Disusun oleh :
A. Pendahuluan
Latar Belakang
Dalam melakukan analisis populasi nematoda, diperlukan adanya ekstraksi-isolasi nematoda
dari habitat nematoda tersebut. Habitat nematoda yang digunakan dapat melalui akar yang terinfeksi
nematoda maupun tanah di sekitar daerah perakaran tersebut. Metode Ekstraksi-isolasi nematoda
adalah suatu proses untuk memisahkan nematoda dari habitat hidupnya baik tanah maupun jaringan
tanaman, sebelum dilakukan kajian lebih lanjut. Ekstraksi-isolasi nematoda adalah suatu proses untuk
memisahkan nematoda dari habitat hidupnya, baik dari tanah maupun dari jaringan tanaman. Metode
ini bertujuan mengidentifikasi dan menghitung populasi nematoda. (Indrawan et al., 2018).
Nematoda dapat dipisahkan dari jaringan tumbuhan maupun dari tanah dengan berbagai cara. Setiap
cara harus diuji secara seksama dan tetap memperhatikan dan mengutamakan efisiensi dari cara
tersebut. Sampel tanah dari sistem perakaran tanaman yang diduga terserang nematoda sangat
diperlukan untuk keperluan diagnostik maupun koleksi nematoda. Apabila di dalam suatu kelompok
pertanaman dijumpai adanya gejala botak-botak (patchy symptom), dianjurkan agar tanah diambil
dari area yang terserang dan juga dari area yang diduga tidak terserang sebagai pembanding.
Dianjurkan untuk mengambil sampel tanah yang kondisinya lembab. Hal tersebut dikarenakan tanah
kering dimana nematoda-nematoda dorman yang biasanya terdapat di dalamnya akan rusak pada saat
pengambilan sampel atau pada penanganan selanjutnya. Terdapat beberapa macam cara untuk
mendapatkan nematoda dari dalam sampel tanah maupun dari jaringan tanaman. (Wibowo, 2016).
Nematoda adalah kelompok hewan yang mempunyai ukuran mikron sehingga tidak dapat
diamati dengan mata secara langsung dan hanya dapat diamati dengan menggunakan mikroskop. Oleh
karena itu, untuk dapat mengamati nematoda maka perlu dilakukan ekstraksi-isolasi nematoda dari
habitatnya. Metode ekstraksi nematoda yang akan digunakan sebaiknya mempertimbangkan jenis
nematoda yang dikehendaki. Beberapa jenis nematoda tergolong aktif bergerak sedangkan lainnya
sangat lamban. Nematoda-nematoda yang bergerak aktif dapat diekstraksi dengan menggunakan
metode Whitehead tray atau Baermann funnel. Kedua metode ini sudah barang tentu memberikan
hasil yang kurang memuaskan jika digunakan untuk mengekstraksi nematoda yang bergerak lamban
atau nematoda yang ukuran tubuhnya besar. Metode lain yang digolongkan sebagai metode pasif
antara lain, penyaringan (sieving), dekantasi (decanting) dan pengapungan (flotation). Terlepas dari
kekurangan dan kelebihannya, maka dalam aplikasinya metode-metode tersebut bisa
dikombinasikan. Oleh sebab itu, pengalaman ekstraksi adalah hal yang juga sangat berperanan
penting dalam mengaplikasikan berbagai metode ekstraksi. (Indrawan et al., 2018).
Analisis populasi nematoda digunakan untuk menghitung kepadatan populasi nematoda dan
mengetahui rata-rata populasi masing-masing nematoda parasitik maupun nematoda non parasitik.
Kepadatan yang dihitung adalah kepadatan total. Seluruh nematoda hasil ekstraksi-isolasi digunakan
untuk melakukan analisis populasi nematoda. Dengan melakukan analisis populasi nematoda, maka
dapat mengetahui jumlah atau kepadatan nematoda yang berada dalam suatu tanaman. (Wibowo,
2016).
Tujuan
Praktikum Nematologi Pertanian acara 3 yang berjudul “Ekstraksi-Isolasi dan Analisis
Populasi Nematoda” memiliki tujuan sebagai berikut.
