Disusun oleh :
ii
BAB I PENDAHULUAN
1
agar membunuh mikroorganisme yang ada pada alat, bahan, dan media. Sehingga
ketika melakukan praktikum hasilnya tidak tergaggu oleh mikroorganisme tersebut.
Berdasarkan uraian permasalahan di atas, maka perlu dilakukannya praktikum
pengenalan alat beserta fungsi dan cara kerjanya, serta sterilisasi alat, bahan, dan
media. Hal itu bertujuan agar dapat melakukan praktikum bioteknologi dengan
langkah-langkah yang baik sehingga meminimalisir terjadinya kecelakaan kerja
saat praktikum serta mensterilkan alat, bahan, dan media sehingga hasil praktikum
pada bab selanjutnya tidak terganggu oleh adanya mikroorganisme yang masih ada
pada alat, bahan, serta media.
1.2 Rumusan Masalah
Dari uraian latar belakang tersebut, maka rumusan masalah dalam praktikum
“Pengenalan Alat dan Penggunannya” antara lain
1.2.1 Apa fungsi dari masing-masing pealatan standar yang terdapat di
laboratorium bioteknologi?
1.2.2 Bagaimanakah prinsip kerja dari masing-masing pealatan standar yang
terdapat di laboratorium bioteknologi?
1.2.3 Bagaimana cara pembuatan media yang diperlukan untuk praktikum
bioteknologi?
1.2.4 Bagaimana cara sterilisasi alat, bahan, dan media?
1.3 Tujuan Praktikum
Tujuan praktikum pengenalan alat dan penggunaannya antara lain :
1.3.1 Praktikan dapat mengetahui fungsi dari masing-masing pealatan standar yang
terdapat di laboratorium bioteknologi
1.3.2 Praktikan dapat memahami prinsip kerja dari masing-masing pealatan standar
yang terdapat di laboratorium bioteknologi
1.3.3 Praktikan dapat mengetahui cara pembuatan media yang diperlukan untuk
praktikum bioteknologi
1.3.4 Praktikan dapat mengetahui cara sterilisasi alat, bahan, dan media
2
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
3
2.3.6 Thermal cycler (PCR Gene cycler) digunakan untuk mengatur suhu, waktu,
dan banyaknya siklus yang dibutuhkan untuk proses amplifikasi DNA
secara otomatis.
2.3.7 pH meter, adalah alat untuk mengukur tingkat keasaman dan kebasaan
larutan. Keasaman dalam larutan dinyatakan sebagai kadar ion hydrogen
[H+], atau sebagai pH yang artinya –log[H+]. Dengan kata lain pH
merupakan ukuran kekutaan suatu asam.
2.3.8 UV transilluminator, digunakan untuk melihat DNA hasil elektroforesis
yang telah berinterkalasi dengan etidium bromide.
2.2 Sterilisasi alat, bahan, dan media
Sterilisasi merupakan suatu proses menghancurkan atau memusnahkan
mikroorganisme termasuk spora dari alat ataupun ruangan. Cara sterilisasi yang
digunakan tergantung dari sifat alat dan bahan yang akan disterilkan. Pada
prinsipnya, sterilisasi dibagi menjadi tiga, yaitu panas, kimia, dan dingin. Filtrasi
merupakan salah satu sterilisasi dingin yang menggunakan metode penyaringan
mikro (0,22-0,45 mikrometer) sehingga mikroba akan tertahan pada membrane dan
filtratnya menjadi steril dan bebas mikroba. Sterilisasi dengan radiasi sinar gamma
termasuk dalam sterilisasi dingin. Sinar gamma dilakukan untuk mensterilkan
produk maupun alat kesehatan yang tidak tahan pemanasan, seperti kateter,
kantong darah, wadah obat salep mata, maupun salep mata. Ruangan juga sterilisssi
dengan radiasi, yaitu sinar UV.
Sterilisasi secara panas dilakukan dengan cara pemijaran, pemanasan kering,
dan pemanasan lembap. Pemijaran digunakan untuk sterilisasi alat seperti jarum
ose, spreader, pinset, dari bahan porselen, logam, serta alat gelas. Alat-alat yang
tahan pemanasan namun dalam jumlah banyak dengan bentuk berlekuk tidak
disterilkan dengan pemijaran, namun menggunakan pemanasan kering seperti oven.
Sterilisasi panas kering dilakukan dengan menggunakan suhu tinggi 160-180oC
selama 1,5-3 jam. Peralatan gelas, media, larutan termostabil, perlaatan injeksi
biasanya disterilkan dengan sterilisasi panas lembap atau panas basah
menggunakan autoklaf. Sterilisasi pemanasan lembap menggunakan uap air jenuh
bertekanan 1,1 kg/cm2 pada suhu 121oC selama 15 menit. Uap air ini dapat
mengkoagulasi dan denaturasi protein pada mikroba. Sterilisasi kimia dilakukan
4
dengan menggunakan bahan kimia yang efektif untuk membunuh mikroba seperti
etilen oksida.
