LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI

Mata Kuliah : PRAKTIKUM GENETIKA

ISOLASI DNA DENGAN CARA SEDEHANA

OLEH :

NAMA : VEBRINA FLORA BATUBARA

NIM : 4203341003

JURUSAN : BIOLOGI

PROGRAM : S1-PENDIDIKAN BIOLOGI

KELOMPOK : IV ( EMPAT)

TGL.PELAKSANAAN : 25 NOVEMBER 2022

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

MEDAN
I. JUDUL PERCOBAAN : ISOLASI DNA DENGAN CARA SEDEHANA
II. TUJUAN PERCOBAAN :
1. Mengetahui sifat gen dari sistem golongan darah.
2. Mengetahui karakteristik golongan darah.
3. Mengetahui sejarah penemuan sistem penggolongan darah ABO oleh Karl
Landsteiner.
4. Mengetahui prinsip pemeriksaan golongan darah.
5. Mengetahui penentuan golongan darah ABO pada manusia
III. TINJAUAN TEORITIS :

Satu komponen pembangun (building block) DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu
gugus fosfat dan satu pasang basa yang disebut nukleotida. Sebuah sel memiliki DNA yang
merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom
adalah set lengkap materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi
menjadi kromosom. DNA dapat diisolasi, baik dari sel hewan, manusia, maupun pada
tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi melalui darah. Darah manusia terdiri atas plasma
darah, globulus lemak, substansi kimia (karbohidrat, protein dan hormon), dan gas (oksigen,
nitrogen dan karbon dioksida). Plasma darah terdiri atas eritrosit (sel darah merah), leukosit
(sel darah putih) dan trombosit (platelet). Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah
putih. Sel darah putih dijadikan pilihan karena memiliki nukleus, dimana terdapat DNA di
dalamnya. DNA pada tumbuhan juga dapat diisolasi, contohnya pada tumbuhan bawang
merah (Allium cepa) dan pada pisang (Musa sp.). Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan,
yaitu: (1)Isolasi sel; (2)Lisis dinding dan membran sel; (3)Ekstraksi dalam larutan;
(4)Purifikasi; dan (5)Presipitasi. Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi
berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi
yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di
atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin
sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute)
atau 3000 rpm.. (rotation per minute) atau 3000 rpm. Isolasi DNA/RNA merupakan langkah awal
yang harus dikerjakan dalam rekayasa genetika sebelum melangkah ke proses selanjutnya. Prinsip
dasar isolasi total DNA/RNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan
tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan, DNA, dan RNA.
Kemudian ekstrak sel dipuri-fikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA/RNA total.
Prinsip-prinsip isolasi DNA plasmid hampir sama dengan isolasi total DNA/RNA dari jaringan.
(Fatih, 2009)

a dalam larutan. Isolasi DNA merupakan salah satu tahap penting dalam kegiatan
memperoleh informasi genetik dan analisis genetik.DNA dengan kualitas yang baik
digunakan untuk kegiatan seperti pemanfaatan marka molekuler, pembuatan pustaka genom,
hingga sekuensing.Prinsip isolasi DNA terdiri dari tiga tahapan, yaitu: lisis dinding dan
membran sel, pemisahan atau purifikasi DNA, dan presipitasi DNA (Yuwono, 2005; Travers
and Muskhelishvili,2015; Dairawan, 2020). Permasalahan utama yang sering muncul dalam
proses isolasi DNA tanaman adalah kandungan senyawa polisakarida, polifenol, protein,
RNA, dan senyawa metabolit sekunder yang terdapat pada tanaman yang dapat menghambat
tahapan isolasi DNA (Varma dkk., 2007). Metode Doyle and Doyle dengan penambahan
CTAB yang digunakan pada penelitian bertujuan untuk memudahkan dalam ektraksi DNA
tanaman.Keunggulan metode Doyle and Doyle adalah mudah, biaya murah, cepat serta hasil
isolasi DNA memiliki kemurnian dan konsentrasi yang baik dibandingkan dengan metode
isolasi tanaman lainnya. Namun utamanya adalah metode tersebut mampu mengatasi
kandungan senyawa lain dalam daun jeruk yang dapat meghambat tahap isolasi DNA. (Rizko
dkk, 2020)