1. Mempelajari prosedur kerja ekstraksi-isolasi nematoda
Nematoda vermiform
Nematoda pembentuk sista
2. Mempelajari dan pengamatan nematoda hasil ekstraksi-isolasi
B. Metodologi
C. Isi
Ekstraksi-isolasi nematoda merupakan suatu proses untuk memisahkan nematoda dari habitat
hidupnya, baik dari tanah maupun dari jaringan tanaman sebelum dilakukan kejian lebih lanjut.
Kajian lebih lanjut yang dilakukan adalah amtara lain identifikasi dan penghitungan populasi
nematoda. Metode ekstraksi-isolasi nematoda yang digunakan adalah metode Whitehead tray dan
metode Baermann funnel. Pemilihan metode yang akan digunakan untuk ekstraksi isolasi nematoda
ditentukan dengan ketersediaan fasilitas, objek nematoda yang ditargetkan, ukuran sampel, jumlah
sampel, tipe tanah, dan lain sebagainya. Ada dua jenis bahan yang digunakan dalam praktikum
ekstraksi-isolasi nematoda, yaitu tanah dan akar. Di dalam habitatnya, nematoda memanfaatkan air
utuk melakukan perpindahan. Cara kerja dari metode ekstraksi isolasi nematoda adalah dengan
memanfaatkan filum air untuk mengekstraksi dan mengisolasi nematoda dari tanah atau jaringan
tanaman (akar). Tanah yang menjadi tempat hidup nematoda mempunyai struktur yang kasar.
Kebanyakan nematoda juga hidup di tanah yang mempunyai banyak pori dan didalam pori-pori
tersebut terdapat cukup udara. Tanah tersebut juga mempunyai kelembapan yang cukup serta tipe
tanah dan pH juga mempunyai pengaruh terhadap distribusi nematoda. (Senthilkumar et al., 2020).
Salah satu metode yang digunakan dalam ekstraksi-isolasi nematoda adalah metode whitehead
tray. Metode tersebut dilakukan dengan setiap sampel ditempatkan pada kertas tisu dua lapis,
didukung oleh dua lapis kasa nilon di dalam lubang dangkal.. Metode Whitehead tray sering disebut
dengan metode nampan saring yaitu contoh tanah diletakkan dan diratakan diatas kertas saring
kemudian di letakkan pada nampan plastik, lalu dimasukkan air hingga menyentuh permukaan tanah.
Nampan penyangga diangkat, lalu nampan plastik yang digunakan akan terisi oleh air dan nematoda.
Metode whitehead tray cocok dipergunakan untuk mendapatkan bahan inoculum karena hanya
nematoda yang hidup, sehat, dan aktif saja yang dapat diisolasi. Nematoda yang aktif pada sampel
tanah lama-lama akan menuju ke air yang ada pada nampan plastik. Sehingga kelebihan dari metode
ini adalah akan didapatkan nematoda dengan kualitas yang baik dan juga proses serta peralatannya
yang sederhana. Kekurangannya adalah metode ini tidak cocok digunakan untuk penghitungan
populasi nematoda pada suatu tanah karena seperti telah disebut sebelumnya bahwa nematoda yang
didapat hanya yang hidup. Kelebihan dari metode Whitehead tray adalah bahan yang digunakan untuk
ekstraksi dan isolasi mudah dan murah, metode tersebut dapat diterapkan untuk jumlah sampel tanah
atau akar yang sedikit, Kapasitas metode Whitehead tray lebih besar dibandingkan menggunakan
metode Baermann funnel. Metode Whitehead tray juga memiliki kekurangan yaitu hanya dapat
digunakan untuk mengekstrak nematoda yang hidup. (Bell & Watson, 2011).
