TUGAS MANDIRI

METABOLISME DAN INFORMASI GENETIK

KONTRUKTIVISME LIMA FASE NEEDHAM

PROBLEM BASED LEARNING
DISUSUN OLEH: MADE SUKARYAWAN
Nama : Maulina Dinda Putri
NIM : 06101281924066
Kelas : Indralaya

RANGKUMAN PERTEMUAN 14
SEKUENSING DAN ANALISIS HOMOLOGI
A. Pengertian Sekuen DNA

Sekuen DNA adalah proses atau teknik penentuan urutan basa nukleotida pada suatu
molekul DNA. Urutan tersebut dikenal sebagai sekuen DNA yang merupakan informasi
paling mendasar suatu gen atau genom karena mengandung informasi dan instruksi yang
dibutuhkan untuk pembentukan fisik maupun sifat makhluk hidup. Sekuen DNA disebut
juga dengan suatu seri huruf-huruf mewakilkan struktur primer dari molekul DNA atau
"strand" nyata atau hipotetis. Kode nukleotida DNA dari jejeran basa nitogen ini digunakan
adalah A, C, G, dan T, mewakili empat nukleotida yang merupakan subunit dari untai DNA
(adenin, sitosin, guanin, timin). Jejeran nukleotida ini ditulis berjejer tanpa spasi, seperti
contoh dalam sekuens berikut Enzim retriksi dari Escherichia coli ditulis GAATTC.
Sekuens ini disebut informasi genetik. Sebuah deretan dari nukleotida yang lebih dari empat
jumlahnya dapat disebut sebuah sekuens. Berhubungan dengan fungsi biologinya, sebuah
sekuens dapat berupa sense atau anti-sense, dan kode atau nonkode. Sekuens DNA ada yang
membawa informasi genetik yaitu DNA Ekson dan Sekuens DNA dapat juga membawa
DNA sampah yaitu DNA yang tidak mengandung informasi genetik (DNA Intron).

Setiap organisme memiliki memiliki gen. Gen inilah sebagai suatu informasi genetik
pada suatu makhluk hidup tersimpan pada DNA-nya. Untuk mengetahui informasi genetik
tersebut digunakan teknik DNA Sequencing, yaitu metode yang digunakan untuk
menentukan urutan basa nukleotida (adenine, guanine, cytosine dan thymine) pada molekul
DNA. Saat ini teknik DNA Sequencing sudah memasuki tahap baru yang mengarah pada
large scale sequencing, jutaan bahkan miliaran basa nukleotida DNA dapat ditentukan
urutannya dalam sekali run saja pada mesin sekuen. Meskipun begitu, teknik lama berbasis
chain-termination masih umum digunakan, bahkan sangat efisien untuk menentukan sekuen
DNA fragmen pendek (masih dalam hitungan kilobasa). Jadi ditemukannya teknik DNA
Sequencing yang lebih canggih tidak menggusur mesin-mesin capillary sequencing yang
sudah digunakan di berbagai laboratorium biologi molekuler di seluruh dunia.
 Mesin Sekuen DNA

B. Kegunaan Sekuen DNA

Dengan ditemukannya sekuen DNA dan berkembangnya ilmu pengetahuan tentang

DNA, muncullah bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA.
Manipulasi DNA ini dilakukan dengan memodifikasi gen spesifik dan memindahkannya
pada organisme yang berbeda, seperti bakteri, hewan, dan tumbuhan. Produk dari
bioteknologi modern, misalnya insulin, kloning domba Dolly, antibodi monoklonal. Dalam
aplikasinya, bioteknologi menerapkan berbagai macam disiplin ilmu. Disiplin ilmu tersebut
antara lain: mikrobiologi (tentang mikroba), biologi sel (tentang sel), genetika (tentang
pewarisan sifat makhluk hidup), dan biokimia (tentang makhluk hidup dilihat dari aspek
kimianya). Dengan demikian kegunaan sekuen DNA adalah sebagai berikut:

