I.

JUDUL PERCOBAAN : Isolasi DNA Epithelial Mulut

II. HARI / TANGGAL PERCOBAAN : Senin, 30 Oktober 2017 Pukul 13.00
III. SELESAI PERCOBAAN : Senin, 30 Oktober 2017 Pukul 15.40
IV. TUJUAN PERCOBAAN : Mampu Mengerjakan Isolasi DNA
Sesuai Prosedur dengan Sampel DNA
Diambil dari Sel Epithelial Mulut
V. DASAR TEORI

DNA

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang
mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme (Corkill, G., Rapley, R. 2008). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama
yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida
(Istanti, 1999). Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di
nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan
nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen
dan kedua benang polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap
melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup
dan disebut sebagai cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting
sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain (Corkill, G., Rapley, R. 2008).
 Gambar 1 struktur DNA
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa
diisolasi. Zubaidah (2004) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melauli
tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan
presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan
tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal
ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah,
maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang
berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang
terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga
akan sedikit.

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA
terdapat pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. DNA terdiri dari tiga macam
molekul, yaitu gula deoksiribosa, gugus fosfat dan basa nitrogen. Gula pentosa
memiliki 5 atom C, dan pada DNA atom C nomor 2 berikatan dengan atom H. Gugus
fosfat pada DNA berikatan dengan atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester. Gugus
fosfat tersebut yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. Basa nitrogen yang
menyusun asam nukleat ada dua macam, yaitu basa purin yang terdiri dari adenin dan
guanin dan basa pirimidin yang terdiri dari timin dan sitosin. Ikatan tersebut
menghasilkan molekul yang disebut nukleosida. Nukleosida akan bergabung dengan
fosfat dan membentuk molekul yang disebut nukleotida. Nukleotida adalah Satu
komponen pembangun DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu
pasang basa (Asris, 2010).
Untai ganda DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang terpilin. Kedua
rantai tersebut berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenin dengan
timin sebanyak dua ikatan dan antara guanin dan sitosin sebanyak tiga ikatan.
Spesifisitas pasangan basa tersebut disebut sebagai komplementaritas Replikasi
merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan
membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai
dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang
sama. Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua
rantai dan rantai yang satu merupakan konjugat dari rantai pasangannya. Dengan kata
lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat
dengan mudah dibentuk. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada
masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi, satu rantai
tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai
pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari
DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai cetakan untuk membuat rantai
pasangannya (Campbell, dkk., 2010).
Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA
polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara
lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan
pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer
DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase
bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.Sel eukariot
memiliki DNA di dalam kromosom, yaitu di inti sel dan adabeberapa sel eukariot
memiliki DNA di luar kromosom, yaitu DNA pada mitokondria dan kloroplas. DNA
nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan
DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular, replikasinya berlangsung secara
independen dan tidak bergantung pada replikasi kromosom, serta tidak berasosiasi
dengan protein histon. Organisasi gen mitokondria lebih mirip organisasi gen pada
bakteri. Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya
mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan DNA
nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orang tua (Suryo, 2004).
DNA dari sel prokariot maupun sel eukariot dapat diperoleh dengan cara
mengisolasi DNA yang terdapat di dalam sel. Isolasi DNA adalah teknik yang
dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat yang lain di dalam sel. Fungsi
dari pengisolasian DNA adalah mendapatkan DNA murni dari dalam sel yang akan
digunakan untuk penganalisisan genotip suatu organisme (Asris, 2010).
DNA dapat diisolasi, baik pada manusia maupun tumbuhan. Isolasi DNA merupakan
langkah tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu :
a. Sentrifugasi
Merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di
bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung.
Tehnik sentrifugasi dilakukan oleh mesin yaitu mesin sentrifugasi dengan kecepatan
yang bervariasi. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang
terpisah, yaitu supernatan di bagian atas dan pelet di bagian bawah.
b. Presipitasi
Merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari
campuran.

