LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PERTANIAN

“ISOLASI DNA”

Disusun oleh:

Nama : M Dhafa Pradipta Susilo

NIM : 225040207111158
Kelas : A2
Asisten : Fidhilal Ilham Saefulloh

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2023
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bioteknologi pertanian kini menjadi tonggak penting bagi kemajuan sektor
pertanian di seluruh dunia. Dengan memanfaatkan berbagai teknik biologi
molekuler, para peneliti dan petani berhasil menghasilkan tanaman yang memiliki
ketahanan yang lebih tinggi terhadap serangan hama, penyakit, dan kondisi
lingkungan yang ekstrem. Tidak hanya itu saja, perkembangan bioteknologi
pertanian juga memberikan kemungkinan untuk melakukan modifikasi genetik
pada tanaman guna meningkatkan kualitas hasil panen seperti rasa, tekstur, dan
nilai gizi. Inovasi dalam bidang bioteknologi telah memberikan solusi dalam
menghadapi masalah kekurangan pangan secara global. Hal ini tercapai dengan
cara meningkatkan produktivitas pertanian dan mengurangi kerugian hasil panen
yang disebabkan oleh faktor-faktor eksternal.
Isolasi DNA merupakan tahapan yang sangat penting dalam bioteknologi
pertanian serta berbagai aplikasi bioteknologi lainnya. Dalam proses isolasi DNA,
dilakukan pemisahan dan ekstraksi material genetik dari sel-sel tanaman atau
organisme target. Sastra tentang kemajuan Teknik isolasi DNA telah mengalami
perkembangan pesat, dengan metode kimia, mekanis, dan enzimatik sebagai
contohnya. DNA yang berhasil diisolasi dapat memiliki berbagai manfaat
tergantung pada tujuan penggunaannya. Misalnya, DNA tersebut dapat digunakan
untuk menganalisis genetik, mengidentifikasi varietas tanaman tertentu, atau
bahkan merancang tanaman transgenik. Merupakan tahap awal yang sangat penting
dalam berbagai penelitian bioteknologi pertanian, isolasi DNA hasil yang akurat
dan berkualitas tinggi turut membantu dalam pengembangan inovasi genetika untuk
pertanian yang berkelanjutan.
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum isolasi DNA, yaitu sebagai berikut:
a. Mengetahui pengertian dari DNA
b. Mengetahui pengertian dan tujuan dari isolasi DNA
c. Mengetahui jenis-jenis metode isolasi DNA
 d. Mengaplikasikan teknik-teknik dasar yang digunakan dalam
pemisahan dan pengambilan DNA
1.3 Manfaat
Adapun manfaat dari praktikum isolasi DNA, yaitu sebagai berikut:
a. Dapat memahami pengertian dari DNA
b. Dapat memahami pengertian dan tujuan dari isolasi DNA
c. Dapat memahami jenis-jenis metode isolasi DNA
d. Dapat mengaplikasikan teknik-teknik dasar yang digunakan dalam
pemisahan dan pengambilan DNA
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Pengertian DNA