1. Untuk mengetahui informasi genetik pada suatu makhluk hidup.

2. Menentukan urutan basa nukleotida (adenin, guanin, sitosin dan timin) pada molekul
polimer DNA.
3. Mengetahui urutan basa nukleotida dari suatu gen.
4. Untuk mentransfer suatu gen ke dalam kromosom organisma untuk menghasilkan gen
baru yang bersifat unggul.
5. Sebagai tanda pengenal indentitas makhluk hidup ante mortem pada kasus kriminatitas,
kecelakaan dan bencana alam.
6. Untuk menentukan hubungan kekerabatan makhluk hidup.
7. Penyimpanan gen atau Pustaka gen bagi semua indentitas semua makhluk hidup.
C. Cara Membaca Sekuen DNA
1. Pembacaan Sekuen DNA

Pembacaan suatu jejeran Molekul DNA adalah untuk mengetahui susunan suatu
sekuen DNA dari suatu mahkluk hidup. Telah dijelaskan dalam defenisi sekuen DNA di
atas bahwa sekuen DNA terdiri dari polimer molekul DNA berupa basa nitrogen yaitu
adenin, guanin, sitosin dan timin. Pembacaan sekuan ini mempunyai dua arah Forward
yaitu dari ke arah depan dari ujung 5’ – 3’ dan Reserve yaitu primer ke arah kebelakang
atau mundur dari ujung 3 – 5’. Kedua pita sekuen DNA ini bekerja pada dua untai berbeda
(sense dan antisense) dalam satu DNA.

Penentuan urutan sekuens DNA pada prinsipnya melibatkan produksi

seperangkat molekul/fragmen DNA yang berbeda-beda ukurannya tetapi salah satu
ujungnya selalu sama. Selanjutnya, fragmen-fragmen ini dimigrasikan/dipisahkan
menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid atau polyacrylamide gel electrophoresis
(PAGE) agar pembacaan sekuens dapat dilakukan. Selanjutkan DNA yang di peroleh
akan di run pada mesin secuencing untuk mendapatkan susunan untaian nukleotida DNA.

Sebagai contoh adalah sekuen pada enzim-enzim retriksi. Sekuen pengenalan

atau disebut juga situs pengenalan merupakan sekuen DNA yang menjadi tempat
menempelnya enzim restriksi dan melakukan pemotongan pada sekuen tertentu. Contoh
pembacaan sekuen DNA pada enzim retriksi. Panjang sekuen pengenalan enzim restriksi
berbeda-beda, seperti enzim EcoRI, SacI, dan SstI mempunyai sekuen pengenalan
sepanjang 6 pasang basa, sedangkan NotI 8 pasang basa, dan Sau3AI hanya 4 pasang
basa. Kebanyakan dari enzim restriksi bersifat palindromik (palindromic) yang berarti
sekuen pengenalan sama jika dibaca dari 5’- 3’ baik untai/pita atas maupun untai bawah.
Contohnya adalah Lambda HindIII dengan situs pengenalan 5’-AAGCTT-3’ (untai atas)
dan 3’- TTCGAA-5’ (untai bawah). Maka untai atas aras 5’-3’ dibaca: Adeni, Adenin,
Guanin, Sitosin, Timin dan Timin sedangan untai bawah 3’-5’ dibaca: Timin, Timin,
Sitosin, Guanin, Adenin dan Adenin.

Contoh situs ambigu adalah XhoII. Enzim ini mempunyai situs pemotongan
PuGATCPy. Pu merupakan singkatan dari purin (basa A atau G), sedangkan Py
merupakan singkatan dari pirimidin (pyrimidine) (basa T atau C). Jadi enzim XhoII dapat
mengenali dan memotong sekuen AGATCT, AGATCC, GGATCT dan GGATCC. Maka
kita bisa mengetahui sekuan untaian bawah (Reserve) yaitu TCTAGA, TCTAGG,
 CCTAGA dan CCTAGG. Contoh lainnya pada spesies tumbuhan Goniothalamus
malayanus yang memiliki sekuen yang panjang penjujukan DNA kawasan gen trnL-trnF
arah kedepan. Kepanjangan data matriks yang terjajar adalah antara 403 bp. Sekuen ini
telah didaftar oleh Imam Mahadi dkk (2005) di GenBank.

Pembacaan nukleotidanya sama seperti di atas yang dimulai dari Timin dan berakhir
dengan sitosin. Pembacaan sekuen DNA dapat menggunakan softwere Bioinformatika.

