ISOLASI DNA

LAPORAN PRAKTIKUM
disusun untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi Molekuler
dosen pengampu:
Dr. Any Fitriani, M.Si.
Dr. Hj. Diah Kusumawaty, M.Si.

oleh:
Kelas C 2017
Kelompok 6
Amanah Muthmainnah Idris 1703093
Dwi Lestari Damayanti 1700622
Miftah Agung Fauzi 1704248
Putu Chandra Swandewi 1700518

PROGRAM STUDI BIOLOGI

DEPARTEMEN PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA
BANDUNG
2019
A. Judul
Isolasi DNA

B. Tujuan
1. Mengetahui cara mengisolasi DNA tumbuhan, hewan dan bakteri
2. Mengetahui hasil elektroforesiss DNA tumbuhan, hewan dan bakteri
3. Menghitung konsentrasi DNA dan Rasio DNA tumbuhan, hewan, bakteri
4. Mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi kuantitas dan kualitas DNA
hasil isolasi

C. Dasar Teori
1. Pengertian DNA
DNA merupakan materi yang membentuk kromosom-kromosom dan
juga merupakan informasi genetik yang tersimpan dalam tubuh makhluk
hidup. Informasi genetik ini pada dasarnya merupakan kumpulan
instruksi/perintah yang mengatur sel untuk bisa melakukan hal-hal
tertentu. DNA singkatan darideoxyribonucleic acid, atau dalam Bahasa
Indonesia disebut dengan Asam Deoksiribosa Nukleat atau ADN.
Kata deoxyrybo mengacu pada nama gula yang terkandung dalam DNA,
yaitu deoxyrybose (deoksiribosa) (Tohib, 2012).

2. Pengertian Isolasi DNA

Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk
berbagai macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui
elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan
DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Isolasi DNA
adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau
lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer
ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).
Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA (Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008).
 Menurut Surzycki (2000), ada beberapa hal yang perlu diperhatikan
dalam proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan DNA tanpa
adanya kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya harus efektif dan
bisa dilakukan untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh
mengubah struktur dan fungsi molekul DNA; dan metodenya harus
sederhana dan cepat.

3. Macam metode Isolasi DNA

Macam metode isolasi DNA sebagai berikut :
a. Teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Teknik pengujian polimorfisme DNA berdasarkan pada amplifikasi dari
segmen-segmen DNA acak yang menggunakan primer tunggal yang
sekuen nukleotidanya ditentukan secara acak. Primer tunggal ini
biasanya berukuran 10 basa. PCR dilakukan pada suhu anealing yang
rendah yang memungkinkan primer menempel pada beberapa lokus
pada DNA. Aturan sederhana untuk primer adalah terdiri atas 18- 28
susunan basa dengan persentase G+C 50-60% (Subandiyah,2006).
b. Metode CTAB
Menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan
DNA dari polisakarida karena adanya perbedaan karakteristik kelarutan
(differensial of solubility). Disamping deperoleh fragmen DNA, dengan
metode CTAB juga akan diperoleh RNA dengan pita tipis yang terletak
jauh berada di bawah pita DNA. Keberadaan pita RNA tergantung
bahan yang diekstraksi (Prasetyo, 2008).
c. Phenol:chloroform
Menggunakan senyawa Phenol-choloroform-isoamyl alcohol, Metode
standard untuk ekstraksi DNA,Akhir-akhir ini ditinggalkan, karena sifat
toksik phenol.
d. SaltingOut
Menggunakan garam konsentrasi tinggii (NaCl 6 M), untuk
medenaturisasi protein menggunakan Proteinase K untuk denaturasi
protein.
 e. Guanidine isothiocyanate
Metode ini lebih cepat dibanding dua metode sebelumnya, Thiocyanate
bersifat toksik, untuk lisis dinding sel , Memerlukan chloroform untuk
denaturasi protein. Silica Gel Silica gel dapat mengikat DNA dengan
perantaraan garam/buffer tertentu (NaI), Cepat, tetapi recovery DNA
kurang (Barnum 2005).
f. PCR (Polymerase Chain Reaction)
PCR Merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan
DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah
primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas
daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya
komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan
proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif
(Giri, 2004)