Langkah-langkah isolasi DNA:

a. Pengumpulan sel-sel
b. Pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein
c. Pengendapan DNA

Pada praktikum ini, DNA akan diisolasi dari sel epitelial mulut

ISOLASI DNA

Isolasi DNA merupakan proses untuk mendapatkan DNA murni dari makhluk
hidup untuk keperluan bioteknologi. Secara spesifik untuk mengisolasi DNA yang
mencangkup gen tertentu dapat dilakukan dengan beberapa teknik, yaitu:
 Isolasi DNA genom dan dilanjutkan pemotongan DNA genom menggunakan
enzim endonuklease retriksi.
Mengisolasi mRNA yang merupakan hasil transkripsi gen yang dimaksud
kemudian dilanjut dengan membuat turunan (Complementery DNA/cDNA),
Menyintesis nukleotida yang menyusun gen tersebut (membuat gen sintetik)
dengan teknik sintesis kimiawi.
Melakukan implifikasi DNA dengan teknik (Polimerase Chain Reaction).
(Yuwono, 2008)

Isolasi DNA merupakan suatu proses untuk mendapatkan DNA murni yang
dapat digunakan untuk keperluan pemeriksaan atau diagnose (Chawla,2000) Isolasi
Dna merupakan suatu proses untuk mendapatkan DNA murni yang dapat digunakan
untuk keperluan pemeriksaan atau diagnosa. DNa dapat di isolasi dari bergabai sal yang
memiliki inti sel, karena DNA terletak di dalam inti sel. beberapa sumber DNA yang
dapat dipergunakan dalam isolasi DNA adalah urine, darah, biopsi,rambut, gigi kuku
dan lainya. (Adityawarman, 2010)

Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi

esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi
DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa
polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian
DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada
masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan
kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah
berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit (Agus dan
Sjafarenan, 2013).
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA, hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus
dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi.
Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan
mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian bahan
yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen
(Istanti, 1999).
Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan yang disebabkan
oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia yang mampu merusak
membran ataupun dinding sel antara lain lisozim yang mampu mempengaruhi kerja
senyawa polimerik sehingga kekakuan sel tidak lagi dapat terjaga. Selain itu, ada pula
senyawa EDTA atau Etilen Diamin Tetra Asetat yang berfungsi untuk menghilangkan
ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan struktur selubung sel serta menghambat
enzim yang dapat merusak DNA. Dalam proses isolasi DNA, deterjen berfungsi
menggantikan senyawa-senyawa kimia tersebut diatas. Deterjen mengandung sodium
dodesil sulfat yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel
sehingga struktur membran akan rusak dan melisiskan isi sel (Istanti, 1999).
Proses selanjutnya yaitu purifikasi hal ini bertujuan untuk membersihkan hasil
ekstraksi dari zat-zat lain. Hal ini bertujuan untuk mengoptimalkan kerja enzim yang
sangat dipengaruhi oleh temperatur. Pada proses pengisolasian DNA digunakan garam
dapur dengan tujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion
Na+yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negatif
pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah
DNA akan berkumpul (Suryo, 2004).
Setelah menunggu beberapa saat tahapan selanjutnya yaitu terjadi presipitasi yang
bertujuan mengendapkan protein histon. Presipitasi terjadi pada lapisan atas bukan
lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut
dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak
terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut meraka
akan berkumpul atau menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitasi DNA terlihat
seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa
jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-
benar dingin dan berasal dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk
menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka
mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna (Istanti, 1999).
Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai
macam sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Upaya untuk
mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding dan membrane sel dan
 juga membran inti. Cara yang digunakan untuk merusak membran-membran tersebut
sangat beraneka ragam, misalnya dengan pemblenderan atau penggerusan dengan
mortal dan pistil. Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel dapat pula
dirusak dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia. Adapun manfaat dari isolasi
DNA antara lain (Asris, 2010):
1. Mendapatkan DNA murni yang akan digunakan dalam percobaan laboratorium
tertentu.
2. Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel.
3. Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan secara enzimatik melalui teknik
Hibridisasi Southern.
4. Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan pustaka genomik.
5. Isolasi plasmid atau DNA fage dalam prosedur rutin peminakan DNA

