Perkembangan Bidang

Biologi Molekuler
Aditya Rahman Ernanto S.Si., M.Sc (
aditya@unimus.ac.id)

Teknologi Laboratorium Medis

FIKKES UNIMUS
Pendahuluan
Biologi Molekuler  studi tentang molekul biologis
(khususnya protein dan asam nukleat).

Proses bioteknologi atau pemanfaataan properti biologi, dapat

meningkatkan kualitas hidup di era modern ini.

Pemanfaatan biologi molekuler misalnya pada sintesis dan

rekayasa berbagai komponen biologi, biokimia dan medis
termasuk dalam diagnosis penyakit, bahan kimia dasar atau
bahan makanan.

Pengembangan biologi molekuler telah memperkaya

pengetahuan tentang fungsi sel dan mengenali struktur
molekul yang terlibat
Sejarah Biologi Molekuler
Tahun 1950-an, Penemuan DNA
Tahun 1960-an, Penemuan Kode Genetik
Tahun 1970-an, DNA sekuensing
Tahun 1980-an, Reaksi Polimerasi Berantai
(Polymerase Chain Reaction- PCR)
Tahun 1990, Human Genome Project (HGP)
Tahun 2000, Next Generation Sequencing (NGS)
Tahun 2010, Nanopore Single-Molecule
Sequencers
 1. Tahun 1950-an, Penemuan DNA
 Pada 1944, Oswald Avery berhipotesis
bahwa biomolekul pembawa bahan genetik
adalah asam deoksi nukleat (DNA).

 Francis H. Crick dan James D. Watson

pada 1953 memecahkan struktur tiga
dimensi DNA, berdasarkan analisis struktur
sinar-X dari DNA

 Gambar difraksi sinar-X disiapkan oleh

Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins
menunjukkan tidak hanya struktur DNA
heliks, tetapi juga lebih dari satu untai Gambar Kristalografi DNA
polinukleotida per molekul DNA oleh Franklin dan Wilkins
 1. Tahun 1950-an, Penemuan DNA
Hasil penelitian itu memungkinkan kesimpulan
bahwa residu fosfat yang larut dalam air dan
basa yang larut dalam air terletak di dalam
DNA.

Ini adalah cara untuk menjelaskan sifat DNA

yang mudah larut dalam air.

Model struktural yang dikembangkan oleh

Watson dan Crick tetap valid hingga saat ini.
Mereka menyebut struktur ini heliks ganda
DNA.

Watson dan Crick menerima Hadiah Nobel

dalam Kedokteran dan Fisiologi pada tahun 1962
1. Tahun 1950-an, Penemuan DNA
Pada tahun 1955, Arthur Kornberg mengisolasi DNA
polimerase pertama.

Enzim ini memainkan peran kunci dalam replikasi DNA

Pada tahun 1958, Francis Crick merumuskan "hipotesis

sekuens" dan "dogma sentral" biologi molekuler

Menurut hipotesis sekuens (urutan), spesifitas asam

nukleat terletak secara eksklusif pada urutan basa mereka,
yang nantinya akan menentukan urutan asam amino dari
protein.
2. Tahun 1960-an
Penemuan Kode Genetik
Pada 1961, Sydney Brenner dan Francis Crick sampai pada
kesimpulan penting bahwa setiap elemen pengkodean
asam amino (kodon) terdiri dari tiga basa (nukleotida),
inilah yang disebut dengan kode genetik

Tahun 1961, messenger RNA (mRNA) ditemukan oleh

Matthew S. Meselson, François Jacob, dan Sydney Brenner

Marshall Nirenberg tahun 1961 menemukan ribosom

berfungsi hanya mensintesis protein sesuai dengan
molekul mRNA yang terpasang
Kode Genetik menentukan asam amino
3. Tahun 1970-an, DNA sekuensing
Pada tahun 1975 hingga 1977, Allan Maxam dan Walter
Gilbert mengembangkan pengurutan kimia nukleotida
(chemical sequencing).