4.Tahapan Isolasi DNA

a. Isolasi jaringan
Tahap pertama yang dilakukan yaitu mengisolasi jaringan yang ingin
digunakan.
b. Pelisisan dinding dan membran sel
Tahap selanjutnya yaitu melisiskan dinding dan membran sel dengan
cara penggerusan (homogenasi), sentrifugasi dengan kecepatan lebih
dari 10.000 rpm atau dengan menggunakan larutan pelisis sel atau
buffer ekstraksi. Inti sel harus dilisiskan, karena substansi gen yang
diinginkan ada didalamnya. Penambahan larutan pelisis sel ini
bertujuan untuk melisiskan sel yang tidak mengandung DNA agar sel
yang mengandung inti sel dapat diisolasi atau dipisahkan dari
komponen-komponen sel lainnya yang tidak berfungsi.
c. Pengekstraksian dalam larutan
Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang dan kemudian
dilakukan ekstraksi di dalam larutan. Hal tersebut bertujuan agar
didapat ekstrak.
 d. Purifikasi
Tahap ini bertujuan untuk membersihkan hasil ekstrak dari zat-zat
lainnya. Pada larutan tersebut kemudian diberikan RNAse dan
diinkubasi selama 10 menit pada suhu 65°C. Hal tersebut bertujuan
untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh
temperatur. Penambahan RNAse berguna untuk menyingkirkan
kontaminasi RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh.
e. Presipitasi
Tahap terakhir, yaitu presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein
histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan
berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi
terlihat. Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan
presipitasi protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk
menghomogenkan larutan. Larutan presipitasi protein terdiri atas
amonium asetat yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan
terbentuknya senyawa baru dengan kelarutan lebih rendah, sehingga
menyebabkan protein mengendap. Larutan tersebut kemudian
disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan 13.000 rpm.
Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan
berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga
substansi \yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi
yang lebih ringan akan terletak di atas (Barnum 2005).

D. Alat dan Bahan

1) Isolasi DNA
Tabel D.1.1 Alat yang Digunakan untuk Isolasi DNA
No. Nama Alat Jumlah
1. Mikropipet (0,5-20 μl, 20-200 μl, 200-1000 μl) Masing-masing 1 buah
2. Tips Steril 1000 μl, 200 μl, 20 μl Secukupnya
3. Microtube 1,5 ml Secukupnya
4. Tisu steril Secukupnya
5. Centrifuge 1 buah
6. Micropestle 1 buah
7. Jarum Inokulasi 1 buah
 Tabel D.1.2 Bahan yang Digunakan untuk Isolasi DNA
No. Nama Alat Jumlah
1. Daun tanaman selada bokor (Lactuca sativa) Secukupnya
2. Kultur Bakteri Escherichia coli Secukupnya
3. Drosophila sp. 3-4 ekor
4. Buffer ekstraksi (SDS 1%, NaCl 0,5 M) 5 ml
5. Reagen presipitasi (Isopropanol) 5 ml
6. Reagen pencuci (Ethanol 70%) 5 ml
7. ddH2O 10 ml
8. Es Batu yang dihaluskan Secukupnya

2) Uji Kuantitatif DNA

Tabel D.2.1 Alat yang Digunakan untuk Uji Kuantitatif DNA
No. Nama Alat Jumlah
1. Mikropipet (0,5-20 μl, 20-200 μl, 200-1000 μl) Masing-masing 1 buah
2. Tips Steril 1000 μl, 200 μl, 20 μl Secukupnya
3. Microtube 1,5 ml Secukupnya
4. Tisu steril Secukupnya
5. Spektrofotometer 1 buah
6. Kuvet 1 buah

