PENGENALAN METODE PENGAMBILAN SAMPEL

TUMBUHAN UNTUK ANALISIS DNA

(Laporan Praktikum Biokonservasi)

Oleh

Sultan Ja’far
2217061001

PROGRAM STUDI S1 BIOLOGI

TERAPAN JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
ALAM UNIVERSITAS LAMPUNG
2023
 LEMBAR PENGESAHAN

Judul Percobaan : Pengenalan Metode Pengambilan Sampel Tumbuhan Untuk

Analisis DNA

Tempat Percobaan : Laboratorium Ekologi

Tanggal Percobaan : 30 Oktober 2023

Nama : Sultan Ja’far

NPM 2217061001

Jurusan : Biologi

Fakultas : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Kelompok : VI (enam)

Bandarlampung, 30 Oktober 2023

Mengetahui,
Asisten,

Resya Tamara Agustin

NPM. 2017061029
 DAFTAR ISI

COVER..........................................................................................................i
DAFTAR ISI.................................................................................................ii
LEMBAR PENGESAHAN........................................................................iii
I. PENDAHULUAN.....................................................................................1
1.1 Latar Belakang......................................................................................1
2.1 Tujuan...................................................................................................2

II. TINJAUAN PUSTAKA..........................................................................3

2.1 Isolasi DNA........................................................................................3

2.2 Ukuran dan Struktur Fisik Molekul....................................................4

2.3 Pemecahan Membran pada Isolasi DNA............................................5

2.4 Polisakarida pada Proses Isolasi DNA................................................6

2.5 Tahapan Optimasi PCR......................................................................7

III. METODE PERCOBAAN.....................................................................8

3.1 Waktu dan Tempat.............................................................................8

3.2 Alat dan Bahan..................................................................................8

3.3 Prosedur Kerja...................................................................................9

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN............................................................10

4.1 Hasil Pengamatan............................................................................10

4.2 Pembahasan.....................................................................................10

V. KESIMPULAN......................................................................................13
DAFTAR PUSTAKA.................................................................................14
 I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Pengenalan dan pengambilan sampel tumbuhan untuk analisis DNA suatu

proses penting dalam pengerjaan bioteknologi. Keragaman genetik sangat
penting bagi analisis molekuler, seperti ekspresi gen, analisis filogenetik,
dan analisis keragaman genetik. Namun, sebagian besar faktor
ketidakmunculan fragmen DNA disebabkan oleh kesalahan teknis saat
isolasi, adanya senyawa pengotor isolasi, dan ketidaksuaian suhu
annealing saat PCR. Variasi suhu dan waktu annealing saling berkorelasi
dengan tebal tipisnya pita DNA yang terbentuk akibat kualitas DNA hasil
isolasi (Octavia, et al., 2021).

Faktor kecepatan ekstraksi salah satu faktor paling berpengaruh karena

pada tahap lisis sel dan presipitasi pengambilan supernatan harus
dilakukan persampel, sehingga beberapa sampel terjadi pengendapan
DNA. Suhu dan lama inkubasi yang diterapkan dalam teknik ekstraksi
DNA, serta kualitas daun sebagai sumber DNA tanaman merupakan salah
satu faktor penentu kualitas dan kuantitas DNA hasil ekstraksi, sehingga
perlu dilakukan pengkajian dan optimasi. Untuk mengukur tingkat
kemurnian DNA dapat dilakukan dengan spektrofotometer Nanodrop 2000

Seringkali dalam mempersiapkan sampel bahan isolasi, para peneliti

melakukan penyimpanan terhadap sampel dikarenakan berbagai alasan,
yaitu lokasi pengambilan sampel yang jauh dari laboratorium,
ketidaktahanan penyimpanan sampel daun segar dalam jangka waktu lebih
dari satu minggu disebabkan oleh perkembangan jamur dan senyawa
 fenolik, menjaga ketahanan kualitas sampel, menjamin pasokan (supply)
sampel untuk keperluan yang akan datang, dan sebagainya (Triani, 2020).

1.2. Tujuan
Adapun tujuan dari percobaan ini yaitu, untuk dapat mengetahui cara
pengambilan sampel tanaman untuk analisis DNA.
 II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Isolasi DNA

