ISOLASI DNA TANAMAN DAN ANALISIS DNA MENGGUNAKAN

ELEKTROFORESIS

Laporan Praktikum

Diajukan untuk memenuhi sebagian dari syarat-syarat guna

menyelesaikan mata kuliah Biokimia

Oleh:

Adi Tristianto

NIM : 512017603

FAKULTAS PERTANIAN DAN BISNIS

UNIVERSITAS KRISTEN SATYA WACANA

SALATIGA

2018
I. LANDASAN TEORI
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-
komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa. Sebuah sel
memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem
kehidupan. Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu
organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia
maupun tumbuhan. Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.
Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai
berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada
pada bagian atas tabung (Aditia, 2010).
DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan dantumbuhan terdapat di
dalam inti sel, dan beberapa organ lain didalam sel seperti mitokondria dan kloroplast.
Penyebutan nama DNAjuga didasarkan pada lokasi asalnya. DNA genome inti nuclear DNA
genome berasal dari inti sel, DNA genom mitokondria & mitochondrial DNA genome berasal
dari mitokondria, DNA genomkloroplast berasal dari kloroplast. Pada organisme
tingkatrendah, DNA penyusun kromosom dan plasmid dibungkus oleh dindingsel &pada
bakteri atau dibungkus oleh protein tertentu pada. kromosom eukariot berbentuk linear
sedangkan kromosom prokariot berbentuk sirkular. selain itu prokariot juga mengandung satu
atau lebih plasmid. Plasmid merupakan mulekul DNA sirkular dengan ukuran yang jauh lebih
kecil dibanding kromosom (Anggie, 2011).
Terdapat organel-organel bermembran ganda di dalam sitoplasma, termasuk
mitokondria baik pada tumbuhan maupun hewan. Oleh karena itu perlu dilakukan isolasi
DNA pada tanaman dan hewan untuk mengetahui dan mempelajari DNA dari tanaman dan
hewan tersebut. Sel eukariotik memiliki DNA lebih banyak, lengkap dengan komponen-
komponen lain. DNA tanaman dan hewan tersimpan dalam nucleusyang terbungkus oleh
membran. Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya
ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi.Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul
besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas
tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah. Presipitasi merupakan langkah
yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran (Restu, 2012).
Tahapan terakhir dari ektraksi ini adalah penambahan buffer TE. Buffer TE berfungsi
untuk melarutkan DNA yang dihasilkan dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak. Dalam
buffer TE mengandung EDTA yang berfungsi sebagai senyawa pengkelat yang mengikat ion
Magnesium, yaitu kofaktor yang diperlukan untuk altivtas berbagai enzim nuclease (Yuwono,
2008).
Elektroforesis gel agarosa adalah teknik paling baik yang pernah dibuat dan secara rutin
