LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ISOLASI DNA PADA BUAH

SEMESTER 116

Disusun oleh:
Garry Alexandro NIM 1308621017 Biologi B 2021

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI JAKARTA
2022
 BAB 1
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Sel mengandung 2 asam nukleat, yaitu DNA dan RNA. Umumnya
DNA ditemukan di dalam nukleus atau inti sel. Begitu juga dengan RNA
yang ditemukan di dalam nukleus juga ditemukan di dalam sitoplasma
sel, dan ribosom. DNA ada pada setiap mahkluk hidup karena sifatnya
penting yaitu pembawa informasi genetik didalamnya. Komponen
penyusun DNA adalah gula deoksiribosa, gugus fosfat, dan basa
nitrogen (adenin, guanin, timin, dan sitosin). Untai DNA terhubung
melalui ikatan hydrogen yang terbentuk diantara pasangan basa
nitrogen. Untaian tersebut tersusun dari rangkaian nukleotida yang
terhubung melalui ikatan fosfodiester (Nur’aini, 2019).
Semua organisme memiliki sifat-sifat yang ditentukan oleh gen-
gen yang dimilikinya. Gen itu sendiri adalah bagian urutan-urutan asam
nukleat yang terdapat pada DNA. Jika terdapat perubahan molekul DNA
maka akan menyebabkan organisme berevolusi dan beradaptasi
dengan lingkungannya yang baru. Perubahan tersebut terjadi melalui
du acara, yaitu mutasi dan pertukaran informasi genetik atau DNA
antar organisme sejenis melalui peristiwa reproduksi seksual
(Morihito, 2017).
Teknik isolasi DNA dapat dilakukan untuk mendapatkan DNA
murni pada setiap jaringan makhluk hidup. Teknik isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara tergantung dari tiap spesies mahkluk
hidupnya. Tiap tanaman atau buah dapat menimbulkan masalah dalam
melakukan pengambilan DNA. Salah satunya adalah karena adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat proses pemurnian DNA.
1.2 Tujuan
1. Mengetahui dan memahami tentang DNA dan fungsinya.
2. Mengisolasi dan memisahkan DNA buah secara sederhana.
3. Mengetahui dan memahami proses isolasi DNA pada buah.
4. Mengetahui dan memahami maksud dari tiap tahapan dalam isolasi
DNA pada buah.
5. Memahami dan mengidentifikasi DNA yang terisolasi.
 BAB 2
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Pengertian DNA
Asam nukleat di temukan pada nukleus (inti sel) pada setiap
makhluk hidup. Nama asam nukleat sendiri diberikan karena
ditemukan di dalam nukleus dan memiliki komponen gugus fosfat di
dalamnya (Ralf, 2008). Friedrich Miescher merupakan seseorang yang
