TUGAS MANDIRI

METABOLISME DAN INFORMASI GENETIK

KONTRUKTIVISME LIMA FASE NEEDHAM

PROBLEM BASED LEARNING
DISUSUN OLEH: MADE SUKARYAWAN
Nama : Maulina Dinda Putri
NIM : 06101281924066
Kelas : Indralaya

RANGKUMAN PERTEMUAN 8

SINTEIS PROTEIN: TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

A. Sintesis Protein

Sintesis protein adalah proses penerjemahan kodon-kodon pada mRNA menjadi

polipeptida. Ribosom adalah sebuah struktur multi molekul yang berperan sebagai pabrik
untuk mensintesis protein, Selama mensintesis, ribosom menempel pada molekul mRNA
dari ujung 5’-------3’. Ribosom terdiri dari molekul-molekul protein dan rRNA. Jumlahnya
banyak dan berbeda-beda dalam sel sesuai dengan jenis organismenya.

Ribosom membangun protein di dua lokasi pada sitoplasma. Setiap saat, ribosom
bebas terdapat secara bebas di dalam sitosol, sedangkan ribosom terikat melekat pada sisi
luar retikulum endoplasma atau selaput nukleus. Ribosom terikat maupun ribosom bebas
identik secara struktural, dan ribosom dapat berganti ganti antara dua peran tersebut.
Sebagian besar protein yang di buat di ribosom bebas berfungsi dalam sitosol contohnya
enzim enzim yang mengkatalisis langkah pertama penguraian gula. Ribosom terikat
umumnya membuat protein yang di tugaskan untuk di sisipkan ke dalam membran, untuk
di kemas dalam organela tertentu seperti lisosom, atau untuk di ekspor dari sel (sekresi). Sel
sel yang terspesialisasi untuk sekresi protein misalnya sel sel pankreas yang mensekresikan
enzim pencernaan sering memiliki persentase ribosom terikat yang tinggi.

Pada eukoriota, sub unit itu dibuat di nukleolus. Gen RNA ribosom pada DNA besar
kromosom di transkripsi, dan RNA di proses serta di rakit dengan protein protein yang di
impor dari sitoplasma. Sub unit ribosom yang di hasilkan kemudian di ekspor melalui pori
pori neklus ke sitoplasma, pada bakteri maupun eukoriota, sub unit besar dan kecil
bergabung membentuk ribosom fungsional hanya ketika melekat ke molekul mRNA.
Karena sebagian sel mengandung sel mengandung ribuan ribosom, rRNA Adalah tipe RNA
selular yang paling melimpah.

Lebih dari setengah berat ribosom terdiri dari rRNA yang memegang peranan utama
dalam kegiatan ribosoma sebagai katalisator. Ribosoma memiliki tiga tempat pengikat
molekul-molekul RNA: sebuah untuk mengikat mRNA dan dua buah untuk mengikat
 tRNA. Tempat-tempat tersebut diberi nama Tempat P, yang berarti tempat pengikatan
tRNA-peptidil dan tempat A yang berarti tempat pengikat tRNA-amino asil. Tempat P
mengikat molekul tRNA yang berikatan dengan pangkal rantai polipeptida yang sedang
tumbuh, sedangkan tempat A mengikat molekul tRNA yang masuk, yang dimuati asam
amino. Molekul-molekul tRNA ini akan terikat erat pada tempat P maupun tempat A,
apabila antikodon yang ada padanya sesuai dengan kodon yang ada pada mRNA. Tempat P
dan tempat A ini sangat berdekatan, sehingga dua buah molekul tRNA harus membentuk
pasangan basa dengan kodon disampingnya yang berada di dalam molekul mRNA.

Struktur Ribosoma dengan Tempat – Tempat A Dan P

Hal ini melalui 2 proses utama dalam sintesa prrotein yaitu Transkripsi didalam
nukleulus dan Translasi di dalam Ribosom.

B. Transkripsi

Transkripsi

Transkripsi adalah suatu proses pencetakan mRNA oleh DNA untuk menyalin
urutan asam amino tertentu sebagai langkah awal dari proses sintesa protein. Transkrrip
sering juga disebut sintesa RNA. Proses transkripsi diawali dengan membukanya pita
double helix DNA sebagian dengan perantaraan enzim RNA-polimerase, selanjutnya salah
satu pita DNA itu mencetak mRNA, yaitu dengan menyalin dan menyerahkan informasi
genetik tertentu.