2. Pangkalan Data Sekuens DNA

Kemuktahiran data DNA yang telah ditemukan selama bertahuntahun telah banyak
menghasilkan data sekuens DNA oleh para ilmuwan di seluruh dunia, dan saat ini
kebanyakan jurnal ilmiah mempersyaratkan penyerahan sekuens DNA terlebih dahulu
untuk keperluan pangkalan data publik sebelum mereka menerima naskah selengkapnya
dari para penulis/ilmuwan. Pengelola pangkalan data akan saling bertukar informasi
tentang sekuens-sekuens yang terkumpul dan menyediakannya untuk akses publik
sehingga semua pangkalan data yang ada akan menjadi nara sumber yang sangat
bermanfaat. Sekuens-sekuens baru terus bertambah dengan kecepatan yang kian
meningkat. Begitu pula, sejumlah perangkat lunak komputer diperlukan agar data yang
tersedia dapat dimanfaatkan dengan lebih baik.

EMBL di Eropa dan GenBank di Amerika Serikat merupakan dua pangkalan data
sekuens DNA terbesar di dunia. Selain sekuens DNA, mereka juga mengelola data
sekuens RNA dan protein. Sementara itu, beberapa perusahaan mempunyai pangkalan
data sekuens DNA sendiri. Ketika sekuens suatu fragmen DNA telah diketahui, hanya
 ada sedikit sekali gambaran yang dapat diperoleh dari sekuens tersebut. Analisis sekuens
perlu dilakukan untuk mengetahui beberapa karakteristik pentingnya seperti peta
restriksi, rangka baca, kodon awal dan kodon akhir, atau kemungkinan tempat
promoternya. Di samping itu, perlu juga dipelajari hubungan kekerabatan suatu sekuens
baru dengan beberapa sekuens lainnya yang telah terlebih dahulu diketahui. Biasanya,
analisis semacam itu dilakukan menggunakan paket-paket perangkat lunak, misalnya
paket GCG Universitas Wisconsin dan DNAstar. Untuk masa sekarang ini kebanyakan
hampir semua hasil data sekuen DNA suatu organisma sudah di simpan di GenBank di
Amerika Serikat.

3. Metode Sekuensing DNA

Sejalan dengan berkembangnya mesin-mesin sekuensing DNA automatis

(automatic DNA sequencer), perkumpulan organisasi genetik telah memberikan
perhatian dan dukungan dana bagi penentuan sekuens genom berbagai spesies organisme
penting. Beberapa genom yang ukurannya sangat kecil seperti genom virus HIV dan fag
λ telah disekuens seluruhnya. Genom sejumlah bakteri, misalnya E. coli (4,6 x 10 6 pb),
dan khamir Saccharomyces cerevisiae (2,3 x 107 pb) juga telah selesai disekuens.
Sementara itu, proyek sekuensing genom tanaman Arabidopsis thaliana (6,4 x 107 pb)
dan nematoda Caenorhabditis elegans saat ini masih berlangsung. Proyek Genom
Manusia (Human Genom Project), yang diluncurkan pada tahun 1990 dan sebenarnya
diharapkan selesai pada tahun 2005, ternyata berakhir dua tahun lebih cepat daripada
jadwal yang telah ditentukan.

Sekuens DNA menyandikan informasi yang diperlukan bagi makhluk hidup

untuk melangsungkan hidup dan berkembang biak. Dengan demikian, penentuan sekuens
DNA berguna di dalam ilmu pengetahuan murni mengenai mengapa dan bagaimana
makhluk hidup dapat hidup, selain berguna dalam penerapan praktek. Hal ini karena
DNA merupakan ciri kunci makhluk hidup, pengetahuan sekuen DNA dapat berguna
dalam berbagai jenis penelitian biologi. Sebagai contoh, dalam ilmu pengobatan sekuen
DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi, mendiagnosis, dan mengembangkan
pengobatan penyakit genetik. Demikian pula halnya pada penelitian agen penyebab
penyakit (patogen) dapat membuka jalan bagi pengobatan penyakit menular. Bidang
Bioteknologi dapat pula memanfaatkan sekuensing DNA, merupakan bidang yang
berkembang pesat dan berpotensi menghasilkan banyak barang dan jasa berguna.
Pengetahuan akan sekuen DNA berguna untuk mengetahui sekuens asam amino yang
disandikan oleh gen.

