Search +

You have reached the end of your

subscription preview this month. Activate
! your 30 day free trial to unlock unlimited
reading.

Praktikum isolasi $ % &

dna
A!andi Arrizandy

Nov. 14, 2014 • 3 likes • 23,836 views

' Download Now

You are reading a preview.

Activate your 30 day free trial to continue reading.

Continue for Free

) 2 of 13 *

isolasi DNA yang dilakukan dengan metode

kitcen preparation dengan memanfaatkan
detergen dan garam dapur (NaCl) sebagai
pengahncur memberan sel pada buah
Education

Recommended
Jurnal ekstrasi dna ihwan
ihwan fauzi

Laporan praktikum bioteknologi

isolasi dna
fahmiganteng

Isolasi DNA dan RNA dari

mikroba
Yona Oktasari

Isolasi DNA
namaku_ismar

Laporan Praktikum Biokimia

Awe Wardani

Mekanisme Transfer & Isolasi

DNA
dewisetiyana52

Presentation Isolasi DNA

Rahmat HIdayat

Bab iii hasil dan pembahasan

isolasi dna
Erdian R

Artkel kkn limbah cair tahu

Affandi Arrizandy

FISIKA EKSPERIMEN II : Konversi

Energi Termal-Listrik Dengan…
Modul Arrizandy
Affandi TEC1-12706

More Related Content

! Praktikum isolasi dna

1. 1. 1 ©FRONEXTON™‖Science One BAB I PENDAHULUAN
1.1 LATAR BELAKANG Pada dasarnya, sel mengandung
dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA terletak
pada kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan
kloroplas. Sedangkan RNA dijumpai di nukleus,
sitoplasma, dan ribosom. DNA ada dalam setiap sel
makhluk hidup. Zat ini disebut cetak biru kehidupan
karena memiliki peranan yang sangat penting, yaitu
sebagai pembawa informasi hereditas yang
menentukan struktur protein dan proses metabolisme
lain. DNA bisa mengalami denaturasi dan renaturasi.
Banyak hal yang mempengaruhi prosestersebut, antara
lain suhu yang tinggi, pH ekstrim, kandungan elektrolit
Na+ atau K+ dan komposisi basa C-G. (Hays, 2005).
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam
jaringan tubuh makhluk hidup dapat dilakukan suatu
teknik isolasi DNA. Zubaidah (2004: 38) menyatakan
bahwa isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai
cara, akan tetapi pada setiap jenis maupun bagian
tanaman dapat menimbulkan masalah berbeda, antara
lain karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida
dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA dan juga mempengaruhi enzim-enzim
seperti polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau
enzim untuk kegiatan molekuler lain yang dapat
menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk
aplikasi penelitian. 1.2 RUMUSAN MASALAH 1. Metode
Apa saja yang digunakan dalam melakukan isolasi (
pemisahan) DNA khususnya pada buah ? 2.
Bagaimanakah tahapan – tahapan dalam melakukan
pengamatan isolasi DNA ? dan apa saja tujuan dari
setiap langkah yang dilkukan ? 3. Dengan
menggunakan meode isolasi yang kalian gunakan,
detergen manakah yang terbukti lebih efektif untuk
mengamati DNA buah ?, dan mengapa dapat terjadi
demikian ?
2. 2. 2 ©FRONEXTON™‖Science One a. TUJUAN DAN
MANFAAT PENELITIAN 1. Untuk mengetahui cara atau
metode mengisolasi DNA pada buah 2. Untuk
mengetahui keefektifan deterjen dan buah pada
percobaan isolasi DNA. 3. Menambah kekayaan ilmu
pengetahuan tentang ilmu biologi molekuler 4. Sebagai
acuan sumber belajar, sekaligus sebagai pengetahuan
awal dalam penelitian berikutnya, terutama
menegenai materi DNA 5. Mengetahui gen yang
terdapat dalam mahluk hidup, guna mempermudah
dalam mempertahankan keanekaragaman hayati, dan
memperoleh bibit unggul melalui persilangan. 1.4
METODE PENULISAN metode penulisan yang
digunakan dalam penyusunan karya tulis ini adalah
metode Pengamatan , dan literature. 1.5 LANDASAN
TEORI DNA merupakan persenyawaan kimia yang
paling penting pada makhluk hidup, yang membawa
keterangan genetik dari sel khususnya atau dari
makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke
generasi berikutnya. Molekul DNA terdapat pada
nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Molekul
DNA pada nucleus memiliki bentuk sebagai benang
lurus dan tidak bercabang, sedangkan DNA yang
terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk
lingkaran (Suryo, 2012 : 59). DNA pada makhluk hidup
dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian DNA
secara sederhana dapat dilakukan dengan
memecahkan dinding sel, membran plasma dan
membran inti baik secara mekanik maupun secara
kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang
digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa
protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan.
Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat
dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus
menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara
kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen.
Penambahan
3. 3. 3 ©FRONEXTON™‖Science One sabun cair dan garam
dapur adalah untuk melisiskan membran inti untuk
mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA. Setelah
menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada
lapisan atas bukan lapisan bawah, yang menunjukkan
bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam
air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar
dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul
tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan
pelarut meraka akan berkumpul/ menggumpal
sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti
serabut-serabut putih yang terkumpul diatas
permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil
dari pada masa jenis air. Etanol yang digunakan harus
benar-benar dingin dan berasal dari lemari pendingin,
hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi.
Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka
mengakibatkan pembentukan presipitat kurang
sempurna. DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah
master molecul (molekul utama) yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses
metabolisme dalam setiap organisme (Jamilah, 2005).
DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula
deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung
membentuk nukleotida (Istanti, 1999). Molekul DNA ini
terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di
nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang
menyusun kromosom ini merupakan nukleotida
rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix),
dimana basa nitrogen dan kedua ”benang”
polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan
yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara
nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di
dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai ”
cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan
penting sebagai pembawa informasi hereditas yang
menentukan struktur protein dan proses metabolisme
lain (Jamilah, 2005). DNA dapat mengalami denaturasi
dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diisolasi.
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan
bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melauli tahapan-
tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun
4. 4. 4 ©FRONEXTON™‖Science One isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada
setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan
hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa
polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi
yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi
DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air
yang pada masing-masing buah berbeda, dapat
memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar
air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah.
Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di
dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA
yang terpretisipasi juga akan sedikit. Proses isolasi DNA
diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang
tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan
hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada
DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat
dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran
plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik
maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan
dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan
mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat
dengan pemberian yang dapat merusak membran sel
dan membran inti, salah satunya adalah deterjen.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat
dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan
rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk
melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan
lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid
protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan
deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia (Machmud, 2006).
5. 5. 5 ©FRONEXTON™‖Science One BAB II METODOLOGI
PENELITIAN 2.1. ALAT DAN BAHAN Alat o Beaker gelas
o Pisau o Pengaduk o Penyaring (tissue/kapas) o Mesin
blender o Spatula o Tabung reaksi dan rak tabung
reaksi o Gelas kimia o Pipet tetes o Gelas ukur o Corong
saring Bahan o Buah (Tomat, papaya,
pisang,stroberi,sawi, kangkung ) o Deterjen (rinso,
attack, bukrim) o Aquades o Garam dapur (NaCl) o
Etanol 96% o Es batu 2.2.LANGKAH KERJA a. Deterjen
dilarutkan (rinso, attack, dan bukrim) ke dalam 60 ml
aquades, diaduk perlahan selama 15 menit dan jangan
sampai berbusa. b. Ambil 100 gr daging buah ditambah
100 ml aquades, dimaukan kedalam mesin blender,
kemudian diblender selama 40 detik c. Lalu
dicampurkan maing-masing 4 ml larutan sabun dengan
4 ml jus buah. d. Menambahkan 1 spatula garam dapur
kemudian diaduk selama 10 menit sampai diperoleh
campuran yang homogen e. Lalu, saring campuran
yang dihasilkan pada point sebelumnya sebanyak 2 kali
f. 6 ml hasil penyaringan pada point diatas dimasukan
kedalam tabung reaksi dan menambahkan 5 ml etanol
96% dingin
6. 6. 6 ©FRONEXTON™‖Science One g. Amati proses
timbulnya DNA, meliputi waktu yang
diperlukan,bentuk, warna, srta banyak sedikitnya DNA
yang terbentuk 2.3.VARIABLE Variabele Terikat : Jumlah
aquades yang diberikan, waktu penghancuran buah (
blender ) Variabele Bebas : banyaknya detergn
Variabele Kontrol : jumlah DNA yang dihasilkan
2.4.HIPOTESIS Hipotesis 1 = Dalam pengamatan Isolasi
DNA pada buah, detergen Cream lebih efektif
digunakan karena memiliki daya rusak memberan sel
yang tinggi tinggi Hipotesis 0 = Dalam Pengamatan
isolasi DNA detergen berbentuk cream tidak efektif
digunakan sebab warna hasil filtrasinya tidak bagus
7. 7. 7 ©FRONEXTON™‖Science One BAB III HASIL DAN
PEMBAHASAN 3.1. DNA DAN METODE ISOLASI Isolasi
DNA merupakan tahap terpenting dalam analisis
biologi molekuler. Teknik-teknik isolasi DNA yang telah
dikembangkan sangat mahal dan memerplukan waktu
yang lama. (Listanto,1996) DNA dapat diisolasi dari
berbagai sel atau jaringan baik hewan, tumbuhan
maupun manusia. Isolasi DNA merupakan teknik awal
dalam pemanfaatan DNA untuk berbagai tujuan.
Sebenarnya telah ada metode standar dalam
mengisolasi DNA, misalnya teknik atau metode yang
dikemukakan oleh Sambrook (1989). Isolasi DNA dari
sel maupun jaringan eukariotik, misalnya dari jaringan
tumbuhan maupun hewan dilakukan melalui tahap
penghancuran sel (lisis), penghilangan RNA dan protein
serta pemurnian DNA. isolasi DNA ini membutuhkan
alat-alat canggih dan bahan-bahan yang cukup mahal,
misalnya EDTA ( Etilendiamin tetra asetat ) yang
berfungsi sebagai merusak sel dengan cara mengikat
ion Magnesium yang berfungsi mempertahankan
integritas sel, SDS ( Sodium dodesil sulfat ) yang dapat
melarutkan membrane sel, mendenaturasi protein,
enzim proteinase K yang mendegradasi protein, RNAse
mendegradasi RNA serta NaCl dan chloroform untuk
memurnikan DNA. Modifikasi teknik isolasi DNA telah
dilakukan pada beberapa laboratorium, misalnya pada
takaran bahan-bahan yang digunakan atau
penguraian/ penggantian jenis bahan yang digunakan
sesuai denga sel/ jaringan sumber DNA. Teknik/
metode isolasi DNA yang sangat sederhana adalah
metode Kitchen Preparation. Metode isolasi ini
memanfaatkan bahan- bahan yang biasanya digunakan
ibu rumah tangga yaitu sabun cuci (cair, bubuk atau
krim) untuk menggantikan bahan utama yang
