Laporan Praktikum Biologi

Isolasi DNA
Senin, 21 Oktober 2019

Kelas XII-MIPA-1

Kelompok 2

1. Angela Victoria (2)

2. Jimmy Rivallo (16)
3. Regina Marvella (23)

SMA Katolik Yos Sudarso Batam

Tahun Pelajaran 2019/2020

A. Tujuan
1. Mengekstraksi dan memisahkan DNA tumbuhan (buah-buahan) dengan cara sederhana.

B. Dasar Teori
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur
perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus,
mitikondria, dan kloroplas. DNA terdiri dari tiga macam molekul, yaitu gula deoksiribosa, gugus
fosfat dan basa nitrogen. Gula pentosa memiliki 5 atom C, dan pada DNA atom C nomor 2 berikatan
dengan atom H. Gugus fosfat pada DNA berikatan dengan atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester.
Gugus fosfat tersebut yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. Basa nitrogen yang
menyusun asam nukleat ada dua macam, yaitu basa purin yang terdiri dari adenin dan guanin dan
basa pirimidin yang terdiri dari timin dan sitosin. Ikatan tersebut menghasilkan molekul yang disebut
nukleosida. Nukleosida akan bergabung dengan fosfat dan membentuk molekul yang disebut
nukleotida. Nukleotida adalah Satu komponen pembangun DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu
gugus fosfat dan satu pasang basa (Asris, 2010).

Untai ganda DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang terpilin. Kedua rantai tersebut
berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenin dengan timin sebanyak dua ikatan dan
antara guanin dan sitosin sebanyak tiga ikatan. Spesifisitas pasangan basa tersebut disebut sebagai
komplementaritas Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan
ketika sel akan membelah diri.

Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya
semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi
memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan konjugat dari
rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai
pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa
pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi, satu rantai tunggal
merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya merupakan
rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak
sebagai cetakan untuk membuat rantai pasangannya (Campbell, dkk., 2010).

Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan
mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan
rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah

1
membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap
kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.Sel
eukariot memiliki DNA di dalam kromosom, yaitu di inti sel dan ada beberapa sel eukariot memiliki
DNA di luar kromosom, yaitu DNA pada mitokondria dan kloroplas. DNA nukleus berbentuk linear
dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas
berbentuk sirkular, replikasinya berlangsung secara independen dan tidak bergantung pada replikasi
kromosom, serta tidak berasosiasi dengan protein histon.

Organisasi gen mitokondria lebih mirip organisasi gen pada bakteri. Selain itu, DNA mitokondria
dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Hal
ini sangat berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orang tua
(Suryo, 2004).

DNA dari sel prokariot maupun sel eukariot dapat diperoleh dengan cara mengisolasi DNA yang
terdapat di dalam sel. Isolasi DNA adalah teknik yang dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat
yang lain di dalam sel. Fungsi dari pengisolasian DNA adalah mendapatkan DNA murni dari dalam
sel yang akan digunakan untuk penganalisisan genotip suatu organisme (Asris, 2010).

Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi esktrak sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai
cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini
karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-
masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin
tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit (Agus dan Sjafarenan, 2013).

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA, hal ini bertujuan untuk memisahkan
DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati,
sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat
dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan cara
mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus
menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian bahan
yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen (Istanti, 1999).

2
 Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan yang disebabkan oleh pengaruh
senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia yang mampu merusak membran ataupun dinding sel antara
lain lisozim yang mampu mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga kekakuan sel tidak lagi
dapat terjaga. Selain itu, ada pula senyawa EDTA atau Etilen Diamin Tetra Asetat yang berfungsi
untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan struktur selubung sel serta
menghambat enzim yang dapat merusak DNA. Dalam proses isolasi DNA, deterjen berfungsi
menggantikan senyawa-senyawa kimia tersebut diatas. Deterjen mengandung sodium dodesil sulfat
yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membran akan
rusak dan melisiskan isi sel (Istanti, 1999).

Proses selanjutnya yaitu purifikasi hal ini bertujuan untuk membersihkan hasil ekstraksi dari zat-
zat lain. Hal ini bertujuan untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh
temperatur. Pada proses pengisolasian DNA digunakan garam dapur dengan tujuan untuk
memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu
membentuk ikatan dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+ garam berikatan
dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul (Suryo, 2004).

Setelah menunggu beberapa saat tahapan selanjutnya yaitu terjadi presipitasi yang bertujuan
mengendapkan protein histon. Presipitasi terjadi pada lapisan atas bukan lapisan bawah, yang
menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika molekul DNA
terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah
kedalam larutan yang bukan pelarut meraka akan berkumpul atau menggumpal sehingga dapat
dilihat. Presipitasi DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan
larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis air. Etanol yang digunakan harus
benar-benar dingin dan berasal dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan
presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan
presipitat kurang sempurna (Istanti, 1999).

