LAPORAN PRAKTIKUM

ISOLASI BAKTERIOFAGE

Oleh :
Golongan F/Kelompok 2
Siti Robiatul Al Adawiyah 171510701014
Dwi Tirta Sari 171510701015
Nurul Komariah 171510701016
Fitriana Kurniawati 171510701017
Dodo Brilliant P 171510701019
Ariadna Rizky Amalia 171510701021
Febriani Caniago 171510701059

LABORATORIUM PROTEKSI TANAMAN

PROGRAM STUDI PROTEKSI TANAMAN
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS JEMBER
2019
 BAB 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar belakang

Isolasi mengandung arti proses pengambilan mikroorganisme dari
lingkungannya untuk kemudian ditumbuhkan dalam suatu medium di
laboratorium. Proses isolasi ini menjadi penting dalam mempelajari identifikasi
mikrobia, uji morfologi, fisiologi, dan serologi. Prinsip kerja isolasi bakteri cukup
sederhana yakni dengan menginokulasikan sejumlah kecil bakteri pada suatu
medium tertentu yang dapat menyusung kehidupan bakteria, sejumlah kecil
bakteri ini didapat dari bermacam-macam tempat tergantung dari tujuan inokulasi.
Kajian mikrobiologi yang berhubungan dengan sumber bakteri adalah mikrobia
tanah, air, makanan dan udara (Talaro, 1999).
Isolasi merupakan suatu cara untuk memisahkan atau memindahkan
mikroba tertentu dari lingkungannya, sehingga diperoleh kultur murni. Kultur
murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya berasal dari pembelahan dari satu sel
tunggal. Manfaat dilakukannya kultur murni adalah untuk menelaah atau
mengidentifikasi mikroba, termasuk penelaahan ciri-ciri kultural, morfologis,
fisiologis, maupun serologis, yang memerlukan suatu populasi yang terdiri dari
satu macam mikroorganisme saja (Soni, 2010). Menurut Asysyuura dkk., (2017)
menyatakan bahwa, kondisi lingkungan dapat berpengaruh terhadap
perkembangan isolat dalam suatu media. Perubahan lingkungan yang terjadi dapat
mempengaruhi pertumbuhan dari isolat bakteri. Patotipe bakteri dapat
berkembang dan berubah disetiap lingkungan pertanaman sehingga memungkin
bakteri dapat berkembang dan tidak memiliki kisaran tertentu. Karakter yang
terbentuk dari pertumbuhan bakteri juga dipengaruhi oleh kondisi lingkungan dan
menetukan dalam proses identifikasi. Karakter yang terbentuk pada morfologi
suatu bakteri juga bergantung pada daya adaptasi suatu bakteri terhadap kondisi
lingkungannya, bagaimana bakteri dapat beradaptasi pada kondisi nutrisi yang
terbatas agar bakteri tersebut dapat tetap tumbuh serta berkembang meski dalam
kondisi nutrisi yang terbatas (Kysela et al, 2016). Peremajaan biakan adalah
upaya yang dilakukan untuk mempertahankan sifat alami patogen yang di isolasi.

1
 Patogen yang diremajakan adalah jenis patogen biakan murni yaitu patogen yang
terdiri dari satu jenis patogen yang dibutuhkan tanpa adanya kontaminasi.
Perlakuan aseptik dibutuhkan untuk mendapatkan biakan murni. Peremajaan
mikroba bertujuan untuk memperoleh biakan yang baru sehingga diharapkan
dapat berkembang biak dengan baik. Pathogen yang dapat di isolasi yaitu bakteri,
jamur, bahkan virus. Karakteristik khas dari virus yaitu
virus terasosiasi dengan penyakit tertentu baik pada manusia, tanaman, maupun
hewan. Bakteriofage merupakan virus yang sel inangnya berupa bakteri.
Bakteriofage merupakan virus yang menginfeksi baktei serta dapat membunuh sel
bakteri tersebut secara langsung, beberapa bakteriofage dapat menyisipkan asam
nukleatnya dengan asam nukleat bakteri inang. Bakteriofage juga dapat
menghasilkan beberapa enzim yang dapat menyebabkan lisisnya bakteri inang.
Enzim yang hasilkan oleh beberapa bakteriofage disebut enzim endolisin.
Kemampuan yang dimiliki oleh bakteiofage ini harus terus digali dan harus
dimanfaatkan untuk mengontrol bakteri dalam pembentukan biofilm. Berdasarkan
kemampuan yang telah dimiliki bakteriofage ini, maka dilakukan isolasi
bakteriofage untuk melihat virus pada medium uji dengan adanya bentuk plaque
dan zona bening yang tedapat pada bakteriofage. Plaque hidup menyebar pada
permukaan media agar. Zona bening merupakan zona terhambatnya pertumbuhan
koloni bakteri yang diakibatkan oleh banyaknya bakteri yang dilisis sehingga
dapat melihat virus secara langsung.

