ISOLASI DNA METODE KITCHEN PREPARATION

LAPORAN

Disusun Guna Memenuhi Tugas

Mata Kuliah: Genetika
Dosen Pengampu: Dr. Noor Aini Habibah, S.Si., M.Si.

Oleh :
Kelompok 3

Reny Rahayu (4411416023)

Annur Hidayat (4411416006)
Arum Mulyani (4411416002)

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG
SEMARANG
2018
 ISOLASI DNA METODE KITCHEN PREPARATION
(Jumat, 1 Juni 2018)

A. Tujuan :
1. Melakukan isolasi DNA melalui metode Kitchen Preparation
2. Mengetahui ujud/ profil DNA

B. Landasan Teori :
DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk
hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari
makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya.
Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol.
Molekul DNA pada nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak
bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida
berbentuk lingkaran (Suryo, 2012 : 59).
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang
mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme (Jamilah, 2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula
deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida
(Istanti, 1999). Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di
nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan
nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa
nitrogen dan kedua ”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan
yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan
nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam
setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai ”cetak biru kehidupan” karena molekul
ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan
struktur protein dan proses metabolisme lain (Jamilah, 2005).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa
diisolasi. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi
DNA dapat dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA
dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa
polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air
yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula.
Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel
yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini
harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada
DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun
secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus
menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan
pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah
deterjen.
Modifikasi teknik isolasi DNA telah dilakukan pada beberapa
laboratorium, misalnya pada takaran bahan-bahan yang digunakan atau
penguraian/ penggantian jenis bahan yang digunakan sesuai dengan sel/ jaringan
sumber DNA. Teknik/ metode isolasi DNA yang sangat sederhana adalah metode
Kitchen Preparation. Metode isolasi ini memanfaatkan bahan- bahan yang biasanya
digunakan ibu rumah tangga yaitu sabun cuci (cair, bubuk atau krim) untuk
menggantikan bahan utama dalam praktikum isolasi DNA.

C. Alat dan Bahan :

1. Buah strawberry
 2. Alat Tulis
3. Garam dapur
4. Deterjen bubuk/cair
5. Etanol 96% dingin
6. Lumpang dan martil
7. Kertas saring
8. Plastik
9. Tabung reaksi, bekerglass, corong
10. Timbangan digital

D. Cara Kerja :

Menimbang buah Memasukkan buah strawberi ke

strawberry kira-kira 30 gr dalam kantong plastic ditambahkan
5 gram garam dapur,
menghancurkan sampai lumat
menggunakan lumpang dan martil

Menuangkan 5 ml larutan
stok pada tabung reaksi I, Menyaring larutan tersebut
kemudian menambahkan 1 dengan menggunakan kertas
ml deterjen pada tabung saring. Larutan hasil penyaringan
tersebut disebut larutan stok

Menuangkan 5 ml larutran stok Menggoyangkan atau

pada tabung reaksi II, kemudian mengocok kedua tabung
menambahkan 5 ml larutan tersebut membentuk angka 8
deterjen pada tabung tersebut

Mengamati benang-benang Menambahkan etanol 96%

putih yang terbentuk dingin
E. Hasil Kegiatan :

Data Kelompok

Tahap kegiatan Hasil pengamatan

Strowberi dihancurkan
Penambahan 5 ml larutan detergen +5 Agak keruh, warna merah muda
ml larutan garam
Menambahkan etanol dingin 96%
Strowberi lunak, berair dan berwarna
merah
Perlahan-lahan terbentuk 2 lapisan.
Lapisan bawah berwarna merah yaitu
larutan strowberi dan larutan sabun,
sedangkan lapisan atas berwarna
bening yaitu etanol dingin.

Lama kelamaan terjadi presipitasi

pita-pita DNA yang berwarna putih
di lapisan atas.

G. Pembahasan
Percobaan isolasi DNA dengan metode Kitchen Preparation yang bertujuan
untuk Melakukan isolasi DNA melalui metode kitchen preparation dan mengetahui
ujud/ profil DNA termasuk isolasi DNA kromosom yaitu memisahkan DNA genom
dari komponen-komponen sel lain. Prinsip kerja dalam isolasi DNA ini yaitu
penghancuran sel (lisis), penghilangan RNA dan protein serta pemurnian DNA.
Langkah pertama yang dilakukan adalah penghancuran strawberry. Proses ini
merupakan perlakuan untuk menyederhanakan tekstur dan merusak dinding sel secara
mekanis. Di dalam buah strowberry mengandung enzim proteinase (enzim pengurai
protein) untuk menyingkirkan protein yang mungkin akan mengotori bahan yang kita
inginkan. Selanjutnya ditambahkan larutan garam dapur 5 ml. Larutan Garam dapur
ini digunakan sebagai pengganti NaCl analitik fungsinya yaitu untuk memurnikan
DNA. Hal ini bisa terjadi karena garam dapat melarutkan DNA karena ion Na+ yang
dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif
fosfat DNA, yaitu kutub yang bis menyebabkan molekul-molekul saling tolak
menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub
negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah 2005:21).

