PENGAMATAN ISOLASI DNA

LAPORAN PRAKTIKUM
UNTUK MEMENUHI TUGAS MATA KULIAH
Genetika I
yang dibina oleh Prof. Dr. Siti Zubaidah, M.Pd dan Andik Wijayanto S.Si, M.Pd

Oleh:
Kelompok 14
Offering C
Ulfatur Rohmah (150341600067)
YoeshintaMaydina (150341601262)

The Learning University

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Maret 2017
A. Judul
Isolasi DNA
B. Tujuan
1. Untuk mengetahui metode yang benar dalam mengisolasi DNA dari buah-
buahan.
2. Untuk mengetahui keefektifan detergen dan buah yang dipakai untuk
melakukan percobaan isolasi.
C. Rumusan Masalah
1. Bagaimana metode yang benar dalam mengisolasi DNA dari buah-buahan?
2. Apa detergen dan buah yang efektif dipakai untuk melakukan percobaan
isolasi?
D. Dasar Teori
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling
penting dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung
informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya
(Suryo, 2004). Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom.
Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel
organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen(Campbell dkk.2004:221).
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi
bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme.
DNA genom meliputi gen dan intergen(Campbell dkk, 2004).

Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis
Crick. Mereka memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang
dibuat oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Watson dan Crick
menyimpulkan bahwa struktur DNA merupakan rantai ganda (double helix).
Untai ganda tersusun dari dua rantai polinukelotida yang terpilin. Kedua rantai
memiliki susunan antiparalel, yaitu satu rantai berorientasi dari ujung 5 ke
3sedangkan yang lain berorientasi ujung 3 ke 5. Ujung 5 merupakan ujung
yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3 berakhir dengan gugus OH.
Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan
kedua basa nitrogen (Sadava dkk.2004:218--220).

Komponen nukleotida DNA adalah gula, fosfat, dan basa nitrogen.

Komponen gula pada DNA adalah gula deoksiribosa, yaitu gula ribose yang
kehilangan satu atom oksigen. Basa yang ada pada DNA ada dua macam, yaitu
purin dan pirimidin. Purin terbagi lagi menjadi dua macam, yaitu adenin dan
guanin. Pirimidin terdiri dari dua jenis, yaitu timin dansitosin (Sadava
dkk.2004:219).

DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita. Hal
tersebut dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel
makhluk hidup.
 Fungsi-fungsi tersebut adalah:
1. Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk
hidup (Sadava dkk.2004:220).
2. Fungsi heterokatalis, yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan
pembuatan molekul-molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi
autokatalis, yaitu fungsi DNA untuk mereplikasi dirinya sendiri (Suryo
2004:59).

DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk.

Organisme prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular, sedangkan organisme
eukariotik mempunyai DNA berbentuk linier. DNA eukariot terletak dalam inti
sel, tidak hanya dijumpai pada inti sel, tetapi juga dapat ditemukan pada
mitokondria dan kloroplas. sedangkan DNA prokariot terletak dalam
sitoplasma (Jusuf 2001:7).

DNA dari sel prokariot maupun sel eukariot dapat diperoleh dengan cara
mengisolasi DNA yang terdapat di dalam sel. Isolasi DNA adalah teknik yang
dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat yang lain di dalam sel. Fungsi
dari pengisolasian DNA adalah mendapatkan DNA murni dari dalam sel yang
akan digunakan untuk penganalisisan genotip suatu organisme (Asris, 2010).

Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi

esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun
isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap
jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena
adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan
sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat
memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air
rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan
semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit (Agus dan
Sjafarenan, 2013).

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.

Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan
teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya.
Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah
tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil
sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk.
2004: 115). Sedangkan presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen dari campuran (Alberts dkk. 1994: 254).

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA, hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan.
Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan
kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan
dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik
dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan
dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian bahan yang
dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen
(Istanti, 1999).
Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan yang
disebabkan oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia yang
mampu merusak membran ataupun dinding sel antara lain lisozim yang mampu
mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga kekakuan sel tidak lagi dapat
terjaga. Selain itu, ada pula senyawa EDTA atau Etilen Diamin Tetra
Asetat yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk
mempertahankan struktur selubung sel serta menghambat enzim yang dapat
merusak DNA. Dalam proses isolasi DNA, deterjen berfungsi menggantikan
senyawa-senyawa kimia tersebut diatas. Deterjen mengandung sodium dodesil
sulfat yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel
sehingga struktur membran akan rusak dan melisiskan isi sel (Istanti, 1999).