1.2 Tujuan
1. Mengetahui cara mengisolasi bakteriofage yaitu bakteri layu (Ralstonia
solanacearum)
2. Mengetahui bentuk dan ukuran plaque bakteriofage pada medium uji serta
mengetahui potensi bakteri dalam menginfeksi virus
3. Mengetahui adanya zona bening pada bakteiofage yang terdapat pada medium uji

2
 BAB 2. METODE PRAKTIKUM

2.1 Waktu dan Tempat

Praktikum Pengendalian Hayati acara 6 “Isolasi Bakteriofage”
dilaksanakan pada hari Jum’at, 25 Oktober 2019 pukul 12.30 – 16.00 WIB di
Laboratorium Proteksi Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Jember.

2.2 Alat dan Bahan

2.2.1 Alat
1. Bunsen
2. Cawan petri
3. Vorteks
4. Timbangan
5. Gelas piala
6. L glass
7. Tabung/testube reaksi
8. Neraca
9. Mikropipet
10. Sentrifus
11. Saringan Selulosa

2.2.2 Bahan
1. Tanah
2. Air steril
3. Alkohol
4. Plastik wrap
5. Kertas label
6. Media Top Agar

3
2.3 Pelaksanaan Praktikum
1. Menyiapkan tanah sempel dai perakaran tanaman yang sehat dihamparan lahan
2. Tanah ditimbang sebanyak 1 gram
3. Lalu diencerkan dengan air steril sebanyak 9ml kemudian vortex hingga
homogen
4. Tunggu 5menit sampai tanah mengendap dan bagian atas menjadi bening
5. Mengambil suspensi yang bening dengan suntikan (bisa disentrifus dengan
kecepatan 15.000 g/Rpm.)
6. Menyaring larutan dengan saringan selulosa yang fungsinya untuk menyaring
bakteri dengan ukuran saringan 0,46 m
7. Tambahkan LB (Luria Bertani) 200-400m kemudian dikocok hingga 1 menit
8. Kemudian menanam pada media Top Agar, yang diratakan dengan L glass
9. Setelah padat dan kering ditutup dan di wrap, lalu inkubasikan pada suhu 30
derajat C hingga 48-64 jam.

2.4 Variabel Pengamatan

1. Keadaan Media
2. Warna Media
3. Deskripsi media dan Zona bening.

2.5 Analisis Data

Data yang diperoleh dari hasil pengamatan praktikum selanjutnya akan
dianalisis dengan menggunakan analisis diskriptif.

4
 BAB 3. HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Hasil
NO GAMBAR KETERANGAN

(Tampak Depan)  Tidak ada zona bening pada

medium uji
 Terdapat plaque tetatpi bukan
plaque bakteriofage
 Plaque berwarna putih kuat
 Hanya mampu melisirkan bakteri
inang pada meida agar
 Virus yang terdapat pada medium
merupakan virus patogeni,
sehingga tidak terbentuk plaque
bakteriofage

(Tampak Belakang)

3.2 Pembahasan
Praktikum Pengendalian Hayati mengenai “Isolasi Bakteriofag”. Menurut
Yulinery dan Tiana (2016), bakteriofag merupakan parasit obligat intraseluler yang
berkembangbiak dengan cara memanfaatkan tubuh host dan sebagai agen
biokontrol bakteri. Bakteriofag bersifat spesifik terhadap host dan hanya
menginfeksi sebagian spesies dalam suatu kelompok bakteri. Kespesifikasian host
dari bakteriofag bergantung pada pengenalan bakteriofag seperti teori “lock and

