Modul Praktikum Mikling 2020

MODUL PRAKTIKUM
MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN
TEKNIK LINGKUNGAN
UNIVERSITAS PERTAMINA
2020/2021
MODUL PRAKTIKUM
2020/2021
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

PROGRAM STUDI TEKNIK LINGKUNGAN
FAKULTAS PERENCANAAN INFRASTRUKTUR
Modul Praktikum Mikrobiologi Lingkungan 2020/2021
LEMBAR PENGESAHAN
MODUL PRAKTIKUM
2020/2021
Nama NIP Tanda tangan
Evi Siti Sofiyah, Ph.D 116103
Bob Adyari, M.I.L. 116046
Dr.Eng. Ari Rahman, S.T., M.Eng. 116043
Diperiksa oleh: Mengetahui,

Ketua Program Studi Teknik Lingkungan
Nurulbaiti Listyendah Zahra, S.T. M.T. Dr.Eng. Ari Rahman, S.T., M.Eng.
NIP: 116048 NIP: 116043
i
TIM ASISTEN PRAKTIKUM

2020/2021
Kordinator Asisten : Sutri Handayani , S.Si NIP 218015

Asisten : Dhea Umi Falentina W. NIM 104217005
: Intan Rahmalia NIM 104217063
: Reifaldy Tsany Betta A. NIM 104217013
ii
DAFTAR ISI
Biosafety in Microbiology Laboratory .................................................................... iv

Pengenalan Alat ..................................................................................................... vii
Modul 1. Teknik Isolasi dan Transfer Kultur .......................................................... 1
Modul 2. Pengamatan Mikroorganisme .................................................................. 13
Modul 3. Kurva Tumbuh........................................................................................ 21
Modul 4. Mikrobiologi Tanah. ............................................................................... 26
Modul 5. Pengaruh Faktor Lingkungan Mikroorganisme ........................................ 29
Modul 6. Mikrobiologi Air ..................................................................................... 33
Modul 7. Mikrobiologi Makanan ........................................................................... 39
Modul 8. Amplifikasi DNA dengan Teknik PCR ................................................... 43
Daftar Pustaka........................................................................................................ 46
Lampiran 1. Sampul Laporan Format A dan B ....................................................... 47
Lampiran 2. Penulisan Laporan Format A .............................................................. 48
Lampiran 3. Penulisan Laporan Format B .............................................................. 49
iii
BIOSAFETY IN MICROBIOLOGY LABORATORY
Emergency Response
1. Mengikuti safety briefing.
2. Membaca peraturan laboratorium dan poster alarm api serta mengikuti instruksi ketika
terjadi keadaan darurat.
3. Mengetahui lokasi dan cara penggunaan Alat Pemadam Api Ringan (APAR), eye
wash, safety shower, dan kotak P3K.
4. Memberi tahu segera pimpinan praktikum atau asisten ketika terjadi luka, timbul api,
terjadi ledakan, dan tumpahan bahan kimia. Tidak diperkenankan menangani hal
tersebut sendiri.
5. Mengetahui dua pintu jalur evakuasi dan assembly point.
Personal and General Laboratory Safety

1. Membaca Material Safety Data Sheet (MSDS) setiap bahan kimia yang akan
digunakan.
2. Tidak makan, minum, dan merokok selama bekerja di laboratorium.
3. Tidak menggunakan atau menyentuh apapun kecuali atas perintah pimpinan
praktikum/asisten.
4. Menggunakan jas laboratorium panjang dengan lengan berkaret, goggle, sarung
tangan, masker, dan sepatu tertutup ketika menangani bahan kimia.
5. Mengikat rambut atau memasukan kerudung ke dalam jas laboratorium.
6. Tidak menggunakan contact lens selama di laboratorium.
7. Tidak menggunakan perhiasan selama di laboratorium.
8. Menjaga meja kerja bersih setelah selesai bekerja di laboratorium.
9. Membuang limbah ke tempat pembuangan yang sesuai, tidak membuang limbah kimia
dan biologis ke wastafel.
10. Tidak meninggalkan pekerjaan yang berpotensi menimbulkan bahaya seperti
memanaskan dengan hotplate. Jika ada keperluan mendesak, matikan alat yang sedang
digunakan.
11. Tidak memipet bahan kimia dengan mulut.
12. Cuci tangan dengan menggunakan sabun setiap sebelum dan sesudah bekerja.
Biological Safety
1. Ketika bekerja menggunakan mikroorganisme pastikan pembakar bunsen menyala.
Jika bekerja menggunakan BSC (Biological Safety Cabinet), pastikan minimal 30
menit telah disterilisasi dengan sinar UV.
2. Jangan buka tutup kultur bakteri di sembarang tempat. Tutup kultur bakteri hanya
boleh dibuka dalam BSC atau ketika pembakar bunsen menyala.
3. Selalu gunakan sarung tangan dan jas laboratorium agar tubuh terhindar dari bahan
kimia berbahaya atau infeksi oleh kultur bakteri. Selain itu penggunaan sarung tangan
dan jas laboratorium dapat meminimalisir adanya kontaminasi.
4. Pastikan semua alat yang digunakan dalam keadaan steril.
5. Selalu lakukan teknik aseptik untuk menghindari adanya kontaminasi.
iv
6. Jika selesai bekerja, alat yang digunakan letakkan di dalam baki. Kemudian semprot
alat dan meja kerja dengan alkohol.
7. Buang sarung tangan ke dalam tempat pembuangan limbah biologis.
8. Prosedur penanganan tumpahan biologis:
i. Tutup tumpahan mikroorganisme dengan tisu. Tutup hingga semua cairan
terserap.
ii. Tuang cairan desinfektan dengan cara melingkari tumpahan dari pinggir ke tengah
tumpahan.
iii. Diamkan selama 10 menit.
iv. Masukan tisu ke dalam plastik yang nanti akan diinsenerasi.
v. Semprot dengan alkohol dan lap bersih menggunakan tisu dan alkohol.
vi. Buang sarung tangan ke tempat pembuangan limbah biologis.
vii. Cuci tangan dengan menggunakan sabun.
Chemical Safety
1. Asumsikan bahwa seluruh bahan kimia adalah berbahaya.
2. Memastikan bahwa semua bahan kimia yang digunakan diberi label dengan jelas.
3. Tidak memasukkan air ke larutan asam dengan konsentrasi tinggi.
4. Tidak mengembalikan bahan kimia yang telah dikeluarkan dari larutan induk. Maka
dari itu, gunakanlah bahan kimia dengan bijak.
5. Menggunakan spatula bersih ketika mengambil reagen padat.
6. Menggunakan fume hood ketika bekerja dengan bahan kimia yang mudah menguap
dan terbakar.
7. Selalu menggunakan sarung tangan agar tidak ada pelarut yang mengenai kulit.
8. Tidak menghirup bahan kimia apapun.
9. Membersihkan tumpahan bahan kimia segera dan setelah memberi info kepada
pimpinan praktikum/asisten.
Washing Laboratory Coat

1. Cucilah jas laboratorium terpisah dengan pakaian yang lain karena jas laboratorium
terkontaminasi dengan mikroorganisme atau bahan kimia.
2. Apabila jas laboratorium terkena bahan kimia dalam jumlah dan konsentrasi yang
besar bilas dulu dengan air secukupnya dan buang air bilasan di limbah laboratorium.
Additional Safety Guidelines

1. Tidak melakukan praktikum yang tidak sesuai perintah.
2. Tidak bekerja sendiri di laboratorium.
3. Tidak meninggalkan percobaan yang sedang berlangsung.
4. Tidak menyalakan api baik berasal dari pembakar bunsen atau korek api.
v
Waste Disposal Guidelines
Biologis  Media cair, padat atau semi padat yang berisi mikroorganisme
 Hasil reaksi yang menggunakan mikroorganisme
 Hasil pencucian yang menggunakan mikroorganisme
Asam  Asam klorida, asam nitrat, asam sulfat, asam perklorat
Basa  Natrium hidroksida, kalium hidroksida, amonia
 Haloetana, metilen klorida, kloroform, karbon tetraklorida
 Trikloroetana, trikloroetilena
Organik
 Aseton, metanol, etanol, toluena, xylen,
 Benzena, asetonitril
Oksidator  Kalium nitrat, hidrogen peroksida, kalium permanganat, pemutih
 Natrium klorida, kalium klorida, kalsium klorida, amonium
Anorganik
nitrat
Anorganik  Larutan yang mengandung arsen, barium, kadmium, kromium
(Logam Berat)  Tembaga, timbal, merkuri, osmium, selenium, perak
vi
PENGENALAN ALAT
1. Cawan Petri/Petri Dish

Cawan petri merupakan alat gelas
yang berfungsi untuk menumbuhkan
mikroorganisme seperti bakteri pada media
agar. Terdiri dari dua bagian yaitu tutup dan
cawan. Ukuran tutup lebih besar dari
ukuran cawan. Cawan petri terbuat dari
bahan gelas yang tahan panas.
2. Jarum Ose
Jarum ose terbuat dari bahan logam
yang digunakan untuk menginokulasi
bakeri pada media. Terdiri dari dua jenis
yaitu jarum ose lurus dan jarum ose bulat.
Jarum dipasang pada holder yang
tersedia. Bagian yang boleh dipegang
hanya bagian holder.
3. Tabung reaksi
Tabung reaksi adalah peralatan gelas
yang digunakan untuk melakukan reaksi
dalam jumlah sedikit. Selain itu tabung
reaksi juga biasa digunakan untuk kultur
bakteri pada media agar tegak dan miring.
Tabung reaksi ini biasanya berdiameter 10
mm sampai 20 mm dengan panjang 75 mm
sampai 200 mm.
4. Tabung Durham
Peralatan gelas yang dapat diletakkan di
dalam tabung reaksi dan berfungsi sebagai
perangkap gas, sehingga dapat diketahui
reaksi dalam tabung menghasilkan gas.
vii
5. Batang L
Peralatan gelas yang berfungsi untuk
menyebarkan kultur mikroorganisme cair
pada media agar cawan petri supaya kultur
tersebar merata. Bagian bawah batang L
digunakan untuk meratakan.
6. Gelas Kimia/Beaker Glass

Gelas kimia adalah peralatan gelas yang
digunakan untuk menampung,
mencampurkan, ataupun memanaskan
cairan atau larutan. Gelas kimia memiliki
berbagai ukuran yang ditulis di bagian luar
gelas kimia. Gelas kimia ini terbuat dari
bahan gelas yang kuat dan tahan panas.
7. Labu Erlenmeyer/Erlenmeyer Flask

Labu Erlenmeyer adalah peralatan
gelas yang biasanya digunakan untuk
pembuatan media agar dan penyimpanan
kultur bakteri pada media cair. Labu
Erlenmeyer terbuat dari bahan gelas yang
kuat dan tahan panas serta mempunyai
bentuk yang khas yaitu berbentuk agak
mengerucut ke atas.
8. Gelas Ukur/Graduated Cylinder (Foto)

Gelas ukur adalah peralatan gelas yang
digunakan untuk mengukur volume cairan.
Gelas ukur memiliki ukuran 5 ml sampai
dengan 1000 ml.
viii
9. Pipet Volum/Volumetric Pipette

Pipet volum adalah salah satu alat ukur
kuantitatif dengan tingkat ketelitian tinggi,
ditandai dengan bentuknya yang ramping
pada penunjuk volum dan hanya
mempunyai satu ukuran volum. Pipet
volum ini digunakan untuk memindahkan
cairan dengan volume tepat dari satu wadah
ke wadah yang lain.
10. Pipet Tetes/Pasteur Pipette

Pipet tetes digunakan untuk
memindahkan cairan dari satu wadah ke
wadah yang lain dalam jumlah kecil dan
tetes demi tetes. 20 tetes biasanya setara
dengan 1 mL.
11. Pipet Ukur/Graduated Measuring

Pipet ukur adalah alat ukur yang
digunakan untuk memindahkan cairan dari
satu wadah ke wadah yang lain dengan
presisi tinggi (mempunyai graduasi
ukuran). Pipet ukur yang terdapat di
pasaran berukuran 1, 2, 5, 10, dan 25 mL.
12. Pompa Karet/Bulb Filler

Pompa karet/bulb filler digunakan
untuk menyedot cairan/larutan dengan
menggunakan pipet volum dan pipet ukur.
ix
13. Stir Bar

Stir bar adalah batang magnetik yang
digunakan untuk mengaduk larutan secara cepat
dan kontinu. Stir bar ini hanya dapat bekerja jika
diletakkan di atas magnetic stirrer.
14. Pembakar Bunsen/Bunsen Burner dan Pembakar

Spritus
Alat yang dapat memijarkan api untuk keperluan
teknik aseptik. Pembakar bunsen menggunakan gas
sebagai sumber bahan bakar sedangkan pembakar
spritus menggunakan larutan spritus sebagai bahan
bakar. Keduanya memiliki fungsi yang sama.
15. Botol Semprot