5
BAB III METODE KERJA
6
2. indicator universal
3. kertas lakmus
viii. Timbangan analitik
ix. Instrument :
1. Mesin PCR
2. UV transilluminator
3. Vortex
4. Shaker incubator
5. Incubator
6. Elektroforesis agarosa
7. Elektroforesis protein
x. Laminar Air Flow (LAF)
3.1.2 Cara kerja
Dikenali dan dipelajari cara penggunaan, prinsip kerja, dan fungsi dan
alat-alat standar praktikum
7
2. Aquades
3. Komponen media LB padat (NaCl, tripton, yeast extract, bacto agar)
3.2.2 Cara kerja
3.2.2.1 Pembuatan media LB cair
Ditimbang tripton 0,2 g (1%), NaCl 0,2 g (1%), dan ekstrak yeast 0,1 g (0,5%)
Ditutup mulut tabung reaksi dengan sumbat kapas dan alumunium foil
8
3.2.2.2 Pembuatan Media LB padat
Ditimbang tripton 0,2 g (1%), NaCl 0,2 g (1%), ekstrak yeast 0,1 g (0,5%), dan
Bacto agar 0,3 g (1,5%)
3.2.2.3 Sterilisasi
Media cair dan padat diseterilisasi dengan autoklaf suhu 121oC selama 15 menit
Media diinkubasi pada suhu 37oC selama 24 jam untuk melihat ada tidaknya
kontaminan
9
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
10
Hasil :
Media yang telah disterilisasi ternyata semuanya jernih (tidak ada kontaminasi oleh
mikroba).
11
4.2 Fungsi dan Prinsip Alat-alat
4.1.1 Alat-alat gelas :
4.1.1.1 Erlenmeyer
Fungsi :
- Untuk mengukur dan mencampur bahan analisa
- Untuk menampung larutan, bahan padat ataupun cairan
- Dapat digunakan untuk meracik dan menghomogenkan (melarutkan)
bahan-bahan komposisi media
- Sebagai tempat kultivasi mikroba dalam kultur cair
- Sebagai tempat untuk melakukan titrasi bahan
4.1.1.2 Labu takar
12
tanda yang melingkar pada leher dengan membaca meniscus. Labu takar
mempunya beberapa kapasitas mulai dari 5 ml sampai dengan 2000 ml.
Fungsi :
Untuk melakukan pengenceran sampai dengan volume tertentu
sebagaimana tertera pada labu takar tersebut.
4.1.1.3 Cawan petri
Fungsi :
Sebagai wadah penyimpanan dan pembuatan kultur media
Prinsip kerja :
Medium diletakkan di dalam cawan petri kemudian ditutup dengan
menggunakan penutup cawan
4.1.1.4 Tabung reaksi
Fungsi :
Gelas tahan panas yang berfungsi untuk mereaksikan dua atau lebih
larutan dan bahan kimia. Wadah penyimpanan medium atau larutan yang
akan disterilkan
Prinsip kerja :
Sebagai wadah penyimpanan medium dengan volume tidak diketahui
karena tidak dilengkapi dengan skala.
13
4.1.1.5 Beaker glass
Fungsi :
Wadah penampung yang digunakan untuk: -mengaduk - mencampur -
memanaskan cairan di atas hot plate. Tidak dapat digunakan untuk
mengukur volume suatu zat karena tingkat ketelitiannya rendah.
Cara kerja :
Masukkan larutan/zat ke beaker glass aduk/campur/panaskan zat
tersebut
4.1.1.6 Spreader
Fungsi :
Batang L bermanfaat untuk menyebarkan cairan di permukaan media
agar bakteri yang tersuspensi dalam cairan tersebut tersebar merata.
Prinsip kerja :
Spreader diletakkan di atas biakan dan tarik spreader hingga biakan
merata.
4.1.2 Alat-alat non gelas :
4.1.2.1 Pinset
14
Fungsi :
Pinset yang terdiri dari dua bilah yang salah satu ujungnya saling
menempel dan ujung lainnya dapat bergerak bebas satu sama lain. Pinset
menggantikan fungsi jari manusia misalnya karena benda sangat kecil
untuk dipegang
fungsi adalah untuk mengambil benda dengan menjepit misalnya saat
memindahkan cakram antibiotik.
Prinsip kerja :
Menjepit dengan kedua lengan pinset untuk mengambil atau
memindahkan benda.
4.1.2.2 Jarum Ose
Fungsi :
Untuk memindahkan atau mengambil koloni suatu mikrobia ke media
yang akan digunakan kembali.
