TUGAS PRAKTIKUM

BIOLOGI
“Isolasi Kromosom pada DNA Buah Pepaya”

OLEH :

Nurudin Herianto

Sagita Wulandari

Siti Ulwiya Hidayatul M.

Thaariq Alfaridzi

Vina Maulida Junia

T.p 2019/2020
MAN INSAN CENDEKIA LOMBOK TIMUR
 I. Judul
Laporan Praktikum Isolasi Kromosom pada DNA

II. Tujuan
Untuk mengetahui cara ekstraksi kromosom dengan baik dan benar menggunkan
metode konvensional.

III. Manfaat
Praktikan mengetahui cara ekstraksi kromosom dengan baik dan benar menggunkan
metode konvensional.

IV. Landasan Teori

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang
mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme (Jamilah, 2005). DNA adalah polimer yang terdiri dari empat monomer
yang berbeda yang disebut nukleotida, yang masing-masing terdiri atas tiga
komponen:
1. Molekul gula pada DNA berupa suatu pentosa yang bernama Deoxyribosa.
2. Fosfat, fosfat ini selalu berangkai dengan pentosa dengan posisi 3 atau 5.
3. Basa, ada 4 macam basa yang menyusun DNA yang dapat digolongkan dalam
dua golongan, yaitu:
a. Golongan pyrimidin: cytosin (C) dan thymin (T) yang terdiri dari satu buah
lingkaran carbon nitrogen.
b. Golongan purin: adenin (A) dan guanin (G) yang terdiri dari dua buah
lingkaran carbon.
DNA yang dari suatu sel eukariotik dibagi lagi menjadi kromosom di dalam
nukleus tersebut (Campbell, 1999). Molekul DNA ini terikat membentuk kromososm,
dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun
kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double
helix), dimana basa nitrogen dan kedua “benang” polinukleotida saling berpasangan
dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu
dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat dalam
setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai “cetak biru kehidupan” karena molekul
 ini berperan penting sebagai pembawa informasi herseditas yang menentukan struktur
protein dan metabolisme lain (Jamilah, 2005).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa
diisolasi. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA
dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparas ekstrak sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan
dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda, ‘hal ini karena adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika
isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang ada pada masing-
masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air
tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah
berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut dalam ekstrak
akan makin sedikt, sehingga DNA yang terpresipitasi juga akan sedikit.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses isolasi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini dilakukan
dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti. Baik secara mekanik mauun secara kimiawi.
Secara mekanik dapat dilakukan dengan cara pemblenderan atau penggerusan
menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian
suatu zat yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah
detergen.

V. Alat dan Bahan

A. Alat
a) Gelas air mineral
b) Gelas kimia
c) Pisau
d) Sendok
e) Spatula
f) Blender
g) Pipet tetes
h) Tabung reaksi + rak
 B. Bahan
a) Buah pepaya
b) Detergen bubuk
c) Garam dapur (NaCl)
d) Etanol 96% dingin
e) Aquades

VI. Langkah Kerja

a. Sebanyak 2 sendok makan deterjen dan 1 sendok teh NaCl dilarutkan kedalam 60
mL aquades. Selama 15 menit larutan tersebut diaduk secara perlahan agar tidak
menimbulkan busa. Larutan inilah yang disebut dengan larutan buffer/penyangga.
b. 75-85 gr daging buah pepaya dengan 100 mL akuades dihaluskan dengan cara
diblender.
c. Larutan buah pepaya kemudian disaring sebanyak dua kali. Yaitu penyaringan
pertama menggunakan kain saring biasa dan penyaringan kedua menggunakan
kertas saring. Hasil akhirnya disebut dengan larutan alikot.
d. Sebanyak 5 mL larutan alikot dimasukkan ke dalam tabung reaksi.
e. Larutan buffer ditambahkan ke dalam tabung reaksi yang telah berisi alikot,
dengan cara ditetesi menggunakan pipet tetes.
f. Campuran Larutan (alikot dan buffer) di dalam tabung reaksi dicampurkan dengan
cara mengoyangkan tabung reaksi secara perlahan.
g. Setelah beberapa menit akan muncul benang- benang halus yang merupakan
kromosom.

VII. Hasil dan Pembahasan

No Jenis Perlakuan Hasil jumlah
Buah
warna waktu
1 Pepaya Deterjen Putih – cepat ++
(carica bubuk bening
papaya)

Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Selain itu ada 2 prinsip lagi dalam melakukan isolasi DNA, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi
berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi
yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di
atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin
sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi.

