LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

“ISOLASI DNA”

Disusun oleh:
Nama : Muhammad Habib Al Ansyori
NIM : 225040200113004
Kelas :B
Asisten : Aditya Fadlani

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
KEDIRI
2023
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Asam nukleat merupakan salah satu senyawa penting dalam
kehidupan semuaorganisme karena sebagai pembawa informasi genetik
yang dibutuhkan oleh sel.Asam nuklaet sendiri merupakan makromolekuul
biokimia yang kompleks,berbobot molekul tinggi dan tersusu atas
nukleotida yang mengandung informasigenetik. Dan terdapat komponen
penting dalam asam nukleat yaitu asamdeoksiribonukleat
ataudeoxyribonukleic acid(DNA) dan asam ribonuklat atauribonucleic
acid(RNA). DNA merupakan penyusun gen pada kromoson di dalamint
sel, terdapat suatu teknik yang dilakukan untuk mengidentifikasi DNA
yangterdapat pada suatu senyawa disebut dengan isolasi DNA. Isolasi
DNA yaitumetode atau teknik yang digunakan untuk mendapatkan DNA
secara utuh tanpaadanya material lain seperti RNA dan organel lainnya.
Dan dalam suatu DNAterdapat komponen penyusun terdiri atas gula
pentosa deoksiribosa, gugus fosfat,dan basa nitrogen terdiri atas purin
terbagi lagi menjadi guanin (G) dan adenin (A),dan pirimidin yang terbagi
menjadi timin (T) dan sitosin (S). Dalam tahapan isolasiDNA terdapat
berbagai tahapan yang perlu dilakukan untuk mendapatkan DNAsecara
murni seperti lisis, ekstraksi, purifikasi, sentifugasi, dan presipitasi.
Senyawaasam nuklaet baik DNA maupun RNA keduanya terdapat dalam
semua sel danmemiliki peranan yang penting dalam sel seperti dalam
biosintesis protein.
1.2 Tujuan
Tujuan dari dilakukannya praktikum kali ini adalah untuk lebih
mengetahuiterkait materi genetik mulai dari definisi asam nukleat dan
definisi isolasi DNA,serta struktur DNA. Selain itu juga untuk mengetahui
tahapan dari isolasi DNA,dan manfaat isolasi DNA dalam bidang
pertanian.
1.3 Manfaat
1. Dapat mengetahui definisi Asam Nukleat.
2. Dapat mengetahui isolasi DNA.
3. Dapat mengetahui struktur DNA beserta fungsinya.
4. Dapat mengetahui tahapan isolasi DNA.
5. Dapat mengetahui manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian.
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Definisi Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan biopolimer yang berbobot molekul tinggi dengan
unit monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel
hidup dan bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetik, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas
bagi masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya
deoksiribonukleotida disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika
terdiridari unit-unit ribonukleaotida disebut asam ribonukleaotida (RNA)
(Rahmadina, 2019).
Asam nukleat atau yang memiliki nama lain polinukleotida merupakan salah
satu senyawa (mengandung RNA) pembentuk sel dan jaringan normal yang
berupa rantai polimer berbobot molekul tinggi yang memiliki fungsi khusus
yaitu, menyimpan informasi genetik dan meneruskannya kepada keturunannya
(Suharsono, 2018).
Nucleic acids are the main information-carrying molecules of the cell, and by