digunakan di laboratorium klinis untuk analisis protein dan DNA pada berbagai cairan
biologis (serum, urin, CSF). Teknik ini merupakan teknik yang menggunakan prinsip
elektroforesis zona. Seperti yang diketahui, molekul protein bermigrasi pada medium
padat/gel yang direndam dengan suatu larutan penyangga di bawah pengaruh medan listrik.
Migrasi ini tergantung pada muatan listrik, titik isoelektrik bersih dan massa molekul protein
(Yuwono, 2008)
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat molekul yang bermuatan listrik ditempatkan
pada medium berisi tenaga listrik. Molekul yang digunakan dalam praktikum elektroforesis
adalah molekul DNA yang bermuatan negatif. Molekul akan bermigrasi menuju kutub positif
atau kutub negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya. Molekul-molekul yang
bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-
molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) DNA
memiliki muatan negatif karena mengandung gugus O. Oleh karena itu, arah migrasi DNA
adalah dari kutub negatif ke kutub positif (Masniawati, 2000)
Migrasi DNA tersebut dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu ukuran molekul DNA,
konsentrasi gel, bentuk molekul, densitas muatan, pori-pori gel, voltase, dan larutan buffer
elektroforesis. Pertama, ukuran molekul DNA. Molekul yang berukuran lebih kecil akan cepat
bergerak melewati gel karena hambatan yang akan dihadapi tidak lebih banyak dibandingkan
molekul berukuran besar. Kedua, konsentrasi gel. Semakin tinggi konsentrasi agarosa,
semakin kaku gel yang dibuat sehingga sukar untuk dilewati molekul-molekul DNA.
Konsentrasi agarosa yang lebih tinggi memudahkan pemisahan DNA yang berukuran kecil,
konsentasi agarosa yang lebih rendah memudahkan pemisahan DNA dengan ukuran yang
lebih besar. Ketiga bentuk molekul. Molekul yang memiliki bentuk elips atau fibril akan lebih
cepat bergerak dibandingkan dengan yang berbentuk bulat. Keempat densitas muatan.
Densitas muatan yaitu muatan per unit volume molekul. Molekul dengan densitas muatan
tinggi akan bergerak lebih cepat dibandingkan molekul dengan densitas muatan yang rendah.
Kelima, pori-pori gel. Semakin kecil pori-pori gel yang digunakan, semakin lambat
pergerakan molekul DNA. Keenam, voltase. Semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan,
semakin cepat pergerakan molekul DNA. Ketujuh, larutan buffer elektroforesis. Buffer
dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik sehingga mempercepat migrasi
DNA (Aditia, 2010).
 Lokasi fragmen DNA yang terbentuk seperti pita – pita pada elektroforesis dapat
diamati secara spesifik dengan menggunakan pewarna. Pewarna tersebut dapat berupa etidium
bromida atau gel red. Etidium bromida memiliki kelebihan yaitu mudah digunakan dan akan
menghasilkan warna terang apabila terpapar sinar UV. Kelebihan gel red yaitu tidak memiliki
sifat mutagen seperti etidium bromida (Kusuma, 2010).