menemukan inti sel dan berkaitan dengan asam nukleat. Beliau
meneliti sampel nanah yang berada pada pembalut luka, kemudian sel
tersebut dilarutkan dalam asam encer dan diperoleh inti sel yang
terikat pada sejumlah protein.
Asam nukleat merupakan suatu polimer nukleotida yang fungsi
atau perannya sebagai penyimpanan dan pemindahan informasi
genetik (polinukleotida). Selain itu asam nukleat juga berperan dalam
proses penurunan sifat dan pembentukan berbagai protein. Asam
nukleat dibagi menjadi dua jenis, yaitu DNA (deoxyribonucleic acid)
atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau asam
ribonukleat. Asam nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang
dibuat dari nukleotida. Jika nukleotida mengandung ribose, maka asam
nukleat akan menjadi RNA. Sedangkan jika nukleotida mengandung
deoksiribosa maka akan menjadi DNA. Pada asam nukleat terdapat 4
basa nitrogen yaitu 2 purin dan 2 pirimidin. Purin pada DNA atau RNA
selalu adenin dan guanin. Sedangkan pirimidin DNA atau RNA selalu
sitosin dan timin (Rahmadina, 2019). Nukleoprotein merupakan
senyawa gabungan antara protein dan asam nukleat. Molekul asam
nukleat sendiri merupakan polimer seperti protein yang unit
penyusunnya adalah nukleotida. ATP yang berfungsi sebagai pembawa
energi merupakan salah satu contoh nukleotida asam nukleat.
Seperti yang kita ketahui asam nukleat tersusun dari DNA dan
RNA. Asam Deoksiribosa nukleat (DNA) adalah asam nukleat yang
molekulnya terbentuk dari dua untai polinukelotida atau biasa disebut
dengan istilah untai ganda atau double helix. Nukleotida-nukleotida
pada setiap polinukleotida dihubungkan dengan ikatan phospodiester.
Nukleotida pada DNA mengandung 3 komponen penting yaitu,
basaheterosiklik, gugus fosfat, dan gula pentosa deoksiribosa.
Perubahan molekul DNA akan menyebabkan suatu organisme
berevolusi. Hal tersebut dapat terjadi dengan 2 cara yaitu, mutase dan
pertukaran informasi genetik. Menurut Morihito et al, 2017, kerusakan
DNA akan memicu terjadinya sel kanker. Hal tersebut dikarenakan
DNA yang rusak dapat menyebabkan mutasi di gen vital yang
mengontrol pembelahan sel. Akibatnya pembelahan sel menjadi tidak
terkendali dan memicu pertumbuhan sel kanker. Asam ribonukleat
 (RNA) adalah salah satu polimer yang terdiri atas molekul-molekul
ribonukleotida. Seperti DNA, asam ribonukleat ini terbentuk oleh
adanya ikatan antara atom C nomer 3 dengan atom C nomer 5 pada
molekul ribosa dengan perantaraan gugus fosfat.

