BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Makhluk hidup di dunia ini pastinya memiliki keturunan atau anak untuk
meneruskan keberlangsungan hidupnya. Keturunan ini tidak serta merta lahir begitu
saja, namun ada beberapa faktor lahirnya keturunan tersebut. Salah satunya adalah
suatu sifat. Penurunan sifat dari orangtua kepada keturunan atau anaknya juga tidak
serta merta menurun begitu saja. Ada beberapa faktor atau alasan kelahiran suatu
keturunan, membawa sifat dari kedua orangtuanya. Salah satu faktor yang
mendasarinya adalah gen. Temapt gen ini berada disebut dengan DNA.
Menurut Hartati dan Ferry (2017), DNA ditemukan oleh seorang dokter
muda bernama Reidrich Miescher yang percaya bahwa rahasia kehidupan dapat
diungkapkan melalui penelitian kimia pada sel-sel. Ia memilih sel yang terdapat
pada nanah untuk dipelajari dan ia mendapatkan sle-sel tersebut dari bekas
pembalut luka, kemudian dilarutkan dalam asam encer dan ia menemukan inti sel
yang masih terikat dengan sejumlah protein, lalu ia menambahkan enzim pemecah
protein kemudian ia mendapatkan suatu zat yang larut dalam basa namun tidak larut
dalam asam. Setelah dibuktikan oleh Hershey dan Chase tahun 1950, maka terbukti
jika DNA merupakan bahan pembawa informasi genetik pada setiap organisme.
DNA penyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang
tersusun heliks ganda (double helix) DNA akan terurai menjadi untai tunggal
(single helix), dimana basa nitrogen dan kedua ”benang” polinukleotida saling
berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara
nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan
fosfat. Isolasi DNA adalah suatu tekhnik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pada proses
isolasi DNA ini, sel eukariotik harus dihancurkan terlebih dahulu melalui cara
mekanik dan enzimatis. Hal ini disebabkan membran sel dari membran inti
sebagian besar tersusun atas lipida.
 Pada praktikum kali ini, kami melakukan isolasi DNA terhadap beberapa
bauh dan beberapa jenis bunga. Dari praktikum ini, ingin diketahui seperti bentuk
DNA dari buah dan bunga tersebut. Data yang digunakan adalah data kelas mulai
dari kelompok 1 sampai dengan kelompok 6.
B. Tujuan Praktikum
1. Mengetahui cara memisahkan atau ekstraksi DNA dari jaringan tumbuhan
dengan metode sederhana
2. Melihat secara langsung DNA
C. Manfaat Praktikum
Manfaat dari praktikum kali ini adalah :
1. Mahasiswa dapat mengetahui cara memisahkan atau ekstraksi DNA dari
jaringan tumbuhan dengan metode sederhana
2. Mahasiswa dapat melihat secara langsung DNA
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
A. Isolasi DNA
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan
ekstraksi atau lisis untuk mencegah DNA rusak. Metode yang digunakan untuk
mengisolasi DNA tergantung pada sumber, umur, dan ukuran sampel, dan bertujuan
untuk menyajikan DNA terpisah dalam inti sel dari komponen seluler lainnya.
Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel. Proses
ini sangat penting untuk penghancuran struktur protein dan memungkinkan untuk
pelepasan asam nukleat dari ini (Hartati dan Ferry, 2017).
Isolasi DNA genom merupakan langkah awal dan sangat menentukan dalam
studi genetika dan molekuler suatu spesies. Proses tersebut membutuhkan preparasi
sampel untuk mendapatkan DNA dengan kualitas yang baik karena akan digunakan
untuk berbagai analisis molekuler maupun manipulasi genetik. Analisis genom
dilakukan untuk berbagai sampel dan untuk tiap sampel dibutuhkan optimasi agar
diperoleh DNA yang baik dalam jumlah besar. Isolasi atau pengambilan DNA dari
makhluk hidup terbagi atas beberapa tahapan yaitu penghancuran sel, penghilangan
RNA dan protein serta pemurnian dan pengendapan DNA (Ferniah dan Sri, 2013).
Identifikasi molekuler memerlukan tahapan awal yaitu isolasi DNA genom.
Prinsip isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni yang tidak tercampur dengan
komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat.Isolasi DNA genom dapat
dilakukan dengan metode lisis sel secara fisik dan kimia. Secara fisik sel dipecah
dengan kekuatan mekanik yaitu secara freeze thaw, bead mill homogenization dan
resonansi misalnya dengan sonikasi. Sedangkan secara kimia sel dirusak dengan
buffer lisis berisi senyawa kimia yang dapat merusak integritas barrier dinding sel,
(Murtiyaningsih, 2017).
Kualitas DNA yang baik yang diperoleh dari hasil ekstraksi merupakan
syarat dasar yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam penandaan
sidik jari DNA.Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide(CTAB) merupakan metode
