BAB I

PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Dewasa ini telah banyak dilakukan isolasi DNA yang bertujuan

untuk mengembangkan ilmu pengetahuan terutama dalam ilmu Genetika.

Isolasi DNA telah banyak dilakukan dan dikembangkan di dunia ilmiah

karena teknologi – teknologi modern telah menjamah ilmu genetika. Isolasi

DNA ini dapat dilakukan dengan cara dan bahan sederhana, hingga dengan

teknologi modern. Mengenai hal ini, pada dasarnya isolasi DNA dapat

dilakukan dari berbagai sumber, antara lain organ manusia, darah, daun,

daging buah, akar batang, daging dan sisik ikan. Namun, penggunaan

tumbuhan sebagai sumber lebih banyak dilakukan dalam pengisolasian DNA

dewasa ini. Pengisolasian DNA pada sumber dilakukan terutama untuk

pengenalan DNA secara lebih jelas karena dari isolasi ini DNA dapat terpisah

dari kumpulannya, yaitu kromosom. Setelah dilakukan isolasi, biasanya DNA

akan dielektroforesis.

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan

berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan

secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, dan kloroplas.

Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi

sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas

berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu

DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan

1
sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola

pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA

prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan

DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein histon.

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan

komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan

pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik

dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set

lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan

terorganisasi menjadi kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada

manusia maupun tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi melalui darah.

Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih, karena memiliki

nukleus dimana terdapat DNA didalamnya.

DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontaminasi oleh

polisakarida dan metabolit sekunder seperti tannin, pigmen, alkaloid, dan

flavonoid. Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses

destruksi dinding sel untuk melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan karena

tanaman memiliki dinding sel yang kuat, dan pada beberapa tanaman

kontaminasi sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat. Kehadiran

kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas enzim, misalnya DNA tidak

sensitif oleh enzim retriksi dsan mengganggu proses amplifikasi DNA dengan

PCR.

2
 Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk

memisahkan, mengidentifikasi, mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul

DNA/RNA. Cara pemisahan dengan elektroforesisi ini merupakan alat

pendukung yang sangat pokok dalam teknologi DNA rekombinan, dengan

aplikasi yang begitu luas baik untuk pemisahan untai tunggal atau untai

ganda molekul DNA.

1.2. Rumusan Masalah

Masalah dalam penelitian ini dirumuskan sebagai berikut :

1. Bagaimanakah pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan pembentukan

DNA pada proses isolasi DNA?
2. Bagaimanakah pengaruh kandungan air suatu buah terhadap hasil isolasi
DNA?
3. Bagaimana keefektifan deterjen dan buah yang digunakan dalam isolasi
DNA ?

1.3. Batasan Masalah

Batasan masalah pada penelitian ini meliputi :

1. Sumber DNA buah yang digunakan adalah buah apel (Malus domestica)

yaitu apel malang dan buah melon (Cucumis melo L.).

2. Data yang dikumpulkan adalah lama waktu terbentuknya benang-benang

DNA buah, ketebalan benang-benang DNA buah, serta warna benang-

benang DNA buah.

3. Deterjen yang digunakan yaitu attack, surf dan daia.

3
1.4. Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan sebagai berikut :

1. Untuk mengetahui keefektifan jenis detergen terhadap hasil isolasi DNA

pada buah.

2. Untuk mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu

pembentukan DNA pada proses isolasi DNA.

3. Untuk mengetahui pengaruh kandungan air yang terdapat pada suatu buah

terhadap hasil isolasi DNA.

1.5. Manfaat Penelitian

Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberi mamfaat sebagai berikut :

1. Memberikan informasi pengetahuan tentang DNA buah kepada pelajar

agar menumbuhkan motivasi internal dalam mata pelajaran Kimia.

2. Memberikan informasi kepada masyarakat bahwa DNA buah dapat

dilakukan dengan isolasi.

4
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Pengertian DNA

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang

paling penting dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang

mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi

selanjutnya (Suryo 2004: 57).

Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom.

Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam

sel organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen (Campbell

dkk.2004:221).

DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan

bentuk. Organisme prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular, sedangkan

organisme eukariotik mempunyai DNA berbentuk linier. DNA eukariot

terletak dalam inti sel, sedangkan DNA prokariot terletak dalam sitoplasma

(Jusuf 2001:7).

Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan

Francis Crick. Mereka memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar

X yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Watson dan

Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA merupakan rantai ganda (double

helix). Untai ganda tersusun dari dua rantai polinukelotida yang terpilin.

Kedua rantai memiliki susunan antiparalel, yaitu satu rantai berorientasi dari

5
ujung 5’ ke 3’sedangkan yang lain berorientasi ujung 3’ ke 5’. Ujung 5’

merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3’ berakhir

dengan gugus OH. Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang

memghubungkan kedua basa nitrogen (Sadava dkk.2004:218-220).

Komponen nukleotida DNA adalah gula, fosfat, dan basa nitrogen.

Komponen gula pada DNA adalah gula deoksiribosa, yaitu gula ribose yang

kehilangan satu atom oksigen. Basa yang ada pada DNA ada dua macam,

yaitu purin dan pirimidin. Purin terbagi lagi menjadi dua macam, yaitu adenin

dan guanin. Pirimidin terdiri dari dua jenis, yaitu timin dansitosin (Sadava

dkk.2004:219).

DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh

kita. Hal tersebut dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di

dalam sel makhluk hidup. DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus,

tetapi dapat ditemukan pada mitokondria dan kloroplas. DNA yang diisolasi

dari kloroplas menunjukkan sifat berbentuk sirkular, terdiri dari untai ganda,

replikasi semikonservatif, dan bebas dari protein histon. DNA kloroplas

penting dalam proses fotosintesis (Raven & Johnson 2002: 94).

Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa

ribu pasangan basa. Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication)

sehingga mampu mereplikasi diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom.

Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua plasmid tereplikasi

(Pierce2005:203).

6
2.2. Fungsi DNA adalah sebagai berikut :

1. Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk

hidup (Sadava dkk.2004:220).

2. Fungsi heterokatalis, yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan

pembuatan molekul-molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi

autokatalis, yaitu fungsi DNA untuk mereplikasi dirinya sendiri (Suryo

1999:59).

2.3. Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari

DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi

merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul

komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di

bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas

tabung.

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang

terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah

(Campbell dkk. 2002: 115). Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan

untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran (Alberts dkk.

1994:254).

Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi

keberadaan DNA. Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA: ketika

dipanaskan (misalnya ≥ 95 ° C) dalam asam, reaksi memerlukan gula

7
deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA. Dengan kondisi tersebut, 2-

deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida, yang bereaksi

dengan senyawa, difenilamin, untuk menghasilkan senyawa berwarna biru.

Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan

pada 600 nm dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva

standar konsentrasi DNA diketahui. Mengukur intensitas absorbansi larutan

DNA pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm digunakan sebagai

ukuran kemurnian DNA. DNA menyerap sinar UV pada 260 dan 280

nanometer, dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm, sebuah

sampel DNA murni memiliki rasio 260/280 pada 1,8 dan relatif bebas dari

kontaminasi protein. Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan

protein akan memiliki rasio 260/280 lebih rendah dari 1,8.

DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi,

menjalankannya pada gel agarosa, pewarnaan dengan bromida etidium atau

noda yang berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda

DNA konsentrasi dikenal. Menggunakan teknik Southern blot ini diukur

DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih lanjut menggunakan analisis PCR

dan RFLP. Prosedur ini memungkinkan diferensiasi diulang dalam urutan

genom. Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan untuk

perbandingan, identifikasi, dan analisis.

Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi

DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak

sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi

8
DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau

bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan

adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang

dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan

sample buah, maka kadar air pada masing-masing buah berbeda, dapat

memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel

yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang

terpretisipasi juga akan sedikit.

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini

bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak

diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak

menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel,

dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan

membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara

mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan

mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian

deterjen yang dapat merusak membran sel dan membran inti. Pada dasarnya,

sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA terletak pada

kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan kloroplas. Sedangkan RNA

dijumpai di nukleus, sitoplasma, dan ribosom. DNA ada dalam setiap sel

makhluk hidup. DNA bisa mengalami denaturasi dan renaturasi. Banyak hal

yang mempengaruhi prosestersebut, antara lain suhu yang tinggi, pH ekstrim,

kandungan elektrolit Na+ atau K+ dan komposisi basa C-G. (Hays, 2005).

9
 Basa purin yang terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin

sedangkan basa pirimidin yang terdapat dalam DNA adalah sitosin dan timin.