2.2 Fungsi DNA

DNA ada pada setiap mahkluk hidup karena sifatnya penting
yaitu pembawa informasi genetik didalamnya. DNA berfungsi untuk
mengontrol sintesis protein melalui RNA. DNA juga merupakan nahan
kimia utama yang berfungsi sebagai penyusun gen yang menjadi unit
penurunan sifat (hereditas) dari induk kepada keturunannya. Sebagai
pengidentifikasi gen, penentu garis keturunan antara anak dengan
orangtuanya, penyampai informasi gen dari generasi ke generasi
selanjutnya, pengatur perkembangan dan proses metabolisme suatu
individu dan zarah tersendiri dalam kromosom merupakan fungsi lain
dari DNA (Suryo, 2010).
2.3 Isolasi DNA
DNA terletak di dalam sel sehingga ketika ingin mendapatkan
DNA dibutuhkan tahap khusus. Teknik pemurnian DNA secara biokimia
dilakukan untuk mengeluarkan DNA dari sel, yaitu dengan merusak
dinding sel. Terbukanya lapisan membran sel maka DNA dapat
dikeluarkan dan diendapkan dengan penambahan etanol
(Puspitaningrum, 2018).
Isolasi DNA dilakukan untuk mendapatkan DNA murni dari
suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk hidup tanpa adanya partikel
lain yang tidak diinginkan. Isolasi DNA merupakan salah satu tahap
penting untuk memperoleh informasi genetic dan analisis genetik.
Isolasi DNA harus dilakukan dengan hati-hati supaya tidak
menyebabkan kerusakan pada DNA. Pemecahan dinding sel dan
membrane sel adalah cara untuk mengeluarkan DNA. Pemecahan
tersebut dilakukan dengan cara mekanik, yaitu melumatkan buah.
Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan cara penambahan
sabun cuci piring sehingga menyebabkan dinding sel atau membran sel
rusak (Wahyuni, 2017).
Penambahan air berfungsi untuk mempercepat penghancuran
membran sel, Kemudian digunakan garam untuk mengekstraksi DNA.
Penambahan garam dapat memisahkan nuklear protein (khususnya
protein histon yang menggulung DNA) dan karbohidrat yang
terkandung dalam ekstrak. DNA bermuatan negatif karena gugus
fosfatnya berada di tulang punggung DNA. Garam yang memiliki unsur
Na bermuatan positif akan berikatan dengan gugus fosfat DNA sehingga
DNA bermuatan netral. Proses ini mempermudah pemekatan dan
pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA (Welsing et al,
2005).
Penambahan etanol dingin adalah untuk memisahkan DNA
dengan filtrat. DNA yang sudah netral ditambahkan larutan etanol agar
tidak berikatan dengan air. Hal tersebut dikarenakan oleh tingkat
kepolaran etanol yang lebih rendah daripada air. Jadi, DNA yang
awalnya bersifat mudah larut dalam air, setelah ditambahkan etanol
dan garam akan membentuk ikatan yang lebih stabil dan
mempresipitasikan DNA. Semakin dingin suhu etanol maka DNA yang
mengumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak (Kalumuck,
2000). Etanol memiliki densitas yang lebih kecil bila dibandingkan
dengan air sehingga etanol akan berada pada bagian atas dua lapisan
yang terpisah. Semua kotoran dan protein pada dua langkah pertama
akan bergerak ke arah bawah. Kemudian akan terlihat kumpulan
benang putih sebagai DNA yang terpresipitasi dari filtrat. DNA dapat
memisah dari larutan campuran karena DNA tidak larut dalam etanol
(Yulianti, 2016).
 BAB 3
METODOLOGI
3.1 Waktu dan Tempat Praktikum
Praktikum ini dilaksanakan pada hari Minggu, 27 Maret 2022.
Praktikum ini dilakukan di rumah salah satu anggota kelompok saya,
Tanjung Priuk, Jakarta Utara.
3.2 Cara Kerja
1. Larutan pelisis dibuat dengan cara mencampurkan aquades, sabun
pencuci piring, dan sejumput garam dalam gelas. Kemudian larutan
diaduk agar tercampur.
2. Buah dipotong atau dicincing dan dimasukkan ke dalam plastik.
3. Buah dihaluskan dengan menekan atau meremas plastik.
4. Ditambahkan larutan pelisis ke dalam plastik
5. Campuran tersebut disaring dengan menggunakan saringan hingga
ampas terpisah.
6. Dimasukkan filtrat buah ke dalam gelas.
7. Ditambahkan etanol dingin ke dalam gelas secara perlahan
menggunakan pipet tetes dengan dialirkan melalui dinding gelas.
8. Diamati hasil isolasi DNA yang mengapung pada permukaan.
9. DNA diambil dengan hati-hati menggunakan sumpit kayu dan
dipindahkan diatas plastik klip.
 BAB 4
HASIL & PEMBAHASAN
4.1 Hasil Pengamatan
Demikian hasil pengamatan praktikum isolasi DNA pada buah
yang telah dilakukan sebagai berikut:
Tabel 1. Hasil isolasi DNA pada buah

No Buah Hasil
Positif (+) Negatif (-) Banyak Sedikit
1 Alpukat ✓ ✓
2 Buah naga ✓ ✓
3 Pepaya ✓ ✓
4 Pisang ✓ ✓