Menyimpan akuades untuk keperluan
pengenceran atau pencucian.
16. Spot Plate

Peralatan yang terbuat dari porselain atau
plastik, berfungsi untuk melihat hasil
perubahan reaksi.
x
17. Biological Safety Cabinet (BSC)

Merupakan tempat bekerja secara
aseptik yang dilengkapai dengan sirkulasi udara
dan HEPA (High Efficiency Particulate Air)
filter agar udara yang masuk dan keluar dari
BSC merupakan udara yang steril.
18. Inkubator
Alat yang digunakan untuk
menyimpan kultur mikroorganisme pada
suhu tertentu.
19. Anaerobik Jar

Anaerobik Jar adalah alat berpenutup kedap
udara yang digunakan untuk menginkubasi mikroba
anaerob. Inkubasi mikroorganisme anaerob dilakukan
dengan meletakkan cawan petri di dalam anaerobik
jar.
xi
20. Autoklaf
Autoklaf adalah alat yang berfungsi untuk
sterilisasi menggunakan uap bersuhu dan
bertekanan tinggi (1210C, 15 lbs) selama kurang
lebih 15 menit.
21. Mesin PCR/ Thermal Cycler

Alat yang digunakan untuk
memperbanyak segmen DNA melalui teknik
Polymerase Chain Reaction (PCR).
22. Colony Counter
Colony Counter adalah alat bantu yang

digunakan untuk menghitung koloni bakteri
pada media yang disimpan dalam cawan petri.
xiii
MODUL 1. TEKNIK ISOLASI DAN TRANSFER KULTUR
TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah melakukan percobaan ini mahasiswa dapat melakukan teknik isolasi dan
transfer kultur secara aseptik.
PENDAHULUAN
Mikroorganisme di alam sangat banyak jumlah dan jenisnya. Kita perlu melakukan
isolasi untuk mendapatkan biakan murni agar mudah untuk mempelajari setiap spesies.
Mikroorganisme membutuhkan nutrisi dan kondisi lingkungan yang mendukung untuk
pertumbuhan dan perkembangannya. Media merupakan tempat tumbuh mikroorganisme
sehingga segala kebutuhan nutrisi yang diperlukan mikroorganisme terkandung dalam
media. Terdapat 3 jenis media berdasarkan kandungan bahan pemadat yaitu media cair,
padat dan semipadat. Media cair hanya terdiri dari nutrisi yang dibutuhkan mikroorganisem
tanpa bahan pemadat seperti agar atau gelatin. Sedangkan media padat terdiri dari nutrisi
yang dibutuhkan mikroorganisme dan bahan pemadat sebanyak 1,5% - 1,8%. Media
semipadat merupakan media yang mengandung bahan pemadat kurang dari 1%. Media padat
terbagi menjadi 3 berdasarkan bentuknya yaitu media agar miring, media agar tegak dan
media agar cawan petri. Media agar miring biasanya digunakan untuk memelihara biakan
murni mikroorganisme. Media agar tegak digunakan untuk melihat kebutuhan oksigen
mikroorganisme. Media agar cawan petri digunakan untuk melihat sifat biokimia dan
karakteristik koloni mikroorganisme.
Gambar 1.1. Tiga Jenis Media Padat (a) Media Agar Miring, (b) Media
Agar Tegak, (c) Media Agar Cawan Petri.
Sumber: Cappuccino & Sherman (2014)
Media terbagi menjadi 6 berdasarkan sifatnya yaitu:

1. Media umum adalah media yang dapat digunakan untuk menumbuhkan semua jenis
mikroorganisme. Contohnya media Nutrient Agar (NA) merupakan media umum untuk
pertumbuhan bakteri dan media Potato Dextrose Agar (PDA) merupakan media umum
pertumbuhan jamur.
1
2. Media pengaya merupakan media yang digunakan untuk menumbuhkan suatu kelompok
mikroorganisme lebih cepat dibandingkan dengan yang lain, tetapi tidak juga membunuh
mikroorganisme yang lain, contohnya Selenit Broth, dan Tetrationate Broth.
3. Media selektif adalah media yang digunakan untuk menumbuhkan satu atau lebih jenis
mikroorganisme tertentu tetapi membunuh atau menghambat pertumbuhan
mikroorganisme yang lain, contohnya media Salmonella-Shigella Agar.
4. Media diferensial merupakan media yang digunakan untuk menumbuhkan
mikroorganisme tertentu berdasarkan penentuan sifat sifatnya, contohnya media Agar
Darah digunakan untuk pertumbuhan bakteri hemolitik.
5. Media penguji merupkan media yang digunakan untuk uji senyawa atau benda tertentu
terhadap pertumbuhan bakteri. Media ini mengandung nutrisi yang dibutuhkan
mikroorganisme tetapi juga mengandung senyawa yang akan diujikan seperti antibiotik,
asam amino, vitamin, residu pestisida dan lain-lain.
6. Media perhitungan merupakan media yang digunakan untuk enumerasi atau
menghitung jumlah mikroorganisme. Media umum, media selektif, media penguji, dan
media diferensial juga dapat berfungsi sebagai media perhitungan.
Teknik Aseptik dan Sterilisasi
Biakan murni bisa kita dapat jika kita melakukan teknik aseptik serta alat dan bahan
yang kita gunakan telah melalui tahap sterilisasi. Teknik aseptik merupakan usaha yang
dilakukan agar pekerjaan yang kita lakukan terhindar dari kontaminasi mikroorganisme lain
yang tidak kita harapkan. Teknik aseptik bisa dilakukan dengan menyemprotkan meja kerja
dengan alkohol 70%, tangan dalam keadaan bersih atau memakai sarung tangan steril serta
bekerja selalu dekat dengan pembakar bunsen. Jika tidak ada pembakar bunsen, pekerjaan
dapat dilakukan di dalam Biological Safety Cabinet (BSC). Teknik aseptik harus selalu
dilakukan sebelum melakukan percobaan yang menggunakan mikroorganisme. Berikut cara
melakukan teknik aseptik:
1. Letakkan alat yang akan digunakan pada meja kerja.
2. Semprot alat dan meja kerja dengan menggunakan alkohol.
3. Lap meja dengan menggunakan tisu atau kain bersih.
4. Nyalakan pembakar bunsen/spirtus dan biarkan tetap menyala sampai percobaan selesai
dilakukan.
5. Jika percobaan telah selesai, bersihkan kembali alat yang digunakan menggunakan
desinfektan dan letakkan dalam baki.
6. Semprot kembali meja kerja dengan menggunakan alkohol dan lap bersih dengan
menggunakan tisu.
Sterilisasi adalah proses yang betujuan untuk membunuh mikroorganimse dari alat atau
bahan. Selain teknik aseptik, kita juga perlu melakukan tahap sterilisasi alat bahan yang akan
digunakan agar pekerjaan kita terbebas dari kontaminasi. Alat atau bahan yang steril artinya
tidak ada lagi mikroorganisme yang tumbuh. Sterilisasi ada 3 macam yaitu:
1. Sterilisasi fisik biasanya menggunakan pemanasan dengan suhu tinggi atau sinar
bergelombang pendek seperti sinar UV, sinar X, sinar gamma dan lain-lain. Sterilisasi
dengan menggunakan suhu tinggi ada 3 macam yaitu:
2
a. Sterilisasi udara panas kering dilakukan dengan menggunakan oven dengan suhu
160 oC-180 oC selama 1-3 jam. Sterilisasi dengan metode ini biasa dilakukan untuk
alat-alat gelas dan bahan yang tidak mengandung air.
b. Sterilisasi uap panas menggunakan uap air panas dengan suhu 100 oC. Sterilisasi
dengan metode ini dilakukan untuk bahan yang bersifat termolabil contohnya susu,
vitamin, antibiotik dan lain lain.
c. Sterilisasi uap panas dengan tekanan tinggi dilakukan menggunakan alat autoklaf
dengan suhu 121 oC dan tekanan 15 psi selama 10-15 menit. Sterilisasi dengan
metode ini hanya dilakukan untuk alat dan bahan yang tahan dengan suhu dan
tekanan tinggi.
2. Sterilisasi mekanik dilakukan dengan melakukaan penyaringan atau filtrasi
mikroorganisme berdasarkan ukurannya. Membran filtrasi yang biasa digunakan
memiliki ukuran lubang 8,0 µm sampai dengan 0,05 µm. Sterilisasi dengan metode ini
dilakukan untuk bahan yang tidak tahan panas atau tekanan tinggi yang dapat
menyebabkan rusaknya bahan yang akan digunakan. Jenis membran filtrasi dipilih
berdasarkan tujuan filtasi dan bahan yang akan disaring. Contoh filter yang biasa
digunakan yaitu filter Seitz, filter Chamberland, dan filter Berkefeld.
3. Sterilisasi kimia dilakukan dengan pemaparan bakteri dengan senyawa kimia,
contohnya desinfektan, antiseptik, alkohol, formalin, dan lain lain.
Autoklaf
Prinsip kerja autoklaf adalah penggunaan uap air jenuh dengan suhu dan tekanan
tinggi. Ketika uap air memenuhi ruang dalam autoklaf, maka suhu dalan autoklaf meningkat.
Uap air dalam autoklaf harus dipastikan dalam keadaan jenuh artinya udara dalam autoklaf
harus dikeluarkan. Sterilisasi dengan menggunakan autoklaf dilakukan pada suhu 121oC dan
tekanan 15 psi. Jika didalam autoklaf masih terdapat udara maka temperatur yang dicapai
menjadi lebih rendah. Mikroorganisme yang berada dalam autoklaf akan mengalami
denaturasi protein dan degenerasi asam nukleat sehingga menyebabkan mikroorganisme
tersebut mati. Pada keadaan autoklaf yang tidak memenuhi syarat, seperti suhu atau tekanan
yang tidak mencapai titik optimal, terdapat beberapa bakteri yang masih bisa bertahan hidup,
seperti bakteri yang menghasilkan endosprora.
3
(a) (b)
Gambar 1.2. (a) Autoklaf, (b) Skematis Autoklaf
Bentuk dan Susunan Mikroorganisme
Mikroorganisme bersifat uniseluler (memiliki satu sel). Setiap mikroorganisme
memiliki morfologi sel yang berbeda. Selain itu, mikroorganisme yang tumbuh pada media
yang berbeda, maka akan terlihat perbedaannya secara makroskopis yang disebut
karakteristik kultur. Karakteristik kultur merupakan dasar penentuan taksonomi
mikroorganisme.
Gambar 1.3. Bentuk Umum Sel Bakteri

Sumber: Black (2012)
4
Gambar 1.4. Bentuk dan Susunan Sel Bakteri

Gambar 1.5. Karakteristik Koloni Bakteri pada Media Nutrien Gelatin

5
Gambar 1.6. Karakteristik Koloni Bakteri pada Media Agar Plate

6
Gambar 1.7. Karakteristik Koloni Bakteri pada Media Cair

Gambar 1.8. Karakteristik Koloni Bakteri pada Media Agar Miring

7
PERCOBAAN
1. Isolasi Kultur Murni dengan Metode Goresan Kuadran/Quadrant Streak
Tujuan : Isolasi kultur murni pada media agar cawan petri dengan metode
goresan kuadran.
Alat : 1. Jarum ose Bahan : 1. Media Agar Cawan Petri
2. Cawan petri 2. Kultur bakteri
3. Plastik Wrapping
4. Pembakar bunsen
Cara Kerja :
a. Ambil jarum ose, semprot dengan alkohol lalu bakar hingga memijar menggunakan
pembakar bunsen lalu dinginkan.
b. Ambil kultur bakteri, buka tutupnya dan bagian mulutnya dibakar.
c. Ambil koloni bakteri dengan menggunakan jarum ose.
d. Gores perlahan pada media agar cawan petri dengan metode quadrant streak.
e. Tutup media agar cawan petri dan bungkus dengan plastik wrapping.
f. Inkubasi selama 48 jam pada suhu 37 oC.
Gambar 1.9. Cara Melakukan Metode Quadrant Streak.