Tabel D.2.2 Bahan yang Digunakan untuk Uji Kuantitatif DNA

No. Nama Alat Jumlah
Hasil isolasi DNA daun tanaman selada bokor (Lactuca
1. 5 𝜇𝑙
sativa)
2. Hasil Isolasi DNA bakteri Escherichia coli 5 𝜇𝑙
3. Hasil Isolasi DNA Drosophila sp. 5 𝜇𝑙
4. Deion 1 ml
5.. Es Batu yang dihaluskan Secukupnya

3) Uji Kualitatif DNA

Tabel D.3.1 Alat yang Digunakan untuk Uji Kualitatif DNA
No. Nama Alat Jumlah
1. Mikropipet (0,5-20 μl) 1 buah
2. Tips Steril 20 μl Secukupnya
 No Nama Alat Jumlah
3. Microtube 1,5 ml Secukupnya
4. Elektroforesis Secukupnya

Tabel D.3.2 Bahan yang Digunakan untuk Uji Kuantitatif DNA

No. Nama Alat Jumlah
Hasil isolasi DNA daun tanaman selada bokor (Lactuca
1. 5 𝜇𝑙
sativa)
2. Hasil Isolasi DNA bakteri Escherichia coli 5 𝜇𝑙
3. Hasil Isolasi DNA Drosophila sp. 5 𝜇𝑙
4. Gel Agarose Secukupnya
5. Loading dye Secukupnya
6. DNA Marker Secukupnya

E. Langkah Kerja
1) Isolasi DNA Tumbuhan

Potongan daun
Lactuca sativa
ditumbuk hingga
mencapai 0,1

Bagan Alir E.1 Langkah Kerja Isolasi DNA Tumbuhan

 2) Isolasi DNA Hewan

Bagan Alir E.2 Langkah Kerja Isolasi DNA Hewan

3) Isolasi DNA Bakteri

a. Direct

Bakteri E.coli yang terdapat

Bakteri yang sudah
pada cawan petri diambil
diambil, dipindahkan ke
dengan menggunakan jarum
dalam microtube
inokulasi

Bagan Alir E.3.a Langkah Kerja Isolasi DNA Bakteri Secara Direct
 b. Indirect + Sentrifuge

Bagan Alir E.3.b Langkah Kerja Isolasi DNA Bakteri Secara Indirect + Setrifuge

c. Indirect

Bagan Alir E.3.c Langkah Kerja Isolasi DNA Bakteri Secara Indirect
 4) Uji Kuantitatif DNA

5 µl Isolasi DNA dari Tambahkan de-ion

tumbuhan, hewan dan sebanyak 495 µl dan
bakteri diambil. pindahlan ke kemudian homogenkan
microtube baru menggunakan micropipet

Tekan tombol agar Masukkan homogenat

dilakukan pembacaan
Lakukan berulang
dengan panjang
sebanyak 3 kali
gelombang 260 dan
280
kedalam kuvet
spektofotometer. bersihkan
sekeliling kuvet agar hasil
terlihat jelas

Bagan Alir E.4 Langkah Kerja Uji Kuantitatif DNA

5) Uji Kualitatif DNA

0.375 gr agarose
Campuran
dimasukkan dalam
dihomogenkan Gel agarose
buffer TAE 1x
menggunakan Gel dimasukkan
sebanyak 25 µl,
microwave didinginkan kedalam tray yang
sehingga diperoleh
selama 45 detik sudah disiapkan
konsentrasi agarose
- 1.5 menit
sebesar 1-2%

Loading Dye
Sampel
Dimogenkan ditambahkan Gel dibiarkan
dimasukkan ke
dengan cara ke dalam mengeras selama
dalam sumur yang
pipetting sampel 45 menit - 1 jam
terdapat dalam gel
sebanyak 1 µl