berfungsi untuk melisis sel, ekstrak buah nanas sebagai
sumber enzim protease serta garam dapur. Isolasi DNA
metode Kitchen Preparation menggunakan detergen
sebagai alternative pengganti EDTA dan SDS, garam
dapur sebagai pengganti NaCl analitik dan jus nanas
sebagai pengganti enzim protease. Sedangkan bahan
yang akan dilihat DNA nya adalah strowberi, hal ini
dikarenakan strowberi mudah dihancurkan. Selain itu,
strowberi matang menghasilkan enzim pectinase dan
selulase yang membantu memecah dinding sel.
Strowberi yang umum dibudidayakan adalah octoploid
dengan delapan set genom. Hal ini sangat baik untuk
menunjukkan ekstraksi DNA karena memiliki delapan
dari
8. 8. 8 ©FRONEXTON™‖Science One setiap jenis
kromosom yang juga dikatakan bahwa strowberi
memiliki DNA yang berlimpah. Perbedaan Isolasi DNA
Kasar dengan Isolasi DNA Bu!er Ekstraksi Isolasi DNA
kasar Isolasi DNA dengan Bu!er Ekstraksi Memecahkan
dinding sel dan membrane sel lapisan pembungkusan
DNA dengan menggunakan detergen dan garam dapur.
Memecahkan dinding sel dan membrane sel dengan
detergen modifikasi CTAB dan mercaptoetanol Tidak
ada pemanasan pada proses ini. Proses pemanasan
pertama pertama bertujuan untuk melarutkan CTAB
dan mercaptoetanol. Tidak ada pengendapan
komponen polisakarida Kloroform dan isoamilalkohol
(CIAA) berfungsi untuk mengekstrak dan
mengendapkan komponenpolisakarida di dalam bu!er
ekstraksi yang mengkontaminasilarutan DNA Tidak ada
penambahan bu!er TE Bu!er TE berfungsi untuk
melarutkan DNA yang dihasilkan dan menjaga DNA
agar tidak mudah rusak Diambil larutan supernatan
yang bercampur dengan kontaminan lainnya.
Supernatant yang diambil kontaminannya sangat
sedikit Ekstraksi DNA dengan kitchen preparation akan
menghasilkan DNA kasar yang menggumpal dan belum
murni (masih banyak zat lain yang terkandung)
Ekstraksi DNA dengan CTAB akan menghasilkan pita
DNA yang berukuran tebal dan dapa tmemisahkan DNA
dari polisakarida Karena adanya perbedaan
karakteristik kelarutan (di!erentsial of solubility)
9. 9. 9 ©FRONEXTON™‖Science One 3.2. TAHAPAN
ISOLASI DNA DAN TUJUAN LANGKAH KERJA Dalam
praktikum isolasi DNA menggunakan metode kasar
(Kitchen Preparation ), langkah pertama yang kami
lakukan adalah menyiapkan buah yang akan
digunakan sebagai objek pengamatan ( strowberry,
pisang, pepaya, tomat , sawi,dan kangkung ), setelah
buah disiapkan, langkah selanjutnya adalah
mengambil masing-masing 100 gr daging buah untuk
dihaluskan menggunakan blender selama 40 detik, dan
jangan lupa menambahkan aquades sebagai pelarut,
agar buah mudah untuk dihancurkan dan diambil
ekstraknya. Sementara itu, untuk mempersingkat
waktu larutkan Detergen Rinso, attack, dan Bukrim,
kedalam 60 ml aquades, diaduk perlahan selama 15
menit dan usahakan jangan sampai berbusa, hal ini
bertujuan untuk mempermudah peroses pengamatan
munculnya gelembung-gelembung DNA sekaligus
untuk melisis sel pada buah. Deterjen yang sudah
dilarutkan tadi kemudian masing- masing dicampur
dalam 4 ml jus buah yang sudah diblender, sehingga
ada 3 buah tabung raksi yang diamati dengan detergen
yang berbeda-beda dalam setiap tabungnya.
Kemudian Tambahkan 1 spatula garam dapur kedalam
tiap- tiap tabung reaksi dan diaduk selama 10 menit
samapai diperoleh campuran yang homogen.
Penambahan garam dapur bertujuan untuk
memudahkan pemisahan benang-benang DNA dari
larutan dan untuk mengendapkan kotoran- kotorannya
sehingga benang-benang DNA tersebut akan mudah
diamati. Langkah brikutnya adalah melakukan
penyaringan hasil campuran pada point sebelumnya
sebanyak 2 kali untuk memisahkan kotoran yang
mengendap dengan sari buah. 6 ml hasil Penyringan
pada tersebut kemudian ditambahkan 5 ml etanol 96%
dingin. Etanol ini berfungsi untuk menggumpalkan
DNA. Dan langkah akhir adalah melakukan
pengamatan proses timbulnya benang- benang DNA,
mulai dari warna, bentuk dan jumlah DNA yang
dihasilakn.
10. 10. 10 ©FRONEXTON™‖Science One Berdasarkan
Praktikum yang telah kami lakukan, diperoleh hasil
sesuai pada tabel berikut :
11. 11. 11 ©FRONEXTON™‖Science One 3.3. KEEFEKTIFAN