Prinsip kerja :
Memindahkan mikroorganisme dari satu media ke media lain dengan
teliti.
4.1.2.3 Cotton swap
15
Fungsi :
Untuk mengambil sampel mikroorganisme pada permukaan padat.
Prinsip kerja :
Memperoleh mikroorganisme pada permukaan benda yang kemungkinan
adanya mikroorganisme sangat kecil
4.1.3 Alat ukur :
4.1.3.1 Gelas ukur
Fungsi :
Digunakan untuk mengukur volume zat kimia dalam bentuk cair. Alat ini
mempunyai skala, tersedia bermacam-macam ukuran., mulai dari 10 mL
sampai 2 L. Tidak boleh digunakan untuk mengukur larutan/pelarut
dalam kondisi panas. Perhatikan meniscus pada saat pembacaan skala.
Prinsip kerja :
Pengukuran cairan dengan melihat meniscus. Cairan tidak boleh dalam
keadaan panas.
4.1.3.2 Pipet ukur + rubber bulb filler
Pipet Ukur :
Fungsi :
Untuk memindahkan larutan ataupun cairan ke dalam wadah dengan
sejumlah ukuran volume.
16
Fungsi :
Untuk meneyedot larutan, yang diapasang pada pangkal pipet ukur
maupun pipet volume.
Bahan karet pembuat filler adalah dari bahan yang tahan terhadap bahan
kimia. Filler mempunya 3 bagian yang masing masing mempunyai
katup.
Bagian-bagian Rubber bulp:
1. Katup Aspirate (A) Katup ini berfungsi untuk mengeluarkan udara
yang ada didalam filler.
2. Katup Suction (S) Katup ini berfungsi untuk menyedot larutan .
3. Katup Exhaust (E) Katup ini berfungsi mengeluarkan caairan yang
ada didalam pipet
4.1.3.3 Mikropipet
Fungsi :
17
Memindahkan cairan yang bervolume cukup kecil, biasanya kurang dari
1000µl
Prinsip kerja :
Mengambil cairan dengan jumlah satuan kecil (mikroliter) dengan akurat
Pada mikropipet, yang membedakan adalah tip dari mikropipet
- White tip, digunakan untuk memipet dengan volume 0.5 - 10 µl
- Yellow tip, digunakan untuk memipet dengan volume 10 - 100 µl
- Blue tip, digunakan untuk memipet dengan volume 100 - 1000 µl
4.1.4 Alat sterilisasi :
4.1.4.1 Alat pendingin
Fungsi :
Untuk menyimpan bahan yang akan rusak jika dibiarkan dalam keadaan
tidak beku, seperti reagen, enzim, faktor pertumbuhan atau larutan
tertentu.
Prinsip kerja :
Memanfaatkan sifat dari gas freon yang suhunya akan menjadi rendah
bila tekanannya juga rendah.
4.1.4.2 Oven
Fungsi :
Oven merupakan salah satu alat laboratorium yang penting, fungsinya
untuk memamaskan atau mengeringkan alat-alat laboratorium atau objek-
18
objek lainnya. Biasanya digunakan untuk mengeringkan peralatan gelas
laboratorium, zat-zat kimia maupun pelarut organik. Dapat pula
digunakan untuk mengukur kadar air. Suhu oven lebih rendah
dibandingkan dengan suhu tanur yaitu berkisar antara 105ºC.
Prinsip kerja :
Oven merupakan alat sterilisasi dengan menggunakan prinsip Uap Panas
Kering sehingga dapat mengeringkan alat-alat gelas. Tidak semua alat
gelas dapat dikeringkan didalam oven, hanya alat gelas dengan
spesifikasi tertentu saja yang dapat dikeringkan, yaitu alat gelas dengan
ketelitian rendah. Sedangkan untuk alat gelas dengan ketelitian tinggi
tidak dapat dikeringkan dengan oven. Apabila alat gelas dengan
ketelitian tinggi tersebut dimasukkan ke dalam oven, maka alat gelas
tersebut akan memuai dan berakibat ketelitiannya tidak lagi teliti.
Biasanya digunakan desikator untuk mengeringkannya.
4.1.4.3 Autoclave
Fungsi :
Autoclave digunakan untuk mensterilkan alat-alat dan bahan yang akan
digunakan dalam laboratorium. Autoklaf terutama ditujukan untuk
membunuh endospora, yaitu sel resisten yang diproduksi oleh bakteri, sel
ini tahan terhadap pemanasan, kekeringan, dan antibiotik. Pada spesies
yang sama, endospora dapat bertahan pada kondisi lingkungan yang
dapat membunuh sel vegetatif bakteri tersebut. Endospora dapat dibunuh
pada suhu 100 °C, yang merupakan titik didih air pada tekanan atmosfer
normal. Pada suhu 121 °C, endospora dapat dibunuh dalam waktu 4-5
19
menit, dimana sel vegetatif bakteri dapat dibunuh hanya dalam waktu 6-
30 detik pada suhu 65 °C.