8
Gambar 1.10. Tiga Jenis Metode Gores

Sumber: Brown & Smith (2015)
2. Isolasi Bakteri dari Sampel Air Menggunakan Metode Sebar

Tujuan : Isolasi bakteri dari sampel air. Teknik ini hanya untuk menumbuhkan
bakteri yang bersifat aerob.
Alat : 1. Pipet Ukur Bahan : 1. Media agar cawan petri
2. Tabung reaksi 2. Kultur bakteri
3. Batang L
4. Cawan Petri
5. Plastik Wrapping
6. Pembakar bunsen
9
Cara Kerja :
a. Tabung reaksi berisi biakan bakteri, dibuka tutupnya dan bagian mulutnya
didekatkan pada api bunsen .
b. Sampel air sebanyak 0,1 ml diambil menggunakan pipet ukur.
c. Buka cawan petri yang berisi media padat, buka sebagian dan bakar mulut
yang terbuka.
d. Secara perlahan masukkan sampel air.
e. Strerilisasi batang L dengan menyemprotnya dengan alkohol dan di bakar
hingga kering pada pembakar bunsen.
f. Ratakan dengan menggunakan batang L yang sudah disterilisasi dan
didinginkan.
g. Tutup media agar cawan petri dan bungkus dengan plastik wrapping.
h. Inkubasi selama 48 jam pada suhu 37 oC.
3. Isolasi Bakteri dari Sampel Air Menggunakan Metode Tuang

Tujuan : Isolasi bakteri dari sampel air. Teknik ini dapat digunakan untuk
menumbuhkan bakteri yang aerob dan anaerob.
Alat 1.: Pipet Ukur Bahan : 1. Media agar plate
3. Batang L
4. Cawan Petri
5. Plastik Wrapping
6. Pembakar bunsen
Cara Kerja :
a. Tabung reaksi berisi media dipanaskan sampai mencair. Dinginkan sampai
dengan suhu 50 oC.
b. Sampel air sebanyak 1 ml diambil menggunakan pipet ukur.
c. Masukan sampel air ke dalam tabung reaksi yang berisi media agar yang telah
cair. Kocok secara perlahan agar suspensi tercampur.
d. Tuang suspensi bakteri ke dalam cawan petri steril kosong.
e. Diamkan hingga memadat.
i. Tutup media agar cawan petri dan bungkus dengan plastik wrapping.
j. Inkubasi selama 48 jam pada suhu 37 oC.
4. Memindahkan Kultur Bakteri Pada Media Cawan Petri ke Media Agar Miring
Tujuan : Memindahkan kultur bakteri ke agar miring untuk peremajaan dan
stok penyimpanan.
Alat : 1. Jarum Ose Bahan : 1. Media Agar Cawan Petri
2. Tabung reaksi 2. Media Agar Miring
3. Cawan Petri 3. Kultur bakteri
4. Plastik wrapping
5. Pembakar bunsen
10
Cara Kerja :
a. Cawan petri berisi kultur bakteri, dibuka tutupnya sebagian.
b. Ambil jarum ose, pijarkan lalu dinginkan.
c. Ambil koloni bakteri dengan menggunakan jarum ose. Lakukan secara
perlahan supaya agar tidak terbawa.
d. Gores perlahan pada media agar plate dengan arah zig zag.
e. Tutup media agar miring dan inkubasi selama 48 jam pada suhu 37 oC.
Gambar 1.11. Transfer Kultur dari Cawan Petri ke Media Agar Miring
11
5. Pembuatan Kultur Cair Bakteri Menggunakan Media Nutirent Broth (NB)

Tujuan : Untuk pengkayaan kultur bakteri pada media cair nutrient broth.
Alat : 1. Jarum Ose Bahan : 1. Media NB
3. Plastik wrapping
4. Pembakar bunsen
Cara Kerja:
a. Cawan petri berisi kultur bakteri, dibuka tutupnya sebagian.
b. Ambil jarum ose, pijarkan lalu dinginkan.
c. Ambil koloni bakteri dengan menggunakan jarum ose. Lakukan secara
perlahan supaya media tidak terbawa.
d. Masukan koloni ke dalam media nutrient broth.
e. Tutup media dan inkubasi selama 48 jam pada suhu 37 oC.
12
MODUL 2. PENGAMATAN MIKROORGANISME
TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah melakukan percobaan ini mahasiswa akan:
1. Dapat melakukan pewarnaan sederhana dan diferensial.
2. Dapat melakukan pewarnaan spora.
3. Dapat melakukan pengamatan jamur mikroskopis.
PENDAHULUAN
Salah satu tahap yang dilakukan untuk mengamati dan mempelajari suatu
mikroorganisme adalah pewarnaan. Pewarnaan dilakukan untuk mengamati morfologi
mikroorganisme. Prinsip dasar dari teknik pewarnaan adalah ikatan ion antara senyawa aktif
dari pewarna dan komponen seluler bakteri. Jika senyawa aktif pewarna bermuatan positif
maka disebut pewarna basa. Sebaliknya jika senyawa aktif pewarna bermuatan negatif maka
disebut pewarna asam. Pada pH mendekati netral, sel bakteri memiliki muatan yang
cenderung negatif. Sehingga jika diberi pewarna yang memiliki ion negatif, bakteri tidak
akan terwarnai dan sebaliknya jika diberi pewarna yang memiliki ion positif maka akan
terjadi ikatan ion antara sel bakteri dan zat aktif pewarna yang akan menghasilkan bakteri
yang terwarnai.
Terdapat dua macam teknik pewarnaan yaitu pewarnaan sederhana dan diferensial.
Pewarnaan sederhana merupakan pewarnaan yang hanya menggunakan satu jenis zat
pewarna. Terdapat dua macam pewarnaan sederhana yaitu pewarnaan asam atau negatif dan
pewarnaan basa. Pada pewarnaan asam, bakteri tidak terwarnai melainkan latar belakangnya
yang terwarnai. Hal ini terjadi karena pewarna asam memiliki ion negatif sedangkan sel
bakteri memiliki muatan negatif pada pH netral, sehingga ikatan ion antara zat aktif pewarna
dan konponen seluler bakteri tidak terbentuk. Contoh pewarna asam adalah eosin, nigrosin
dan lain-lain. Sedangkan pada pewarnaan basa yang terwarnai adalah bakteri. Contoh
pewarna basa adalah safranin, kristal violet, metilen blue dan lain lain. Pewarnaan
diferensial merupakan pewarnaan yang menggunakan beberapa jenis zat pewarna,
contohnya adalah pewarnaan Gram. Perbedaan hasil Gram positif dan Gram negatif ini
disebabkan oleh perbedaan kandungan dinding sel bakteri yaitu senyawa peptidoglikan pada
dinding sel bakteri Gram positif lebih tebal dibandingkan dengan dinding sel bakteri Gram
negatif.
Pewarnaan diferensial terdiri dari 4 reagen pewarna. Pertama pewarna dasar yang
berfungsi memberikan warna dasar pada sel bakteri. Pewarna dasar yang digunakan adalah
kristal violet yang akan menghasilkan warna ungu. Kedua adalah larutan mordant yang
berfungsi untuk memperkuat ikatan kristal violet dengan sel bakteri Gram positif. Larutan
mordant yang digunakan adalah Iodine. Hasil pewarnaan akan membentuk susunan
kompleks CV-I yang tidak mudah larut. Ketiga yaitu pencuci warna yang berfungsi untuk
mencuci pewarna dasar dan larutan mordant. Jika ikatan ikatan kristal violet dan larutan
mordant menempel kuat pada sel bakteri, maka warna tidak hilang. Larutan yang digunakan
untuk pencuci warna adalah alkohol 96%. Dinding sel bakteri Gram positif memiliki lapisan
peptidoglikan yang tebal dan lapisan lipid yang tipis. Sedangkan Gram negatif memiliki
lapisan peptidoglikan yang tipis dan lapisan lipid yang tebal. Pada proses ini, alkohol bekerja
13
dengan melarutkan lipid dan dehidrasi protein pada dinding sel bakteri. Dinding sel bakteri
yang memiliki kandungan lipid lebih banyak akan menjadi tipis dan menjadikan kristal
violet lebih mudah tercuci dan telepas dari sel bakteri. Dinding sel bakteri yang memiliki
lebih banyak mengandung peptidoglikan dan sedikit lemak, pelarutan lemak oleh alkohol
tidak banyak mempengaruhi pencucian warna, karena kristal violet akan tetap melekat pada
sel bakteri. Pada dinding sel bakteri Gram negatif, dinding sel bakteri memiliki lapisan lipid
yang lebih tebal dan lapisan peptidoglikan yang tipis. Sehingga saat pencucian warna oleh
alkohol 96%, lapisan dinding sel bakteri menjadi tipis dan kristal violet akan terlepas dari
sel bakteri.
Pada keadaan kurang menguntungkan, beberapa genus bakteri dapat membentuk
fase dorman yang mampu bertahan hidup dan lebih tahan terhadap panas yang disebut
dengan endospora. Proses pembentukan endospora disebut dengan sporulasi. Ketika kondisi
lingkungan menguntungkan bagi bakteri, endospora akan terlepas dari sel vegetatif dan
membentuk spora. Contoh bakteri yang dapat menghasilkan endospora adalah Clostridium,
Bacillus, Desulfatomaculum, dan beberapa bakteri Gram positif. Selain mampu hidup pada
kondisi kekurangan nutrisi dan tahan panas, endospora juga mampu betahan pada kondisi
asam, radiasi, dan senyawa kimia seperti desinfektan yang biasa untuk membunuh sel
vegetatif. Oleh karena itu sterilisasi untuk menghancurkan spora harus menggunakan suhu
panas dengan tekanan tinggi yaitu autoklaf. Karena endospora memiliki sifat yang resistan
terhadap senyawa kimia, maka zat pewarna tidak mudah diserap oleh endospora. Oleh
karena itu pewarnan spora harus dilakukan pada saat pemanasan agar zat pewarna diserap
oleh endospora. Pewarna yang digunakan untuk pewarnaan spora adalah malachite green.
Gambar 2.1. Siklus Vegetatif dan Sporulasi Bakteri

Sumber: Black (2012)
Mikroskop
Mikrobiologi merupakan ilmu pengetahuan yang berhubungan dengan makhluk
hidup yang berukuran kecil dan sulit dilihat jika tanpa menggunakan alat bantu. Mikroskop
merupakan alat yang dapat membatu kita dalam mengamati mikroorganisme. Terdapat dua
jenis mikroskop yaitu mikroskop cahaya dan mikroskop elektron. Mikroskop cahaya
menggunakan sinar lampu sebagai sumber cahaya. Sedangkan mikroskop elektron
menggunakan elektrostatik dan elektromagnetik untuk mengamati partikel yang kecil.
Perbesaran gambar yang dihasilkan oleh mikroskop elektron lebih besar dan lebih baik
14
dibandingkan dengan mikroskop cahaya. Berikut adalah bagian dari mikroskop cahaya dan
fungsinya:
1. Lensa Okuler/Ocular Lenses: Membuat bayangan yang dibentuk lensa objektif
terlihat lebih besar.
2. Pemutar Lensa Objektif/Nosepiece: Untuk mengubah perbesaran dengan memutar
lensa objektif.
3. Lensa Objektif/Objective Lenses: Berfungsi untuk memperbesar gambar spesimen
4. Meja Preparat/Stage: Tempat dimana preparat diletakkan
5. Kondenser/Condenser: Mengumpulkan cahaya agar tertuju pada lensa objektif
6. Diafragma/Diaphragm: Mengatur intensitas cahaya yang masuk ke kondenser
7. Sumber Cahaya/Substage Light
8. Tombol Daya/Power Switch
9. Sekrup Pengatur Kondenser/Condenser Adjustment Knob
10. Sekrup Fokus Halus/Fine Focus Knob: Menaik-turunkan meja preparat untuk
mengatur fokus secara halus.
11. Sekrup Fokus Kasar/Course Focus Knob: Menaik-turunkan meja preparat untuk
mengatur fokus secara kasar.
12. Penjepit Preparat/Mechanical Stage
Gambar 2.2. Mikroskop Cahaya

Pembesaran Lensa Objektif Lensa Okuler Total Pembesaran

Rendah 4X 10 X 40 X
Medium 10 X 10 X 100 X
Tinggi 40 X 10 X 400 X
Minyak Imersi 100 X 10 X 1000 X
Pada praktikum kali ini, setiap kelompok melakukan pewarnaan sederhana,
pewarnaan diferensial, pewarnaan spora dan pengamatan jamur mikroskopis. Kelompok
15
ganjil akan melakukan pewarnaan Gram untuk bakteri Escherichia coli dan kelompok genap
akan melakukan pewarnaan Gram untuk Bacillus sp. Setelah praktikum selesai, setiap
kelompok merapikan dan membersihkan kembali alat dan tempat kerja yang digunakan.
PERCOBAAN
1. Pewarnaan Sederhana Asam
Tujuan : Melihat morfologi bakteri dengan mewarnai latar belakangnya.
Alat : 1. Jarum Ose Bahan : 1. Akuades
2. Kaca Objek 2. Nigrosin/ Eosin
3. Penutup Kaca 3. Kultur bakteri
4. Pembakar bunsen
5. Mikroskop
Cara Kerja:
1. Letakkan satu tetes nigrosin/eosin pada kaca objek.
2. Ambil 1 atau 2 jarum ose kultur bakteri, lalu larutkan dengan pewarna.
3. Apuskan campuran bakteri dan pewarna dengan kaca objek yang lain. Biarkan
mengering di udara dan jangan di panaskan.
4. Amati dengan mikroskop. Jika pembesaran yang digunakan 1000X maka gunakan
minyak imersi.
Gambar 2.3. Pewarnaan Sederhana Asam