Dilakukan
Alat dipasangkan dielektroforesis Direndam
pewarnaan Divisualisasi
dan pada daya 100 dalam aquades
dengan cara menggunakan
disambungkan ke volt selama 30 selaa 10-15
ditambahkan EtBr sinar UV
sumber listrik menit menit
sebanyak 500 ml

Bagan Alir E.5 Langkah Kerja Uji Kualitatif DNA

F. Hasil Pengamatan
1) Persiapan Bahan Isolasi DNA
Tabel F.1.1. Hasil Pengamatan Persiapan Bahan Isolasi DNA
Jumlah Yang
No. Nama Bahan Cara Hitung
Dibutuhkan
5
100
𝑥100 = 5 𝑔𝑟 SDS
1. SDS 5% 100 ml
Dilarutkan dengan aquades hingga 100 ml
𝑚 1000
𝑀= 𝑥
𝑚𝑟 𝑁𝑎𝐶𝑙 𝑉
𝑚 1000
5= 𝑥
58,5 50
2. NaCl 5M 50 ml
5 𝑥 58,5
𝑚=
20
𝑚 = 14,625 𝑔𝑟 NaCl
Dilarutkan dengan aquades hingga 50 ml
SDS 1%
V1 . M1 = V2 . M2
V1 . 0,05 = 20 . 0,01
0,2
Buffer Ekstrasi V1 =
0,05
= 4 𝑚𝑙
3. [ SDS 1% dan NaCl 20 ml NaCl 0,5 M
0,5 M) V1 . M1 = V2 . M2
V1 . 5 = 20 . 0,5
10
V1 = = 2 𝑚𝑙
5
Dilarutkan dengan aquades 14 ml
Mengaliquot 10 ml dari Isopropanol yang ada
4. Isopropanol 10 ml
yaitu 100 ml
V1 . M1 = V2 . M2
V1 . 96 = 100 . 70
5. Ethanol 70% 100 ml 7000
V1 =
96
= 73 𝑚𝑙 Ethanol
Dilarutkan dengan 27 ml aquades
2) Isolasi DNA Tumbuhan
Tabel F.2.1. Hasil Isolasi DNA Tumbuhan
No. Nama Tumbuhan Hasil Isolasi DNA Keterangan

Warna larutan bening, ada

Daun Lactuca sativa
1. endapan berwarna hijau
(Daun Selada Bokor)
kecoklatan
Gambar F.2.1.1 Hasil
Isolasi DNA Tumbuhan
(Dok. Kelompok 6, 2019)

Tabel F.2.2. Hasil Spektrofotometer DNA Tumbuhan Lactuca sativa

Kelompok 6
No. Å260 Å280 Konsentrasi DNA Rasio

= Å260 x 50 x Faktor Pengenceran Å260

=
Å280
= 0,854 𝑥 50 𝑥 100
1. 0,854 0,525 0,854
= 4270 𝜇𝑔/𝑚𝑙 =
0,525
= 4,27𝜇𝑔/𝜇𝑙 = 1,626
𝑉𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒 𝑇𝑜𝑡𝑎𝑙 500
*Faktor pengenceran = 𝑉𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒 𝑠𝑎𝑚𝑝𝑒𝑙 = = 100
5

Tabel F.2.3. Hasil Spektrofotometer DNA Tumbuhan Kelas C 2017

Konsentrasi
Kelompok Nama Tumbuhan Å260 Å280 DNA Rasio
(μg/μl)
1 0,231 0,177 1,155 1,365
Amaranthus sp.
2 0,181 0,117 0,905 1,547
3 0,0713 0,0476 0,3565 1,497
Ipomea aquatica
4 0,1 0,07 0,5 1,4
5 0,093 0,081 0,465 1,148
Lactuca sativa
6 0,854 0,525 4,27 1,626
7 Mentha piperita 0,988 0,631 4,94 1,565
 Tabel F.2.4. Hasil Elektroforesis DNA Tumbuhan Lactuca sativa
No. Foto Hasil Elektroforesis Keterangan

