LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA

DAN PEMULIAAN TANAMAN

RUSWAN
E28120013

PROGRAM STUDI AGROKTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS TADULAKO
PALU
2021
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena atas berkat rahmat

dan hidayah-Nya penyusun dapat menyelesaikan laporan lengkap praktikum

Genetetika Dan Pemuliaan Tanaman dengan baik dan tepat waktu. Pertama-

tama penyusun mengucapkan terima kasih kepada kedua orang tua dan keluarga

yang telah memberikan dorongan dan dukungan serta doa dari mereka sehingga

penyusun tetap semangat dan bekerja keras dalam menyelesaikan laporan

lengkap praktikum Genetika Dan Pemuliaan Tanaman ini.

Palu, desember 2021

Ruswan
 I. PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Deoxyribosa Nucleic Acid (DNA) adalah asam nukleat yang mengandung

materi genetic yang berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh

bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria

dan kloroplas. Perbedaan diantara ketiganya adalah DNA nukleus berbetuk

linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA

mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan

protein histon. Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas,

yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal darigaris ibu. Hal ini sangat

berbeda dengan DNA nucleus yang memilki pola pewarisan sifat dari kedua

orang tua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot berbeda dengan

struktur DNA eukariot. DNA prokariot berbentuk linear dan memiliki protein

histon.

Isolasi DNA merupakan langkah dalam mempelajari DNA. Salah satu

prinsip DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk

memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul

yang mempunyai berat molekul besar akan berada dibagian bawah tabung

dan molekul ringan akan berada dibagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan

menunjukan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu sepermatan pada atas dan

pellet pada bagian bawah ( Campbell, 2002).

 Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan

lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA

ada tiga yakni penghancuran (lisis), ekstraksi atau pemisahan DNA dari

bahan padat selulosa dan protein, serta pemurnian DNA ( Donata, 2007).

I.2 Tujuan Praktikum

Tujuan praktikum ini adalah untuk memberi keterampilan mengenai cara

sederhana mengisolasi DNA bawang merah.

I.3 Manfaat

Manfaatnya yaitu untuk memebrikan pemahaman terhadap cara sederhana

dalam mengekstrak atau mengisolasi DNA serta untuk memberikan informasi

mengenai bentuk dari DNA tersebut.

 II. TINJAUAN PUSTAKA

II.1 Definisi Isolasi DNA

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada

(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan hemogenasi dan penambahan

buffer ekstraksi atau bufferlisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).

Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian terbesar dari

DNA berada pada nukleus yaitu organelyang dipisahkan dari sitoplasma

dengan membrane. Nukleus terdiri dari 90% keseluruhan DNA seluler. Sisa

DNA adalah organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Karena DNA

terdapat pada nukleus, maka perlu adanya metode pelisisan sel sampai

pemanenan sel. Dimana metode tersebut merupakan bagian metode isolasi

DNA (Elrod, 2007).

DNA dari sel prokariot maupun sel eukariot padat diperoleh dengan cara

mengisolasi DNA yang terdapat di dalam sel. Isolasi DNA adalah teknik yang

dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat lain di dalam sel. Fungsi dari

pengisolasian DNA adalah mendapatkan DNA murni dari dalam sel yang

akan digunakan untuk penganalisian genotype suatu organisme (Asris, 2010).

II.2 Macam-Macam Metode Isolasi DNA

II.2.1 Teknik Random Amplifed Polymorphic DNA

Teknik pengujian polimorfisme DNA berdasarkan pada amplifikasi

dari segmen-segmen DNA acak yang menggunakan primer tunggal yang

sekuen nukleotidanya ditentukan secara acak. Primer tunggal ini biasanya

berukuran 10 basa. PCR dilakukan pada suhu annealing yang rendah yang

memungkinkan primer menempel pada beberapa lokus pada DNA. Aturan

sederhana untuk primer adalah terdiri atas 18-28 susunan basa dengan

persentase G+C 50-6-% (Subandiyah, 2006).

II.2.2 Metode CTAB

Menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan

DNA dari polisakarida karena adanya perbedaan karakteristik kelarutan

(differensial of solubility). Disamping diperoleh fragmen DNA, dengan

metode CTAB juga akan diperoleh RNA dengan pita tipis yang terletak jauh

berada dibawah pita DNA. Keberadaan pita RNA tergantung bahan yang

diekstraksi (Prasetyo, 2008).

II.2.3 Fenol-Chlorofrom

Menggunakan senyawa Phenol-cholorofrom-isoamyl alcohol. Metode

standard untuk ekstraksi DNA, akhir-akhir ini ditinggalkan,karena sifat toksin

phenol.

II.2.4 Salting Out

Menggunakan Garam konsentrasi tinggi (NaCl 6 M), untuk

mendenaturisasi protein menggunakan proteinase K untuk denaturasi protein.

II.2.5 Guanidine Isothiocyanate

Metode ini lebih cepat disbanding dua metode sebelumnya,

Thiocyanate bersifat toksik, untuk lisis dinding sel, memerlukan chloroform

untuk denaturasi protein.

II.2.6 Silica Gel

Silica gel dapat mengikat DNA dengan perantara garam/buffer tertentu

(Nal), cepat, tetapi recovery DNA kurang (Barnum, 2005).

