LAPORAN PRAKTIKUM

ISOLASI DNA BUAH

DISUSUN OLEH:

AWLIYA CHAIRUNNISA GAFFANG

FAKHREZA NABIL AFFANDI

GALENA HUMAIRAH DAHLAN

MUHAMMAD HAFIZH MAHDY

MUHAMMAD RASYWANA AL QOWIY SALAM

NATHAN HALIM

SMA NEGERI 10 SAMARINDA

2023

Tanggal Praktikum: 18 Oktober 2023

 PRAKTIKUM

ISOLASI DNA BUAH

A. Tujuan

Menentukan pengaruh konsentrasi substrat terhadap aktivitas enzim

katalase.

B. Dasar Teori

Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah polimer asam nukleat yang tersusun

secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan
kepada keturunannya. Informasi genetik disusun dalam bentuk kodon yang
berupa tiga pasang basa nukleotida (Calladine, 2014).

Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol.

Molekul DNA pada nukleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak
bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida
berbentuk lingkaran (Suryo, 2012 : 15)

Secara struktural, DNA merupakan polimer nukleotida, dimana setiap

nukleotida tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat, dan basa. Polimer tersebut
membentuk struktur dua untai heliks ganda yang disatukan oleh ikatan
hidrogen antara basa-basa yang ada. Terdapat empat basa dalam DNA, yaitu
adenin (A), sitosin (C), guanin (G), dan timin (T). Adenin akan membentuk
dua ikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin akan selalu membentuk
tiga ikatan hidrogen dengan sitosin. Ini adalah dasar prinsip komplementaritas
basa dalam struktur DNA, di mana adenin selalu berpasangan dengan timin
dan guanin selalu berpasangan dengan sitosin. Pasangan-pasangan ini
membentuk dasar dari struktur double helix DNA.

DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian

DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara
kimiawi. isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk
memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan 'NA dari suatu sel dalam
jaringan.pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan
pemblenderan atau penggerusan menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan
secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. penambahan
sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti untuk
mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA (Fatchiyah, 2011)

Ekstraksi DNA merupakan serangkaian proses untuk memisahkan DNA

dari komponen sel lainnya. DNA atau asam deoksiribosa merupakan tempat
penyimpanan informasi genetik. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan
materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. genom
adalah set lengkap materi genetik (DNA total yang dimiliki suatu organisme
dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA pada organisme tingkat tinggi
seperti manusia, hewan dan tumbuhan terdapat didalam inti sel, dan di
beberapa organel didalam sel, seperti mitokondria dan kloroplas. DNA inti
(genom inti berasal dari inti sel, sedangkan DNA mitokondria (genom
mitokondria berasal dari mitokondria, dan DNA kloroplas berasal dari
kloroplas. Pada organisme tingkat rendah, DNA penyusun kromosom dan
plasmid dibungkus oleh dinding sel (pada bakteri atau dibungkus oleh protein
tertentu pada irus. (Snustad, D, 2012)

Pada praktikum kali ini, akan dilakukan proses ekstraksi DNA atau lebih
tepatnya proses ekstraksi kromosom pada beberapa bagian dari tumbuhan.
Walaupun praktikum kali ini melibatkan DNA atau ektraksi DNA, namun
tidak serta merta dikatakan sebagai bioteknologi modern. Proses ekstraksi
kromosom ini masih digolongkan sebagai bioteknologi konvensional
dikarenakan metode yang digunakan masih menggunakan metode sederhana
dengan bantuan alat-alat dapur dan sebagainya.

Praktikum ini penting untuk dilakukan sebagai keterampilan dasar dalam

bioteknologi terutama yang berhubungan DNA. Hal tersebut tentunya akan
mendukung proses belajar mengajar seseorang dalam membahas tentang
DNA terutama seseorang yang berada dalam dunia pendidikan. Selain hal itu,
keterbatasan alat untuk melihat DNA secara rinci adalah alasan yang tepat
guna untuk mempelajari cara ekstraksi DNA dengan metode konvensional.

C. Alat dan Bahan

● Alat :
1. Lumpang dan alu 11. Saringan halus
2. Beker glass 250 ml (2) 12. Tusuk gigi
3. Erlenmeyer 250 ml (2) 13. Mikroskop
4. Gelas ukur 14. Kaca objek
5. Rak dan 4 tabung reaksi 15. Kaca penutup
6. Pipet tetes
7. Pengaduk kaca/spatula
8. Corong kaca
9. Timbangan
10. Pisau

● Bahan :
1. Buah yang masak sebanyak 50 gram (mangga, nanas,
pepaya, stroberi, avokad)
2. Etanol 95% yang dingin (disimpan didalam freezer)
 3. Detergen cair atau 10 gram detergen bubuk (sabun krim)
yang dilarutkan dalam 60 ml aquades
4. Garam dapur/ garam halus
5. Aquades