Proses selanjutnya yaitu purifikasi hal ini bertujuan untuk membersihkan

hasil ekstraksi dari zat-zat lain. Hal ini bertujuan untuk mengoptimalkan kerja
enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Pada proses pengisolasian
DNA digunakan garam dapur dengan tujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini
dapat terjadi karena ion Na+yang dikandung oleh garam mampu
membentuk ikatan dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA. Saat ion
Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan
berkumpul (Suryo, 2004).

Setelah menunggu beberapa saat tahapan selanjutnya yaitu terjadi

presipitasi yang bertujuan mengendapkan protein histon. Presipitasi terjadi
pada lapisan atas bukan lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak
larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka
tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul tersebut
berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut meraka akan berkumpul atau
menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitasi DNA terlihat seperti serabut-
serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis
 etanol lebih kecil dari pada masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-
benar dingin dan berasal dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk
menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang dingin,
maka mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna (Istanti, 1999).

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan

berbagai macam sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun
tumbuhan. Upaya untuk mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan
merusak dinding dan membrane sel dan juga membran inti. Cara yang
digunakan untuk merusak membran-membran tersebut sangat beraneka ragam,
misalnya dengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil.
Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel dapat pula dirusak
dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia. Adapun manfaat dari isolasi
DNA antara lain (Asris, 2010):
1. Mendapatkan DNA murni yang akan digunakan dalam percobaan
laboratorium tertentu.
2. Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel.
3. Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan secara enzimatik
melalui teknik Hibridisasi Southern.
4. Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan pustaka genomik.
5. Isolasi plasmid atau DNA fage dalam prosedur rutin peminakan DNA.

E. Alat dan Bahan

Alat:
1. Pisau
2. Blender
3. Kertas saring
4. Beaker glass
5. Spatula
6. Tabung reaksi
7. Gelas ukur
8. timbangan

Bahan:
1. Buah melon
2. Buah semangka
3. Buah jeruk
4. Aquades
5. detergen cair, bubuk, krim
6. garam NaCL
7. alkohol absolut dingin
F. Prosedur Kerja
G. Data Hasil Pengamatan
Waktu
Nama Kuantitas
No Detergen Terbentuk Keterangan
Buah DNA
DNA
Cair 39,36 detik ++ Kapas
bubuk 1 menit 20 kapas
+++
1. melon detik
Krim 2 menit 15 Kabut
+
detik
Cair 64 detik + kapas
semangka
2. bubuk 147 detik +++ Kapas
Krim 61 detik ++ Benang
Cair 150 detik +++ Kapas
jeruk
3. bubuk 80 detik + Benang
Krim 119 detik ++ benang

Keterangan:
 + : sedikit
++ : sedang
+++ : banyak
H. Analisis Data
Berdasarkan data hasil pengamatan, pada buah melon ketikadiberi
perlakuan dengan detergen cair, membentuk DNA setelah 39,36 detik dengan
jumlah sedang dan berbentuk kapas, dan ketika diberi perlakuan dengan
detergen bubuk terbentuk DNA setelah 1 menit 20 detik dengan jumlah yang
banyak dan berbentuk kapas, sedangkan saat diberi perlakuan dengan detergen
krim terbentuk DNA setelah 2 menit 15 detik dengan jumlah yang sedikit dan
berbentuk kabut.
pada buah semangka ketika diberi perlakuan dengan detergen cair,
membentuk DNA setelah 64 detik dengan jumlah yang sedikit dan berbentuk
kapas, dan ketika diberi perlakuan dengan detergen bubuk terbentuk DNA
setelah 147 detik dengan jumlah yang banyak dan berbentuk kapas, sedangkan
saat diberi perlakuan dengan detergen krim terbentuk DNA setelah 61 detik
dengan jumlah sedang dan berbentuk benang.
pada buah jeruk ketika diberi perlakuan dengan detergen cair, membentuk
DNA setelah 150 detik dengan jumlah yang banyak dan berbentuk kapas, dan
ketika diberi perlakuan dengan detergen bubuk terbentuk DNA setelah 80 detik
dengan jumlah yang sedikit dan berbentuk benang, sedangkan saat diberi
perlakuan dengan detergen krim terbentuk DNA setelah 119 detik dengan
jumlah sedang dan berbentuk benang

