BAB I

PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

DNA atau deoxyribonucleic acid merupakan satu dari dua tipe asam

nukleat. DNA merupakan komponen penyusun gen. DNA (bahasa

Inggris: deoxyribonucleic acid), adalah sejenis biomolekul yang menyimpan dan

menyandi instruksi-instruksi genetika setiap organisme dan banyak jenis virus.

Instruksi-instruksi genetika ini berperan penting dalam pertumbuhan,

perkembangan, dan fungsi organisme dan virus. DNA banyak terdapat di dalam

inti sel dan sedikit terdapat di mitokondria dan kloroplas. Berdasarkan hasil

penelitian R.Franklin dan Maurice Wilkins pada DNA menggunakan sinar-X,

James Watson dan Francis Crick mengemukakan suatu model gen yang terkenal

dengan nama double helix(tangga tali berpilin ganda).

Asam nukleat tersusun atas nukleotida-nukleotida sehingga merupakan

polinukleotida. Satu nukleotida terdiri atas nukleosida dan fosfat(PO4-).

Sedangkan nukleosida terdiri atas sebuah gula pentose dan sebuah basa nitrogen

berupa purin atau pirimidin. Nukleosida adalah nukleotida tanpa fosfat sedangkan

nukleotida adalah nukleosida dengan fosfat.

Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel jaringan tubuh makhluk

hidup dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Isolasi DNA merupakan metode

untuk mendapatkan DNA murni dari suatu makhluk hidup. Isolasi DNA

1
dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein,

lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga

yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti

selulosa dan protein, serta pemurnian DNA. Setelah proses ekstraksi, DNA yang

didapat dapat dipekatkan melalui presipitasi (pemisahan).

I.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas maka permasalahan yang menjadi

pokok percobaan dapat dirumuskan sebagai berikut :

1. Apakah pengaruh etanol terhadap proses isolasi DNA?

2. Bagaimana struktur DNA hasil ekstraksi buah?

I.3 Tujuan

Tujuan dilaksanakannya percobaan ini adalah untuk:

1. Mengetahui pengaruh etanol terhadap proses isolasi DNA.

2. Mengetahui struktur DNA hasil ekstraksi buah.

I.4 Hipotesis

I.4.1 Hipotesis nol (H0)

Tidak ada pengaruh etanol terhadap proses isolasi DNA.

I.4.2 Hipotesis alternatif (HI)

Ada pengaruh etanol terhadap proses isolasi DNA.

2
I.5 Variabel Penelitian

I.5.1 Variabel Bebas / Manipulasi

Variabel bebas dalam penelitian ini adalah etanol.

I.5.2 Variabel Terikat / Respon

Variabel terikat dalam penelitian ini adalah ekstraksi buah.

I.5.3 Variabel Kontrol / Pengendali

Variabel kontrol dalam penelitian ini adalah NaCl, detergen, dan air.

3
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II. 1 DNA

1. Struktur DNA

Satu molekul DNA terdiri atas dua pita atau berpita ganda.

Masing-masing pita DNA dihubungkan oleh nukleotida sehingga

membentuk struktur rantai ganda yang tersusun seperti tangga berpilin.

Struktur DNA yang demikian dikenal dengan istilah double helix.

Menurut struktur DNA double helix, setiap nukleotida terdiri atas

tiga unit yaitu satu molekul gula pentose deoksiribosa satu gugus fosfat,

dan satu dari empat jenis basa nitrogen. Keempat basa nitrogen tersebut

adalah kelompok purin, yaitu adenine(A) dan guanine(G); serta kelompok

pirimidin, yaitu timin(T) dan sitosin(S).

4
 Nukleotida pada satu pita DNA mempunyai ikatan yang spesifik

dengan nukleotida pada pita DNA pasangannya. Nukleotida yang

mengandung adenin(A) selalu berpasangan dengan nukleotida yang

mengandung timin(T), sedangkan nukleotida yang mengandung sitosin(S)

selalu berpasangan dengan nukleotida yang mengandung duanin(G).

selanjutnya setiap pasangan basa nitrogen dihubungkan dengan ikatan

hydrogen yang merupakan ikatan kimia lemah. Pasangan basa nitrogen

guanin(G) dan sitosin(S) dihubungkan oleh tiga molekul hydrogen,

sedangkan pasangan basa nitrogen timin(T) dan adenin(A) dihubungkan

oleh dua molekul hydrogen.

2. Replikasi DNA

Sebagian besar sel makhluk hidup melakukan replikasi DNA di

dalam inti sel dan terjadi sebelum sel melakukan pembelahan. Seperti

halnya reaksi-reaksi kimia lain yang terjadi di dalam sel, replikasi juga

merupakan reaksi kimia yang melibatkan beberapa enzim, antara lain

sebagai berikut.