yang umum digunakan dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak mengandung
polisakarida dan senyawa polifenol. Ada tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA,
yaitu perusakan dinding sel (lisis),pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa
dan protein, serta pemurnian DNA. Perkembangan ilmu pengetahuan sangat pesat
dewasa ini, di antaranya ilmu biologi molekuler yang memungkinkan diperolehnya
suatu marka gen yang mengendalikan karakter target perbaikan. Penemuan teknik
dalam memperoleh gen yang mengendalikan suatu karakter sebagai penanda
ataumarker molekuler (Syafaruddin dkk, 2014).
Ekstraksi untuk mendapatkan DNA berkualitas tinggi merupakan satu
kaidah dasar yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam
pencadraan sidik jari DNA. CTAB merupakan metode yang umum digunakan
dalam ekstraksi DNA genom tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan
senyawa polifenol. Ekstraksi DNA menggunakan nitrogen cair untuk melaluii
dinding sel dapat mengeluarkan semua isi sel yang kemudian ditampung dalam
larutan penyangga yang berisi Tris HCL dan EDTA. Dinding sel juga dapat
dipecahkan dengan penghangatan pada suhu 650C. detergen seperti sodium dodecil
sulfat (SDS), sarkosil dan CTAB digunakan untuk proses lisis (Huang dkk, 2013).
B. DNA
Asam nukleat dan protein merupakan senyawa polimer utama yang terdapat
pada sel. Asam nukleat berfungsi menyimpan dan mentransmisikan informasi
genetik dalam sel. Sel mempunyai dua jenis molekul asam nukleat yaitu DNA
(asam deoksiribonukleat) dan RNA (asam ribonukleat). DNA menyimpan
informasi genetik yang spesifik untuk setiap individu dan spesies tertentu, yang
akan diwariskan ke generasi berikutnya. Semua sel menggunakan sistem dimana
informasi yang terdapat dalam DNA di copy menjadi RNA dan kemudian dirubah
menjadi protein oleh mesin molekul yang disebut ribosom. Pada tingkat molekul,
sel-sel memiliki lebih banyak kesamaan daripada perbedaan (Morihito dkk, 2017).
Para ilmuwan menggunakan DNA di sejumlah aplikasi seperti pengenalan
DNA ke dalam sel dan binatang atau tanaman atau untuk tujuan diagnostic atau
anorganik lainnya dalam penyusunan DNA dapat mengganggu metode analisis
DNA khususnya dengan reaksi rantai polymerase mereka juga dapat menurunkan
mutu DNA yang mengarah ke penyimpanan yang lebih pendek. Setelah itu melalui
aplikasi dari deterjen protein dan lipid selular terpisah jauh dari DNA dan sejumlah
kit pemurnian DNA menggunakan prinsip-prinsip komersial yang berbeda pada
setiap prinsip kerjanya (Hartati dan Ferry, 2017).
Asam nukleat, meliputi DNA (asam deoksiribonukleat) dan RNA (asam
ribonukleat) adalah makromolekul yang berbentuk polimer linier, tersusun atas
monomer nukleotida. Kedua makromolekul ini berperan pada proses metabolism
informasi genetic. Pada proses tersebut, molekul DNA berfungsi sebagai cetak biru
yang menentukan ciri dan sifat yang melekat pada makhluk hidup. Ciri dan sifat
yang tampak pada setiap makhluk hidup merupakan hasi ekspresi informasi genetic
yang tersimpan di dalam struktur molekul DNA. DNA direplikasi oleh enzim DNA
polymerase. Enzim ini menyalin urutan asam nukleat induk secara cermat sehingga
terbentuk dua molekul DNA anak dari satu molekul DNA induk (Baktir, 2017).
MicroRNA (miRNA) adalah sejenis RNA molekul kecil yang tidak dikode,
yang panjangnya hanya sekitar 22 pangkalan. Ini banyak ditemukan pada hewan,
tumbuhan, dan organisme bersel tunggal fungsi biologis yang sangat penting.
MicroRNA memainkan peran penting dalam beberapa hal proses fisiologis dan
patologis, seperti diferensiasi sel induk, kekebalan tubuh respon, perkembangan sel
kanker dan metastasis. Dalam beberapa tahun terakhir, sebagai hal yang penting
indikator fungsi miRNA, penelitian gen target (TGs) menjadi lebih dan lebih
mendalam, seperti prediksi titik target, pengayaan simpul GO dan jalur KEGG
pengayaan dan distribusi genom (Lv, 2016).
C. Bentuk DNA
Bentuk DNA terdiri dari 3 bentuk yakni DNA-A, DNA-B dan DNA-Z.
Bentuk utama yang DNA di alam berbentuk yakni DNA-B. Jenis bentuk DNA
tersebut tergantung pada kondisi seperti sifat dari ion positif yang terkait dengan
DNA dan urutan spesifik biasanya. Salah satu bentuk lain adalah DNA-A, yang
memiliki 11 pasangan basa untuk setiap pergantian heliks. Karakteristik penting
dari DNA adalah DNA dapat mereplikasi atau membuat salinan dari dirinya sendiri.
Setiap rangkain DNA di double helix dapat berfungsi sebagai pola untuk
menduplikasi urutan basa (Sumbono, 2015).
 BAB III
METODE PRAKTIKUM

