LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PERTANIAN

“ISOLASI DNA”

Disusun oleh:
Nama : Badrul Munir
NIM : 215040200111214
Kelas :H
Asisten : Aulitha Meisya

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2022
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Asam nukleat merupakan makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot
molekul tinggi, dan terdiri dari rantai nukleotida yang memuat informasi genetik.
Suatu sel mempunyai dua jenis asam nukleat, yakni DNA (Deoxyribonucleic Acid)
dan RNA (Ribonucleic Acid). DNA sendiri merupakan penyusun gen pada
kromosom di dalam inti sel. DNA tersusun atas gula pentosa deoksiribosa, gugus
fosfat, dan basa nitrogen. Basa nitrogen ini dibedakan menjadi dua, yakni purin dan
pirimidin. Purin terdiri dari Guanin (G) dan Adenin (A), sedangkan pirimidin terdiri
dari Timin (T) dan Sitosin (S). Adapun suatu cara untuk memperoleh DNA secara
utuh tanpa adanya material lain misalnya RNA dan organel sel lainnya dikenal
dengan istilah isolasi DNA (Nur’aini et al., 2019).
Isolasi DNA merupakan salah satu proses penting untuk mendapatkan
informasi dan analisis genetik. DNA yang memiliki kualitas baik akan
dimanfaatkan untuk berbagai kegiatan seperti penggunaan marka molekuler,
penciptaan pustaka genom, sampai sekuensing. Prinsip isolasi DNA terdiri dari tiga
proses, yakni lisis dinding dan membran sel, pemisahan atau purifikasi DNA, serta
presipitasi DNA (Tando & Juradi, 2019). Isolasi DNA ini dapat dilakukan pada
tanaman. Oleh karena itu, untuk lebih mengetahui dan memahami bagaimana
mekanisme isolasi DNA pada suatu tanaman, maka diperlukan praktikum langsung
di laboratorium.
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari dilaksanakannya praktikum isolasi DNA ini yaitu untuk
mengetahui dan melakukan proses-proses yang berkaitan langsung dengan isolasi
DNA serta untuk menginterpretasikan data terkait hasil PCR.
1.3 Manfaat
Adapun manfaat dari dilaksanakannya praktikum isolasi DNA ini yaitu dapat
mengetahui dan melakukan proses-proses yang berkaitan langsung dengan isolasi
DNA serta dapat menginterpretasikan data terkait hasil PCR.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Pengertian DNA
Salah satu asam nukleat yang ada di dalam sel yaitu DNA (Deoxyribonucleic
Acid). DNA merupakan polinukleotida untai ganda yang mempunyai ciri
komponen penyusun antara lain gula pentosa deoksiribosa, gugus fosfat, dan basa
nitrogen. Untai DNA terdiri dari rangkaian nukleotida yang terhubung melalui
ikatan fosfodiester yang tersusun di antara gula pentosa deoksiribosa dan gugus
fosfat. Sedangkan, untai ganda DNA terhubung melalui ikatan hidrogen yang
tersusun di antara pasangan basa nitrogen. Pasangan basa nitrogen pada DNA yaitu
adenin dan timin (dua ikatan hidrogen) serta guanin dan sitosin (tiga ikatan
hidrogen) (Nur’aini et al., 2019).
2.2 Pengertian Isolasi DNA
Salah satu cara untuk memperoleh DNA secara utuh tanpa adanya material
lain misalnya RNA dan organel sel lainnya yaitu melalui proses isolasi DNA.
Isolasi DNA merupakan tahapan umum dalam memisahkan dan mengumpulkan
DNA yang digunakan untuk analisis rekayasa genetika, forensik, bioinformatika,
komputasi, analisis asal-usul, dan antropologi. Proses isolasi DNA ini akan
mengeluarkan DNA dari sel (Tando & Juradi, 2019).
2.3 Tujuan Isolasi DNA
Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai
macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis.
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain
seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga
yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (Harahap, 2017).
Prinsip isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni yang tidak tercampur
dengan komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat. Isolasi DNA genom
dapat dilakukan dengan metode lisis sel secara fisik dan kimia. Secara fisik sel
dipecah dengan kekuatan mekanik yaitu secara freeze thaw, bead mill
homogenization dan resonansi misalnya dengan sonikasi. Sedangkan secara kimia
sel dirusak dengan buffer lisis berisi senyawa kimia yang dapat merusak integritas
barrier dinding sel, misalnya SDS (Sodium Dedocyl Sulfate) dan CTAB
(Cetyltrimethylammonium bromide) (Murtiyaningsih, 2017).
2.4 Jenis-Jenis Metode Isolasi DNA