II. TUJUAN PRAKTIKUM

1. Mengetahui prinsip kerja dan terampil melakukan isolasi DNA beberapa tanaman
menggunakan metode yang dikembangkan oleh Doyle dan Doyle (1987).
2. Mengetahui kualitas dan kuantitas DNA hasil isolasi secara langsung serta faktor–faktor
yang mempengaruhinya.
3. Mengetahui prinsip kerja pemisahan menggunakan elektroforesis.
4. Mengetahui prinsip pengamatan pita-pita (bands) pada gel agarosis hasil pemisahan
menggunakan elektroforesis.

III. METODOLOGI
A. Waktu dan Tempat Praktikum
Praktikum dilaksanakan pada hari jum’at, tanggal 16 dan 23 Maret 2018 pukul
14.00 – 16.00 WIB dan bertempat di laboratorium biokimia UKSW.
B. Alat dan Bahan

Bahan untuk isolasi DNA tanaman:

1. 2 jenis daun yang sudah dibekukan dalam freezer selama 24 jam (daun kacang dan
pepaya)
2. Larutan buffer pengekstrak CTAB (50 ml): CTAB 2% (w/v) + NaCl 1,4 M +
Buffer Tris –HCL 0,1 M (pH 8) + EDTA 0,05 M (pH 8) + ddH 2O steril (hingga
50 ml). Agar mutu DNA yang diperoleh lebih baik, pada saat membuat buffer
pengekstrak dapat dimodifikasi dengan penambahan antioksida 1%
polyvinylpyrrolidone (PVP) dan / atau 1% mercaptoethanol (v/v). (larutan buffer
harus fresh, dibuat sesaat sebelum digunakan. Larutan buffer hanya bertahan 1
hari).
3. Larutan kloroform: Isoamil alkohol (24 : 1) (v/v)
4. Isopropanol (2-propanol)
5. Na- asetat 3 M (pH 5,2)
6. Etanol 70% dingin
7. Larutan buffer TE (50 ml) (pH 8,0 yang mengandung RNA-se (bebas DNA-se)
 8. Pasir kuarsa
9. Aquadest steril & tissue
Bahan untuk analisis DNA menggunakan elektroforensis:
1. Agarose
2. Buffer Tae 1x
3. Etridium bromide
4. Parafilm
5. Sarung tangan plastik
6. Loading-dye
Bahan untuk penetapan DNA menggunakan spektrofotometer:
1. DNA hasil isolasi
2. Akuadest steril
Alat untuk analisis DNA menggunakan elektroforensis:
1. Mortar
2. Pestle
3. Microtube 2 dan 1,5 ml
4. Micropipet
5. Microtip
6. Water bath
7. Icebath
8. Refrigerated centrifuge
9. Botol pereaksi
10. Gunting
11. Timbangan analitis
12. Tusuk gigi steril
Alat untuk analisis DNA menggunakan elektroforensis:
1. Erlenmeyer 25 ml
2. Microwave
3. Elektroforensisi (Agarose Gel Electrophoresis System)
4. Micropipet
5. Microtip
6. UV transilluminator
7. Icebath
Alat untuk penetapan DNA menggunakan spektrofotometer:
1. Spektrofotometer UV ( 240 nm, 260 nm, 280 nm, 320 nm)
 2. icebath
C. Cara Kerja
A) Isolasi DNA Tanaman
Ditimbang masing-masing daun 200 mg dan dihaluskan dengan mortar dan pastle,
kemudian ditambahkan 1 ml larutan buffer CTAB, hasil lysis dipindahkan ke
mikrotube dan bilas mortar dengan buffer CTAB 1 ml, selanjutnya Divortex
kurang lebih 2 menit, dipanaskan di waterbath dengan suhu 65 oC selama 1 jam
(15 menit dibolak-balik) kemudia divortex lagi kurang lebih 2 menit, selanjutnya
sentrifuge 8.000 rpm 5 menit, lalu larutan diambil 1 ml dan dipindahkan ke
mikrotube baru, ditambahkan 1 ml kloroform: isoamil alkohol (24:1) dan dibolak-
balik 5 menit, di sentrifuge 10.000 rpm selama 10 menit dan dipindahkan
supernata ke mikrotube baru, dihitung volumenya, selanjutnya ditambahkan 0,6
vol isopropanol dan 0,1 Na-asetat 3 M (pH 5,2) lalu di sentrifuge kembali dengan
10.000 rpm selama 3 menit, kemudian dibuang supernata, cuci dengan etanol
dingin dan disentrifuge 10.000 rpm selama 3 menit, terakhir ditambahkan buffer
TE.
B) analisis DNA menggunakan elektroforensis
1 gram agarose ditambahkan 100 ml TAE 1x kemudian di microwave, lalu
dituang 20 ml larutan ke erlenmeyer 25 ml dan ditunggu hingga agak dingin,
kemudian ditambahkan 1 ml etridium bromide, dan dicampur hingga rata lalu
dituang dalam cetakkan dan pasang sisir kemudian didiamkan selama 30 menit
dan ditambahkan buffer TAE sampai menggenang, selajutnya Sampel DNA
diambil 5 ml dan dicampur dengan 3 ml loading dye di parafilm, Campuran
tersebutk kemudian dimasukkan ke sumur gel, di running el-fo selama 15 menit,
lalu gel diambil dan dipindahkan ke UV-transiluminator dan diamati bands
DNAnya.
C) Penetapan DNA menggunakan spektrofotometer
Pertama-taman Diambil 4 ml sampel DNA dan dipindahkan ke dalam tabung
reaksi, kemudian ditambahkan 1996 ml aquadest steril dan di homogenkan
dengan cara divortex, terkahir di ukur absorbansinya pada panjang gelombang
240 nm, 260 nm, 280 nm, dan 320 nm.