1. DNA terisolasi

Gambar F.2.4.1 Hasil Elektroforesis DNATumbuhan

(Dok. Pribadi, 2019)

3) Isolasi DNA Hewan

Tabel F.3.1. Hasil Isolasi DNA Hewan
No. Nama Hewan Hasil Isolasi DNA Keterangan

Warna larutan sedikit

1. Drosophila sp. kecoklatan, ada sedikit
endapan berwarna coklat
Gambar F.3.1.1 Hasil
Isolasi DNA Hewan
(Dok. Kelompok 6, 2019)

Tabel F.3.2. Hasil Spektrofotometer DNA Hewan Drosophila sp.

Kelompok 6
No. Å260 Å280 Konsentrasi DNA Rasio

= Å260 x 50 x Faktor Pengenceran Å260

=
Å280
= 0,0056 𝑥 50 𝑥 100
1. 0,0056 0,006 0,0056
= 28 𝜇𝑔/𝑚𝑙 =
0,006
= 0,028 𝜇𝑔/𝜇𝑙 = 0,933
𝑉𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒 𝑇𝑜𝑡𝑎𝑙 500
*Faktor pengenceran = 𝑉𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒 𝑠𝑎𝑚𝑝𝑒𝑙 = = 100
5
 Tabel F.3.3. Hasil Spektrofotometer DNA Hewan Kelas C 2017
Konsentrasi DNA
Kelompok Nama Hewan Å260 Å280 Rasio
(μg/μl)
1 0,004 0,003 0,02 1,333
2 0,0053 0,0056 0,0265 0,946
Tidak
3 0,0006 0 0,003
terdefinisikan
Drosophila sp.
4 0,012 0,012 0,06 1
5 0 -0,002 0 0
6 0,0056 0,006 0,028 0,933
7 0,004 0,003 0,015 1,333

Tabel F.3.4. Hasil Elektroforesis DNA Hewan Drosophila sp.

No. Foto Hasil Elektroforesis Keterangan

Tidak ada DNA yang

1.
terisolasi

Gambar F.3.4.1 Hasil Elektroforesis DNA Hewan

(Dok. Pribadi, 2019)

4) Isolasi DNA Bakteri

Tabel F.4.1. Hasil Isolasi DNA Bakteri
No. Nama Hewan Hasil Isolasi DNA Keterangan

Warna larutan bening, tidak

1. Escherichia coli
terlihat adanya endapan

Gambar F.4.1.1 Hasil

Isolasi DNA Bakteri
(Dok. Kelompok 6, 2019)
Tabel F.4.2. Hasil Spektrofotometer DNA Bakteri Escherichia coli Kelompok 6
No. Å260 Å280 Konsentrasi DNA Rasio

= Å260 x 50 x Faktor Pengenceran Å260

=
Å280
= 0,03 𝑥 50 𝑥 100
1. 0,03 0,027 0,03
= 150 𝜇𝑔/𝑚𝑙 =
0,027
= 0,15 𝜇𝑔/𝜇𝑙 = 1,111
𝑉𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒 𝑇𝑜𝑡𝑎𝑙 500
*Faktor pengenceran = 𝑉𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒 𝑠𝑎𝑚𝑝𝑒𝑙 = = 100
5

Tabel F.4.3. Hasil Spektrofotometer DNA Bakteri Kelas C 2017

Konsentrasi
Kelompok Nama Hewan Å260 Å280 DNA Rasio
(μg/μl)
1 0,021 0,017 0,105 1,235
2 0,0056 0,0063 0,0028 0,888
3 0,0003 -0,0003 0,0015 -1
4 Escherichia coli 0,015 0,013 0,075 1,25
5 0,007 0,006 0,035 1,166
6 0,03 0,027 0,15 1,111
7 0,003 0,003 0,02 1