Sebuah fragmen DNA dilabeli secara radioaktif di salah satu

ujungnya, didenaturasi, dan dipotong pada nukleotida
tertentu melalui metode kimia menggunakan senyawa DMS
(dimethyl sulphate).

Urutan nukleotida dapat diidentifikasi dari autoradiogram

berdasarkan pemotongan basa nitrogennya dari elektroforesis
gel poliakrilamid.
3. Tahun 1970-an, DNA sekuensing
Frederick Sanger dan rekan kerjanya mengembangkan metode
pemutusan rantai (chain termination sequencing).

untai DNA komplementer berlabel disintesis secara in vitro

dengan menggunakan dideoksinukleotida (ddNTP) yang
mengarah pada terminasi fragmen DNA.

Fragmen yang dihasilkan dipisahkan oleh elektroforesis

poliakrilamid dan dievaluasi dalam autoradiogram

Metode terminasi ujung rantai dengan dideoxynucleotida

(Sanger Sequencing) lebih banyak digunakan hingga sekarang
terutama karena kemampuannya untuk otomatisasi, kualitas
urutan dan kemampuan membaca urutan yang lebih panjang
 Sanger Sequencing
Gel Poliakrilamid Probe/label pewarna

 Urutan DNA-nya dibaca secara

manual dari gel poliakrilamid atau
dibaca menggunakan pewarna
(probe/label) disampingnya
menggunakan alat detektor.

Pembacaan DNA gambar disamping

dari urutan pendek ke panjang
yaitu :
ATAAAAAACTCAGAACGGCTTCGT
A
Pengembangan Sanger Sequencing
menggunakan elektroforesis kapiler
3. Tahun 1970-an, DNA sekuensing
Tahun 1973, kloning gen secara selektif dimungkinkan
berkat eksperimen terobosan Herbert Boyer, Stanley
Cohen, Paul Berg dan rekan-rekannya.

Tahun 1975, Edwin Southern mengembangkan hibridisasi

transfer gel untuk mendeteksi sekuens DNA spesifik. 
metodenya dinamakan Southern Blotting

1975, César Milstein, Georges Köhler dan Niels Jerne

mempublikasikan prinsip untuk memproduksi antibodi
monoklonal.
 4. Tahun 1980-an, Reaksi Polimerasi
Berantai (Polymerase Chain Reaction)
Tahun 1985, Kary B. Mullis
mengembangkan konsep reaksi
rantai polimerase (PCR)

PCR yaitu memperbanyak

(amplifikasi) jumlah salinan DNA
hingga jumlah tertentu, bahkan dari
sampel yang jumlahnya kecil sampai
kandungan DNA cukup tersedia
untuk analisis lebih lanjut.
Mesin PCR pertama Karry Mullis
4. Tahun 1980-an, Reaksi Polimerasi
Berantai (Polymerase Chain Reaction)
Percobaan PCR pertama, menggunakan enzim DNA polimerase
dari enterobacteria (E. coli) yang dapat terdegradasi pada suhu
di atas 45 °C.

Karena setiap siklus PCR dimulai dengan langkah pemanasan,

dalam setiap siklus duplikasi, setelah sampel dipanaskan, enzim
polimerase harus ditambahkan terus menerus.

Akhirnya, Mullis memiliki ide cemerlang dan sangat sederhana

untuk menggunakan DNA polimerase yang diisolasi dari bakteri
termofilik, agar tidak terdegradasi oleh proses denaturasi DNA
dengan suhu tinggi.
5. Tahun 1990,
Human Genome Project (HGP)
Proyek tersebut yaitu pemetaan seluruh informasi
genetik manusia.

Ilmuwan Prancis dan Amerika menerbitkan peta

lengkap genom manusia pada tahun 1994 melalui
kerjasama Human Genome Project Organization
(HUGO) dan perusahaan AS Celera Genomics

Pada 2005 pekerjaan selesai dilakukan, sesuai rencana.