IV. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

Pada praktikum ini menggunakan 2 jenis daun yaitu daun kacang dan daun pepaya.
Namun ada empat jenis yaitu tanaman A adalah daun pepaya ditambah kuarsa, tanaman B
daun pepaya, tanaman C daun kacang ditambah kuarsa dan tanaman D daun kacang.
Pemberian kuarsa ini untuk mengetahui apakah ada perbedaan hasil yang ditambah kuarsa
dengan tidak.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya adalah: DNA nukleus
berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-
sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki
pola pewarisan sifat dari kedua orang tua.
Tahap pertama isolasi DNA adalah penghancuran membran dan dinding sel dengan cara
ditumbuk serta tambahkan larutan buffer CTAB sebanyak 1 ml untuk menbantu saat proses
penghancuran. Ternyata tanaman yang ditambah dengan kuarsa lebih cepat halus karena
kuarsa sifatnya seperti garam membantu peoses penghalusan saat ditumbuk. Tuang sebanyak
2 ml ekstrak daunnya kedalam microtube dan vortex selama kurang lebih 2 menit agar benar
benar tercampur. Proses ini bertujuan untuk mengendapkan asam nukleat dan polisakarida
asam, sedangkan protein-protein tetap berada dalam larutan CTAB. Proses inkubasi dalam
watrbath berguna untuk memaksimalkan kerja laruttan buffer CTAB untuk pemisahan dan
pengendapan asam nukleat dan polisakarida asam yang menempel pada DNA. Setelah itu
baru padatan dibagian bawah microtube dibuang dan ditambahkan klorofrom : isomali
alkohol(24:1) hal ini bertujuan untuk mendenaturasi protein, dan untuk membersihkan DNA
dari sisa protein dan polisakarida.
Pengamatan hasil isolasi DNA tanaman
Dengan pasir Tanpa pasir
Sampel Ada/tidak Ada/tidak
Warna DNA Warna DNA
DNA DNA
Putih agak
Kacang Ada Putih Ada
kekuningan
Vol TE 100 ml 100 ml
Putih
Pepaya Ada Putih Ada
kekuningan
Vol TE 100 ml 100 ml

Untuk menentukkan volume dari 0,6 vol isopropanol dan 0,1 Na-asetat 3 M (pH 5,2)
adalah:
1. Untuk pepaya dengan pasir (kel 1) : 900 x 0,6 = 540 ml (vol isopropanol)
 900 x 0,1 = 90 ml (vol Na-asetat 3 M (pH 5,2))
2. Untuk kacang dengan pasir (kel 3) : 800 x 0,6 = 480 ml (vol isopropanol)
800 x 0,1 = 80 ml (vol Na-asetat 3 M (pH 5,2))
3. Untuk pepaya tanpa pasir (kel 2) : 700 x 0,6 = 420 ml (vol isopropanol)
700 x 0,1 = 70 ml (vol Na-asetat 3 M (pH 5,2))
4. Untuk kacang tanpa pasir (kel 4) : 800 x 0,6 = 480 ml (vol isopropanol)
800 x 0,1 = 80 ml (vol Na-asetat 3 M (pH 5,2))
Pengamatan hasil analisis DNA menggunakan Elektroforensis

Sumur 1 Sumur 2 Sumur 3 Sumur 4

(Kelompok 1) (Kelompok 2) (Kelompok 3) (Kelompok 4)
Pepaya dengan pasir Pepaya tanpa pasir Kacang dengan pasir Kacang tanpa pasir

