1,22
Program Studi D3 Analis Kimia
Politeknik Negeri Bandung
Bioteknologi 14
BAB V
PEMBAHASAN
Praktikum kali ini bertujuan untuk melakukan isolasi serta uji kuantitatif DNA
dari buah ataupun tanaman.DNA yang kami isolasi dan kami uji secara kuantitatif
pada praktikum ini adalah tomat. Kandungan air pada tomat dapat mempengaruhi
DNA yang akan didapatkan. Sumber DNA yang teralalu encer atau banyak
mengandung air, sel yang mengalami lisis akan sedikit terpresipitasi sehingga
DNA yang diperoleh sedikit dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih kental
(Anonim,2005). Namun, masalah pengaruh keenceran terhadap hasil isolasi DNA
dapat diatasi dengan pengurangan jumlah Akuades yang digunakan sehingga
walaupun sumber DNA yang digunakan adalah buah dengan kadar air tinggi,
tetap dapat diperoleh ekstrak yang cukup kental.Untuk mengisolasi DNA, maka
perlu dilakukan tahapan-tahapan sebagai berikut :
1. Mendegradasi/memecahkan dinding sel atau jaringan
Hal pertama yang harus dilakukan adalah mendegradasi dinding sel baik
secara fisik maupun kimiawi, dengan begitu DNA dapat keluar dari sel
buah.pemecahan dinding sel secara fisik dilakukan dengan menggerus tomat
menggunakan mortal alu Selain itu, penggerusan juga bertujuan untuk
memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih
baik pada proses ekstraksi selanjutnya. Agar DNA dapat benar-benar keluar dari
sel, maka pemecahan sel dilakukan pula secara kimiawi yaitu dengan pemberian
buffer lisis yang terdiri dari lisozim, EDTA, tris-HCl, dan SDS
(deterjen).Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan yang
disebabkan oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia yang mampu
merusak membrane ataupun dinding sel antara lain lisozim yang mampu
mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga kekakuan sel tidak lagi dapat
terjaga. Selain itu, ada pula senyawa EDTA (etilendiamintetraasetat) yang
berfungsi untuk menghilangkan ion Mg
2+
yang penting untuk mempertahankan
struktur selubung sel serta menghambat enzim yang dapat merusak
DNA.sedangkan Sisi hidrofilik deterjen yang terkandung pada larutan buffer lisis
akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen
akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa
lipid protein- deterjen kompleks. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar
yang menyatukan membran sel, sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis.
Program Studi D3 Analis Kimia
Politeknik Negeri Bandung
Bioteknologi 15
2. Pemisahan debris sel dengan larutan DNA
Pemisahan debris sel dengan larutan DNA ini dilakukan dengan cara
sentrifugasi sehingga larutan yang kaya akan DNA dapat terpisah dari sisa-sisa sel
dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. Sedangkan
supernatan yang dihasilkan ditambah fenol-kloroform dengan perbandingan 25:24
untuk mengekstraksi DNA dari kontaminandansebagai pendenaturasi protein..
Fenol berfungsi untuk membersihkan supernatan dari protein yang masih ada
karena Fenol merupakan pelarut organik yang dapat melarutkan protein, lipid dan
molekul lain seperti polisakarida sehingga diharapkan akan didapatkan supernatan
yang berisi DNA bebas kontaminan. Dalam proses ini sebagian kecil RNA juga
dapat dibersihkan. Sedangkan kloroform digunakan untuk membersihkan sisa-sisa
protein dan polisakarida dari larutan. Proses sentrifugasi dengan kecepatan tinggi
( 13.000 rpm ) selama 10 menit akan mengendapkan tepung berwarna putih
(DNA) dan menempel di dasar tabung ependorf.
3. Presipitasi DNA
Presipitasi DNA dapat dilakukan dengan penambahan etanol absolut pada
supernatan.Ethanol absolute berfungsi untuk mengendapkan DNA dan
memisahkan genom dari garam-garam mineral serta menghilangkan fenol-
klorofrm yang masih ada. Sebab apabila fenol-kloroform masih berada di dalam
sampel maka dikhawatirkan dapat menghambat reaksi enzimatis yakni kerja
enzim-enzim restriksi atau enzim lain yang digunakan untuk analisis molekuler.