Seiring dengan perkembangannya, kini terdapat beberapa macam metode

sekuensing terminasi rantai yang berbeda satu sama lain terutama dalam hal pendeteksian
fragmen DNA hasil reaksi sekuensing. Ada 3 motode dalam pembuatan sekuen DNA.

a. Metode Maxam-Gilbert (Chemical Reaction)

Metode sekuensing DNA Maxam-Gilbert disebut metode Chemical Reaction

yang dicetuskan Allan Maxam dan Walter Gilbert dari Harvard University di
Cambridge, Massachusetts, Amerika Serikat. Metode ini cukup populer karena dapat
langsung menggunakan DNA hasil pemurnian, Metode ini memiliki kerumitan teknis
dan menggunakan bahan kimia berbahaya, dan kesulitan dalam scale-up. Cara
kerjanya adalah sebagai berikut:

Gel Sekuensing Metode Sanger yang telah dilabel Radioaktif.

Metode Maxam Gilbert menggunakan senyawa kimia radioaktif yang

berbahaya dan melibatkan peristiwa reaksi kimia, sehingga sekarang ini sudah kurang
diminati oleh para peneliti di bidang genetic enginering.

b. Metode Sanger (Terminasi Rantai)

Metode Sanger dikembangkan oleh Frederick Sanger dan rekan-rekannya.

Dewasa ini, hampir semua usaha sekuensing DNA dilakukan dengan menggunakan
metode terminasi rantai. Teknik tersebut melibatkan terminasi atau penghentian reaksi
sintesis DNA in vitro yang spesifik untuk sekuen tertentu menggunakan substrat
 nukleotida yang telah dimodifikasi. metode ini memerlukan kloning untuk
membentuk DNA untai tunggal.

Pada metode ini perpanjangan atau ekstensi rantai DNA dimulai pada situs
spesifik pada DNA cetakan dengan menggunakan oligonukleotida pendek yang
disebut primer yang komplementer terhadap DNA pada daerah situs tersebut. Primer
tersebut diperpanjang menggunakan DNA polimerase, enzim yang mereplikasi DNA.
Bersama dengan primer dan DNA polimerase, diikutsertakan pula empat jenis basa
deoksinukleotida (satuan pembentuk DNA), juga nukleotida pemutus atau penghenti
rantai (terminator rantai) dalam konsentrasi rendah (biasanya di-deoksinukleotida).
Penggabungan nukleotida pemutus rantai tersebut secara terbatas kepada rantai DNA
oleh polimerase DNA menghasilkan fragmenfragmen DNA yang berhenti bertumbuh
hanya pada posisi pada DNA tempat nukleotida tertentu tersebut tergabungkan.
Fragmen-fragmen DNA tersebut lalu dipisahkan menurut ukurannya dengan
elektroforesis gel poliakrilamida, atau sekarang semakin lazim dengan elektroforesis
menggunakan tabung gelas berjari-jari kecil (pipa kapiler) yang diisi dengan polimer
kental.

c. Metode Sanger asli (Sekuensing dye terminator)

Pada metode sekuensing dye terminator atau Sanger asli urutan nukleotida
DNA tertentu dapat disimpulkan dengan membuat secara paralel empat reaksi
perpanjangan rantai menggunakan salah satu dari empat jenis basa pemutus rantai
pada masing-masing reaksi. Fragmen-fragmen DNA yang kemudian terbentuk
dideteksi dengan menandai (labelling) primer yang digunakan dengan fosforradioaktif
sebelum reaksi sekuensing dilangsungkan. Keempat hasil reaksi tersebut kemudian
dielektroforesis pada empat lajur yang saling bersebelahan pada gel poliakrilamida.
Hasil pengembangan metode ini menggunakan empat macam primer yang ditandai
dengan pewarna berpendar (fluorescent dye). Hal ini memiliki kelebihan karena tidak
menggunakan bahan radioaktif; selain menambah keamanan dan kecepatan, keempat
hasil reaksi dapat dicampur dan dielektroforesis pada satu lajur pada gel.