Setelah itu, larutan disaring dengan menggunakan kertas saring. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan ampas strawberry dengan larutan ekstrak strawberry.
Selanjutnya mengisi dua buah tabung reaksi dengan larutan deterjen bubuk 5 ml
untuk masing-masing tabung, kemudian dikocok membentuk angka 8 selama 5 menit.
Deterjen digunakan sebagai pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang
berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion Mg yang berfungsi
mempertahankan integritas sel, selain itu deterjen juga sebagai pengganti SDS
(Sodium Dodesil Sulfat) yang dapat melarutkan membran sel dan mendenaturasi
protein. Deterjen bisa menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel,
sehingga bisa merusak struktur membran sel. Selain itu, deterjen bisa menyebabkan
kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela
interaksi polar yang menyatukan membran sel karena deterjen mengandung disodium
EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat
(Dollart 2005 dalam Jamilah, 2005). Apabila dinding sel terdegradasi maka semua isi
sel dapat keluar termasuk DNA dan dilepaskan ke dalam buffer ekstraksi.
Pengocokan berfungsi untuk menghomogenkan larutan strowberry, garam, dan
deterjen serta mempercepat terjadinya reaksi pengrusakan dinding dan membran sel
oleh deterjen.

Selanjutnya yaitu menambahkan etanol 96% dingin. Sebelum menambahkan

etanol dingin, larutan berwarna merah tua agak keruh dan belum terjadi presipitasi
DNA. Setelah ditambah etanol dingin secara perlahan-lahan terbentuk 2 lapisan.
Lapisan bawah berwarna merah yaitu larutan strowberi dan larutan sabun, sedangkan
lapisan atas berwarna bening yaitu etanol dingin.
 Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan
lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut
dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga
tidak terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut
mereka akan berkumpul/ menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat
seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa
jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-
benar dingin dan berasal dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk
menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka
mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna. Tahap tersebut juga disebut
sebagai tahap presipitasi. Presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon,
sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan
protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat.
Selain strawberry dapat pula menggunakan bahan lain sebagai sumber DNA,
karena setiap tanaman pasti memiliki DNA yang sangat berperan penting sebagai
pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain.
Perbandingan antara prosedur isolasi DNA standar (yang umum digunakan)
dengan metode kitchen preparation adalah jika menggunakan metode kitchen
preparation alat dan bahan yang digunakan lebih mudah didapatkan dan harganya
lebih murah dari pada prosedur isolasi standar. Metode kitchen memanfaatkan atau
menggunakan bahan-bahan yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti
deterjen dan garam dapur.

H. Kesimpulan
1. Dalam praktikum isolasi DNA menggunakan metode kasar (Kitchen
Preparation ), didapatkan hasil yaitu terbentuk benang-benang DNA
berwarna putih y a n g c u k u p b a n y a k .
 2. W u j u d / p r o f i l D N A ya n g t e r b e n t u k ya i t u a d a n ya b e n a n g -
benang berwarna putih yang menggerombol dan
mengambang pada lapisan etanol.

I. Daftar Pustaka

Doyle. J. J and Doyle J. L. 1990. Isolation of Plant DNA from Fresh Tissue Focus.
Moscow. 12 (1): 13.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak
Nanas (Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam
Buah sebagai Topik Praktikum Mata Kuliah Genetika. Skripsi. Malang:
Program Sarjana Biologi.
Maftuchah. 2001. Strategi Pemanfaatan Penanda Molekuler dalam Perkembangan
Bidang Hortikultura. Makalah Pemanfaatan Penanda Molekuler di Bidang
Hortikultura. Plant reportesis 15 : 8- 15.
Smbrook J, E. F. Fritcs and Manicitis, T. 1989. Molecular Kloning: A Laboratory
Manual. 2nd Edition. Old spring Harbor Laboratory Press. USA.

Dokumentasi
Jawaban Pertanyaan :

1. Dapat, prosedur isolasi Kitchen preparation dapat digunakan untuk isolasi DNA
dari jaringan hewan maupun tumbuhan. Perbandingan antara prosedur isolasi DNA
standar (yang umum digunakan) dengan metode kitchen preparation adalah jika
menggunakan metode kitchen preparation alat dan bahan yang digunakan lebih
mudah didapatkan dan harganya lebih murah dari pada prosedur isolasi standar.
Metode kitchen memanfaatkan atau menggunakan bahan-bahan yang biasa digunakan
ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam dapur.

2. Wujud DNA yang kelompok kami peroleh yaitu terbentuk adanya benang-benang
putih yang sangat banyak dan mengapung pada lapisan etanol.