Isolasi DNA menjadi langkah penting dalam kegiatan memperoleh informasi
genetik dan analisis genetik. DNA dengan kualitas yang baik digunakan
untuk kegiatan seperti pemanfaatan marka molekuler, pembuatan pustaka
genom, hingga sekuensing. Prinsip isolasi DNA terdiri dari tiga tahapan
yakni, lisis dinding dan membran sel, pemisahan atau purifikasi DNA, dan
presipitasi DNA. Permasalahan utama yang sering muncul dalam proses
isolasi DNA tanaman yakni kandungan senyawa polisakarida, polifenol,
protein, RNA, dan senyawa metabolit sekunder yang terdapat pada tanaman
yang dapat menghambat tahapan isolasi DNA. Isolasi DNA tanaman lebih
sulit dibandingkan dengan mengiolasi DNA manusia dan hewan dikarenakan
tanaman memiliki dinding sel yang kaku sehingga membuat jaringan tanaman
lebih keras. Salah satu metode yang umum digunakan dalam mengisolasi
DNA tanaman yakni CTAB (Cetyltrimethylammonium bromide), metode ini
melibatkan penghancuran jaringan tanaman, penghilangan protein dan RNA,
dan pemisahan DNA. Isolasi DNA tanaman sangat penting dalam penelitian
genetika tanaman, informasi genetik yang diperoleh dari isolasi DNA dapat
digunakan dalam pemuliaan tanaman yang terancam punah dan untuk
meningkatkan ketahanan spesies terhadap penyakit pada tanaman, serta
rekayasa genetika. Dengan mengisolasi DNA yang efektif, para peneliti dapat
memahami struktur genetik tanaman, mengidentifikasi gen yang terlibat
dalam sifat-sifat tertentu, dan mengembangkan varietas tanaman yang lebih
 baik. Selain itu DNA tanaman juga digunakan dalam pengujian mutu
makanan yang menggunakan bahan baku tanaman, mendeteksi patogen
tanaman, dan konservasi deteksi patogen tanaman. Sampel DNA yang telah
diisolasi bisa disimpan dalam bank genetk atau bank sampel genetik untuk
disimpan sebagai keperluan konservasi tanaman (Rizko. 2020)

2.2 Ukuran dan Struktur Fisik Molekul DNA

Ukuran molekul DNA sangat kecil sehingga idak dapat dilihat secara kasat
mata. Elektroforesis menjdi teknik yang digunakan untuk memisahkan sampel
DNA berdasarkan ukuran dan struktur fisik molekulnya. Gel yang biasa
digunakan untuk elektroforesis yakni gel agarosa. Elektroforesis gel agarosa
dapat dilakukan untuk memisahkan sampel DNA dengan ukuran dari
beberapa ratus hingga 20.000 pasangan basa. Elektroforesis menjadi metode
standar yang digunakan untuk memisahkan berbagai molekul organik seperti
DNA dengan medan listrik sehingga berat molekul fragmen dapat
diidentifikasi.
Molekul DNA bermuatan negatif jika dimasukkan kedalam sumur gel dan
diberi medan listrik maka DNA akan bermigrasi melalui gel dari kutub
negatif menuju kutub posistif. Elektroforesis menunjukkan hasil yang positif
jika menghasilkan pola pita-pita (bands) yang jelas dan tidak berbayang.
Faktor yang mempengaruhi laju migrasi DNA pada gel agarosa antara lain
ukuran fragmen DNA, besarnya arus listrik dan lamanya waktu elektroforesis
(Primandiri dan Santoso, 2017)
2.3 Pemecahan Membran pada Isolasi DNA
Pemecahan membran sel menjadi proses pertama dalam melakukan
isolasi DNA. Proses pemecahan membran sel yang paling terbaik
dilakukan dengan menggunakan bahan-bahan kimia seperti detergen atau
menggunakan enzim. Bahan yang digunakan mengandung SDS yang
mampu mendegradasi membran sel. Selanjutnya, DNA diinkubasi pada
suhu 37℃ untuk mempercepat pelisisan sel, inkubasi DNA pada suhu
yang lebih tinggi dapat menyebabkan DNA terdegradasi. Tahapan
selanjutnya yakni penghilangan protein. Protein dan asam nukleat berbeda
kelarutannya dalam pelarut organik. Asam nukleat bersifat hidrofilik
sehingga mudah larut dalam air, sedangkan protein mengandung banyak
residu hidrofobik pada pusat molekulnya sehingga membuat larut dalam
pelarut organik. Tahap ketiga yakni penghilangan RNA dapat dilakukan
secra enzimatik dengan menggunakan Rnase. Tahap keempat yakni
presipitasi DNA menggunakan alkohol yang berjenis isopropanol dan
etanol yang dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang diisolasi.
Semakin berkembangnya teknik dari isolasi DNA, kita bisa membeli kit
pengisolasi DNA tetapi memiliki harga yang tidak murah dan memerlukan
alat tambahan untu menjamin akurasi terhadap pemurnian DNA
(Puspitaningrum dkk, 2018)