Metode kedua yang digunakan dalam ekstraksi-isolasi nematoda adalah metode Baermann
funnel. Metode tersebut sering disebut dengan metode corong Baermann yang dimana mengekstraksi
nematoda menggunakan corong. Langkah dari teknik ini adalah dengan membungkus 100 gr tahan
ke dalam kertas tisu atau kain dan tempatkan di atas kasa plastik kasar di dalam corong yang
dihubungkan dengan pipa karet yang diberi penjepit. Menuang air secara perlaha sampai pada
permukaan tanah bagian bawah. Setelah 24 jam penjepit dibuka secara perlahan dan hati-hati untuk
mengumpulkan kecil cairan dari corong ke gelas piala kecil. Cairan tersebut mengandung Nematoda
yang dapat beregerak ke luar dari tanah dan tenggelam ke dasar corong. Adapun kelebihan dari
metode Baermann funnel antara lain, dapat diterapkan dengan menggunakan jumlah sampel tanah
atau akar yang sedikit, serta mudah dan murah. Selain itu, teknik tersebut juga memulihkan hampir
semua nematoda aktif dari sampel, teknik corong Baermann memungkinkan pemulihan genotipe
langka dan tumbuh lambat yang terjadi bersamaan dengan genotipe berlimpah dan tumbuh cepat,
yang mungkin terlewatkan dalam metode ekstraksi yang melibatkan banyak generasi. Corong
Baermann tidak akan berfungsi untuk setiap jenis nematoda dan paling cocok untuk mereka yang
merupakan bentuk aktif dalam kisaran ukuran seperti Caenorhabditis atau lebih kecil. Namun, jika
sebuah penelitian dapat menggunakan corong Baermann, ada banyak keuntungan. Metodenya praktis
di lapangan, membutuhkan penyetelan terbatas, hemat waktu, dan biaya.Ccorong Baermann secara
efisien mengekstraksi hampir keseluruhan populasi dari substrat, yang mungkin diperlukan
tergantung pada desain penelitian. Misalnya, peneliti yang tertarik untuk menghitung stadium
populasi liar atau distribusi jenis kelamin, menemukan genotipe yang tumbuh lambat atau langka,
atau mengambil sampel nematoda yang tidak tertarik pada OP50 mungkin mendapat manfaat dari
metode ini. Adapun kekurangan dari metode corong Baerman yaitu, kapasitas corong yang tersedia
kecil dan tidak dapat mengekstrak nematoda mati. Kekurangannya adalah cara kerjanya yang sedikit
rumit dan prosesnya yang cukup panjang serta tidak cocok untuk perhitungan populasi pada suatu
tanah. Keuntungan dari metode ini adalah penipisan oksigen dapat dihindari serta efisiensi
ekstraksinya lebih tinggi. kekurangan dari metode ini adalah membutuhkan banyak air sehingga
boros air dan sulit untuk menjaga sampel bebas dari ganggang dan jamur. (Tintori et al., 2022).
Dari kedua metode ekstraksi-isolasi tersebut, metode whitehead tray lebih mampu mengekstraksi
nematoda dalam kapasitas yang lebih banyak. Sedangkan metode corong Baermann dapat
mengekstraksi hampir keseluruhan populasi substrat namun hanya memiliki kapasitas yang sedikit.
Kedua metode tersebut hanya dapat mengekstraksi nematoda yang hidup. Pemilihan metode yang
akan digunakan untuk ekstraksi isolasi nematoda ditentukan dengan ketersediaan fasilitas dalam
melakukan ekstraksi-isolasi, objek nematoda yang ditargetkan yaitu nematoda aktif/ hidup, ukuran
sampel, jumlah sampel yang berjumlah sedikit, tipe tanah, tipe akar, dan lain sebagainya. (Tintori et
al., 2022). Setelah melalukan ekstraksi-isolasi nematoda, perlu dilakukan identifikasi nematoda lebih
lanjut. Identifikasi dilakukan dengan membuat preparat nematoda dengan mengambil nematoda yang
sudah dimatikan dalam cawan petri dengan menggunakan pipet kemudian diteteskan pada kaca objek
dan ditutup dengan kaca penutup kemudian diamati menggunakan mikroskop. Identifikasi dilakukan
dengan mengamati bentuk mati/spsesifik, adanya stilet, bentuk stilet, bentuk kepala, dan bentuk ekor.