5. Tahun 1990,
Human Genome Project (HGP)
Higuchi dan rekan kerjanya berhasil mengembangkan
kemajuan PCR yang signifikan pada tahun 1993.
Quantitative-PCR (qPCR), merupakan analisis kinetika
pembentukan produk selama amplifikasi disebut juga Real
Time PCR.

qPCR memberikan kemungkinan memonitor kuantifikasi

(penghitungan hasil replikasi) dalam waktu itu juga, tanpa
visualisasi menggunakan gel
6. Tahun 2000,
Next Generation Sequencing (NGS)
Pada elektroforesis kapiler sekuenser (capillary
electrophoresis sequencers) diperkenalkan pada tahun
1990, yang mengotomatiskan sekuensing Sanger

Namun, itu hanya dapat melakukan satu operasi baca

pada satu waktu dan karenanya bekerja sangat lambat

Pada tahun 2005, teknik sekuensing DNA baru

diperkenalkan disebut teknik "Next Generation
Sequencing (NGS)”.
6. Tahun 2000,
Next Generation Sequencing (NGS)
NGS menggunakan segmen DNA yang dibagi menjadi
potongan-potongan kecil selama proses. Panjang
pembacaan hasil sekuensing perangkat NGS jauh
lebih pendek daripada metode sekuensing Sanger.
Setelah itu potongan-potongan itu harus
dikombinasikan urutannya ke genom lengkap
menggunakan bioinformatika.
Alat-alat NGS dari berbagai Platform
6. Tahun 2000,
Next Generation Sequencing (NGS)
Pada tahun 2002, Eckhard Wimmer mensintesis
genom lengkap pertama dari virus polio dalam tabung
reaksi. Pekerjaan ini dianggap sebagai tonggak sejarah
untuk bidang biologi sintetis (synthetic biology)
yang sedang berkembang.
7. Tahun 2010,
Nanopore Single-Molecule Sequencers
Pada 2010, dipublikasikan metode sekuensing baru berdasarkan
teknologi semikonduktor. DNA yang akan diurutkan disimpan
dalam ruang reaksi mikro-chamber pada chip semikonduktor.
Mikro chamber ini mengandung DNA polymerase dan berbagai
nukleotida ditambahkan secara berurutan.

Metode ini menyerupai pendekatan sekuensing-by-sintesis di

mana template DNA dilengkapi dengan penggabungan
nukleotida berurutan sama

Deteksi basa melalui perubahan nilai pH pada lapisan peka-ion

di dalam mikro-chamber.
Oxford Nanopore Technology MinION
sequencer
 Dogma Central Biologi Molekuler
Dogma sentral ini dibuat untuk menyederhanakan
bagaimana aliran informasi genetik dari molekul ke
molekul utama yang berperan yaitu DNA, RNA dan
protein
Replikasi DNA

Transkripsi

Translasi
Dogma central mengelompokkan 3
kelas polimer biomolekul menjadi :
1. Tiga transfer informasi secara umum (di mana diyakini terjadi secara
normal/alami di sebagian besar sel). Replikasi (DNA  DNA), Transkripsi
(DNA RNA) dan Translasi (RNAProtein)

2. Tiga transfer khusus (diketahui dapat terjadi, tetapi hanya dalam kondisi
tertentu jika ada virus atau melalui percobaan di laboratorium). Reverse
transkripsi (RNA DNA)

3. Tiga transfer yang tidak diketahui (diyakini tidak pernah terjadi). tidak
dianggap terjadi secara alami.

General Transfer Special Transfer Unknown Transfer

DNA → DNA RNA → DNA protein → DNA
DNA → RNA RNA → RNA protein → RNA
RNA → protein DNA → protein protein → protein
 Struktur Hirarki Biologi Molekuler
Dogma Central
Pada aras molekuler terdapat hirarki biologi
molekuler yang saling berkaitan yaitu genomik,
transkriptomik, proteomik dan metabolomik.