I. Pembahasan
Pada praktikum yang telah dilakukan, pada beberapa isolasi bahan yang
dipakai yaitu buah melon, buah semangka dan buah jeruk.
Praktikum isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui
pengaruh macam buah dan jenis deterjen terhadap kualitas DNA yang
dihasilkan dalam proses isolasi. Buah yang digunakan dalam proses isolasi
DNA ini adalah buah melon, semangka dan jeruk, sedangkan jenis deterjen
yang dipakai adalah deterjen bubuk, deterjen cair dan deterjen krim. Sumber
DNA yang berupa buah diblender selama beberapa menit. Pemblenderan ini
bertujuan untuk merusak membran sel, dinding sel dan membran inti sehingga
DNA bisa keluar dari sel dan masuk ke larutan, tetapi pemblenderan yang
terlalu lama dikhawatirkan dapat menghancurkan molekul DNA yang
terkandung dalam buah. Setelah diblender, ekstrak buah ditambah garam dapur
dan disaring 2 kali serta ditambahkan etanol. Penambahan garam dan
penyaringan serta penambahan etanol bertujuan untuk memudahkan pemisahan
benang-benang DNA dari larutan sehingga benang-benang DNA tersebut akan
mudah diamati.
 Setelah dilakukan proses pengisolasian DNA, didapatkan data bahwa pada
penggunaan buah melon sebagai sumber DNA, DNA yang berhasil diisolasi
paling banyak ditemukan pada filtrat yang berisi larutan deterjen bubuk,
sedangkan pada filtrat yang berisi larutan deterjen krim, DNA yang didapatkan
sedikit tetapi jika dibandingkan dengan perlakuan dengan detergen bubuk dan
cair. Pada filtrat yang berisi larutan deterjen cair DNA yang didapatkan
kuantitasnya sedang. Waktu pembentukan DNA pada masing-masing perlakuan
bervariasi. Untuk sumber DNA buah melon, DNA paling cepat terbentuk pada
larutan deterjen bubuk yaitu 39,36 detik. Waktu paling lama yang dibutuhkan
untuk mengisolasi DNA adalah pada larutan deterjen krim yaitu 2 menit 15
detik.
Pada penggunaan sumber DNA buah semangka, DNA didapatkan paling
banyak pada larutan deterjen bubuk, sedangkan DNA yang sedikit ditemukan
adalah pada larutan deterjen cair. Waktu pembentukan DNA pada masing-
masing larutan jelas berbeda. Untuk larutan deterjen cair, waktu yang
dibutuhkan untuk membentuk DNA adalah 64 detik, sedangkan pada larutan
deterjen krim waktu yang dibutuhkan adalah 61 detik, 3 detik lebih cepat
daripada perlakuan dengan detergen cair sedangkan waktu yang dibutuhkan
untuk mengisolasi DNA pada larutan deterjen bubuk cukup lama yaitu 147
detik.
Pada penggunaan sumber DNA buah jeruk, DNA didapatkan paling
banyak pada larutan deterjen cair, sedangkan DNA yang sedikit ditemukan
adalah pada larutan deterjen bubuk. Waktu pembentukan DNA pada masing-
masing larutan juga berbeda. Untuk larutan deterjen cair, waktu yang
dibutuhkan untuk membentuk DNA adalah 150 detik, sedangkan pada larutan
deterjen krim waktu yang dibutuhkan adalah 119 detik, sedangkan waktu yang
dibutuhkan untuk mengisolasi DNA pada larutan deterjen bubuk lebih cepat
daripada perlakuan dengan detergen cair dan krim yaitu 80 detik.
Jika dilihat secara keseluruhan, semua sumber DNA mampu menghasilkan
DNA dengan cukup baik. Untuk masing-masing sumber DNA, jenis deterjen
yang digunakan mempengaruhi banyaknya DNA yang dihasilkan dan waktu
pembentukannya pun bervariasi. Bentuk DNA yang dihasilkan pada
pengamatan isolasi DNA ini adalah juga bervariasi, antara lain berbentuk
kapas, benang ataupun kabut namun bentuk yang paling umum adalah kapas
dengan warna putih. Adanya hasil bentuk dan perbedaan lama waktu yang
dibutuhkan untuk menghasilkan DNA dipengaruhi oleh beberapa faktor, selain
karena masing-masing deterjen dan sumber DNA memiliki kemampuan yang
berbeda-beda, perbedaan waktu ini juga disebabkan oleh kurangnya ketelitian
praktikan dalam mengamati waktu terbentuknya DNA. Dari data yang
diperoleh juga menunjukkan bahwa buah yang memiliki kadar air paling
rendah dapat terbentuk jumlah DNA yang paling banyak dan paling bagus.
 Semakin sedikit air yang terkandung dalam buah maka DNA yang akan
terpresipitasi akan semakin sedikit. DNA yang dihasilkan dari percobaan ini
bukan DNA murni karena sumber DNA yang digunakan berasal dari serat buah
yang disaring, sehingga yang dihasilkan pada percobaan ini bukanlah
supernatan melainkan hanya endapan putih.
Berdasarkan hasil yang didapat, data ini sesuai dengan pernyataan Agus
dan Sjafarenan (2013) yang menyatakan bahwa semakin tinggi kadar air maka
sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit.

