Nama : Norman Billi

NPM : 250620190001
Teknologi Biomolekuler

REVIEW METODE NANOPORE SEQUENCING

Pendahuluan

DNA sequencing merupakan penenentuan urutan empat blok bangun kimia disebut basa

yang menyusun molekul DNA. Urutan DNA ini menjelaskan kepada para ilmuwan mengenai

jenis infomasi genetik yang dibawa oleh molekul DNA tertentu. Sebagai contoh, para ilmuwan

menggunakan informasi urutan DNA ini untuk menentukan rentang DNA mana yang

mengandung gen dan rentang DNA mana yang membawa intruksi regulasi, menyalakan atau

mematikan gen. Selain itu, yang tepenting, untaian data dapat menyoroti perubuahan gen yang

mungkin menyebabkan penyakit (National Human Genome Research Institute, 2015).

Kemudian, sekuensing dilakukan untuk menentukan urutan nukleotida pada fragmen DNA yang

terdeteksi dari hasil visualisasi DNA yang teramplifikasi dalam proses PCR menggunakan mesin

sekuensing DNA otomatis (Fatimawali,dkk., 2011)

Sekuensing DNA dapat digunakan untuk menentukan identitas atau fungsi dari suatu

fragmen DNA lainya dengan cara membandingkan sekuensnya dengan sekuens DNA lain yang

sudah diketahui. Teknik ini dapat digunakan dalam riset dasar biologi maupun berbagai bidang

terapan seperti kedokteran, bioteknologi, forensic, dan antropologi.

Sejak pertengahan tahun 1980-an, metode sanger merupakan metode yang pertama kali

digunakan dalam deteksi DNA sequencing. Pada tahun 1986, tim Leroy Hood di California

Institute of Technology dan Applied Biosystems berhasil membuat mesin sekuensing DNA

automatis berdasarkan metode Sanger. Metode sanger merupakan metode sekuensing yang

ditemukan oleh Frederick Sanger pada tahun 1977. Prinsip kerja dari metode sanger yaitu

terminasi sinstesis DNA oleh dideoksinukleotida yang ditempatkan pada empat tabung yang

berbeda. Terminasi sintesis DNA akan menghasilkan chain terminatting dideoxynucleotide

sehingga terbentuk fragmen-fragmen dengan ukuran yang beragam. Pembacaan fragmen-

fragmen tersebut dilakukan melalui elektroforesis dengan mengindentifikasi jenis

Nama : Norman Billi
NPM : 250620190001
Teknologi Biomolekuler

dideoksinukleosida yang digunakan untuk terminasi (Cooper 1997 : 110-111; Fairbank dan

Andersen 1999: 287).

Generasi kedua dari metode sekuensi sekunsing dikenal dengan next generation

sequencing (NGS). Filosofi dasar pembentukan mesin NGS diadaptasi dari metode sekuensing

shotgun. Istilah NGS secara kolektif digunakan untuk mendeskripsikan semua teknologi

sekuensing selain teknologi sekuensing sanger salah satunya metode nanopore sequencing.

Konsep Nanopore Sequencing

Ide terkait metode nanopoer sequencing diajukan oleh Deamerand Branton dan secara
independen oleh Church (Pennisi, 2019). Konsep dari metode ini adalah jika basa dapat

menyebabkan ledakan arus ion yang berbeda selama DNA melintasi jalur yang kecil, yang

kemudian hal ini akan berpotensi untuk mejadi suatu metode yang baru. Pada tahun 1993,

Deamer, Branton, dan Kasiannowicz menggunakan α-hemolysin (α-HL), protein pembentuk

pori beracun yang dikeluarkan oleh Staphylococcusaureus untuk mendegradasi lipid bilayer, dan

digunakan untuk mendeteksi translokasi DNA melalui α-HL nanopore (Song et al., 1996). Pada

tahun 1996, hasil translokasi DNA mereka melalui nanopore α-HL diterbitkan (Kasianowicz et

al., 1996).

Bayley melaporkan bahwa α-HL adalah protein saluran dengan ukuran 232.4

kDamembran (Gouaux dkk., 1994). Analisis struktur kristal dari α-HL mengukapkan ∼10 nm-

tinggi jamur dalam bentuk komplek homoheptamer yang mengandung ∼10 nm-lebar tutup

extramembran dan ∼5.2 nm panjang trans-membran batang β-barrel (Song et al ., 1996).

Diameter minimum pada situs penyempitan saluran adalah -1,4 nm, yang terhubung ke β-barel

dengan ruang depan 2,6 nm dengan diameter di sisi trans (Gambar 1A).

