LAPORAN PRAKTIKUM

ISOLASI DNA
Disusun Untuk Memenuhi Tugas Mata Pelajaran Biologi

DISUSUN OLEH
KELOMPOK 4
Anggota:

1. DRISMA JOYA AFRIANI SIRAIT (10)

2. IKHSAN DWI PRASETYO (14)
3. MAZIYYATUZ ZULFA (21)
4. MUAYYAD (22)
5. REGINA LAILIKA ANDINI (27)
6. WULAN PUTRI LESTARI (35)

XII MIPA 7
SMA NEGERI 1 PALIMANAN
JL. KH. AGUS SALIM NO. 128, Pegagan, Kec. Palimanan, Kab. Cirebon
Telp.(0231) 341023
E-mail : sman1 pa5nan@yahoo.co.
id Website : sman1palimanan.sch.id
Oktober 2023
 Kata Pengantar

Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, atas kuasa dan
kehendak-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan laporan Praktikum tentang
“Isolasi DNA” ini. Tak lupa kami juga mengucapkan terima kasih kepada Ibu
Ratnawati, S.Pd selaku guru biologi dan semua pihak yang telah membantu kami
menyelesaikan laporan percobaan ini.

Karya tulis ini melaporkan pemaparan mengenai “Pengaruh Jenis Buah

terhadap bentuk DNA dan kecepatan waktu pembentukan DNA ” mulai dari
bahan-bahan yang diperlukan, uji coba dan praktikum, hingga hasil percobaannya.

Namun, kami sadar karya tulis ini masih banyak kekurangan. Kami meminta
maaf atas kesalahan yang ada di dalamnya. Semoga apa yang telah kami laporkan
dapat bermanfaat bagi banyak orang.

Cirebon, 28 Oktober 2023

 Daftar Isi

Kata Pengantar
Daftar Isi
BAB I PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
B. Rumusan Masalah
C. Tujuan Praktikum
D. Hipotesis
BAB II LANDASAN TEORI
A. Pengertian DNA
B. Pengertian Isolasi DNA
BAB III PRAKTIKUM
A. Judul
B. Tempat dan Waktu Pengamatan
C. Variabel Penelitian
D. Alat Dan Bahan
E. Langkah Kerja
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil Pengamatan
B. Pembahasan
BAB V PENUTUP
A. Kesimpulan
B. Saran
C. Lampiran
Daftar Pustaka
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Pada dasarnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA
terletak pada kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan kloroplas. Sedangkan
RNA dijumpai di nukleus, sitoplasma, dan ribosom. DNA adalah maleri genetik yang
diwarisi organisme dari orang tuanya. Suatu molekul DNA sangat panjang dan
umumnya terdiri atas ratusan bahkan ribuan gen. DNA tersusun alas 3 komponen
utama, yaitu suatu molekul organic yang disebut basa nitrogen,suatu pentose (gula
berkarbon lima), dan gugus fosfat.
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk
hidup dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Isolasi DNA dapat dilakukan melalui
tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel
dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara,
akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang
berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat permumian DNA. Jika isolasi DNA
dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada masing- masing buah berbeda,
dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula.

B. Rumusan Masalah
Bagaimana pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA dan kecepatan waktu
pembentukan DNA pada buah?

C. Tujuan Praktikum
Untuk mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA dan kecepatan
waktu pembentukan DNA pada buah.

D. Hipotesis
1. Jenis buah yang berbeda akan menghasilkan isolasi DNA yang berbeda pula
akibat kandungan zat (pigmen) dan air yang dipisahkan oleh garam, alkohol dan
sabun.
2. Kecepatan isolasi pada buah dapat di liat dari kadar air yang terkandung dalam
buah tersebut ,semakin tinggi kadar air pada buah semakin lama juga isolasi DNA
nya. Sumber:
https://www.academia.edu/36023676/ISOLASI_DNA_PADA_BUAH
 BAB II
LANDASAN TEORI

A. PENGERTIAN DNA
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengkodesemua
informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. DNA
tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basanitrogen dan fosfat yang
tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan
ditemukan di nucleus, mitokondria dan kroloplas. DNA yang menyusun kromosom ini
merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa
nitrogen dan kedua “benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang
tetap melalui ikatan hydrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang
lain dihubungkan dengan ikatan fosfat.

DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai “cetak biru
kehidupan” karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas
yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain. DNA dapat mengalami
denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa di isolasi.