Prinsip kerja :
- Pada saat sumber panas dinyalakan, air dalam autoclave lama
kelamaan akan mendidih.
- Uap air yang terbentuk mendesak udara yang mengisi autoclave.
- Setelah udara dalam autoclave diganti dengan uap air, katup
udara/uap ditutup sehingga tekanan udara dalam autoclave naik.
- Pada saat tercapai tekanan dan suhu yang sesuai, maka proses
sterilisasi dimulai dan timer mulai menghitung waktu mundur.
- Setelah proses sterilisasi selesai, sumber panas dimatikan dan
tekanan dibiarkan turun perlahan hingga mencapai suhu 0°.
4.1.5 Alat pemanas :
4.1.5.1 Hot plate
Fungsi :
Hotplate merupakan piringan panas yang berfungsi untuk memanaskan
dan menghomogenkan suatu larutan secara lebih cepat dengan suhu.
Prinsip kerja :
Memanaskan tempat bahan (plate) yang ada pada alat ini sehingga
mampu mempercepat proses homogenisasi.
4.1.5.2 Pembakar spiritus
20
Fungsi :
Untuk membakar zat atau memanaskan suatu larutan.
Prinsip kerja :
Memanaskan atau membakar menggunakannyalaapi yang berasal dari
spirtus (methanol)
4.1.5.3 Waterbath
Waterbath adalah oven atau bisa disebut penangas air yang fungsi
utamanya untuk menciptakan suhu yang konstan . merupakan wadah
yang berisi air yang bisa mempertahkan suhu air pada kondisi tertentu
selama selang waktu yang ditentukan.
Fungsi :
- Pemanasan pada suhu rendah 30°-100°c
- Menguapkan zat/larutan dengan suhu tidak terlalu tinggi
- Menginkubasi kultur mikrologi
Prinsip kerja :
Waterbath adalah pada saat saklar diposisi “on” maka arus listrik dari
sumber akan member suplay listrik ke heater. Heater yang diberi arus
listrik memberikan panas pada alat, suhu semain tinggi , dan berhenti
naik sampai suhu yang diinginkan.
21
4.1.5.4 Microwave
Fungsi :
Microwave adalah sebuah gelombang elektromagnetik dengan panjang
gelombang antara 1 milimeter sampai 1 meter dan berfrekuensi antara
300 megahertz sampai 300 gigahertz. Fungsinya untuk memanaskan
alat gelas atau bahan, dengan temperatur pemanasan maksimal 300
derajat celcius
Prinsip kerja :
Mengubah radiasi gelombang mikro menjadi energi panas.
4.1.6 Alat sentrifus :
Sentrifugasi adalah metode sedimentasi untuk memisahkan partikel-partikel
dari suatu fluida berdasarkan berat jenisnya dengan memberikan gaya
sentripetal (Robinson 1975). Sentrifugasi bertujuan untuk memisahkan sel
menjadi organel-organel utama sehingga fungsinya dapat diketahui (Miller
2000). Dalam bentuk yang sederhana sentrifus terdiri atas sebuah rotor
dengan lubang-lubang untuk melatakkan wadah/tabung yang berisi cairan
dan sebuah motor atau alat lain yang dapat memutar rotor pada kecepatan
yang dikehendaki. Semua bagian lain yang terdapat pada sentrifus modern
saat ini hanyalah perlengkapan yang dimaksudkan untuk melakukan
berbagai fungsi yang berguna dan mempertahankan kondisi lingkungan
dimana rotor tersebut bekerja. Penggunaan sentrifuge cukup luas, meliputi
koleksi dari pemisahan sel, organel dan molekul (Hendra 1989).
22
Fungsi :
- Memisahkan partikel atau sel darah dari while blood untuk memperoleh
plasma atau serum.
- Memisahkan endapan protein dalam pemeriksaan kimia.
- Untuk mendapatkan elemen seluler berkonsentrasi tinggi dan
komponen lainnya dari cairan biologi untuk pemeriksaan mikroskopik
atau pemeriksaan kimia.
- Memisahkan komponen lipid dan komponen lainnya dari
plasma/serum, dan memisahkan lipoprotein dari yang lainnya
Prinsip kerja :
Pemisahan sentrifugal menggunakan prinsip dimana objek diputar secara
horizontal pada jarak radial dari titik dimana titik tersebut dikenakan gaya.
Objek yang diputar berotasi di dalam tabung atau silinder yang berisi
campuran cairan dan partikel yang dapat bergerak menuju pusat rotasi.