directing the process of protein synthesis, they determine the inherited
characteristics of every living this. The two main classes of nucleic acids are
deoxyribonucleic acid (DNA) and ribonucleic acid (RNA) (Roberts, 2021).
“Asam nukleat adalah molekul pembawa informasi utama dari sel, dan dengan
mengarahkan proses sintesis protein, mereka menentukan ciri-ciri yang
diwariskan dari setiap makhluk hidup. Dua kelas utama asam nukleat adalah
asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA).”
2.2 Definisi Isolasi DNA
Isolasi DNA merupakan teknik dasar dari bioteknologi dan biomolekular yang
dilakukan di laboratorium yang bertujuan untuk memisahkan DNA dari
partikelpartikel lainnya seperti lipid, protein, polisakarida, dan zat-zat lainnya
sehingga hanya didapatkan DNA murni. Isolasi DNA juga berguna untuk
beberapa analisis molekuler dan rekayasa genetic seperti genom editing,
transformasi dan PCR (Hariyadi et al, 2018).
DNA isolation is one of a series of methods that must be carried out on the
basic techniques of Molecular Biology Analysis. Especially PCR-based
 molecular marking techniques. Many ways are done in DNA isolation. DNA
isolation methods generally include three steps: destruction, precipitation,
and purification. Simple DNA isolation is done with detergents, and alcohol
groups, which are commonly available in the laboratory (Rachmawati, 2018).
“Isolasi DNA merupakan salah satu rangkaian metode yang harus dilakukan
pada teknik dasar Analisis Biologi Molekuler. Terutama teknik penandaan
molekuler berbasis PCR. Banyak cara dilakukan dalam isolasi DNA. Secara
umum metode isolasi DNA meliputi tiga tahap yaitu destruksi, pengendapan,
dan pemurnian. Isolasi DNA sederhana dilakukan dengan deterjen, golongan
alkohol, yang umumnya tersedia di laboratorium.”
2.3 Struktur DNA Beserta Fungsinya
Secara umum struktur DNA mempunyai bagian yang disebut gen struktural
yaitu rangkaian nukleotida yang menyusun spesifikasi urutan asam amino
pada polipeptida. Gen tersebut diasosiasikan dengan unsur pengendali yang
terlihat dalam pengaturan transkripsi yaitu urutan promoter dan terminator.
Unsur pengendali tambahan adalah operator, yang biasanya berasosiasi
dengan operon. Gugus gula pada posisi 5’ suatu nukleotida dapat mengikat
gugus fosfat melalui ikatan ester membentuk suatu nukleotida, dimana
nukleotida utama DNA adalah dAMP, dGMP, dTMP dan dCMP. Gugus fosfat
satu nukleotida dapat berikatan ester dengan gugus hidroksil nukleotida lain
melalui ikatan kovalen 3’-5’ untuk membentuk molekul rantai panjang yang
dikenal dengan polinukleotida DNA (Asphama, 2014).
Sedangkan, struktur DNA menurut Rosana (2019), antara lain terdiri atas:
Gula pentose, dimana molekul gula yang menyusun DNA adalah sebuah
pentose yaitu deoksiribosa. Asam phospat dan basa nitrogen, terdiri atas dua
tipe yang dapat dibedakan menjadi purin dan pirimidin. A. Purin, merupakan
basa yang dapat dibedakan lagi menjadi adenine (A) dan guanine (G). B.
Piramidin, merupakan basa yang dibedakan lagi menjadi sitosin (S) dan timin
(T).
2.4 Tahapan Isolasi DNA
Secara umum tahapan isolasi DNA adalah sebagai berikut:
 1. Lisis: bertujuan untuk mengeluarkan isi sel melalui penghancuran sel atau
jaringan. Teknik atau cara yang dapat diguankan yaitu dengan menggerus