Dalam percobaan ini, kami melakukan isolasi DNA dari buah pepaya (carica papaya)
Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mengisolasi atau memisahkan DNA yang berasal dari
tumbuhan.

Metode yang dilakukan dalam percobaan ini adalah penghancuran (lisis) serta
ekstraksi. Perlakuan pertama yang diberikan pada buah yaitu mengupas serta memotongnya
menajadi ukuran yang lebih kecil, hal ini dilakukan agar pada saat penghancuran buah mudah
dihancurkan menjadi partikel – partikel yang lebih kecil. Tahap selanjutnya yaitu membuat
campuran detergen dengan air, hal ini bertujuan untuk merusak membran sel dari kedua buah
tersebut. Perusakan membran sel terjadi akibat adanya ikatan kimia yang terbentuk antara
detergen dengan zat-zat yang ada pada buah. Setelah penambahan detergen tahap selanjutnya
yaitu penambahana garam dapur sebanyak 1 sendok teh ke masing-masing tabung yang berisi
larutan detergen, tujuan dari penambahan garam adalah untuk memudahkan pemisahan
benang-benang DNA dari campuran sehingga benang-benang tersebut akan mudah diamati.
Hal ini terjadi karena Na+ dalam garam dapat membentuk ikatan pada kutub negative dari
ikatan fosfat DNA.Setelah larutan ditambahkan garam larutan.

Alikot dimasukkan sebanyak 5 mL ke dalam tabung reaksi ditambahkan juga larutan

detergen sebanyak 5 mL menggunakan pipet tetes. Tahap selanjutnya yaitu penambahan
ethanol 96 %, penambahan ini bertujuan untuk mempermudah terjadinya presipitasi pada
benang-benang DNA.Ethanol tersebut mampu membawa asam nukleat yang terdapat dalam
campuran naik ke permukaan, untuk kemudian diendapkan.

Dari percobaan isolasi DNA diperoleh hasil yaitu, perbedaan warna pada masing-
masing tabung reaksi yang berisi campuran buah, detergen, garam, dan ethanol.Perubahan
warna yang terjadi diakibatkan oleh perbedaan susunan DNA yang terdapat pada setiap buah.
Selain itu perbedaan yang mencolok dari keenam larutan tersebut adalah terdapat banyak atau
sedikit endapan asam nukleat pada dasar tabung reaksi. Hal ini terjadi akibat adanya
perbedaan kandungan zat serta penggunaan jenis detergen yang berbeda maupun kandungan
air dari masing-masing buah tidak sama. Dari percobaan tidak diperoleh DNA murni
melainkan hanya DNA kasar atau benang – benang halus (supernatant) dalam jumlah yang
sedikit serta endapan putih yang terlihat. Membran sel pada setiap organisme dapat
mengalami kerusakan yang disebabkan oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia. Senyawa
kimia yang mampu merusak membrane ataupun dinding sel antara lain lisozim yang mampu
mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga kekakuan sel tidak lagi dapat terjaga.
Selain itu, ada pula senyawa EDTA (etilendiamintetraasetat) yang berfungsi untuk
menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan struktur selubung sel serta
menghambat enzim yang dapat merusak DNA. Dalam proses isolasi DNA, deterjen berfungsi
menggantikan senyawa-senyawa kimia tersebut di atas. Deterjen mengandung sodium dodesil
sulfat (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga
struktur membrane akan rusak dan melisiskan isi sel.
 Pada Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk
memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh garam
mampu membentuk ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+
garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul. Sedangkan
penambahan alcohol pada permukaan larutan betujuan untuk melakukan presipitasi
sehingga DNA yang telah terkumpul tadi mampu memisah dari larutan dan terbentuklah
lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi unsur penyusunnya.

VIII. Kesimpulan
DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan
larutan deterjen dan etanol serta garam untuk membantu presipitasi DNA. Pada proses
isolasi DNA digunakan enzim papain yang berfungsi untuk memecahkan protein yang
terkandung dalam DNA. Tahap-tahap dalam isolasi DNA ada tiga. Tahap pertama
dari isolasi DNA adalah penghancuran dinding sel dengan cara memblender bahan,
Tahap kedua isolasi DNA adalah melisiskan sel dengan menambahkan detergent dan
garam ke dalam campuran. Pemberian detergent berfungsi untuk membuka atau
memecah membran sel (baik membran sitoplasma maupun membran nukleus. Tahap
ketiga adalah pemurnian DNA. Cara ini dilakukan dengan manambahkan alkohol
dingin 96%. Alkohol berfungsi untuk memisahkan DNA dengan molekul-molekul
lain,seperti protein.