Namun hal tersebut tidak terjadi karena adanya gaya sentrifugasi. Gaya
sentrifugal menyebabkan partikel-partikel menuju dinding tabung dan
terakumulasi membentuk endapan. Prinsip kerja sentrifuge adalah melawan
gaya tarik bumi (gravitasi) dengan kekuatan sentrifugal sehingga partikel
yang terlarut dalam cairan akan terlempar keluar dari pusat putaran, dengan
berat paling besar akan terlempar terlebih dahulu. Tenaga ini
disebut Relative Centrifugal Force (RCF) dalam satuan g yang
mengambarkan daya pemisah alat tersebut.
23
4.1.6.1 Sentrifuga klinik
24
4.1.7 Alat ukur keasaman :
4.1.7.1 pH meter
Fungsi :
PH meter adalah sebuah alat elektronik yang berfungsi untuk mengukur
pH (derajat keasaman atau kebasaan) suatu cairan (ada elektroda khusus
yang berfungsi untuk mengukur pH bahan-bahan semi-padat). Sebuah pH
meter terdiri dari sebuah elektroda (probe pengukur) yang terhubung ke
sebuah alat elektronik yang mengukur dan menampilkan nilai pH.
Prinsip kerja :
Pada prinsipnya pengukuran suatu pH adalah didasarkan pada potensial
elektro kimia yang terjadi antara larutan yang terdapat di dalam elektroda
gelas yang telah diketahui dengan larutan yang terdapat di luar elektroda
gelas yang tidak diketahui. Hal ini dikarenakan lapisan tipis dari
gelembung kaca akan berinteraksi dengan ion hidrogen yang ukurannya
relatif kecil dan aktif. Elektroda gelas tersebut akan mengukur potensial
elektrokimia dari ion hidrogen atau diistilahkan dengan potential of
hidrogen. Untuk melengkapi sirkuit elektrik dibutuhkan suatu elektroda
pembanding. Sebagai catatan, alat tersebut tidak mengukur arus tetapi
hanya mengukur tegangan. Skema elektroda pH meter akan mengukur
potensial listrik antara Merkuri Klorid (HgCl) pada elektroda
pembanding dan potassium chloride (KCl) yang merupakan larutan di
dalam gelas elektroda serta petensial antara larutan dan elektroda perak.
Tetapi potensial antara sampel yang tidak diketahui dengan elektroda
gelas dapat berubah tergantung sampelnya. Oleh karena itu, perlu
25
dilakukan kalibrasi dengan menggunakan larutan yang equivalent yang
lainnya untuk menetapkan nilai pH.
4.1.7.2 indicator universal
26
4.1.7.3 Kertas lakmus
Kertas lakmus terdiri dari kertas lakmus merah dan kertas lakmus
biru. Kertas lakmus merah akan menjadi berwarna biru ketika berada
pada larutan yang bersifat basa, dan tatap merah pada larutan yang
bersifat asam. Kertas lakmus biru akan menjadi berwarna merah ketika
berada pada larutan yang bersifat asam, dan tatap biru pada larutan yang
bersifat basa.
Perubahan warna yang mampu dihasilkan oleh kertas lakmus
sebenarnya disebabkan karena adanya orchein (ekstrak lichenes) yang
berwarna biru di dalam kertas lakmus. Lakmus biru dibuat dengan
menambahkan ektrak lamus yang berwarna biru ke dalam kertas putih.
Kertas akan menyerap ekstrak lakmus yang selanjutnya dikeringkan
dalam udara terbuka, sehingga dihasilkan kertas lakmus biru. Kertas
lakmus biru pada larutan yang bersifat basa akan tetap biru, karena
orchein merupakan anion, sehingga tidak akan bereaksi dengan anion
(OH-).
27
Fungsi :
Alat untuk mengetahui berat / massa suatu bahan. Di dalam lab
mikrobiologi umumnya dipakai untuk menimbang media pertumbuhan,
menimbang sampel, dll. Timbangan digital saat ini dilengkapi dengan
penara kembali (tare), pengubah satuan, ketelitian yang tinggi, dan fitur
lainnya.
Prinsip kerja :
Alat penghitung satuan massa suatu benda dengan teknik digital dan tingkat
ketelitian yang cukup tinggi. Prinsip kerjanya yaitu dengan penggunaan
sumber tegangan listrik yaitu stavolt dan dilakukan peneraan terlebih dahulu
sebelum digunakan kemudian bahan diletakkan pada neraca lalu dilihat
angka yang tertera pada layar, angka itu merupakan berat dari bahan yang
ditimbang.