1) DNA polimerase, berperan dalam proses pemanjangan DNA

baru pada cabang replikasi.

2) Helikase, berperan membuka pita ganda DNA pada bagian

cabang replikasi.

3) DNA primase, berperan menggabungkan nukleotida-nukleotida

RNA untuk membentuk RNA primer. RNA primer merupakan

pita awawl dalam proses pemanjangan.

5
 4) DNA ligase, berperan menggabungkan fragmen-fragmen DNA

ke untai yang sedang tumbuh.

5) DNA nuklease, berperan memotong pita DNA, misalnya ketika

terjadi kerusakan pada bagian tertentu dari pita DNA.

Ada tiga hipotesis tentang replikasi DNA yang menjelaskan

bagaimana pita double helix DNA membuat salinannya, yaitu sebagai

berikut.

1) Hipotesis konservatif, menjelaskan bahwa pita double helix

DNA membentuk pita baru dalam keadaan utuh.

2) Hipotesis semikonservatif, menjelaskan bahwa kedua pita DNA

terbuka kemudian masing-masing pita tersebut mencetak pita

baru yang merupakan pelengkapnya.

3) Hipotesis dispersial, menjelaskan bahwa kedua pita terpotong-

potong dan setiap potongan membentuk pita baru sebagai

pengganti potongan sebelahnya. Dengan demikian pita double

helix yang baru merupakan campuran antara potongan pita

lama dengan yang baru dibentuk.

Pada tahun 1950-an , Franklin Stahl dan Matthew Meselson

menguji ketiga hipotesis replikasi DNA dengan menggunakan bakteri

E. coli. Hasil percobaan mereka menunjukkan bahwa hanya hipotesis

semikonservatif yang dianggap tepat untuk menjelaskan replikasi DNA.

6
 Replikasi DNA diawali dengan terbukanya dua rantai

polinukleotida yang masing-masing berfungsi sebagai cetakan. Untuk

menyusun satu rantai pelengkapnya yang baru enzim helikase membentuk

gelembung-gelembung replikasi. Suatu protein pengikat rantai tunggal

akan tetap menjaga agar kedua pita pada setiap gelembung terpisah.

Jumlah gelembung replikasi pada makhluk hidup eukariot dapat mencapai

ratusan sampai ribuan sepanjang molekul DNA.

Pada bagian ujung setiap gelembung terdapat daerah cabang

replikasi, yaitu suatu daerah berbentuk Y. fragmen yang berupa

nukleotida-nukleotida DNA satu per satu dibentuk dan ditambahkanke

nukleotida baru sehingga membuat rantai nukleotida menjadi panjang.

Penambahan fragmen dibantu oleh enzim DNA polymerase, sedangkan

penyambungan setiap fragmen sepanjang pita DNA dilakukan oleh enzim

DNA ligase. Setelah pembentukan pita DNA yang baru selesai, maka

kedua pita DNA lama pada setiap gelembung replikasi akan menutup

kembali.

II.2 Isolasi DNA

Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi

untuk berbagai macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA

melalui elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk

memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat.

Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),

7
 ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan

protein, serta pemurnian DNA.

1. TAHAPAN ISOLASI DNA

1) Isolasi jaringan

Tahap pertama yang dilakukan yaitu mengisolasi jaringan yang ingin

digunakan.

2) Pelisisan dinding dan membran sel

Tahap selanjutnya yaitu melisiskan dinding dan membran sel dengan

cara penggerusan (homogenasi), sentrifugasi dengan kecepatan lebih

dari 10.000 rpm atau dengan menggunakan larutan pelisis sel atau

buffer ekstraksi. Inti sel harus dilisiskan, karena substansi gen yang

diinginkan ada didalamnya. Penambahan larutan pelisis sel ini

bertujuan untuk melisiskan sel yang tidak mengandung DNA agar sel

yang mengandung inti sel dapat diisolasi atau dipisahkan dari

komponen-komponen sel lainnya yang tidak berfungsi.

3) Pengekstraksian dalam larutan

Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang dan kemudian

dilakukan ekstraksi di dalam larutan. Hal tersebut bertujuan agar

didapat ekstrak.

4) Purifikasi

Tahap ini bertujuan untuk membersihkan hasil ekstrak dari zat-zat

lainnya. Pada larutan tersebut kemudian diberikan RNAse dan

diinkubasi selama 10 menit pada suhu 65°C. Hal tersebut bertujuan

8
 untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh

temperatur. Penambahan RNAse berguna untuk menyingkirkan

kontaminasi RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh.