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam sumber DNA
yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Upaya untuk mengeluarkan DNA dari sel
dilakukan dengan merusak dinding dan membrane sel dan juga membran inti. Cara yang digunakan
untuk merusak membran-membran tersebut sangat beraneka ragam, misalnya dengan pemblenderan
atau penggerusan dengan mortal dan pistil. Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel
dapat pula dirusak dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia. Adapun manfaat dari isolasi DNA
antara lain (Asris, 2010):

3
 1. Mendapatkan DNA murni yang akan digunakan dalam percobaan laboratorium tertentu.
2. Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel.
3. Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan secara enzimatik melalui teknik Hibridisasi
Southern.
4. Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan pustaka genomik.
5. Isolasi plasmid atau DNA fage dalam prosedur rutin peminakan DNA.

C. Alat dan Bahan

Alat:

1. Blender
2. 2 gelas beker 250 mL
3. 2 Erlenmeyer 250 mL
4. Gelas ukur
5. Rak dan 4 tabung reaksi
6. Pipet tetes
7. Pengaduk kaca/spatula
8. Corong kaca
9. Timbangan
10. Pisau
11. Saringan halus
12. Potongan lidi/sedotan
13. Mikroskop
14. Kaca objek
15. Kaca penutup

Bahan:

1. Buah yang masak sebanyak 50 gram (misalnya stroberi, nanas, mangga, pepaya, atau avokad)
2. Etanol 95% yang dingin (disimpan di dalam freezer/es batu)
3. Deterjen cair atau 10 gram deterjen bubuk (sabun krim) yang dilarutkan dalam 60 mL
akuades.
4. Garam halus
5. Akuades

4
D. Langkah Kerja
1. Kupaslah buah potong kecil-kecil. Ambil 50-gram buah, tambahkan 100 mL akuades dan 4-gram
garam, kemudian diblender hingga halus.
2. Saring buah yang sudah dihaluskan dan tampung dalam erlenmeyer.
3. Masukkan 15 mL (1 sendok makan) larutan detergen ke dalam erlenmeyer dan aduk perlahan
hingga tercampur merata. Diamkan selama 10 menit.
4. Ambil campuran bahan di bagian tengah dan tuangkan ke dalam tabungreaksi sebanyak tabung
reaksi.
5. Siapkan etanol dingin sebanyak tabung reaksi. Tuangkan etanol ke dalam campuran bahan
dengan hati-hati melalui dinding tabung reaksi. Hati-hati menggunakan etanol, jangan sampai
terhirup.
6. Amatilah proses pemisahan gumpalan DNA berupa lapisan putih di bagian paling atas.
7. Ambil DNA dengan menggunakan lidi. DNA tersebut dapat disimpan dalam alkohol.
8. Amatilah sedikit DNA dengan menggunakan mikroskop, kemudian gambar bentuknya.
9. Ulangi kegiatan tersebut di atas dengan menggunakan jenis buah yang berbeda
10. Catatlah hasil pengamatan Anda ke dalam tabel.

E. Hasil Pengamatan
1. Buah-Buahan

No. Jenis Buah Foto

1. Jeruk

5
2. Mangga

3. Pisang

4. Nanas

6
2. Manusia
No. Nama Foto
1. Angela V.