D. Prosedur Kerja
1. Kupas buah dan potong kecil-kecil. Ambil 50 garam buah,
tambahkan 100 ml aquades dan 4 gram garam dapur, kemudian
dihaluskan dengan lumpang alu.
2. Saring buah yang sudah dihaluskan dan tampung dalam
Erlenmeyer.
3. Masukkan 15 ml (1 sendok makan) larutan detergen ke dalam
Erlenmeyer dan aduk perlahan hingga tercampur merata. Diamkan
selama 10 menit.
4. Ambil campuran bahan di bagian tengah dan tuangkan ke dalam
tabung reaksi sebanyak 1/3 tabung reaksi.
5. Siapkan etanol dingin sebanyak 1/3 tabung reaksi. Tuangkan etanol
ke dalam campuran bahan dengan hati-hati melalui dinding tabung
reaksi. Hati-hati menggunakan etanol, jangan sampai terhirup.
6. Amatilah proses pemisahan gumpalan DNA berupa lapisan putih
mengambang di bagian paling atas.
7. Ambil DNA dengan menggunakan lidi. DNA tersebut dapat
disimpan dalam etanol.
E. Tabel Hasil Pengamatan

No. Nama Sempel Gambar pengamatan Keterangan

1. Mangga Terlihat DNA

2. Pisang Terlihat DNA

F. Pertanyaan
1. Berdasarkan percobaan yang Anda lakukan. tentukan:
a) Variabel manipulasi (Bebas) : banyaknya detergen
 b) Variabel respons (Terikat) : Jumlah aquades yang diberikan,
waktu penghancuran buah
c) Variabel Kontrol : jumlah DNA yang dihasilkan

2. Jelaskan tujuan dari perlakuan dalam percobaan berikut..

a) Buah dihaluskan : agar buah mudah untuk diambil ekstraknya.
b) Pemberian garam : memudahkan pemisahan benang-benang DNA
dari larutan dan untuk mengendapkan kotoran- kotorannya
sehingga benang-benang DNA tersebut akan mudah diamati.
c) Pemberian deterjen : mempermudah proses pengamatan
munculnya gelembung-gelembung DNA sekaligus untuk melisis
sel pada buah.
d) Penambahan etanol dingin : menggumpalkan DNA

3. Bandingkan hasil pemisahan DNA : Pisang paling banyak dan mangga

paling sedikit.

4. Bentuk DNA adalah heliks ganda, yang terdiri dari dua untai
nukleotida yang saling berpasangan. Untaian ini terjalin bersama
membentuk spiral yang menyerupai tangga.Warna DNA adalah
transparan. Namun, DNA dapat diwarnai dengan pewarna tertentu
untuk membuatnya terlihat di bawah mikroskop. Tekstur DNA adalah
halus dan licin. DNA adalah molekul yang sangat panjang dan tipis,
dengan diameter sekitar 2 nm.

Berikut adalah penjelasan lebih rinci tentang bentuk, warna, dan

tekstur DNA:
a) Bentuk

DNA memiliki bentuk heliks ganda. Heliks adalah struktur tiga

dimensi yang menyerupai tangga. Tangga ini terdiri dari dua untai
nukleotida yang saling berpasangan. Untaian nukleotida terdiri dari
unit-unit kecil yang disebut nukleotida. Nukleotida terdiri dari tiga
komponen:

- Gula deoksiribosa
- Basa nitrogen
- Fosfat

Basa nitrogen ada empat macam, yaitu adenin (A), guanin (G),
sitosin (C), dan timin (T). Dua basa nitrogen pada untaian yang
berbeda berpasangan secara spesifik. A selalu berpasangan dengan
T, dan G selalu berpasangan dengan C.

b) Warna

DNA adalah molekul yang transparan. Namun, DNA dapat

diwarnai dengan pewarna tertentu untuk membuatnya terlihat di
bawah mikroskop. Pewarna yang umum digunakan untuk DNA
adalah pewarna etidium bromida. Etidium bromida akan berikatan
dengan DNA dan membuatnya berwarna merah muda di bawah
sinar UV.

c) Tekstur

DNA adalah molekul yang sangat panjang dan tipis, dengan

diameter sekitar 2 nm. DNA juga sangat elastis dan dapat dilipat
menjadi berbagai bentuk. Di dalam sel, DNA terbungkus dalam
struktur yang disebut kromosom. Kromosom terdiri dari DNA dan
protein. Protein membantu melindungi DNA dari kerusakan.
5. Lapisan yang terbentuk dalam tabung reaksi dapat dibagi menjadi dua
jenis, yaitu lapisan yang terbentuk secara fisik dan lapisan yang
terbentuk secara kimiawi. Lapisan fisik yang terbentuk dalam tabung
reaksi adalah lapisan yang terbentuk akibat adanya proses fisik, seperti
pengkristalan, pengendapan, dan emulsi. Lapisan kimiawi yang
terbentuk dalam tabung reaksi adalah lapisan yang terbentuk akibat
adanya reaksi kimia. Lapisan ini dapat terbentuk secara spontan atau
dengan bantuan katalis.