Kepadatan populasi adalah jumlah individu satu genus per volume sampel tanah. (Winarto et al.,
2019). Setelah proses ekstraksi-isolasi, suspensi nematoda yang diperoleh dapat dinyatakan per
satuan unit sampel. Untuk jaringan tanaman dapat dinyatakan per satuan berat, misalnya adalah per
5 gram (akar). Untuk sampel tanah, dapat dinyatakan dalam satuan volume, misalnya per 100 ml
tanah. Jika hasil ekstraksi nematida didapat dalam jumlah yang kecil, semua nematoda dapat diamati
dengan menggunakan mikroskop. Jika perlu, volume airnya dikurangi sebelum diamati dengan cara
penyaringan menggunakan saringan 20 mikron atau 35 mikron atau pengetapan dengan menggunakan
selang plastic berukuran kecil. Apabila diperoleh nematoda dalam jumlah yang besar, maka suspense
nematoda perlu diencerkan terlebih dahulu. Manfaat dari ekstraksi-isolasi nematoda adalah untuk
memisahkan nematoda dari habitatnya yang berupa tanah ataupun jaringan tanaman sehingga
selanjutnya dapat dilakukan pengamatan/kajian lebih lanjut seperti identifikasi ataupun penghitungan
populasi nematoda pada suatu lahan atau tanaman. Tujuan dari identifikasi populasi nematoda adalah
membantu menghubungkan morfologi dengan kemungkinan fungsi, serta jumlah populasi nematoda
yang berada pada suatu area pertanaman, mengidentifikasi nematoda memiliki perbedaan morfologis
dan morfometrik halus seperti panjang tubuh, keberadaan, dan bentuk stilet, bentuk ekor, dan lain-
lain., sulit dibedakan jenis dan ordo dari suatu nematoda tertentu. (Bogale et al., 2020).
Tabel 3.1 Populasi Total Nematoda Parasit dan Non Parasit Pada Akar dan Tanah
Metode Ekstraksi Nematoda Parasit Nematoda Non Parasit
Whitehead akar 1186.7 173
Whitehead tanah 443.3 140
Baermann akar 240 160
Baermann tanah 80 186.7
Berdasarkan tabel 3.1 yaitu populasi total nematoda parasite dan non parasite pada akar
dan tanah di dapatkan bahwa populasi nematoda parasite menggunakan metode Whiteheadtray
menggunakan sampel akar paling banyak yaitu 1186,7. Sedangkan populasi nematoda non parasit
paling banyak yaitu menggunakan metode Baermann sampel tanah yaitu sebesar 186,7. Secara
keseluruhan, metode Whitehead tray memiliki hasil nematoda parasit dari sampel akar maupun
tanah paling banyak dibanding metode Baermann. Sedangkan populasi nematoda non parasite
paling banyak di dapatkan dengan metode Baermann funner dengan sampel akar maupun tanah.
Populasi nematoda parasite paling sedikit didapatkan dengan metode Baermann menggunakan
sampel tanah. Sedangkan, populasi nematoda non parasite paling sedikit didapatkan dari metode
Whitehead tray dengan sampel tanah. Menurut Astuti (2018), beberapa faktor yang mempengaruhi
diantaranya adalah kertas saring yang digunakan. Kertas saring memiliki diameter yang terlalu kecil,
sehingga hanya nematoda berukurankecil saja yang bisa melintasi kertas filter ini. Sedangkan
nematoda yang berukuran lebih besar tidak dapat menembus poripori dari kertas filter. Pori-pori yang
terlalu kecil akan dipenuhi oleh partikel-partikel tanah yang justru akan menyumbat dan menghalangi
Nematoda menembus kertas. Isolasi nematoda menggunakan akar menunjukkan hasil paling sedikit
dibanding dua teknik lainnya.Hal ini disebabkan keberadaan Nematoda memanag paling banyak
berada di dalam tanah sekitar tanaman hospes. Isolasi Nematoda menggunakan metode ekstraksi
tanah ternyata menunjukkan hasil yang lebih efektif dibandingkan dengan teknik lain. Hal ini terlihat
dari jumlah Nematoda yang diperoleh pada tiap-tiap teknik. Teknik isolasi tanah memungkinkan
perpindahan Nematoda dari dalam kain ke luar kain. Kain yang digunakan memiliki pori-pori dengan
diameter yang relatif besar sehingga Nematoda dapat dengan mudah berpindah. Melalui teknik ini,
memang banyak partikel tanah yang ikut larut atau keluar bersama Nematoda. Diameter kain yang
besar memungkinkan Nematoda berbagai ukuran dapat melintasi pori tersebut. Dengan
menggoyangkan tanah dalam kain tersebut diasumsikan akan membantu pergerakan Nematoda.