Pita DNA yang mencetak mRNA disebut pita sense, sedangkan pita
komplementernya (yang tidak mencetak) disebut pita antisense. Apabila susunan basa dari
pita sense DNA diketahui maka kita akan dapat mengetahui susunan mRNA yang akan
dicetak, pada asam amino ini mRNA tidak memiliki basa Timin, namun digantikan dengan
urasil (U). Sintesis RNA berlangsung menurut arah 5΄ ke 3’. Selain mRNA juga dicetak
tRNA dan rRNA. RNA transfer (tRNA) mempunyai fungsi mengikat asam amino yang
terdapat di sitoplasma. Sebelum asam amino itu dapat diikat oleh tRNA, dimana asam amino
harus bermuatan dengan ATP (= Adenosin Tripospat), sehingga asam amino itu berenergi.
Proses ini berlangsung didalam sitoplasma. RNA ribosom (rRNA) mempunyai fungsi
menyediakan tempat untuk sintesa protein. Proses ini berlangsung didalam ribosom dan
hasil akhir berupa polipeptida.

Proses transkipsi ini melalui 3 tahap ini yaitu Inisiasi, Elongasi dan Terminasi.

Proses Transkripsi
 Proses Transkripsi:

1. Inisiasi

Tahap inisiasi adalah tahap pencetusan memulaikan penyalinan kode genetik.

Proses ini dimulai dengan enzim RNA polimerase yang mengendalikan proses
transkripsi melekat pada bahagian promoter, selanjutnya pita DNA akan membuka
sehingga DNA akan memulai menyalin kode-kode genetik menjadi RNA atau dikenal
dengan mRNA (Message RNA atau RNA duta).

2. Elongasi

Tahap elongasi adalah proses penyalinan semua kode-kode genetik yang

dinginkan oleh DNA. Dimana RNA Polimerase membaca urutan DNA (DNA template)
dan menyalinnya sampai semuanya tersalin.

3. Terminasi

Tahap terminasi adalah tahap akhir dari proses transkripsi yaitu setelah proses
pemanjangan untaian RNA hasil sintesis semua sudah tesalin maka akan ditutup. Maka
berakhirlah penalinan kode genetik dan pita mRNA. Selanjutnya mRNA menuju
sitoplasma.

Enzim-enzim traskripsi juga menunjukkan sifat-sifat istimewa. Enzim tersebut tidak

hanya dapat membuat sejumlah besar RNA yang beragam, tetapi enzim transkripsi memulai
dan mengakhiri aktivitas pada titik tertentu pada kromosom sesuai dengan isyarat
pengaturan yang diterima, sehingga harya gen tertentu yang ditranskrip pada waktu tertentu
didalam siklus hidup sel. Polimerasepolimerase tanskripsi DNA merupakan alat dalam
mengabadikan suatu informasi genetik.

C. Translasi

Translasi adalah suatu proses perakitan protein dimana mRNA diterjemahkan untuk
menghasilkan rantai asam amino atau perakitan protein dari asam amino dalam urutan
tertentu sesuai dengan petunjuk mRNA. Translasi adalah kelanjutan dari proses Transkripsi.
Langkah Tanslasi melibatkan 4 tahap yaitu Aktivasi, Inisiasi, Elongasi, Terminasi dan
Pengemasan. Sintesis protein terdiri atas beberapa tahap, yaitu:
1. Aktivasi (Pengaktifan) Asam Amino

Sebelum asam amino-asam amino mengadakan polimerisasi menjadi polipeptida,

asam amino melekat pada tRNA. Pada ujung karboksilnya, asam amino diaktifkan
menjadi bentuk berenergi tinggi. Proses pengaktifan itu penting, karena asam amino
bebas tidak dapat ditambahkan langsung pada rantai polipeptida yang sedang tumbuh.

Terdapat lebih dari 20 tRNA yang berbeda. Untuk setiap asam amino terdapat
satu tRNA. Misal tRNA Leu adalah molekul tRNA yang mengikat asam amino leusin.
tRNA tersebut berbeda dalam urutan nukleotida, namun semua tRNA terlipat menurut
cara yang sama. Asam amino selalu terikat pada residu A dari urutan CCA pada ujung 3’
dari tRNA.

Enzim khusus yaitu aminoasil-tRNA sintetase menggabungkan tiap asam amino

dengan tRNA yang sesuai. Setiap asam amino mempunyai enzim sintesis tertentu satu
enzim melekatkan glisin ke tRNA Gli, enzim yang lain melekatkan alanin ke tRNA Ala
dan seterusnya. Reaksi gabungan (pengaktifan asam amino) berlangsung dalam dua
tahap untuk membentuk aminoasil tRNA seperti berikut ini:

Molekul tRNA (bukan asam amino yang melekat pada tRNA) menentukan tempat asam
amino ditambahkan selama sintesis protein.

