LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA

ISOLASI DNA

Oleh:
SITI MASRUROH
130210103048
KELAS A

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

JURUSAN PENDIDIKAN MIPA
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS JEMBER
2014

I.
II.
III.

JUDUL :
ISOLASI DNA
TUJUAN :
1. Untuk mengetahui metode sederhana mengisolasi DNA buah-buahan
2. Mengetahui efektifitas detergen/sabun yang digunakan untuk isolasi DNA
DASAR TEORI
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsisp isolais
DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada
pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang
terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Asris, 2010).
DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk hidup,
yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk dalam
keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA terdapat pada
nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Molekul DNA pada nucleus memiliki bentuk
sebagai benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada
mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran (Suryo, 2012 : 59).
Pada dasarnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA
terletak pada kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan kloroplas. Sedangkan
RNA dijumpai di nukleus, sitoplasma, dan ribosom. DNA ada dalam setiap sel makhluk
hidup. Zat ini disebut cetak biru kehidupan karena memiliki peranan yang sangat
penting, yaitu sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein
dan proses metabolisme lain. DNA bisa mengalami denaturasi dan renaturasi. Banyak
hal yang mempengaruhi prosestersebut, antara lain suhu yang tinggi, pH ekstrim,
kandungan elektrolit Na+ atau K+ dan komposisi basa C-G. (Hays, 2005).
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA
terdapat pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA
nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan
DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein
histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya
mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki
pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA
prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot
berbentuk linier dan memiliki protein histon (Kirsman, 2010).
Untai ganda DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang berpilin. Kedua
rantai mempunyai orientasi yang berlawanan (antiparalel): rantai yang satu mempunyai
orientasi 5 3, sedangkan rantai yang lain berorientasi 3 5. Kedua rantai tersebut
berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenin (A) dengan thymine (T) dan
antara guanine (G) dengan cytosine (C). Ikatan antara AT berupa dua ikatan hidrogen,
sedangkan antara GC berupa tiga ikatan hidrogen sehingga ikatan GC lebih kuat.

Spesfikasi

pasangan

basa

seperti

ini

disebut

dengan

komplementaritas

(complementarity) (Yuwono, 2005: 58-60).

Kerangka gula deoksiribosa dan fosfat yang menyusun DNA terletak di bagian
luar molekul, sedangkan basa purin dan pirimidin terletak di sebelah dalam untaian
(helix). Basa-basa purin dan pirimidin yang berpasangan terletak pada bidang datar yang
sama dan tegak lurus terhadap aksis untaian DNA. Untaian DNA mempunyai dua
lekukan (groove) eksternal yaitu lekukan besar (major groove) dan lekukan kecil (minor
groove). Kedua lekukan tersebut mempunyai peranan sebagai tempat melekatnya
molekul protein tertentu (Yuwono, 2005: 58-60).
Ukuran molekul DNA bervariasi antara jasad yang satu dengan lainnya. Pada jasad
prokariot variasinya tidak sebesar pada virus dan bakteriofag. Bahan genetik pada
prokariot dan virus pada umumnya berupa satu molekul tunggal DNA (kecuali virus
tertentu yang bahan genetiknya RNA). Sebaliknya, bahan genetik pada eukariot berupa
beberapa molekul kromosom yang masing-masing berupa molekul DNA berukuran
besar. Ukuran DNA pada eukariot, terutama eukariot tingkat tinggi belum diketahui
secara pasti karena kompleksitasnya (Yuwono, 2005: 58-60).
Selain dapat mengalami denaturasi dan renaturasi, DNA juga dapat diisolasi.
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain : preparasi ekstrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan ada senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi
DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada masing-masing buah berbeda,
dapat memberikan hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah.
Semakin tinggi kadar air sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpresipitasi juga akan sedikit (Tim dosen genetika: 2014).
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA, hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan
dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Isolasi DNA
biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel. Proses ini sangat penting
untuk menghancurkan struktur protein dan memungkinkan untuk pelepasan asam
nukleat dari inti. Lisis dilakukan dalam larutan garam, detergen yang mengandung protei
denaturasi atau protease (enzim mencerna protein), seperti proteinase K, cara tersebut
merupakan cara kimiawi. Selain itu juga bisa dilakukan dengan cara mekanik yaitu
dengan pemblenderan atau penggerusan menggunakan mortal/pistil (Tim dosen
genetika: 2014).
Detergen sodium dodesil sulfat (SDS) bisa digunakan untuk merusak membran
sel, karena detergen bisa menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel,
sehingga bisa merusak struktur membran sel. Detergen bisa menyebabkan kerusakan
membran sel dengan cara mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi polar

yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl
sulfate yang memiliki fungsi yang sama dengan dudesil sulfat. Pekat atau tidaknya
larutan DNA tergantung dari peparasinya. Semakin baik preparasinya, seringkali
menghasilkan DNA yang semakin pekat dan dengan demikian tidak membutuhkan
pemekatan lebih lanjut, tetapi jika didapatkan DNA yang kurang pekat, maka diperlukan
adanya pemekatan untuk meningkatkan konsentrasi DNA (Jamilah, 2005).
Cara yang sering digunakan adalah prespitasi ethanol. Dengan adanya garam
(kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20 0C atau kurang, ethanol absolut
akan mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik. Pemekatan ini dilakukan
dengan penambahan ethanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi prespitasi DNA
pada perbatasan kedua larutan. Garam juga memegang peranan penting lain, yaitu untuk
menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat mnyebabkan keduanya
terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergen, keduanya berfungsi seperti halnya
lysing buffer (Jamilah, 2005).
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya
membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan
protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa lipid protein-deterjen
kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia (Tim dosen genetika, 2014).
Detergen bisa menyebabkan kerusakan membran sel dengan cara mengemuls
ilipid dan protein sel serta menyelainteraksi polar yang menyatukan membran sel karena
detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfate yang memilikifungsi yang
sama dengan dudesilsulfat (Jamilah, 2005: 11).
IV.

METODOLOGI PRAKTIKUM
IV.1
Alat dan Bahan
1. Beaker gelass/gelas aqua
2. Pisau
3. Pengaduk
4. Penyaring
5. Mesin blender
6. Spatula
7. Tabung reaksi dan rak tabung
8. Buah tomat, pepaya, pir
9. Detergen (surf, rinso)
10. Sabun colek (wings, bukrim)
11. Garam dapur
12. Etanol 96% dingin (etanol dan es)
13. Aquades
IV.2
Langkah Kerja
Melarutkan detergen dan sabun colek kedalam 60 ml aquades, kemudian
mengaduk pelan selama 15 menit

Mengambil 100 gram daging buah dan menambah 100 ml aquades,

memasukkan kedalam mesin blender, kemudian di blender selama 50 detik
Menambahkan
Mencampur 14 spatula
ml masing-masing
garam dapurlarutan
kemudian
sabun
diaduk
dicampur
selama
dengan
10 menit
masingsampai
Menyaring campuran
yang dihasilkan
point
sebelumnya sebanyak 2 kali
memperoleh
masing
campuran
4mlpada
jusyang
buahhomogen