B. ISOLASI DNA
Isolasi DNA merupakan salah satu tahap penting dalam kegiatan
memperoleh informasi genetik dan analisis genetik. Isolasi DNA dapat dilakukan
melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak
sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara,
akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang bebeda,
hal ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA.
Jika isolasi DNA dilakukan dengan sample buah, maka kadar air pada masing-
masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula (Farhanah et al.,
2021). Semakin tinggi kadar air, maka sel yang terlarut didalam ekstrak akan semakin
sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. Untuk mengeluarkan DNA
dari sel, pemecahan dapat dilakukan dengan cara mekanik maupun secara kimiawi.
Secara mekanik dinding sel dapat dipecahkan dengan memotong-motong atau
menghaluskan buah. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian deterjen yang
dapat merusak membran sel dan membran inti. Penghancuran dengan menggunakan
kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid pada membran sel
sehingga terjadi destabilisasi membran sel. Deterjen akan melarutkan lemak dan protein
yang terdapat pada membran sehingga membran menjadi rusak dan DNA dapat terlepas
(Surzycki, 2000). Selanjutnya DNA perlu dipisahkan dari protein dan debris sel. Hal
dapat dilakukan dengan menggunakan garam. Muatan positif pada garam (Na+) akan
menetralkan muatan negatif pada DNA dan dengan demikian memungkinkan untaian
DNA saling menempel. Penambahan garam juga menyebabkan protein dan karbohidrat
mengendap (Tim Dosen Biokimia, 2020).
Setelah proses ekstraksi, DNA yang didapat dapat dipekatkan melalui
presipitasi (pemisahan). Pada umumnya digunakan etanol atau isopropanol dalam
tahapan presipitasi. Kedua senyawa tersebut akan mempresipitasi DNA pada fase
aquoeus sehingga DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet
setelah dilakukan sentrifugasi (Switzer, 1999). DNA akan terlarut dalam air, sehingga
sulit untuk diamati. Etanol kurang bersifat polar dibandingkan air, karenanya tidak
dapat berikatan kuat dengan DNA. Penambahan etanol akan menyebabkan DNA
terpresipitasi dan mengumpul, dengan demikian akan lebih mudah diamati. Penggunaan
etanol dingin akan mempercepat proses presipitasi.
 BAB III
PRAKTIKUM

A. Judul
Mengamati pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA dan kecepatan waktu
pembentukan DNA pada buah.

B. Tempat dan Waktu Praktikum

Waktu: Selasa, 17 Oktober 2023
Tempat pelaksanaan: Laboratorium Biologi di SMAN 1 PALIMANAN

C. Variabel Penelitian
a) Variabel bebas : Jenis buah (Tomat, Semangka, Mangga)
b) Variabel Terikat : Bentuk DNA & kecepatan waktu pembentukan DNA
c) Variabel kontrol : Air aquades, alkohol, garam, sabun (sunlight)

D. Alat dan Bahan

Alat
o Gelas beaker
o Gelas plastik
o Gelas ukur
o Tabung reaksi
o Corong kaca
o Tabung ukur
o Blender
o Sendok

Bahan:
o Buah mangga
o Buah semangka
o Tomat
o Air aquades
o Alkohol dingin
o Garam
o Sunlight
o Kertas filter

E. Langkah Kerja
1. Siapkan semua alat dan bahan yang diperlukan.
2. Haluskan buah buahan (semangka, mangga, dan tomat) menggunakan blender.
3. Jika sudah halus, tuangkan masing-masing bahan ke dalam tabung ukur sebanyak 20
ml. Lalu tuangkan ke gelas/wadah lain.
4. Kemudian tuangkan sunlight ke dalam tabung ukur sebanyak 10 ml. Namun sebelum
itu pastikan tabung ukur telah dicuci sehabis pemakaian dari buah tadi.
5. Tuangkan sunlight yg sudah diukur dengan tabung ukur tersebut. Ke dalam masing-
masing buah yg sudah di haluskan dan jangan sampai mengeluarkan busa.
6. Adul buah dan sunlight hingga merata (jangan sampai mengeluatkan busa).
7. Sembari mengaduk, buatlah larutan garam dengan perbandingan 2:1 air dan garam.
Setelah merata, tuangkan larutan garam tersebut ke dalam campuran sunlight dan
buah-buahan tadi lalu aduk secara perlahan agar tidak mengeluarkan busa.
8. Setelah semuanya tercampur merata. Siapkan tabung reaksi dan kertas filter. Lalu
tuangkan masing-masing campuran tadi ke dalam tabung reaksi sebanyak 1/3 dari
tabung reaksi tersebut.
9. Kemudian tambahkan alkohol dingin sebanyak 2/3 pada masing-masing tabung
reaksi, Lalu amati.
10. Catat Hasil pengamatan.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil Pengamatan

No Jenis buah Bentuk DNA Waktu Warna

terbentuknya
DNA
1. Mangga Kental & 0 detik kuning
menggumpal
2. Tomat Berserat & sedikit 17 detik merah
cair
3. Semangka Tidak berserat & 2 menit 9 merah
cair detik(129 detik)

B. Pembahasan

Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan
dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus
Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian
DNA. Dalam percobaan ini, kami melakukan isolasi DNA yang berasal dari 3 jenis
buah yang memiliki kandungan air yang berbeda, yaitu tomat, mangga, semangka.
Metode yang dilakukan dalam percobaan ini adalah penghancuran (lisis) serta
ekstraksi.