VI. ALAT DAN BAHAN

Alat
1. Batang Kayu
2. Timbangan Digital
3. Tabung Mikrosentrifus
4. Beaker Glass
5. Waterbath Triss
6. pH meter
7. Kertas absorben aquadest
8. Tabung reaksi
9. Vortex
10. Mikrosentrifus
11. Piper mohr
 Bahan
1. Minuman Isotonik
2. Minuman air mineral
3. Aquadest
4. Buffer Tris-EDTA
5. NaCl 2,5 M
6. Etanol dingin

VII. ALUR KERJA

1. Pengumpulan sel - sel
10 mL aquades 10 mL air mineral 10 mL minuman isotonik

- digunakan untuk berkumur selama 1 menit

- ditampung di dalam gelas kimia

Sampel sel epithel

2. Pemecahan sel (lisis sel)

1,5mL sampel sel epithel

- dimasukkan ke dalam tabung mikrosentrifuge

- disentrifuge pada kecepatan 10.000 rpm selama 1 menit

Endapan Filtrat

- ditambah 1,5 mL sampel epithel

- disentrifuge pada kecepatan 10.000 rpm selama 1 menit
- diulang percobaan hingga 2 kali

Endapan Filtrat

- ditambah 1 mL buffer tris EDTA dalam tabung mikrosentrifuge

- tabung divortex selama 1 menit (sampai endapan hancur) dengan
kecepatan 1500 rpm
- diambil larutan

Larutan sel lisis

3. Pengendapan DNA

Larutan sel lisis

- ditambah 100 L NaCl 2,5 M

- diaduk dengan baik (dibolak balikan tabungnya secara
perlahan 3 kali
- dipindahkan ke tabung reaksi kecil yang kering dan bersih
dengan hati hati agar tidak banyak muncul busa
- ditambah 1 mL etanol dingin
- dibiarkan selama 5 menit

Untai DNA
 VIII. HASIL PENGAMATAN

No. Prosedur Percobaan Hasil Pengamatan Dugaan/ Reaksi Kesimpulan

Perc.
1. Pengumpulan sel-sel Sebelum : Urutan DNA yang
10 mL aquades 10 mL air mineral 10 mL minuman isotonik - Minuman isotonik : paling banyak terisolasi
Tidak berwarna
adalah:
- Akuades : tidak
- digunakan untuk berkumur selama 1 berwarna Minuman isotonik > air
menit - Air mineral : tidak
- ditampung di dalam gelas kimia mineral > akuades
berwarna

Sampel sel epithel

Sesudah :
Setelah berkumur
- Minuman isotonik :
Tidak berwarna
- Akuades : tidak
berwarna
- Air mineral : tidak
berwarna
2. Pemecahan sel (lisis) Sebelum :
1,5mL sampel sel epithel - Sampel epitel : tidak
berwarna
- dimasukkan ke dalam tabung mikrosentrifuge - Buffer Tris-EDTA :
- disentrifuge pada kecepatan 10.000 rpm selama 1 menit tidak berwarna

Sesudah :
Endapan Filtrat Sesudah disentrifuge
- Minuman isotonik :
- ditambah 1,5 mL sampel epithel
- disentrifuge pada kecepatan 10.000 rpm selama 1 menit tidak berwarna, ada
- diulang percobaan hingga 2 kali endapan putih +++
- akuades : tidak
berwarna, ada
endapan putih +
Endapan Filtrat - air mineral : tidak
berwarna, ada
- ditambah 1 mL buffer tris EDTA dalam tabung
endapan ++
mikrosentrifuge
- tabung divortex selama 1 menit (sampai endapan hancur) + 1 mL buffer Tris-
dengan kecepatan 1500 rpm EDTA
- diambil larutan - Minuman isotonik :
tidak berwarna, ada
endapan +++
Larutan sel lisis
- akuades : tidak
berwarna, ada
endapan +
- air mineral : tidak
berwarna, ada
endapan ++
 Divortex selama 1
menit
- Minuman isotonik :
tidak berwarna, ada
endapan +
- akuades : tidak
berwarna, endapan
hilang
- air mineral : tidak
berwarna, endapan
hilang