2.4 Polisakarida pada Proses Isolasi DNA

Proses isolasi DNA genom tanaman, keberadaan polisakarida dan
senyawa metabolit sekunder dalam sel tanaman sering menyulitkan dalam
proses isolasi asam nukleat karena struktur polisakarida yang mirip
dengan asam nukleat akan menyebabkan polisarkarida mengendap
bersama dengan asam nukleat. Penambahan senyawa pereduksi seperti
marchaptoetanol dapat mencegah proses oksidasi senyawa fenolik
sehingga menghambat aktivitas radikal bebas yang dihasilkan oleh
oksidasi fenol terhadap asam nukleat. Metabolit sekunder dan
polisakarida juga dapat menghambat kerja enzim. Adanya polisakarida
dalam tanaman ditandai dengan
 kekentalan pada hasil isolasi DNA yang menyebabkan kesulitan dalam
reaksi PCR akibat penghambatan aktivitas taq polymerace. Ada tiga
tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang dalam 30-40
siklus dan berlangsung dengan cepat yakni denaturasi, ammeling, dan
pemanjangan untai DNA. Produk PCR dapat diidentifikasi melalui
ukurannya dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Didalam PCR
membutuhkan primer yang berfungsi sebagai pembatan fragmen DNA
target yang akan diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi
pada ujung 3’yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA (Zainudin.
2019)

2.5 Tahapan Optimasi PCR

PCR suatu teknik yang digunakan untuk mengamplifikasi segmen DNA
dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Sebelum
dilakukannya PCR dengan sampel penelitian, perlu dilakukan optimasi
agar didapatkan komposisi dan kondisi PCR yang sesuai sehingga
mendapatkan hasil yang optimal. PCR melibatkan tiga tahap siklus
temperature yang berurutan yakni denaturasi template 94℃-95℃,
annealing (penempelan) pasangan primer pada untai ganda DNA target
dan pemanjangan. Pada tahapan optimasi PCR kita dapat membuat
variasi tahapan PCR baik waktu, suhu dan komposisi PCR. Produk PCR
yang dihasilkan kemudian dielektroforesis. Hasil elektroforesis ini
dianalisa dengan membandingkan ketebalan band secara visual. Band
optimal yang dimaksud adalah band yang tebal, tungal atau single dan
sesuai ukuran target konsentrasi primer dan suhu annealing yang
menghasilkan band yang optimal yang selanjutnya digunakan untuk PCR
pada sampel penelitian (Setyawati dan Zubaidah, 2021).
 III. METODE PENELITIAN

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada Hari Senin, Tanggal 30 Oktober 2023,
Pukul 07.30 - 09.30 di Laboratorium Ekologi, Jurusan Biologi, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Lampung.

3.2 Alat Bahan

Adapun alat yang digunakan pada praktikum ini yaitu gunting, karet, tissue,
amplop, label, plastik ziplock, sarung tangan, masker dan ice box.

Adapun bahan yang digunakan pada praktikum ini yaitu sampel tumbuhan
Jambu (Syzygium aqueum), silika gel, dan alkohol 70%.
3.3 Prosedur Kerja

Sampel Tumbuhan

- Disterilisasi bagian tumbuhan yang akan diambil

menggunakan alkohol 70%.

- Dimasukkan sampel kedalam amplop yang berisi silica

gel.

- Digunting bagian tumbuhan yang disterilisasi dan

bungkus dengan tissue dan karet.

- Dimasukkan amplop berisi sampel kedalam plastik

klip.

- Dimasukkan sampel kedalam ice box.

- Diberi label data pada amplop

Has
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Data Pengamatan

Adapun hasil pengamatan dalam praktikum ini adalah:

Gambar Keterangan
Nama Spesies : Syzygium
aqueum
Bagian yang dikolektif : Pucuk Daun
Lokasi : Taman FMIPA
Tanggal : 30 Oktober 2023
Kolektor : Nanda Sabila
Keterengan lain : Kelompok 6

4.2 Pembahasan

Perlakuan sterilisasi pada pengambilan sampel DNA tumbuhan

sangat penting untuk memastikan bahwa sampel yang diambil
bebas dari kontaminasi mikroba dan bahan-bahan lain yang dapat
mempengaruhi hasil isolasi DNA. Selain itu, perlakuan
memasukkan sampel ke dalam amplop berisi silica gel dan
dimasukkan kedalam plastik klip pada pengambilan sampel DNA
tumbuhan berfungsi untuk menjaga kelembaban sampel dan
mencegah sampel menjadi basah. Hal ini penting karena
kelembaban yang berlebihan dapat mempengaruhi kualitas dan
kuantitas DNA yang diisolasi. Sedangkan, perlakuan
memasukkan sampel ke dalam ice box pada pengambilan sampel
DNA tumbuhan tumbuhan berfungsi untuk menjaga kestabilan
suhu sampel dan mencegah sampel menjadi rusak.