Antara basa-basa yang terdapat pada rantai asam nukleat ini terikat dengan

suatu ikatan hidrogen. Adenin dapat membentuk dua ikatan hidrogen dengan

timin (A=T), sedangkan Guanin dan sitosin dapat membentuk tiga ikatan

hydrogen. Molekul DNA yang panjang itu terbentuk oleh ikatan antara atom

C nomor 3 dengan atom nomor 5 pada molekul deoksiribosa dengan

perantaraan gugus phosphat. Basa yang mengandung oksigen ditulis dalam

bentuk keto atau laktam. Sebenarnya terdapat keseimbangan antara bentuk

keto (laktam) dengan bentuk enol (laktim). Keseimbangan ini dipengaruhi

oleh pH di lingkungannya. Dalam tubuh bentuk laktam terdapat lebih banyak

daripada bentuk laktim, oleh karena itu basa tersebut ditulis dalam bentuk

laktam. Dari rumus DNA tersebut dapat pula dilihat bahwa karakteristik atau

ciri khas suatu asam nukleat terletak pada urutan basa purin dan pirimidin

yang terdapat pada molekul asam nukleat tersebut (Poedjiadi, 1994).

2.4. Karakterisasi DNA

Karakterisasi DNA dilakukan bertujuan untuk mengetahui sifat-

sifat molekul DNA. Karakterisasi DNA dilakukan dengan pengamatan

kelarutan di dalam pelarut polar yaitu aquadest dan dalam pelarut non polar

yaitu kloroform. Karakterisasi juga dilakukan dengan menggunakan

spektrofotometer untuk memperoleh λ maksimum dan dengan pengamatan

denaturasi dan renaturasi pada suhu yang berbeda. Pellet DNA yang

terbentuk dilarutkan dalam pelarut aquadest dan kloroform. Dimana aquadest

merupakan pelarut polar dan kloroform merupakan pelarut non polar.

10
 Pelarutan ini berdasarkan prinsip ”like disolve like”, dimana pelarut polar

akan melarutkan zat yang bersifat polar sedangkan pelarut non polar akan

melarutkan zat yang bersifat non polar. Kemudian dilakukan pengukuran

absorbansinya untuk menentukan panjang gelombang maximumnya.

Semakin besar panjang gelombangnya maka semakin kecil nilai

absorbansinya, hal ini karena banyak cahaya yang diserap sedikit sehingga

absorbansinya kecil. Pengamatan denaturasi dan renaturasi DNA dilakukan

dengan penentuan absorbansi pada panjang gelombang maximum dengan

adanya variasi suhu. Variasi suhu dilakukan denganpendinginan pada suhu

400C, kemudian dipanaskan sampai suhu2700C, 6000C, 9000C dan kembali

lagi pada suhu 6000C. Pemvariasian suhu ini berfungsi untuk mengetahui

DNA yang terdenaturasi dan terenaturasi dengan pengukuran absorbansinya.

Denaturasi terjadi bila ikatan hidrogen pada DNA putus, proses denaturasi

terjadi akibat proses pemanasan. Sedangkan terbentuknya kembali ikatan

hidrogen disebut renaturasi, proses ini terjadi akibat adanya proses

pendinginan kembali pada larutan. Hal ini karena semakin tinggi suhu larutan

maka mobilitas partikel akan semakin besar sehingga cahaya yang diserap

akan semakin banyak, sehingga nilai absorbansinya akan semakin besar.

2.5. Buah Apel

Kerajaan :Plantae
Divisi :Magnoliophyta
Kelas :Magnoliopsida
Ordo :Rosales

11
 Famili :Rosaceae
Upafamili :Maloideae
Genus :Malus
Spesies :M. domestica
Nama binomial :Malus domestica

Apel ialah jenis buah, atau pohon yang menumbuhkan pohon ini.

Buah apel biasanya merah di luar saat masak (siap dimakan), namun bisa

juga hijau atau kuning. Orang mulai pertama kali menanam apel di Asia

Tengah. Kini apel berkembang di banyak daerah di dunia yang lebih dingin.

Nama ilmiah pohon apel dalam bahasa Latin ialah Malus domestica. Apel

budidaya adalah keturunan dari Malus sieversii asal Asia Tengah, dengan

sebagian genom dari Malus sylvestris (apel hutan/apel liar). Kebanyakan apel

bagus dimakan mentah-mentah (tak dimasak), dan juga digunakan banyak

jenis makanan pesta. Apel dimasak sampai lembek untuk membuat saus apel.