Tabel F.4.4. Hasil Elektroforesis DNA Bakteri Escherichia coli

No. Foto Hasil Elektroforesis Keterangan

Tidak ada DNA yang

1.
terisolasi

Gambar F.4.4.1 Hasil Elektroforesis DNA Bakteri

(Dok. Pribadi, 2019)

G. Pembahasan
DNA yang telah diisolasi diuji secara kualitatif dan kuantitatif. Pada uji
kualitatif kita menngunakan metode dengan cara Elektoforesis untuk
mengetahui ukuran DNA, sedangkan uji kuantitatif dengan cara
Spektofotometer untuk menguji kemurnian DNA.
1. Isolasi DNA Tanaman
Berdasarkan hasil pengamatan yang telah dilakukan dengan uji
spektofotometer pada Panjang gelombang A260 dan A280, isolasi DNA
Lactuva sativa memiliki hasil ratio 1,626 dari Panjang gelombang A260 =
0,854 dan A280 = 0,525. Hal ini menunjukan bahwa hasil isolasi DNA
tidak murni, karena memiliki nilai ratio yang kurang dari ketetapan
standar yaitu 1,8. Kemungkinan hal ini terjadi karena adanya kontaminan
pada saat melakukan tahap proses mengisolasi DNA, kontaminan yang
ada biasanya kontaminan oleh protein yang menyebabkan nilai ratio tidak
sesuai.
Ukuran DNA ditentukan berdasarkan hasil elektroforesis yang
telah dilakukan pada lactuva sativa untuk menentukan ukuran DNA. Pita
DNA L. sativa terbaca, namun tidak terlihat jelas dan hanya terlihat smear
dibagian atas. Hal ini bisa terjadi karena adanya kesalahan teknis saat
melakukan isolasi DNA yaitu daun yang dihaluskan masih belum cukup
halus sehingga DNA yang diperoleh terkontaminasi dan menyebabkan
pita DNA tipis dan tidak jelas.

2. Isolasi DNA Hewan

Berdasarkan hasil pengamatan yang telah dilakukan dengan uji
spektofotometer pada Panjang gelombang A260 dan A280, isolasi DNA
Drosophila sp. memiliki hasil ratio 0,933 dari Panjang gelombang A260 =
0,056 dan A280 = 0,006. Hal ini menunjukan bahwa hasil isolasi DNA
tidak murni, karena memiliki nilai ratio yang kurang dari ketetapan
standar yaitu 1,8. Kemungkinan hal ini terjadi karena adanya kontaminan
pada saat melakukan tahap proses mengisolasi DNA, kontaminan yang
ada biasanya kontaminan oleh protein yang menyebabkan nilai ratio tidak
sesuai.
Ukuran DNA ditentukan berdasarkan hasil elektroforesis yang
telah dilakukan pada Drosophila melanogaster untuk menentukan ukuran
 DNA. pita DNA Drosophila melanogaster yang diuji tidak dapat terlihat
sama sekali. Mungkin hal ini terjadi karena terlalu sedikit sampel yang
digunakan dan kesalan teknis pada tahap isolasi. Hal ini yang
menyebabkan data hasil isolasi tidak bisa dibaca.

3. Isolasi DNA Bakteri Escherichia coli

Berdasarkan hasil pengamatan yang telah dilakukan dengan uji
spektofotometer pada Panjang gelombang A260 dan A280, isolasi DNA
Escherichia coli memiliki hasil ratio 1,111 dari Panjang gelombang A260
= 0,03 dan A280 = 0,027. Hal ini menunjukan bahwa hasil isolasi DNA
tidak murni, karena memiliki nilai ratio yang kurang dari ketetapan
standar yaitu 1,8. Kemungkinan hal ini terjadi karena adanya kontaminan
pada saat melakukan tahap proses mengisolasi DNA, kontaminan yang
ada biasanya kontaminan oleh protein yang menyebabkan nilai ratio tidak
sesuai.
Ukuran DNA ditentukan berdasarkan hasil elektroforesis yang
telah dilakukan pada Escherichia coli untuk menentukan ukuran DNA.
pita DNA Escherichia coli yang diuji tidak dapat terlihat sama sekali.
Mungkin hal ini terjadi karena terlalu sedikit sampel yang digunakan dan
kesalan teknis pada tahap isolasi. Hal ini yang menyebabkan data hasil
isolasi tidak bisa dibaca.