3. Pengendapan sel
Sebelum :
Larutan sel lisis - larutan sel lisis : tidak
berwarna
- NaCl 2,5 M : tidak
- ditambah 100 L NaCl 2,5 M berwarna
- diaduk dengan baik (dibolak balikan tabungnya secara - Etanol dingin : tidak
perlahan 3 kali
berwarna
- dipindahkan ke tabung reaksi kecil yang kering dan bersih
dengan hati hati agar tidak banyak muncul busa
- ditambah 1 mL etanol dingin
Sesudah :
- dibiarkan selama 5 menit + NaCl 2,5 M
- Minuman isotonik :
tidak berwarna,
Untai DNA - akuades : tidak
berwarna,
- air mineral : tidak
berwarna,
 + etanol dingin
- Minuman isotonik :
tidak berwarna,
- akuades : tidak
berwarna,
- air mineral : tidak
berwarna,
setelah dibiarkan
selama 5 menit
- Minuman isotonik :
ada benang putih +++,
- akuades : ada benang
putih +
- air mineral : ada
benang putih ++
IX. ANALISIS PEMBAHASAN

Percobaan ini bertujuan antara lain mampu mengerjakan isolasi DNA sesuai
prosedur, dengan sampel DNA diambil dari sel ephitelial mulut. Prinsip dasar pada
percobaan isolasi DNA ini yaitu pengendapan dengan sentrifuge, penghancuran sel
dengan vortex dan pemisahan dengan NaCl.
1. Pengumpulan sel-sel
Langkah pertama yaitu menyiapkan 3 sampel yaitu miniman isotonik, aquades,
dan air mineral. Masing-masing sampel disiapkan 10 ml. Kemudian, setiap sampel
digunakan berkumur untuk mengambil sel ephitelial yang berada di rongga mulut
selama 1 menit. Setelah dilakukan pengkumuran pada masing-masing sampel, maka
selanjutnya masing-masing sampel ditampung ke dalam gelas kimia. Ketiga sampel
tersebut menunjukkan larutan tidak berwarna.
2. Pemecahan sel (lisis)
Kemudian, menyiapkan 3 tabung mikrosentrifuge dan pipet mikro. Lalu setiap
larutan sampel yang telah bercampur dengan sel dimasukkan ke dalam mikrosentrifuge
menggunakan pipet mikro sebanyak 1,5 ml. Penggunaan pipet mikro sangat membantu
praktikan dalam mengambil sampel, karena volume yang diambil 1,5 ml maka pipet
mikro dapat mengambil larutan secara akurat. Cara mengambil larutan 1,5 ml yaitu
dengan mengatur pengambilan volume dengan 1000 L kemudian 500 L. Kemudian
disiapkan penampung pada bagain bawah dan diarahkan kedalam larutan kemudian
ditekan bagian atas setengah tekanan untuk mengambil. Kemudian di masukkan tabung
sentrifuge dengan menekan bagian atas sepenuhnya. Setelah sampel dimasukkan ke
dalam tabung mikro sentrifuge, langkah selanjutnya yaitu disentrifuge dengan
kecepatam 10.000 selama 1 menit. Fungsi dari sentrifuge adalah mengendapan sel-sel
ephitelial pada larutan. Setelah di sentrifuge selama 1 menit, pada sentrifuge pertama,
sampel minuman isotonik menghasilkan larutan tidak berwarna dan endapan putih
keruh +, sedangkan pada sampel akuades dan air mineral hanya menghasilkan larutan
tidak berwarna. Kemudian didekantasi bagian atas diambil dengan menggunakan pipet
dan menyisakan bagian bawah di dalam tabung sentrifuge. Kemudian menambahkan
1,5 ml sampel lagi pada setiap tabung mikrosentrifuge dengan menggunakan pipet
mikro. Kemudian di sentrifuge dengan kecepatan 10.000 selama 1 menit. Setelah di
senrifuge selama 1 menit, pada sentrifuge kedua ini sampel minuman isotonik
menghasilkan larutan tidak berwarna dan endapan putih keruh ++, sampel aquades
hanya menghasilkan larutan tidak berwarna, dan sampel air mineral menghasilkan
larutan tidak berwarna dan juga endapan putih keruh +. Kemudian bagian atas
didekantasi dengan menggunakan pipet dan menyisakan endapan putih keruh pada
sampel minuman isotonik dan air mineral di dalam tabung sentrifuge. Kemudian
menambahkan 1,5 ml sampel lagi pada setiap tabung mikrosentrifuge dengan
menggunakan pipet mikro. Kemudian di sentrifuge dengan kecepatan 10.000 selama 1
menit. Dan hasilnya pada sampel minuman isotonik menghasilkan laritan tidak
berwarna dan terdapat endapan putih keruh +++, pada sampel akuades menghasilkan
larutan tidak berwarna dan endapan putih keruh +, dan sampel air mineral
menghasilkan larutan tidak berwarna dan juga endapan putih keruh ++. Perlakuan
penambahan dan pengulangan sentrifuge sampel 3 kali yaitu untuk mengumpulkan sel
epithelial mulut sebanyak mungkin agar pada pengamatan DNA yang terisolasi pada
hasil akhir sangat mudah.