4.2 Pembahasan
Bahan yang digunakan dalam isolasi DNA pada buah pada
praktikum ini adalah buah naga, alpukat, pisang, papaya, etanol dingin
70%, aquades, dan garam dapur. Isolasi DNA dilakukan dengan cara
mencampur cairan sabun cuci piring, air, dan garam sebagai
pembuatan larutan pelisis. Setelah itu buah yang dijadikan sampel di
potong. Kemudian buah dan cairan pelisis dimasukkan ke dalam plastik
klip. Setelah itu melumatkan buah yang bertujuan untuk
menghancurkan sel sehingga DNA dapat keluar. Selanjutnya campuran
buah dan cairan pelisis dikeluarkan sambal disaring untuk dimasukkan
ke dalam gelas plastik. Kemudian tambahkan etanol pada gelas plastik
yang sudah terdapat campuran buah dan larutan pelisis. Langkah
terakhir adalah mengambil DNA yang mengapung di permukaan
dengan sumpit kayu.
Larutan pelisis dan etanol dingin pada praktikum digunakan
yang tujuannya adalah untuk melisiskan dinding dan membran sel
pada buah sehingga DNA murni dengan mudahnya dapat terpresipitasi.
Adapun tujuan lainnya adalah untuk menonaktifkan enzim yang dapat
mendegradasi DNA dan memisahkan DNA dari protein serta molekul
kontaminan lainnya. Garam yang ada di dalam larutan pelisis juga
bertujuan untuk melarutkan DNA. Ion Na+ pada garam akan
membentuk ikatan negatif dengan kutub negatif fosfat DNA. Kutub
tersebut yang menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak
satu sama lain sehingga DNA akan terkumpul.
Hasil akhir praktikum dapat dilihat adanya tiga lapisan yang
terbentuk yang ada di dalam gelas. Terdapat lapisan larutan campuran,
etanol dingin, dan DNA yang mengapung di permukaan. DNA yang
terpresipitasi dipindahkan ke atas plastik klip supaya hasil isolasi DNA
dapat terlihat dengan jelas. Pada buah alpukat dan pisang hanya
menghasilkan sedikit DNA yang terpresipitasi. Sedangkan buah naga
dan papaya menghasilkan banyak DNA yang terpresipitasi.
 BAB 5
KESIMPULAN
DNA merupakan materi genetik yang diwarisi organisme dari orang
tuanya dan berfungsi sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan
struktur protein dan proses metabolisme. Untuk mendapatkan DNA murni
pada buah dibutuhkan teknik isolasi DNA. Isolasi DNA menggunakan bahan
berupa, garam, sabun cuci piring, air, dan etanol yang secara singkat berguna
untuk melisiskan dinding sel, pemisahan DNA, dan presipitasi DNA. DNA
terpresipitasi dengan tanda adanya gumpalan yang mengapung dipermukaan
larutan etanol. Pada praktikum buah pisang dan alpukat hanya menghasilkan
sedikit DNA yang terpresipitasi. Sedangkan buah naga dan papaya
menghasilkan banyak DNA yang terpresipitasi.
 DAFTAR PUSTAKA
Dahm, Ralf. (2008). Discovering DNA: Friedrich Miescher and The Early Years
of Nucleic Acid Research. Human Genetics.
Kalumuck, K. E. (2000). Human Body Explorations: Hands-on Investigates of
What Makes Us Tick. San Francisco: Kendall Hunt.
Nur’aini, S., et al. (2019). Pengenalan Deoxyribonucleic Acid (DNA) Dengan
Marker-Based Augmented Reality. Walisongo Journal of Information
Technology. Vol. 1 No.2. ISSN 2715-0143.
https://journal.walisongo.ac.id/index.php/jit/article/view/4531/2294
Marihito, R. V., et al. (2017). Identifikasi Perubahan Struktur DNA Terhadap
Pembentukan Sel Kanker Menggunakan Dekomposisi Graf. Jurnal Ilmiah
Sains. Vol. 17 No. 2.
https://ejournal.unsrat.ac.id/index.php/JIS/article/view/17368/17570
Puspitaningrum, R., et al. (2017). Genetika Molekuler dan Aplikasinya.
Rahmadiana. (2019). Modul Ajar Biokimia Dalam Kehidupan. Medan:
Universitas Islam Negeri Sumatera Utara
Suryo. (2010). Genetika Manusia. Yogyakarta: UGM Press.
Wahyuni, F. D. (2017). Modul Praktikum: Biologi Molekuler. Jakarta:
Universitas Esa Unggul.
Yulianti, E. (2016). Pengembangan Teknik Isolasi DNA Tumbuhan Menggunakan
Detergen Komersial. Seminar Nasional MIPA Fakultas Matematika dan
Ilmu Pengetahuan Alam UNY, 71-85.
Lampiran 1. Hasil Isolasi DNA pada Buah Alpukat

Lampiran 2. Hasil Isolasi DNA pada Buah Naga

Lampiran 3. Hasil Isolasi DNA pada Buah Pepaya

Lampiran 4. Hasil Isolasi DNA pada Buah Pisang