5
key” pada enzim, yaitu reseptor dari bakteri host telah dikenali oleh protein pada
bakteriofag. Sama seperti virus lainnya, bakteriofag juga mempunyai penyusun
yang serupa berupa mantel protein dan asam nukleat, yang berupa ssRNA, dsDNA
dan dsRNA, bentuk untaian asam nukleat tersebut umumnya linier, circular
maupun segmented. Dilihat dari perilaku bakteriofag, beberapa bakteriofag dapat
menyisipkan asam nukleatnya dengan asam nukleat bakteri inang dan dapat juga
langsung menyebabkan lisisnya bakteri inang dengan menghasilkan beberapa
enzim yang berperan dalam peli-sisan tersebut. Enzim ini disebut dengan enzim
endolisin (Farid, dkk, 2013).
Praktikum bakteriofag pada saat praktikum menggunakan suspense tanah.
Hasil yang didapat yaitu tidak ada zona bening pada media uji, dan terdapat plague
tetapi bukan plague bakteriofag. Plague yang terdapat pada media berwarna putih
seperti bakteri yang mengering. Tidak adanya zona bening tersebut disebabkan
oleh kondisi lingkungan media yang berbeda dan pertumbuhan host yang terlalu
cepat. Ada tidaknya plague dikarenakan adanya aktivitas virus. Berdasarkan hasil
pengamatan media, virus yang terdapat pada media merupakan virus patogenik
yang memiliki potensi besar terhadap media tersebut.
Bakteriofag memiliki kisaran inang yang khusus, dan memiliki rentang
ukuran yang beragam, jenis dari bakteriofag memiliki efektivitas yang beragam
pada jenis bakteri yang berbeda. Pernyataan tersebut diperkuat oleh pernyataan
Rombouts et. al (2016), menyatakan bahwa bakteriofag memiliki rentang inang
yang terbatas dan terdapat tiga jenis bakteriofag yang berbeda, ukuran dari
bakteriofag berkisar antara 102 – 106 pfu/ml, perbedaan jenis inang dari setiap
jenis bakteriofag akan menentukan efektivitas pengendaliannya dalam
pengendalian bakteri
Pengamatan yang dilakukan oleh kelompok kami yaitu didapatkan pada
ciri-ciri bakteri tanah perakaran tanaman cabai dan air air irigasi mulai dari H+2
sampai H+4 terdapat tipe koloni yang tidak beraturan dan pada permukaan koloni
sedikit cembung, tidak merata sifatnya menyebar dan berbentuk bulat tidak
beraturan kesegala arah, pertumbuhannya sangat pesat pada permukaanya tebal
dan halus, warna koloni seperti putih susu, putih bening dan putih kecoklatan,

6
sedangkan pada bakteri asal isolat dari air irigasi tipe koloninya utuh dan
beraturan, dan pada permukaan koloninya berbentuk cembung dengan bentuk
koloninya bulatmerata dan menyebar pada media, warna pada koloninya yaitu
putih kekuningan. Pada jamur asal tanah perakaran tanaman cabai dan air irigasi
(PDA) pada H+2 sampai H+4 warna pada miselianya seperti putih transfaran dan
pada radial pertumbuhannya menyebar tidak beraturan kesegala arah dan terliht
pada ciri miselianya bercabang dan tidak bersekat serta begitu terlihat jelas,
sedangkan pada jamur asal isolate dari air irigasi (PDA) warna pada miselia
seperti putih kehijauan, pada radial pertumbuhannya emnyebar kesamping secara
teratut, rata dan padat serta halus dan untuk ciri pada miselia bercabang dan
hifanya bersekat dan terlihat sangat jelas.

7
 BAB 4. PENUTUP

4.1. Kesimpulan
1. Isolasi bakteriofage pada bakteri layu (Ralstonia solanacearum) menyiapkan
tanah sampel dari perakaran tanaman yang sehat, timbang 1 gram lalu
diencerkan 9 ml kemudian vortex, mengambil suspense yang bening dengan
suntikan 15.000 g/Rpm, menyaring larutan dengan saringan selulosa dan
tambahkan LB (Luria Bertani) 200-400m kemudian dikocok hingga 1 menit,
menanam pada media Top Agar, yang diratakan dengan L glass, Setelah padat
dan kering ditutup dan di wrap, lalu inkubasikan pada suhu 30 derajat C hingga
48-64 jam
2. Bentuk dan ukuran plaque bakteriofage pada medium uji tidak ada zona bening
pada media uji, dan terdapat plague tetapi bukan plague bakteriofag. Plague
yang terdapat pada media berwarna putih seperti bakteri yang mengering. serta
virus patogenikpada media memiliki potensi bakteri dalam menginfeksi virus
3. Zona bening pada bakteiofage pada praktikum tidak adanya zona bening
tersebut disebabkan oleh kondisi lingkungan media yang berbeda dan
pertumbuhan host yang terlalu cepat

4.2 Saran
Praktikum pengendalian hayati pada acara isolasi bakteriofage kurang
kondusif dikarenakan bahan dan alat tidak disiapkan oleh asisten laboratorium
yang sesuai dengan intruksi dosen pengendalian hayati. Sebaiknya asisten
laboratorium diskusi terlebih dahulu bahan dan alat praktikum apa saja yang mau
dipakai agar praktikan tidak bingung untuk melakukannya dan waktu praktikum
tidak molor dari jadwal sister yang tertera.
.