J. Kesimpulan
1. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan
larutan deterjen dan etanol serta garam untuk membantu presipitasi DNA.
Perbedaan jumlah DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi disebabkan
oleh jenis deterjen yang digunakan serta macam buah yang dipakai sebagai
sumber DNA.
2. Detergen bubuk berkualitas lebih baik pada buah dengan kadar air tinggi
sedangkan detergen cair berkualitas lebih baik pada buah dengan kadar air
rendah. Jenis detergen mempengaruhi kecepatan waktu pembentukan DNA,
detergen bubuk memiliki kualitas paling baik dalam kecepatan membentuk
DNA, sedangkan detergen cair dan krim mempunyai kecepatan yang
terbilang rendah dalam membentuk DNA.

K. Saran
Pelaksanaan praktikum akan lebih lancar jika kami dibekali dengan buku
prosedur praktikum sehinggga prosedur dapat dipelajari jauh hari sebelum
praktikum.

L. Diskusi
1. Apa yang dimaksud dengan isolasi DNA?
2. Apa fungsi penambahan detergen?
3. Apakah fungsi dari penambahan garam?
4. Apakah fungsi dari penambahan alkohol? Mengapa alkohol yang
ditambahkan harus dalam keadaan dingin?
5. Mengapa pengadukan campuran setelah ditambah detergen tidak boleh
sampai berbusa?
6. Apakah kecepatan penggabungan DNA pada masing masing buah dan
masing-masing detergen berbeda? Mengapa?
7. Apakah kesimpulan dari praktikum isolasi DNA?

Jawab
1. Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.
Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada
di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas
tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang
terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah.
Sedangkan presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen dari campuran.

2. penambahkan detergen bertujuan untuk merusak membran sel dari kedua

buah tersebut. Perusakan membran sel terjadi akibat adanya ikatan kimia
yang terbentuk antara detergen dengan zat-zat yang ada pada
buah. Deterjen mengandung sodium dodesil sulfat yang dapat
menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur
membran akan rusak dan melisiskan isi sel.
3. penambahan garam bertujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat
terjadi karena ion Na+yang dikandung oleh garam mampu membentuk
ikatan dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na + garam
berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul.
4. penambahan alkohol bertujuan untuk mempermudah terjadinya presipitasi
pada benang-benang DNA. alkohol tersebut mampu membawa asam
nukleat yang terdapat dalam campuran naik ke permukaan, untuk kemudian
diendapkan. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal
dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi.
Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan
pembentukan presipitat kurang sempurna
5. jika pengadukan sampai berbusa dikhawatirkan dapat menghancurkan
molekul DNA yang terkandung dalam buah
6. ya berbeda, isolasi DNA dengan sampel buah menghasilkan kecepatan
penggabungan DNA yang berbeda tergantung bentuk detergen dan buah
yang digunakan, kadar air pada masing-masing buah berbeda sehingga
dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar
air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.
setiap jenis atau bagian buah dapat memberikan kecepatan penggabungan
DNA yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian
DNA.
7. Berdasarkan hasil dapat disimpulkan bahwa DNA dapat diisolasikan dari
sumber DNA berupa buah dengan penambahan larutan deterjen dan etanol
serta garam untuk membantu presipitasi DNA. Perbedaan jumlah DNA
yang dihasilkan dalam proses isolasi disebabkan oleh jenis deterjen yang
digunakan serta macam buah yang dipakai sebagai sumber DNA.
 Daftar Rujukan

Agus, Rosana dan Sjafarenan. 2013. Penuntun Praktikum Genetika,

Universitas Hasanuddin, Makassar.

Albert, B,et al. 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. Jakarta : PT.
Gramedia Pustaka Utama

Asris. 2010. Isolasi DNA. http://asris07.student.ipb.ac.id, diakses pada tanggal

28 Maret 2017, pukul 20.30 WIB, Malang.

Campbell, N.A., L.G. Mitchell and J.B. Reece. 2004. Biology: Concept and
Connections. The Benjamin/Cummings Pub. Co., Inc.

Istanti, A. 1999. Biologi Sel. Universitas Malang, Malang.

Jusuf, M. 2001. Genetika 1 Struktur dan Ekspresi Gen. Jakarta : Sagung Seto

Sadava, D. 2004. Life: The Science of Biology. 5th ed. Sinauer Associates, Inc.

Suryo. 2004. Genetika Strata 1. Yogyakarta : UGM Press