4.1.9 Instrument :
4.1.9.1 Mesin PCR
28
menggunakan DNA polimerase stabil-panas dari Thermus aquaticus (Taq
DNA polimerase) dan menggunakan pengatur siklus termal otomatis
(Perkin-Elmer/Cetus) untuk menempatkan reaksi sampai 30 atau lebih
siklus denaturasi, anil primer, dan polimerisasi. Setelah amplifikasi
dengan PCR, produk ini dipisahkan dengan elektroforesis gel
poliakrilamida dan secara langsung divisualisasikan setelah pewarnaan
dengan etidium bromida.
Fungsi PCR
Menurut Mahmudin 2010 PCR dapat digunakan untuk :
- Amplifikasi urutan nukelotida
- Menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami
mutasi
- Bidang kedokteran forensik
- Melacak asal-usul seseorang dengan membandingkan finger print
Prinsip Kerja
Tiga tahapan penting dalam Proses PCR menurut Muladno (2000) :
a. Denaturasi
Di dalam proses PCR, denaturasi awal dilakukan sebelum
enzim taq polimerase ditambahkan ke dalam tabung reaksi.
Denaturasi DNA merupakan proses pembukaan DNA untai ganda
menjadi DNA untai tunggal. Ini biasanya berlangsung sekitar 3
menit, untuk meyakinkan bahwa molekul DNA terdenaturasi
menjadi DNA untai tunggal. Denaturasi yang tidak lengkap
mengakibatkan DNA mengalami renaturasi (membentuk DNA untai
ganda lagi) secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya proses
PCR. Adapun waktu denaturasi yang terlalu lama dapat mengurangi
aktifitas enzim Taq polymerase. Aktifitas enzim tersebut mempunyai
waktu paruh lebih dari 2 jam, 40 menit, 5 menit masing-masing pada
suhu 92,5; 95 dan 97,5oC.
b. Annealing (penempelan primer)
Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer yang
baik adalah bahwa primer sebaiknya berukuran 18 – 25 basa,
29
mengandung 50 – 60 % G+C dan untuk kedua primer tersebut
sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam masing-masing primer itu
sendiri juga sebaiknya tidak saling berkomplemen, karena hal ini
akan mengakibatkan terbentuknya struktur sekunder pada primer
tersebut dan mengurangi efisiensi PCR.
Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR adalah 30
– 45 detik. Semakin panjang ukuran primer, semakin tinggi
temperaturnya. Kisaran temperatur penempelan yang digunakan
adalah antara 36oC sampai dengan 72oC, namun suhu yang biasa
dilakukan itu adalah antara 50 – 60oC.
c. Pemanjangan Primer (Extention)
Selama tahap ini Taq polymerase memulai aktivitasnya
memperpanjang DNA primer dari ujung 3’. Kecepatan penyusunan
nukleotida oleh enzim tersebut pada suhu 72oC diperkirakan 35 –
100 nukleotida/detik, bergantung pada buffer, pH, konsentrasi garam
dan molekul DNA target. Dengan demikian untuk produk PCR
dengan panjang 2000 pasang basa, waktu 1 menit sudah lebih dari
cukup untuk tahap perpanjangan primer ini. Biasanya di akhir siklus
PCR waktu yang digunakan untuk tahap ini diperpanjang sampai 5
menit sehingga seluruh produk PCR diharapkan terbentuk DNA
untai ganda.
4.1.9.2 UV transilluminator
30
Prinsip kerja :
Sinar UV yang dipancarkan akan memendarkanEthidium bromide (EtBr)
yang menempel pada DNA. Sehingga visualisasi DNA bisa terlihat lewat
pancaran yang berwarna orange keputihan tersebut.
4.1.9.3 Vortex
Fungsi :
Untuk menghomogenkan larutan atau medium khusus pada tabung
reaksi.
Prinsip kerja :
Meletakkan tabung reaksi di atas wadah penyimpanan lalu
dihomogenkan.
31
sesuai ditekan ke dalam karet gerakan ditransmisikan ke bagian dalam
cairan dan vortex dibuat.
4.1.9.4 Shaker incubator
Fungsi :
Shaker incubator merupakan alat laboratorium yang berfungsi sebagai
perangkat inkubasi yang menyediakan getaran untuk aplikasi biomedis.,
untuk mengocok suatu campuran bahan kimia yang memerlukan
temperatur dan kecepatan (rpm) konstan, biasanya digunakan untuk
maserasi dan inkubasi mikroba.
Prinsip kerja :
Saat motor berputar untuk menggerakkan tuas yang terhubung dengan
plat, secara otomatis mekanik shaker bisa langsung menggerakkan plat
tersebut dengan gerakan memutar.
4.1.9.5 Incubator
Fungsi :
Memiliki fungsi yang sama dengan water bath yaitu sebagai alat inkubasi
pada analisa mikrobiologi (Anonim, Cara Menggunakan Incubator
Laboratorium, 2015).