Isolasi DNA merupakan pemisahan molekul DNA dari komponen sel. Isolasi DNA
mempunyai dua prinsip, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Gaya sentrifugasi dan perbedaan
berat molekul menjadi prinsip kerja dari sentrifugasi, sedangkan pengendapan DNA agar
terpisah dari zat lain yang berada dalam sel menjadi prinsip kerja dari presipitasi. Tahapan
isolasi DNA secara umum yaitu sentrifugasi, inkubasi, presipitasi, elusi, pencucian, dan
pengeringan (Wahyuni, 2011). Metode isolasi DNA dapat dilakukan menggunakan kit
maupun konvensional. Metode konvensional/manual memerlukan persiapan alat dan bahan
yang relatif rumit dan lama dengan hasil isolasi tergantung jenis sampel. Sedangkan
kelebihannya relatif murah. Sementara itu isolasi DNA menggunakan kit lebih praktis karena
dalam satu paket kit terdapat larutan isolasi yang siap pakai sehingga menghemat waktu kerja
namun harganya relatif lebih mahal (Sari et al., 2014). Kit pemurnian DNA universal untuk
keperluan isolasi dinilai lebih cepat, sederhana dan efektif dibandingkan dengan metode
isolasi konvensional. Hasil pemurnian DNA oleh kit seperti Kit #2. lebih berkualitas tinggi
sehingga berfungsi dengan baik sebagai template untuk pencernaan enzim restriksi, analisis
PCR, sekuensing, keperluan Gen Bank, DNA genom, ligasi DNA dan prosedur transformasi
(Universal DNA purification kit handbook, 2021). Kit #1 juga diformulasikan untuk
menghasilkan pemurnian DNA genom yang berkualitas dari berbagai spesies tanaman dan
jenis jaringan. Kit #1 menggunakan teknologi membran berbasis silika dalam bentuk spin
column dengan hasil DNA yang bervariasi antara spesies jaringan yang tergantung pada
ukuran genom, ploidi, jumlah sel, dan usia sampel jaringan. Mini kit pemurnian DNA
genomik tanaman memenuhi syarat dengan mengisolasi DNA genomik dari 100 mg jaringan
tanaman mengikuti protokol yang diuraikan seperti metode isolasi manual. DNA yang
dimurnikan memiliki rasio A260/280 antara 1,7 dan 1,9. Satu pita DNA memiliki panjang ≥
30 kb yang diamati setelah elektroforesis gel agarosa dan pewarna. (Octavia, 2021)