Isolasi tumbuhan adalah proses pemisahan senyawa-senyawa

kimia tertentu dari tumbuhan untuk tujuan tertentu. Isolasi
tumbuhan dapat dilakukan untuk memperoleh senyawa murni
yang dapat digunakan dalam berbagai aplikasi seperti obat-
obatan, kosmetik, dan bahan makanan. Tahapan-tahapan dalam
isolasi tumbuhan meliputi pengumpulan sampel, persiapan
sampel, ekstraksi, fraksinasi, purifikasi, dan identifikasi. Isolasi
tumbuhan juga dapat dilakukan untuk tujuan lain, seperti isolasi
DNA tumbuhan. Tahapan-tahapan dalam isolasi DNA tumbuhan
meliputi pengambilan sampel, disosiasi jaringan, lisis jaringan,
DNA binding, pencucian DNA, dan DNA elution. Selain itu,
perlakuan seperti memasukkan sampel ke dalam amplop berisi
silica gel dan ice box juga dapat dilakukan untuk menjaga kualitas
sampel dan mencegah kontaminasi mikroba. Isolasi tumbuhan
dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai teknik, seperti
kromatografi dan spektroskopi. Isolasi tumbuhan juga dapat
dilakukan untuk tujuan penelitian dan pengembangan, seperti
penentuan jenis senyawa bioaktif pada tumbuhan tertentu.

PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah teknik laboratorium

yang digunakan untuk mengamplifikasi atau memperbanyak
fragmen DNA secara in vitro. Teknik ini memungkinkan
amplifikasi DNA menjadi jutaan kali lipat dari jumlah semula,
sehingga memudahkan analisis DNA dalam berbagai aplikasi,
seperti identifikasi penyakit genetik, diagnosis dini penyakit, dan
rekayasa genetika. Prinsip kerja PCR adalah berkerja dengan
visualisasi menggunakan gel elektroforesis menggunakan mesin
PCR konvensional. Tahapan-tahapan dalam PCR meliputi
denaturasi, annealing, dan elongasi. Denaturasi dilakukan untuk
memisahkan untai ganda DNA menjadi untai tunggal. Annealing
dilakukan untuk mengikat primer pada untai DNA yang telah
terdenaturasi. Elongasi dilakukan untuk memperbanyak fragmen
DNA dengan menggunakan enzim DNA polimerase. Fungsi
utama PCR adalah untuk mendeteksi dan mengidentifikasi DNA
target yang hadir dalam sampel, bahkan dalam jumlah yang
sangat kecil.
 V. KESIMPULAN

Berdasarkan hasil percobaann dapat ditarik kesimpulan adalah.

1. Dalam melakukan pengambilan sampel tanaman untuk analisis

DNA, perlu diperhatikan beberapa faktor seperti suhu dan lama
inkubasi yang diterapkan dalam teknik ekstraksi DNA, serta
kualitas daun sebagai sumber DNA tanaman yang merupakan
salah satu faktor penentu kualitas dan kuantitas DNA hasil
ekstraksi. Selain itu, beberapa teknik dan prosedur ekstraksi DNA
telah dipublikasikan, namun tidak selalu dapat diaplikasikan pada
jenis bahan yang berbeda karena genus atau bahkan spesies
tanaman bersifat sangat spesifik, sehingga modifikasi metode
standar diperlukan dalam mengekstraksi DNA.
 DAFTAR PUSTAKA

Nurmalisa Rizko, 2020. Isoladi DNA Daun Jeruk Bali Merah (Citrus
maxima Merr.) Dengan Modifikasi Metode Doyle and Doyle.
Berkala Bioteknologi. 3(2).

Pagar (Agus Zainudin, 2019. Pengembangan Metode Isolasi DNA Genom

pada Tanaman Jarak Jatropha curcas L.). jurnal Agronomi. 63-69

Poppy Rahmatika Primandiri dan Agus Muji Santoso, 2017. Genetika

Prinsip Dasar Berbasis Penelitian di Perguruan Tinggi. Kepel press.
Yogyakarta.

Rini Pustpitaningrum, Chris Adhiyanto, dan sholihin, 2018. Genetika

Molekuler dan Aplikasinya. Freepik. Jakarta.

Retno Setyawati dan Siti Zubaidah, 2021. Optimasi Konsentrasi Primer dan
Suhu Annealing dalam Mendeteksi Gen Lepin pada Sapi Peranakan
Ongole (PO) Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR).
Journal of Laboratory. 4 (1). 36-40.
LAMPIRAN
Gambar 1. Pengambilan sampel Gambar 2. Dilap dgn kapas

Gambar 3. Penyemprotan Alkohol Gambar 4. Setelah disemprot