2. Jimmy R.

3. Regina M.

7
F. Analisa Data
Berdasarkan hasil praktikum, diketahui bahwa 4 dari 4 ekstrak tumbuhan (buah-buahan)
yang digunakan sebagai sampel berhasil diekstraksi kromosomnya. Hal ini nampak terlihat dengan
adanya benang-benang spindel yang melingkar berbentuk cincin dipermukaan sampel. Sedangkan
pada sampel yang gagal atau belum berhasil, yaitu pada buah pear dimana tidak nampak adanya
benang spindel yang melingkar di atas permukaannya.
Untuk proses ektraksi kromosom telah dijelaskan dengan rinci oleh Surzycki (2000) dalam
Yulianti (2006) dimana pemecahan sel merupakan langkah penting dalam isolasi DNA. Jalan untuk
memecah sel bisa dilakukan secara kimia, mekanik atau enzimatik. Prosedur yang paling baik untuk
membuka sel adalah secara kimia atau enzimatik untuk mendapatkan DNA yang utuh. Pembukaan
sel secara mekanik seperti sonikasi, penggilingan, dan pemberian tekanan tinggi tidak dapat
digunakan untuk preparasi DNA, karena dapat memotong DNA menjadi potongan-potongan kecil.
Metode yang baik adalah menggunakan detergen (secara kimia) dan/atau secara enzimatik.
Detergen dapat melarutkan lemak dalam membran sel, sehingga sel bisa lisis. Selain itu, detergen
ini dapat menghambat DNAse yang dapat merusak DNA dan dapat mendenaturasi protein,
sehingga protein dapat dihilangkan dari larutan. Biasanya sel tumbuhan tidak dapat dirusak hanya
dengan menggunakan detergen. Untuk melisiskan sel dapat diberikan perlakuan dengan enzim,
sehingg membran sel dapat berinteraksi dengan detergen. Dinding sel tumbuhan dapat dihilangka
dengan enzim untuk menghilangkan selulosa yang terdapat di dalam dinding sel. Namu
penggunaan enzim ini mahal dan memerlukan banyak waktu, sehingga untuk sel tumbuhan dapat
diganti dengan penggerusan dengan menggunakan pestle atau blender. Penggerusan yang
dilakukan tidak boleh terlalu kuat, karen dapat memotong DNA.
Jika dilihat secara keseluruhan, semua sumber DNA mampu menghasilkan DNA dengan
cukup baik. Untuk masing-masing sumber DNA, jenis deterjen yang digunakan mempengaruhi
banyaknya DNA yang dihasilkan dan waktu pembentukannya pun bervariasi. Bentuk DNA yang
dihasilkan pada pengamatan kali ini adalah bentuk benang dengan warna secara umum adalah
putih. Adanya hasil warna dan perbedaan lama waktu yang dibutuhkan untuk menghasilkan DNA
dipengaruhi oleh beberapa faktor, selain karena masing-masing deterjen dan sumber DNA
memiliki kemampuan yang berbeda-beda, perbedaan waktu ini juga disebabkan oleh kurang telitian
praktikan dalam mengamati DNA yang terbentuk. Dari data yang diperoleh juga menunjukkan
bahwa buah yang memiliki kadar air paling rendah dapat terbentuk jumlah DNA yang paling
banyak dan paling bagus.

8
 Semakin sedikit air yang terkandung dalam buah maka DNA yang akan terpresipitasi akan
semakin sedikit. DNA yang dihasilkan dari percobaan ini bukan DNA murni karena sumber DNA
yang digunakan berasal dari serat buah yang disaring, sehingga yang dihasilkan pada percobaan ini
bukanlah supernatan melainkan hanya endapan putih.

G. Pertanyaan dan Jawaban

1. Berdasarkan percobaan yang Anda lakukan, tentukan:
a. Variable manipulasi (bebas) : Buah nanas, pisang, jeruk, dan mangga.
b. Variabel respons (terikat) : Bentuk DNA
c. Variabel kontrol : Etanol 95% dan garam halus.

2. Jelaskan tujuan dari perlakuan dalam percoban berikut

a. Buah dihaluskan : Merusak dinding sel secara mekanik sehingga DNA dapat
keluar dari dalam sel.
b. Pemberian garam : Menjaga pH larutan agar tetap konstan sehingga diharapkan
tidak terjadi denaturasi DNA.
c. Pemberian detergen cair : Merusak membran sel dan membran inti sehingga DNA yang
diinginkan dapat keluar dari dalam sel.
d. Pemerian etanol dingin : Proses pengendapan asam nukleat untuk meningkatkan
konsentrasi DNA.

3. Bandingkan hasil pemisahan DNA. Buah apakah yang paling banyak mengandung DNA?
Jawab : Buah mangga

4. Jelaskan bentuk, warna dan tekstur DNA yang terbenuk

Jawab : Pada buah jeruk bentuknya mengikuti bentuk tabung reaksi warnanya putih dan
tekstur DNAnya seperti gelembung gas. Pada buah mangga berbentuk gumpalan yang lebih
kecil dari DNA buah jeruk warnanya putih juga bertekstur yang sama dengan buah mangga.

5. Perhatikan beberapa lapisan dalam larutan. Dapatkah anda menjelaskanlapisan apa saja yang
terbentuk dalam tabung reaksi?
Jawab : Lapisan bawah ekstrak buah lapisan tengah DNA yang belum jadi,lapisan atas
alkohol dan ada DNA buah yang sudah jadi.

9
 6. Apakah peranan teknologi isolasi DNA dalam kehidupan masyarakat?
Jawab : Untuk analisis genetik dan diagnostik dalam obat juga ilmu forensik.

H. Kesimpulan
Untuk mengisolasi DNA pada buah, diperlukan langkah-langkah sistematis, yaitu
menghancurkan dinding sel dengan penggerusan bahan, melisiskan membran sel dan membrane
nukleus dengan pencampuran detergen,serta presipitasi DNA dengan penambahan etanol absolut
dingin dan bantuan ion Na+ dari NaCl (Kristal garam). DNA akan terlihat sebagai massa benang-
benang putih yang perlahan naik ke permukaan tabung. Kadar air pada buah mempengaruhi waktu
dan banyaknya DNA yang terpresipitasi. Semakin banyak kadar air maka semakin lama waktu yang
dibutuhkan, dan jumlah DNA yang terpresipitasi semakin sedikit.

10