Pengamatan hasil penetapan DNA menggunakan Spektrofotometer

Kelompok 1 240 nm 260 nm 280 nm 320 nm
Sampel 2,474 2,391 2,154 0,280
Blanko 2,459 2,391 2,154 0,259
absorbansi 0,015 0 0 0,021
abs λ240 = sampel – blanko abs λ280 = sampel – blanko
= 2,474 – 2,459 = 2,154 – 2,154
= 0,015 =0
abs λ260 = sampel – blanko abs λ320 = sampel – blanko
= 2,391 – 2,391 = 0,280 – 0,259
=0 = 0,021
Kelompok 2 240 nm 260 nm 280 nm 320 nm
Sampel 2,554 2,404 2,142 0,246
Blanko 2,591 2,432 2,175 0,314
absorbansi -0,037 -0,028 -0,033 -0,068
abs λ240 = sampel – blanko abs λ280 = sampel – blanko
= 2,554 – 2,591 = 2,142 – 2,175
= -0,037 = -0,033
abs λ260 = sampel – blanko abs λ320 = sampel – blanko
= 2,404 – 2,432 = 0,246 – 0,314
= -0,028 = -0,068
 Kelompok 3 240 nm 260 nm 280 nm 320 nm
Sampel 2,554 2,421 2,186 0,262
Blanko 2,592 2,437 2,186 0,317
absorbansi -0,038 -0,016 0 -0,055
abs λ240 = sampel – blanko = 2,186 – 2,186
= 2,554 – 2,592 =0
= -0,038 abs λ320 = sampel – blanko
abs λ260 = sampel – blanko = 0,262 – 0,317
= 2,421 – 2,437 = -0,055
= -0,016
abs λ280 = sampel – blanko
Kelompok 4 240 nm 260 nm 280 nm 320 nm
Sampel 2,555 2,421 2,134 0,260
Blanko 2,613 2,490 2,176 0,318
absorbansi -0,058 -0,069 -0,042 -0,058
abs λ240 = sampel – blanko
= 2,555 – 2,613
= -0,058
abs λ260 = sampel – blanko
= 2,421 – 2,490
= -0,069
abs λ280 = sampel – blanko
= 2,134 – 2,176
= -0,042
abs λ320 = sampel – blanko
= 0,260 – 0,318
= -0,058
Penambahan senyawa pereduksi seperti merchaptoetanol dalam proses isolasi DNA
dapat mencegah proses oksidasi senyawa fenolik sehingga menghambat aktivitas radikal
bebas yang dihasilkan oleh oksidasi fenol terhadap asam nukleat. Buffer CTAB dengan
kandungan garam yang tinggi dapat memisahkan polisakarida dari dinding sel, sedangkan
PVP dapat mengurangi browning akibat kandungan fenol pada daun muda. Pada prinsipnya
optimasi prosedur ini bertujuan melindungi DNA genom dari degradasi akibat senyawa
sekunder yang dilepaskan ketika sel dihancurkan atau kerusakan akibat penanganan fisik.
Sedangkan untuk melakukan analisi DNA pada praktikum ini menggunkan alat yang
disebut elektroforesis. Menurut Jean and Francois G (2010) elektroforesis gel agarosa adalah
teknik paling baik yang pernah dibuat dan secara rutin digunakan di laboratorium klinis untuk
analisis protein dan DNA pada berbagai cairan biologis (serum, urin, CSF). Teknik ini
merupakan teknik yang menggunakan prinsip elektroforesis zona. Seperti yang diketahui,
molekul protein bermigrasi pada medium padat/gel yang direndam dengan suatu larutan
penyangga di bawah pengaruh medan listrik. Migrasi ini tergantung pada muatan listrik, titik
isoelektrik bersih dan massa molekul protein.
Terlihat terdapat pita-pita pada hasil elektroforesis. Lokasi fragmen DNA yang
terbentuk seperti pita – pita pada elektroforesis dapat diamati secara spesifik dengan
menggunakan pewarna. Pewarna tersebut dapat berupa etidium bromida atau gel red. Etidium
bromida memiliki kelebihan yaitu mudah digunakan dan akan menghasilkan warna terang