DNA adalah polinukleotida dengan untai ganda yang terdiri dari beberapa
komponen penting, seperti gula deoksiribosa, gugus fosfat, dan basa nitrogen
(adenin, guanin, timin, dan sitosin). DNA terdiri dari serangkaian nukleotida yang
saling terhubung melalui ikatan fosfodiester yang terbentuk antara gula pentosa dan
gugus fosfat. Pada sisi lain, ikatan hidrogen terbentuk di antara pasangan basa
nitrogen untuk menghubungkan untai ganda DNA. Dalam DNA, terdapat pasangan
basa nitrogen yang terdiri dari adenin dan timin yang terhubung oleh dua ikatan
hidrogen, dan guanin dan sitosin yang terhubung oleh tiga ikatan hydrogen
(Nur’aini et al., 2019). Pada dasarnya, setiap makhluk hidup memiliki DNA yang
terletak di dalam sel-sel tubuhnya, terutama di dalam nukleus. DNA memainkan
peran yang luar biasa penting dalam mentransmisikan informasi genetik dari
generasi tua ke generasi muda. Menurut model DNA yang diusulkan oleh Watson
dan Crick, satu putaran penuh DNA terdiri dari 10 basa. Jarak antara setiap basa
adalah sekitar 3,4A, dan lebar molekul DNA yang membentuk heliks ganda adalah
sekitar 20A (Agus, 2018).
2.2 Pengertian Isolasi DNA
Isolasi DNA adalah salah satu langkah pertama sebelum analisis DNA. Isolasi
menurut definisinya adalah suatu cara pemisahan untuk memperoleh senyawa yang
dimurnikan, sehingga dapat disebut juga pemurnian; sedangkan ekstraksi adalah
proses pemindahan satu atau lebih senyawa yang diinginkan (analit) dari sampel
(matriks) melalui pelarut ke lokasi yang terpisah secara fisik di mana pemrosesan
lebih lanjut dapat dilakukan. Saat membersihkan senyawa, beberapa ekstraksi dapat
dilakukan untuk menghilangkan benda asing atau kotoran (Regina, 2022).
2.3 Tujuan Isolasi DNA
Tujuan isolasi DNA adalah untuk memisahkan DNA dari komponen lain
seperti lipid, protein, polisakarida, dan bahan-bahan lainnya yang ada. Isolasi DNA
memiliki banyak kegunaan dalam analisis molekuler dan rekayasa genetika, seperti
genom editing, transformasi, dan PCR (Hariyadi et al., 2018).
2.4 Jenis-Jenis Metode Isolasi DNA
Ada dua metode yang dapat digunakan untuk mengisolasi DNA tanaman.
Metode pertama adalah metode CTAB (cetyl-trimethyl-ammonium bromide),
sementara metode kedua adalah metode SDS (sodium dedocylsulfate). Detergen
CTAB dan SDS bekerja untuk melisis DNA pada tanaman. Perbedaan
kelarutannyalah yang membuat CTAB mampu memisahkan polisakarida dari
DNA. Pada proses lanjutan penggunaan DNA, polisakarida memiliki kemampuan
untuk menghambat aktivitas enzim, seperti yang terjadi pada PCR. Isolasi DNA
dengan menggunakan DNA isolation kit juga menjadi salah satu metode yang
sangat praktis, meskipun biayanya cukup tinggi. Pengetahuan tentang beberapa
metode dasar isolasi juga penting untuk menentukan metode yang paling efisien
dalam mengisolasi DNA pada kondisi tertentu seperti jumlah bahan tanaman
terbatas, jumlah sampel besar, sampel mengandung banyak pengotor, dan
sebagainya, diperlukan adanya analisis DNA (Wahyuni, 2017)
 BAB III
METODOLOGI

3.1 Alat dan Fungsi

Tabel 1. Alat dan fungsi
No Alat Fungsi
1 Mortar dan Pistil Untuk menghaluskan daun spesimen
2 Tips Untuk mengambil supernatant
3 Gelas ukur Untuk mengkur larutan
4 Tubes 1,5 ml Sebagai wadah spesimen
5 Gunting Untuk memotong spesimen
6 Plastik Pembungkus
7 Mikropipet Untuk mengambil larutan
8 Spatula Untuk mengambil dan mengaduk bahan praktikum
9 Erlenmeyer Sebagai wadah larutan
10 Microwave Untuk mempercepat proses penghancuran dan
pemecahan sel dan inti sel
11 Mesin PCR Untuk mendeteksi material genetik
12 Oven Untuk menginkubasi spesimen
13 Vortex Untuk menghomogenkan larutan
14 Timbangan analitik Untuk menimbang spesimen yang digunakan
15 Stirer Untuk menghomogenkan larutan
16 pH meter Untuk mengukur pH
17 Mesin elektroforesis Untuk mengamati hasil amplifikasi dari DNA
18 Inkubator Sebagai tempat inkubasi spesimen
19 Centrifuge Untuk memisahkan antara supernatant dan residu
20 Autoclave Untuk menghomogenkan larutan
21 Lemari es Untuk menyimpan hasil isolasi DNA
22 Gel doc Untuk mendeteksi pita-pita DNA
3.2 Bahan dan Fungsi
Tabel 2. Bahan dan fungsi
No Alat Fungsi
1 Daun sawi dan Sebagai spesimen praktikum
jagung
2 Kit isolasi DNA Untuk mengisolasi serta memurnikan DNA
tanaman (promega)
3 Nitrogen cair Untuk merusak dinding sel pada daun
4 Buffer TE Melindungi DNA ketika terjadi reaksi kimia
5 RNAse Untuk menghancurkan RNA yang ada pada dalam
sampel
6 Ethanol 70% Untuk mencegah terjadinya browning dan
kontaminasi
7 Isopropanol Untuk menggumpalkan DNA
8 DNA ladder Sebagai perbandingan berat fragmen DNA
9 Agarosa Untuk mendeteksi kompleks antigen-antibodi
10 Buffer elektroforesis ) Untuk menjaga struktur DNA selama proses lisis
(TAE/TBE dan pemurnian
11 Loading dye Sebagai penanda pergerakan DNA dalam gel
agarosa
12 Ethdium bromida Untuk pewarnaan DNA hasil elektroforesis gel
agarosa
13 PCR reaction kit Untuk megamplifikasi DNA dari sampel
14 Primer mikrosatelit Untuk mereplikasi genom sampel
SSR