H. Kesimpulan
Dari praktikum ini, dapat diambil simpulan sebagai berikut:
1) Prinsip dasar mengisolasi DNA memiliki kesamaan, baik saat mengisolasi
DNA tumbuhan, hewan maupun bakteri. Hanya perlakuan awal untuk
mengisolasi DNA bakteri ada tiga, yaitu direct, indirect yang dilanjut
dengan sentrifuge dan indirect tanpa dilanjutkan dengan sentrifuge.
Sedangkan untuk langkah awal isolasi DNA tumbuhan dan hewan sama,
yaitu tumbuk terlebih dahulu tumbuhan atau hewan yang akan digunakan.
2) Dari hasil elektroforesis isolasi DNA, terlihat bahwa isolasi DNA
tumbuhan yang terlihat hasilnya. Sedangkan untuk isolasi DNA hewan
dan bakteri tidak terlihat. Hal ini dapat disebabkan karena berbagai faktor.
3) Konsentrasi dan ratio pada DNA tumbuhan, hewan dan bakteri berbeda.
Pada tumbuhan memiliki konsentrasi 4.27 µg/µl dan ratio (kemurniaan)
1.626. Pada hewan memiliki konsentrasi 0.028 µg/µl dengan ratio 0.933.
Pada bakteri memiliki konsentrasi 0.15 µg/µl dengan ratio 1.111.
4) Ada faktor yang memengaruhi kuantitas dan kualitas dari isolasi DNA
sehingga mempengaruhi kemurniaannya. Salah satu faktor yang sangat
memengaruhi hasil isolasi DNA adalah tingkat kestrelian isolasi yang kita
buat. Apabila isolasi DNA yang dibuat mengalami kontaminasi, maka
hasil yang didapat kurang memuaskan atau bahkan tidak terbaca. Faktor
lain yang memengaruhi adalah jumlah organisme yang akan digunakan.
Seperti contoh pada isolasi DNA Drosophila sp. dimana hasil yang
didapatkan kurang memuaskan, bisa disebabkan karena adanya
kontaminan atau karena jumalh organisme yang digunakan terlalu sedikit.
 DAFTAR PUSTAKA

Albert, B., 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. PT. Gramedia Pustaka
Utama. Jakarta.
Barnum, Susan R. 2005. Biotechnology an Introduction, 2nd edition. USA :
Thomson Brooks/Cole.
Corkill, G., Rapley, R. 2008. The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Tools and
Techiques in Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Ed:
Walker, J.M., Rapley, R. Humana Press, NJ,USA.
Giri-Rahman EA .2004. Regulasi Ekspresi Gen Pada Organisme Bakteri.
Bandung : KPP Bioteknologi Bandung.
Prasetyo, A. 2008. Karakterisasi virus pada tanaman jarak pagar (Jatropha
curcas L.). Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada. Skripsi.
Subandiyah, S. 2006. Polymerase Chain Reaction untuk Deteksi atau Identifikasi
Patogen Tumbuhan. Pelatihan dan Workshop Identifikasi DNA dengan
Aplikasi PCR
Surzycky, R. 2000. Molecular and Cellular Biology. Wadsworth Inc., Belmont
Tohib, 2012. Macam Metode Isolasi DNA. [Online]. Tersedia di :
http://www.tohib.web.id. (Diakses pada tanggal 20 Oktober 2019)
Yuwono, T., 2008. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.