A. Waktu dan Tempat

Hari/Tanggal : Rabu, 6 November 2019
Pukul : 09.10-10.50 WITA
Tempat : Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi FMIPA UNM
B. Alat dan Bahan
1. Alat
a. Tabung reaksi 2 buah
b. Corong 1 buah
c. Rak tabung 1 buah
d. Spoit 1 buah
e. Mortar dan pistil 1 Pasang
f. Gelas ukur 10 ml 1 buah
g. Neraca 1 buah
h. Gelas kimia 250 ml 1 buah
i. Pisau 1 buah
2. Bahan
a. Buah Anggur ((Vitis vinifera) 1 buah
b. Buah Strawberry (Fragaria vesca) 1 buah
c. Buah kiwi 1 buah
d. Buah Naga ( 1 buah
e. Bunga Tasbih (Canna hibrida) 1 tangkai
f. Bunga Kembang Sepatu (Hibiscus rosasinensis) 1 tangkai
g. Aquades 250 ml
h. Etanol 9 ml
i. Detergen 25 ml
j. Garam 7,5 gram
k. Plastik gula 1 buah
l. Aluminium foil 1 lembar
m. Kertas saring 1 lembar
C. Prosedur Kerja

Memotong buah kecil- Menggerus buah hingga halus

kecilka klorofom. secara merata

Menyaring ekstrak buah Melarutkan garam 7,5 gram

dan memasukkan kedalam dan detergen 25 ml kedalam
tabung reaksi aquades sebanyak 250 ml

Memasukkan etanol 9 ml Mengamati DNA dan

kedalam tabung reaksi yang menghitung waktu presitipasi
terisi ekstrak buah
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil Pengamatan
Tabel 4.1. Hasil pengamatan isolasi DNA
Gambar Waktu
No Sampel Bentuk DNA
Pengamatan Presipitasi
1 Buah Anggur
(Vitis vinifera) Benang
09:10
memisah