DETERGEN DALAM PROSES ISOLASI DNA Dari hasil data
yang diperoleh dalam praktikum yang telah dilakukan,
dapat dijelasskan bahwa pada detergen yang bersifat
cream mempunyai daya rusak paling rendah dalam
merusak membran sel, sehingga DNA yang dihasilkan
dalam proses pengamatan pun hanya terlihat sedikit,
akibat memberan sel tidak dapat dirusak, sehingga
DNA yang ada dalam ini sel pun menjadi tidak bisa
diamati. Rata-rata dalam percobaan isolasi DNA
dengan sabun bukrim, menunjukan gelembung-
gelembung DNA yang dihasilkan berada dibagian
bawah tabung reaksi. Pada Detergen bubuk ( Attck dan
Rinso), memiliki daya rusak yang baik pada memberan
sel, sehingga DNA juga tidak mengalami kerusakan,
saat dikakukan pengamatan. Proses isolasi DNA
dengan menggunakan detergen rinso dan attck
menunjukan bahwa DNA hasil filtrasi rata-rata berada
dibagian atas, dan warna hasil filtrasi pun tidak
memiliki pengaruh dari detergen.
12. 12. 12 ©FRONEXTON™‖Science One Berdasarkan hasil
literature didapatkan hasil bahwa antara detergen cair,
bubuk, dan cream yang seharusnya mempunyai daya
rusak paling tinggi dalam memecah membran sel
adalah detergen cair. Karena di dalam detergen cair
mengandung konsentrasi yang tinggi misalnya lauryl
sulfat yang dapat berfungsi sama dengan dodesil sulfat
dan disodium EDTA, serta kandungan zat pewarna dan
zat aktif pemutih yang biasanya ada dalam detergen
cair. Menurut Jamilah (2005: 95), detergen bubuk
menghasilkan warna yang paling baik, yaitu putih,
detergen krim memberikan warna yang kurang baik
karena menyebabkan warna filtrat mendekati warna
detergen, sehingga isolasi DNA yang dihasilkan
berwarna sama atau hampir sama dengan filtrat.
Ditinjau dari faktor penambahan garam ke dalam
larutan detergen pada proses isolasi DNA, garam
digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang
dikandung oleh garam mampu memblokir
(membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA,
yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul
saling tolak mnolak satu sama lain sehinggga pada saat
ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat
DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994, dalam
Jamilah, 2005: 21). Dari pernyataan tersebut, nampak
bahwa selain digunakan untuk menghilangkan protein
dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing
bu!er, garam juga membantu proses pemekatan
DNA.Konsentrasi DNA yang terpresipitasi tergantung
dari beberapa hal, antara lain: keenceran sumber DNA
yang digunakan dan suhu ethanol. Semakin encer
filtrat, maka DNA yang terpresipitasi akan semakin
sedikit. Sementara semakin dingin ethanol, DNA yang
terpresipitasi semakin pekat. menambahkan bahwa
semakin encer filtrat, maka DNA yang terpresipitasi
akan semakin sedikit.
13. 13. 13 ©FRONEXTON™‖Science One BAB III PENUTUP
4.1.KESIMPULAN Isolasi DNA pada dasarnya dapat
dilakukan dengan merusak dinding dan membrane sel
dan juga membrane inti. Perusakan ini dapat dilakukan
dengan pemblenderan, penggerusan atau yang
lainnya. Namun dalam praktikum kali ini digunakan
dengan cara pemblenderan DNA dapat diisolasikan
dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan
larutan deterjen, etanol serta garam untuk membantu
presipitasi DNA. Hasil isolasi DNA sangat dipengaruhi
oleh jenis buah. Terbukti dari hasil pengamatan, pada
masing-masing buah didapatkan hasil yang berbeda.
Lapisan filtrasi buah selalu berada di bagian bawah
karena filtrasi ini cenderung untuk mengendap.
Lapisan alcohol umumnya berada di bagian tengah
karena masa jenisnya lebih ringan. Sedangkan
lapisan DNA umumnya berada di bagian atas karena
DNA sangat ringan dan cenderung mengambang
Detergen yang paling efektif digunakan dalam isolasi
DNA adalah Rinso 4.2.SARAN o Seharusnya waktu yang
disediakan untuk mengamati proses pemisahan DNA
lebih lama agar DNA dapat lebih jelas terlihat o Dalam
proses pengamatan usahakan untuk memanfaatkan
waktu sebaik mungkin dalam kegiatan agar kerja lebih
efektif

About Support Terms

English (

Privacy Copyright

© 2022 SlideShare from Scribd " #