Molekul α-HL dimasukan kedalam lipid bilayer yang memisahkan ruang bervolume

kecil, masing-masing terhubung ke penguat penjepit (PCA) katoda dan anoda. Batasan ∼1,4 nm

dari α-HL memungkinkan untai DNA tunggal (ssDNA) atau RNA selain double-stranded

(dsDNA) setebal 2nm. Basis yang berbeda di sepanjang untai DNA yang bermuatan negatif akan
Nama : Norman Billi
NPM : 250620190001
Teknologi Biomolekuler

menyebabkan flutuasi arus listrik dalam proses translokasi melalui nanopore dibawah medan

listrik terapan.

Gambar 1.Struktur Molekul Nanopore

Prinsip Metode Nanopore Sequencing

Prinsip dari metode nanpore sequencing adalah post light sequencing dimana deteksi

optikal tidak diperlukan lagi. Pada ion torrent sequencing method diukur ion H+ yang dilepaskan

tiap ada dNTPs yang disambungkan ke rantai. Pada nanopore technology, digunakan nanopore

detectors sehingga hanya satu untai DNA yang mampu melewati pori nanopore. Selama molekul

DNA melewati pori, detektor akan merekam perubahan arus elektrik pada nanopore.

Perubahannya akan berbeda pada tiap basa yang berbeda (Madigan, dkk, 2014).

Keunggulan dan Kekurangan

Pada metode ini tentunya memiliki kelebihan dan kekurangan. Kelebih dari metode

nanpore sequencing adalah metode yang tidak memerlukan imaging equipment untuk

mendeteksi nukleotida, menyebabkan sistem memperkecil ke ukuran portabel. Kedua, biaya

perlatan terbilang murah jika dibandingkan dengan metode pendeteksi gen yang lain. Kono dkk.,

(2019) menyatakan bahwa hanya dibutuhkan biaya sekitar $1,000, termasuk peralatan dan set
Nama : Norman Billi
NPM : 250620190001
Teknologi Biomolekuler

reagen. Sequencing gen dapat dilakukan dimana saja bahkan di lapangan hal ini disebabkan

karena peralatan MinION dapat di charge menggunakan USB pada port laptop. Minimnya

analisis gambar juga menyebabkan pendeteksian tagre DNA untuk semua aktivitas screening

pada bidang kedokteran dapat dilakukan dengan cepat. Kemudian metode ini pun memiliki

kekurangan diantaranya nanopore sequencing secara langsung mendeteksing input molekul

tandap amplikasi DNA atau sinstesis tentunya hal ini akan membuat tidak ada perbedaan batas

pada panjang DNA yang dapat diurutkan sehingga akan menimbulkan bias dalam pembacaan

hasil.
DAFTAR PUSTAKA

Coper, G.M. 1997. The Cell of Molecular Approah. Sinaur Associates, Inc, Sunderland.

Fair Bank, D.J. and W.R.Andersen. 1999.Genetic: The Contunuity of Life. Brooks/ Cole
Publishing Company, New York

Fatimawali, Badaruddin, F., dan Yusuf, I., 2011, Isolasi dan Identifikasi Bakteri Resisten
Merkuri dari Muara Sungai Sario yang Dapat Digunakan untuk Detoksifikasi Limbah
Merkuri, Jurnal Ilmiah Sains, 11(2): 282-288.

Gouaux, J. E., Braha, O., Hobaugh, M. R., Song, L., Cheley, S., Shustak, C., et al.(1994).
Subunit stoichiometry of staphylococcal α-hemolysin in crystals and onmembranes: a
heptameric transmembrane pore. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91,12828–12831. doi:
10.1073/pnas.91.26.12828.

Kasianowicz, J. J., Brandin, E., Branton, D., and Deamer, D. W. (1996).Characterization of

individual polynucleotide molecules using a mem-brane channel. Proc. Natl. Acad. Sci.
U.S.A. 93, 13770–13773. doi:10.1073/pnas.93.24.13770

Kono, Nobouki., Arakawa,Kazuhara,. 2019. Nanopore sequencing: Review of potential

applications in functional genomics. Japanese Society Developmental Biologist Jurnal.
hal 316-322.

Madigan, M.T. dkk. 2014. Brock Biology of Microorganism, 14th Ed. San Fransisco: Pearson
Education Inc. hal. 184-189

National Human Genom Research Institute. 2015. DNA Sequencing Fact Sheet. Tersedia di
https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Fact-Sheet.
Diakses pada tanggal 8 Desember 2019 Pukul 20:00 WIB.
Nama : Norman Billi
NPM : 250620190001
Teknologi Biomolekuler

Pennisi, E. (2012). Search for pore-fection. Science 336, 534–537. doi: 10.1126/sci-
ence.336.6081.534.

Song, L., Hobaugh, M. R., Shustak, C., Cheley, S., Bayley, H., and Gouaux, J. E.(1996).
Structure of staphylococcal α-hemolysin, a heptameric transmembranepore. Science 274,
1859–1865. doi: 10.1126/science.274.5294.1859.