Jumlah kapiler pada mesin ini bervariasi, mulai dari 1, 4, 16, 48 hingga 96
kapiler dalam satu mesin, semakin banyak jumlah kapiler, semakin banyak pula
jumlah sampel DNA yang bisa ditentukan urutan basanya. Hasil pembacaan mesin
 sequencer disebut electropherogram, yaitu peak-peak berwarna yang menunjukkan
urutan basa DNA-nya.

Contoh Hasil Bacaan suatu Sekuensing Metode Dye Terminator

Cara pelabelan primer adalah dengan melabel pemutus rantainya, lazim

disebut metode sekuensing dye terminator. Keunggulan cara ini adalah bahwa seluruh
proses sekuensing dapat dilakukan dalam satu reaksi, dibandingkan dengan empat
reaksi terpisah yang diperlukan pada penggunaan primer berlabel. Pada cara tersebut,
masing-masing dideoksinukleotida pemutus rantai ditandai dengan pewarna
fluoresens, yang berpendar pada panjang gelombang yang berbeda-beda. Cara ini
lebih mudah dan lebih cepat dibandingkan penggunaan primer berwarna, namun dapat
menimbulkan ketidaksamaan tinggi kurva atau puncak (peak) yang disebabkan oleh
ketidaksamaan penggabungan pemutus rantai berwarna berukuran besar pada
pertumbuhan DNA (ketidaksamaan tersebut bergantung pada DNA cetakan). Masalah
tersebut telah dapat dikurangi secara nyata dengan penggunaan macam-macam enzim
dan pewarna baru yang meminimalkan perbedaan dalam penggabungan. Metode ini
kini digunakan pada sebagian besar usaha reaksi sekuensing karena lebih sederhana
dan lebih murah. Primer-primer yang digunakan tidak perlu dilabel secara terpisah
(yang bisa jadi cukup mahal untuk primer yang dibuat untuk sekali pakai), walaupun
hal tersebut tidak terlalu bermasalah dalam penggunaan universal primer.

Selanjutnya metode dengan menggunakan mesin sekuen DNA yang memiliki

beberapa jenis. Kecanggihan mesin-mesin ini sebagai wujud kemajuan teknologi dalam
mendapatkan seatu hasil sekuen DNA yang cepat, panjang dan akurat. Adapun jenis-
jenis tersebut adalah:

a. Metode Automatisasi dan penyiapan sampel

Untuk memperoleh hasil reaksi berlabel yang dapat dideteksi dari DNA
cetakan, metode "sekuensing daur" (cycle sequencing) paling lazim dilakukan. Dalam
 metode ini dilakukan berturut-turut penempelan primer (primer annealing), ekstensi
oleh polimerase DNA, dan denaturasi (peleburan atau melting) untai-untai DNA
cetakan secara berulang-ulang (25–40 putaran). Kelebihan utama sekuensing daur
adalah lebih efisiennya penggunaan pereaksi sekuensing yang mahal (BigDye) dan
mampunya mengurutkan templat dengan struktur sekunder tertentu seperti hairpin
loop atau daerah kaya-GC. Setiap tahap pada sekuensing daur ditempuh dengan
mengubah temperatur reaksi menggunakan mesin pendaur panas (thermal cycler)
PCR.

Cara tersebut didasarkan pada fakta bahwa dua untai DNA yang
komplementer akan saling menempel (berhibridisasi) pada temperatur rendah dan
berpisah (terdenaturasi) pada temperatur tinggi. Hal penting lain yang memungkinkan
cara tersebut adalah penggunaan enzim DNA polimerase dari organisme termofilik
(organisme yang hidup di lingkungan bertemperatur tinggi), yang tidak mudah terurai
pada temperatur tinggi yang digunakan pada cara tersebut (>95°C).

b. Metode Pyrosequencing

Pyrosequencing adalah metode pemetaan DNA yang berdasarkan deteksi

terhadap pirofosfat (PPi) yang dilepaskan selama sintesis DNA. Teknik ini
memanfaatkan reaksi enzimatik yang dikatalisis oleh ATP sulfurilase dan luciferase
untuk pirofosfat inorganik yang dilepaskan selama penambahan nukleotida.

c. Metode Illumina (Solexa)

Metode sekuensing ini ditemukan oleh perusahaan Illumina. Sekuensing

Illumina menggunakan primer yang akan berkomplemen dengan adaptor yang telah
disediakan oleh perusahaan pada sebuah plat. Proses sekuensing ini menggunakan
teknik bridge PCR, yaitu terbentuknya jembatan pada saat elongasi. Nukleotida
penghenti akan diberikan dan pendaranan fluoresens akan direkam oleh kamera.