DNA (DeoxyriboNucleic Acid) merupakan asam nukleat pembawa pesan genetik

dalam kehidupan. Informasi genetik terletak di dalam inti sel dan tersusun rapi membentuk
kromosom. Pola DNA penyusun kromosom inilah yang menentukan karakteristik sifat/jenis
rambut, warna kulit dan sifat-sifat khusus yang berbeda antara satu individu dengan lainnya.
DNA ditemukan pertama kali pada tahun 1869. Melalui teknologi Xray diketahui bahwa
DNA memiliki struktur yang tertata secara rapi dan memiliki model rantai ganda DNA yang
dipublikasikan oleh Watson dan Crick di jurnal Nature pada tahun 1953. Sejak itu, teknik
pemurnian DNA mengalami perkembangan yang pesat dan menjadi prosedur rutin yang
dilakukan didalam penelitian molekuler diberbagai bidang. DNA terletak didalam sel. Oleh
karena itu untuk mendapatkan DNA diperlukan tahap khusus yang biasanya dilakukan di
laboratorium tertentu. Untuk mengeluarkan DNA dari sel maka teknik pemurnian DNA
secara biokimia dilakukan dengan cara merusak dinding sel menggunakan larutan bufer
tententu dan campuran berbagai jenis deterjen. Dengan terbukanya lapisan membran sel
maka DNA dapat dikeluarkan dan diendapkan dengan penambahan alkohol. Isolasi DNA
merupakan serangkaian proses yang dilakukan untuk memisahkan DNAdari komponen-
komponen sel seperti lipid, protein, dan RNA(Surzycki, 2003). Prinsip kerja isolasi dan
purifikasi DNAterdiri atas 5 tahap yaitu: pemecahan membran sel, penghilangan protein,
penghilangan RNA, presipitasi DNA, pengukuran kemurnian dan kuantitas DNA(Surzycki,
2003). Pemecahan membran sel merupakan proses pertama dalam melakukan isolasi DNA.
Proses pemecahan membran sel yang paling terbaik dilakukan dengan menggunakan bahan-
bahan kimia seperti detergen atau dengan menggunakan enzim (Surzycki, 2003). Bahan yang
digunakan di antaranya mengandung detergen anionik yaitu berupa SDS (Sodium Deodecyl
Sulfate) yang mampu mendegradasi membran sel 0 (Sharpe, 2005). Selanjutnya, DNA
diinkubasi pada suhu 37 C untuk mempercepat pelisisan sel. Inkubasi DNApada suhu yang
lebih tinggi bisa menyebabkan DNAterdegradasi (Chen et al., 2010). Tahap kedua dalam
proses isolasi DNA adalah proses penghilangan protein. Protein dan asam nukleat (DNA)
berbeda kelarutannya dalam pelarut organik. Asam nukleat bersifat hidrofilik sehingga
mudah larut dalam air, sedangkan protein mengandung banyak residu hidrofobik pada pusat
molekulnya sehingga membuatnya larut dalam pelarut organik (Surzycki, 2003). Prinsip
itulah yang digunakan untuk memisahkan protein dari DNA. Tahap ketiga adalah
penghilangan RNA. Penghilangan RNA dapat dilakukan secara enzimatik dengan
menggunakan RNase (Surzycki, 2003). Tahap keempat adalah presipitasi DNA. Pada tahap
ini digunakan dua jenis alkohol yaitu isopropanol dan etanol. Prinsip presipitasi DNAoleh
alkohol yaitu sebagai berikut. Molekul air bersifat polar (bermuatan positif) sehingga dapat
berikatan kuat dengan DNA yang juga bersifat polar (bermuatan negatif) karena adanya
kelompok fosfodiester pada tulang punggung DNA (Surzycki, 2003). Akan tetapi, asam
nukleat (DNA) tidak berdisosiasi dalam air karena gaya intramolekul yang menghubungkan
antar nukleotida lebih kuat daripada gaya antarmolekul antara asam nukleat dan air. Namun
demikian, molekul air mengelilingi asam nukleat melalui interaksi dipol-dipol dengan asam
nukleat. Interaksi ini meningkatkan kelarutan DNAdalam air (Zumbo, 2013). Isopropanol
dan etanol bersifat kurang polar jika dibandingkan air sehingga tidak dapat berikatan kuat
dengan DNA. Jadi isopropanol dan ethanol akan mempresipitasi DNA pada fase aquoeus
sehingga DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk pelet setelah dilakukan
sentrifugasi. Isopropanol kurang polar dibandingkan etanol. Oleh karena itu, isopropanol
lebih efektif dalam melakukan presipitasi DNA dibandingkan etanol. Akan tetapi, tidak
hanya DNA, residu berupa garam juga kurang larut dalam isopropanol, akibatnya garam-
garam yang terlibat dalam proses ekstraksi akan terpresipitasi bersama DNA. Oleh sebab itu
dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol untuk menghilangkan residu garam. Proses
presipitasi kembali dengan etanol dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang
diisolasi. (Puspitaningrum dkk, 2018)
 IV. ALAT DAN BAHAN :
IV.1 ALAT

