Laporan Praktikum KI-3161

Struktur dan Fungsi Biomolekul

ISOLASI DNA DARI BUAH DAN ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA
Percobaan 8

Nama : Faudillah Alhumairah

NIM : 10515040
Kelompok :4
Tanggal Praktikum : 7 November 2017
Tanggal Pengumpulan : 14 November 2017
Asisten : Jessica

LABORATORIUM BIOKIMIA
PROGRAM STUDI KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG
2017
 Isolasi Dna dari Buah dan Elektroforesis Gel Agarosa

I. Tujuan percobaan
Menentukan ukuran DNA sampel hasil isolasi dengan menggunakan Teknik
elektroforesis.

II. Teori dasar

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme
(Jamilah, 2005). DNA tersusun atas tiga komponen utama yaitu gula deosiribosa,
basa nitrogen dan fosfat yang bergabung membentuk nukleotida (Istanti, 1999).
Molekul DNA terikat membentuk kromosom dan ditemukan di nukleus, mitokondria
dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom merupakan nukleotida rangkap yang
berbetuk heliks ganda (double helix).
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer
ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008). Isolasi DNA
dapat dilakukan melalui tahap-tahap antara lain: preparasi, ekstraksi sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan
dengan bebagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda. Hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsnetrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika
isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada masing-masing
buah berbeda dapat memberikan hasil yang berbeda-beda. Semakin tinggi kadar air,
maka sel yang terlarut didala ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga semakin sedikit (JAmilah, 2005).
Elektroforesis dilakukan untuk memisahkan, mengidentifikasi,
mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNA. Elektroforesis merupakan cara
pengamatan DNA dengan bantuan sinar ultraviolet (Cheng and Zhang, 2008).
III. Data pengamatan