2. Pewarnaan Sederhana Basa
Tujuan : Melihat morfologi bakteri dengan mewarnai sel bakterinya.
2. Kaca Objek 2. Karbol Fuschin/Kristal Violet/
3. Penutup Kaca Metilen Blue
4. Pembakar bunsen 3. Kultur bakteri
5. Mikroskop
Cara Kerja :
1. Letakkan 1 tetes akuades di kaca objek.
2. Ambil 1 atau 2 ose biakan bakteri, lalu larutkan.
16
3. Fiksasi dengan menggerakan kaca objek di atas pembakar bunsen sampai

kering.
4. Tetesi dengan salah satu jenis pewarna.
5. Diamkan selama; karbol fuschin 15-30 detik, kristal violet 20-60 detik, Metilen
blue 1-2 menit.
6. Cuci pewarna dengan botol semprot yang berisi akuades.
7. Keringkan dengan menghisap air menggunakan tissue, jangan di lap
8. Amati menggunakan mikroskop.
2. Pewarnaan Gram
Tujuan : Melihat morfologi sel bakteri dan mengetahui jenis Gram bakteri.
2. Kaca Objek 2. Kristal Violet
3. Pembakar bunsen 3. Safranin
4. Mikroskop 4. Iodine
5. Kultur bakteri
6. Alkohol 96%
Cara Kerja:
a. Letakkan 1 tetes akuades di kaca objek.
b. Ambil 1 atau 2 ose biakan bakteri, lalu larutkan.
c. Fiksasi dengan menggerakan kaca objek di atas pembakar bunsen.
d. Teteskan kristal violet sampai apusan tertutupi semua, diamkan selama 1-2 menit.
e. Cuci warna dasar dengan air mengalir.
f. Tetesi larutan iodine, diamkan selama 1-2 menit.
g. Cuci larutan iodine dengan alkohol 96 % selama 30 detik.
h. Tetesi warna pembanding, safranin sampai menutupi apusan. Diamkan selam 1-2
menit.
i. Cuci warna pembanding dengan air yang mengalir.
j. Keringkan dengan menggukan tissue. Jangan di lap.
k. Amati menggunakan mikroskop.
Interpretasi :
1. Hasil akhir pewarnaan berwarna merah = Gram Negatif
2. Hasil akhir pewarnaan berwarna ungu = Gram Positif
17
Gambar 2.4. Pewarnaan Gram

Gambar 2.5. Hasil Akhir Pewarnaan Gram Pseudomonas aeruginosa

dan Staphylococcus aureus
3. Pewarnaan Spora
Tujuan : Melihat spora dan sel vegetatif bakteri.
2. Kaca Objek 2. Malachite Green
3. Penanganas Air 3. Safranin
4. Pembakar Bunsen 4. Kultur Bacillus sp.
5. Mikroskop
18
Cara Kerja :
a. Letakkan 1 tetes akuades di kaca objek.
b. Ambil 1 atau 2 ose biakan bakteri, lalu larutkan.
c. Fiksasi dengan menggerakan kaca objek di atas pembakar bunsen.
d. Tetesi malachite green sampai menutupi semua apusan sambil diletakkan diatas
penangas air dan biarkan selama 3-5 menit. Pewarna jangan sampai menguap,
sehingga perlu terus ditetesi.
e. Cuci preparat dengan air mengalir, keringkan dengan menggunakan tissue.
f. Tetesi apusan dengan safranin, diamkan selama 30 detik–1 menit.
g. Cuci dengan air mengalir, keringkan menggunakan tissue.
h. Amati dengan menggunakan mikroskop.
Interpretasi :
1. Spora akan berwana hijau
2. Sel vegatatif akan berwarna merah
Gambar 2.6. Pewarnaan Spora

4. Pengamatan Jamur Mikroskopis

Tujuan : Melihat struktur jamur mikroskopis.
2. Kaca Objek 2. Media PDA
3. Kaca Penutup 3. Kultur Rhizopus sp.
4. Cawan Petri
5. Penangas air
6. Pembakar Bunsen
7. Inkubator
8. Mikroskop
19
Cara Kerja :
a. Media PDA disiapkan dengan mencairkan diatas penangas air.
b. Letakkan tissue atau kertas saring yang telah dibasahi dengan akuades di dalam
cawan petri.
c. Letakkan kaca objek di dalam cawan petri.
d. Letakkan 1 tetes media PDA di atas kaca objek. Diamkan hingga mengeras.
e. Belah bagian tengahnya tetapi jangan sampai terpotong dengan menggunakan
jarum ose steril.
f. Inokulasikan jamur pada bagian media yang dibelah.
g. Tutup dengan kaca penutup.
h. Tutup cawan petri dan bungkus denga plastik wrapping.
i. Inkubasi selama 3-5 hari pada suhu 37 oC.
Gambar 2.7. Rhizopus stolonifer

20
MODUL 3 KURVA TUMBUH BAKTERI
TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah melakukan percobaan ini mahasiswa dapat membuat kurva tumbuh bakteri dan
menghitung waktu generasi.
PENDAHULUAN
Pertumbuhan mikroorganisme dapat dilihat dari bertambahnya ukuran sel serta
jumlah atau volume sel bakteri. Terdapat dua faktor yang dapat mempengaruhi pertumbuhan
mikroorganisme yaitu faktor internal dan faktor eksternal. Genetik merupakan faktor
internal yang yang dapat mempengaruhi pertumbuhan mikoorganisme. Setiap
mikroorganisme memiliki genetik yang berbeda meskipun mereka spesies yang sama.
Pertumbuhan bakteri juga dipengaruhi oleh faktor lingkungan seperti suhu, pH, kebutuhan
dan ketersediaan oksigen, dan ketersediaan nutrisi.
Pertumbuhan bakteri terdiri dari 4 fase yang dapat digambarkan dengan kurva
sigmoid, yaitu fase lag (lag phase), fase log (log phase), fase stationer (stationary phase)
dan fase penurunan populasi (decline phase). Fase lag merupakan fase adaptasi bakteri pada
media tumbuh yang baru. Kultur yang diinkubasi pada fase stationer akan membutuhkan
fase lag yang lebih panjang jika kultur dipindahkan pada media tumbuh yang baru. Jika
kultur pada fase log dipindahkan pada kondisi media yang sama maka bakteri tidak akan
memulai tahapnya pada fase lag dan fase log akan segera mulai pada media yang baru. Fase
log merupakan fase pertumbuhan eksponensial bakteri dimana setiap sel bakteri akan terus
membelah menjadi dua. Sel bakteri pada fase log memiliki kondisi yang paling sehat
dibandingkan dengan fase lainnya sehingga fase ini sering digunakan untuk mempelajari
enzim atau zat metabolit yang dihasilkan oleh bakteri. Fase stationer merupakan fase
dimana jumlah sel bakteri yang tumbuh dan sel bakteri yang mati seimbang sehingga pada
pase ini jumlah bakteri akan tetap. Pada fase ketersediaan nutrisi mulai berkurang dan terjadi
akumulasi zat buangan metabolit yang dihasilkan dan menghambat pertumbuhan bakteri.
Fase penurunan populasi merupakan fase dimana jumlah sel bakteri yang mati lebih
banyak dibandingkan dengan sel bakteri yang hidup. Fase ini terjadi ketika ketersediaan
nutrisi habis dan terjadi akumulasi zat buangan metabolit.
Waktu generasi adalah periode yang dibutuhkan mikroorganisme untuk tumbuh dan
memperbanyak jumlahnya sebanyak dua kali lipat. Terdapat dua metode untuk mengetahui
waktu generasi yaitu metode langsung dan tidak langsung. Mengetahui waktu generasi
dengan metode langsung dapat dihitung dengan rumus berikut:
t log 2
Waktu Generasi =
log b−log B
Dimana:
t = waktu dalam jam atau menit antara B dan b
B = jumlah sel bakteri pada suatu titik selama fase log
b = jumlah sel bakteri pada titik kedua selama fase log
Waktu generasi juga dapat dihitung dengan metode tidak langsung yaitu dengan
membuat ekstrapolasi sederhana dari fase log. Ekstrapolasi dilakukan dengan menggambar
garis lurus pada titik yang dipilih. Titik yang dipilih yaitu titik pada skala optical density
21
(OD) sekitar 0,2 dan 0,4. Kemudian tarik garis lurus pada masing masing titik sampai kurva
tumbuh lalu tarik garis lurus ke arah absis/waktu inkubasi (t). Lalu hitung waktu generasi
dengan menggunakan rumus berikut:
Waktu Generasi = t (OD 0,4) – t (OD 0,2)

= 90 Menit – 60 Menit = 30 Menit
Gambar 3.1. Metode Tidak Langsung untuk Menentukan Waktu Generasi

Spektrofotometer
Pertumbuhan bakteri dapat ukur dengan menghitung jumlah koloni yang tumbuh
pada media cawan petri atau dengan melihat kepadatan sel bakteri dalam media cair dengan
mengukur nilai Optical Density (OD). Pengukuran nilai OD dilakukan dengan
menggunakan alat spektrofotometer. Spektrofotometer adalah alat yang digunakan untuk
mengukur transmitan (T) dan atau absorban (A) cahaya yang melalui suatu larutan dengan
mentransmisikan cahaya tampak dengan panjang gelombang tertentu. Zat terlarut kemudian
akan menyerap cahaya dan cahaya yang dipantulkan akan diukur pada sel fotoelektrik yang
kemudian dikonversi menjadi energi listrik. Energi listrik ini akan tercatat pada
galvanometer sebagai 0%-100% T. Nilai absorbansi atau OD menyatakan kepadatan sel
yang tersuspensi, sedangkan nilai transmittan (T%) merupakan kebalikannya yaitu
menyatakan konsentrasi suspensi sel. Jika suatu kutur bakteri meningkat kekeruhannya,
maka nilai OD meningkat dan T% menurun.
22
Gambar 3.2. Spektrofotometer
PERCOBAAN
1. Pembuatan Kurva Tumbuh Bakteri.
Tujuan : Membuat kurva tumbuh bakteri dalam berbagai kondisi dan
menghitung waktu generasi.
Alat : 1. Cawan Petri Bahan : 1. Kultur Cair Bakteri
2. Botol 2. Media
3. Erlenmeyer 3. Akuades
4. Kuvet
5. Tabung Reaksi
6. Pipet Ukur
7. Spektofotometer
8. Pembakar Bunsen
9. Inkubator
Cara kerja :
1.1 Metode Spektrofotometri dengan menentukan nilai OD.

a. Sebanyak 5 ml kultur bakteri dimasukkan kedalam Erlenmeyer yang berisi 100 ml
media Nutrient Broth (NB).
b. Tentukan OD (Optical Density) menggunakan Spektrofotometer pada panjang
gelombang 610 nm. OD awal diperkirakan sekitar 0.08-0.1 (t0).
c. Nilai OD diukur setiap interval waktu 30 menit. Pengukuran nilai OD berlangsung
sampai 150 menit (t0, t30, t60, t90, t120, t150).
d. Rekap data OD t0 - t150 .
23
1.2 Metode TPC (Total Plate Count)

a. Media agar dicairkan dan dijaga pada suhu 45 OC.
b. Tabung reaksi yang berisi 9 ml aquades disiapkan. Tandai tabung reaksi dengan
waktu inokulasi (t 0, t30, t60, t90, t120, t150). Setiap waktu inokulasi terdiri dari 7 tingkat
pengenceran (10-1, 10-2, 10-3, 10-4, 10-5, 10-6, 10-7).
c. Cawan petri disiapkan dan tandai cawan petri dengan waktu inokulasi (t 0, t30, t60,
t90, t120, t150). Setiap waktu inokulasi ditandai dengan tingkat pengenceran (10-4,
10-5, 10-6, 10-7).
d. Sebanyak 5 ml kultur bakteri dimasukkan kedalam Erlenmeyer yang berisi 100 ml
media. Tentukan OD (Optical Density) awal. OD awal diperkirakan sekitar 0.08-
0.1 (t0) pada panjang gelombang 610 nm.
e. Kocok erlenmeyer supaya kultur homogen kemudian ambil 1 ml dan masukkan
kedalam tabung reaksi t0 10-1. Selanjutnya ambil 1 ml dari tabung reaksi t 0 10-1 dan
masukkan ke dalam tabung reaksi t 0 10-2. Lakukan pengenceran bertingkat hingga
pengenceran t0 10-7.
f. Pada pengenceran t 0 10-4 transfer sebanyak 1 ml ke dalam cawan petri t 0 10-4.
g. Tambahkan 15 ml media agar yang sudah cair kedalam cawan petri t 0 10-4. Putar
secara perlahan agar homogen.
h. Lakukan hal yang sama (tahap f-g) pada tingkat pengenceran t 0 10-5 sampai t0 10-7.
i. Setelah 30 menit, lakukan hal yang sama tahap e - i setiap interval waktu 30 menit
sampai dengan t 150.
j. Inkubasi cawan petri selama 24 jam pada suhu 37 oC.
k. Rekap data nilai TPC t 0 – t150.
24
Shake culture and Determine

transfer 5.0-ml absorbance
sample to cuvette. at 600 nm
Cuvette
Spectrophotometer
Brain heart infusion

broth culture of E. coli
Shake culture Transfer 1 ml Transfer 1 ml

and transfer 1 ml (serial dilution) (serial dilution)
99-ml sterile 99-ml sterile 99-ml sterile

water blank water blank water blank
Plate 0.1 ml Plate 1 ml Plate 0.1 ml Plate
of dilution of dilution of dilution 1 ml
of dilution
Gambar 3.3. Prosedur Pembuatan Kurva Pertumbuhan