Setelah itu didekantasi lagi sehingga didapati endapan putih keruh pada tiap
sampel, langkah selanjutnya yaitu pada setiap sampel yang ada pada tabung
mikrosentrifuge ditambahkan 1 ml buffer tris EDTA. Fungsi penambahan dari buffer
tris EDTA yaitu memberikan suasana kepada sel agar tetap hidup karena jika sel
dibiarkan pada suasana asam maupun basa, maka sel akan mati dan ketika pemecahan
sel DNA tidak bisa keluar. Setelah ditambahkan buffer tris EDTA setiap sampel
menghasilkan larutan tidak berwarna disertai dengan endapan putih keruh. Setelah
ditambahkan 1 ml larutan buffer tris EDTA, setiap sampel divortex selama 1 menit,
hasilnya setiap sampel endapannya hancur. Perlakuan ini dilakukan untuk
menghancurkan sel yang kemudian DNA yang berada pada protein keluar. Selain itu
dilakukan vortex ini juga memisahkan DNA dari zat-zat pengotor, misalnya dinding
sel, karbohidrat, dan protein. Sehingga DNA muncul melayang-layang diatas. Sehingga
setiap sampel setelah di lakukan vortex, larutan menjadi tidak berwarna.

3. Pengendapan DNA

Setelah dilakukan vortex, langkah selanjutnya yaitu ditambahkan 100 L NaCl

2,5 M pada masing-masing sampel yang ada pada tabung mikro sentrifuge dengan
menggunakan pipet mikro. Fungsi penambahan NaCl yaitu untuk lebih memaksimalkan
pemisahan DNA dengan zat pengotor. Serta NaCl berfungsi sebagai mengkondisikan
DNA tetap pada struktur awal. Hasil setalah penambahan NaCl yaitu setiap sampel
 minuman isotonik, akuades, maupun air mineral menghasilkan larutan tidak berwarna.
Kemudian setiap tabung mikrosentrifue yang berisi sampel di kocok dengan menjukir-
balikkan tabung mikrosentrifuge dengan perlahan sebanyak 3 kali untuk agar NaCl
tercampur merata dan agar tidak ada DNA yang masih menempel pada dinding tabung
mikrosentrifuge. Kemudian setiap sampel yang berada pada tabung mikrosentrifuge
dipindahkan dalam tabung reaksi kecil dan ditambahkan etanol dingin 1 ml. Setelah
ditambahkan etanol dingin, ketiga sampel menghasilkan larutan tidak berwarna.
Kemudian ditunggu selama 5 menit. Hasilnya pada sampel minuman isotonik
menunjukkan DNA yang menyerupai benang dan melayang-layang +++, pada sampel
aquades menunjukkan DNA yang menyerupai benang dan melayang-layang +, dan
pada sampel air mineral juga menunjukkan DNA yang menyerupai benang dan
melayang-layang ++.