32
Prinsip kerja :
Menciptakan suhu stabil dan konstan. Suhu inkbator dipengaruhi oleh
adanya perubahan suhu pada suhu ruang. Oleh karena itu, perubahan
suhu ruang perlu diawasi terutama saat terjadi perubahan musim.
4.1.9.6 Elektroforesis agarosa
33
4.1.9.7 Elektroforesis protein
34
4.1.10 Laminar Air Flow (LAF)
Fungsi :
Untuk bekerja secara aseptis dalam pekerjaan persiapan bahan tanaman,
penanaman, dan pemindahan tanaman dari suatu botol ke botol yang lain
dalam kultur in vitro.
Prinsip kerja :
LAF mempunyai pola pengaturan dan penyaring aliran udara sehingga
menjadi steril dan aplikasi sinar UV beberapa jam sebelum digunakan. Alat
ini diberi nama Laminar Air Flow karena meniupkan udara steril secara
kontinue melewati tempat kerja sehingga tempat kerja bebas dari debu dan
spora-spora yang mungkin jatuh ke dalam media, waktu pelaksanaan
penanaman. Aliran udara berasal dari udara ruangan yang ditarik ke dalam
alat melalui filter pertama (pre-filter), yang kemudian ditiupkan keluar
melalui filter yang sangat halus yang disebut HEPA (High efficiency
Particulate Air FilterI), dengan menggunakan blower.
4.3 Media LB Cair dan LB Padat
Media Luria Bertani (LB) merupakan media kaya nutrisi yang digunakan
untuk menumbuhkan mikroba dipermukaan sehingga membentuk koloni yang
dapat dilihat, dihitung dan diisolasi serta untuk media fermentasi dan paling sering
dipakai untuk analisis genetik karena media ini mampu mendukung pertumbuhan
yang cepat dan hasil pertumbuhan yang baik untuk banyak spesies mikroba.
Komponen LB :
a. Tryptone 1 % = 0,2 g
Tryptone menyediakan substansi asam amino dan nitrogen kompleks yang
lain yang diperlukan oleh bakteri/ mikroorganisme untuk berkembang,
35
b. NaCl 1%= 0,2 g
NaCl berperan dalam menyediakan ion Na untuk proses transport dan
keseimbangan osmotic dari system seluler mikroba.
c. Yeast Extract 0,5% = 0,1 g
yeast ekstrak menyuplai vitamin B kompleks dan elemen tertentu yang
diperlukan oleh mikroba.
d. Bacto Agar 1,5% = 0,3 g
Bacto agar berperan untuk memadatkan media, jika tidak ada penambahan
bacto agar yang terbentuk adalah media LB cair
4.4 Sterilisasi Panas Kering
Sterilisasi panas kering dilakukan menggunakan oven pensteril (Hot Air
Stelizer). Sterilisasi panas kering cocok untuk senyawa yang tidak efektif untuk
disterilkan dengan uap air, serta senyawa yang tidak stabil dengan uap. Selain itu
juga alat yang terbuat dari kaca misalnya erlenmeyer dan tabung reaksi. Alat-alat
tersebut sebelum dilakukan sterilisasi panas kering, biasanya dibungkus dengan
kertar terlebih dulu. Tujuan dari pembungkusan adalah agar alat-alat tidak
terkontaminasi dengan bakteri luar dan alat tidak pecah karena pada umumnya alat
terbuat dari kaca. Dalam praktikum ini sterilisasi dilakukan pada suhu 170oC
selama 1 jam.
Pada sterilisasi panas kering prinsipnya adalah protein mikroba pertama-tama
akan mengalami dehidrasi sampai kering. Selanjutnya teroksidasi oleh oksigen dari
udara sehingga menyebabkan mikroba mati.
Kelebihan dari metode ini yaitu :
a. Metode yang sangat efektif, seperti sterilisasi panas kering dengan konduksi
menjangkau seluruh permukaan instrument, bahkan untuk instrument yang
tidak dapat dibongkar pasang.
b. Bersikap protektif atas benda tajam atau instrument dengan sisi potong (lebih
sedikit masalah dengan pengumpulan sisi potong tersebut).
c. Tidak meninggalkan sisa kimia.
d. Mengurangi masalah ‘paket basah’ di iklim lembab
36
Kekurangan dari metode ini yaitu :
a. Instrumen plastik dan karet tidak dapat disterilisasi dengan cara panas kering
karena suhu yang digunakan (160oC - 170oC) terlalu tinggi untuk materi ini.
b. Panas kering menetrasi materi secara lambat dan tidak merata
c. Membutuhkan oven dan sumber listrik secara terus menerus
Tahapan kritis dari metode ini adalah:
a. Bahan dari alat. Bahan-bahan yang biasa disterilkan dengan cara ini antara lain
pecah belah, bahan-bahan yang tidak tembus uap, dan bahan-bahan berupa
bubuk.
