LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI

“Isolasi DNA”

NAMA : ANNISA MUTHMA’INNA

KELOMPOK :4
KELAS : XII IPA 2
TANGGAL : 6 September 2018
PRAKTIKUM KE : 2

KEMENTERIAN AGAMA RI
‫مدرسة إنسان تشينديكيا العالية اإلسالمية الحكومية بسياك‬
INSAN CENDEKIA STATE ISLAMIC SENIOR HIGH SCHOOL OF SIAK

2018
 Praktikum Isolasi DNA Bawang Merah (Allium cepa)

1. Tujuan
1) Untuk mengetahui cara memisahkan (mengisolasi) DNA dari bawang merah
(alium cepa).
2) Untuk memisahkan DNA dari zat-zat lainnya seperti karbohidrat, protein, dan
lemak.
3) Untuk mengetahui faktor yang mempengaruhi proses isolasi DNA.

2. Landasan Teoritis
DNA atau Deoxyribonucleic acid merupakan penyusun gen yang memiliki struktur
untaian panjang berpilin ganda (double helix) yang terdiri atas ratusan hingga ribuan
nukleotida (polinukleotida). Satu nukleotida tersusun atas 3 komponen, yakni 1 gula
pentosa deoksiribosa (ribosa yang kehilangan satu atom oksigennya), 1 gugus fosfat
(𝑃𝑂4− ), dan 1 basa nitrogen. Basa nitrogen terdiri atas dua jenis, yaitu purin dan pirimidin.
Basa purin memiliki dua macam : adenin (A) dan guanin (G), sedangkan basa pirimidin
juga memiliki dua macam : timin (T) dan sitosin (C). Kedua basa tersebut saling
berpasangan satu sama lain dan membentuk ikatan hidrogen, seperti adenin (A)
berpasangan dengan timin (T) akan membentuk dua ikatan hidrogen, sementara itu
guanin (G) berpasangan dengan sitosin (C) akan membentuk tiga ikatan hidrogen.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler (Fatih, 2009).
DNA juga disebut dengan “cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan penting
sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain (Arhan, 2009).
Dalam peran pentingnya pada sel, DNA tidak hanya terdapat di nukleus, tapi juga
terdapat pada mitokondria dan kloroplas. Namun terdapat perbedaan diantara ketiganya,
yakni DNA nukleus berbentuk linier dan dibungkus dengan protein histon, sedangkan
DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan dibungkus dengan protein histon.
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan
sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua. (Kirsman, 2010).
Isolasi DNA adalah langkah penting yang diperlukan untuk mempelajari DNA.
Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2 (Sinaga, 2012), yaitu sentrifugasi
dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan
berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang
lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di
atas. Sementara itu, presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan
suatu komponen dari campuran
Isolasi DNA pada tanaman atau yang lainnya memiliki prinsip yang sama. Namun
perbedaannya terdapat pada teknik dan bahan yang digunakan dalam praktikumnya.
Adapun tahapan-tahapan dalam mengisolasi DNA ada tiga yakni, penghancuran (lisis),
 ekstraksi dan pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA (Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008).

3. Alat dan Bahan

Alat:
1) Pisau
2) Alu dan mortar
3) Pipet tetes
4) Gelas ukur
5) Gelas enlemeyer
6) Blender
7) Corong
8) Tabung reaksi
9) Kertas saring/filter paper
Bahan:
1) Bawang merah (alium cepa)
2) Deterjen cair
3) Bodrex
4) Aquades
5) Alkohol