NO Nama Alat Jumlah

1 Gelas Beaker 2 Buah

2 Gelas Pengaduk 1 Buah

3 Corong Gelas 1 Buah

4 Kertas Filter 1 Buah

5 Pipet 1 Buah

6 Ice Box 1 Buah

IV.2 BAHAN

NO Nama Bahan Jumlah

1 Bawang Bombay 1-2 kg

2 Isoprophyl Alkohol 20 ml

3 Larutan Buffer Secukupnya

4 Es Batu Secukupnya

5 Air Secukupnya

V. PROSEDUR KERJA :
1. Bawang bombay ditimbang kira-kira 1-2 kg untuk setiap kelompok.
2. Bawang diblender bila perlu ditambahkan air secukupnya untuk menghancurkan
perbandingan bawang : air = 2:1.
3. Dimasukkan 50 ml juice umbi bawang dan beker gelas 250 ml dan tambahkan 100 ml
buffer aduk perlahan.
4. Dicampurkan juice dengan buffer dimasukkan dalam botol conicol sampai skala 13.
5. Disentrifuge 15 menit dengan kecepatan rendah (1300 rpm).
6. Disaring dengan kertas saring ditampung dalam erlemeyer dan dalam keadaan dingin, 2
flakon cup kira-kira menjadi 10 ml.
7. Hasil filtrat dituang ke dalam beker gelas 50 ml diusahakan mendapatkan filtrat 10 ml.
8. Tambahkan 20 ml isoprophyl alkohol (perbandingan bawang isoprophyl alkohol = 1:2).
VI. HASIL DAN PEMBAHASAN :
6.1 PEMBAHASAN MENURUT TEORI

DNA (DeoxyriboNucleic Acid) merupakan asam nukleat pembawa pesan genetik dalam
kehidupan. Informasi genetik terletak di dalam inti sel dan tersusun rapi membentuk kromosom.
Pola DNA penyusun kromosom inilah yang menentukan karakteristik sifat/jenis rambut, warna
kulit dan sifat-sifat khusus yang berbeda antara satu individu dengan lainnya. DNA ditemukan
pertama kali pada tahun 1869. Melalui teknologi Xray diketahui bahwa DNA memiliki struktur
yang tertata secara rapi dan memiliki model rantai ganda DNA yang dipublikasikan oleh Watson
dan Crick di jurnal Nature pada tahun 1953. Sejak itu, teknik pemurnian DNA mengalami
perkembangan yang pesat dan menjadi prosedur rutin yang dilakukan didalam penelitian
molekuler diberbagai bidang. DNA terletak didalam sel. Oleh karena itu untuk mendapatkan
DNA diperlukan tahap khusus yang biasanya dilakukan di laboratorium tertentu. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel maka teknik pemurnian DNA secara biokimia dilakukan dengan
cara merusak dinding sel menggunakan larutan bufer tententu dan campuran berbagai jenis
deterjen. Dengan terbukanya lapisan membran sel maka DNA dapat dikeluarkan dan diendapkan
dengan penambahan alkohol. Isolasi DNA merupakan serangkaian proses yang dilakukan untuk
memisahkan DNAdari komponen-komponen sel seperti lipid, protein, dan RNA(Surzycki,
2003). Prinsip kerja isolasi dan purifikasi DNAterdiri atas 5 tahap yaitu: pemecahan membran
sel, penghilangan protein, penghilangan RNA, presipitasi DNA, pengukuran kemurnian dan
kuantitas DNA(Surzycki, 2003). Pemecahan membran sel merupakan proses pertama dalam
melakukan isolasi DNA. Proses pemecahan membran sel yang paling terbaik dilakukan dengan
menggunakan bahan-bahan kimia seperti detergen atau dengan menggunakan enzim (Surzycki,
2003). Bahan yang digunakan di antaranya mengandung detergen anionik yaitu berupa SDS
(Sodium Deodecyl Sulfate) yang mampu mendegradasi membran sel 0 (Sharpe, 2005).
Selanjutnya, DNA diinkubasi pada suhu 37 C untuk mempercepat pelisisan sel. Inkubasi
DNApada suhu yang lebih tinggi bisa menyebabkan DNAterdegradasi (Chen et al., 2010). Tahap
kedua dalam proses isolasi DNA adalah proses penghilangan protein. Protein dan asam nukleat
(DNA) berbeda kelarutannya dalam pelarut organik. Asam nukleat bersifat hidrofilik sehingga
mudah larut dalam air, sedangkan protein mengandung banyak residu hidrofobik pada pusat
molekulnya sehingga membuatnya larut dalam pelarut organik (Surzycki, 2003). Prinsip itulah
yang digunakan untuk memisahkan protein dari DNA. Tahap ketiga adalah penghilangan RNA.
Penghilangan RNA dapat dilakukan secara enzimatik dengan menggunakan RNase (Surzycki,
2003). Tahap keempat adalah presipitasi DNA. Pada tahap ini digunakan dua jenis alkohol yaitu
isopropanol dan etanol. Prinsip presipitasi DNAoleh alkohol yaitu sebagai berikut. Molekul air
bersifat polar (bermuatan positif) sehingga dapat berikatan kuat dengan DNA yang juga bersifat
polar (bermuatan negatif) karena adanya kelompok fosfodiester pada tulang punggung DNA
(Surzycki, 2003). Akan tetapi, asam nukleat (DNA) tidak berdisosiasi dalam air karena gaya
intramolekul yang menghubungkan antar nukleotida lebih kuat daripada gaya antarmolekul
antara asam nukleat dan air. Namun demikian, molekul air mengelilingi asam nukleat melalui
interaksi dipol-dipol dengan asam nukleat. Interaksi ini meningkatkan kelarutan DNAdalam air
(Zumbo, 2013). Isopropanol dan etanol bersifat kurang polar jika dibandingkan air sehingga
tidak dapat berikatan kuat dengan DNA. Jadi isopropanol dan ethanol akan mempresipitasi DNA
pada fase aquoeus sehingga DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk pelet
setelah dilakukan sentrifugasi. Isopropanol kurang polar dibandingkan etanol. Oleh karena itu,
isopropanol lebih efektif dalam melakukan presipitasi DNA dibandingkan etanol. Akan tetapi,
tidak hanya DNA, residu berupa garam juga kurang larut dalam isopropanol, akibatnya garam-
garam yang terlibat dalam proses ekstraksi akan terpresipitasi bersama DNA. Oleh sebab itu
dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol untuk menghilangkan residu garam. Proses
presipitasi kembali dengan etanol dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang diisolasi.
(Puspitaningrum dkk, 2018).