Perhitungan Total Plate Count (TPC)

Cawan petri yang telah diinkubasi diamati jumlah koloninya. Cawan petri yang
dihitung yaitu yang memiliki jumlah koloni 30-300. Jika jumlah koloni <30 atau >300,
cawan petri tidak di hitung. Berikut adalah rumus untuk perhitungan TPC:
ΣC
N=
[(1 × n1) + (0,1 × n2)] × (d)
N : Jumlah koloni per ml/gr

∑C : Jumlah total koloni dari semua cawan
n1 : Jumlah cawan pada pengenceran pertama
n2 : Jumlah cawan pada pengenceran kedua
d : tingkat pengenceran dari cawan yang pertama dihitung
25
MODUL 4. MIKROBIOLOGI TANAH
TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah melakukan percobaan ini mahasiswa akan dapat memahami peran mikroorganisme
dalam siklus nitrogen.
PENDAHULUAN
Mikroorganisme memiliki peran penting dalam proses biologis yang terjadi dalam
tanah. Mikroorganisme tanah juga yang berperan dalam mendegradasi senyawa organik
dalam tanah seperti tanaman atau hewan yang mati. Selain itu juga mikroorganisme tanah
berperan dalam siklus nitrogen. Mikroorganisme tanah yang berperan dalam siklus nitrogen
adalah bakteri pengikat nitrogen yang disebut dengan diazotrof. Diazotrof berperan dalam
mengikat N2 terutama N2 bebas yang berada di udara dan merubahnya menjadi ammonia
dan nitrat sehingga dapat digunakan oleh tumbuhan. Siklus nitrogen terdiri dari 4 tahap
yaitu:
1. Amonifikasi
Mikroorganisme tanah mendegradasi komponen yang mengandung nitrogen
menjadi ammonia. Enzim proteolitik ekstraseluler yang dihasilkan oleh
mikroorganisme tanah berperan dalam proses ammonifikasi dengan menghidrolisis
protein tanaman dan hewan menjadi asam amino. Kemudian asam amino akan di
dideaminasi secara enzimatik dan menghasilkan amoniak. Contoh organisme tanah
yang berperan dalam tahap ini yaitu Bacillus, Clostridium dan Streptomyces.
2. Nitrifikasi
Pada tahap ini terdapat 2 proses yaitu oksidasi amonia menjadi nitrit lalu menjadi
nitrat. Ammonia yang dihasilkan pada tahap ammonifikasi, akan dioksidasi dan
menghasilkan nitrit. Nitrit kemudian akan dioksidasi menjadi nitrat. Nitrat kemudian
diasimilasi oleh tanaman dan mikroorganisme tanah untuk sintesis protein. Contoh
organisme tanah yang berperan dalam tahap ini yaitu Nitrosomonas untuk
pembentukan nitrit dan Nitrobacter untuk pembentukan nitrat.
3. Denitrifikasi
Nitrat yang tidak digunakan oleh tumbuhan direduksi menjadi gas N 2. Contoh
organisme tanah yang berperan dalam tahap ini yaitu Pseudomonas, Bacilus, dan
Micrococcus. Enzim yang dimiliki oleh bakteri tersebut dapat mereduksi nitrat
menjadi gas nitrogen sehingga dapat membantu bakteri menggunakan nitrat dari
pada oksigen sebagai akseptor elektron terakhir pada kondisi tidak ada oksigen atau
anaerob.
4. Fiksasi nitrogen
Nitrogen atmosfer dirubah menjadi komponen nitrogen lain dengan bantuan
mikroorganisme tanah sehingga dapat digunakan langsung oleh tanaman. Tahap ini
terdiri dari dua macam yaitu mikroorganisme non-simbiotik dan mikroorganisme
simbiotik. Contoh mikroorganisme non-simbiotik yaitu anggota genus Azotobacter,
Clostridium, Beijerinckia dan Cyanobacteria. Bakteri ini mampu menggunakan gas
26
nitrogen sebagai sumber nitrogen. Sedangkan mikroorganisme simbiotik akan hidup

pada nodul akar tanaman kacang-kacangan. Contoh mikroorganisme simbiotik yaitu
anggota genus Rhizobium.
Pada Praktikum kali ini setiap kelompok akan melakukan percobaan untuk melihat
peran mikroorganisme dalam siklus nitrogen yaitu ammonifikasi, nitrifikasi dan
denitrifikasi. Setelah praktikum selesai setiap kelompok merapikan dan membersihkan
kembali alat dan tempat kerja yang digunakan.
PERCOBAAN
1. Amonifikasi
Tujuan : Pembentukan amonia dari senyawa organik yang mengandung
nitrogen.
Alat : 1. Tabung Reaksi Bahan : 1. Media Pepton
2. Pipet Tetes 2. Reagen Nessler
3. Kaca Objek 3. Kultur Bakteri
Cara Kerja:
a. Tabung reaksi berisi media pepton disiapkan dan ditandai dengan nama organisme
yang diinokulasi. Sediakan 1 tabung terakhir untuk kontrol.
b. Inokulasi sampel tanah sebanyak 0,1 gr pada media pepton.
c. Inkubasi pada suhu 25 oC selama 7 hari.
d. Deteksi amoniak diuji pada hari ke 3, 5, dan 7. Satu tetes reagen Nessler
ditambahkan 1 tetes kultur pada media pepton, lalu campurkan hingga merata.
Lakukan hal yang sama pada kontrol.
e. Deteksi amoniak diamati dengan melihat perubahan warna.
Interpretasi:
Warna Jumlah Hasil
Tidak ada perubahan 0 Tidak ada amoniak
Kuning muda 1+ Amoniak ada dalam jumlah sedikit
Kuning tua 2+ Amoniak ada dalam jumlah sedang
Endapan coklat 3+ Amoniak ada dalam jumlah banyak
2. Nitrifikasi
Tujuan : Oksidasi ammonia menjadi nitrat.
Alat : 1. Tabung Reaksi Bahan : 1. Media Ammonium sulfat
2. Erlenmeyer 2. Media Nitrit
3. Reagen Nessler
4. Reagen Trommsdorf
5. Difenilamin
6. Asam Sulfat
Cara Kerja :
a. Dua erlenmeyer berisi 25 ml media ammonium sulfat dan dua erlenmeyer berisi 25
ml media nitrit disiapkan.
b. Inokulasi 0,1 gr sample tanah ke dalam erlenmeyer yang berisi media. Larutkan
dengan digoyangkan secara perlahan.
27
c. Inkubasi pada suhu 25 oC selama 3 minggu.

d. Produksi nitrit dan nitrat diamati pada hari ke 7, 14 dan 21.
e. Deteksi nitrit dari kultur tanah ammonium sulfat
1. Amonia dideteksi dengan menggunakan reagen Nessler. Warna yang
dihasilkan kuning hingga coklat mengindikasi adanya amoniak.
2. Nitri dideteksi dengan menggunakan reagen Trommsdorf. Tiga tetes reagen
Trommsdrof di campur dengan 1 tetes asam sulfat.
3. Kemudian tambahkan 1 tetes sampel yang telah diinkubasi. Campurkan hingga
merata.
4. Amati perubahan warna yang dihasilkan.
Interpretasi:
Warna Jumlah Hasil
Biru muda 1+ Nitrit ada dalam jumlah sedikit
Biru 2+ Nitrit ada dalam jumlah sedang
Biru Tua/Hitam 3+ Nitrit ada dalam jumlah banyak
f. Deteksi nitrat dari kultur tanah nitrit

1. Tentukan kehadiran nitrit dengan melakuakan tahapan e.1. Uji nitrat dilakukan
jika nitrit tidak ada.
2. Satu tetes difenilamin dan dua tetes asam sulfat pekat dicampurkan dengan
kultur tanah yang telah diinkubasi.
3. Amati perubahan warna yang dihasilkan.
Interpretasi :
Warna Jumlah Hasil
Biru muda 1+ Nitrat ada dalam jumlah sedikit
Biru 2+ Nitrat ada dalam jumlah sedang
Biru Tua/Hitam 3+ Nitrat ada dalam jumlah banyak
3. Denitrifikasi
Tujuan : Reduksi nitrat menjadi gas nitrogen.
Alat : 1. Tabung Reaksi Bahan : 1. Media Nitrat
2. Tabung durham 2. Sampel Tanah
3. Inkubator
Cara Kerja :
a. Tabung durham dan tabung reaksi yang berisi media nitrat disiapkan.
b. Inokulasi organisme uji dan sampel tanah pada tabung reaksi. Tabung reaksi jangan
dikocok.
c. Inkubasi pada suhu 20 oC selama 2 minggu.
d. Diamati pada hari ke 7 dan 14 untuk melihat adanya gelembung das pada tabung
durham.
28
MODUL 5. PENGARUH FAKTOR LINGKUNGAN FISIK

MIKROORGANISME
TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah melakukan percobaan ini mahasiswa dapat mengetahui pengaruh faktor
lingkungan (pH, suhu, oksigen) terhadap pertumbuhan bakteri.
PENDAHULUAN
Faktor lingkungan merupakan salah satu faktor penting untuk petumbuhan
mikroorganisme. Terdapat tiga jenis faktor lingkungan yaitu faktor kimia, fisik dan biologis.
Faktor kimia merupakan senyawa kimia yang berfungsi sebagai bahan nutrisi bagi
pertumbuhan mikroba dan senyawa kimia yang bersifat racun sehingga dapat menghambat
pertumbuhan mikroorganisme. Contoh senyawa kimia yang berfungsi sebagai bahan nutrisi
yaitu karbon, fosfat, nitrogen dan lainnya. Faktor lingkungan yang termasuk ke dalam faktor
fisik, yaitu suhu, pH, kelembaban, tekanan osmotik, dan kebutuhan oksigen. Faktor biologis
yaitu makhluk hidup lain yang dapat mempengaruhi pertumbuhan mikrootganisme.
Contohnya yaitu sinergisme mikroorganisme antara dua spesies yang dapat saling
meningkatkan pertumbuhan atau saling menghambat atau saling membunuh satu atau lebih
mikroorganisme.
Suhu berpengaruh terhadap laju reaksi kimia yang akan berdampak pada aktivitas
enzim seluler. Suhu rendah akan menghambat atau menurunkan laju aktivitas enzim dan hal
ini akan berpengaruh terhadap metabolisme dan pertumbuhan mikroorganisme. Sedangkan
pada suhu yang tinggi akan menyebabkan koagulasi dan denaturasi enzim yang bersifat
termolabil. Berdasarkan suhu pertumbuhan mikroorganisme dapat dikelompokkan menjadi
4 kelompokkan menjadi 4 kelompok yaitu psikrofilik, mesofilik, termofilik dan
hipertermofilik. Psikrofilik merupakan kelompok mikroorganisme yang dapat tumbuh pada
rentang suhu -5oC sampai dengan suhu 20oC. Mesofilik merupakan kelompok
mikroorganisme yang dapat tumbuh pada rentang suhu 20 oC sampai dengan suhu 50oC.
Banyak bakteri yang termasuk ke dalam kelompok ini, termasuk bakteri patogen yang
tumbuh optimum pada suhu 35 oC sampai 40oC. Termofilik kelompok mikroorganisme yang
dapat tumbuh pada rentang suhu 50oC sampai dengan suhu 80oC. Hipertermofilik
merupakan kelompok mikroorganisme yang dapat tumbuh pada suhu diatas 80 oC.
Kadar pH ekstraseluler mikroorganisme juga berpengaruh terhadap protein dan
aktivitas enzim seluler. Umumnya pH optimum untuk metabolisme sel adalah kondisi netral
pada pH 7. Meningkatnya konsentrasi ion H+ yang membuat kondisi asam atau menurunya
ion H+ yang membuat kondisi basa, keduanya dapat mempengaruhi laju reaksi kimia karena
enzim akan rusak pada kondisi asam atau basa. Berdasarkan kemampuan bakteri dapat
tumbuh pada pH tertentu, bakteri dapat dikelompokkan menjadi 3 kelompok yaitu asidofilik,
neutrofilik, dan alkalifilik. Asidofilik merupakan bakteri yang dapat tumbuh pada kondisi
lingkungan yang asam. Neutrofilik merupakan kelompok bakteri yang dapat tumbuh pada
kondisi lingkungan dengan pH netral. Alkalifilik merupakan kelompok bakteri yang dapat
tumbuh pada kondisi lingkungan yang basa. Umumnya bakteri tumbuh dengan baik pada
pH netral antara 6.5-7.5 dan fungi tumbuh dengan baik pada pH 4-6.
29
Gambar 4.1. Kurva Tumbuh Bakteri Berdasarkan pH Optimum Pertumbuhan Bakteri