6. Teknologi isolasi DNA memiliki peran yang sangat penting dalam

kehidupan masyarakat. Teknologi ini memungkinkan kita untuk
memisahkan DNA dari sel dan jaringan, sehingga DNA dapat
dianalisis untuk berbagai tujuan. Berikut adalah beberapa peran
teknologi isolasi DNA dalam kehidupan masyarakat:
a) Diagnosis dan pengobatan penyakit : Isolasi DNA dapat
digunakan untuk mendiagnosis dan mengobati penyakit.
Misalnya, isolasi DNA dapat digunakan untuk mendeteksi adanya
mutasi genetik yang menyebabkan penyakit, seperti kanker.
Isolasi DNA juga dapat digunakan untuk mengembangkan obat-
obatan baru yang menargetkan gen tertentu.
b) Identifikasi biologis : Isolasi DNA dapat digunakan untuk
mengidentifikasi individu atau kelompok biologis. Misalnya,
isolasi DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi pelaku
kejahatan, korban bencana alam, atau spesies tanaman atau
hewan.
c) Rekayasa genetika : Isolasi DNA merupakan langkah awal dalam
rekayasa genetika. Isolasi DNA memungkinkan kita untuk
 mengisolasi gen tertentu dari sel dan jaringan, sehingga gen
tersebut dapat dimodifikasi atau ditambahkan ke dalam sel lain.
d) Penelitian ilmiah : Isolasi DNA merupakan alat yang penting
untuk penelitian ilmiah. Isolasi DNA memungkinkan kita untuk
mempelajari struktur dan fungsi DNA, serta hubungan antara
DNA dengan berbagai sifat organisme.

G. Pembahasan

Menurut Calladine, 2014 Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah polimer

asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa
informasi genetik yang diturunkan kepada keturunannya. Informasi genetik
disusun dalam bentuk kodon yang berupa tiga pasang basa nukleotida.

DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian

DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara
kimiawi. isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk
memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan 'NA dari suatu sel dalam
jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan
pemblenderan atau penggerusan menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan
secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. penambahan
sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti untuk
mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA. Pada praktikum kali ini, akan
dilakukan proses ekstraksi DNA atau lebih tepatnya proses ekstraksi
kromosom pada beberapa bagian dari tumbuhan. Walaupun praktikum kali ini
melibatkan DNA atau ekstraksi DNA, namun tidak serta merta dikatakan
sebagai bioteknologi modern. Proses ekstraksi kromosom ini masih
digolongkan sebagai bioteknologi konvensional dikarenakan metode yang
digunakan masih menggunakan metode sederhana dengan bantuan alat-alat
dapur dan sebagainya.
 Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan didapatkan hasil bahwa jika
dilihat secara keseluruhan, semua sumber DNA mampu menghasilkan DNA
dengan cukup baik. Bentuk DNA yang dihasilkan pada pengamatan kali ini
adalah bentuk benang dengan warna secara umum adalah putih. Adanya hasil
warna dan perbedaan lama waktu yang dibutuhkan untuk menghasilkan DNA
dipengaruhi oleh beberapa faktor, selain karena masing-masing deterjen atau
shampo dan sumber DNA memiliki kemampuan yang berbeda-beda,
perbedaan waktu ini juga disebabkan oleh kurang ketelitian dalam mengamati
DNA yang terbentuk. Dari data yang diperoleh juga menunjukkan bahwa
buah yang memiliki kadar air paling tinggi dapat terbentuk jumlah DNA yang
paling banyak dan paling bagus . Semakin banyak air yang terkandung dalam
buah maka DNA yang akan terpresipitasi akan semakin banyak. DNA yang
dihasilkan dari percobaan ini bukan DNA murni karena sumber DNA yang
digunakan berasal dari serat buah yang disaring, sehingga yang dihasilkan
pada percobaan ini bukanlah supernatan melainkan hanya endapan putih.
Kadar air dalam buah mempengaruhi waktu yang digunakan dalam presipitasi
DNA. Semakin tinggi kadar air dalam buah, semakin lama pula waktu yang
diperlukan dalam mempresipitasi DNA. Hal ini disebabkan karena buah yang
memiliki kadar air yang banyak, memiliki sel-sel yang lebih sedikit dibanding
dengan kadar air yang dikandungnya. Buah yang memiliki kandungan air
yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga DNA
yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat massanya di permukaan
tabung.

H. Kesimpulan

Pada praktikum kali ini kami menguji pengaruh konsentrasi substrat

terhadap aktivitas enzim katalase menggunakan buah mangga dan pisang
yang telah dihaluskan. Hasil pengamatan dari praktikum kali ini kami
mendapati jika buah yang dihaluskan ditambah dengan detergen lalu diberi
 etanol akan terlihat DNA mengambang di atas permukaan, hal ini
disebabkan karena ekstraksi DNA.

DAFTAR PUSTAKA

Calladine. (2014). Klasifikasi DNA, Volume VII.

Suryo (2012). Laporan Praktikum 1. Klasifikasi DNA, Hal 15.

Fatchiyah, Estri Laras Arumingtyas, Sri Widyarti, Sri Rahayu (2011).

Biologi Molekuler : Prinsip Dasar Analisis. Jakarta

Snustad, D (2012). Genetics.

 LAMPIRAN

Awliya Chairunnisa Gaffang Galena Humairah Dahlan

Nathan Halim M. Rasywana Al Qowiy

M. Hafizh Mahdy Fakhreza Nabil A.