LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PERTANIAN

“ISOLASI DNA”

Disusun oleh :
NAMA : Nur Faiz Zamzami Al Ghufroni
NIM : 215040207111020
KELAS :I
ASISTEN : Salsabia Dinda Romadiani

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2022
 Bab I
Pendahuluan
1.1 Latar Belakang
DNA dapat diisolasi dari berbagai sel atau jaringan baik hewan,
tumbuhan maupun manusia.Isolasi DNA merupakan teknik awal dalam
pemanfaatan DNA untuk berbagai tujuan.Sebenarnya telah ada metode
standar dalam mengisolasi DNA, misalnya teknik atau metode yang
dikemukakan oleh Sambrook (1989).Isolasi DNA dari sel maupun jaringan
eukariotik, misalnya dari jaringan tumbuhan maupun hewan dilakukan
melalui tahap penghancuran sel (lisis), penghilangan RNA dan protein serta
pemurnian DNA. isolasi DNA ini membutuhkan alat-alat canggih dan bahan-
bahan yang cukup mahal, misalnya EDTA ( Etilendiamin tetra asetat ) yang
berfungsi sebagai merusak sel dengan cara mengikat ion Magnesium yang
berfungsi mempertahankan integritas sel, SDS ( Sodium dodesil sulfat ) yang
dapat melarutkan membrane sel, mendenaturasi protein, enzim proteinase K
yang mendegradasi protein, RNAse mendegradasi RNA serta NaCl dan
chloroform untuk memurnikan DNA.
Modifikasi teknik isolasi DNA telah dilakukan pada beberapa
laboratorium, misalnya pada takaran bahan-bahan yang digunakan atau
penguraian/ penggantian jenis bahan yang digunakan sesuai denga sel/
jaringan sumber DNA.Teknik/ metode isolasi DNA yang sangat sederhana
adalah metode Kitchen Preparation. Metode isolasi ini memanfaatkan
bahan-bahan yang biasanya digunakan ibu rumah tangga yaitu sabun cuci
(cair, bubuk atau krim) untuk menggantikan bahan utama yang berfungsi
untuk melisis sel, ekstrak buah nanas sebagai sumber enzim protease serta
garam dapur.

1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum isolasi DNA merupakan sebagai berikut
1. mengetahui pengertian DNA
2. mengetahui pengertian isolasi DNA
3. mengetahui fungsi isolasi DNA
4. mengetahui jenis-jenis metode isolasi DNA

1.3 Manfaat
Adapun manfaat yang diperoleh dari praktikum isolasi DNA antara lain
dapat memahami pengertian dari DNA, memahami pengertian isolasi DNA,
memahami fungsi isolasi DNA, dan memahami jenis-jenis metode isolasi
DNA.
 Bab II
Tinjauan Pustaka
2.1 Pengertian DNA
Secara terminologi DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling
penting, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk
dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. DNA adalah
bahan kimia utama yang berfungsi sebagai penyusun gen yang menjadi unit
penurunan sifat (Hereditas) dari induk kepada keturunannya. deoxyribonucleic
acid (DNA) merupakan makromolekul berupa benang sangat panjang yang
terbentuk dari sejumlah besar deoksiribonukleotida, yang masing-masing tersusun
dari satu basa, satu gula dan satu gugus fosfat. Apabila kita ibaratkan suatu tubuh,
maka DNA diibaratkan sebagai otak yang dapat mengatur segala proses di dalam
tubuh. Di samping itu, DNA juga mempunyai peran penting dalam pewarisan
sifat. DNA merupakan suatu senyawa kimia yang penting pada makhluk hidup.
Tugas utamanya membawa materi genetik dari suatu generasi ke generasi
berikutnya. DNA juga merupakan senyawa polinukleotida yang membawa sifat-
sifat keturunan yang khas pada kromosom (Sunarno, 2014).

2.2 Pengertian Isolasi DNA

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan
buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).
DNA isolation is an essential technique in molecular bio logy. Isolation of
high molecular weight DNA has become very important with the increasing
demand for DNA fingerprinting, restriction fragment length polymorphism
(RFLP), construction ofgenomic orsequencing libraries and PCR analysis in
research laboratories and industry. Also, DNA isolation isthe first step in the study
ofspecific DNA sequences within a complex DNA population, and in the analysis
ofgenome structure and gene expression (Darmo, 2011).

Terjemahan: "Isolasi DNA adalah teknik penting dalam bio logi

molekuler. Isolasi dari DNA dengan berat molekul tinggi telah menjadi sangat
penting dengan meningkatnya permintaan sidik jari DNA, pembatasan
polimorfisme panjang fragmen (RFLP), pembangunan perpustakaan urutan atau
urutan genom dan analisis PCR dalam formatlaboratorium penelitian dan industri.
Juga, isolasi DNA adalah langkah pertama dalamstudi tentang urutan DNA
tertentu dalam populasi DNA kompleks, dan dianalisis struktur gen dan ekspresi
gen.

2.3 Tujuan Isolasi DNA

Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari partikel-partikel
lainnya seperti lipid, protein, polisakarida, dan zat lainnya. Isolasi DNA berguna
untuk beberapa analisis molekuler dan rekayasa genetika seperti genom editing,
transformasi dan PCR. Banyak sekali metode isolasi DNA yang bisa digunakan,
akan tetapi pada dasarnya tahapan dari isolasi DNA pada semua bahan dan semua
metode adalah sama, yakni lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi
kompleks nukleoprotein, dan inaktivasi nuklease (Tan et al, 2009).