Kebutuhan oksigen penting untuk proses biooksidatif pada respirasi sel. Oksigen
memegang peranan penting dalam pembentukan ATP dan akan digunakan untuk aktivitas
sel. Terdapat jenis sel yang lain yang tidak membutuhkan oksigen untuk aktivitas sel. Sel
jenis ini menggunakan respirasi anaerobik atau fermentasi dalam pembentukan energi.
Mikroorganisme dapat dikelompokkan lebih jauh berdasarkan kebutuhan oksigen yaitu
obligate aerobes, microaerophiles, facultative anaerobes, aerotolerant anaerobes dan
obligate anaerobes. Obligate Aerobes adalah kelompok bakteri yang harus tumbuh pada
kondisi aerob (tersedia oksigen) contohnya Pseudomonas dan Micrococcus.
Microaerophiles adalah kelompok bakteri yang dapat tumbuh pada lingkungan dengan
oksigen yang terbatas, contohnya Helicobacter pylori. Facultative Anaerobes adalah
kelompok bakteri yang dapat tumbuh baik pada kondisi aerob tetapi juga dapat tumbuh pada
kondisi anaerob. Bakteri golongan ini memiliki sistem metabolisme yang fleksibel,
contohnya Escherichia coli. Aerotolerant Anaerobes adalah kelompok bakteri anaerob yang
dapat tumbuh dalam kondisi aerob. Kelompok bakteri ini dapat mentoleransi adanya
oksigen, contohnya Streptococcus dan Enterococcus. Obligate Anaerobes adalah kelompok
bakteri anaerob yang tidak dapat hidup pada kondisi aerob. Kelompok bakteri ini tidak dapat
mentoleransi adanya oksigen dan hanya dapat hidup pada konidisi anaerob. Contohnya
Clostridium dan Methanococcus.
30
PERCOBAAN
1. Pengaruh Suhu Terhadap Pertumbuhan Bakteri.
Tujuan : Mengamati pertumbuhan bakteri pada suhu tertentu dengan mengukur
nilai OD
Alat : 1. Kuvet Bahan : 1. Kultur Bakteri
2. Tabung Reaksi 2. Media NB
3. Pipet Ukur
4. Spektofotometer
5. Pembakar Bunsen
6. Inkubator
Cara kerja :
a. Sebanyak 7 tabung reaksi yang berisi media nutrient broth steril disiapkan. Tandai
tabung reaksi dengan suhu inkubasi (4oC, 25oC, 37oC, 45oC, 60oC), kelompok dan
kelas. Siapkan 1 tabung reaksi untuk blangko (tidak diinokulasi kultur bakteri).
b. Secara aseptik, transfer 1 ose kultur bakteri yang telah disiapkan ke dalam tabung
reaksi yang berisi media nutrient broth steril.
c. Inkubasi tabung reaksi yang telah diinokulasi pada masing-masing suhu selama 24-
48 jam.
d. Tentukan OD (Optical Density) menggunakan spektrofotometer pada panjang
gelombang 610 nm.
e. Catat nilai OD setiap suhu inkubasi.
f. Buat kurva hubungan antara suhu inkubasi (x) dan nilai OD (y).
2. Pengaruh pH Terhadap Pertumbuhan Bakteri.
Tujuan : Mengamati pertumbuhan bakteri pada pH tertentu dengan mengukur
nilai OD
3. Pipet Ukur
4. Spektofotometer
5. Pembakar Bunsen
6. Inkubator
Cara kerja :
a. Tabung reaksi yang berisi media nutrient broth steril disiapkan. Tandai tabung
reaksi dengan pH media (3, 5, 7, 9, dan 13), kelompok dan kelas. Siapkan 1 tabung
reaksi yang berisi media nutrient broth steril untuk blangko (tidak diinokulasi
kultur bakteri).
c. Inkubasi tabung reaksi yang telah diinokulasi pada suhu 37oC selama 24-48 jam.
d. Tentukan OD (Optical Density) menggunakan spektrofotometer pada panjang
gelombang 610 nm.
e. Catat nilai OD setiap pH.
f. Buat kurva hubungan antara pH (x) dan nilai OD (y).
31
3. Pengaruh Oksigen Terhadap Pertumbuhan Bakteri.

Tujuan : Mengamati pertumbuhan bakteri pada pH tertentu dengan mengukur
nilai OD
3. Pipet Ukur
4. Spektofotometer
5. Pembakar Bunsen
6. Inkubator
Cara kerja :
a. Tabung reaksi yang berisi media nutrient broth steril disiapkan. Tandai tabung
reaksi dengan kebutuhan oksigen (aerob dan anerob), kelompok dan kelas. Siapkan
1 tabung reaksi yang berisi media nutrient broth steril untuk blangko (tidak
diinokulasi kultur bakteri).
c. Untuk yang perlakuan anaerob, masukan tabung reaksi yang telah diinokulasi oleh
kulturbakteri pada anaerobik jar.
d. Inkubasi pada suhu 37oC selama 24-48 jam.
e. Amati letak persebaran pertumbuhan koloni bakteri. Seperti gambar dibawah ini
Gambar 4.2. Distribusi Pertumbuhan Bakteri Pada Media CairBerdasarkan

Kebutuhan Oksigen
32
MODUL 6. MIKROBIOLOGI AIR
TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah melakukan percobaan ini mahasiswa akan dapat melakukan analisis
kualitatif standar air.
PENDAHULUAN
Air merupakan komponen penting bagi kehidupan. Pengadaan air bersih harus
memenuhi persyaratan yang sudah ditentukan sesuai dengan peraturan internasional oleh
WHO atau peraturan nasional yang telah ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan. Kualitas
air dilihat dari kualitas fisik, kimia dan biologis. Kualitas fisik meliputi kekeruhan,
temperatur, warna, bau dan rasa. Kualitas kimia berhubungan dengan adanya senyawa atau
logam yang dapat membahayakan. Kualitas biologis diuji dari kehadiran mikroorganisme
yang bersifat patogen dan penghasil toksin. Bakteri koliform digunakan sebagai indikator
uji kualitas air secara mikrobiologis untuk menentukan sumber air tercemar patogen atau
tidak. Pada air tercemar, bakteri koliform sering dikaitkan dengan adanya organisme
patogen lain yang mencemari air. Jika pada air tersebut ditemukan bakteri koliform maka
mikroorganisme patogen yang lain juga diperkirakan mencemari air tersebut. Jumlah bakteri
koliform yang sedikit menandakan kualitas air yang baik. Bakteri koliform adalah bakteri
usus manusia dan hewan. Terdapat dua jenis bakteri koliform yaitu fekal dan non-fekal.
Bakteri koliform fekal merupakan bakteri koliform yang berasal dari feces dan umumnya
bersifat patogen, contohnya E. coli. Bakteri koliform non-fekal adalah bakteri koliform yang
bukan berasal dari feces, contohnya Enterobacter sp.
MPN (Most Probable Number) merupakan tes rutin yang dilakukan untuk menguji
kualitas air secara biologis. Uji MPN terdiri dari 3 tahap yaitu persumtive test (uji
pendugaan), confirmation test (uji penetapan) dan completed test (uji kelengkapan). Pada uji
pendugaan, digunakan media laktosa. Bakteri koliform dapat memfermentasi laktosa
sehingga akan menghasilkan asam yang akan ditandai dengan perubahan warna media
menjadi kuning dan gas yang akan terperangkap dalam tabung durham. Tahap kedua yaitu
uji penetapan yang dilakukan dengan menggunakan media Eosin Methylene Blue (EMB)
agar sebagai media selektif untuk menumbuhkan bakteri Gram negatif. Media EMB agar
mengandung methylene blue yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri gram positif.
Koloni bakteri Gram negatif seperti Salmonella dan Shigella yang tidak dapat
memfermentasi laktosa tampak berwarna merah muda atau tidak berwarna sedangkan koloni
yang dapat memfermentasi laktosa seperti Escherichia coli akan tampak berwarna hijau
metalik pada media EMB. Bakteri yang dapat memfermentasi laktosa akan menghasilkan
bintik hitam atau biru di tengah-tengah koloni bakteri. Tahap ketiga yaitu uji kelengkapan
yang dilakukan untuk konfirmasi ulang jika bakteri yang terdapat dalam sampel air
merupakan bakteri koliform. Jika hasil pada uji kelengkapan sama dengan uji penetapan,
maka benar air tersebut mengandung bakteri koliform.
Prosedur pengambilan sampel air yang tepat merupakan salah satu faktor penting
dari uji kualitas air. Konsep dasar yang penting dalam pengambilan sampel yaitu alat yang
digunakan untuk mengambil sampel harus dalam keadaan steril. Terdapat beberapa kasus
pengambilan sampel air yaitu pada air tergenang, air berarus dan air mengalir. Pengambilan
sampel pada air tergenang dilakukan dengan mengikat botol steril dengan tali dan pada
33
bagian luar bawah botol diberi pemberat agar botol tenggelam ke dalam air. Ketika botol
sudah siap, buka tutup botol dan segera tenggelamkan kedalam air dengan posisi berdiri.
Tangan tidak boleh dimasukan ke dalam air yang akan kita gunakan untuk sampel. Gunakan
tali yang terikat pada botol untuk meletakkan dan mengambil botol. Pada air berarus seperti
sungai, pengambilan sampel botol tidak perlu menggunakan tali cukup pegang botol dengan
tangan dan masukan botol kedalam air yang mengalir dengan meletakkan mulut botol
melawan arah arus air. Setelah selesai megambil sampel segera tutup botol. Pengambilan
sampel air mengalir pada kran air dilakukan dengam membakar mulut kran air dengan api
selama beberapa detik. Setelah itu buka tutup botol steril dan buka kran air. Setelah sampel
air yang diambil cukup, segera tutup botol. Jangan buka botol sampai uji kualitas air akan
dilakukan.
Gambar 6.1. Kultur Bakteri E. coli, P. aeruginosa, dan Salmonella

thyphimurium Pada Media EMB (Eosin-Methylene Blue)
serta Pertumbuhan Staphylococcus aureus terhambat.
Pada praktikum kali ini mahasiswa akan melakukan uji kualitas air dengan metode
MPN (Most Probable Number). Metode ini umum digunakan untuk analisis kualitatif
standar air. Terdiri dari tiga tahap uji yaitu uji pendugaan, uji penetapan, dan uji
kelengkapan. Setiap kelompok akan melakukan uji kualitas air dengan sampel air yang
berbeda. Setelah praktikum selesai setiap kelompok merapikan dan membersihkan kembali
alat dan tempat kerja yang digunakan.
PERCOBAAN
Analisis Kualitatif Standar Air
Tujuan : Uji kualitas air dengan melihat adanya cemaran bakteri koliform.
Alat : a. Tabung Reaksi Bahan : a. Media Single Strenght Lactose
b. Tabung durham Broths
c. Cawan petri b. Media Double Strenght Lactose
d. Jarum ose Broths
e. Pipet ukur c. Media EMB
b. Inkubator d. Akuades
34
Cara Kerja :
1. Uji Pendugaan
a. Siapkan 3 seri tabung reaksi setiap seri terdiri dari 5 tabung reaksi. Dua seri tabung
untuk media single strenght lactose broths (LB1X) dan satu seri untuk double
strenght lactose broths (LB2X).
b. Inokulasi 10 ml sample air ke dalam 1 seri tabung reaksi yang berisi media LB2X
c. Inokulasi 1 ml sample air ke dalam 1 seri tabung reaksi yang berisi media LB1X
d. Inokulasi 0,1 ml sample air ke dalam 1 seri tabung reaksi yang berisi media LB1X
e. Inkubasi selama 48 jam pada suhu 37oC.
f. Hitung jumlah tabung reaksi yang positif.
Interpretasi :
 Terdapat gelembung dan berubah warna menjadi kuning: ( + )
 Tidak terdapat gelembung dan berubah warna menjadi kuning: ( - )
 Tidak terdapat gelembung dan tidak berubah warna menjadi kuning: ( - )
Gambar 6.2. Hasil Uji Pendugaan. (a) Tabung yang belum diinokulasi,
(b,c) Tabung yang telah diinokulasi tanpa ada perubahan,
hasil negatif (-), (d) Tabung yang telah diinokulasi dan
mengasilkan perubahan warna saja, hasil negatif (-), (e)
Tabung yang telah diinokulasi dan mengasilkan perubahan
warna dan menghasilkan gas, hasil positif (+).
2. Uji Penetapan
a. Inokulasi hasil uji pendugaan yang positif dengan metode streak pada media EMB
(Eosin-methylene blue).
b. Inkubasi selama 24 jam pada suhu 37 oC.
c. Koloni yang tumbuh pada media EMB diamati. Koloni dengan bentuk bulat dan
warna hijau metalic atau merah muda dengan lendir.
35
3. Uji Kelengkapan
a. Koloni yang diduga bakteri koliform dari media EMB diinokulasikan ke dalam
media lactose broths. Buat dua rangkap.
b. Inkubasi selama 24-48 jam pada suhu 37oC dan 44oC. Inkubasi pada suhu 37 oC
bertujuan untuk menumbuhkan bakteri koliform dan inkubasi pada suhu 44 oC
bertujuan untuk menumbuhkan bakteri fekal koliform.
Interpretasi :
 Terdapat gelembung dan berubah warna menjadi kuning: ( + )
 Tidak terdapat gelembung dan berubah warna menjadi kuning: ( - )
 Tidak terdapat gelembung dan tidak berubah warna menjadi kuning: ( - )
36
Gambar 6.3. Prosedur Analisis Kualitatif Standar Air