4. Cara Kerja
1) Kupas bawang merah dengan membuang lapisan terluar bawang hingga
menyisakan dua lapisan bawang yang tedalam.
2) Haluskan bodrex menggunakan mortar lalu tambahkan air sebanyak 20 mL.
3) Siapkan deterjen cair atau sunlight sebanyak 20 mL.
4) Haluskan bawang merah yang sudah dikupas Bersama air sebanyak 100 mL
menggunakan blender setelah halus matikan blender.
5) Campurkan bawang yang sudah halus dengan larutan bodrex dan sunlight lalu
blenderlah hingga rata namun jangan terlalu lama karena ada cairan sabun yang
bisa menghasilkan buih yang melimpah.
6) Pisakanlah buih dengan larutan bawang dan masukkanlah larutan bawang merah
tersebut ke gelas kimia.
7) Letakanlah filter paper pada corong lalu alihkan ke tabung sentrifugasi setelah itu
tuanglah caiaran bawang merah agar tersaring sempurna pastikan filter paper
tidak robek.
8) Setelah tersaring tetesi dengan alkohol yang sudah di dinginkan sebelumnya
sesuai dengan yang di perintahkan pada lembar kerja.
9) Diamkan sejenak hingga mulai tampak benang halus dari DNA tersebut.
10) Amatilah dan tulis hasil percobaan berdasaskan percobaan yang dilakuka dengan
sebenar benarnya.
5. Pembahasan
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau
lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008). Isolasi DNA pada tanaman
atau pada yang lainnya memiliki prinsip yang sama, namun perbedaannya terdapat pada
teknik dan bahan yang digunakan dalam praktikumnya. Dalam praktikum isolasi DNA
yang kami lakukan, kami menggunakan sampel bawang merah (Allium cape) untuk
diamati proses pengisolasian DNA-nya.
Tahapan pertama dalam praktikum isolasi DNA adalah pemecahan sel (lisis) yang
dilakukan dengan merusak dinding dan membrane sel dan juga membran inti, yang
bertujuan untuk mengeluarkan isi sel (Holme dan Hazel, 1998). Tahap pemecahan sel
(lisis) dapat dilakukan dengan menggerus atau memblender sampel, atau dapat
menggunakan cara kimiawi, yaitu penambahan deterjen yang dapat melarutkan lipid
pada membran sel (Badrut, 2012).
Tahapan berikutnya ialah ekstraksi. Tahapan ekstraksi bertujuan untuk memisahkan
DNA dari zat-zat lainnya yang terkandung pada sel. Secara umum, prosedur ekstraksi
yang baik untuk isolasi DNA mencakup tiga hal penting, yaitu harus bisa dihasilkan
DNA dengan kemurnian yang tinggi, DNA-nya harus utuh, dan jumlahnya mencukupi
(konsentrasi tinggi) (Clark, 1997). Meskipun kebanyakan sumber menggunakan garam
dapur, pada praktikum ini kami menggunakan bodrex yang memiliki paracetamol.
Namun keduanya memiliki fungsi yang sama dalam proses ekstraksi.
Pada praktikum ini, kami menggabungkan tahapan pemecahan sel dan ekstraksi
pada waktu yang sama. Dengan menggunakan blender untuk menghancurkan bagian
dalam bawang merah yang telah dikupas dan bercampur dengan 100 mL aquades, 20 mL
deterjen, serta serpihan bodrex yang telah dilarutkan. Sehingga proses ini menghasilkan
sebuah cairan oranye kekuningan yang berbusa. Busa-busa pada cairan ini cukup
mengganggu kegiatan praktikum kami. Oleh karena itu, kami menggunakan filter paper
untuk menghilangkan/menyaring busa juga partikel-partikel kasar lainnya yang dapat
merusak hasil praktikum karena DNA dapat terkontaminasi.
Tahapan yang terakhir ialah pemurnian DNA dengan menggunakan etanol ataupun
alkohol. Kedua senyawa tersebut akan mempresipitasi DNA pada fase aquoeus sehingga
DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet setelah dilakukan
sentrifugasi (Switzer, 1999). Hoelzel (1992) juga menambahkan bahwa presipitasi juga
berfungsi untuk menghilangkan residu-residu kloroform yang berasal dari tahapan
ekstraksi (badrut, 2012).
Menurut Surzycki (2000), prinsip-prinsip presipitasi antara lain pertama,
menurunkan kelarutan asam nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan molekul air yang
polar mengelilingi molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positif dari air
berinteraksi dengan muatan negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini
meningkatkan kelarutan DNA dalam air. Alkohol dapat bercampur dengan air, namun
kurang polar dibandingkan air. Molekul alkohol tidak dapat berinteraksi dengan gugus
polar dari asam nukleat sehingga isopropanol adalah pelarut yang lemah bagi asam
nukleat; kedua, penambahan alkohol akan menghilangkan molekul air dalam larutan
 DNA sehingga DNA akan terpresipitasi; ketiga, penggunaan alkohol dingin akan
menurunkan aktivitas molekul air sehingga memudahkan presipitasi DNA.
Oleh karena itu, kami menambahkan alkohol dingin pada setiap tabung reaksi yang
memiliki cairan dengan volume yang sama. Dan setelah beberapa saat kemudian, kami
mendapati benang-benang halus yang mengendap diatas cairan oranye kekuningan
tersebut yang merupakan DNA dari bawang merah.