Urutan Jumlah DNA yang dapat diisolasi dan muncul pada setiap sampel yaitu
minuman isotonik > air mineral > aquades. Hal ini dikarenakan minuman isotonik
mengandung NaCl yang pada ion Na+ yang dikandung mampu membentuk ikatan
dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-
molekul saling tolak menolak satu sama lain sehinggan pada saat ion Na+ membentuk
ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul. Sedangkan pada
aquades tidak mengandung NaCl dan pada air mineral hanya sedikit mengandung
NaCl. Sehingga ketika ditambahkan larutan NaCl, ketiga sampel larutan tersebut yang
mengandung NaCl terbanyak adalah minuman isotonik > air mineral > aquades.
Sehingga pada percobaan ini DNA yang paling banyak muncul adalah pada larutan sel
minuman isotonik.

X. KESIMPULAN
Dari percobaan ini didapati kesimpulan bahwa urutan jumlah DNA yang
terisolasi dan muncul adalah minuman isotonik > air mineral > akuades. Hal tersebut
dibuktikan dengan munculnya DNA berbentuk menyerupai benang pada percobaan ini.
XI. DAFTAR PUSTAKA

Agus, Rosana dan Sjafarenan, 2013, Penuntun Praktikum Genetika, Universitas

Hasanuddin, Makassar.

Asris, 2010, Isolasi DNA, http://asris07.student.ipb.ac.id, diakses pada tanggal 2

November 2017, pukul 20.30 WIB.

Campbell, N. A., dan Jane B. R., 2010, Biologi Jilid I Edisi Kedelapan, Erlangga,
Jakarta.

Istanti, A., 1999, Biologi Sel, Universitas Malang, Malang.

Suryo, 2004, Genetika Sastra 1, Universitas Gajah Mada, Yogyakarta.

Tim Dosen Biokimia. 2017. Petunjuk praktikum Biokimia. Surabaya: Jurusan Kimia
FMIPA UNESA
JAWABAN PERTANYAAN

1. Gambarkan struktur DNA !

2. Bagaimanakah cara menentukan jumlah DNA hasil isolasi tersebut menggunakan

spektrofotometer ?

Untuk menguji kuantitatif dan kualitatif isolasi DNA, maka dapat dilakukan
pengukuran dengan menggunakan spektrofotometri UV-Vis dan elektroforesis gel
agarosa. Uji kuantitatif DNA dengan spektrofotometri UV-Vis, DNA murni dapat
menyerap cahaya ultraviolet karena keberadaan basa-basa purin dan pirimidin. Pita
ganda DNA dapat menyerap cahaya UV pada 260 nm, sedang kontaminan protein
atau phenol akan menyerap cahaya pada 280 nm. Sehingga kemurnian DNA dapat
diukur dengan menghitung nilai absorbansi 260 nm dibagi dengan nilai absorbansi
280 (260/280), dan nilai kemurnian DNA berkisar antara 1.8-2.0. Serta untuk
mengukur konsentrasi DNA digunakan rumus sebagai berikut:

[DNA] = 260 x 50 x faktor pengenceran

260 = Nilai absorbansi pada 260 nm

50 = larutan dengan nilai absorbansi 1.0 sebanding dengan 50 ug untai ganda DNA
per mL

Metoda standar yang digunakan untuk identifikasi, separasi dan purifikasi

fragmen DNA adalah menggunakan elektroforesis gel agarosa. Migrasi elektroforesis
DNA melalui gel agarosa dipengaruhi oleh faktor ukuran dan konformasi molekul
DNA, konsentrasi agarosa, arus listrik dan temperatur. Pewarna Ethidium Bromide
(EtBr) digunakan untuk alat identifikasi dan mengukur semi-kualitatif fragmen DNA
yang terseparasi dalam gel. EtBr ini akan terikat diantara dua untai ganda DNA,
sehingga band/pita DNA dalam gel agarosa akan berpendar, karena pewarna ini
mengandung zat fluoresence. EtBr dapat diberikan pada setiap sampel yang akan
dimasukkan ke sumuran gel atau dicampurkan ke gel agarosa sebelum gel dicetak
dalam cetakan gel. Intensitas fluoresence dapat diukur dengan menggunakan DNA
marker standar, sehingga dapat diperkirakan kuantitas DNAnya, misal antara 0.50
sampai 20 ug/mL.