2 Bunga Kembang Sepatu

(Hibiscus Rosasinensi)
03:54 Benang

3 Buah Strawberry
(Fragaria vesca) Benang
08:29
memisah

4 Buah Kiwi
(Actinidia deliciosa)
07:16 Benang kusut

5 Buah Naga
(Hylocereus polyrhizus) Benang
11:11
memisah
 6 Bunga Tasbih
(Canna hibrida) Benang
02:30
memisah

B. Pembahasan
Praktikum kali ini, kami melakukan kegiatan isolasi DNA terhadap
beberapa jenis buah dan bunga. Buah yang digunakan adalah buah anggur (Vitis
vinifera), buah strawberry (Fragaria vesca), buah kiwi (Actinidia deliciosa), dan
buah naga (Hylocereus polyrhizus). Sedangkan bunga yang digunakan adalah
bunga kembang sepatu (Hibiscus Rosasinensis) dan bunga tasbih (Canna hibrida).
Pada praktikum ini dilakukan dua cara yaitu dengan cara fisik dan cara kimia. Cara
fisik dilakukan dengan cara memotong, menggerus dan menyaring bahan tersebut,
sedangkan cara kimia dilakukan dengan menambah beberapa macam larutan yaitu
NaCl, Sunlight, dan Etanol. Fungsi dari NaCl adalah untuk mempertahankan sel
dari kerusakan saat digerus, fungsi Sunlight adalah untuk merusak dinding sel dan
melarutkannya sedangkan fungsi Etanol adalah untuk menarik DNA keluar dari sel.
Kegiatan isolasi DNA ini, kami juga menghitung waktu presipitasinya.
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu
komponen dari campuran. Pada saat pencampuran etanol, DNA akan tertarik keluar
dari sel dan berkumpul ditengah-tengah antara endapan bahan dan gelembung
diatasnya. Menurut Faatih (2104), isolasi DNA/RNA merupakanlangkah awal yang
harus dikerjakan dalamrekayasa genetika sebelum melangkah keproses selanjutnya.
Prinsip dasar isolasi to-tal DNA/RNA dari jaringan adalah denganmemecah dan
mengekstraksi jaringantersebut sehingga akan terbentuk ekstraksel yang terdiri atas
sel-sel jaringan, DNA,dan RNA. Kemudian ekstrak sel dipuri-fikasisehingga
dihasilkan pelet sel yang me-ngandung DNA/RNA total. Prinsip-prinsipisolasi
DNA plasmid hampir sama denganisolasi total DNA/RNA dari jaringan.
Hasil yang didapatkan dari 6 kelompok adalah dari kelompok 1
menggunakan buah anggur, waktu presipitasinya 9:10 menit dan bentuk DNA nya
adalah benang memisah. Kelompok 2 menggunakan bunga kembang sepatu, waktu
presipitasinya adalah 03:54 menit dan bentuk DNA nya adalah benang. Kelompok
3 menggunakan buah strawberry, waktu presipitasinya adalah 08:29 menit dan
bentuk DNA nya adalah benang memisah. Kelompok 4 menggunakan kiwi, waktu
presipitasinya adalah 07:16 menit dan bentuk DNA nya adalah benang kusut.
Kelompok 5 menggunakan buah naga, waktu presipitasinya adalah 11:11 dan
bentuk DNA nya adalah benang memisah. Kelompok 6 menggunakan bunga tasbih,
waktu presipitasinya adalah 02:30 menit dan bentuk DNA nya adalah benang
memisah.
 BAB V
PENUTUP
A. Kesimpulan
Berdasarkan pengamatan yang dilakukan, dapat disimpulkan bahwa :
1. Cara memisahkan atau mengesktraksi DNA dengan metode sederhana adalah
dengan mencampurkan larutan etanol kedalam campuran gerusan buah atau bunga
dengan sunlight. DNA akan tertarik keluar dari sel setelah beberapa menit setelah
dicampurkan etanol.
2. DNA yang dilihat langsung merupakan DNA murni dari buah atau bunga
tersebut. Ada yang berupa benang saja, benang memisah da nada yang berupa
benang kusut.
B. Saran
1. Praktikan
Praktikan sebaiknya lebih membaca langkah-langkah praktikum terlebih dahulu
agar tidak ada yang terlewat atau tidak ada yang salah dalam melakukan praktikum.
2. Asisten
Asisten sebaiknya mendampingi praktikan hingga selesainya praktikum agar tidak
terjadi kesalahan.
3. Laboran
Laboran sebaiknya sudah menyiapkan alat dan bahan kimia yang akan digunakan
dalam praktikum.
 DAFTAR PUSTAKA

Baktir A. 2017. DNA Struktur dan Fungsi. Airlangga University Press : Surabaya.

Ferniah RS, Sri P. 2013. Optimasi Isolasi DNA Cabai (Capsicum annuum L.)
Berdasar Perbedaan Kualitas dan Kuantitas Daun serta Teknik Penggerusan.
Jurnal BIOMA. Vol. 156 (1).
Hartati, dan Irawan, F. 2017. Modul Genetika Berbasis Pendekatan Saintifik.
Penerbit Jurusan Biologi FMIPA UNM : Makassar.
Huang QX, Xu CW, Hua K, Yun LG, An PG. 2013. An Efficient DNA Isolation
Method for Tropical Plants. African Journal of Biotechnology. Vol. 12 (9).

Lv X. 2016. MTGCFinder : A Web Tools for Mining MicroRNA Target Genes

Clusers on Choromosomes. International Journal of Service, Science and
Technology. Vol. 9 (4).

Murtiyaningsih H. 2017. Isolasi DNA Genom dan Identifikasi Kekerabatan Genetik

Nanas Menggunakan Rapid (Random Amplified Polimorfic DNA). Jurnal
Agritrop. Vol. 15 (1).

Morihito RVSA, Stephanie EC, Timboeleng AN, Iqbal P, Roy AMM, Benny P.
2017. Identifikasi Perubahan Struktur DNA Terhadap Pembentukan Sel
Kanker Menggunakan Dekomposisi Graf. Jurnal Ilmiah Sains. Vol. 17 (2).

Syafaruddin, Enny R, Tri JS. 2014. Efektivitas dan Efisiensi Teknik Isolasi dan
Purifikasi DNA pada Jambu Mete. Buletin RISTRI. Vol. 2 (2).

Sumbono A. 2015. Biokimia Pangan Dasar. PT Kencana : Jakarta.