2. Pembentukan Kompleks Insiasi Antara mRNA dan sub unit Ribososm dan Inisiasi Rantai
Polipeptida (Pemrakarsa)

Proses inisiasi menentukan susunan bacaan untuk sintesis protein. Suatu urutan
mRNA dapat dibaca menurut salah satu susunan bacaan berikut:

Susunan bacaan yang digunakan diletakkan pada waktu satu ribosom bertemu
dengan mRNA membentuk satu komplek inisiasi. Kompleks berkumpul di tempat yang
tepat pada mRNA yaitu di tempat rantai polipeptida akan mulai (kodon mulai). Proses
inisiasi dikatalis oleh protein: faktor-faktor inisiasi. Ribosom di pasang pada rantai
mRNA sebagai dua sub unit yang terpisah. Sub unit kecil dipasang terlebih dahulu pada
mRNA. Sebelum mRNA diikat oleh sub unit kecil, satu molekul inisiator yang membawa
asam amino metionin dan mengenal kodon mulai (“start codon”) AUG ditambahkan pada
sub unit kecil.

Sub unit kecil berikatan pada daerah mRNA dan sintesis protein akan dimulai
dengan memasang insiator tRNA pada kodon melalui AUG. Setelah proses inisiasi
selesai, semua faktorfaktor inisiasi yang berhubungan dengan sub unit kecil dilepaskan,
sub unit besar berikatan dengan sub unit kecil.

Suatu ribosom memiliki dua tempat berikatan (“binding site”) berbeda untuk
molekul tRNA yaitu:

a. Satu tempat untuk menahan tRNA yang berhubungan dengan ujung rantai polipeptida
yang sedang tumbuh yaitu Psite.
b. Satu tempat untuk menahan molekul tRNA yang akan datang (baru) yang memuat
satu asam amino yaitu A-site.

Langkah-Langkah Pemrakarsaan: Pembentukan Kompleks Pemrakarsaan

 Molekul tRNA inisiator ditempatkan pada “P-site” (“peptidyl-tRNA binding site”
tempat berikatan peptidil tRNA) dari ribosom. Sintesis satu rantai protein dimulai dengan
terikatnya aminoasil-tRNA kedua pada “A-Site” (“aminoacyl binding site”: tempat
berikatan aminoacyl). tRNA inisiator selalu membawa asam amino metionin (eukariot)
semua protein yang baru dibuat memiliki metionin sebagai residu pada asam amino
terminal.

3. Pemanjangan Rantai Polipeptida (Elongasi)

Asam amino ditambahkan pada ujung karboksil terminal (terakhir) suatu rantai
polipeptida yang sedang tumbuh. Dasar reaksi sintesis protein adalah pembentukan
ikatan peptida antara gugus karboksil pada ujung rantai polipeptida yang sedang tumbuh
dengan satu gugus amino bebas suatu asam amino. Rantai protein disintesis secara
bertahap dari ujung amino terminal ke ujung karboksil terminal.

Proses pemanjangan rantai polipeptida pada satu ribosom dapat dianggap sebagai
suatu daur dengan tiga langkah.

Diagram Pergeseran Ribosoma pada Proses Sintesis Protein

 Langkah 1: Satu molekul aminoasil tRNA menjadi terikat pada ASite yang kosong
(berdekatan dengan P-site yang berisi) dengan membentuk pasangan basa dengan tiga
nukleotida mRNA yang terdedah pada A-site.
  Langkah 2: Ujung karboksil rantai polipeptida dilepaskan dari tRNA pada P-site dan
dihubungkan oleh ikatan peptida kepada asam amino yang terikat kepada tRNA pada
A-site. Reaksi ini dikatalisis oleh peptidil transferase enzim yang terikat erat pada
ribosom.
 Langkah 3: Peptidil-tRNA baru pada A site dipindahkan ke P-site pada waktu ribosom
pindah tempat tiga nukleotida sepanjang mRNA. A-site yang kosong bebas menerima
aminoacyl-tRNA yang baru.

Dalam sebagian besar sel, sintesis protein menggunakan lebih banyak energi dari
pada proses biosintesis lainnya. Untuk membuat tiap ikatan peptida diperlukan empat
ikatan fosfat berenergi tinggi:

 Dua ikatan fosfat berenergi tinggi diperlukan pada sintesis aminoasil-tRNA.