D. Penutup
1. Metode ekstrasi-isolasi nematoda antara lain, metode metode Baermann, metode Whitehead
tray, metode Funnel spray, metode Sentrifuse, dan metode Sieving. Metode yang digunakan
untuk ekstraksi-isolasi nematoda adalah metode Baermann dan metode Whitehead tray.
Prosedur kerja metode Whitehead tray yautu contoh tanah diletakkan dan diratakan diatas
kertas saring kemudian di letakkan pada nampan plastik, lalu dimasukkan air hingga
menyentuh permukaan tanah. Nampan penyangga diangkat, lalu nampan plastik yang
digunakan akan terisi oleh air dan nematoda. Prosedur kerja metode Baermann yaitu dengan
membungkus tahan ke dalam kertas tisu atau kain dan tempatkan di atas kasa plastik kasar di
dalam corong yang dihubungkan dengan pipa karet yang diberi penjepit. Menuang air secara
perlahan sampai pada permukaan tanah bagian bawah. Penjepit dibuka secara perlahan dan
hati-hati untuk mengumpulkan kecil cairan dari corong ke gelas piala kecil. Cairan tersebut
mengandung Nematoda.
2. Pengamatan nematoda hasil ekstraksi-isolasi adalah dengan melakukan analisis populasi
nematoda yaitu menghitung populasi nematoda. Analisis populasi nematoda dapat dihitung
dengan menggunakan perbandingan sampel tanah/ akar : populasi nematoda sampel = jumlah
seluruh sampel tanah/ akar : seluruh populasi nematoda.
Daftar Pustaka
Bell, N. and Watson, R. N. 2011. Optimising the Whitehead and Hemming tray method to extract
plant parasitic and other nematodes from two soils under pasture. Journal of
Nematology. 3(2):179-185
Bogale, M., Baniya, A., dand DiGennaro, P. 2020. Nematode Identification Techniques and Recent
Advances. Journal of Plant. 9(10): 12-18.
Indrawan, D., Pasetriyani, dan Widyastuti, S. W. 2018. Pengaruh Konsentrasi Etanol dan Lama
Waktu Perendaman Terhadap Kemampuan Deteksi Nematoda Sista Kuning
(Globodera spp). Journal Agroscience Vol. 7 No. 1. 220-226.
Senthilkumar, M., Amaresan, N., and Sankaranarayanan, A. 2020. Isolation of Nematodes from Soil
Sample. Journal of Plant Microbe Interactions. 14(11): 271-277.
Tintori, S. C., Sloat, S. A., and Rockman, M. V. 2022. Rapid Isolation of Wild Nematodes by
Baermann Funnel. Journal of Biotechnology. 31(179):1-6.
Wibowo, A. 2016. Pengendalian Penyakit pada Tanaman Pertanian Ramah Lingkungan. Penerbit
Himpunan Fitopatologi Indonesia, Yogyakarta.
Winarto, Novrinelly, dan Andini, D. 2019. Keanekaragaman dan populasi Nematoda parasit pada
rizosfer tanaman Tebu (Saccharum officinarum) di Sentra Produksi Sumatera Barat.
Prosiding Seminar Nasional Masyarakat Biodivesity Indonesia. 5 (3): 466-469
LAMPIRAN
Tabel 5.1 Data Mentah Populasi Total Nematoda Parasit Pada Akar dan Tanah
Metode Ekstraksi U1 U2 U3 Total xˉ
Baermann akar 28 4 40 72 24
Baermann tanah 5 8 11 24 8
Tabel 5.2 Data Mentah Populasi Total Nematoda Non Parasit Pada Akar dan Tanah
Metode Ekstraksi U1 U2 U3 Total xˉ
Baermann akar 25 7 16 48 16