Metode sekuensing DNA yang kini ada hanya dapat merunut sepotong pendek
DNA sekaligus. Contohnya, mesin sekuensing modern yang menggunakan metode
Sanger hanya dapat mencakup paling banyak sekitar 1000 pasang basa setiap
sekuensing. Keterbatasan ini disebabkan oleh probabilitas terminasi rantai yang
menurun secara geometris seiring dengan bertambahnya panjang rantai, selain
keterbatasan fisik ukuran dan resolusi gel.
 Sekuens DNA dengan ukuran jauh lebih besar kerap kali dibutuhkan. Sebagai
contoh, genom bakteri sederhana dapat mengandung jutaan pasang basa, sedangkan
genom manusia terdiri atas lebih dari 3 miliar pasang basa.Berbagai strategi telah
dikembangkan untuk sekuensing DNA skala besar, termasuk strategi primer walking
dan shotgun sequencing. Kedua strategi tersebut melibatkan pembacaan banyak
bagian DNA dengan metode Sanger dan selanjutnya menyusun hasil pembacaan
tersebut menjadi sekuens yang runut. Masing-masing strategi memiliki kelemahan
sendiri dalam hal kecepatan dan ketepatan; sebagai contoh, metode shotgun
sequencing merupakan metode yang paling praktis untuk sekuensing genom ukuran
besar, namun proses penyusunannya rumit dan rentan kesalahan.

Data sekuen bermutu tinggi lebih mudah didapatkan bila DNA bersangkutan
dimurnikan dari pencemar yang mungkin terdapat pada sampel dan diamplifikasi.Hal
ini dapat dilakukan dengan metode reaksi berantai polimerase bila primer yang
dibutuhkan untuk mencakup seluruh daerah yang diinginkan cukup praktis
dibuat.Cara lainnya adalah dengan kloning DNA sampel menggunakan vektor bakteri,
yaitu memanfaatkan bakteri untuk "menumbuhkan" salinan DNA yang diinginkan
sebanyak beberapa ribu pasang basa sekaligus.Biasanya proyek-proyek sekuensing
DNA skala besar memiliki persediaan pustaka hasil kloning semacam itu.

D. Analisis Homologi
1. Aligment Sekuen DNA

Homologi suatu gen atau protein dapat ditentukan melalui analisis penyejajaran
sekuens (sequence alignment). Penjajaran sekuen (sequence alignment) adalah proses
penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens
tersebut tampak nyata. Yang dikenal dengan alignment. Baris sekuens dalam suatu
alignment diberisisipan (umumnya dengan tanda “–”) sedemikian rupa sehingga
kolomkolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens
tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang
berbeda, “TTACAAGG” dan “TTACTTTAAGG” (tanda “|” menunjukkan kecocokan
atau match di antara kedua sekuens.