Prinsip – prinsip dalam mengisolasi DNA:

1. melisis sel secara fisik, dengan cara penggerusan.
2. pemecahan dinding sel.
3. pemecahan membran sel.
4. pemisahan DNA dari bahan yang lain.

 Perlakuan pertama yang diberikan pada buah yaitu mengupas serta

memotongnya menajadi ukuran yang lebih kecil, hal ini dilakukan agar
pada saat penghancuran buah mudah dihancurkan menjadi partikel –
partikel yang lebih kecil sehingga DNA dapat keluar dari dalam sel.
 Tahap selanjutnya yaitu menambahkan campuran detergen/sabun dengan
air, hal ini secara kimiawi bertujuan untuk merusak membran sel dari kedua
 buah tersebut. Perusakan membran sel terjadi akibat adanya ikatan kimia
yang terbentuk antara detergen dengan zat-zat yang ada pada buah. Setelah
penambahan detergen tahap selanjutnya yaitu penambahan garam dapur
sebanyak 1 spatula/ 10ml ke masing-masing tabung yang berisi campuran
buah dan detergen, tujuan dari penambahan garam adalah untuk
memudahkan pemisahan benang-benang DNA dari campuran sehingga
benang-benang tersebut akan mudah diamati. Hal ini terjadi karena Na+
dalam garam dapat membentuk ikatan pada kutub negative dari ikatan
fosfat DNA. Setelah larutan ditambahkan garam larutan kemudian
dihomogenkan.
 Tahap selanjutnya yaitu penambahan ethanol 95 %, penambahan ini
bertujuan untuk mempermudah terjadinya presipitasi/pengendapan benang-
benang DNA. Ethanol tersebut mampu membawa asam nukleat yang
terdapat dalam campuran naik ke permukaan, untuk kemudian diendapkan
karena DNA tidak dapat larut dalam alcohol. Setelah ditambahkan ethanol
larutan Pemisahan dilakukan dengan menggunakan ethanol/alkohol dingin
berkonsentrasi 90-95%. Ethanol/Alkohol tidak melarutkan DNA dan berat
jenis alkohol yang lebih ringan dari air membuat DNA naik dan melayang-
layang di permukaan.

Maka diperolehlah perbedaan hasil isolasi DNA tiap buah.

1) Mangga
 Waktu
Mangga membutuhkan waktu selama 0 detik untuk memunculkan
DNA setelah dituangkan alcohol. Hal ini dikarenakan kadar air yang
terkandung dalam buah serta tahap lisis akan mempengaruhi banyak
atau sedikit endapan asam nukleat pada dasar tabung reaksi yang
akan berdampak pada lamanya proses purifikasi DNA menggunakan
alkohol. Pada buah mangga kandungan airnya sedikit maka endapan
asam nukleatnya lebih banyak dan terlihat. Semakin tinggi kadar air
maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpresipasi juga akan sedikit.
 Tekstur/bentuk
Mangga dengan tekstur kental dan padat terdapat banyak endapan
asam nukleat pada dasar tabung reaksi. Hal ini terjadi akibat adanya
kandungan zat serta kemampuan detergen dan garam untuk
memisahkan DNA dengan komponen lainnya. Dari percobaan
diperoleh DNA kasar atau benang – benang halus (supernatant)
dalam jumlah yang banyak dan menggumpal.
 Warna
 Dari percobaan isolasi DNA diperoleh hasil yaitu, perbedaan warna
pada masing-masing tabung reaksi yang berisi campuran buah,
detergen, garam, dan ethanol. Perubahan warna yang terjadi
diakibatkan oleh perbedaan susunan DNA yang terdapat pada setiap
buah. Di mana buah mangga memiliki pigmen Karotenoid yang
memiliki warna kuning orange.
2) Tomat
 Waktu
Tomat membutuhkan waktu selama 17 detik untuk memunculkan
/memurnikan DNA setelah dituangkan alcohol. Hal ini dikarenakan
kadar air yang terkandung dalam buah serta tahap lisis akan
mempengaruhi banyak atau sedikit endapan asam nukleat pada dasar
tabung reaksi yang berdampak pada lamanya waktu purifikasi DNA.
Pada buah tomat. Kandungan airnya cukup sedikit maka endapan
asam nukleatnya cukup banyak dan terlihat. Semakin tinggi kadar air
maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpresipasi juga akan sedikit.