Kemudian dilakukan inkubasi untuk optimalisasi presipitasi, setelah inkubasi
dilakukan kembali sentrifuga dengan kecepatan 13.000 rpm pada suhu 4
0
C selama
10 menit dan didapatkan kembali endapan pada tabung ependorf. Untuk
mendapatkan endapan DNA yang lebih banyak, maka ditambahkan etanol 70 %
dan di sentrifuga kembali.
4. Rehidrasi DNA
Setelah pelet yang dihasilkan sudah dirasa cukup banyak, kemudian
supernatan dibuang, sedangkan pelet dikeringkan dalam inkubasi dengan suhu
57
0
C. Setelah kering, barulah DNA dapat direhidrasi dengan menggunakan bufr
TE (pH 7,6) dan diinkubasi pada suhu 37
0
C selama 2 jam untuk memperoleh
DNA terlarut.
Program Studi D3 Analis Kimia
Politeknik Negeri Bandung
Bioteknologi 16
5. Spektrofotometri
Setelah dilakukan rehidrasi DNA , kemudian dilakukan pengukuran terhadap
kemurnian dan konsentrasi DNA dengan dilakukan cek kuantitas dan
kualitas untuk melihat konsentrasi dan kemurniannya dengan menggunakan
spektrofotometer Shimadzu UV-Vis pada OD
260
dan OD
280
. Pengukuran
konsentrasi DNA dengan spektrofotometer dilakukan pada panjang
gelombang 260 nm, sedangkan protein diukur pada panjang gelombang 280.
Kemurnian larutan DNA dapat dihitung melalui perbandingan A
260
nm
dengan A
280
nm. Absorbansi pada panjang gelombang 260 nm adalah 0,490,
kemudian absorbansi pada panjang gelombang 280 nm adalah 0,401. Sehingga
dengan menggunakan rumus, dapat diperoleh konsentrasi DNA sebesar 24,5
DNA/ml dan konsentrasi RNA sebesar 19,6 RNA/ml. Dan kemurnian larutan
DNA sebesar 1,22. Sampel DNA yang murni memiliki rasio 260/280 nm sebesar
1,8-1,9. Karena rasio yang kita peroleh di bawah 1,8 berarti ada ketidakmurnian
yang signifikan yang masih tertinggal di dalam sampel.
Program Studi D3 Analis Kimia
Politeknik Negeri Bandung
Bioteknologi 17
BAB VI
PENUTUP
6.1. Kesimpulan
DNA dan RNA dapat diukur pada panjang gelombang 260 nm. Dengan
hasil absorbansinya yaitu 0.490 dan pada panjang gelombang 280 nm hasil
absorbansinya yaitu 0,401
Konsentrasi DNA yang dihasilkan ialah sebesar 24,5 DNA/ml dengan rasio
kemurniannya 1,22
Konsentrasi RNA yang dihasilkan ialah sebesar 19,6 RNA/ml
6.2. Saran
Program Studi D3 Analis Kimia
Politeknik Negeri Bandung
Bioteknologi 18
DAFTAR PUSTAKA
Agustian, Andreas.2008.Karakterisasi Variasi.www.lontar.ui.ac.id[30 Maret
2014]
Anonim.2009.Praktikum Isolasi DNA Buah
Tomat.http://endikdenibiotransmitther.blogspot.com/2009/01/praktikum-
isolasi-dna-buah-tomat-dan.html[1April 2014]
Anonim. 2014.Biomolekular.
http://www.academia.edu/4414022/biomolekular[1April 2014]
Chinica,Marina.2001.Ekstraksi DNA Rumput Laut dengan Metode Fenol
Kloroform.www.journal.unhas.ac.id [30 Maret 2014]
Wikipedia. 2013. Rekayasa Genetika.
http://id.wikipedia.org/wiki/Rekayasa_genetika[30Maret 2014]
Wikipedia.2013. Asam
Deoksiribonukleat.http://id.wikipedia.org/wiki/Asam_deoksiribonukleat[1
April 2014]