Gambar 1. Hasil elektroforesis

VII. Pembahasan
Isolasi DNA merupakan suatu teknik untuk mendapatkan DNA murni dari
suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk hidup. Prinsip utama dalam isolasi DNA
yaitu penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan lain yang
terdapat di dalam sel dan pemurnian DNA. Pengisolasian DNA dapat dilakukan
dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti secara mekanik
atau secara kimiawi. Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan
penggerusan dengan mortar. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan
penambahan zat kimia. Dalam percobaan ini pemecahan dinding sel dilakukan secara
mekanik. Sampel (kiwi, strawberry dan bombai) digerus sampai biji sampel hancur
karena didalam biji terdapat DNA yang lebih banyak.
Teknik isolasi DNA kromosom dari buah berbeda dengan teknik isolasi DNA
kromosom bakteri. Penghancuran dinding sel bakteri dilakukan secara kimiawi. Zat
yang biasa digunakan adalah SDS dan EDTA. Selain itu, biasanya juga ditambahkan
suatu enzim seperti enzim proteinase K yang berfungsi untuk menghancurkan
protein. Pada teknik isolasi DNA kromosom bakteri setelah ditambahkan zat kimia
atau enzim dilakukan sentrifugasi yang bertujuan untuk memisahkan kotoran akibat
penghancuran dinding sel tersebut.
 Pada percobaan ini, setelah dilakukan penggerusan ditambahkan NaCl dan
detergen. Penambahan detergen bertujuan untuk merusak membran sel. Sedangkan,
penambahan NaCl bertujuan untuk mengendapkan protein dan membuat sel
mengkerut sehingga pada saat penambahan air akan terjadi lisis. Faktor penambahan
garam digunakan untuk melarutkan DNA karena ion Na+ yang terdapat di dalam
garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA
yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama
lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA,
sehingga DNA akan terkumpul (Jamilah, 2005: 21). Berdasarkan pernyataan tersebut
selain digunakan untuk lisis sel, garam juga digunakan untuk pemekatan DNA.
Setelah didiamkan beberapa menit, dilakukan penyaringan terhadao cairan
sampel. Penyaringan ini bertujuan untuk memisahkan membran sel yang telah hancur
dengan membran sel yang tidak mengalami lisis. Cairan hasil penyaringan
ditambahkan isopropanol dingin. Penambahan ini bertujuan untuk mengendapkan
DNA tanpa merusak struktur DNA. Isopropanol yang ditambahkan dalam keadaan
dingin yang bertujuan agar proses pengendapan DNA lebih cepat. Nilai tetapan
dielektrik dari isopropanol lebih rendah dibandingkan dengan air. Hal tersebut
mengakibatkan interaksi Coulomb antar molekul DNA meningkat dibandingkan
interaksi DNA dengan air atau isopropanol sehingga DNA menggumpal. DNA yang
terbentuk pada cairan berupa “gelatin putih” diambil dan dilakukan sentrifugasi untuk
memisahan dari pelarut. DNA memliliki berat molekul yang lebih besar sehingga
akan mengendap.
DNA kromosom buah yang telah diisolasi dielektroforesis. Elektroforesis
merupakan salah satu teknik pemisahan molekul berdasarkan ukuran dengan
menggunakan bantuan medan listrik. Elektroforesis untuk memisahkan DNA
menggunakan gel agarosa. Sedangkan untuk memisahkan protein biasanya
digunakan elektroforesis SDS-PAGE dengan gel poliakrilamida. Gel agarosa
digunakan untuk memisahkan molekul dengan ukuran besar, sedangkan gel
poliakrilamida memisahkan molekul dengan ukuran kecil. Ukuran molekul DNA
lebih besar dibandingkan dengan ukuran protein sehingga digunakan gel agarosa.
Elektroforesis dengan gel agarosa memiliki jalur migrasi molekul secara horizontal
sedangkan elektroforesis SDS-PAGE jalur migrasi molekul dilakukan secara vertikal.
Pada SDS-PAGE, muatan molekul beragam yaitu ada bermuatan positif dan negatif,
sehingga perlu diseragamkan terlebih dahulu. Sedangkan pada gel agarosa muatan
molekul seragam, yaitu negatif (DNA). Selain itu, pada SDS-PAGE yang berperan
sebagai pewarna untuk melihat pita-pita dari fragmen adalah commasie blue,
sedangkan pada gel agarosa yang berperan sebagai pewarna adalah EtBr atau gel red.
Prinsip kerja dari elektroforesis yaitu berdasarkan pergerakkan molekul bermuatan,
dalam hal ini adalah DNA yang bermuatan negatif. Dengan adanya medan listrik
DNA akan bergerak dari kutub negatif menuju kutub positif. DNA yang memiliki
ukuran lebih kecil akan bergerak dengan cepat menuju kutub positif sedangkan DNA
yang berukuran besar akan tertahan pada gel. Pada percobaan ini penyangga yang
digunakan adalah gel agarosa. Agarosa adalah suatu polisakarida yan diekstrak dari
berbagai jenis ganggang. Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan
fragmen DNA berdasarkan ukuran. Migrasi molekul dilakukan secara horizontal. Gel
agarosa mengandung TAE buffer yang berfungsi sebagai running buffer. Running
buffer berperan dalam membantu terjadinya migrasi molekul ketika proses
elektroforesis.
Sebelum dilakukan elektroforesis, sampel ditambahkan loading buffer yang
mengandung gliserol, buffer tris-asetat dan bromophenol blue. Gliserol berfungsi
sebagai pemberat (menaikkan densitas sampel). Bromophenol blue berfungsi sebagi
pewarna untuk mengidentifikasi jalannya proses elektroforesis sampel. Untuk
melihat pita-pita fragmen DNA hasil elektroforesis ditambahkan gel red.
Penambahan gel red membuat pita-pita fragmen dapat dilihat pada sinar UV.
Pada percobaan ini tidak hanya DNA kromosom yang ditentukan ukurannya
dengan metode elektroforesis tetapi juga DNA plasmid. DNA plasmid dan DNA
kromosom memiliki perbedaan yaitu DNA kromosom terletak di dalam inti sel
sedangkan DNA plasmid terletak di luar inti sel. DNA plasmid lebih tahan terhadap
denaturasi dan memiliki resisten terhadap suatu kondisi. Sedangkan, DNA kromosom
tidak. Hal ini disebabkan ikatan kedua untai DNA kromosom jauh lebih longgar
 dibandingkan DNA plasmid. DNA plasmid dapat bermigrasi dari satu sel ke sel lain,
dapat bereplikasi terlepas dari DNA kromosom. Ukuran DNA plasmid lebih kecil
dibanding dengan DNA kromosom sehingga apabila dilakukan elektroforesis gel
agrosa, DNA plasmid lebih mudah bermigrasi dibandingkan DNA kromosom. DNA
plasmid memiliki bentuk koil, super koil dan sirkular.
Berdasarkan percobaan DNA kromosom buah hasil isolasi dan DNA
plasmid tidak diperoleh pita. Hal ini disebabkan oleh beberapa hal diantaranya biji
yang belum hancur sepenuhnya sehingga tidak ada DNA kromosom yang dihasilkan
dan kerusakan dari loading buffer sehingga DNA kromosm dan DNA plasmid tidak
dapat bermigrasi.

VIII. Kesimpulan
Berdasarkan percobaan ukuran DNA kromosom dari kiwi, strawberry dan bombai
tidak dapat ditentukan. Hal ini disebabkan karena tidak ada fragmen pita DNA yang
terlihat pada gel agarosa.

IX. Daftar pustaka

Cheng, Liang and David Y. Zhang. 2008. Molecular Genetic Pathology. New Jersey:
Humana Press.
Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel. Malang; Jurusan BIologi FMIPA UM.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim dan
Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) terhadap Hasil Isolasi DNA
berbagai Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah genetika.
Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Universitas Negeri Malang.
Yuwono, T., 2008. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.