kerja ribosom eukariota. Obat-
obatan yang dimaksud di antaranya tetrasiklin dan
streptomisin yang digunakan untuk memerangi infeksi bakteri.
 Struktur yang dimiliki ribosom sesuai dengan fungsinya yaitu untuk mempertemukan mRNA
dengan tRNA yang mengangkut asam amino. Selain pengikatan untuk mRNA, setiap ribosom
memiliki tiga situs pengikatan :

1. Situs P (P site, situs petidil-tRNA)

Menampung tRNA yang membawa rantai polipeptida yang sedang tumbuh

2. Situs A (A site, situs amoniasil-tRNA)

Menampung tRNA yang mengangkut asam amino yang akan ditambahkan berikutnya ke rantai
tersebut.

3. Situs E (exit atau E site, tempat keluar)

tRNA yang telah melepaskan muatannya akan meninggalkan ribosom dari situs E.

Ribosom menahan tRNA dan mRNA dalam posisi yangan sangat berdekatan dan menempatkan
asam amino baru untuk ditambahkan ke ujung karboksil polipeptida yang sedang tumbuh.
Ribosom kemudian mengkatalisis pembentukan ikatan peptida. Ketika bertambah panjang,
polipeptida melewati terowongan keluar (exit tunnel) pada subunit besar ribosom. Setelah
selesai dibuat, polipeptida dilepaskan ke sitosol melalui terowongan keluar. Protein-protein
ribosom yang sebagian besar berada pada eksterior, menyokong perubahan bentuk molekul
rRNA saat melakukan katalisis selama translasi. RNA ribosom merupakan penyusun utama
antarmuka (interface) diantara kedua subunit sekaligus penyusun situs A dan situs P, dan
merupakan katalis pembentukan ikatan peptida.
MEMBANGUN POLIPEPTIDA

Proses translasi dan sintesis protein polipeptida dapat dibagi menjadi tiga
tahap (analog dengan transkripsi) : inisiasi, elongasi atau pemanjangan, dan
terminasi. Tahap-tahap tersebut membutuhkan faktor protein yang membantu
proses translasi dan energi dibutuhkan untuk aspek tertentu dari inisiasi dan
pemanjangan rantai, energi tersebut disediakan oleh hidrolisis GTP (Guanin
Trifosfat), molekul yang berkerabat dekat dengan ATP.
Asosiasi Ribosom dan Inisiasi Translasi

Proses inisiasi pada translasi yaitu

tahap menyatukan mRNA, tRNA
yang membawa asam amino
pertama dari polipeptida dan kedua
subunit ribosom.
 Pemanjangan Rantai Polipeptida

Proses pemanjangan, asam amino ditambahkan satu per satu ke

asam amino sebelumnya. Setiap penambahan melibatkan beberapa
protein yang disebut faktor pemanjangan (elongation factors). Energi
digunakan pada tahap pertama dan ketiga. Ribosom dan mRNA
saling bergerak satu sama lain, ke satu arah, kodon demi kodon.
Terminasi Translasi

Tahap ini merupakan tahap pengakhiran atau terminasi.

 Poliribosom

Satu ribosom tunggal dapat membuat polipeptida

berukuran sedang dalam waktu kurang dari satu menit.
Akan tetapi, biasanya, mRNA diterjemahkan oleh
banyak ribosom dalam waktu yang sama. Begitu ribosom
berpindah melewati kodon mulai, ribosom kedua dapat
melekat ke mRNA, sehingga menyebabkan beberapa
ribosom bergantungan di sepanjang mRNA. Rangkaian
ribosom semacam itu, disebut poliribosom
(polyribosome, atau polisom, polisome).
Menyelesaikan dan Menargetkan Protein Fungsional

1. Penggulungan Protein dan Modifikasi Pasca-Translasi

Saat sintesis, rantai polipeptida mulai mengumpar dan menggulung secara spontan sebagai
konsekuensi dari sekuens asam aminonya (struktur primer), membentuk protein dengan bentuk yang spesifik.
Dengan demikian, gen menentukan struktur primer, dan struktur primer sendiri menentukan bentuk.

Pada beberapa kasus, rantai polipeptida mungkin dipotong-potong dengan enzim menjadi dua
potongan atau lebih. Misalnya protein insulin pertama disintesis sebagai seutas rantai polipeptida tunggal,
namun menjadi aktif baru setelah sejenis enzim memotong bagian tengah rantai, meninggalkan suatu protein
yang terdiri atas dua rantai polipeptida yang dihubungkan oleh beberapa jembatan disulfida. Pada contoh
lain, dua atau lebih polipeptida yang disintesis secara terpisah mungkin disatukan, membentuk subunit
protein yang memiliki struktur kuartener. Contoh yang akrab dengan kita adalah hemoglobin.
2. Menargetkan Polipeptida ke Lokasi Spesifik