Apel juga dibuat menjadi minuman sari buah apel.

2.6. Buah Melon

Kerajaan : Plantae
Divisi : Magnoliophyta
Kelas : Magnoliophyta
Ordo : Cucurbitales
Famili : Cucurbitaceae
Genus : Cucumis
Spesies : C. melo
Nama binomial : Cucumis melo L.

Melon (Cucumis melo L.) merupakan nama buah sekaligus

tanaman yang menghasilkannya, yang termasuk dalam suku labu-labuan

atau Cucurbitaceae. Bagian yang dimakan adalah daging buah (mesokarp).

Teksturnya lunak, berwarna putih sampai merah, tergantung kultivarnya.

12
 BAB III
METODOLOGI PENELITIAN

3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian

Penelitian dilakukan dilaksanakan di laboratorium program studi

pendidikan kimia selama 1 minggu.

13
3.2. Populasi dan Sampel
Populasi yang digunakan dalam penelitian ini adalah bauh apel

malang (Malus domestica) dan buah melon (Cucumis melo L.). Sampel

penelitian diperoleh dari buah apel malang dan melon yang dijual di kota

palangka Raya.

3.3. Alat dan Bahan

3.3.1. Alat

NO Alat Jumlah
1 Gelas kimia 6 buah
2 Pisau 1 buah
3 Blender 1 buah
4 Kertas saring Secukupnya
5 Spatula 1 buah
6 Tabung reaksi 6 buah
7 Pipet tetes 1 buah
8 Neraca analitik 1 buah
9 Corong 3 buah
10 Gelas ukur 1 buah
11 Aluminium foil secukupnya
12 Rak Tabung 1 buah
13 Kain saring 3 buah

3.3.2. Bahan

NO Bahan Jumlah
1 Deterjen (attack, daia, surf) 3 sendok
2 Etanol Absulute Dingin 108 ml
3 Aquades secukupnya
5 Buah (apel dan melon) 300 gram
6 Garam dapur 6 spatula
7 Es Batu 1 buah
8 NaCl 6 spatula

3.4. Prosedur Penelitian

1. Pertama-tama menimbang masing-masing sebanyak 250 gram daging
buah nenas dan daging buah pir yang sudah dipotong.

14
 2. Kemudian memblender potongan buah dengan menambahkan 250 mL
air untuk mempermudah pengambilan sampel.
3. Setelah itu menyaring dengan kain saring dan kertas saring sebanyak
lima kali lalu menampung hasil saringan (alikot) dalam gelas kimia 500
mL.
4. Memasukkan masing-masing ±1 sendok deterjen (attack, daia, surf) ke
dalam gelas kimia yang sudah disediakan, lalu menambahkan dengan 2
spatula NaCl dan 56 ml aquades, kemudian mengaduknya selama 15
menit (jangan sampai membuih).
5. Mengambil masing-masing 2 mL alikot dan memasukkannya ke dalam
tabung reaksi. Lalu menambahkan 1 mL larutan dari deterjen (attack,
daia, surf), NaCl dan aquades kemudian diaduk (jangan sampai
membuih).
6. Menambahkan 6 ml etanol absolute dingin dengan meneteskannya
perlahan-lahan melalui dinding tabung reaksi.
7. Mengulanginya sebanyak 3 kali.
8. Mengamati proses timbulnya DNA, meliputi waktu yang diperlukan,
warna, serta banyak sedikitnya DNA yang ditandai dengan terbentuknya
benang-benang DNA berwarna putih.
BAB IV

DATA DAN PEMBAHASAN

4.1 Data Pengamatan

Tabel. Hasil Pengamatan

Waktu terbentuk Rata-

Jenis cincin DNA (s) rata Jumlah
Buah Warna DNA
Deterjen waktu DNA
A B C
(s)
Attack 3,45 4,5 4,56 4,17 ++++ Bening
Melon Daia 7,15 6,3 7 6,82 +++ Bening
surf 8,10 7,1 8,25 7,82 ++ Bening
Attack 4,5 5,4 6,2 5,37 +++ Bening
Apel Daia 5,23 7,31 6,6 6,38 ++ Bening
surf 6,3 5,7 7,8 6,6 + Bening

15
4.2 Pembahasan
Tahap pertama dari isolasi DNA yaitu pengeluaran DNA dari sel

dengan cara merusak dinding dan membran sel serta membran inti dengan

cara memblender buah apel dan melon. Pemblenderan ini dilakukan dengan

menambahkan aquadest yang berfungsi untuk mempermudah pemblenderan.