Pertanyaan
1) Apakah terdapat perbedaan pada masing-masing tabung reaksi dari sebuah
kelompok? Mengapa demikian?
Jawab:
Ada, karena ketidaktepatan dalam penetesan alcohol dalam setiap tabung reaksi
serta menurunnya suhu dari alcohol yang diteteskan sehingga menyebabkan
perbedaan antara tabung reaksi yang diteteskan terlebih dahulu dengan tabung
reaksi yang diteteskan setelahnya.
2) Apakah fungsi dari kegunaan bahan-bahan berikut ini:
a) Bodrex
b) Deterjen cair
c) Alkohol dingin
Jawab:
a) Bodrex mengandung paracetamol 600 mg dan caffeine 50 mg. dalam
praktikum ini, paracetamol berperan dalam tahapan ekstraksi, yaitu pemisahan
benang-benang dari larutan sehingga benang-benang DNA dapat dengan
mudah diamati
b) Deterjencair digunakan untuk melubangi dan merusak sel sehingga isi inti sel
(DNA) bisa keluar.
c) Alkohol bukan untuk melarutkan DNA. Namun, berat jenis alkohol yang lebih
ringan dari air membuat DNA naik dan melayang-layang di permukaan.
3) Apakah terdapat pengaruh jika alkohol yang digunakan tidak dingin?
Jawab:
alcohol yang berfungsi untuk mempresipitasikan asam nukleat polimerik dalam
meningkatkan konsentrasi DNA akan bekerja lebih baik dalam suhu yang dingin.
Oleh karena itu, apabila alcohol yang digunakan tidak dingin kemampuan DNA
dalam mempresipitasikan asam nukleat polimerik akan berkurang sehingga
memiliki konsentrasi DNA yang kurang baik, dan proses yang terjadi pun akan
lebih lama daripada menggunakan alkohol yang dingin.

6. Kesimpulan
 Prinsip utama dalam isolasi DNA adalah sentrifugasi (memisahkan) dan
presipitasi (mengendapkan).
  Isolasi DNA pada tanaman atau pada yang lainnya memiliki prinsip yang sama.
Namun perbedaannya terdapat pada teknik dan bahan yang digunakan dalam
praktikumnya.
 DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa bawang merah dengan
penambahan larutan deterjen dan bodrex serta alkohol untuk membantu
presipitasi DNA.
 Isolasi DNA dapat dilakukan melalui cara penghancuran (lisis), ekstraksi, serta
pemurnian DNA.
 Proses penghancuran (lisis)berfungsi untuk memecahkan sel-sel dapat dilakukan
dengan cara mekanis, yakni dengan diblender dalam waktu singkat. Karena
apabila terlalu lama dapat menghancurkan sel-sel tersebut sehingga akan terjadi
kesalahan dalam praktikum.
 Proses ekstraksi dilakukan untuk memisahkan/mengeluarkan DNA dari zat-zat
yang lainnya.
 Pemurnian DNA dilakukan dengan menggunakan alkohol yang ditambahkan
pada permukaan cairan untuk melakukan presipitasi (pengendapan) pada cairan,
sehingga didapatilah benang-benang halus yang mengendap dan terpisah dari
residu yang merupakan DNA dari bawang merah.

7. Daftar Pustaka
Elrod, Susan dan Stansfield, William. 2007. Schaum’s Outlines of theory and
Problems of Genetics, fourth edition. Penerbit Erlangga: Jakarta
Yuwono, Tribowo. 2008. Biologi Molekular. Penerbit Erlangga: Jakarta
Zainatun, Siti. 2017. Isolasi DNA.
eprints.poltekkesjogja.ac.id/177/1/ISOLASI%20DNA.doc. diakses tanggal 24
September 2018, 9.50 am
Fatih, Mukhlishul. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian
Sains dan Teknologi, Vol.10, No.1.
https://publikasiilmiah.ums.ac.id/bitstream/handle/11617/432/7.%20FATIH.pdf;sequen
ce=1. Diakses pada tanggal 24 September 2018. 9.32 am
Tamam, Badrut. 2012. Prinsip, Metode, dan Teknik Isolasi DNA.
http://www.generasibiologi.com/2012/08/isolasi-dna.html. Diakses tanggal 24
September 2018, 9.22 am

8. Lampiran Gambar
Gambar 1. Hasil akhir isolasi DNA (dokumentasi pribadi)