apabila terpapar sinar UV. Kelebihan gel red yaitu tidak memiliki sifat mutagen seperti
etidium bromida.
Fungsi dari penambahan isopropanol yaitu untuk mengikat strand DNA yang telah
terkumpul. Strand strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagai benang benang
putih yang terapung diatas filtrat. Selain itu alkohol juga berfungsi mempurifikasi DNA.
Ethanol 70 % yang ditambahkan dalam keadaan dingin, karena pada ethanol yang dingin
dapat membentu mempercepat proses mempurifikasi DNA. Selain itu jika alkohol yang
dingin yang diberikan maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan
semakin pekat.
 (DNA)
Absorbansi Rasio OD260/ OD...
Tanaman (g
DNA/ml) 240 260 280 320 240 280 320
Pepaya
0 0,015 0 0 0,021 0 0 0
dengan pasir
Pepaya tanpa
-875 -0,037 -0,032 -0,033 -0,068 0,86 0,96 0.47
pasir
Kacang
-400 -0,038 -0,016 0 -0,055 0,042 0 0,29
dengan pasir
Kacang tanpa
-172500 -0,058 -0,069 -0,042 -0,058 1,18 1,64 1,18
pasir
Perhitungan konsentrasi DNA
Kelompok 1 ( pepaya menggunakan pasir kuarsa)
1. Konsentrasi DNA (µg/ml) = OD260 x faktor pengenceran x 50 µg/ml
= 0 x 500 x 50
= 0 µg/ml
2. Rasio OD260/OD240 = OD260 : OD240
= 0 : 0,015
=0
3. Rasio OD260/O280 = OD260 : OD280
= 0 : 0320
=0
4. Rasio OD260/O320 = OD260 : OD320
= 0 : 0,021
=0
5. Konsentrasi DNA (µg/ml) = (OD260 – OD240-OD280) x faktor pengenceran x
50µg/ml
= (0 – 0,015 - 0) x 500 x 50
= (- 0,015) x 500 x 50
= (-375) µg/ml
6. Konsentrasi DNA (µg/ml) = (OD260 – OD320) x faktor pengenceran x 50µg/ml
= (0 – 0,021 ) x 500 x 50
= (-0,021) x 500 x 50
= (-525) µg/ml)
7. Hasil DNA (µg/ml) = [DNA] (µg/ml) x total volume sample (ml)
 = 0 x 100
= 0 µg/ml
Kelompok 2 ( papaya tanpa menggunakan pasir kuarsa)
1. Konsentrasi DNA (µg/ml) = OD260 x faktor pengenceran x 50 µg/ml
= -0,035 x 500 x 50
= -875 µg/ml
2. Rasio OD260/OD240 = OD260 : OD240
= -0,032 : -0,037
= 0,86
3. Rasio OD260/O280 = OD260 : OD280
= -0,032 : -0,033
= 0,96
4. Rasio OD260/O320 = OD260 : OD320
= -0,032 : -0,068
= 0,47
5. Konsentrasi DNA (µg/ml) = (OD260 – OD240-OD280) x faktor pengenceran x
50µg/ml
= ((-0,032) – (-0,037) – (-0,033)) x 500 x 50
= (0,038) x 500 x 50
= 950 µg/ml
6. Konsentrasi DNA (µg/ml) = (OD260 – OD320) x faktor pengenceran x 50µg/ml
= ((-0,032) – (-0,068) ) x 500 x 50
= (0,036) x 500 x 50
= 900 µg/ml)
7. Hasil DNA (µg/ml) = [DNA] (µg/ml) x total volume sample (ml)
= -875 x 100
= -87500 µg/ml
Kelompok 3 (kacang menggunakan pasir kuarsa)
1. Konsentrasi DNA (µg/ml) = OD260 x faktor pengenceran x 50 µg/ml
= -0,016 x 500 x 50
= -400 µg/ml
2. Rasio OD260/OD240 = OD260 : OD240
= -0,016 : -0,038
= 0,042
3. Rasio OD260/O280 = OD260 : OD280
= -0,016 : 0
=0
4. Rasio OD260/O320 = OD260 : OD320
= -0,016 : -0,055
= 0,29
5. Konsentrasi DNA (µg/ml) = (OD260 – OD240-OD280) x faktor pengenceran x
50µg/ml
= ((-0,016) – (-0,038) – 0) x 500 x 50
= (0,022) x 500 x 50
= 550 µg/ml
6. Konsentrasi DNA (µg/ml) = (OD260 – OD320) x faktor pengenceran x 50µg/ml
= ((-0,016) – (-0,055) ) x 500 x 50
= (0,039) x 500 x 50
= 975 µg/ml
7. Hasil DNA (µg/ml) = [DNA] (µg/ml) x total volume sample (ml)