2. Metode-metode Aligment DNA

Ada beberapa metode dalam penggunaan aligment DNA sesuai dengan

perkembangan teknologi di antaranya adalah:
1) Metode Needleman-Wunsch
Metode ini digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih
sekuens, yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens yang di didapat.
2) Metode Smith-Waterman
Metode ini digunakan untuk menyusun suatu alignment dengan menghasilkan
alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode
tersebut menerapkan pemprograman dinamik (dynamic programming) dan hanya
efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment).
3) Metode Sequence alignment
Metode ini merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan
untuk mempelajari evolusi sekuenssekuens dari moyang atau leluhur yang sama
(common ancestor). Ketidak cocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan
dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda “–”) diasosiasikan dengan
proses insersi atau delesi. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses
evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam
contoh alignment di atas bias jadi berevolusi dari sekuens yang sama
“TTACTTTAAGG”. Dalam kaitannya dengan hal ini, alignment juga dapat
menunjukkan posisiposisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam
sekuens-sekuens protein, yang menunjukkan bahwa posisiposisi tersebut bias jadi
penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut.
4) Metode BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
BLAST (Basic Local Search Tool) adalah sebuah software sederhana berdasarkan
basis data untuk membandingkan informasi biologis primer seperti basa nukleotida
atau asam amino pada protein. Sebuah pencarian BLAST memungkinkan peneliti
untuk membandingkan urutan QUERY dengan basis data dan mengidentifikasi urutan
tersebut dengan basis data yang tersedia online. Dengan demikian, BLAST
memungkinkan peneliti untuk mencari urutan nukleotida maupun protein yang mirip.
Metode ini adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam
penelusuran basis data sekuens. BLAST merupakan sebuah software yang menyususn
dengan menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunan aligment. Ada 5 program
utama dalam BLAST, yaitu:
 nucleotide blast (blastn): membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan
(query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.
  protein blast (blastp): membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki
dengan database sekuen protein.
 blastx: membandingkan produk translasi konsep 6‐frame sebuah sekuen nukleotida
(translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.
 tblastn: membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database
sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6
frame.
 tblastx: membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

Program BLAST
5) Metode Clustal
Metode Clustal adalah program bioinformatika dalam bentuk softwaer untuk
alignment multipel (multiple alignment), yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus.
Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. Program ini sering
digunakan oleh peneliti kajian filogenetik.
6) Metode Hidden Markov Model (“Model Markov Tersembunyi”, HMM)
Metode ini digunakan untuk meng-alignment sekuen. Metode ini di sebut. HMM yaitu
merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk
mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Selain digunakan untuk
alignment, HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya,
seperti prediksi daerah, pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder
protein.
3. Proses Aligment

Proses alignment dapat dilakukan dengan menggunakan software maupun

dilakukan secara online. Proses alignment didasarkan pada suatu asumsi dasar yakni
adanya homologi suatu sekuens. Homologi ialah suatu ciri yang berasal dari nenek
moyang (ancestor) yang kemudian diwariskan oleh keturunannya (descendants). Ciri
tersebut dapat mengalami perubahan baik penghilangan (delesi) maupun adanya
penambahan (insersi) pada suatu sekuens pada generasi berikutnya.

Selanjutnya kita dapat menggunakan software NEB cutter merupakan program

untuk memetakan situs restriksi. Sekuen DNA dapat dimasukkan dengan beberapa cara:
(1) Upload dari file yang sudah ada, (2) Memasukkan Accession Number jika input
berasal dari data GenBank, (3) Memasukkan sekuen DNA kekotak yang disediakan, atau
(4) Memilih sekuen standar yang ada di database NEBCutter. Kemudian dapat diatur
beberapa parameter jika ada yang perlu diubah, dan hasilnya akan tampil. Dari hasil
aligmnet yang telah tersusun sejajar dapat kita mendaftarkannya pada pustaka gen seperti
GenBank.

Kecocokan yang mengarah ke keselarasan yang signifikan diperpanjang sejauh

mungkin untuk memberikan hasil yang homolog yang paling tinggi. Analisis homologi
juga dapat dilakukan dengan cara sebagai berikut: mula-mula masuklah ke website ncbi,
selanjutnya masuk ke program blast sequence similarity. Urutan DNA atau protein yang
telah diperoleh, selanjutnya di submit ke Blast Sequence Similarity pada geneBank.
Selanjutnya GeneBank akan melakukan analisis homologi dengan fragmen DNA atau
urutan asam amino yang di submit.
 DAFTAR PUSTAKA

Mustami, M.H. 2013. Genetika. Makassar Universitas Islam Negeri Alauddin.

Thenawijaya, M. 1998. Lehninger Dasar-dasar Biokimia jilid 3 (terjemahan). Jakarta:

Erlangga.

Zulfarina dan Imam, M. 2019. Buku Ajar Bioteknologi. Pekanbaru: Universitas Riau.