Proses pemblenderan dilakukan selama 1 menit, supaya DNA buah tidak

hancur. Setelah diblender, ekstrak buah disaring dan ditambahkan dengan

NaCl dan deterjen yang sudah tercampur. Kemudian meneteskan etanol

absolute dingin secara perlahan-lahan sehingga terbentuk benang-benang

DNA. DNA yang didapatkan dalam pengamatan kali ini adalah DNA yang

berupa benang-benang halus sehingga hanya serupa kabut putih yang sangat

lembut. Seperti pada gambar dibawah ini :

Etanol

Benang-benang DNA

Filtrat

Gambar. Isolasi DNA

Berdasarkan analisis data yang saya peroleh terdapat tiga lapisan

yaitu lapisan terbawah adalah filtrat, lapisan tengah berupa benang-benang

yang merupakan DNA, sedangkan lapisan teratas adalah etanol yang berwarna

bening, karena etanol memiliki densitas (kerapatan) yang lebih kecil

dibandingkan air. Strand-strand (suatu bahan yang kental dengan gelembung

udara yang terperangkap di dalamnya) DNA yang terikat oleh etanol akan

16
nampak sebagai benang-benang putih yang terapung di atas filtrat.

Penambahan etanol dingin juga bertujuan untuk mempermudah proses

presipitasi DNA. Sehingga DNA yang telah terkumpul akan mampu terpisah

dari larutan dan membentuk lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi unsur

penyusunnya. Etanol bersifat polar sehingga dapat melarutkan DNA yang juga

bersifat polar. Dari hasil isolasi DNA yang dilakukan, diketahui bahwa jenis

detergen berpengaruh terhadap hasil isolasi DNA dan jenis detergen tertentu

memberikan pengaruh paling baik terhadap jenis buah tertentu pula dengan

kadar air berbeda. Dari data dapat diketahui bahwa detergen bubuk Attack

memberikan pengaruh paling baik pada buah dengan kadar air tinggi (melon),

sedangkan detergen daia dan surf memberikan pengaruh yang kurang baik

pada buah apel dengan kadar air rendah sehingga DNA yang dihasilkan

sedikit.
Perbedaan detergen dalam mempengaruhi tingkat pemunculan

DNA dalam isolasi DNA ini disebabkan karena kandungan detergen tersebut

berbeda, misalnya lauryl sulfat yang dapat berfungsi sama dengan dodesil

sulfat dan disodium EDTA, serta kandungan zat pewarna dan zat aktif pemutih

yang biasanya ada dalam detergen. Diantara detergen bubuk yang digunakan,

detergen Attack menghasilkan warna yang paling baik, yaitu putih. Detergen

daia memberikan warna yang kurang baik karena menyebabkan warna filtrat

mendekati warna detergen, sehingga isolasi DNA yang dihasilkan berwarna

sama atau hampir sama dengan filtrat. Sementara pada isolat yang dihasilkan

dari filtrat yang menggunakan detergen surf tidak menunjukkan adanya

prespitasi DNA yang baik, konsentrasi dan viskositasnya sangat rendah.

17
 Fungsi detergen dalam isolasi DNA yaitu untuk melisiskan barier

(penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu

merusak dinding dan membran sel antara lain lisozim yang dapat membuat

senyawa polimerik yang menyebabkan kekakuan sel dan etil endiamintetra

asetat (EDTA) yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting

untuk mempertahankan keseluruhan struktur selubung sel, serta menghambat

enzim-enzim seluler yang dapat merusak DNA (ion Mg2+ merupakan faktor

penting bagi DNA yang biasa "memakan" DNA).

Selain lisozim dan EDTA, bisa juga digunakan detergen seperti

sodium dodesil sulfat (SDS) karena detergen ini bisa menyebabkan hilangnya

molekul lipid pada membran sel, sehingga bisa merusak struktur membran sel.

Detergen bisa menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid

dan protein sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel

karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki

fungsi yang sama dengan dodesil sulfat.

Ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan

protein dan lemak pada membran membentuk senyawa “lipid protein-deterjen

kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid

memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, sehingga dapat membentuk suatu

ikatan kimia. Detergen ini kemudian membentuk kompleks dengam lipid dan

protein dan menyebabkannya terpresipitasi ke dalam larutan. Pada saat

penghancuran jaringan sampel pada awal proses isolasi DNA, terjadi

pelepasan senyawa polifenol dan polisakarida.

Senyawa polifenol yang teroksidasi akan mengadakan ikatan

kovalen dengan DNA yang membentuk suatu senyawa kompleks, sedangkan

18
polisakarida mengalami kompresipitasi dengan asam nukleat saat presipitasi

dengan penambahan etanol sehingga terbentuk suatu matriks seperti lem

dalam jumlah berlebihan. Akan tetapi jika ditinjau dari sudut pandang media,

DNA yang baik adalah DNA yang serupa pintalan benang.

Ditinjau dari faktor penambahan garam ke dalam larutan detergen

pada proses isolasi DNA, garam digunakan untuk melarutkan DNA, karena

ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan)

dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan

molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehinggga pada saat ion

Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan

terkumpul. Dari pernyataan tersebut, nampak bahwa selain digunakan untuk

menghilangkan protein dan karbohidrat, garam juga membantu proses

pemekatan dan mengendapkan DNA, dimana garam akan berikatan dengan

phosphat dan pada saat itulah DNA berkumpul. Penambahan garam

menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan. Garam

juga berfungsi sebagai lysing buffer (menjaga pH larutan agar tetap konstan

sehingga tidak terjadi denaturasi DNA). Setelah itu sampel diaduk,

pengadukan bertujuan untuk mempercepat proses merusak membran sel,

membran inti dan dinding sel oleh detergen. Pada saat pengadukan harus

pelan-pelan karena deterjen mudah sekali berbusa, Busa yang ditimbulkan

oleh deterjen akan mengganggu pengamatan. Dari data dapat diketahui bahwa

detergen bubuk (attack, daia, dan surf) memberikan pengaruh paling baik pada

buah dengan kadar air tinggi yaitu buah melon dengan menghasilkan benang-

benang DNA paling banyak, dibandingkan dengan buah berkadar air rendah

19
 yaitu buah apel. Hasil isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh jenis buah dan

deterjen yang digunakan. Terbukti dari hasil pengamatan, pada masing-masing

buah didapatkan hasil yang berbeda, begitu pula untuk masing-masing jenis

deterjen yang digunakan.

BAB V

KESIMPULAN DAN SARAN

5.1. Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang dapat penulis sampaikan dari penelitian ini adalah :

1. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan

penambahan larutan deterjen dan etanol serta garam untuk membantu

presipitasi DNA. Perbedaan jumlah DNA yang dihasilkan dalam proses

isolasi disebabkan oleh jenis deterjen dan buah yang digunakan sebagai

sumber DNA.

2. Waktu pembentukan DNA yang paling cepat dihasilkan oleh buah apel

sedangkan waktu pembentukan DNA yang paling lama dihasilkan oleh

buah melon. Buah melon menghasilkan benang-benang DNA lebih banyak

dibandingkan dengan buah apel.

3. Deterjen bubuk (attack, daia, dan surf) memberikan pengaruh paling baik

pada buah dengan kadar air tinggi dibandingkan dengan buah yang

berkadar air rendah.

5.2. Saran

20
 Diharapkan agar para pembaca dapat memperbaiki kesalahan

dalam penulisan karya tulis ini kerena masih banyak kesalahannya.

DAFTAR PUSTAKA

Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel. Malang: jurusan Biologi FMIPA UM.

http://www.macnature.com/2010/02/isolasi-dna-referensi-terpercaya.html

http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_extraction )

http://kirsman83.weebl..com/2/post/2010/01/isolasi-dna
buah.htmly.com/2/post/2010/01/isolasi-dna-buah.html

http://anieez87.blogspot.com/. Anis Kurniawan. 2008. Post/26/ 07/2010/. Isolasi

DNA. Html

http://candradewa.webnode.com. Candradewa. 2009. post/26/07/2010.Isolasi dan

karakterisasi DNA. html.

http://zuzoqu.wordpress.com/isolasi-gen html. Post/26/ 7/2010.

Ridwan Maulana, dkk. 2010. Isolasi DNA Tanaman dan Elektroforesis DNA.
Jakarta : UI.post/26/ 07/ 2010.

21