lcohol ant mortar dan pistil dengan nitrogen cair (secara mekanis).
Secara kimiawi, dapat Menggunakan larutan kimia seperti detergen.
2. Sentrifugasi 1: memisahkan hasil lisis dari DNA dengan kecepatan
tertentu. Saat dilakukan sentrifugasu akan terbentuk lapisan pada larutan.
Pada lapisan atas ( lcohol ant) terdapat DNA karena bersifat ringan dan
lapisan bawah terbentuk padatan hasil dari lisis
3. Ekstraksi: untuk memisahkan senyawa DNA dari protein, lipid dengan
cara pengocokan. Selain itu, umumnya digunakan bahan seperti EDTA
dalam menginaktivasi enzim nuclease.
4. Purifikasi: proses pemurnian DNA dari kontaminan (seperti senyawa
sekunder, polisakarida, RNA, dan protein) atau materi selain DNA. Bahan
yang digunakan yaitu kloroform isoamilalkohol, asam asetat, dam enzim
RNAse.
5. Sentrifugasi 2: prinsipnya sama seprti sentrifugasi 1, yaitu memisahkan
hasil lisis dari DNA dengan kecepatan tertentu. Saat dilakukan
sentrifugasu akan terbentuk lapisan pada larutan. Sentrifugasi 2 ditujukan
untuk mendapatkan DNA dengan jumlah kontaminan yang lebih sedikit
dibandingkan proses sebelumnya.
6. Presipitasi: mengendapnya DNA karena terkondensasi polimernya oleh
lcohol atau isopropanol dingin.
2.5 Manfaat Isolasi DNA Dalam Bidang Pertanian
Manfaat dari isolasi DNA dalam bidang pertanian yaitu dapat membantu dan
mendukung pertanian lebih baik dan lebih maju. Dimana pada saat ini dunia
pertanian telah dihadapkan dengan tuntutan untuk mampu menghasilkan
varietas unggul yang tidak hanya dalam berproduksi tinggi namun juga harus
tahan terhadap cekaman abiotik seperti cuaca ekstrem serta cekaman biotik
seperti serangan hama dan penyakit. Maka kegiatan pemuliaan tanaman dalam
menghasilkan varietas unggul baru dapat menjadi salah satu solusi dari
permasalahan tersebut, dan salah satu kegiatan yang dapat mendukung dari
proses pemuliaan tanaman yaitu teknik pengisolasian DNA atau biasa dikenal
dengan ekstraksi DNA.
Oleh karena itu, harapannya isolasi DNA dapat berkontribusi untuk
meningkatkan kegiatan pertanian. Pada teknik rekayasa genetika ini
melibatkan suatu proses dimana DNA dipindahkan dari suatu organisme ke
organisme lain dengan maksud dan tujuan tertentu. Melalui isolasi DNA ini
dapat memperoleh DNA murni, maksudnya adalah tanpa protein maupun
RNA dari suatu sel dalam jaringan (Nugroho et al., 2019). DNA murni yang
diperoleh tersebut dapat digunakan sebagai bahan pengayaan pokok bahasan
sel yaitu DNA yang berada di sel tumbuhan maupun hewan, sebagai kajian
genetika bahwa gen merupakan bagian dari DNA yang berfungsi untuk
mengontrol perkembangan fisik maupun perilaku dari setiap makhluk hidup,
sebagai kajian bioteknologi yang jika dikaji lebih lanjut, maka salah satu
kemanfaatannya yaitu sebagai tanaman transgenik (Hapsari 2015).
BAB III METODOLOGI
3.1 Alat dan Bahan
Alat dan Bahan Fungsi
Mortar dan pestle Penghalus bahan
Gelas ukur Untuk mengukur larutan
Beakerbalss Sebagai tempat atau wadah larutan
Pipet Untuk mengambil larutan dalam jumlah sedikit
Saringan Untuk menyaring larutan
Tabung reaksi Sebagai wadah reaksi
Tomat Objek pengamatan
Garam Untuk memisahkan larutan dari kotoran
Detergen Untuk melisis
Alkohol 90% Untuk merepitisi

