PENDAHULUAN
I.2 Tujuan
1. Melatih praktikan untuk dapat cara mengekstraksi DNA secara sederhana.
2. Melatih praktikan untuk dapat melihat presipitasi DNA dari hasil ekstraksi.
3. Melatih praktikan untuk dapat melakukan analisa hasil ekstraksi DNA
I.3 Manfaat
1. Mahasiswa mampu melakukan ekstraksi DNA dari berbagai macam sampel.
2. Mahasiswa mampu melakukan analisa terhadap hasil ekstraksi DNA.
II. TINJAUAN PUSTAKA
II.1 DNA
DNA adalah polimer dari nukleotida-nukleotida. Nukleotida-nukleotida dalam
DNA dihubungkan satu dengan yang lainnya oleh ikatan fosfodiester, yaitu ikatan
yang terjadi antara Carbon katida dari satu nukleotida terdiri dari sebuah gula
pantosa (deoksiribosa), satu buah fosfat dan satu basa nitrogen. Basa nitrogen
tersebut berikatan dengan carbon pertama dari gula deoksiribosa, sedangkan
fosfat berikatan dengan Carbon kelima dari gula yang sama. Basa nitrogen yang
menyusun nukleotida dikelompokan menjadi 2 yaitu: ¾ Purine, yaitu basa
nitrogen yang strukturnya berupa dua cincin. Termasuk diantaranya adalah :
adenin dan guanin. ¾ Pirimidin, yaitu basa nitrogen yang strukturnya berupa satu
cincin. Termasuk diantaranya adalah : citosin dan timin (Priyani, 2004).
DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuan Swiss
Friedrich Miescher, di Tubingen, Jerman yang menamainya DNA
nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian
terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20, bersamaan
dengan ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua
molekul yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan
teori tersebut. Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA
sebagai materi genetik. Dalam penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya, ekstrak
dari sel bakteri yang satu gagal men-transform sel bakteri lainnya kecuali jika
DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh. Eksperimen yang
dilakukan Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama dengan
menggunakan pencari jejak radioaktif (Priyani, 2004).
Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam
ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di
dalam semua sel. Asam nukleat merupakan molekul makro yang memberi
keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik sama
seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu karena asam
nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer yang
disebut nukleotida (Kusuma, 2010).
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) merupakan suatu makromolekul beruntai
ganda dan berbentuk heliks dengan basa yang menonjol ke bagian dalam molekul
tersebut. Basa nitrogen DNA terdiri atas adenin, timin, sitosin dan guanin. Adenin
selalu berikatan dengan timin dan sitosin dengan guanian, urutan nukleotida
kedua untai bersifat komplementer. Untaian yang satu merupakan cetakan
pembentuk untaian yang lain (Kusuma, 2010).
II.4 Elektroforesis
Elektroforesis merupakan proses migrasi molekul bermuatan dalam medium
yang dialiri arus listrik. Prinsip dasar elektroforesis adalah molekul dan partikel
bermuatan akan bergerak ke arah elektrode yang memiliki muatan berlawanan di
bawah pengaruh medan listrik. Laju migrasi molekul bermuatan tersebut menuju
elektrode yang bermuatan negatif disebut elektromobilitas. Elektromobilitas suatu
molekul dipengaruhi oleh beberapa faktor, semakin besar muatan molekul maka
semakin besar pula elektromobilitasnya, nilai elektromobilitas berbanding terbalik
dengan besar ukuran molekul sehingga molekul dengan ukuran lebih besar
memiliki elektromobilitas yang lebih kecil bila dibandingkan dengan molekul
yang berukuran lebih kecil. Selain besar muatan dan ukuran molekul tersebut,
topologi atau bentuk molekul turut berpengaruh pula terhadap elektromobilitas
suatu molekul. Elektroforesis DNA umumnya menggunakan metode
elektroforesis gel agarosa (Giri, 2004).
Metode elektroforesis tersebut pada prinsipnya melibatkan fase stasioner yang
berupa gel agarosa dan fase gerak berupa buffer Tris-acetate EDTA (TAE) atau
Tris-borat EDTA (TBE). TBE (Tris-borat EDTA) 1X, Tris/Borat merupakan
buffer yang umum digunakan sebagai buffer elektroforesis karena memiliki
kapasitas buffering yang tinggi pada titik isoelektriknya. Borat bertindak sebagai
conducting ion sehingga dapat mempertahankan kesetimbangan ion H+ dan OH-
yang dihasilkan oleh elektrode, hal ini berhubungan dengan fungsi buffer dalam
menjaga kesetimbangan pH saat migrasi fragmen DNA berlangsung, perubahan
pH dapat mendenaturasi struktur DNA sehingga merubah elektromobilitas DNA
(Giri, 2004).
Elektroforesis merupakan suatu teknik analisis penting dan sangat sering
dipakai dalam bidang Biokimia dan Biologi Molekular. Secara prinsip, teknik ini
mirip dengan kromatografi, memisahkan campuran bahan-bahan berdasarkan
perbedaan sifatnya. Dalam elektroforesis gel, pemisahan dilakukan terhadap
campuran bahan dengan muatan listrik yang berbeda-beda (menggunakan prinsip
dalam elektroforesis) (Jean, 2010).
Secara teknis, elektroforesis merupakan istilah yang diberikan untuk migrasi
partikel yang bermuatan akibat diberikan arus listrik searah atau DC (Direct
Current). Umumnya teknik dari cikal- bakal elektroforesis digunakan untuk
menentukan muatan dari suatu koloid. Teknik elektroforesis ditentukan oleh ciri
molekular ionik dan adanya muatan sebagai sifat fisik. Arah dan laju pergerakan
tergantung pada spot dan intensitas muatan ionik. Buffer elektroda digunakan
untuk konduktor arus dengan menjadi jembatan konduksi diantara dua elektroda
sehingga memungkinkan terjadinya aliran medan listrik (Jean, 2010).
4 UV Visualisasi DNA
Transluminator
III.2.2 Bahan
IV.1 Hasil
IV.1.1 Ekstraksi DNA
V.2Saran
1. Pada Praktikum selanjutnya diharapkan untuk lebih berhati-hati pada setiap
langkah dalam praktikum sehingga meminimalisir terjadinya kegagalan.