II.2.7 PCR

Merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA

secara in vitro pada daerah spesifikyang dibatasi oleh dua buah primer

oligontukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang

diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannyakomplemen dengan

DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara

in vivo yang bersifat semo konservatif (Giri, 2004).

II.3 Tahap Isolasi

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA, hal ini

bertujuan untuk memisahkan DNA denag partikel lain yang tidak

diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak

menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel

dapat dilakukakan dengan memecahkan dinding sel , membrane plasma

danmembran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara

mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan

mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan

pemberian bahan yang dapat meruskan membrane sel dan membrane inti,

salah satunya adalah deterjen.(Anissa, 2014).

 Membrane sel pada setiap organisme dapat mengalami Kerusakan

yang disebabkan oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia

yang mampu merusak membrane ataupun dinding sel antara lain lizosim yang

mampu mempengaruhi primer mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga

kekakuan sel tidak lagi dapat terjaga . Selain itu ada pula senyawa EDITA atau

etilen diamin tetra asetat yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang

penting untuk mempertahankan struktur selubung sel serta menghambat enzim

yang dapat merusak DNA . Dalam proses isolasi DNA , deterjen berfungsi

menggantikan senyawa-senyawa kimia tersebut di atas. Deterjen mengandung

sodium dedesil sulfat yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada

membrane sel sehingga struktur membrane akan rusak dan meliliskan isi sel

(Anissa 2014).
 III. METODE PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum isolasi DNA ini ini dilaksanakan pada hari rabu, 22

desember 2021, mulai pukul 10.00-12.00 WITA, dan bertempat di ruang

laboratorium Bioteknologi, fakultas pertanian, Universitas Tadulako, Palu.

3.2 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah cawan petri, gelas

kimia, tatakan kaca atau plastikan, saringan the, pisau , sendok the, pembakar

Bunsen atau hot plate, kaki tiga, batang pengaduk, blender, pipet skala, dan

karet pengisap.

Bahan yang digunakan dalam praktikum ekstrasi DNA adalah bawang

merah, Aquades, garam Nacl, detergen cair dan etanol 70%.

3.3 Cara kerja

Terlebih dahulu bawang merah dipotong dan dimasukan di dalam

blender , lalu dimasukan 20 ml aquadeskedalam gelas kimia, ditambahkan 1,5

sendok the garam, dan aduk rata. Tambahkan dua sendok the detergen cair lalu

di aduk rata. Kemudian larutan tersebut dimasukan kedalam blender , setelah

itu dihaluskan selama 5 menit , lalu di pindahkan larutan kedalam gelas kimia

yang baru. Panaskan 1-2 menit lalu dipindahkan larutan kedalam gelas kimia

yang baru, panaskan 1-2 menit sambil terus di aduk. Lalu saring larutan,

tamping filtratnya pada gelas kimia yang bersih. Kemudian tuang etanol
kedalam cawan petri, teteskan sekitar 5 ml filtrate menggunakan pipet skala

lalu beberapa waktu kemudian, sampel DNA bawang merah akan terlihat

seperti lender di tas permukaan cawan.

 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil

Gambar 1. Hasil DNA bawang merah (allium cepa)

4.2 Pembahasan

Dari hasil yang diatas , diketahui bahwa DNA dari umbi bawang merah

terlihat dengan jelas. Hal ini karena bawang merah yang memiliki sedikit

pati. Sesuai dengan puspita (2013), mengatakan penggunaan bawang merah

di karenakan bawang merah memiliki sedikit pati, sehingga DNA akan

terlihat lebih jelas. Pada pengisolasian terhadap DNA bawang merah ,

dilakukan melalui beberapa tahap, yaitu perusakan dinding sel , pelarutan

yang disusul dengan koagulasi protein dan komponen-komponen sel lainnya,

pemisahan DNA dengan komponen- komponen lain dan presepitasi DNA

dengan alcohol.
 DAFTAR PUSTAKA

Abdurrahman, Deden.,dkk 2008.biologi kelompok pertanian.Grafindo medis

pratama ,Bandung

Adithya, Rahmat.2010. pengamatan siklus hidup drosophila melanogaster,

Universitas islam negri alaudin, makasar.

Birawata, Sungging. 2015. Penyimpangan hokum mendel.

Universitas jendral Soedirman, purwokerto.

Diana putri, 2013. Imitasi perbandingan genetis menurut

mendel. Universitas Negeri Jakarta.

Iqbal, Muhammad.2007 pengamatan kromosom raksasa pada

drosophilamelanogaster Diakses pada tanggal 28 november
2019.

Khurniawati, Fatimah. 2017. Percobaan 1 imitasi perbandingan

genetika. Universitas Hasanudin, departemen biologi,
makasar.

Puspita p,.2013 isolasi DNA kromosom. Institute

pertanian Bogor. Bogor. Setyawati , inda. 2013. Isolasi

DNA kromosom bawang merah Institute
pertanian
bogor.

Suryo 2011, genetika manusia . gajah mada university. Yogyakarta.

LAMPIRAN
Gambar 1. Bahan

Gambar 2 cara kerja

Gambar 3. Cara kerja

Gambar 4. Proses memblender

Gambar 5. Proses memanaskan