3.2 Cara Kerja

Menimbang tomat Haluskan tomat

Siapkan alat dan
sebnyak 5 g menggunakan mortar
bahan
sebanyak 3 kali dan pistil

Tambahkan tomat
dengan aquades
Timbang garam 0,5 g
sebnayak 50 mldan Tandai dengan satu kali, garam 1 g
lakukan pada masing- perlakuan A, B, C dua kali, detergen
masing ulangan dan 0,5 g satu kali, dan
dihomogenkan detergen 1 g dua kali

Komposisi bahan A Campurkan komposisi Menyaring perlakuan

(0,5 g garam : 1 g bahan A ke dalam gelas A dan masukkan ke
detergen), B (1 g A dan dihomogenkan,
garam : 1 g detergen), lakukan hal yang sama wadah lain, lakukan
C (1 g garam : 0,5 g pada perlakuan B dan hal yang sama pada
detergen) C perlakuan B dan C

Mengambil 2,5 ml
Mengambil 5 ml
larutan dan
alkohol dan
masukkan ke dalam Amati hasil
masukkan ke dalam
tabung reaksi pada praktikum
masing-masing
perlakuan A, B, dan
tabung reaksi
C
3.3 Analisa Perlakuan
Langkah awal yang dilakukan dalam kegiatan praktikum kali ini adalah
sebelum dimulai kegiatan praktikum ini ada baiknya mempersiapkan alat dan
bahan yang dibutuhkan terlebih dahulu. Kemudian menimbang tomat yang
telah disiapkan sebelumnya sebanyak 5 gr dengan pengulangan sebanyak 3
kali. Setelah itu setiap tomat tersebut dihaluskan dengan menggunakan mortar
dan pistil, lalu tambahkan aquades sebanyak 50 gr untuk masing-masing
tomat, dan homogenkan. Selanjutnya tandai gelas yang telah berisi larutan
brokoli tersebut dengan perlakuan A, B, C.
Langkah selanjutnya, timbang garam 0,5 gr sebanyak satu kali ulangan dan 1
gr sebanyak dua kali ulangan, kemudian timbang juga deterjen 0,5 gr
sebanyak satu kali ulangan dan 1 gr sebanyak dua kali ulangan. Sehingga
didapatkan komposisi bahan yaitu A (0,5 gr garam : 1 gr deterjen), B (1 gr
garam : 1 gr deterjen), dan C (1 gr garam : 0,5 gr deterjen). Kemudian
campurkan komposisi bahan A ke dalam gelas A lalu homogenkan, lakukan
hal yang sama pada perlakuan B dan juga C. Selanjutnya saring perlakukan A
lalu masukkan ke wadah lain dan lakukan hal yang sama juga pada perlakuan
B dan C. Ambil 2,5 ml larutan dan masukkan ke dalam tabung reaksi pada
perlakuan A, B, dan C. Juga ambil 5 ml alkohol dan masukkan ke dalam
tabung reaksi pada setap perlakuan. Selanjutnya amati hasil dari percobaan
dan jangan lupa untuk mencatat serta mendokumentasikan hasil yang telah
didapatkan
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil Pengamatan
Perlakuan Komposisi Bahan (Garam : Jumlah Gumpalan
Detergen)
A 0,5 g garam : 1 g detergen Sedang
B 1 g garam : 1 g detergen Banyak
C 1 g garam : 0,5 g detergen Sedikit

4.2 Pembahasan
4.2.1 Perlakuan A (0,5 g garam : 1 g detergen)
Pada perlakuan A dengan komposisi 0,5 g garam dan 1 gram deterjen.
Garam dan deterjen disini berfungsi untuk melubangi ataupun merusak sel
sehingga inti sel ( DNA ) bisa keluar yang akan membentuk gumpalan.
Kemudian garam dan deterjen tersebut akan dicampurkan kedalam larutan
tomat, dimana pada perlakuan ini menunjukkan deterjen lebih banyak
daripada garam sehingga didapatkan banyaknya gumpalan yang terjadi
yaitu sedang. Gumpalan yang terbentuk inilah yang menunjukkan
keberadaan DNA dalam larutan tersebut. Dimana hal ini dapat
disimpulkan karna prinsip daripada isolasi DNA sendiri adalah pemecahan
dinding sel atau membran sel, sehingga dengan lebih banyaknya deterjen
yang diberikan daripada garam akan didapatkan gumpalan DNA yang
banyak/sedang.
4.2.2 Perlakuan B (1 g garam : 1 g detergen)
Pada perlakuan B dengan komposi antara garam dan deterjen yang
diberikan sama banyak yakni masing-masing 1 g yang dicampurkan pada
larutan tomat sehingga didapatkan banyaknya gumpalan DNA dalam
jumlah yang banyak. Dapat disimpulkan bahwa komposisi garam dan
deterjen yang sama maka akan menunjukkan keberadaan DNA pada
larutan tersebut dengan jumlah yang banyak.
4.2.3 Perlakuan C (1 g garam : 0,5 g drtergen)

Dan yang terakhir, pada perlakuan C dengan besaran garam dan deterjen
yang diberikan pada larutan sebanyak 1 g garam dan 0,5 g deterjen yang
kemudian dicampurkan terhadap larutan tomat yang telah dipersiapkan
sehingga mendapatkan banyaknya gumpalan DNA yang paling sedikit
diantara semua perlakuan yang telah dilakukan.