VI KESIMPULAN :
 1. Gen-gen dari sistem golongan darah ini bersifat autosomal, kecuali XG dan XK yang
diturunkan melalui kromsom X, dan MIC2 yang ada pada kromosom X dan Y. Antigen
dapat berupa protein integral dimana polimorfisme terletak pada variasi urutan asam
amino (misalnya: Rhesus, Kell), glikoprotein atau glikolipid (misalnya ABO).
2. Diketahui bahwa setiap individu mempunyai karakteristik golongan darah yang
dibedakan menjadi golongan darah grup A, B, dan O.
3. Sistem penggolongan darah ABO pertama kali ditemukan oleh Karl Landsteiner pada
tahun 1900 dengan mencampur eritrosit dan serum darah para stafnya. Landsteiner, dari
percobaantersebut menemukan 3 dari 4 jenis golongan darah dalam sistem ABO, yaitu A,
B, dan O.
4. Prinsip pemeriksaan golongan darah yaitu reaksi antigen yang terdapat pada permukaan
eritrosit dengan antibodi yang sama shingga terbentuk aglutinasi.
5. Golongan darah ABO pada manusia ditentukan berdasarkan jenis antigen dan antibodi
yang terkandung dalam darahnya, yaitu golongan darah A memiliki sel darah merah
dengan antigen A dipermukaan eritrositnya dan menghasilkan antibodi terhadap antigen
B dalam serum darahnya. Golongan darah B memiliki antigen B di permukaan
eritrositnya dan menghasilkan antibodi terhadap antigen A dalam serum darahnya.
Golongan darah AB memiliki sel darah merah dengan antigen A dan B di permukaan
eritrositnya serta tidak menghasilkan antibodi terhadap antigen A maupun antigen B
dalam serum darahnya. Sedangkan golongan darah O memiliki sel darah tanpa antigen,
tetapi dalam serumnya terdapat antibodi terhadap antigen A dan B.

IX DAFTAR PUSTAKA :

Faatih Mukhlissul. 2009. Isolasi Dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains Dan
Teknologi. 10(1):61-67.

Octavia dkk. 2021. Isolasi DNA Tumbuhan Hasil Eksplorasi di Nusakambangan dengan Metode
Kit di Laboratorium Treub, Kebun Raya Bogor. Jurnal UIN Alauddin. 6(8):291-299.

Puspitaningrum. 2018. Genetika Molekuler Dan Aplikasinya. Jakarta: Freepik.

Rini dkk. 2018. Genetika Molekuler Dan Aplikasinya. Yogyakarta: Deepublish Publisher.

Rizko dkk. 2020. Isolasi DNA Daun Jeruk Bali Merah (Citrus maxima Merr) Dengan Modifikasi
Metode Doyle And Doyle. Berkala Bioteknologi. 3(2):1-7.