37
Tabel 6.1. Tabel Indeks Most Probable Number.
38
MODUL 7. MIKROBIOLOGI MAKANAN
TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah melakukan percobaan ini mahasiswa akan:
1. Dapat melakukan penghitungan bakteri pada sampel makanan dengan metode Total
Plate Count.
2. Dapat melakukan uji kualitas makanan.
3. Dapat mendefinisikan akar permasalahan (root cause) terhadap keberadaan bakteri
pada sampel makanan
PENDAHULUAN
Makanan merupakan hal yang penting bagi manusia. Oleh karena itu makanan harus
bersih dari segala sumber penyakit. Makanan yang layak konsumsi adalah makanan yang
terbebas dari patogen dan senyawa beracun. Kehadiran mikrooganisme pada makanan ada
yang menguntungkan dan ada juga yang merugikan. Tidak semua mikroorganisme dapat
menjadi kontaminasi dan patogen pada makanan. Pada kondisi tertentu, mikroorganisme
dapat berperan dalam proses fermentasi yang mampu meningkatkan nilai gizi atau nutrisi.
Selain itu juga mikroorganisme dapat berperan secara tidak langsung dalam pengadaan
sumber protein, vitamin, lemak atau karbohidrat. Beberapa mikroorganisme yang
mendatangkan keuntungan yaitu Rhizopus oligosporus dan R. stolonifer yang berperan
dalam pembuatan tempe, Lactobacillus acidophillus dan Streptococcus thermophillus yang
berperan dalam pembuatan yogurt, Aspergillus oryzae dan Aspergillus flavus yang berperan
dalam pembuatan tempe, dan masih banyak lagi mikroorganisme yang berperan positif pada
makanan. Contohnya makanan yang dihasilkan menggunakan bantuan mikroorganisme
yaitu yogurt, tempe, keju, kecap dan lain lain. Makanan yang tercemar oleh mikroorganisme
yang bersifat patogen akan menyebabkan penyait infeksi jika termakan oleh manusia atau
hewan. Contoh mikroorganisme yang menyebabkan penyakit yaitu Clostridium botulinum,
Staphylococcus aureus, Salmonella, Campylobacter, E. coli. Mikroorganisme patogen dapat
mencemari makanan dalam beberapa cara yaitu makanan yang terpapar oleh tanah atau air
tercemar, peralahan makanan yang tidak bersih, sayuran yang tidak dicuci bersih,
penanganan dan pembuatan makanan yang tidak bersih. Uji kualitas makanan dapat
dilakukan dengan menghitung bakteri yang tumbuh pada media.
Pada praktikum kali ini setiap kelompok akan melakukan perhitungan jumlah
bakteri pada sampel makanan dengan metode Total Plate Count serta pemeriksaan
Salmonella-Shigella Agar. Setelah praktikum selesai, setiap kelompok merapikan dan
membersihkan kembali alat dan tempat kerja yang digunakan.
PERCOBAAN
1. Total Plate Count
Tujuan : Menghitung jumlah mikroorganisme dalam makanan dengan satuan
CFU/gr.
Alat : 1. Cawan petri Bahan : 1. Sampel Makanan
2. Pipet ukur 2. Media NA
3. Pembakar Bunsen 3. Pepton 0,1%
4. Neraca digita
39
Cara Kerja :
a. Timbang 20 gr sampel makanan.
b. Masukkan kedalam blender dan tambahkan 180 ml aquades steril. Blender kurang
lebih selama 5 menit. Perlakuan ini akan mendapatkan tingkat pengenceran 10-1.
c. Sebanyak 0.1 ml sampel diinokulasikan pada media NA dengan metode tuang
(pour plate) sebagai hasil tingkat pengenceran 10 -2.
d. Inokulasi sebanyak 1 ml dari sampel yang sudah diblender ke dalam 99 ml
aquades steril (pengenceran 10 -3). Setelah homogen ambil 1 ml dan
diinokulasikan pada media NA dengan metode tuang (pengenceran 10 -3)
e. Selanjutanya ambil sampel sebanyak 0.1 ml dari tingkat pengenceran 10-3 dan
inokulasikan pada media NA sebagai hasil tingkat pengenceran 10 -4.
f. Inkubasi pada suhu 370C selama 24 atau 48 jam.
Interpretasi :
Standar Cemaran Pangan BPOM Batas maksimum: 1x104 cfu/ml atau gr.
Sterile glassine paper

Food sample
Weigh 20 g
of sample.
Place sample in
blender jar. Add
180 ml of sterile
water and blend
for 5 minutes
Transfer 1.0 ml.
10–3 dilution
10–1 dilution
Transfer Transfer
Transfer
0.1 ml. 1.0 ml
0.1 ml.
Gambar 7.1. Preparasi Analisis Sampel Makanan

40
2. Pemeriksaan Salmonella - Shigella

Tujuan : Mengidentifikasi kehadiran bakteri patogen Salmonella - Shigella pada
makanan.
Alat : 1. Erlenmeyer Bahan : a. Pepton 0,1%
2. Tabung Reaksi b. Tetrathionate Broth/
3. Pipet Ukur Media Selenit Broth
4. Jarum Ose c. Media SSA
5. Inkubator d. Media BGB
6. Timbangan Analitik e. Sampel makanan
Cara Kerja :
a. Sebanyak 50 gr sampel dihaluskan dan campur dengan 50 ml pepton 0,1 %.
b. Kemudian masukan sampel ke dalam media Tetrathionate Broth atau Selenit
Broth.
c. Inkubasi selama 24 jam pada suhu 37 oC.
d. Kemudian inokulasi suspensi sebanyak 1 ml pada media Salmonella Shigella
Agar dan Brilliant Green Bile Agar dengan metode tuang.
e. Inkubasi selama 24 - 48 jam pada suhu 37 oC.
f. Amati koloni yang tumbuh.
Interpretasi :
 Bakteri yang dapat memfermentasi laktosa akan bewarna merah muda atau merah
seperti E.coli
 Bakteri yang tidak dapat memfermentasi laktosa akan berwarna bening dan terdapat
bintik hitam ditengah (menandakan bahwa H2S dihasilkan) seperti Salmonella
 Bakteri yang tidak menghasilkan laktosa dan tidak menghasilkan H 2S akan
berwarna bening tanpa bitik hitam ditengahnya seperti Shigella
41
PENGERJAAN LAPORAN MODUL 7 MIKROBIOLOGI MAKANAN
Dalam pengerjaan laporan Modul 7 Mikrobiologi Makanan, Mahasiswa diminta

untuk dapat menerapkan kemampuan berpikir kritis dan kreatif dalam menentukan akar
permasalahan (the real root cause) dari kontaminasi bakteri pada makanan berdasarkan
hasil dari penelitian yang telah dilakukan di laboratorium terhadap sampel makanan yang
diujikan, yang meliputi:
1. Hasil Uji Total Plate Count (TPC)
2. Hasil Uji Deteksi E. Coli, Salmonella dan Shigella
Setelah diketahui hasil uji Total Plate Count (TPC) dan hasil uji deteksi E. Coli, Salmonella,
dan Shigella pada sampel makanan yang diujikan, kemudian dilakukan proses analisis root
cause dengan menggunakan aplikasi tool yang diajarkan pada mata kuliah Creative Problem
Solving pada semester sebelumnya yaitu Why Why Diagram. Hasil analisis dengan
menggunakan why why diagram didukung dengan gathering information akan dapat
digunakan untuk mencari the real root cause mengapa terdapat kontaminasi bakteri pada
makanan.
Gambar 7.2 Why why diagram

Sumber: Tim creative problem solving Universitas Pertamina (2018)
42
MODUL 8. AMPLIFIKASI DNA DENGAN TEKNIK PCR
TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah melakukan percobaan ini mahasiswa mampu mengamplifikasi/
memperbanyak fragmen DNA dari plasmid rekombinan dengan teknik Polymerase Chain
Reaction.
PENDAHULUAN
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA
secara in vitro. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh Karry Mullis pada tahun 1985.
Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi segmen DNA dalam jumlah jutaan
kali hanya dalam beberapa jam. Dengan ditemukannya teknik PCR di samping juga teknik-
teknik lain seperti sekuensing DNA, telah merevolusi bidang sains dan teknologi khususnya
di bidang diagnosis penyakit genetik, kedokteran forensik dan evolusi molekular.
Komponen-Komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat DNA,
sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan nukleotida
yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat, dNTPs (Deoxynucleotide
triphosphates), buffer PCR, magnesium klorida (MgCl2) dan enzim DNA polimerase.
Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu :
1. Denaturasi DNA templat, proses ini dilakukan pada suhu 94 oC. Pada tahap ini dua
rantai molekul DNA target dipisahkan dengan pemanasan. Hal ini dapat dilakukan
karena ikatan antar dua rantai DNA ini merupakan ikatan hydrogen sehingga dapat
didenaturasi secara reversible menggunakan siklus pemanasan dan pendinginan.
2. Penempalan primer pada templat (annealing). Pada tahap ini, dua rantai target
yang telah dipisahkan, satu primer akan mengenali dan terikat pada salah satu rantai
DNA target dan primer yang lainnya akan mengenali dan berikatan dengan rantai
yang lainnya. Suhu yang digunakan untuk annealing berkisar antara 45 – 60 oC,
dalam percobaan ini suhu annealing yang digunakan 46 oC.
3. Pemanjangan (extension). Pada tahap ini DNA polymerase mengikat ujung primer
3’ bebas dan menggunakan dNTPs untuk mensintesis rantai DNA baru pada arah 5’
ke 3’. Rantai DNA baru yang telah disintesis akan menjadi templat baru untuk siklus
amplifikasi berikutnya. Olah karena itu, target urutan DNA yang diamplifikasi akan
lebih selektif dari sebelumnya. Tahapan proses PCR dapat dilihat pada gambar 1.
Gambar 8.1 Bagan Proses PCR
43
PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan
pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda DNA
templat (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian didinginkan
hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (anneal
primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk
memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP dan
dTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 – 40 siklus. Target
DNA yang diinginkan (short ”target” product) akan meningkat secara eksponensial setelah
siklus keempat dan DNA non-target (long product akan meningkat secara linier seperti
tampak pada bagan di atas (Newton and Graham, 1994).
Jumlah kopi fragmen DNA target (amplikon) yang dihasilkan pada akhir siklus PCR
dapat dihitung secara teori menurut rumus:
Y= (2n – 2n) x
Keterangan : Y = Jumlah amplikon
n = Jumlah siklus
X = Jumlah untai DNA awal
Jika X = 1 dan jumlah siklus yang digunakan adalah 30, maka jumlah amplikon yang
diperoleh pada akhir proses PCR adalah 1,074 x 109. Dari fenomena ini dapat terlihat bahwa
dengan menggunakan teknik PCR dimungkinkan untuk mendapatkan fragmen DNA yang
diinginkan (amplikon) secara eksponensial dalam waktu relatif singkat. Umumnya jumlah
siklus yang digunakan pada proses PCR adalah 30 siklus. Penggunaan jumlah siklus lebih
dari 30 siklus tidak akan meningkatkan jumlah amplikon secara bermakna dan
memungkinkan peningkatan jumlah produk yang non-target.
Perlu diingat bahwa di dalam proses PCR effisiensi amplifikasi tidak terjadi 100 %,
hal ini disebabkan oleh target templat terlampau banyak, jumlah DNA polimerase terbatas
dan kemungkinan terjadinya reannealing untai target
PERCOBAAN
Alat : 1. Mesin PCR Bahan : a. DNA Plasmid
2. Mikropipet ukuran 0,5-10μL, b. Primer 1 (Forward Primer)
& 10-100 μL c. Primer 2 (Reverse Primer)
3. Tips ukuran 0,5-10μL, d. 2x Taq Plus Mastermix
10-100 μL e. ddH2O
4. Tabung mikro ukuran 200μL f. Es
Cara Kerja :
1. Untuk membuat 20 μL reaksi PCR, campurkan komponen reaksi berikut ke dalam