2.4 Jenis-Jenis Metode Isolasi DNA

Metode sendiri dibagi menjadi dua salah satunya Pada metode boilling,
pemanasan tinggi selama beberapa menit akan menyebabkan peningkatan
permeabilitas dinding sel yang berakibat pada masuknya cairan dan materi lain di
sekitar sel dan keluarnya materi-materi dari dalam sel. Suhu tinggi juga
bermanfaat untuk inaktivasi enzim, terutama DNase yang dapat merusak DNA.
(Sharbatkhori, Kia EB, Harandi MF, Jalalizan N, & Mirhendi H, 2009). Ekstraksi
DNA menggunakan metode boilling sangat mudah dilakukan dan hanya
membutuhkan waktu beberapa menit.
Metode Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) ini biasa di
gunakan untuk isolasi DNA tanaman (Donata, 2007). Metode isolasi DNA ini
menggunakan nitrogen cair pada tahap awal ekstraksi untuk menghasilkan
kualitas DNA terbaik. (Pharmawati, M, 2009). CTAB merupakan sejenis deterjen
yang dapat mendegradasi dinding sel, denaturasi protein, memisahkan karbohidrat
(Suprapto, 2003). Metode ekstraksi DNA dengan CTAB akan menghasilkan pita
DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida karena
adanya perbedaan karakteristik kelarutan (differensial of solubility). Metode ini
tidak membutuhkan biaya yang lebih mahal dibandingkan dengan menggunakan
kit.
 Bab III
Metodologi
3.1 Alat dan Fungsi
1.Mortal dan pistil Untuk menghaluskan brokoli
2.Pipet tetes dan beakerglass Untuk mengambil larutan
3.Saringan Untuk menyaring bahan
4.Gelas ukur Untuk mengukur larutan yang dibutuhkan
3.2 Bahan dan Fungsi
1. Brokoli Sebagai specimen yang diamat
2. Detergen Untuk melisis
3. sel Garam Untuk memisahkan air dengan kotoran
4. Alcohol 96% Untuk meresipitasi
3.3 Diagram Alir
Menyiapkan alat dan bahan

Menimbang brokoli sebanyak 5gr dan diulang sebanyak 3 kali lalu, menghaluskan

brokoli menggunakan mortar dan pistil

Tambahkan brokoli dengan aquades sebanyak 50 ml dan lakukan pada masing

masing ulangan dan dihomogenkan Tandai gelas dengan perlakuan A, B, C

Langkah selanjutnya, menimbang garam 0,5 gr sebanyak satu kali ulangan,

menimbang garam 1 gr sebanyak dua kali ulangan, menimbang deterjen 0,5 gr
sebanyak satu kali ulangan, menimbang deterjen 1 gr sebanyak dua kali ulangan

Komposisi bahan A (0,5 g garam : 1 g detergen), perlakuan B (1 g garam: 1 g

detergen), perlakuan C (1 g garam : 0,5 g detergen) Campurkan komposisi bahan
A kedalam gelas A dan dihomogenkan, laukan hal yang sama pada perlakuan B
dan C

Menyaring perlakuan A dan dimasukkan ke wadah lain, lakukan hal yang sama
pada perlakuan B dan C Mengambil 2,5 ml larutan dan memasukkannya ke dalam
tabung reaksi pada perlakuan A, B, dan C.

Mengambil 5 ml alkohol dan dimasukkan ke dalam masing-masing tabung reaksi

Amati hasil praktikum

Bab IV Hasil dan Pembahasan

4.1 Hasil
4.2 Pembahasan
4.3 Studi Literatur Hasil Isolasi DNA

Bab V Penutup
5.1 Kesimpulan
5.2 Saran

Daftar Pustaka

Darmo TW. (2011). Analisis keragaman genetik Ganoderma spp. yang berasosiasi
dengan tanaman kakao dan tanaman pelindungnya menggunakan
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). 79(1):6-14.
Donata. (2007). Ciri-ciri DNA murni dan penyebab keberhasilan serta kegagalan
dalam PCR dan elektroforesis. Jakarta: Erlangga
Pharmawati, M. (2009). Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada
greviellea spp. (Proteaceae). 13(1):12-16.
Sharbatkhori, M., Kia EB, Harandi MF, Jalalizan N, & Mirhendi H. (2009).
Comparison of Five Simple Methods for DNA Extraction from
Echinococcus granulosus Protoscoleces for PCRAmplification of
Ribosomal DNA. 4(2):54-60.
Sunarno, Muna, F., Fitri, N., Malik, A., Karuniawati, A., & Soebandrio, A.
(2014). Metode cepat ekstraksi DNA Corynebacterium diphtheriae untuk
pemeriksaan PCR. Vol.42, No.2(85-92).
Suprapto. (2003). Genetics: Th Continuity of life. 4th ed. Wadsworth Publishing
Company (Vol. xix+ 820 hlm). London.
Tan, Siun Chee., Beow Chin Yiap. 2009. DNA, RNA, and Protein Extraction: The
Past and The Present. Journal of Biomedicine and Biotechnology.
Volume 2009, Article ID 574398.