3.3 Diagram Alir

Menyiapkan seluruh bahan yang digunakan (Isolation Genomic DNA Kit

Promega)
 Menimbang 0,1 g sampel daun

Memasukkan 600 µL Nucleic Lysis Solution ke dalam tube ukuran 1,5 mL

dan menambahkan sampel daun yang sudah dihaluskan lalu menutup
kembali tube dan diberi label

Memasukkan ke dalam mortar, menambahkan N2 cair dan segera digerus

sampai halus dan jangan sampai mencair

Menambahkan 3 µL RNAse dan menghomogenkan dengan cara inverting

Menginkubasi pada temperature 37°C selama 15 menit

Menambahkan 200 µL Protein Precipitation Solution

Memvortex larutan selama 20 detik

Melakukan sentrifuge pada kecepatan 13.000 rpm selama 3 menit

Memindahkan supernatant secara hati-hati pada bagian atas ke dalam tube

baru 1,5 mL dan jangan sampai residu ikut terpipet.

Menambahkan 600 µL isopropanol pada temperature ruang

Menghomogenkan dengan pelan dengan cara inverting atau tap/bolak-

balik
Sentrifuge pada kecepatan 13.000 rpm selama 1 menit pada temperature
ruang

Menambahkan 600 µL ethanol pada temperature ruang dan

menghomogenkan secara perlahan

Sentrifuge pada kecepatan 13.000 rpm selama 1 menit pada temperatur

ruang

Membuang supernatant secara hati-hati dan jangan sampai pellet pada

bagian bawah ikut terbuang

Mengering anginkan sisa ethanol selama 15 menit dengan cara dibalik

dengan alas kertas tissue

Menambahkan DNA Rehydration sebanyak 100 µL dan melarutkan pellet

DNA dengan cara mengetuk-jetuk tube secara perlahan

Menginkubasi pada temperatur 65°C selama 1 jam atau menginkubasi

pada temperature 4°C selama 1 malam

Isolat DNA

Menyimpan isolate dalam freezer pada temperatur 2-8°C.

 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil
Berdasarkan praktikum yang telah dilaksanakan, didapati hasil sebagai
berikut:

Gambar 1. Hasil isolasi DNA

Hasil dari praktikum menunjukkan bahwa pada sampel A1 menunjukkan
hasil yang baik secara kualitas maupun kuantitas daripada A2 karena pada hasil
sampel tersebut menunjukkan DNA murni yang terambil banyak dan juga residu
yang terikut dalam proses pengambilan DNA tidak ada. Pada sampel A2,
mempunyai kualitas yang kurang karena hasil isolasi menunjukkan bahwa residu
yang ikut terambil banyak.
4.2 Pembahasan
Berdasarkan gambar hasil isolasi DNA daun sawi dan daun jagung
menunjukan bahwa pada sampel A1 yaitu daun sawi terdapat garis putih tebal pada
bagian atas dan sedikit sekali garis panjang pada bagian bawah yang berarti DNA
terisolasi lebih banyak dibandingkan jumlah residu yang terambil jumlahnya lebih
sedikit. Sedangkan pada sampel A2 yaitu daun jagung menunjukkan bahwa
terdapat garis panjang berwarna putih keabuan yang berarti ada sedikit DNA yang
terisolasi bersama dengan residu yang banyak dibandingkan dengan sampel A1.
Residu pada sampel A2 ditunjukkan dengan garis memanjang dari bagian
bawah hingga atas yang berwarna putih keabuan. Residu pada sampel A2 yang
dimaksud adalah berupa RNA atau protein yang ada pada saat proses isolasi DNA
dilakukan. Hal ini disebabkan oleh keberadaan jumlah RNA yang lebih banyak
pada daun tanaman jagung (Fatmawati, 2017).
4.3 Studi Literatur Hasil Isolasi DNA
Pita DNA yang tebal dan mengumpul menunjukkan konsentrasi yang tinggi
dan DNA total yang diekstrak dalam keadaan utuh. Sementara itu, pita DNA yang
terlihat menyebar mengindikasikan adanya ikatan terputus antara molekul DNA
selama proses ekstraksi, yang menyebabkan genom DNA terpisah menjadi fragmen
yang lebih kecil. Terputusnya ikatan antar molekul ini bisa terjadi karena gerakan
fisik yang berlebihan saat proses pemipetan, saat ada pergantian arah dalam
ependorf, saat disentrifus, atau bahkan karena perbedaan suhu yang ekstrem, seperti
suhu yang terlalu tinggi ataupun karena aktivitas bahan-bahan kimia tertentu
(Ludyasari, 2014).
Kemurnian DNA sangat dipengaruhi oleh beberapa faktor teknis yang timbul
pada saat proses isolasi, salah satunya adalah perpindahan supernatan yang
mengandung DNA ke tabung Ependorf baru setelah inkubasi dan proses
pengeringan isolat. Pemindahan supernatan harus dilakukan dengan hati-hati agar
jaringan seluler yang rusak di dasar tabung tidak hilang, sedangkan pengeringan
butiran DNA pada tahap akhir isolasi harus benar-benar kering. larutan pembersih
sebelumnya. Jika pengeringan tidak sempurna, larutan pembersih seperti alkohol
dan etanol dapat mengurangi kemurnian DNA selama pengukuran
spektrofotometri. Selain tinggi rendahnya kemurnian DNA, ada beberapa faktor
yang mempengaruhi konsentrasi DNA yang dihasilkan pada proses isolasi DNA,
seperti lama inkubasi, suhu yang digunakan, sumber DNA, merek kit yang
digunakan dan kompetensi DNA. peneliti dalam prosesnya (Wardana dan Mushlih,
2021).
 BAB V
PENUTUP