tabung mikro ukuran 200 μL:
No Reagen Jumlah
1. ddH2O 7 μL
2. 2x Taq Plus Mastermix 10 μL
3. Primer 1 (Forward Primer) 1 μL
4. Primer 2 (Reverse Primer) 1 μL
5. Template DNA Plasmid 1 μL
44
2. Masukkan tabung mikro berisi reagen reaksi PCR ke dalam mesin PCR.
3. Kondisi reaksi PCR yang dilakukan adalah sebagai berikut:
Suhu Waktu Siklus
94 oC 4 menit 1 siklus
94 oC 30 detik
46 oC 30 detik 30 siklus
72 oC 4 menit
4. Hasil PCR dianalisis dengan elektroforesis agarose.
45
DAFTAR PUSTAKA
1. Black, J. G. (2012). Microbiology Principle and Explorations Eighth Edition.
Hobonken, New Jersey: Willey.
2. Brown, A. E., & Smith, H. (2015). Benson’s Microbiological Applications
Laboratory Manual in General Microbiology 13th Edition. McGraw-Hill Education.
3. Bruce, B. (Eds.). (1997). Genome Analysis, a laboratory manual. vol 1 (Analyzing
DNA). USA: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
4. Cappuccino, J. G. & Sherman, N. (2014). Microbiology A Laboratory Manual – 10th
Edition. Pearson Education, Inc.
5. Gschmeissner, S. (2013). Pseudomonas aeruginosa photographs. Diakses 31
Agustus 2020. https://fineartamerica.com/featured/3-pseudomonas-aeruginosa-
bacteria-sem-steve-gschmeissner.html
6. Innis, M.A. (Eds.). (1990). PCR Protocols a Guide to Methods and Applications.
California: Academic Press, Inc.
7. Khumaini, K., Ayurini, M., Raissa, & Wijaya, T. N. (2017). Modul Praktikum Kimia
Dasar I. Jakarta: Universitas Pertamina.
8. Newton, C.R. and A. Graham. (1994). PCR. UK: Bios Scientific Publisher.
9. Teknik Lingkungan ITB. (2013). Modul Praktikum Mikrobiologi Lingkungan.
Bandung: Teknik Lingkungan Institut Teknologi Bandung.
10. Tim creative problem solving Universitas Pertamina. (2018). Modul Creative
Problem Solving (CPS) Edisi 1 2018. Jakarta: Universitas Pertamina.
46
Lampiran 1. Sampul Laporan Format A dan Format B
LAPORAN PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

MODUL XXX
Kelompok I
Anggota Kelompok/NIM : Ari Rahman/104215001
Anggota Kelompok/NIM : Betanti R./104215002
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

PROGRAM STUDI TEKNIK LINGKUNGAN
FAKULTAS PERENCANAAN INFRASTRUKTUR
2019/2020
Lampiran 2. Penulisan Laporan Format A
JUDUL LAPORAN
A. Tujuan
Tujuan dari percobaan yang dilakukan. Penulisan menggunakan font Times New
Roman, ukuran 12, line spacing 1 dengan before dan after point 6.
B. Prinsip Dasar
Penulisan singkat prinsip dasar dari percobaan yang dilakukan. Penulisan paragraf
menggunakan font Times New Roman, ukuran 12, line spacing 1 dengan before dan
after point 6.
C. Hasil
Berupa foto, tabel dan kurva hasil dari percobaan.
D. Pembahasan
Hasil percobaan dibahas secara singkat.
E. Referensi
Lampiran 3. Penulisan Laporan Format B

Contoh Laporan Akhir
TEKNIK TRANSFER KULTUR SECARA ASEPTIK DENGAN

METODE GORES, SEBAR DAN TUANG
Ari Rahman1*, Betanti Ridhosari1

1
Program Studi Teknik Lingkungan, Fakultas Perencanaan Infrastruktur,
Universitas Pertamina
*Corresponding author: rahmanari22@gmail.com
Abstrak : Terdiri dari pendahuluan yang menerangkan penelitian, tujuan penelitian dan pemaparan
singkat hasil yang didapat. Penulisan paragraf menggunakan font Times New Roman, ukuran 10,
line spacing 1 dengan before dan after point 0, alignment paragraf menggunakan justify. Bahasa
yang digunakan adalah bahasa indonesia.
Kata kunci : ditulis miring, berjumlah 5 buah, yang relevan dengan penelitian.
Abstract : Ditulis dalam Bahasa Inggris, terdiri dari pendahuluan yang menerangkan penelitian,
tujuan penelitian dan pemaparan singkat hasil yang didapat. Penulisan paragraf menggunakan font
Times New Roman, ukuran 12, line spacing 1 dengan before dan after point 0, alignment paragraf
menggunakan justify.
Keywords : ditulis miring, berjumlah 5 buah, yang relevan dengan penelitian.
PENDAHULUAN
Berisi latar belakang, rumusan masalah, tujuan penelitian dan teori dasar yang
mendukung dan relevan dengan penelitian. Penulisan paragraf menggunakan font
Times New Roman, ukuran 12, line spacing 1 dengan before dan after point 0.
METODE PENELITIAN
A. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada saat praktikum ditulis dalam bentuk paragraf,
alignment paragraf menggunakan justify, contohnya cawan petri, jarum ose,
tabung reaksi, rak tabung reaksi dan pembakar bunsen.
Bahan yang digunakan pada saat praktikum ditulis dalam bentuk
paragraf, alignment paragraf menggunakan justify, contohnya kultur bakteri
cair pada media Nutrient Broth, Kultur bakteri pada media Nutrient Agar
cawan petri.
B. Cara Kerja
1. Judul Percobaan 1
Langkah langkah yang dikerjakan pada setiap percobaan dalam
bentuk paragraf dan kalimat pasif. Penulisan paragraf menggunakan font
Times New Roman, ukuran 12, line spacing 1 dengan before dan after
point 0, alignment paragraf menggunakan justify.
2. Judul Percobaan 2
Langkah langkah yang dikerjakan pada setiap percobaan dalam
bentuk paragraf dan kalimat pasif. Penulisan paragraf menggunakan font
Times New Roman, ukuran 12, line spacing 1 dengan before dan after
point 0, alignment paragraf menggunakan justify.
HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil
Berupa data-data pengamatan, foto, tabel, dan kurva hasil pengamatan.
B. Pembahasan
Data hasil penelitian dibahas berdasarkan referensi buku, jurnal ilmiah,
modul praktikum, materi kuliah dan website resmi. Hasil yang dibahas
berupa pertanyaan-pertanyaan penelitian, memaparkan logika diperolehnya
temuan, interpretasikan temuan, dan mengaitkan dengan teori yang relevan.
Penulisan paragraf menggunakan font Times New Roman, ukuran 12, line
spacing 1 dengan before dan after point 0, alignment paragraf menggunakan
justify
SIMPULAN
Simpulan menjawab tujuan penelitian. Simpulan dibuat dengan bentuk
paragraf. Pada simpulan dapat juga dituliskan saran yang ditujukan kepada objek
penelitian, pelaksanaan penelelitian atau penelitian selanjutnya
DAFTAR PUSTAKA
1. Penulis. (Tahun). Judul Artikel Jurnal. Nama Jurnal. Volume. Halaman.
Doi:xxx.xxx.
2. Penulis. (Tahun). Judul artikel. Diakses tanggal bulan tahun, dari
http://contoh.go.id
3. Rahman, A. & Ridhosari, B. (2016). Menggapai Matahari. Jakarta: PT
Bahagia Sejahtera.
4. Rahman, A. (2016). Menggapai Matahari. Jakarta: PT Bahagia Sejahtera.
5. Ridhosari, B. (2015). Lingkungan Semesta Alam. New York: PT Warner
Bros.
6. Zahra, N. L., Rahman, A. & Ridhosari, B. (2013). Sampah di Kota Bandung.
Jurnal Sosioteknologi, 12, 107-115. Doi: 11.1016/j.cyhd.2009.10.913.
Contoh penulisan kutipan:
 (Zahra et al, 2013, p.108)

 (Black, 2012)
 Tim Humas Kemenag RI. (2016). ….
 Rahman (2016) mengatakan……..
 …………. (Rahman, 2016).
Catatan:
1. Judul, Kelompok, dan Nama Instansi ditulis dengan menggunakan font
Times New Roman, ukuran 14, dan line spacing 1,5.
2. Margin kiri : 4 cm, margin kanan, atas, bawah : 3 cm
3. Penulisan daftar referensi mengikuti aturan APA Styles (American
Psychological Association).
4. Artikel ilmiah dikerjakan oleh setiap kelompok kecil
5. Artikel ilmiah dikirimkan ke email : mikling.ev@gmail.com dalam format
file .pdf
6. Print out artikel ilmiah menjadi syarat masuk praktikum selanjutnya

Modul Praktikum Mikling 2020

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Modul Praktikum Mikling 2020

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

MODUL PRAKTIKUM

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

Nama NIP Tanda tangan

Evi Siti Sofiyah, Ph.D 116103

Bob Adyari, M.I.L. 116046

Dr.Eng. Ari Rahman, S.T., M.Eng. 116043

Diperiksa oleh: Mengetahui,

TIM ASISTEN PRAKTIKUM

Kordinator Asisten : Sutri Handayani , S.Si NIP 218015

Biosafety in Microbiology Laboratory .................................................................... iv

BIOSAFETY IN MICROBIOLOGY LABORATORY

Personal and General Laboratory Safety

Washing Laboratory Coat

Additional Safety Guidelines

Waste Disposal Guidelines

1. Cawan Petri/Petri Dish

6. Gelas Kimia/Beaker Glass

7. Labu Erlenmeyer/Erlenmeyer Flask

8. Gelas Ukur/Graduated Cylinder (Foto)

9. Pipet Volum/Volumetric Pipette

10. Pipet Tetes/Pasteur Pipette

11. Pipet Ukur/Graduated Measuring

12. Pompa Karet/Bulb Filler

13. Stir Bar

14. Pembakar Bunsen/Bunsen Burner dan Pembakar

15. Botol Semprot

16. Spot Plate

17. Biological Safety Cabinet (BSC)

19. Anaerobik Jar

21. Mesin PCR/ Thermal Cycler

22. Colony Counter

Colony Counter adalah alat bantu yang

MODUL 1. TEKNIK ISOLASI DAN TRANSFER KULTUR

Media terbagi menjadi 6 berdasarkan sifatnya yaitu:

Gambar 1.3. Bentuk Umum Sel Bakteri

Gambar 1.4. Bentuk dan Susunan Sel Bakteri

Gambar 1.5. Karakteristik Koloni Bakteri pada Media Nutrien Gelatin

Gambar 1.6. Karakteristik Koloni Bakteri pada Media Agar Plate

Gambar 1.7. Karakteristik Koloni Bakteri pada Media Cair

Gambar 1.8. Karakteristik Koloni Bakteri pada Media Agar Miring

Gambar 1.9. Cara Melakukan Metode Quadrant Streak.

Gambar 1.10. Tiga Jenis Metode Gores

2. Isolasi Bakteri dari Sampel Air Menggunakan Metode Sebar

3. Isolasi Bakteri dari Sampel Air Menggunakan Metode Tuang

5. Pembuatan Kultur Cair Bakteri Menggunakan Media Nutirent Broth (NB)

MODUL 2. PENGAMATAN MIKROORGANISME

Gambar 2.1. Siklus Vegetatif dan Sporulasi Bakteri

Gambar 2.2. Mikroskop Cahaya

Pembesaran Lensa Objektif Lensa Okuler Total Pembesaran

Gambar 2.3. Pewarnaan Sederhana Asam

3. Fiksasi dengan menggerakan kaca objek di atas pembakar bunsen sampai

Gambar 2.4. Pewarnaan Gram

Gambar 2.5. Hasil Akhir Pewarnaan Gram Pseudomonas aeruginosa

Gambar 2.6. Pewarnaan Spora

4. Pengamatan Jamur Mikroskopis

Gambar 2.7. Rhizopus stolonifer

MODUL 3 KURVA TUMBUH BAKTERI

Waktu Generasi = t (OD 0,4) – t (OD 0,2)

Gambar 3.1. Metode Tidak Langsung untuk Menentukan Waktu Generasi

Gambar 3.2. Spektrofotometer

1.1 Metode Spektrofotometri dengan menentukan nilai OD.

1.2 Metode TPC (Total Plate Count)

Shake culture and Determine

Brain heart infusion