5) Presipitasi

Tahap terakhir, yaitu presipitasi bertujuan untuk mengendapkan

protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung

(coiling) dan berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan

DNA menjadi terlihat. Tahap presipitasi dilakukan dengan cara

meneteskan larutan presipitasi protein dan kemudian divortex yang

bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Larutan presipitasi protein

terdiri atas amonium asetat yang jika berikatan dengan protein

mengakibatkan terbentuknya senyawa baru dengan kelarutan lebih

rendah, sehingga menyebabkan protein mengendap. Larutan tersebut

kemudian disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan

13.000 rpm. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi

berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya

sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar,

sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas.

9
 BAB III

METODE PERCOBAAN

III.1 Waktu danTempat

Waktu pelaksanaan penelitian : 18 Oktober 2018

Tempat pelaksanaan penelitian : Laboratorium Biologi SMAN 3 Makassar

III.2 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam penelitian:

1. Tabung reaksi

2. Pisau

3. Pipet 5 ml

4. Garpu

5. Gelas beaker 250 ml

6. Saringan/tapisan

7. Plastik

Bahan yang digunakan dalam penelitian :

1. Buah anggur

2. NaCl 3 gram

3. Detergen/sabun cuci piring

4. Etanol 95%-100% dingin

10
III.3 Cara Kerja

1. Pilihlah buah anggur yang masak dan potong dengan pisau. Keluarkan

isinya dengan menggunakan garpu dan hancurkan di dalam plastik.

Lalu simpan pada gelas beaker 250 ml.

2. Tambahkan 3 gram NaCl yang telah dilarutkan , kemudian tambahkan

10 ml detergen, buat sampai volume 100 ml dengan menambahkan air.

3. Campurkan dan aduk dengan garpu sampai benar-benar tercampur

kemudian disaring dan disimpan cairan yang telah disaring tersebut.

4. Biarkan beberapa menit kemudian isi sebanyak 6 ml cairan tersebut ke

dalam tabung reaksi.

5. Tambahkan 9 ml etanol dingin pada bagian bawah tabung reaksi dan

tunggu beberapa menit untuk presipitasi DNA sampai terdapat 2

bagian yang terpisah oleh etanol dan bagian yang berwarna putih.

6. Bagian yang putih dipindahkan ke tabung reaksi yang lain. Bagian ini

merupakan DNA hasil ekstraksi.

7. Gambarlah hasil ekstraksi yang kalian amati, jika memungkinkan

amati pula dibawah mikroskop!

11
 BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

IV. 1 HASIL DAN PEMBAHASAN

1. Perhatikan hasil ekstraksi buah yang kalian amati dan gambarkan

striktur DNA nya!

Jawab:
Tabung reaksi

DNA

Ekstrak buah anggur

2. Apa fungsi etanol pada praktikum ekstraksi DNA!

Jawab : fungsi etanol pada praktikum ekstraksi DNA adalah untuk

presipitasi(pengendapan) DNA agar dapat terpisah dari zat atau

fragmen-fragmen lainnya.

3. Tuliskan sifat-sifat DNA!

Jawab: 1) di dalam DNA, jumlah basa A=T dan G=C

2) urutan basa dan panjang DNA tiap spesies berbeda

3) setiap spesies mempunyai jumlah basa berbeda

4) DNA merupakan molekul hidup

5) DNA bersifat stabil

12
6) DNA menyimpan gen

7) di dalam DNA terdapat fragmen berulang.

13
 BAB V

PENUTUP

V.1 Kesimpulan

Pada percobaan ini kita dapat mengetahui bentuk struktur DNA dari

ekstraksi buah dengan bantuan etanol yang mengendapkan DNA yang awalnya

kecil dan akhirnya terlihat oleh mata.

V.2 Saran

Pada percobaan ini diperlukan kehati-hatian dalam menambahkan air pada

campuran NaCl, detergen, dan ekstraksi buah. Jangan sampai ada gelembung

detergen karena gelembung tersebut dapat menghambat pengamatan DNA.

14
 DAFTAR PUSTAKA

http://edukasismn.blogspot.com/2017/11/tahap-isolasi-dna.html

http://www.generasibiologi.com/2012/08/isolasi-dna.html

http://riskaannisablog081194.blogspot.com/2014/05/laporan-isolasi-dna_15.html

Priadi, Arif. 2010. Biologi SMA Kelas XII.Jakarta:Yudhistira

https://id.wikipedia.org/wiki/Asam_deoksiribonukleat

https://id.wikipedia.org/wiki/Isolasi_DNA

15
LAMPIRAN

16
17
18