8
 DAFTAR PUSTAKA

Asysyuura., A. A. Nawangsih.,K. H. Muttaqin., dan Sudir. 2017. Identifikasi

Patotipe Xanthomonas oryzae pv. oryzae dari Tanaman Padi di Sulawesi
Selatan. Fitopatologi Indonesia. 13(3):73-80.
Farid, M. M., G. Susianto., N. R. Dhany., N. F. Azizi dan S. R. Resita. 2013
Pemanfaatan Bakteriofag Untuk Pengembangan Kit Deteksi Bakteri
Penyebab Hawar Bakteri Pada Kedelai. Jurnal HPT. 1(2).

Kysela, D. T., A. M. Randich., P. D. Caccamo., and Y. V. Burn. 2016. Diversity

Takes Shape:Understanding the Mechanistic and Adaptive Basis of
Bacterial Morphology. PLOS Biology. 1-15.

Rombouts, S., A. Volckaert, S. Venneman, B. Declercq, D. Vandenheuvel, C. N.

Allonsius, C. V. Malderghem, H. B. Jang, Y. Briers, J. P. Noben, J.
Klumpp, J. V. Vaerenbergh, M. Maes, R. Lavigne. 2016. Characterization
of Novel Bacteriophages for Biocontrol of Bacterial Blight in Leek Caused
by Pseudomonas syringae pv. porri. Frontiers in Microbiology. 7(279): 1-
15.

Soni, 2010. The Biochemistry and Physiology of Infectious Plant Diseases.

New Jersey: D. Van Nostrand.

Talaro, K.P. 1999. Foundation Mikrobiologi third edition. Boston: MC Graw Hill.
Yulinery, T dan E. Triana. 2016. Teknik Pengkayaan Isolasi Bakteriofag
Salmonella Sp. Sebagai Agen Kontrol Terapi Infeksi Bakteri. Prosiding
Seminar Nasional II Tahun 2016, Kerjasama Prodi Pendidikan Biologi
FKIP dengan Pusat Studi Lingkungan dan Kependudukan (PSLK)
Universitas Muhammadiyah Malang. 1264-1273.

9
 LAMPIRAN

Asysyuura., A. A. Nawangsih.,K. H. Muttaqin., dan Sudir. 2017. Identifikasi

Patotipe Xanthomonas oryzae pv. oryzae dari Tanaman Padi di Sulawesi
Selatan. Fitopatologi Indonesia. 13(3):73-80.

10
Kysela, D. T., A. M. Randich., P. D. Caccamo., and Y. V. Burn. 2016. Diversity
Takes Shape:Understanding the Mechanistic and Adaptive Basis of
Bacterial Morphology. PLOS Biology. 1-15.

11
Soni, 2010. The Biochemistry and Physiology of Infectious Plant Diseases.
New Jersey: D. Van Nostrand.

12
Talaro, K.P. 1999. Foundation Mikrobiologi third edition. Boston: MC Graw Hill.

13
14
Rombouts, S., A. Volckaert, S. Venneman, B. Declercq, D. Vandenheuvel, C. N.
Allonsius, C. V. Malderghem, H. B. Jang, Y. Briers, J. P. Noben, J.
Klumpp, J. V. Vaerenbergh, M. Maes, R. Lavigne. 2016. Characterization
of Novel Bacteriophages for Biocontrol of Bacterial Blight in Leek Caused
by Pseudomonas syringae pv. porri. Frontiers in Microbiology. 7(279): 1-
15.

Yulinery, T dan E. Triana. 2016. Teknik Pengkayaan Isolasi Bakteriofag

Salmonella Sp. Sebagai Agen Kontrol Terapi Infeksi Bakteri. Prosiding
Seminar Nasional II Tahun 2016, Kerjasama Prodi Pendidikan Biologi
FKIP dengan Pusat Studi Lingkungan dan Kependudukan (PSLK)
Universitas Muhammadiyah Malang. 1264-1273.

15
Farid, M. M., G. Susianto., N. R. Dhany., N. F. Azizi dan S. R. Resita. 2013
Pemanfaatan Bakteriofag Untuk Pengembangan Kit Deteksi Bakteri
Penyebab Hawar Bakteri Pada Kedelai. Jurnal HPT. 1(2).

16