Ekstraksi DNA telah diaplikasikan pada berbagai studi molekuler untuk
mendapatkan DNA serta menghilangkan inhibitor dari sampel. Namun, pada
ekstraksi tersebut memiliki kekurangan seperti menggunakan bahan mudah
terbakar, korosif, toksik dan memerlukan waktu yang panjang serta biaya yang
mahal, sehingga untuk menutupi kekurangan tersebut maka diterapkan metode
isolasi DNA untuk melakukan studi molekuler. Ada tiga metode yang digunakan
dalam isolasi DNA, yaitu kit ekstraksi DNA, metode alkalin dan metode PCR.
Metode isolasi DNA yang paling efektif dalam molecular sexing yaitu
menggunakan kit ekstraksi DNA di mana seluruh sampel mampu menghasilkan
templat yang dapat dikembangkan. Sedangkan pada metode alkalin dinilai kurang
efektif karena templat DNA yang dihasilkan beberapa sampel memiliki pita yang
redup. Sama halnya dengan metode alkalin, metode PCR dalam molecular sexing
dinilai kurang efektif karena templat DNA yang dihasilkan oleh salah satu sampel
tidak dapat dikembangkan (Pratomo et al., 2021).
Jenis-jenis metode isolasi DNA lainnya yaitu di beberapa rumah sakit,
metode yang sering digunakan yaitu metode boilling water di mana metode ini
menggunakan pemanasan tinggi selama beberapa menit akan menyebabkan
peningkatan permeabilitas dinding sel yang berakibat pada masuknya cairan dan
materi lain di sekitar sel dan keluarnya materi-materi dari dalam sel. Suhu tinggi
juga bermanfaat untuk inaktivasi enzim, terutama DNAse yang dapat merusak
DNA. Sedangkan metode Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) ini biasa
digunakan untuk isolasi DNA tanaman yakni dengan menngunakan nitrogen cair
pada tahap awal ekstraksi untuk menghasilkan kualitas DNA terbaik (Pratomo et
al., 2021).
 BAB III
METODOLOGI
3.1 Alat dan Fungsi
Berikut ini merupakan alat yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA
beserta fungsinya.
Tabel 1. Alat
No. Nama Alat Fungsi
1. Mortar dan Pestle Untuk menghaluskan sampel
2. Tips Sebagai wadah larutan pada mikro pipet
3. Gelas ukur Untuk mengukur volume larutan
4. Tubes 1,5 mL Sebagai wadah bahan yang diendapkan di
centrifuge
5. Tissue Untuk mengeringkan alat
6. Gunting Untuk memotong spesimen
7. Plastik pembungkus Untuk membungkus spesimen
8. Mikro pipet Untuk memindahkan larutan dengan volume yang
sangat kecil
9. Spatula Untuk mengambil bahan kimia
10. Erlenmeyer Untuk mengukur dan menampung larutan
11. Microwave Untuk memanaskan bahan
12. Mesin PCR Untuk memperbanyak segmen DNA
13. Oven Untuk mengeringkan alat-alat setelah disterilkan
14. Vortex Untuk mencampur larutan
15. Timbangan analitik Untuk menimbang bahan
16. Stirer Untuk memanaskan lauran
17. pH meter Untuk mengukur pH
18. Mesin elektroforesis Untuk mengetahui ukuran dan bentuk partikel
19. Waterbath Untuk menciptakan suhu yang konstan
20. Centrifuge Untuk memisahkan cairan dan partikel terhadap
densitas layangnya
21. Autoclave Untuk mensterilkan alat
22. Gel doc Untuk mendokumentasikan hasil elektroforesis
23. Lemari es Untuk menjaga sampel DNA agar tidak rusak
3.2 Bahan dan Fungsi
Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA
beserta fungsinya.
Tabel 2. Bahan
No. Nama Bahan Fungsi
1. Tanaman sawi Sebagai spesimen
2. Kit isolasi DNA Untuk melakukan isolasi DNA
tanaman (promega)
3. Nitrogen cair Untuk menghancurkan dinding sel
 4. Buffer TE Sebagai pengelusi agar DNA terlepas dari diatom
5. RNAse Untuk menghilangkan RNA pada larutan DNA
6. Ethanol Untuk menghilangkan kelebihan garam
7. Isopropanol Untuk menarik air atau mengkondisikan dehidrasi
yang menyebabkan DNA mengendap
8. DNA ladder Untuk mengetahui ukuran basa hasil amplifikasi
9. Agarosa Untuk memisahkan molekul DNA, RNA, dan
molekul protein dalam berbagai ukuran
10. Buffer elektroforesis Untuk meneruskan arus listrik sehingga dapat
(TAE/TBE) diterima oleh fragmen DNA
11. Loading dye Sebagai pemberat dan pewarna
12. Ethidium bromida Sebagai pewarna DNA pada gel elektroforesis
13. PCR reaction kit Untuk mengamplifikasi nukleotida
14. Primer mikrosatelit Untuk membuat peta genetik berdasarkan urutan
SSR nukleotida pada spesimen tanaman
3.3 Diagram Alir
Berikut ini merupakan langkah kerja praktikum isolasi DNA yang disajikan
dalam diagram alir.
Siapkan seluruh bahan yang
digunakan (Isolation Genomic Timbang 0,1 g sampel daun
DNA Kit Promega)