= -400 x 100
= -40000 µg/ml
Kelompok 4 (kacang tanpa menggunakan pasir kuarsa)
1. Konsentrasi DNA (µg/ml) = OD260 x faktor pengenceran x 50 µg/ml
= -0,069 x 500 x 50
= -1725 µg/ml
2. Rasio OD260/OD240 = OD260 : OD240
= -0,069 : -0,058
= 1,18
3. Rasio OD260/O280 = OD260 : OD280
= -0,069 : -0,042
= 1,64
4. Rasio OD260/O320 = OD260 : OD320
= -0,069 : -0,058
= 1,18
5. Konsentrasi DNA (µg/ml) = (OD260 – OD240-OD280) x faktor pengenceran x
50µg/ml
= ((-0,069) – (-0,058) – (-0,042)) x 500 x 50
 = (0,031) x 500 x 50
= 775 µg/ml
6. Konsentrasi DNA (µg/ml) = (OD260 – OD320) x faktor pengenceran x 50µg/ml
= ((-0,069) – (-0,058) ) x 500 x 50
= (-0,011) x 500 x 50
= -275 µg/ml
7. Hasil DNA (µg/ml) = [DNA] (µg/ml) x total volume sample (ml)
= -1725 x 100
= -172500 µg/ml
V. KESIMPULAN
1. Prinsip kerja isolasi DNA adalah penghancuran dinding sel dengan cara menumbuk daun
tanpa tulang diatas mortar dan pestle, lalu penghilangan protein dan RNA menggunakan
beberapa larutan buffer, pengendapan DNA dengan menggunakan isopropanol dan Na-
assetat pada sampel dan yang terakhir adalah pemanenan DNA yaitu dengan
diperolehnya DNA.
2. Kualitas dan kuantitas DNA hasil isolasi dikatakan baik dija hasilnya banyak dan terlihat
keberadaannya sebelum sentrifugasi terakhir. DNA yang baik adalah yang berwarna
putih, jika DNA tidak berwarna putih mungkin pada saat proses pencucian DNA kurang
bersih.
3. Prinsip kerja elektroforesis gel yaitu molekul akan bermigrasi menuju kutub positif atau
kutub negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya. Molekul-molekul yang
bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan
molekul-molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif
(katoda) DNA memiliki muatan negatif karena mengandung gugus O. Oleh karena itu,
arah migrasi DNA adalah dari kutub negatif ke kutub positif.
4. Prinsip pengamatan pita-pita (bands) pada gel agarosis hasil pemisahan menggunakan
elektroforesis dapat diamati secara spesifik dengan menggunakan pewarna. Pewarna
tersebut dapat berupa etidium bromida atau gel red.

VI. DAFTAR PUSTAKA

Aditia. 2010. Isolasi DNA. (online)
http://sharkestaditia.academia.edu/2010/03/isolasiDNA.html. Diakses 30 Maret 2018
Anggie. 2011. Manfaat Isolasi DNA. (online)
 http://anggiemyblog.academia.edu/2011/04/laporan-isolasi-dna.html. Diakses tanggal
30 Maret 2018

Kusuma, S.A.F. 2010. Prinsip kerja elektroforesis. PCR : Bandung.

Masniawati, A. 2000. Keragaman genetik kelapa dalam mapanget-32 (dmt-32) hasil

penyerbukan sendiri berdasarkan penandamolekuler random amplified polymorphic
DNA (RAPD). Tesis Pascasarjana. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Restu, Muh.2012. Jurnal Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan Isolasi DNA Tanaman Suren
(Toona Sureni Merr) untuk Analisis Keragaman Genetik berdasarkan Random
Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Fakultas Kehutanan. Universitas Hasanuddin.
Makassar
Yuwono, Triwibowo. 2008. Biologi Molekuler. Jakarta : Penerbit Erlangga