b. Menjaga suhu agar tetap konstan.
c. Lama pemanasan
4.5 Sterilisasi Panas Lembap
Prinsip sterilisasi basah adalah dengan koagulasi atau denaturasi protein
penyusun tubuh mikroba sehingga dapat membunuh mikroba tersebut. Sterilisasi
panas badah dilakukan dengan autoklaf pada suhu di atas 100oC. Metode ini bisa
digunakan untuk sterilisasi pembaut bedah, penutup karet dan plastik, sediaan
farmasi, bahan yang tahan terhadap temperatur yang dipakai, bahan yang tahan
terhadap penembusan air, dan media untuk pekerjaan mikrobiologi. Media yang
dapat disterilkan dengan metode ini adalah media budaya, dressing, peralatan
tertentu, linen.
Kelebihan dari metode ini yaitu :
a. Memiliki kekuatan lebih penetratif daripada udara kering
b. Dapat membasahi spora (kelembaban sangat penting untuk koagulasi protein)
c. Lebih cepat daripada sterilisasi dengan oven atau sterilisasi udara panas
Kekurangan dari metode ini yaitu :
a. Udara yang terjebak dalam autoklaf dapat mengurangi keefektifitasan
Tahapan kritis dari metode ini adalah:
a. Bahan dari alat. Bahan-bahan yang biasa disterilkan dengan cara ini adalah
bahan yang tahan terhadap temperatur yang dipakai, dan bahan yang tahan
terhadap penembusan air.
b. Menjaga suhu agar tetap konstan.
c. Lama pemanasan
37
d. Beban autoklaf tidak boleh berlebih
e. Tidak ada udara sisa dalam autoklaf
38
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan
Praktikan dapat mengetahui fungsi dari alat-alat yang digunakan dalam
praktikum antara lain : Alat-alat gelas (Erlenmeyer, Labu takar, Cawan petri,
Tabung reaksi, Beaker glass, dan Spreader) ; Alat-alat non gelas (Pinset, Jarum
Ose, dan Cotton swap) ; Alat ukur (Gelas ukur, Pipet ukur + rubber bulb filler,
dan Mikropipet) ; Alat sterilisasi (Alat pendingin, Oven, dan Autoclave) ; Alat
pemanas (Hot plate, Lampu spiritus, Waterbath, Microwave) ; Alat sentrifus
(Sentrifuga klinik dan Sentrifuga mikro) ; Alat ukur keasaman (pH meter,
indicator universal, dan kertas lakmus) ; Timbangan analitik ; Instrument
(Mesin PCR, UV transilluminator, Vortex, Shaker incubator, Incubator,
Elektroforesis agarosa, dan Elektroforesis protein) ; dan Laminar Air Flow
(LAF).
Media Luria Bertani (LB) merupakan media kaya nutrisi yang digunakan
untuk menumbuhkan mikroba dipermukaan sehingga membentuk koloni yang
dapat dilihat, dihitung dan diisolasi serta untuk media fermentasi dan paling
sering dipakai untuk analisis genetik karena media ini mampu mendukung
pertumbuhan yang cepat dan hasil pertumbuhan yang baik untuk banyak
spesies mikroba.
5.2 Saran
Praktikan harus mengetahui fungsi dan cara kerja dari masing-masing alat di
laboratorium bioteknologi agar menghindari kecelakaan kerja praktikum dan
meminimalisir kerusakan alat-alat praktikum. Sterilisasi media, bahan, dan alat
sebaiknya dilakukan agar menghindari kontaminasi saat bekerja dengan
mikroorganisme uji.
39
DAFTAR PUSTAKA
Anonim. 2007. L.B. Medium (Luria Bertani). Italia: Liofilchem Bacteriology Products
Anonim. 2015. Technical Data: Luria Broth. India: HiMedia Laboratories Pvt. Ltd.
Fatiqin, A., & Aini, F. 2013. Panduan Praktikum Mikrobiologi Umum. Palembang:
IAIN Raden Fatah.
Hendra Adijuwana. 1989. Teknik pemisahan Dalam Analisis Biologis. Bogor: IPB
Press.
Ibrahim, & Supar.1981. Kultur Media dan Cara Pembuatannya. Bogor: Balai
Penelitian Penyakit Hewan Bogor.
IPN, Sridhar Rao. 2008. Sterilization and Disinfectan. Dept. of Microbiology JJMMC,
Davangere
Miller J.N. 2000. Statistics and Chemometrics for Analytical Chemistry, 4th ed. Harlow:
Prentice. Hall.
Yowono, Tribowo. 2006. Teori dan Aplikasi PCR. Penerbit Andi. Yogyakarta.
40