Masukkan 600 μL Nucleic

Lysis Solution ke dalam tube
ukuran 1,5 mL dan tambahkan
sampel daun yang sudah
dihaluskan, tutup kembali tube
(jangan lupa beri label di tube)
Masukkan dalam mortar,
tambahkan N2 cair, segera
digerus sampai halus (jangan
sampai mencair)

Inkubasi pada oven atau waterbath pada temperatur 65˚C selama 15 menit

Tambahkan 3 μL RNAse dan homogenkan dengan cara inverting

Inkubasi pada temperatur 37˚C selama 15 menit

 Dinginkan pada temperatur ruang selama 5 menit

Tambahkan 200 μL Protein Precipitation Solution

Vortex selama 20 detik

Sentrifuge pada kecepatan 14.000 rpm selama 3 menit

Pindahkan secara hati-hati supernatant pada bagian atas ke dalam tube baru 1,5
mL, jangan sampai residu ikut terpipet

Tambahkan 600 μL isopropanol pada temperatur ruang

Homogenkan dengan pelan melalui cara inverting atau tap/bolak balik tube

Sentrifuge pada 14.000 rpm selama 1 menit pada temperatur ruang

Buang supernatant secara hati-hati, jangan sampai pellet pada bagian bawah
ikut terbuang

Tambahkan 600 μL ethanol pada temperatur ruang, homogenkan dengan pelan

Sentrifuge pada 14.000 rpm selama 1 menit pada temperatur ruang

Buang kembali supernatant secara hati-hati, jangan sampai pellet DNA ikut
terbuang atau terpipet
Kering anginkan sisa ethanol selama 15 menit, dengan cara dibalik dengan
alas kertas tissue

Tambahkan DNA Rehydration sebanyak 100 μL dan larutkan pellet DNA

dengan cara mengetuk-ketuk tube secara perlahan

Inkubasi pada temperatur 65˚C selama 1 jam atau inkubasi pada temperatur
4˚C selama 1 malam

Isolat DNA

Simpan dalam freezer pada temperatur 2-8˚C

 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil

4.2 Pembahasan

4.3 Studi Literatur Hasil Isolasi DNA

 BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan

5.2 Saran
 DAFTAR PUSTAKA
Harahap, A. (2017). Uji Kualitas dan Kuantitas DNA Beberapa Populasi Pohon
Kapur Sumatera. Journal of Animal Science and Agronomy Panca Budi, 2(2):
1-6.
Murtiyaningsih, H. (2017). Isolasi DNA Genom dan Identifikasi Kekerabatan
Genetik Nanas Menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA).
Agritop, 15(1): 83-93.
Nur’aini, S., Mukaromah, A. S., & Muhlisoh, S. (2019). Pengenalan
Deoxyribonucleic Acid (DNA) dengan Marker-Based Augmented Reality.
Walisongo Journal of Information Technology, 1(2): 91-100.
Pratomo, Y., Zahida, F., & Yuda, P. (2021). Perbandingan Metode Isolasi DNA
sebagai Templat PCR untuk Identifikasi Jenis Kelamin Cerek Jawa
(Charadriius javanicus) secara Molekuler Menggunakan Primer
2550F/2718R. Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati, 6(2): 78-86.
Tando, E. & Juradi, M. A. (2019). Upaya Peningkatan Kualitas Tanaman Kedelai
(Glycine max L. Merill) Melalui Pemanfaatan Bioteknologi dalam Mengatasi
Kelangkaan Pangan. Jurnal Agrotek, 3(2): 113-128.
 DOKUMENTASI

Format
(TNS 12, Spasi 1.15, Before after 0)
Bab I Pendahuluan
1.1 Latar Belakang
1.2 Tujuan
1.3 Manfaat

Bab II Tinjauan Pustaka

2.1 Pengertian DNA
2.2 Pengertian Isolasi DNA
2.3 Tujuan Isolasi DNA
2.4 Jenis-Jenis Metode Isolasi DNA

Bab III Metodologi

3.1 Alat dan Fungsi
3.2 Bahan dan Fungsi
3.3 Diagram Alir

Bab IV Hasil dan Pembahasan

4.1 Hasil
4.2 Pembahasan
4.3 Studi Literatur Hasil Isolasi DNA

Bab V Penutup
5.1 Kesimpulan
5.2 Saran

Daftar Pustaka
APA 7th, Spasi 1

Dokumentasi