Sehingga dapat diambil kesimpulan bahwa, Detergent bubuk dalam

praktikum isolasi DNA ini dapat merusak membran dan dinding sel
melalui ikatan yang dibentuk pada sisi hidrofobik (nonpolar) detergent
dengan protein dan juga lipid pada membran sel (hidrofobik dan hidrofilik)
yang membentuk senyawa lipid-protein-detergent kompleks
(Mardiyyaningsih, 2013). Sedangkan penggunaan garam pada praktikum
isolasi DNA ini mengandung ion Na+ yang mampu membentuk ikatan
dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA. Dimana saat ion Na+ garam
berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA nya akan berkumpul
mendadi gumpalan sehingga bisa diamati dan dianalisa (Hapsari, 2015).
BAB V PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan dan mengambil DNA dari sampel
biologis tertentu. Teknik yang digunakan dapat bervariasi tergantung pada
jenis sampel dan tujuan dari isolasi DNA tersebut.
Beberapa teknik umum yang digunakan dalam isolasi DNA adalah lisis sel,
pemurnian dan pembersihan DNA, serta analisis kuantitatif dan kualitatif.
Hasil akhir dari isolasi DNA adalah DNA yang dapat digunakan untuk
berbagai aplikasi seperti PCR, kloning, sekuen, dan lainnya.
5.2 Saran
Masih terdapat beberapa kesalahan dalam penyusunan laporan ini diharap
dapat menjadi koreksi untuk laporan berikutnya dan dengan adanya
praktikum ini mahasiswa dapat memahami isolasi DNA serta manfaatnya
dalam bidang pertanian.
 DAFTAR PUSTAKA

Asphama, A. I. (2014). Analisis Keragaman Genetik Spesies Kompleks Portunus

pelagicus (Linnaeus, 1758) di Perairan Barru Berdasarkan Karakter
Morfologi dan DNA (Doctoral dissertation, Tesis).
Hapsari, A. I. (2015). Isolasi DNA Tanaman Bayam (Amaranthus sp.) dan Ikan
Lele (Clarias sp.) Sebagai KAjian Dalam Biologi Molekuler. Didaktika,
23-30.
Hariyadi, S., Narulita, E., Rais, M. A. (2018). Perbandingan Metode Lisis
Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver
Tikus Putih (Rattus norvegicus). Proceeding Biology Education
Conference. Vol 15 (1): 689-692.
Mardiyyaningsih, A. 2013. Teknik Isolasi DNA Sel Hati Ayam Secara
Tradisional. Jurnal FMIPA.
Nugroho, K., Terryana, R., Reflinur, Lestari, P. (2019). Metode Ekstraksi DNA
Tanaman Tanpa Presipitasi Etanol untuk Kegiatan Polymerase Chain
Reaction (PCR). Jurnal Bioteknologi dan Biosains Indonesia. Vol 6 (1):
29- 38.
Rahmadina, R. (2019). Biokimia Dalam Kehidupan.
Roberts, R. J. (2021). Nucleic acid : Chemical Compound. Encyclopaedia
Britannica, Inc.
Rosana, D. (2019). Biofisika (Edisi 2) : Struktur dan Fungsi DNA dan RNA.
Tangerang Selatan: Universitas Terbuka.
Suharsono, H. (2018). Asam Urat Akibat Gangguan Metabolisme Asam Nukleat.
Denpasar: Universitas Udayana.
LAMPIRAN