 Satu ikatan fosfat berenergi tinggi diperlukan pada pelekatan aminoasil-tRNA pada
langkah 1.
 Satu ikatan fosfat berenergi tinggi pada perpindahan ribosom dalam langkah 3.
4. Terminasi dan Pembebasan Rantai Polipeptida Serta Disosiasi Kompleks mRNA –
ribosom

Suatu rantai protein dilepaskan kalau satu dari tiga kodon berhenti dicapai. Tiga
Kodon (UAA, UAG atau UGA) pada mRNA adalah kodon berhenti yang mengakhiri
(terminasi) translasi. Suatu protein: faktor lepas (“release factor”) langsung berikatan
pada kodon berhenti di A-site dari ribosom. Pengikatan faktor lepas mengganggu
aktivitas enzim peptidil transferase sehigga enzim tersebut mengkatalisis penambahan
satu molekul air dan bukan gugus amino suatu asam amino ke peptidil-tRNA. Akibatnya,
ujung karboksil rantai polipeptida yang sedang tumbuh dilepaskan dari pelekatannya
pada tRNA. Rantai protein yang lengkap dilepaskan ke dalam sitoplasma sel.

a. Pengemasan dan Prosesing

Polipeptida baru ini, mengalami prosesing oleh enzim tertentu untuk

menghilangkan asam amino pemula, penambahan fosfat, methyl, oligosakarida atau
gugus lain, sesuai dengan kebutuhan.

b. Kode Genetik

Kode genetik adalah aturan yang menentukan urutan nukleotida yang dapat
diterjemahkan menjadi urutan asam aminodari suatu protein. Urutan nukleotida
mRNA dibaca dengan gugus tiga-tiga (Triplet). Kode genetik juga disebut
sekelompok basa nitrogen yang terdiri dari tiga nukleotida (triplet) RNA
komplementer yang ditranslasi menjadi sebuah asam amino tunggal didalam rantai
polipepptida. Hanya ada 4 macam basa Nitrogen (A, U, C, G). Setiap gugus tiga
disebut kodon. Ada kemungkinan 64 kodon triplet dan hanya ada 20 jenis asam amino
yang terdapat di dalam protein. Ada beberapa asam amino yang dapat terikat pada
beberapa kodon.

Kemampuan kode genetik pada mRNA untuk menghasilkan gabungan tRNA

asam amino dengan ibosom ditentukan oleh adanya urutan nukleotida pada tRNA
yang berrsifat sebagai pasangan kode genetik. Pasangannya ini disebut anti kodon.

Kode 20 Asam Amino

Kode genetik ini bersifat sangat berdegenerasi yaitu sebuah asam amino dapat
terbentuk dari lebih dari satu kodon yang berbeda.Akibat dari degenerasi ini maka
banyak terjadi perubahan (mutasi) pada sebuah gen tanpa mempunyai efek terhadap
komposisi asam amino pada produk gen tersebut. Perubahan ini disebut mutasi bisu
(Silent mutation). Pembentukan pasangan basa komplementer antara kodon mRNA
dengan anti-kodonnya pada suatu tRNA dalam bentuk triplet tidak terlalu terbatas
disebut Wobble yaitu membuat tRNA yang sama dapat mengenali lebih dari satu
kodon mRNA pada banyak kasus.

Kodon 5’-AUG -3’ yang terletak disuatu ujung mRNA merupakan kodon start
(Inisiasi atau memulai) yang akan mnempatkan asam amino metionin pada permulaan
ujung asam amino pada rantai polipeptida DNA eukariotik. Sebanyak 61 kodon
merupakan kodon sense yang mengkodekan asam-asam amino, sedangkan 3 kodon
tidak dikenali oleh tRNA yaitu; UAA, UAG dan UGA, kodon ini disebut kodon stop.
Kodon ini merupakan bagian dari tanda berhentinya sintesa protein. Secara total maka
ada sebanyak 64 asam amino yang telah dikenal.
 DAFTAR PUSTAKA

Mustami, M.H. 2013. Genetika. Makassar Universitas Islam Negeri Alauddin.

Thenawijaya, M. 1998. Lehninger Dasar-dasar Biokimia jilid 3 (terjemahan). Jakarta:

Erlangga.

Zulfarina dan Imam, M. 2019. Buku Ajar Bioteknologi. Pekanbaru: Universitas Riau.