 Tektur/bentuk
Tomat memiliki tekstur padat dan sedikit cair terdapat maka banyak
endapan asam nukleat pada dasar tabung reaksi. Hal ini terjadi akibat
adanya kandungan zat dan tahap pengendapan serta kemampuan
detergen dalam melisis membrane sel. Dari percobaan DNA kasar
atau benang – benang halus (supernatant) yang cukup banyak tetapi
sedikit renggang

 Warna
Dari percobaan isolasi DNA diperoleh hasil yaitu, perbedaan warna
pada masing-masing tabung reaksi yang berisi campuran buah,
detergen, garam, dan ethanol. Perubahan warna yang terjadi
diakibatkan oleh perbedaan susunan DNA yang terdapat pada setiap
buah. Di mana buah tomat memiliki pigmen lycopene(a-karoren)
yang memiliki warna kuning merah

3) Semangka
 Waktu
Semangka membutuhkan waktu selama 2 menit 9 detik untuk
memunculkan /memurnikan DNA setelah dituangkan alcohol. Hal
ini dikarenakan kadar air yang terkandung dalam buah serta tahap
lisis akan mempengaruhi banyak atau sedikit endapan asam nukleat
 pada dasar tabung reaksi yang berdampak pada lamanya waktu
purifikasi DNA. Pada buah semangka. Kandungan airnya sangat
banyak maka endapan asam nukleatnya sedikit dan sulit terlihat.
Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpresipasi juga akan
sedikit.

 Tekstur/bentuk
semangka memiliki tekstur cair maka banyak endapan asam nukleat
pada dasar tabung reaksi. Hal ini terjadi akibat adanya kandungan zat
dan tahap pengendapan serta kemampuan detergen dalam melisis
membrane sel. Dari percobaan DNA kasar atau benang – benang
halus (supernatant) yang sedikit juga renggang.
 Warna
Dari percobaan isolasi DNA diperoleh hasil yaitu, perbedaan warna
pada masing-masing tabung reaksi yang berisi campuran buah,
detergen, garam, dan ethanol. Perubahan warna yang terjadi
diakibatkan oleh perbedaan susunan DNA yang terdapat pada setiap
buah. Di mana buah semangka memiliki pigmen lycopene(a-
Karoten) yang memiliki warna merah.

Ketika ekstrak buah dicampurkan dengan sunlight, larutan garam dan aquades, serta
alkohol bersuhu rendah menghasilkan 3 lapisan yang terpisah.
1. lapisan paling bawah berwarna kuning bening yaitu sisa ekstrak buah yang
masih tersisa setelah disaring
2. lapisan tengah berwarna putih yang menggumpal yaitu kumpulan benang
benang DNA
3. lapisan paling atas berwarna bening yaitu sisa ethanol yang dicampurkan
layer ini terbentuk karena berdasarkan massa jenis zat yang berbeda. Massa jenis zat
yang besar akan terketak di bawah, semakin ke atas semakin ringan.
 BAB V
PENUTUP

A. Kesimpulan
Dari hasil isolasi DNA yang dilakukan diketahui bahwa berbagai jenis buah memiliki
pengaruh terhadap kecepatan pembentukan lapisan DNA:
 Buah yang mengandung sedikir air : lebih cepat
 Buah yang mengandung banyak air : lebih lama

Pengaruh terhadap Bentuk DNA:

 Buah yang mengandung kadar air tinggi : sel yang terlarut dalam ekstrak sedikit
 Buah yang mengandung kadar air rendah : sel yang terlarut dalam ekstrak
banyak

Sabun dapat mempengaruhi interaksi antara bahan-bahan dalam reaksi kimia yang
diperlukan untuk pembentukan lapisan DNA. Penggunaan deterjen tertentu dapat
mempercepat atau memperlambat

B. Saran
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan, dapat kami sarankan bahwa:
 Dalam pengerjaan penelitian kali ini diperlukan kerjasama antara anggota dalam
satu kelompok agar proses penelitian dapat berlangsung dengan cepat, Tepat dan
teratur.
 Blender buah hingga benar benar halus.
 Pastikan alkohol dalam keadaan dingin.
 Aduk ekstrak buah dan sabun secara hati hati jangan sampai keluar busa.
  Pilihlah kertas filter yang berpartikel keci, agar mengasilkan ekstrak yang bening.

C. Lampiran
 DAFTAR PUSTAKA

https://www.studocu.com/id/document/universitas-jambi/praktikum-biokimia/laporan-
praktikum-genetika-kelompok-7/70375502

https://www.academia.edu/36023676/ISOLASI_DNA_PADA_BUAH

https://docplayer.info/46936098-Isolasi-dna-buah-i-tujuan-tujuan-dari-praktikum-ini-
adalah.html

https://www.scribd.com/document/344085579/Laporan-Isolasi-Sederhana-DNA-Pada-Buah