5.1 Kesimpulan
DNA adalah molekul polinukleotida dengan untai ganda yang kritis dalam
penyimpanan informasi genetik pada semua makhluk hidup. DNA tersusun dari
gula deoksiribosa, gugus fosfat, dan empat jenis basa nitrogen, yaitu adenin, guanin,
timin, dan sitosin. Ikatan fosfodiester menghubungkan nukleotida dalam untai
ganda DNA, sementara ikatan hidrogen membentuk pasangan basa antara adenin
dan timin (dengan dua ikatan) serta guanin dan sitosin (dengan tiga ikatan). DNA
adalah inti genetik yang terdapat di dalam nukleus sel dan memainkan peran
penting dalam mentransmisikan warisan genetik dari satu generasi ke generasi
berikutnya. Watson dan Crick mengungkapkan struktur DNA sebagai heliks ganda
dengan jarak antara setiap basa sekitar 3,4 angstrom dan lebar molekul DNA sekitar
20 angstrom. Isolasi DNA merupakan langkah awal penting sebelum analisis
molekuler dan rekayasa genetika, memungkinkan pemisahan DNA dari komponen
lain seperti lipid, protein, dan polisakarida. Metode isolasi termasuk metode CTAB
dan SDS, yang menggunakan detergen untuk melisis DNA pada tanaman, serta
penggunaan kit isolasi DNA yang praktis namun biayanya tinggi. Pengetahuan
tentang metode isolasi menjadi kunci dalam menentukan metode yang efisien
tergantung pada kondisi sampel dan kebutuhan analisis DNA yang dilakukan.
5.2 Saran
Menyadari bahwa penulisan laporan ini jauh dari sempurna, kedepannya
penulis akan lebih rinci dan jelas dalam menjelaskan disertai sumber-sumber yang
lebih banyak yang dapat dipertanggung jawabkan.
 DAFTAR PUSTAKA

Agus, R. 2018. Dasar-Dasar Biologi Molekuler: Basics Of Molecular Biology (Ind

Sub) (Vol. 1). Celebes Media Perkasa.
Fatmawati, Y., Purwantoro, A., & Basunanda, P. 2017. Keragaman Morfologi Dan
Molekuler Empat Kelompok Kultivar Jagung (Zea mays L.). Vegetalika,
6(3), 50-64
Hariyadi, S., Narulita, E., & Rais, M. A. 2018. Perbandingan Metode Lisis Jaringan
Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih
(Rattus novergicus). In Proceeding Biology Education Conference (Vol. 15,
No. 1, pp. 689-692).
Ludyasari, A. 2014. Pengaruh suhu annealing pada program PCR terhadap
keberhasilan amplifikasi DNA udang jari (Metapenaeus elegan) laguna
segara anakan Cilacap Jawa Tengah (Doctoral dissertation, Universitas
Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim).
Nur’aini, S., Mukaromah, A. S., & Muhlisoh, S. 2019. Pengenalan
deoxyribonucleic acid (DNA) dengan marker-based augmented
reality. Walisongo Journal of Information Technology, 1(2), 91-100.
Regina, F. 2022. KUALITAS DNA MEMBRAN CANGKANG TELUR MALEO
(Macrocephalon maleo) BERDASAR VARIASI METODE ISOLASI
DNA (Doctoral dissertation, Universitas Atma Jaya Yogyakarta).
Wahyuni, F. D. 2017. BIOLOGI MOLEKULER. Universitas Esa Unggul.
Wardana, A. C., & Mushlih, M. 2021. Comparison the quality of template DNA
isolated by column method with and without centrifugation. Indonesian
Journal of Innovation Studies, 15, 10-21070.
DOKUMENTASI